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1.
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植物Dof基因家族功能研究进展 被引次数：1
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蔡晓锋 张余洋 张俊红 李汉霞 叶志彪《植物生理学报》,2013年第1期
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Dof(DNA-binding with one finger)蛋白是植物特有的一类转录因子,在植物生长发育过程中起着重要的作用。在其N-末端有一个52氨基酸残基组成的高度保守的C2-C2单锌指结构,称为Dof保守域,能够特异性的识别植物启动子序列中的AAAG/CTTT作用元件,从而激活或抑制植物基因的表达;其C-末端的转录调控结构域,氨基酸序列较为多变,不具有保守性,是Dof蛋白在植物中功能多样性的基础;同时Dof蛋白也具有和蛋白相互作用的功能。在过去的十几年里,大量的Dof基因被克隆鉴定或从基因组数据库中预测出来,Dof蛋白在植物生长发育中的作用也受到更多关注。本文就Dof转录因子的特点,各物种中已经报道的Dof转录因子的数目、系统进化关系和分类及其生物学功能的进展进行了综述。
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2.
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植物中的Dof 蛋白和Dof转录因子家族 被引次数：1
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郭晓芳 严海燕《植物生理学通讯》,2005年第41卷第4期
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Dof(DNA binding with one finger)蛋白是植物所特有的一类转录因子.其N末端保守的单锌指Dof结构域是既与DNA又和蛋白相互作用的双重功能域,识别的核心序列是AAAG;其C末端氨基酸序列较为多变,是Dof蛋白的特异转录调控结构域.Dof类转录因子在植物中发挥着多种功能.拟南芥和水稻的Dof转录因子家族为Aa、Bb、Cc、Dd 4个同源基因群,同类群间可能具有相似或相反的功能.文章就这一问题的研究进展作了介绍.
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3.
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禾本科植物单锌指家族基因对逆境应答的研究进展
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刘文婷 马田田 周春菊 藏潇 李浪金 张宝军 杜威 张炜丽 陈坤明《生物工程学报》,2016年第32卷第5期
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转录调控是植物生长发育、逆境反应、信号转导、抗病性等一系列基因表达的最主要调控形式，转录因子是参与基因转录水平调控过程的重要反式因子。单锌指 (DNA binding with one finger，DOF) 转录因子是植物特有的一类转录因子，包含一个C2-C2锌指结构，其N-末端保守的DOF结构域是能与DNA和蛋白相互作用的双重功能域，在植物生长发育过程中参与多种生物学过程。尽管已有研究报道DOF家族基因参与植物抗逆响应，但其在禾谷类重要粮食作物中的作用机制还极不明确。本文通过对禾本科植物DOF家族基因系统进化分析及组织表达和诱导表达分析，综述了DOF家族基因参与植物胁迫应答方面的相关研究进展，为进一步深入了解禾本科植物抗逆机制提供重要参考。
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4.
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杧果Whirly基因鉴定及其在病菌侵染过程中的表达分析
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孙 宇 刘志鑫 叶 子 罗睿雄 蒲金基 张 贺《西北植物学报》,2021年第41卷第1期
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Whirly 家族是一类植物特异的转录因子，无论在细胞核还是在细胞器内都有着广泛而复杂的生物学功能。该研究以杧果全基因组数据为基础，采用生物信息学的方法对杧果Whirly家族基因进行序列分析，并通过qRT PCR技术分析杧果胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides，Cg)和细菌性黑斑病菌(Xanthomonas campestris pv. mangiferaeindicae，Xcm)侵染过程中杧果Whirly家族基因的相对表达量。结果表明：(1)从杧果基因组中鉴定了3个Whirly基因家族成员，分别命名为MiWHY1、MiWHY2和MiWHY3。(2)杧果Whirly蛋白均为不稳定亲水碱性蛋白；系统发育树显示，杧果Whirly基因与木薯、毛果杨、番茄Whirly基因亲缘关系最近，杧果与木薯、毛果杨、番茄Whirly家族共有1个高度保守的基序Motif1；杧果Whirly家族均含有Whirly超家族保守域，主要结构元件为无规则卷曲和α 螺旋；保守结构域的四聚体结构与马铃薯Whirly蛋白四聚体结构具有高度相似性。(3)qRT PCR结果显示， Cg侵染过程中，杧果Whirly基因的相对表达量均显著上调；Xcm侵染12 h时，MiWHY1和MiWHY3相对表达量显著上调，初步确定杧果Whirly基因表达响应胶孢炭疽菌和细菌性黑斑病菌的侵染。研究认为，杧果中有3个Whirly基因家族成员，病菌侵染过程中可激发其表达活性，为后续研究杧果Whirly基因家族成员的功能和机制奠定基础。
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5.
