广东高州7个普通野生稻居群遗传结构的SSR分析

利用32对SSR引物对来自全部7个自然居群的217份广东高州普通野生稻(简称“高野”)材料进行遗传结构、多样性和遗传聚类分析。结果表明, 高野各居群因遗传结构存在差异而相对独立, 但各居群之间由于存在基因渗透又具有一定的相似性。高野总体多样性指数(Ht)为0.65, 居群内的多样性(HS=0.431)略大于居群间的多样性(DS=0.392), 二者差异并不显著。居群间的遗传分化系数(GST)为0.611, 说明高野群体的遗传差异是由居群内和居群间的遗传分化共同作用的结果。其中A、B、E居群间, D、F、G居群间遗传相似性较高, C居群与其它居群之间存在较大差异。根据7个居群的遗传结构, 结合其地理分布状况, 认为遗传多样性最大的B和E居群以及遗传分化最小的C居群应作为重点对象进行保护。     

广东高州7个普通野生稻居群遗传结构的SSR分析

利用32对SSR引物对来自全部7个自然居群的217份广东高州普通野生稻（简称＂高野＂）材料进行遗传结构、多样性和遗传聚类分析。结果表明，高野各居群因遗传结构存在差异而相对独立，但各居群之间由于存在基因渗透又具有一定的相似性。高野总体多样性指数（Ht）为0.65，居群内的多样性（HS=0.431）略大于居群间的多样性（DS=0.392），二者差异并不显著。居群间的遗传分化系数（GST）为0.611，说明高野群体的遗传差异是由居群内和居群间的遗传分化共同作用的结果。其中A、B、E居群间，D、F、G居群间遗传相似性较高，C居群与其它居群之间存在较大差异。根据7个居群的遗传结构，结合其地理分布状况，认为遗传多样性最大的B和E居群以及遗传分化最小的C居群应作为重点对象进行保护。     

白木香遗传多样性研究

用ISSR分子标记技术对白木香(Aquilaria sinensis(Lour.)Gilg)的遗传多样性进行分析.结果表明,白木香物种水平的遗传多样性较高,而居群水平的遗传多样性相对较低,其中广东茂名居群的遗传多样性最高.白木香居群间存在较大的遗传分化,遗传分化系数G_(ST)=0.4425,表明居群内遗传分化大于居群间的分化.UPGMA聚类分析表明白木香分化为两个谱系,其中谱系Ⅰ由广东、福建、海南的5居群组成,谱系Ⅱ由广西、云南的3个居群组成.居群间的基因交流受到阻碍(Nm=0.6633<1),阻碍主要产生于两个谱系间,而谱系内部的居群间在较近的历史时期基因交流频繁(Nm分别为1.4382和1.2333),谱系分化的原因主要是地理因素,两谱系交界处有云开山脉等形成的天然屏障,阻碍物种的扩展和基因交流.     

华东竹黄菌不同居群遗传分化的RAPD分析

为了解竹黄地理居群间的遗传分化,本研究采用随机引物扩增多态性DNA分子标记技术对江苏、安徽和浙江3省的8个居群共32个竹黄样本进行了遗传多样性分析.从50个RAPD引物中筛选得到了5个随机引物,对供试材料的DNA进行扩增,共检测出77个位点,其中多态性位点52个,多态性位点比率为67.53%.UPGMA聚类分析结果表明,这8个居群分为三类:安吉居群、临安居群、宜兴居群、广德居群和泾县居群聚为一类;宁国居群和休宁居群聚为一类;淳安居群单独为一类.遗传多样性分析表明8个竹黄居群中,淳安居群的遗传多样性水平最高,安吉居群的遗传多样性水平最低.Nei's基因多样性指数和Shannon信息指数均表明竹黄物种水平的遗传多样性高于居群水平.     

