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相似文献
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1.
四川省小麦条锈菌群体遗传多样性的SSR分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
利用TP-M13-SSR自动荧光检测技术,对四川省小麦条锈菌群体遗传多样性水平进行了分析。研究结果表明,四川省小麦条锈菌群体遗传多样性比较丰富,地区之间存在明显的差异,川西北和四川盆地的种群遗传多样性相对较高,而四川西南部和四川东南部的种群遗传多样性较低。四川小麦条锈菌群体存在一定的遗传分化,地区间的遗传变异仅占14.92%,群体间的遗传变异占总变异的23.06%,群体内遗传变异占60.02%,遗传变异主要存在于群体内部。基因流和共享基因型从分子水平证实了四川小麦条锈菌在地区间的传播,且川西北和四川盆地之间的菌源交流最为广泛。  相似文献   

2.
小麦条锈病是世界范围内小麦上最重要的流行性病害之一,可造成严重的产量损失。陇南地区是我国小麦条锈菌主要越夏易变区和新小种发源地,了解该地区不同海拔高度区域内条锈菌遗传多样性有重要意义。本研究采用TP-M13-SSR荧光标记技术对11个种群330个小麦条锈菌分离株基因组DNA进行了SSR标记分析。不同海拔区域的条锈菌遗传多样性有明显的差异,高山区的遗传多样性比较丰富,半山区次之,川道区相对比较低。不同生态区域内,小麦条锈菌群体遗传分化程度不同,高山区和半山区遗传分化程度大,基因流小,川道区群体遗传分化程度比较小,基因流大。来自不同海拔区域的菌系具有相同的基因型,这一结果从分子水平证明了在陇南地区小麦条锈菌在山区与川地之间存在广泛的菌源交流,可就地完成周年循环。  相似文献   

3.
隐匿柄锈菌(小麦叶锈病菌)UP-PCR遗传多样性分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
小麦叶锈病是世界麦区普遍发生的病害。以2008年采集于河北省的29个隐匿柄锈菌(小麦叶锈病菌)单孢子堆分离菌系为试验材料,利用39个小麦抗叶锈近等(单)基因系和7个UP-PCR(Universally Primed PCR)引物对其进行毒性多态性和分子多态性分析。7个UP-PCR引物共检测出48条条带,其中多态性条带41条,多态性百分率为85.42%,表明UP-PCR在隐匿柄锈菌中扩增多态性较高;经聚类分析,遗传相似系数为0.69–0.90,在相似系数0.72处,29个叶锈菌株聚为6组,体现了隐匿柄锈菌菌株间的亲缘关系和差异性,表明UP-PCR技术可用于小麦叶锈病菌群体遗传多样性研究。在物种水平上,隐匿柄锈菌观察等位基因数(Na)为1.85,有效等位基因数(Ne)为1.29,Nei’s基因多样性指数(H)为0.19,Shannon信息指数(I)为0.31,多态位点百分率(P)为85.42%,表明隐匿柄锈菌遗传多样性丰富,其中沧州的群体遗传多样性水平最高,群体内多样性大于群体间多样性。聚类分析表明沧州和石家庄的病菌群体亲缘关系最近,邢台与石家庄的群体亲缘关系最远。隐匿柄锈菌UP-PCR多态性与毒性多态性间无明显相关性,且两者均与地理来源无相关性。  相似文献   

4.
为探究新疆塔里木河叶尔羌高原鳅(Triplophysa yarkandensis)遗传多样性现状, 研究基于线粒体Cytb和D-loop序列对塔里木河两条支流(车尔臣河和渭干河)的8个地理群体进行了遗传学多样性和遗传结构分析。结果显示, 基于Cytb和D-loop序列分别获得了41和51个单倍型, 单倍型多样性指数/核苷酸多样性指数分别为0.9247±0.0124/0.9776±0.0032和0.0065±0.0034/0.0115±0.0058, 表明各群体的遗传多样性水平均较高。AMOVA结果显示, 遗传变异主要来自群体内部(Cytb Fst=96.57%; D-loop Fst=95.25%), 仅有3.43%(Cytb)和4.75%(D-loop)来自群体间; 各群体间的遗传距离值小, 遗传分化指数Fst值低, 属于弱分化水平。基于样本构建的系统发育树和单倍型构建的网络进化图均显示, 各群体的样本没能形成明显的地理聚群和谱系结构。虽然两支流群体间存在潜在的遗传障碍, 并发生了一定的遗传分化, 但其遗传距离值只在0.05附近(Cytb, Fct=0.0540; D-loop, Fct=0.0471)。种群历史动态分析结果表明, 叶尔羌高原鳅种群相对稳定, 未经历过明显的扩张。综合上述结果, 塔里木河叶尔羌高原鳅群体遗传多样性水平较高, 但是遗传分化主要来源于群体内部, 群体间有明显的基因交流, 建议将其作为一个保护管理单元进行保护。研究为叶尔羌高原鳅种质资源开发利用、制定合理的保护措施提供了基础数据。  相似文献   