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森林草莓FvZF HD7基因的鉴定及表达分析
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刘 敏 名川信吾《西北植物学报》,2020年第40卷第1期
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锌指同源蛋白ZF HD(zinc finger homeodomain)家族是植物中所特有的一类转录因子家族，在响应植物逆境胁迫，调控花发育以及种子寿命等方面具有重要作用，但其在草莓中的功能尚不清楚。该研究从森林草莓(Fragaria vesca)基因组数据库分离获得了10个ZF HD家族的基因。进化树分析显示，按照亲缘关系远近该基因家族可分为6个不同的亚族；启动子顺式元件分析发现，该基因家族基因的启动子区域含有较多的逆境胁迫和激素响应相关的元件。荧光定量PCR检测发现，FvZF HD7基因在花中的表达量显著大于其他基因；组织特异性表达分析表明，FvZF HD7基因在花中表达量最高，在叶和茎中也有表达，在果实发育的前期表达量较高，而在果实发育后期急剧降低。利用森林草莓‘Yellow Wonder 5AF7’(YW)的cDNA成功克隆到FvZF HD7基因，生物学信息学分析表明FvZF HD7基因全长1 083 bp，编码360个氨基酸；序列比对结果显示，其编码的蛋白质同时含有ZF以及HD保守结构域；蛋白质的相对分子质量为39 153.89 Da，结构中富含α螺旋和无规则卷曲。成功构建表达载体pGWB5 FvZF HD7，将目的基因载体转入烟草中，Confocal激光共聚焦显微镜观察发现，转基因烟草的细胞核中检测到GFP信号，表明FvZF HD7蛋白定位于细胞核中。研究表明，FvZF HD7可能广泛参与了植物花发育和逆境胁迫调控，为进一步分析森林草莓ZF HD基因家族的功能奠定了理论与分子基础。
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6.
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植物Dof转录因子及其生物学功能
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徐慧妮 王康 李昆志《生物技术通报》,2010年第1期
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Dof(DNA binding with one finger)蛋白是植物特有的一类转录因子,包含一个C_2- C_2锌指,其N-末端保守的Dof结构域是既与DNA又和蛋白相互作用的双重功能域.在过去10多年的研究中,Dof蛋白在多种单子叶和双子叶植物中被分离.Dof蛋白作为转录的激活子或抑制子在植物的生长和发育中发挥重要作用.就Dof转录因子及其生物学功能的进展进行了综述.
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7.
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中间锦鸡儿转录因子基因 CiNAC1的克隆及功能分析
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岳俊燕 岳文冉 杨 杞 于秀敏 杨飞芸 王光霞 李国婧 王瑞刚 丛靖宇《西北植物学报》,2016年第36卷第7期
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NAC转录因子家族是植物特有的、最大的转录因子家族之一，在植物应答非生物胁迫和生长发育过程中有重要的功能。该研究通过PCR技术，克隆得到了中间锦鸡儿 CiNAC1基因1 066 bp的cDNA全长序列。生物信息学分析显示， CiNAC1基因的开放阅读框(ORF)为921 bp，编码306个氨基酸，推导的蛋白分子量为34.57 kD，等电点为8.35，是一种亲水性蛋白，N端具有保守的NAM结构域，具有26个磷酸化位点和7个糖基化位点。实时荧光定量PCR检测显示，中间锦鸡儿 CiNAC1基因表达受干旱、高盐、脱水、高pH诱导；亚细胞定位发现CiNAC1定位到细胞核中，这与它作为转录因子的功能是一致的；转CiNAC1基因拟南芥株系侧根数目显著多于野生型，根长也明显比野生型长。研究认为， CiNAC1基因可能与中间锦鸡儿响应逆境胁迫机制有关。
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8.
