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1.  果蝇微小RNA及其在衰老过程中的作用  
   杨德英  廉婷  樊晓兰  李地艳  杨明耀《昆虫学报》,2015年第58卷第1期
   微小RNA(microRNA,miRNA)是一类长度在22 nt左右的内源非编码小RNA,广泛存在于动物、植物、病毒等多种有机体中,是机体正常衰老与疾病的重要调控因子.本文对果蝇不同生长时期miRNA的表达模式、主要衰老相关信号通路以及与衰老相关的miRNA进行了综述.在果蝇的不同发育时期均有特定的miRNA发挥重要作用,其表达模式与功能相关;miRNA参与了主要衰老分子信号通路的调控,如胰岛素/胰岛素样生长因子(IIS)通路和雷帕霉素靶蛋白(TOR)通路.研究表明,miRNA通过调控衰老相关信号通路中的靶基因,进而促进或延缓果蝇衰老,如miR-34,miR-8,miR-14,miR let7和miR-277等.因此,研究参与衰老调控的miRNA,为阐明衰老机制及抗衰老药物的设计奠定了基础.    

2.  miRNA-9基因家族进化分析及其靶基因预测  
   罗丹丹  罗玉萍  彭娟  李思光《细胞生物学杂志》,2011年第5期
   microRNAs(miRNA)是真核生物中一类长度约为21~25个核苷酸的非编码小分子RNA,在转录后水平调控基因的表达。该文在miRBase中搜索后生动物的mir-9基因序列。47个物种中共搜索到120条mir-9基因序列,说明mir-9基因家族广泛存在于不同物种中。基因定位显示86%的mir-9基因存在于基因间隔区(IGR),多序列比对发现miR-9基因家族成熟序列的第2位到第8位碱基以及第14位到第18位碱基为保守碱基。进化分析表明mir-9b和mir-9c可能是此基因家族最早出现的基因形式,即祖先基因。这些祖先基因经过串联重复、大片段重复、个别碱基的缺失及突变等方式形成了脊椎动物中miR-9-1至miR-9-7数个基因。分别采用四个miRNA靶基因预测软件对mmu-miR-9的靶基因进行预测,发现miR-9与神经系统发育、心肌系统疾病和跨膜运输系统等密切相关。该研究为今后进一步研究miRNA调控的神经系统发生和神经细胞生长与分化的机制奠定了基础。    

3.  微小RNA与细胞凋亡的研究进展  被引次数:1
   Guo L  Ding ZH《生理科学进展》,2007年第38卷第4期
   微小RNA(miRNAs)是最近发现的由18~24个核苷酸组成的RNA,通过对目标mRNA的抑制而发挥重要的调节作用。目前所有已研究的多细胞真核生物表明它们是通过miRNAs来调节细胞基本的生理功能,这些功能包括细胞的增殖、分化和死亡。本文讨论了miRNAs在调节细胞增殖和凋亡方面的功能:其中,抗凋亡的miRNAs有miR-17家族、miR-21、bantam和miR-14;促凋亡的miRNAs有let-7、miR-15a和miR-16。    

4.  生物信息学方法挖掘小麦中的microRNAs及其靶基因  被引次数:2
   韩友生  栾福磊  朱洪亮  邵毅  陈安均  卢承文  罗云波  朱本忠《中国科学C辑》,2009年第39卷第6期
   microRNAs(miRNAs)是最近发现的一种内源、非编码、长度约为21nt的小分子RNA,在转录后水平起调控基因表达的作用.先前的研究发现,植物中的miRNAs具有高度的保守性,这为在其他植物物种中通过同源比对发现保守的miRNAs提供了思路.本文利用EST和GSS分析法在小麦中预测miRNA及其靶基因.简单过程是,将其他植物物种中已经发现的miRNA与小麦的EST和GSS数据库比对,经过一系列的标准筛选、预测小麦miRNA.通过这一策略,本文共得到属于18个家族的37条小麦miRNA,其中有10条保守的miRNA是第一次被发现.发现miR395是一个非常特殊的家族,因为它的3个成员成簇的存在形式与动物miRNAs非常相似.本文还利用新发现的小麦miRNAs通过在线软件miRU与编码蛋白的数据库比对,总共预测到361个靶基因,其中一些靶基因参与到了小麦的生长发育、新陈代谢及抗逆过程.    