野生毛樱桃SSR遗传多样性和遗传结构分析

利用11对SSR多态性引物对秦岭山脉5个居群11个亚居群104份野生毛樱桃材料进行遗传多样性和遗传结构分析,以明确中国樱桃的种质资源,为樱桃育种以及生产中改良樱桃砧木提供理论依据。结果显示:(1)11对引物共检测出110个等位位点,各引物扩增的多态性条带在5~13个之间;观察到的平均等位基因数(A)为10,有效等位基因数(Ae)为7.586 3。(2)秦岭山脉天水居群的多态性比率(PPB)为69.55%、长安居群为76.53%、太白居群为81.36%、华阴居群为85.00%、眉县居群为92.17%,5个居群总的多态性比率为81.62%,各位点平均期望杂合度(He)为0.864 0。(3)秦岭山脉野生毛樱桃各居群的基因分化系数(Gst)为0.081 2,居群内的遗传分化占91.88%,居群间的遗传分化占8.12%;基于Gst测得基因流(Nm)为2.827 3,秦岭山脉Nei遗传距离为0.489 7,香农信息指数为2.101 9。研究认为,秦岭山脉野生毛樱桃的遗传多样性水平较高,遗传分化主要存在于居群内,且基因交流没有受到阻碍,居群内现存的遗传多样性水平对遗传漂变不敏感,但居群间存在适中的基因交流可能会降低整个种群的再分化。     

长筒石蒜居群遗传多样性RAPD分析

利用RAPD标记对长筒石蒜3个居群的遗传多样性及分化程度进行了研究。12条随机引物扩增出94个可分析位点,多态位点比率(PPB)为65.96%,表明长筒石蒜具有比较高的遗传多样性。经POP-GENE32分析表明:Nei’s基因多样性指数(h)为0.1897,香农多样性指数(Ⅰ)为0.2945,基因分化系数(GST)为0.1191,基因流(Nm)为3.6980。经WINAMOVA分析表明:居群内遗传变异占71.75%,而居群间只占28.25%。遗传多样性分析表明,各居群的遗传多样性水平由高到低为琅琊山居群>宝华山居群>盱眙居群。遗传分化表明:长筒石蒜各居群间遗传分化程度较低;大部分遗传变异存在于居群内部,表明其具有较强的进化潜力,自然情况下不会处于濒危状态,野生种质资源的破坏,主要来自于人为干扰。     

基于ISSR分子标记的野生桃儿七遗传多样性研究

通过对甘肃南部青藏高原边缘区道地性药材桃儿七遗传多样性研究,为野生桃儿七资源的保护提供依据。采用ISSR分子标记技术,对13个野生桃儿七居群153份DNA进行PCR扩增,对其扩增条带进行遗传多样性分析,在所得遗传距离的基础上进行UPGMA聚类和Mantel检验地理距离,对野生桃儿七居群间遗传多样性差异进行分析。11条ISSR引物共检测到155个条带,每条引物10～17个,平均14.1个,共1320个多态性位点;居群平均多态性位点百分比(PPL)65.50%;Nei′s遗传多样性指数(H)为0.2101,Shannon′s信息指数(I)为0.3191;遗传距离变化范围0.0316～0.3769;Mantel检验P=0.4220。甘肃南部青藏高原边缘区13个野生桃儿七居群间具有较高的遗传多样性,种群内的基因流十分丰富,居群内的遗传分化明显比居群之间的分化要大,各居群间遗传距离与地理距离无相关关系。     

广东高州普通野生稻(Oryza rufipogon Griff)的遗传多样性和居群遗传分化研究

利用30对SSR引物对广东高州普通野生稻3个群体进行了遗传多样性分析和居群遗传分化研究.结果表明,30对引物中只有20对表现出多态,多态位点比率P为66.7%;在20个多态位点中共检测出81个等位变异,平均等位变异数(Ap)为4.05 个;3个群体总的遗传多样性(Ht)为0.61,其中,居群内的遗传多样性为居群间的遗传多样性的3倍多,说明总的遗传多样性主要来自居群内;虽然居群间的遗传分化系数(G ST)较低,仅为0.2427,但当遗传相似系数临界值增加时,3个群体在聚类图上相对独立 ,说明3个群体既存在着高度的遗传相似性,又具有一定程度的遗传分化,可以作为3个居群进行原生境保护.     