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陆地棉SUPERMAN类似锌指蛋白基因的克隆与表达分析 被引次数：3
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杨郁文 倪万潮 张保龙 沈新莲 张香桂 徐英俊 姚姝《遗传》,2006年第28卷第4期
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锌指蛋白是生物体内数量最多的转录调控因子，它在动植物的生长发育中都起到十分重要的作用。SUPERMAN类锌指蛋白只含有1个锌指结构。我们根据这类蛋白的保守结构域设计简并引物，通过RT-PCR从棉花中获得了3个这个家族成员的EST，得到1个锌指蛋白基因的全长序列，该基因的编码区长744 bp，编码长248个氨基酸的多肽，其氨基酸序列与GenBank中登录的一个拟南芥RBE蛋白有40%的同源性。此基因被命名为GZFP。它含有保守的锌指结构并在多肽链的C-端具有富含亮氨酸的保守结构域，GZFP含有核定位信号并且没有内含子。GZFP基因在棉花花蕾、子房、花瓣和根中的表达量要高于木质部、韧皮部、叶片、纤维和种子。GZFP基因的表达量很低，在GenBank中没有任何和它同源的EST序列存在。对GZFP 5′侧翼区进行分析发现有数个花粉和根特异表达相关元件，4个与Dof蛋白作用的核心序列，4个与光诱导相关的元件。
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9.
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植物NAC转录因子的研究进展
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王芳 孙立娇 赵晓宇 王婕婉 宋兴舜《生物技术通报》,2019年第4期
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NAC(NAM、ATAF1/2、CUC2)蛋白家族是植物特异性转录因子超家族,广泛存在于多样的植物中。大多数NAC蛋白具有保守的DNA结合结构域,其大约150个氨基酸位于蛋白质的N末端,并且在C末端区域具有高度可变的转录调节区域。该类家族基因在多个生物过程中发挥关键作用,如植物生长、发育和应激反应网络。因此,NAC转录因子被持续关注。近年来,尤其是近5年来对NAC的家族成员的功能研究获取了突破性的发现。总结NAC转录因子的最新研究进展,旨在为植物的遗传改良和育种提供参考。
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10.
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地黄核苷二磷酸激酶基因的克隆及生物信息学分析
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李冰怡 李谦谦 宫世萌 李娇娇 郑 雪 段红英《广西植物》,2020年第4期
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核苷二磷酸激酶(NDPK)是一种高度保守的多功能蛋白,具有催化底物磷酸化的作用,能够参与植物的生长发育、非生物胁迫、感病应激、光合作用和能量代谢等过程。为了解地黄核苷二磷酸激酶基因(RgNDPK Ⅰ)的结构、功能和性质,该研究利用地黄转录组学数据,通过电子克隆的方法获得了RgNDPK Ⅰ基因的全长cDNA序列,长度为765 bp。生物信息学分析结果表明,RgNDPK Ⅰ基因的开放阅读框长度为447 bp,编码148个氨基酸,具有典型的核苷二磷酸激酶活性结构域和其他磷酸化活性位点。RgNDPK Ⅰ基因编码的蛋白质定位于细胞质,是无跨膜区域的亲水性蛋白,该蛋白质与芝麻、紫花风铃的核苷二磷酸激酶相似性较高,分别为97%和96%。在多种生物中已经克隆得到了核苷二磷酸激酶基因,且不同植物核苷二磷酸激酶氨基酸序列中存在多个相似的保守结构域,推测RgNDPK Ⅰ基因所编码的蛋白质为核苷二磷酸激酶超家族成员。该研究结果为进一步探明RgNDPK Ⅰ的性质、结构、功能及表达机制提供了重要的理论依据。
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11.