5.  番茄中与致病密切相关miRNA的挖掘及特性分析  
   孙广鑫  栾雨时  崔娟娟《遗传》,2014年第1期
   MicroRNAs(miRNAs)是一类在真核生物体内普遍存在的、长度约22nt的内源性非编码小分子RNA,它通过与靶mRNA的结合参与多种基因的表达调控。番茄作为一种重要的模式植物,其miRNA的研究近年来也取得了较大的进展。文章通过搜集已报道的文献和miRBase,找到番茄中34个miRNA的表达与致病相关,采用生物信息学方法预测它们的靶基因,利用Cytoscope软件构建miRNA及其靶基因的调控网络。从中筛选出13个与致病密切相关的miRNA,根据各miRNA之间关联性的大小及其与致病相关靶基因的多少,进一步选出miR169、miR482、miR5300、miR6024、miR6026和miR6027,并对其进行了靶基因功能分析、启动子分析及实时定量PCR验证,为全面深入研究miRNA的作用机制奠定了基础。    

6.  MiR-183基因簇对动物感觉器官功能和发育及肿瘤发生的调控  
   张群  罗艳  张士璀《中国生物化学与分子生物学报》,2012年第7期
   MicroRNAs(miRNAs)是一类长度约为22 nt的内源性非编码小RNA.它们在后生动物基因组中普遍存在,通过抑制靶基因mRNA的翻译或将其降解,在转录后水平调控基因的表达.越来越多的证据表明,miRNAs在动物发育和人类疾病发生中发挥重要作用.miR-183基因簇在后口动物和原口动物中高度保守,编码miR-182、miR-96和miR-183.miR-183基因簇在动物感觉器官中特异性表达,对动物感觉器官的发育和功能至关重要.miR-183基因簇还与人类的肺癌、肝癌、乳腺癌、胰腺癌和黑色素瘤等多种癌症相关.miR-183基因簇在多种肿瘤细胞中异常表达,它们通过调控与肿瘤细胞分裂和死亡相关基因,而起到促进或抑制肿瘤发生的作用.本文对miR-183基因簇miRNAs在动物感觉器官功能和发育及人类肿瘤发生中的作用进行论述.    

7.  hsa-miR-1249和 hsa-miR-486-5p 与 II 型糖尿病的相关性研究  
   聂培培  宫雅南《激光生物学报》,2016年第3期
   microRNAs(miRNAs)是一类普遍存在于真核细胞的非编码小分子 RNA,通常在转录后水平抑制靶基因的表达。miRNA 表达失调与许多疾病相关,如 II 型糖尿病(T2D)。II 型糖尿病是一种复杂的疾病,显著特征是高血糖。近年来的研究表明,miRNA 在 II 型糖尿病的发生发展中扮演着不同的角色。本研究通过 miRNA 微阵列芯片和实时荧光定量 PCR 的方法,发现 hsa-miR-1249和 hsa-miR-486-5p 在 II 型糖尿病患者血浆中较之于正常对照组表达显著降低,显示了 hsa-miR-1249和 hsa-miR-486-5p 可能在 II 型糖尿病的发病过程中起着重要的作用。本研究揭示了 hsa-miR-1249和 hsa-miR-486-5p 有可能成为 II 型糖尿病的新的诊断标志物和治疗靶标。    