基于RAPD标记的南苍术居群遗传多样性分析

采用RAPD标记技术对分布于江苏小九华山、小汤山和湖山,安徽金寨和芜湖以及湖北保康和英山的7个南苍术〔Atractylodes lancea(Thunb.)DC.〕野生居群的28个单株基因组总DNA进行PCR扩增,在此基础上分析居群的遗传多样性及遗传分化,并采用聚类分析法对居群的遗传关系进行分析。结果表明:用18条RAPD引物共扩增出193条带,其中多态性条带111条,多态性条带百分率(PPB)为57.51%;平均每条引物扩增出10.72条带,其中多态性条带6.17条。从省级水平看,安徽居群的PPB、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)均最低,而湖北居群的Ne、H和I均最高,但江苏居群的PPB最高;从居群水平看,湖北保康居群的PPB、Ne、H和I均最高,而安徽金寨居群均最低。7个居群的基因分化系数和基因流分别为0.206 5和1.921 5,说明7个居群总遗传变异的20.65%存在于居群间、79.35%存在于居群内。7个居群间的遗传距离为0.150 7～0.252 1,其中,安徽金寨和芜湖居群间最小(0.150 7),江苏湖山和安徽芜湖居群间最大(0.252 1)。基于遗传距离的聚类分析结果表明:7个居群可分为2组,湖北保康居群单独成组,其他6个居群聚为另一组;来自同一居群的单株均聚在一起。研究结果提示:南苍术居群间的遗传多样性较低,居群间无明显的遗传分化。     

云南丽江山慈菇遗传多样性的DALP分析

采用DALP (Direct amplification of length polymorphism) 分子标记技术, 对产自云南的药用植物丽江山慈菇Iphigenia indica (L.) Kunth的9个居群进行DNA指纹检测。筛选出5个引物组合, 扩增共产生131条DNA片段, 其中104 条谱带具有遗传多态性, 约占79 39%, 平均每组引物扩增所得多态条带为20 8, 9个居群平均多态百分率为42 21%。9个居群平均观察等位基因数Na为1 4224, 总Na为1 7939; 平均有效等位基因数Ne 为1 3141, 总Ne 为1 4810; 平均遗传多样性指数H为0 1745, 总H为0 2831; 平均Shannon 多样性指数I 为0 2527, 总I为0 4231; 总基因多样性Ht为0 2831, 居群内多样性Hs 为0 1745, 居群间基因分化系数Gst为0 3834, 即丽江山慈菇有61 66%的遗传变异来自居群内, 38 34%来自居群间, 居群间存在较高水平的遗传分化。滇西北居群的遗传多样性明显高于滇中居群的遗传多样性, 这与滇中地区丽江山慈菇野生资源被大规模挖掘有着直接的关系。     

Genetic variation and clonal diversity of Bromus ircutensis Kom. in the Otingdag sandy land detected by ISSR markers

Genetic variation and clonal diversity of nine populations of Bromus ircutensis Kom. from the Otingdag sandy land were investigated using Inter Simple Sequence Repeat (ISSR) markers. A total of 102 bands were amplified by using II ISSR primers chosen for the study. Among those 99% were polymorphic indicating high level of genetic variation at the species level with a mean genetic diversity (H) of 0.292 and Shannon information index (1) of 0.450. Percentage of polymorphic loci (PPL) of nine populations was 76.48% on average, which provides more evidence of considerable genetic variation at the population level. AMOVA analysis revealed that total genetic variation was higher within populations (87.06%) than between populations (12.94%), which is mainly the result of the extensive gene flow (Nm = 1.682) among B. ircutensis populations. UPGMA cluster analysis divided the nine populations into two groups. There was significant or moderate negative correlations between genetic diversity parameters (PPL, H, 1) and longitude or latitude. Mantel test also showed a significant correlation between geographical distance and genetic distance (r = 0.681, p = 0.002). Our findings indicated that distribution of B. ircutensis populations was influenced by geographical and ecological factors. Clonal diversity was also high with 108 individuals identified by 11 ISSR primers being all of different genets. Our results provide a molecular basis for sustainable management and conservation ofB. ircutensis in the study area.     

A study of conservation genetics in Cupressus chengiana, an endangered endemic of China, using ISSR markers