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沙特番茄黄化曲叶病毒AC2基因编码蛋白的生物信息学分析
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朱晓林 魏小红 王宝强 冯 悦 赵耀东《广西植物》,2020年第40卷第12期
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该试验旨在通过生物信息学方法分析沙特番茄黄化曲叶病毒AC2基因编码的转录激活蛋白TrAP(transcriptional activator protein)的结构及功能。该文通过在线软件预测和分析了番茄中AC2基因编码蛋白的一级结构、二级结构、磷酸位点、糖基位点、三级结构及其重要的功能; 通过最大似然法对不同物种 AC2基因编码蛋白序列构建系统发育树,进行系统发育分析。结果表明:番茄中AC2基因共编码135个氨基酸,且编码蛋白属于不稳定的亲水性蛋白质; 二级结构以无规则卷曲折叠为主,比例为58.52%; 该蛋白不存在跨膜结构域,属非跨膜蛋白且不存在信号肽; 该蛋白1～129个氨基酸区域为双生病毒超基因家族(Gemini_AL2 superfamily)结构域; 系统进化情况和植物分类学基本一致,沙特番茄双生病毒AC2基因与南非木薯间的亲缘关系最近。该基因编码蛋白结构与功能的分析为进一步研究AC2双生病毒基因家族奠定了基础,同时为番茄抗病在病虫害防治方面提供一种可行的思路。
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12.
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植物多药和有毒化合物排出转运蛋白研究进展
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吴远双 宋毅豪 吴宝尧 李昆志《广西植物》,2018年第38卷第11期
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植物在生长及适应环境的过程中会吸收很多有益或有害的物质,自身也会产生大量代谢物,植物对这些物质的转运是植物生长发育及适应环境的重要环节,有多种转运蛋白家族参与其中。多药和有毒化合物排出转运蛋白(MATEs)是生物体中重要的转运蛋白家族之一,而植物中MATE基因的丰富程度要远远高于其他生物。根据植物MATEs的蛋白结构,这些基因被分为4个主要的亚家族,即MATE I,MATE Ⅱ,MATE Ⅲ和MATE IV。同一亚家族或同一MATE基因簇的基因还具有相同或相似的功能。植物MATEs定位于细胞的各种生物膜上,如细胞质膜、液泡膜、高尔基膜及囊泡膜等。此外,一些MATEs的表达还具有组织特异性,它们转运的底物也具有多样性和特异性,使得MATEs呈现出多种生物学功能。它们在外源性物质的排出、次生代谢产物的转运和累积、铁转运、铝脱毒和植物激素信号传递及植物的抗病性等方面都起着重要作用。该文对MATEs的发现、基因分类、亚细胞定位及生理功能等方面进行了概述,对深入研究该基因家族提供了思路,对该基因家族的应用进行了展望。
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13.
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苹果DREB转录因子家族全基因组鉴定与分析
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沈兵琪 高晓宇 王大玮 周 军 邓 浪 周 凡 纪 晴 程 慧《西北植物学报》,2017年第37卷第3期
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DREB转录因子属于AP2/ERF转录因子家族，能够与DRE/CRT顺式作用元件特异性结合，调控与逆境应答基因的表达，因而在植物应对低温、干旱、高盐等逆境胁迫中发挥重要作用。该研究利用苹果全基因组数据，通过生物信息学手段鉴定苹果DREB转录因子家族成员，并分析DREB转录因子家族保守域特点与功能及表达情况。结果表明：从苹果全基因组中共鉴定出60个DREB转录因子家族成员，与拟南芥和水稻相比基本一致，通过引入拟南芥DREB基因进行系统发生分析，进一步可以将其细分为6个亚组；结构域和保守元件分析表明，DREB基因家族含有一个AP2保守结构域；染色体定位表明,苹果DREB基因分布于11条染色体上，部分基因存在串联复制现象；基因结构分析显示,该亚家族基因不含内含子。利用同源拟南芥RNA Seq数据分析结果表明，DREB转录因子家族对低温、ABA调节等非生物胁迫具有调控作用，同时在DREB亚家族中每个亚组响应不同的非生物胁迫；通过分析DREB基因在不同组织中的表达情况，结果显示DREB基因在植物根部中的表达量最强，其次是叶。
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14.