8.  鸡mir-17-92基因簇的结构、功能及其调控  
   闫晓红  王志鹏  王宁《动物学研究》,2012年第33卷第5期
   mir-17-92基因簇(mir-17-92 cluster)是脊椎动物的一个保守miRNA基因簇,在哺乳动物细胞增殖、分化、凋亡及发育等多种生物学过程中起重要的调控作用.同时,mir- 17-92基因簇又是一个癌基因,在多种肿瘤中表达.尽管对mir-17-92基因簇的研究非常广泛,但其作用机制还不完全清楚.鸡mir- 17-92基因簇的结构组成特点、功能及其作用机制尚未见研究报道.该文根据同一miRNA基因簇的miRNAs在功能上相关的特点,以鸡mir- 17-92基因簇序列为研究对象,采用生物信息学研究方法和手段,开展了鸡mir- 17-92基因簇的基因组结构、miRNAs序列组成、靶生物学过程和信号通路以及miRNAs结合位点分布特点等分析研究.结果发现,鸡mir- 17-92基因簇调控MAPK、Wnt和TGF-β等多个重要细胞信号通路;miRNA结合位点分布分析显示,该miRNA基因簇多个成员共同作用于同一个靶基因,提示该基因簇的miRNAs成员以组合和协同的方式调控靶基因.该研究为深入了解mir-17-92基因簇如何调控癌症和发育中的关键细胞过程奠定了基础.    

9.  MicroRNA在昆虫变态及生殖过程中的调控作用  
   赵连丰  宋佳晟  周树堂《昆虫学报》,2015年第58卷第1期
   MicroRNA(miRNA)是一类广泛存在于真核生物中的小分子非编码RNA,通过抑制靶基因的翻译过程或降解靶基因的mRNA,在转录后水平上调控基因表达.在昆虫中已报道了大量的miRNA,其中部分miRNA的功能得到了解析.在昆虫变态过程中,let-7,miR-100,miR-125,miR-34,miR-14,miR-8,miR-281和miR-252-3p能够作用于保幼激素或蜕皮激素信号通路,影响昆虫蜕皮、化蛹或翅、足及神经系统的发育.在昆虫生殖阶段,bantam,miR-184和miR-275影响生殖干细胞的分化或卵子发生.本文在介绍miRNA生物合成和作用机制的基础上,重点对昆虫变态与生殖过程中miRNA的最新研究进展进行综述.    

10.  调节猪TNF-α表达的miRNAs鉴定  
   李虹仪  习欠云  张永亮《中国生物工程杂志》,2014年第10期
   肿瘤坏死因子α(TNF-α)是脂肪细胞的分泌产物之一,在脂肪中行使着复杂的调节功能,为了研究猪脂肪组织中TNF-α的表达受到哪些miRNA的调控,从猪脂肪组织基因组中获得猪TNF-α3'端非翻译区(UTR)序列,与荧光素酶质粒PGL3-control连接构建猪TNF-α的萤光素酶表达质粒PGL3-TNF-α3'UTR。生物信息学预测miR-19a,miR-124,miR-130a,miR-301,miR-506等miRNAs均靶向猪TNF-α,将这些miRNA分别与PGL3-TNF-α3'UTR质粒共转到细胞中,以乱序序列作为阴性对照(NC),检测miRNA对质粒荧光素酶活性的作用。结果发现miR-19a,miR-124和miR-130a均能够显著抑制萤光素酶的活性(P0.01),为了验证这3个miRNA是否通过各自种子序列起调控作用,突变了PGL3-TNF-α3'UTR中这3个miRNA种子序列的结合位点,结果发现miRNAs对突变质粒中的荧光素酶均无明显抑制作用(P0.05)。结果证明,miR-19a,miR-124和miR-130a与猪TNF-α均有直接的靶向关系并通过各自种子序列抑制TNF-α的表达。    

11.  miR-290家簇在小鼠胚胎干细胞中的表达与调控功能  
   龚自珍  赵波涛  马中良  金由辛《生命的化学》,2012年第5期
   微RNA(microRNA,miRNA)是一类约22nt的非编码小分子RNA,主要在转录后水平负调控基因表达,其在生物发商、疾病、肿瘤中行使着重要调控作用。胚胎干细胞(embryonic stem cell,ESC)具有发育的全能性,能分化出成体动物的所有组织和器官。研究和利用ESC是当前生物工程领域的热点之一。近年来,越来越多的研究表明,miRNA在ESC的自我更新、分化、命运决定等方面行使着重要的调控作用。其中,miR-290家簇是在鼠科动物ESC中特异且高表达的miRNA。本文综述了miR-290家簇在ESC中的表达、功能及其分子调控网络方面的研究进展。    