5.
华重楼灰霉病在湖北和湖南两省多有发生,已对华重楼药材生产构成了严重威胁。为明确该病菌的遗传多样性水平,本研究对分离自两省10个地区的92株华重楼灰霉病菌进行了rDNA-ITS分子鉴定,同时采用SSR-PCR技术进行了遗传多样性分析。rDNA-ITS分子鉴定结果表明92株病原菌均为灰葡萄孢Botrytis cinerea,ITS系统发育树可初步显示其遗传多样性丰富。SSR-PCR多样性分析结果表明,应用9对SSR引物共检测出109个等位基因位点,等位基因和有效等位基因平均值分别为12和3.6589,香农指数和多态信息含量平均值分别为1.5048和0.6196。10个群体各自有效等位基因在1.622-3.971之间;香农指数在0.527-1.582之间;观测杂合度在0.148-0.593之间;期望杂合度在0.321-0.708之间。Nei遗传距离为0.15时,UPGMA聚类树可将92株病菌划分为4个类群。群体间基因流值为0.19-4.67,遗传分化值为0.047-0.638,群体遗传同一性和遗传距离范围值分别为0.1531-0.9679和0.0327-1.8766。综上所述,湖北和湖南两省华重楼灰霉病菌群体存在明显的遗传多样性,这为湖北和湖南两省区华重楼灰霉病的科学防治提供了理论依据。  相似文献   

6.
中国野生大豆的遗传多样性和生态特异性分析   总被引:10,自引:0,他引:10  
野生大豆(Glycine soja)是栽培大豆的祖先,为东亚特有种,大部分分布在中国。我们采用52对SSR引物和10个植物学性状,以遗传丰富度和Simpson多样性指数为指标,对来自中国3个地理生态区域涉及24个省区的196份野生大豆所构成的代表性样本的遗传变异进行了研究,以期从分子水平和表型水平两个层面上揭示中国野生大豆遗传多样性和地理生态特异性。结果表明:中国野生大豆群体SSR位点的等位基因平均丰富度(NA)和平均Simpson多样性指数(H)分别为16.1和0.852,高于栽培大豆(NA=11.4,H=0.773),野生群体的遗传多样性明显高于栽培群体。3个地理生态群体中南方群体多样性最高(NA=12.9,H=0.842),黄淮海群体最低(NA=11.4,H=0.805),东北群体居中(NA=12.5,H=0.834)。群体间存在遗传分化,不同群体具有不同的特异等位基因,位点AW132402(A2连锁群)、Satt522(F)、satt150(M)、Sat_332(D1a)、Satt046(K)、sct_190(K)等的一些等位基因只在特定群体出现,表现出群体分化后的生态特异性。中国野生大豆植物学性状的群体变异丰富,平均Simpson多样性指数为0.710。地理群体间存在分化,最明显的是生育期性状的分化,反映了地理、光照和温度等生态因子的选择作用,其中南方地理群体多样性最高(H=0.671)。SSR分子标记和植物学性状所获结果相对一致,表明中国野生大豆地理群体间性状分化有其遗传分化的基础。  相似文献   

7.
不同种源马尾松ISSR遗传结构及影响因素分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
杜明凤  丁贵杰 《广西植物》2016,36(9):1068-1075
应用ISSR分子标记技术,对来自广西、贵州3个种源的马尾松开展遗传多样性、遗传结构及遗传距离等研究。结果表明:从100条引物中筛选出12条引物,共扩增出92个条带,86条具有多态性。 POPGENE分析显示:马尾松群体水平上的Nei’ s基因多样性指数的变化范围为0.1824~0.2065,Shannon遗传多样性指数的变化范围为0.2818~0.3178,3个群体的多态性水平差异不大;物种水平上的多态性百分率为93.48%, Nei’ s基因多样性指数为0.2842,Shannon信息指数为0.4381;表明马尾松在物种水平上具有较高水平的遗传多样性。遗传结构分析显示:马尾松的基因分化系数( Gst)为0.3153,表明遗传变异主要来源于群体内;基因流Nm为1.0853,表明不同群体间存在一定的基因流动。 AMOVA分析显示:马尾松的遗传分化指数( Fst)为0.246( P=0.001),表明群体间已出现明显的遗传分化。 UPGMA聚类和Mantel检测结果显示:每个群体内的个体均能很好地首先聚集为一个分支,群体间的遗传距离与地理距离之间存在显著相关性( r=0.972, P=0.001)。这说明马尾松在裸子植物界中具有较高水平的遗传多样性,遗传变异主要分布于群体内,群体间已出现了明显的遗传分化,这种分化并非由遗传漂变引起,可能与地理生境的差异有关。  相似文献   