ISSR markers were used to analyze the genetic diversity and genetic structure of eight natural populations of Cupressus chengiana in China. ISSR analysis using 10 primers was carried out on 92 different samples. At the species level, 136 polymorphic loci were detected. The percentage of polymorphic bands (PPB) was 99%. Genetic diversity (He) was 0.3120, effective number of alleles (Ae) was 1.5236, and Shannon's information index (I) was 0.4740. At the population level, PPB = 48%, Ae = 1.2774, He = 0.1631, and I = 0.2452. Genetic differentiation (Gst) detected by Nei's genetic diversity analysis suggested 48% occurred among populations. The partitioning of molecular variance by AMOVA analysis indicated significant genetic differentiation within populations (54%) and among populations (46%; P < 0.0003). The average number of individuals exchanged between populations per generation (Nm) was 0.5436. Samples from the same population clustered in the same population-specific cluster, and two groups of Sichuan and Gansu populations were distinguishable. A significantly positive correlation between genetic and geographic distance was detected (r = 0.6701). Human impacts were considered one of the main factors to cause the rarity of C. chengiana, and conservation strategies are suggested based on the genetic characters and field investigation, e.g., protection of wild populations, reestablishment of germplasm bank, and reintroduction of more genetic diversity.     

濒危植物华东黄杉种群遗传多样性ISSR分析

采用ISSR分子标记技术分析了5个华东黄杉居群的遗传多样性水平和居群遗传结构。用10个引物对5个居群共76个样品进行扩增,共得到76条清晰的扩增带,其中69个位点为多态性位点。在物种水平上,多态性百分率（PPB）为90.79%,Nei’s基因多样性指数（H）为0.3361,Shannon’s信息多样性指数（I）为0.4974。在居群水平上,多态性位点百分率在56.58%～85.53%之间,Nei’s基因多样性指数为0.2084～0.2675,Shannon’s信息多样性指数为0.2695～0.4076。物种和居群遗传多样性水平都较高,居群间产生了一定的遗传分化（Gst=0.2366,Φst=26.88%）。由UPGMA聚类分析可知,在5个居群中,湖南阳明山两支与浙江临安先聚为一支,再与安徽休宁聚为一支,最后与江西三清山聚合。鉴于华东黄杉生境的特殊性和人为大量的砍伐,华东黄杉的数量逐渐减少,建议在华东黄杉分布区建立自然保护区,对其生存空间进行长期、有效的保护。     

Molecular analyses of genetic variability in the populations of Bergenia ciliata in Indian Himalayan Region (IHR)

Bergenia ciliata is an important medicinal plant species of Indian Himalayan Region (IHR). Genetic variability and population genetic structure of B. ciliata sampled from IHR was studied using two single primer amplification reaction (SPAR) methods (DAMD: Directed Amplification of Minisatellite region DNA; ISSR: Inter Simple Sequence Repeats). To provide a reasonable scientific basis for management and conservation of B. ciliata populations in IHR, genetic diversity analysis of 11 populations with 24 SPAR markers (15 ISSR and 9 DAMD) revealed significantly high level of (90.03%) polymorphism at species level. However, genetic variability was low at population level and KUL and BWS populations showed maximum while SHM population revealed least genetic diversity among the 11 populations. Analysis of molecular variance revealed highest percentage of variation (73%) within populations, followed by 17% among populations and least (10%) among the Himalayan regions. Clustering pattern obtained from UPGMA dendrogram was supported by STRUCTURE and principal coordinate analysis, segregating all the 11 natural populations of B. ciliata into two genetic clusters: Eastern and Western Himalayan populations. The clustering patterns of all the three statistical methods indicated that populations of B. ciliata have structured in response to the local micro-climates of the habitats in IHR, and therefore, it can be concluded that genetic variability is in congruence with the geographical diversity.     

沿海岛屿与内陆藓类植物遗传多样性和分化的比较研究——以真藓(Bryum argenteum Hedw.)为例

基于11个内陆居群和32个岛屿居群的252份标本,采用ISSR分子标记技术对真藓（Bryum argenteum Hedw.）的遗传多样性进行了研究。结果显示：岛屿与内陆居群间的遗传多样性差异显著,岛屿居群间的分化程度（G_st=0.453）大于内陆居群（G_st=0.387）,岛屿居群的遗传分化与地理来源间存在极显著相关性（r=0.478,n=175,P<0.001）。地理隔离效应是导致岛屿居群间遗传分化的重要因素。岛内居群间的遗传分化水平较低,仅有29.4%~29.7%的遗传多样性存在于居群间。聚类分析表明,43个居群可划分为10大类群,真藓遗传关系受地理因素和生境异质性的影响,水域隔离影响了真藓繁殖体在岛屿间的传播。     

