水稻条纹病毒胁迫下灰飞虱基因的差异表达

水稻条纹病毒(rice stripe virus, RSV)主要由介体昆虫灰飞虱Laodelphax striatellus以循回增殖型方式经卵传播, 目前RSV与灰飞虱间的互作研究很少。为了研究RSV侵染对灰飞虱基因表达的影响, 采用5条随机引物和3条锚定引物, 利用mRNA差异显示(differential display RT-PCR, DDRT-PCR)技术分析了带毒和无毒灰飞虱种群基因表达差异。且利用正交实验优化了DDRT-PCR反应体系中的模板浓度、锚定引物浓度、随机引物浓度、dNTPs浓度、镁离子浓度及Taq酶用量。结果表明: 最佳DDRT-PCR体系(25 μL)为cDNA 3.0 μg, 随机引物2.0 μmol/L, 锚定引物2.5 μmol/L, dNTPs 200 μmol/L, Mg²⁺ 2.0 μmol/L, Taq 酶2.0 U。mRNA差异显示共获得35条差异片段, 选取其中6条经RNA斑点杂交验证, 获得了4条阳性差异片段。其中3条阳性片段为带毒灰飞虱种群特异表达, 分别与5-羟色胺受体1D、 旋转酶B、 60S核蛋白L40高度同源, 无毒灰飞虱种群中特异表达的一条阳性片段在NCBI核酸数据库中比对无同源序列。DDRT-PCR优化体系的建立及部分差异片段的获得为进一步研究灰飞虱与RSV间的互作提供了帮助。     

差异显示反转录PCR技术研究进展

分析一对细胞或组织在不同状态下基因表达的差异,已成为分子生物学研究领域的热点之一.近年来,用于识别差异表达基因的方法已发展起来多种.DDRT-PCR是近年来较为广泛应用的一种技术.理论上,DDRT-PCR技术比较简单,但实施起来却存在着假阳性率高,凝胶中单条cDNA带成分不均一, 所获cDNA仅代表着mRNA 3′UT区(约300 bp)以及一些低拷贝数mRNA不能有效被呈现等问题.对DDRT-PCR技术的改良也主要集中在解决这些问题方面.     

基因工程

941288用改进的显示技术(DDRT-PCR)鉴别不同表达的mRNA种类[英]/Bauer,D. …∥NucleicAcids Res.-1993,21(18).-4272～4280[译自DBA,1993,12(22),93-12586] 建立了一种改进方法,差异显示逆向转录PCR,用以广泛地展示表达的基因并检出不同细胞的表达差异。经优化该方法可快速有效地鉴别基因并采用了自动分析系统,应用泛围也扩大了。以     

限制性酶切片段差异显示及其应用

差异显示技术(DD)-PCR是一种研究基因表达差异的重要而应用广泛的方法,传统的差异显示法由于在PCR时采用Poly（T）引物和随机引物而导致较高的假阳性率和产物的近Poly(A)非编码区的大量扩增。改进后的限制性酶切片段差异显示技术(RFDD)-PCR采用ToqI酶切双链cDNA,连上特殊设计的接头,再用经特殊设计的特异性配对于接头的引物来扩增,因此能重点扩增编码区并能极大地消除假阳性率。由于扩增时引物就带有荧光或放射性核素标记,还使得差异显示条带的检测更为方便、灵敏。本简要介绍了该法的原理、步骤、应用及其优缺点。     

星星草RAPD-PCR反应体系建立与优化

目的:寻找一个可用于星星草(Puccinellia tenuiflora(Griseb.)Scribn.et Merr)RAPD-PCR的最适宜的反应体系。方法:利用正交设计法对影响PCR扩增效果的一些因素诸如TaqDNA聚合酶的用量、Mg2 浓度、dNTP以及引物浓度等指标进行筛选和优化。然后,通过引物对该优化结果进行验证。结果:正交设计结果表明,最适宜的PCR反应条件:20μl PCR反应体系中包括10×buffer2μl、模板DNA20ng、dNTP1.6mmol/L、TaqDNA聚合酶0.35U、引物1.0mmol/L、Mg2 1.8mmol/L。验证结果表明,该体系扩增出的条带多且清晰。结论:该研究得出的体系是适合RAPD-PCR的最适宜的反应体系,为今后星星草遗传多样性的研究奠定了基础。     

原核细胞mRNA差异显示技术的引物设计

由于原核细胞mRNA3'端不存在ploy(A)结构,因而原核细胞DDRT-PCR引物设计不同于真核细胞。尽管不能根据oligo(dT)设计引物,但利用全基因中高度分散重复的短序列或回文序列却能有效克服mRNA分子结构的影响,最大限度地扩增全长cDNA;并且这2种引物设计方法还可以提高RNA指纹图谱的重复性,降低反应的假阳性,从而为原核细胞DDRT-PCR引物设计提供新的思路。     