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铁皮石斛体细胞胚胎发生类受体激酶基因DoSERK的克隆和表达分析
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王晓娟 张建霞 何春梅 曾宋君 吴坤林 段俊《热带亚热带植物学报》,2015年第23卷第5期
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为了解铁皮石斛(Dendrobium officinale)中的体细胞胚胎发生类受体激酶基因DoSERK 的功能,在转录组测序数据的基础上克隆了DoSERK 的全长cDNA。结果表明,DoSERK 与其他植物的SERK 高度同源,编码633 个氨基酸。生物信息学分析表明,DoSERK蛋白为亲水蛋白并定位于质膜,具有1 个信号肽、1 个富脯氨酸区域、1 个跨膜区、5 个富亮氨酸重复序列以及1 个保守的蛋白激酶活性结构域,属于SERK 蛋白家族成员。系统进化树分析表明,DoSERK 与同为兰科植物的文心兰(Cyrtochilum loxense)以及卡特兰(Cattleya maxima)的SERK 亲缘关系最近。组织表达分析表明,DoSERK 在铁皮石斛中广泛表达,以幼嫩小苗根部的表达量最高。这些说明DoSERK 除了可能参与铁皮石斛体胚发生过程以外,还参与其他生长发育过程。
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15.
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植物NAC转录因子的研究进展
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刘旭 李玲《生命科学研究》,2008年第12卷第4期
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NAC转录因子是特异存在于植物中的具有多种生物功能的新型转录因子.其家族成员N端含有保守NAC结构域(约150个氨基酸),C端为高度变异的转录激活区.NAC基因表达特异,功能涉及植物生长发育、激素调控和胁迫响应等重要方面.现综述植物NAC转录因子的基本结构、生物功能及新型膜相关转录因子的研究.
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16.
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茶树CPP转录因子家族的全基因组鉴定及分析
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杨如兴 王鹏杰 陈芝芝 张 磊 叶乃兴 尤志明《西北植物学报》,2019年第39卷第6期
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CPP (cysteine rich polycomb like protein)转录因子广泛存在于动植物中，是一类成员数目较少的转录因子家族，在调控植物生长发育和响应非生物胁迫中起重要作用。该研究通过对茶树基因组系统的鉴定，获得10个CsCPP转录因子均具有典型的CXC结构域。系统发育分析将CsCPP家族成员分为4类(A~D)，且大部分成员与葡萄在进化关系上更为接近。A类和C类成员的CXC结构域分布在蛋白序列的N端，而B类和D类成员分布在C端。茶树组织表达分析表明，CsCPP转录因子在生长活跃的顶芽和嫩叶中普遍高表达，不同组织的表达水平排序为：顶芽和嫩叶>根和茎>成熟叶和果>老叶和花。启动子分析发现了CsCPP家族成员的启动子区域存在大量的ABA和干旱响应元件；干旱处理下，6个CsCPP成员的表达水平均有不同程度上调，其中4个成员在ABA处理后表达迅速上调，表明CsCPP转录因子可能在ABA介导的干旱胁迫响应中起正调控作用；低温处理下，大部分CsCPP成员的表达均有轻微下调，而CsCPP2和CsCPP6的表达水平在6 h达到顶峰，表达量均超过2倍。研究结果为进一步发掘茶树CPP转录因子家族的功能奠定了基础。
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檀香SaRbohA基因的克隆与吸器诱导因子响应分析
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孟 森 马海宾 王胜坤 李振双 赵 忠 陆俊锟《西北植物学报》,2019年第39卷第12期
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植物Rboh基因家族编码产生活性氧(ROS)的NADPH氧化酶。了解半寄生植物檀香(Santalum album Linn.)基因Rboh相关信息和表达特性，可为研究檀香SaRbohA基因通过活性氧信号(ROS)调控吸器发育的响应提供理论依据。该研究以全长转录组测序为基础，通过序列拼接设计合成基因特异引物，从根中克隆获得了1个檀香respiratory burst oxidase homolog(Rboh)基因cDNA全长，命名为SaRbohA。序列分析表明，该基因cDNA全长2 790 bp，编码929个氨基酸，分子量105.37 kD，理论等电点9.13，预测亚细胞定位于细胞膜。结构预测表明，SaRbohA具有6个跨膜结构域，在膜内侧的C端包含典型的NADPH结合结构域和FAD结合结构域， N端含有两个EF手性结构。序列比对分析表明，檀香SaRbohA与苹果MdRboh同源进化关系较近，相似度为63.65%。组织特异性表达分析表明，SaRbohA基因在茎中表达量最低，幼叶和茎尖中表达量较高，而在根中表达量最高。采用2, 6 二甲氧基对苯醌(寄生植物吸器诱导因子)处理，可以强烈诱导檀香SaRbohA基因的响应并伴随大量活性氧信号。研究推测，SaRbohA基因的在ROS信号介导的檀香吸器发育过程中起重要作用，且受化学诱导因子调控表达。