8.
短沟对虾两个野生群体遗传多样性的RAPD分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
谭树华  王桂忠  林琼武  李少菁 《生态学报》2006,26(11):3907-3911
利用RAPD标记技术检测了厦门和汕头沿海2个短沟对虾群体基因组DNA的多态性,并对其遗传多样性进行了分析。从40条随机引物中筛选出13个10bp引物。共扩增出65条清晰可重复的DNA片段,片断长度为100—2200bp,在2个群体间没有检测到特异的片段。厦门和汕头群体的多态片段比例分别为87.69%和89.23%,杂合度分别为0.212和0.218,遗传多样性指数分别为0.2847和0.2913,两群体间的遗传距离为0.018,FST值为0.004。可见两野生群体种质资源仍然维持在良好水平,遗传分化程度很低,可能是同一种群,具有进一步开发的潜力。  相似文献   

9.
该研究基于ITS序列对栽培中国樱桃[Cerasus pseudocerasus(Lindl.)G.Don]18个群体共154个个体的遗传多样性及其群体遗传结构进行了分析,以期从DNA序列水平上揭示栽培中国樱桃种质资源的遗传背景,为保护和利用中国樱桃种质资源提供理论依据。结果表明:(1)154条ITS序列比对后共定义了11个单倍型,表现出较低的遗传多样性(h=0.559 0,π=0.001 2),群体间遗传多样性也表现出较大差异(h=0~0.905 0,π=0~0.006 1)。(2)群体分析显示,群体间遗传分化水平较低(FST=0.140 0),只有14%的遗传变异来自群体间,而86%的遗传变异来自群体内部。研究认为,栽培中国樱桃在驯化过程中所产生的奠基者效应以及瓶颈效应可能是导致群体遗传多样性丢失的主要原因,而较长的世代周期及较短的分化时间可能导致了群体间低的遗传分化;因此,对栽培中国樱桃种质应采取就地保护策略;若需迁地保护种质建议减少采样群体数而增加群体内个体数量的采样策略。  相似文献   

10.
陈涛  王小蓉  罗华  王春涛  张家志  罗明敏 《遗传》2012,(11):1491-1499
中国樱桃(Cerasus pseudocerasus Lindl.)是我国古老的具有较高经济价值的栽培果树之一,个别性状突出的野生中国樱桃是对现有栽培品种进行遗传改良的重要资源。四川野生中国樱桃资源丰富,为了明确该地区野生中国樱桃群体的遗传多样性和遗传结构,文章对9个野生中国樱桃群体(其中7个分布四川,2个来自陕西和贵州)共145个个体的叶绿体基因间隔区trnQ-rps16序列进行了测定和分析。结果表明:9个群体145个个体的trnQ-rps16序列比对后共检测到13个多态位点,占位点总数的1.87%,其中3处碱基替换,10处插入/缺失。9个群体总的遗传多样性水平较低(h=0.562,π=0.00184),相对于其他地区的2个群体(h=0.733;π=0.00243),四川的7个群体表现出更低的遗传多样性水平(h=0.544;π=0.00203),且群体间的遗传多样性水平存在较大差异(h=0-0.708;π=0-0.00298),其中北川桃龙群体最高(h=0.708,π=0.00298),而峨眉群体最低(h=0.000,π=0.000)。群体内低的遗传多样性可能与群体的边缘性所产生的奠基者效应以及近期群体收缩和随机遗传漂变造成的瓶颈效应导致群体内遗传多样性丢失有关。此外,9个群体遗传分化水平较低,平均FST为0.21573。分析认为主要是由于野生中国樱桃较强的种子传播能力增加了群体间的基因流动而导致遗传分化不明显,也可能与野生中国樱桃较长的世代周期有关。针对上述研究结果,建议在资源保护中采取减少群体数目而加大群体内的个体数量的保护策略。  相似文献   