广西地不容种质资源的ISSR分析

采用简单序列重复区间扩增(ISSR)分子标记技术对广西地不容3个野生居群和1个引种居群共92个个体进行了遗传多样性研究。10个引物共扩增出61条带,其中60条具多态性,多态性位点百分率为98.36%。4个居群多态性百分率在73.77%～86.89%。Nei’s基因多样性指数(H)为0.3379,Shannon信息多样性指数(Ⅰ)为0.5055。3个野生居群Nei’s遗传分化系数(Gst)表明:83.87%遗传变异分布在居群内,16.13%的遗传变异分布在居群间。引种居群与3个野生居群间的遗传一致度达0.8846。引种居群有效地保护了广西地不容的遗传多样性。     

中国卵叶海桑遗传多样性的ISSR研究

卵叶海桑 (Sonneratiaovata)是海桑科濒危红树植物 ,在我国仅分布于海南文昌清澜自然保护区内。采用简单序列重复区间扩增 (ISSR)分子标记技术对该天然居群和东寨港红树林自然保护区引种的人工居群共 3个居群 3 9个个体进行了遗传变异分析。 1 1个引物共扩增出 1 85条带 ,其中 1 2 7条具多态性 ,多态位点百分率为 68.65 %。在居群水平上相对较低 ,多态位点百分率 3 6.76%～ 5 4.5 9% ,平均值为 47.2 1 %。Nei的基因多样性、Shannon信息指数在物种水平上分别为 0 .1 41 1和 0 .2 2 92 ;在居群水平上平均值分别为 0 .1 2 0 9和0 .1 91 0。Nei的遗传分化系数Gst表明 :87.5 8%遗传变异分布在居群内 ,1 2 .42 %的遗传变异分布在居群间。居群间的遗传一致度达 0 .970 7。东寨港迁地保护的人工居群有效地保护了卵叶海桑的遗传多样性。     

迁地保护的金花茶遗传多样性评价

采用ISSR分子标记技术对迁地保护的金花茶3个人工栽培居群进行遗传多样性分析。揭示了迁地保护金花茶的遗传多样性水平和结构。11条引物共扩增出87条带,其中36条具有多态性,多态位点比例(P)为41.38%。单个居群的多态带百分率P从21.84%到25.29%,平均值为24.14%。在物种水平上,期望杂合度和Shannon信息指数分别为0.1525和0.2273;在居群水平上:期望杂合度和Shannon信息指数分别为0.1069和0.1528。通过与野生居群遗传参数比较,表明该种质圃基本有效地保护金花茶的遗传多样性总水平。遗传分化系数为0.2990。表明迁地保护金花茶遗传变异发生在居群内的个体间占70.10%、29.90%的遗传变异发生在居群间。     

沿海岛屿与内陆藓类植物遗传多样性和分化的比较研究——以真藓(Bryum argenteum Hedw.)为例

基于11个内陆居群和32个岛屿居群的252份标本,采用ISSR分子标记技术对真藓( Bryum argenteum Hedw.)的遗传多样性进行了研究。结果显示:岛屿与内陆居群间的遗传多样性差异显著,岛屿居群间的分化程度( G st = 0. 453)大于内陆居群( G st = 0. 387),岛屿居群的遗传分化与地理来源间存在极显著相关性( r = 0. 478, n = 175, P < 0. 001)。地理隔离效应是导致岛屿居群间遗传分化的重要因素。岛内居群间的遗传分化水平较低,仅有29. 4%~ 29. 7%的遗传多样性存在于居群间。聚类分析表明,43个居群可划分为10大类群,真藓遗传关系受地理因素和生境异质性的影响,水域隔离影响了真藓繁殖体在岛屿间的传播。     

邓氏马先蒿遗传多样性的ISSR分析

运用ISSR-PCR分子标记技术对邓氏马先蒿(Pedicularis dunniana)云南中甸以及四川木格措两个自然居群的遗传分化以及遗传多样性进行研究。结果表明:物种水平上邓氏马先蒿遗传多样性水平较高(PPB=62%),但居群平均水平很低,云南中甸居群多态性位点百分率只有23%。四川居群也仅仅是27%,AMOVA分析结果表明,居群间基因分化系数Fst=0.7462,即遗传变异绝大部分来源于两居群间,居群间表现出强烈的遗传分化。自交的交配方式以及小居群产生的遗传漂变效可能是造成邓氏马先蒿目前遗传结构的主要原因。