12.  调节小鼠胰腺发育中Ptf1a基因表达的microRNAs的鉴定研究  
   安洋  杨艳坤  高飞  朱宽钰  慕谭伟  滕春波《生物化学与生物物理进展》,2009年第36卷第12期
   Ptf1a,又名p48,是Ptf1转录因子的一个亚基,为胰腺命运决定与细胞分化必需的转录因子.最近研究发现,Ptf1a表达的丰度变化与发育中胰腺细胞生长、分化和胰岛?茁细胞数量密切相关.然而,胰腺细胞中Ptf1a的表达调节机制还不清楚.MicroRNAs(miRNAs)是一类约22nt的非编码小RNA,它们通过切割靶mRNA或抑制靶mRNA的翻译调节基因的表达.一些研究提示,miRNAs参与调控胰腺发育的多个过程.因而推测,miRNAs可能在胰腺发育中参与调控Ptf1a的表达变化.为了验证这一假设,结合两个靶基因预测算法的结果,获得4个可能调控Ptf1a表达的miRNAs.随后,利用双荧光素酶报告系统研究发现,预测得到miRNAs中的miR-18a,miR-145 和miR-495能通过结合到小鼠Ptf1a mRNA的3′UTR而有效抑制其表达.还利用qRT-PCR和免疫荧光染色实验研究了miR-18a、miR-145和miR-495与Ptf1a在小鼠胰腺发育过程中的表达模式.结果表明,miR-18a,miR-145和miR-495与Ptf1a mRNA及蛋白质的表达成负相关,进一步说明miR-18a, miR-145和miR-495可能在小鼠胰腺发育中调节Ptf1a的表达.    

13.  成骨不全症血清中骨相关microRNAs的初步筛查  
   王子强  鲁艳芹  任秀智  王延宙  李志良  徐超  韩金祥《生物工程学报》,2012年第28卷第10期
   旨在初步筛选出成骨不全症(Osteogenesis imperfecta,OI)患者血清中差异表达的骨相关microRNAs(miRNAs),通过探讨其在该疾病中的可能作用,为进一步研究成骨相关miRNA的功能及miRNA在成骨不全症诊断中的应用奠定基础。首先用geNorm和NormFinder等程序挑选出适于血清miRNAs定量检测的内参基因,然后利用实时荧光定量PCR技术对miRanda,Targetscan和Pictar软件以及文献报道筛选出的骨形成相关miRNAs进行定量检测,最后用配对t检验统计学方法筛查出差异表达的骨相关miRNAs。结果显示6个候选内参基因在不同年龄、性别和用药情况的成骨不全症患者和健康个体血清中的表达稳定性良好(表达稳定值M<1.5),后经标准化因子配对差异(Pairwise variations)分析确定最适内参数目为4个(配对差异值V4/5=0.133<0.15),分别是miR-16、Let-7a、snRNAU6、miR-92a。通过在16个成骨不全症患者以及8个健康对照个体的血清中进一步检测miR-16、Let-7a、snRNAU6和miR-92a,发现其表达稳定性依然良好(M<1.5)。对100余种骨相关miRNAs进行实时荧光定量检测,发现11种miRNAs在成骨不全症患者血清中有差异表达(P<0.05),并且生物信息学分析显示这些差异表达的miRNAs很可能在成骨不全症的发生发展中起重要作用。以上实验结果表明成骨不全症患者血清中存在多种差异表达的骨相关miRNAs,而且这些miRNAs很可能成为一种用于成骨不全症血清学检查及诊断的生物标志物。    