11.
小麦条锈菌条中31号生理小种SCAR检测标记的建立   总被引:11,自引:0,他引:11  
建立小麦条锈菌Pucciniastriiformisf.sp.tritici生理小种的快速分子检测技术对我国小麦条锈病的监测和防治策略的制定具有重要价值,本文首次报道了利用SCAR—PCR技术进行条锈菌生理小种分子检测的方法。通过对我国目前主要优势小种条中31号RAPD片段的规模筛选,在对特异片段回收、克隆、测序的基础上,设计特异PCR引物,成功获得了条中31号生理小种专化的SCAR检测标记。  相似文献   

12.
中国小麦条锈菌转主寄主小檗的鉴定   总被引:4,自引:0,他引:4  
用萌发的小麦条锈菌冬孢子接种采自陕西省境内的陕西小檗、少齿小檗和长穗小檗,3种小檗均产生了性孢子器和锈孢子器。用人工接种小麦条锈菌冬孢子在陕西小檗上产生的锈孢子器接种小麦铭贤169产生了典型的条锈菌夏孢子堆症状。特异性PCR和DNA序列分析表明,人工接种产生于小檗上的锈孢子、接种锈孢子于小麦上产生的夏孢子堆与小麦条锈菌DNA的ITS区序列完全一致。更为重要的是,用采自田间受锈菌侵染的小檗叶片产生的锈孢子接种小麦铭贤169,经培养在小麦铭贤169叶片上产生了典型的条锈病症状。从而证实,在自然条件下,在中国,小檗不仅可作为小麦条锈菌的转主寄主,而且小麦条锈菌可在小檗上完成其有性繁殖过程。这一发现对进一步揭示我国小麦条锈菌高度的群体遗传多样性与毒性变异机理、完善小麦条锈病的防治策略具有十分重要的理论和实际意义。  相似文献   

13.
This study investigated genetic polymorphism on a local scale in Puccinia striiformis f. sp. tritici populations during natural epidemics, in four fields located in northern France and sampled in 1998 or 1999. Two hundred and forty-seven isolates were analyzed for their amplified fragment length polymorphism (AFLP) pattern through four primer combinations, and 194 of them were also tested for their virulence factors. Only one or two pathotypes were found in each field, and all isolates had virulence v17, matching the recently introduced Yr17 resistance gene. Polymorphism on a field scale was low. Although 67 loci were polymorphic, 77% of the isolates had the same AFLP pattern, all other patterns being rare or unique. Analyses of the genetic distance between AFLP patterns based on the Jaccard index allowed us to define 12 groups, but a bootstrap analysis showed that all isolates could be assigned to a single clonal lineage. This leads us to conclude that P. striiformis f. sp. tritici populations are clonal on a field scale in northern France.  相似文献   

14.
Tan spot, a foliar disease of wheat, is caused by the fungus Pyrenophora tritici‐repentis. On susceptible wheat cultivars, P. tritici‐repentis induces two distinct symptoms: tan necrosis and extensive chlorosis. Presently isolates of P. tritici‐repentis are classified into 11 races based on their virulence on a set of wheat differential genotypes. In nature, this pathogen reproduces both sexually and asexually, but the extent of genetic variability in the P. tritici‐repentis population of western Canada is unknown. This study was conducted to assess the genetic variability among different isolates of P. tritici‐repentis and to determine if similarities among isolates are correlated with race classification or geographic origin of the isolates. Thirty‐three isolates of P. tritici‐repentis and one isolate each of P. teres f. sp. teres, P. teres f. sp. maculata, P. graminea, Helminthosporium sativum and an uncharacterized isolate were studied with 30 random amplified polymorphic DNA (RAPD) primers. Cluster analysis showed that all isolates had unique banding patterns and that clustering of isolates was independent of their race designation or geographic origin. Analysis of molecular variation (amova ) showed that 96.8% of variability occurred among isolates and among race variability accounted for only 3.2% of the total variability.  相似文献   