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海岛棉GbCBF6基因克隆及其在逆境胁迫下的表达分析
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李 月 孔丽颖 李才运 李 翔 代培红 刘晓东《西北植物学报》,2015年第35卷第10期
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该研究根据棉花生物信息数据库，采用PCR方法从棉花（Gossypium barbadense L.）中克隆了1个CBF/DREB转录因子基因，命名为GbCBF6（GenBank登录号为KR233255）。GbCBF6基因开放阅读框为753 bp，编码251个氨基酸，预测分子量为27.82 kD，等电点为7.68。氨基酸多重序列比对结果表明，GbCBF6基因编码的蛋白与其他植物冷胁迫相关的CBF蛋白具有高度的同源性，含有1个AP2功能结构域和2个特征序列基序；与棉花已经克隆的4个GhCBF基因的氨基酸序列差异较大，是1个新的棉花CBF基因。系统进化树分析表明，GbCBF6基因属于DREB 亚家族中的A 1亚组。RT PCR分析表明，GbCBF6基因表达受干旱胁迫下调，而受4 ℃低温上调，在高盐（200 mmol/L NaCl）处理下其表达量先下降，后增加。推测GbCBF6基因在棉花非生物胁迫的调控中起重要作用。
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烟草氧化胁迫相关基因NtOSA1的克隆表达及亚细胞定位分析
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刘继恺 高永峰 吴婵娟 张 林 陈彩霞《西北植物学报》,2016年第36卷第8期
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植物类蛋白激酶Abc1家族（activity of bc1 complex）在植物生长发育及响应非生物胁迫中起着重要的作用。该研究通过将拟南芥AtOSA1蛋白氨基酸序列与烟草转录组数据进行比对，利用巢式PCR技术克隆得到1个烟草氧化胁迫相关Abc1家族基因NtOSA1，NtOSA1与拟南芥AtOSA1基因具有72.89%的一致性。NtOSA1基因开放阅读框长度为2 283 bp，编码760个氨基酸，含有典型的ABC1结构域、一个激酶结构域、叶绿体定位信号肽和两个跨膜结构域。采用实时荧光定量PCR技术，对NtOSA1基因在烟草不同组织以及氧化胁迫、盐胁迫等处理下的表达分析表明：NtOSA1基因的表达具有组织特异性，主要在叶片中表达；NtOSA1基因在H2O2和NaCl处理后表达量上升，均在处理后6 h达到最大值，分别为处理前的1.95和2.69倍。亚细胞定位结果表明，NtOSA1蛋白定位在细胞叶绿体上，与预测结果一致。研究表明，NtOSA1基因参与了烟草抗氧化胁迫和盐胁迫的响应。
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棉花中一个类DREB1/CBF基因(GhDREB1L)的分子克隆及其功能分析 被引次数：2
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黄波 金龙国 刘进元《中国科学C辑》,2006年第36卷第5期
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DREB1/CBF类转录因子在植物抵抗外界环境胁迫上起到非常重要的作用, 而且对于利用基因工程技术来提高植物的抗逆性也非常有用. 从棉花中分离出一个编码DREB1/CBF类蛋白(GhDREB1L)的cDNA, 并对该蛋白质的序列特性、DNA结合特性及转录本的表达特征进行了分析. GhDREB1L含有一个保守的AP2/ERF结构域, 其氨基酸序列与其他植物中DREB家族的DREB1/CBF组成员高度相似. 采用Ni-NTA亲和层析技术, 成功纯化了在BL21 (DE3)菌株中表达的GhDREB1L蛋白的DNA结合区. 凝胶滞留实验揭示, 纯化的GhDREB1L融合蛋白能够特异性地与已经得到鉴定的DRE元件(核心区, ACCGAC)以及胚胎发育晚期丰富蛋白基因LEA D113启动子区中的类DRE元件(核心区, GCCGAC)结合. 半定量RT-PCR显示GhDREB1L基因在棉花子叶中受到低温、干旱以及NaCl处理的诱导. 这些结果暗示了棉花GhDREB1L转录因子可能是通过与DRE元件的结合, 在低温、干旱及高盐的应答途径中起重要作用.
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