CYP2C19基因多态性PCR扩增体系的正交优化与验证

本实验通过建立CYP2C19*2、*3和*17基因多态性PCR反应体系和条件,筛选出4μL体系中各因素最佳水平。采用SNaPshot技术对CYP2C19基因3个SNP位点*2、*3和*17同时进行复合扩增检测,利用L9(34)正交实验设计,对影响PCR反应体系和条件的3个因素(PCR Mix, Taq DNA聚合酶,循环次数)在3个水平上进行优化,结果采用综合评分法和极差分析法进行分析。用3组已知样本对正交优化所得条件进行重复性和稳定性验证。结果表明CYP2C19*2、*3和*17基因PCR扩增体系的影响因素依次为:PCR Mix>循环数>Taq DNA聚合酶。最佳反应体系为PCR Mix 2.0μL、Taq DNA聚合酶0.2μL、循环次数32次。3组样本验证效果满意。优化的CYP2C19*2、*3和*17基因PCR反应体系稳定性高,重复性和经济性较好,为该基因多态性的大规模调查奠定了基础。     

快速、有效筛选新的功能基因——差异显示技术

自 1 992年一种针对从特定细胞和组织类型的mRNA来源样品用PCR技术对其中的大量cDNA同时进行扩增和显示的实验方法 ,即差异显示 (DDRT PCR)被报道以来 ,尽管取得了不少成功的实例 ,但还是一个存在许多问题有待完善的实验方法 ;假阳性的问题便首当其冲。在前面的文章中 ,我们重点讨论了引物的选择、PCR条件的改进、凝胶电泳的条件、再扩增引物的选择等避免假阳性条带的产生 ,不容忽视地是在标记问题上也是避免假阳性的重要一环。     

运用多种策略改良差异显示PCR

目的：改进差异显示PCR技术,提高其在筛选差异表达基因方面的效率。方法：①采用单碱基金铆钉引物;②增加引物长度;③提高PCR反应的严谨性;④应用同步重复测序电泳。结果：减少经典方法的工作量,降低了非特异性和假阳性率。用改良技术研究热适应大鼠下丘脑基因的差异表达,发现了一个差异表达基因片段,斑点杂交证实为阳性片段。结论：改进后的差异显示PCR技术是一种研究基因差异表达从而发现新基因或基因新功能的有效方法。     

降低差异显示-PCR假阳性和提高重复性的几种策略

简要介绍了几种提高mRNA差异显示重复性和降低假阳性的策略. mRNA差异显示技术从建立时起就引起了科学家的广泛兴趣, 是克隆不同生理或病理过程中差异表达基因的一种高灵敏度、简单、有效的方法.但mRNA差异显示因其假阳性率高和重复性低,限制了其在生命科学中的应用.     

正交设计优化东亚砂藓DDRT-PCR反应体系

利用正交实验设计L25（5^6）对东亚砂藓（Racomitrium japonicum）DDRT—PCR反应体系的6因素（Mg^2＋、dNTP、锚定引物、随机引物、模板DNA、Taq酶）在5个水平上进行优化实验。结果筛选出各反应因素的最佳体系（20μL）为：Mg^2＋2．25mmol／L、dNTP0．4mmol／L、锚定引物1．0μmol／L、随机引物0．7μmol／L、模板DNA1．6μL、Taq酶2．5U。对东亚砂藓DDRT—PCR最佳反应体系进行梯度PCR引物退火温度筛选,得到的最佳退火温度为45．4℃。该优化体系的建立,为进一步进行东亚砂藓抗旱基因的筛选与克隆等一系列分子研究提供了重要参考依据。     

东亚砂藓取材部位对提取其总RNA及DDRT-PCR的影响

分别采用新鲜东亚砂藓植物体先端、基部及中部作为材料,采用改良的SDS法,提取及纯化三部分的总RNA。比较RNA产率、纯度及分析电泳图谱来确定适于东亚砂藓RNA分离的最佳部位。并运用mRNA差异显示方法比较了东亚砂藓不同部位的差异。实验结果显示,东亚砂藓植物体的先端适于其总RNA提取及mRNA差异显示的研究。     

花椰菜细胞质雄性不育系及保持系中特异序列的克隆、分析

以细胞质雄性不育花椰菜ogura-A和相应的保持系ogura-B为材料进行ISSR及DDRTPCR分析.选用30条ISSR引物,经扩增共产生306条清晰可辨的条带.每条引物可产生6-12条带,其中引物ISSR3在两系中呈现多态性扩增,在保持系中特异扩增出一条1100 bp的片段,序列分析表明该片段与油菜、拟南芥线粒体基因组的部分序列高度相似.推测其可能来源于花椰菜线粒体基因组.在DDRT-PCR分析中,选用3条锚定引物、15条随机引物进行组合,最终共获得1 122条大小在1 000-50 bp的带.经反向Northern杂交验证只有4条带特异的存在于两系中,分别命名为ogura-A205、ogura-A383、ogura-B307、ogura-B352.其中ogura-A205、ogura-A 383只在细胞质雄性不育系中表达,而ogura-B307、ogura-B352在保持系中呈现特异性表达,分析表明四个差异序列均为首次报道.其中ogura-A205、ogura-B307至今尚未发现与之相似的序列,有待于进一步研究;ogura-A383、ogura-352与报道的拟南芥、大白菜等的叶绿体基因的一些片段具较高相似性,推测ogura-A33、ogura-B352搅可能来源于花椰菜叶绿体基因组.以上结果为进一步阐明花椰菜细胞质雄性不育及育性保持的分子机制提供了新线索.