14.  MiR-26b是前列腺癌中的抑癌微RNA  
   Daguia Zambe John Clotaire  王蕴非  黄伟伟  赵飞  张斌  雷鸣《生物化学与生物物理进展》,2017年第44卷第6期
   microRNAs(又称miRNAs或miRs)是一类长度为19-24个核苷酸的单链非编码RNA分子。miRNA通过与其靶向的mRNA分子序列特异性互补配对,调节mRNA表达水平,抑制转录后的蛋白翻译。miRNA在肿瘤中既可作为致癌因子也可作为抑癌因。本研究前期已报道miR-26b在前列腺癌细胞系中低表达,并且抑制细胞自噬。本研究进一步全面揭示miR-26b对前列腺肿瘤细胞的作用。我们发现过表达miR-26b能够在体外抑制前列腺癌细胞的增殖和侵袭,并抑制裸鼠体内原位异种前列腺肿瘤的生长。为了探究miR-26b对前列腺癌细胞增殖和侵袭的潜在调控机制,我们进行了表达谱芯片鉴定miR-26b调控基因。表达谱芯片分析表明,在前列腺癌细胞系PC-3中过表达miR-26b后,显著上调的基因57个,显著下调的基因55个(变化倍数均大于2,且P值小于0.05)。差异基因的功能多与细胞增殖、凋亡调控、蛋白磷酸化和泛素化修饰调控过程相关,并且富集在多种信号通路中,例如TNF和TGF-β信号通路。在这些筛选出的基因中,CEACAM6表达水平下调2.17倍;序列分析及实验验证表明,CEACAM6的3’UTR区存在miR-26b的互补序列,是miR-26b的直接靶标。本研究证明了miR-26b能够靶向结合抑制CEACAM6的表达,从而抑制前列腺癌细胞在体外和体内的细胞增殖和侵袭活性,miR-26b是前列腺癌中的抑癌microRNA。    

15.  利用深度测序技术检测玉米根系和叶片中已知的microRNAs  被引次数:1
   Chen J  Lin HJ  Pan GT  Zhang ZM  Zhang B  Shen YO  Qin C  Zhang Q  Zhao MJ《遗传》,2010年第32卷第11期
   microRNA(miRNA)是一类具有20~24 nt核苷酸长度的非蛋白质编码的内源小分子RNA,它在植物生长发育和逆境胁迫响应等过程中发挥着重要作用.文章利用基于Illumina/Solexa原理的小分子RNA深度测序技术,结合生物信息学的方法对玉米根系和叶片中已知miRNA的类型,丰度及靶基因进行了分析.研究发现,在根系中共检测到92个已知的miRNA,分别属于18个miRNA家族,其表达丰度在1~105943之间;在叶片中,共发现86个已知的miRNA,分别属于17个miRNA家族,其表达丰度在1~85973之间.靶基因预测结果表明,根系中的18个miRNA家族共靶向54个蛋白,进一步的功能预测发现,这些基因涉及了转录调控,物质能量代谢、电子传递、胁迫响应和信号转导等过程.以上研究结果表明,就已知的miRNA而言,无论是miRNA的类型还是表达丰度,在玉米根系和叶片中都存在较大差异.    

16.  MiR-27靶基因的分析及鉴定  
   夏红飞  贺天柱  宋培培  崔熠  马旭《动物学杂志》,2010年第45卷第2期
   MicroRNAs(miRNAs)是一类约20~25nt的小分子核苷酸,在细胞内的多种生物学过程,如细胞增殖、凋亡、生长、分化和代谢等过程中具有重要的功能。已知miR-27在脂肪细胞和肌肉细胞的发育过程中起了重要作用,其在神经细胞中的表达调节至今仍不清楚。在本研究中,通过miRBase和TargetScan数据库分析了miR-27的靶基因,构建了miR-27的真核表达载体,改造了萤火虫荧光素酶和海肾荧光素酶报告载体,将miR-27的靶基因Bmi1的3′-UTR融合到报告载体中,转染神经胶质瘤细胞,利用双荧光素酶检测系统分析荧光素酶的活性。研究发现miR-27a和miR-27b共同的靶基因主要调节发育过程。MiR-27真核表达载体能产生成熟态的miR-27。MiR-27a、miR-27b或miR-27a和miR-27b联合与Bmi1的3′-UTR的正义序列共转染U343细胞能明显降低萤火虫荧光素酶的活性(分别P0.05,P0.05,P0.01),这提示了Bmi1可能为miR-27的靶基因。    