15.
The effects of evolutionary processes in fungal pathogen populations may occur more rapidly and display larger effects in agricultural systems than in wild ecosystems because of human involvement by plant breeding and crop management. In this study, we analysed the rate of evolution in three lineages of a northwest European population of a biotrophic and asexual reproduced fungal pathogen, Puccinia striiformis f. sp. tritici, causing yellow rust on wheat. Pathogen samples were collected between 1975 and 2002 in the UK and Denmark, and assayed for 14 individual avirulence/virulence alleles and up to 234 amplified fragment length polymorphism (AFLP) primer pairs producing approximately 17,000 AFLP fragments. The large number of fragments and a targeted sampling of isolates allowed a reconstruction of phylogenies in great detail, i.e. no homoplasy and a representation of sequential, evolutionary steps by pathogen samples. A recent, phenotypic loss of avirulence was observed at least once for loci corresponding to P. striiformis f. sp. tritici resistance Yr2, Yr3, Yr4, Yr7, Yr9, and Yr15, whereas Avr6 and Avr17 were lost independently in all three lineages, corresponding to 16 events of loss of avirulence (emergence of virulence). The opposite process, restoration of avirulence, was observed for Yr9 and Yr32. An interpretation of phenotypic changes within lineages as independent mutation events resulted in mutation frequencies from 1.4x10(-6) to 4.1x10(-6) per AFLP fragment (locus) per generation, whereas the effective rate by which a mutation from avirulence to virulence was established in the pathogen population, when subject to selection by host resistance genes, was approximately three orders of magnitude faster.  相似文献   

16.
为了解陇南地区越夏自生麦苗上条形柄锈菌的毒性组成及群体遗传结构,将采自天水、陇南及定西的自生麦苗上的39个单孢子堆菌系采用中、美鉴别寄主毒性分析法和TP-M13-SSR荧光标记技术,进行毒性鉴定并对其基因组DNA进行SSR标记分析。结果显示:在中国鉴别寄主上供试菌系被区分为9个致病类型,在美国鉴别寄主上则得到24个毒性类型,在中美鉴别寄主上共得到30个毒性表型。通过中国鉴别寄主鉴定的CYR32、CYR33为优势小种,毒性比率分别达到35.9%和30.8%。SSR标记将这些菌系划分为36个基因型,毒性分析与SSR标记聚类分析分别将供试菌系聚类为6个类群,毒性数据与分子数据相关性低(r=0.043)。两种分析显示分别存在地理来源不同但毒性表型或分子基因型相同(相似性达100%)的菌系,并且Nm=2.59。上述结果表明自生麦苗上条形柄锈菌群体的表型和基因型多样性都非常丰富,群体间存在频繁基因交流,这为秋苗发病储备了较高多样性的菌源。可为小麦条锈病的综合治理及越夏区小麦品种抗性基因的合理布局提供理论依据。  相似文献   

17.
小麦抗条锈病近等基因系感染条锈病后丁布含量变化   总被引:1,自引:0,他引:1  
选用2套遗传背景不同的抗条锈病近等基因系作为供试寄主材料,研究了不同抗条锈病近等基因系丁布的含量及其在感病过程中丁布含量的动态变化.结果表明,在未受病菌侵染情况下,2套分别含有Yr2、Yr9和YrSpP基因的近等基因系(抗病系)与其轮回亲本Taichung 29、铭贤169(感病系)间丁布含量没有显著差异(P>0.05).接种条锈病菌后,感病系在病菌侵染初期丁布含量下降,而抗病系在病菌侵染初期丁布含量迅速大幅度上升.感染条锈病最终导致感病植株丁布含量比未接种的植株明显减少, 感病系的减少幅度明显高于抗病系.在整个病程中,抗病系丁布的含量始终高于感病系,表明接种条件下小麦植株体内丁布含量变化与小麦抗条锈近等基因系的抗性有关.  相似文献   

18.
小麦条锈菌CY32夏孢子萌发研究   总被引:3,自引:1,他引:2  
研究夏孢子萌发过程的分子机制对于从分子水平上理解条锈菌的侵染过程及其与寄主互作的关系具有重要的理论意义。本研究以小麦条锈菌Pucciniastriiformisf.sptritici32号生理小种(CY32)为材料,研究了用水培方法萌发夏孢子的适宜条件。结果显示,CY32夏孢子萌发的最适温度为9℃,最适宜的孢子量是6mg/200mL水,适宜的溶液是无菌蒸馏水。水化能促进夏孢子的萌发,新鲜夏孢子和干燥容器中放置2d的夏孢子经水化15h后,萌发率显著提高。此方法获得的萌发夏孢子提取的RNA可以满足cDNA文库构建和基因表达分析等分子生物学研究的要求,并为小麦条锈菌的分子生物学研究奠定了物质基础。  相似文献   

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