17.  解析MicroRNA参与疾病的机理  
   《基因组学与应用生物学》,2010年第29卷第4期
   MicroRNAs(miRNAs)是普遍存在的、调控基因表达的短非编码(≈22 nt)小分子调节RNAs,是由具有发夹结构的约70~90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成.1993年,miRNAs在秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)中首次被发现(Lee et al.,1993),人类基因组中编码超过1 000个miRNAs.其功能是调节特异性mRNA靶标活性,每一个miRNA可以抑制数百个mRNAs,在生理和病理过程中大范围内发挥重要作用(Kloosterman and Plasterk,2006;Stefani and Slack,2008).    

18.  miR126功能的多效性与先天性免疫  
   白玉  陆雯芸  韩凝  边红武  朱睦元《遗传》,2014年第7期
   MicroRNAs(miRNAs)是一种重要的转录后水平进行调控的非编码小分子RNA。目前已发现许多miRNAs参与细胞增殖、分化、发育及凋亡等复杂的生物进程,其中miR126是一种来源于Egfl7第7个内含子的保守型内含子miRNA,主要在哺乳动物的内皮细胞(Endothelial cells,ECs)及浆细胞样树突状细胞(Plasmacytoid dendritic cells,pDCs)内表达,参与血管的新生及癌细胞的增殖与迁移。最新的研究表明,miR126是迄今唯一参与先天性免疫平稳期病毒应答反应的miRNA,预示着miR126有可能成为治疗癌症及免疫缺陷病的靶标分子。文章综述了miR126在血管新生和癌症中的功能,并着重介绍了miR126与先天性免疫的关系。    

19.  动植物miRNA的生物合成、作用机理及其功能  
   龙茹  李玉花  徐启江《生命科学》,2007年第19卷第2期
   microRNAs(miRNAs)是生物体内源长度约为20—23个核苷酸的非编码小RNA,通过与靶mRNA的互补配对而在转录后水平上对基因的表达进行负调控,导致mRNA的降解或翻译抑制。到目前为止,已报道有几千种miRNA存在于动物、植物、真菌等多细胞真核生物中,进化上高度保守。在植物和动物中,miRNA虽然都是通过与其靶基因的相互作用来调节基因表达,进而调控生物体的生长发育,但miRNA执行这种调控作用的机理却不尽相同。同时miRNA在动植物体内的形成过程也存在很多的不同之处。本文综述了动植物miRNA的生物合成、作用机理、生物功能等方面的研究进展。    

20.  高通量miRNA活性谱检测发现BHK21细胞中miR-206高活性  
   田文洪  董小岩  王刚  郑刚  周庆璋  董哲岳  吴小兵《生物工程学报》,2013年第29卷第7期
   用我们建立的活细胞miRNA活性谱检测技术测定BHK21、HEK293和Vero三种肾来源细胞系中58种miRNA活性谱,发现miR-206在BHK21细胞中具有特征性高活性.鉴于miR-206是典型的横纹肌特征性miRNA,进一步以小鼠成肌细胞C2Cl2及人胚肾细胞HEK293为对照,检测了BHK21细胞中miR-206的活性及表达水平.之后,用马血清诱导培养BHK21细胞,检测诱导前后BHK21细胞中骨骼肌肌球蛋白重链(Slow skeletal myosin heavy chain,MHC)表达情况,miR-206活性和表达水平以及受miR-206负调控的Connexin43(Cx43)的表达水平.结果发现,miR-206在BHK21细胞中活性和表达水平都明显高于C2C12细胞;马血清诱导后,BHK21细胞中MHC表达水平升高,miR-206活性和表达水平都升高,而Cx43表达水平下降.结果提示BHK21细胞具有成肌细胞特性.本研究首次发现BHK21细胞中miR-206的高活性,从miRNA角度证实了BHK21细胞来源于肾间质细胞,而不是肾实质细胞.研究结果还提示BHK21细胞有可能作为一种体外模型用于miR-206的功能研究.    

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