首页 | 本学科首页   官方微博 | 高级检索  
相似文献
 共查询到19条相似文献,搜索用时 171 毫秒
1.
与泛肽途径可能相关的新基因UBAP1的克隆和表达分析   总被引:4,自引:1,他引:3  
在先前确定了鼻咽癌9p21-22区域的一个最小共同缺失区内的基础上,为了筛选和克隆鼻咽癌相关的修选抑瘤基因,应用EST介导的定位候选克隆策略,用RT-PCR及Northern杂交检测了22个表达序列标签(expressed sequence tag,EST)在鼻咽癌细胞株HNE-1和原代培养的正常鼻咽上皮细胞中的表达水平,发现其中一个EST w56112在鼻咽癌细胞株HNE-1中的表达显著下调,RNA印迹显示其代表一转录本为2.7kb的基因。进一步运用cDNA测序和RACE方法克隆了该EST代表的基因全长cDNA,Genbank登录呈AF222043,同时结合生物信息学方法克了该基因在小鼠中的同源基因,Genbank登录AF275549。该基因cDNA全长2.7kb,编码由502个氨基酸组成的、分子质量为55kD的蛋白质。数据库分析显示该基因编码的蛋白质羧基段含有两个重要的泛肽相关结构域(UBA domain),属于泛肽相关蛋白家族的一个新成员,因此征得国际人类基因组命名委员会同意,将其命名为UBAP1基因。运用Northern杂交和 RT-PCR方法检测发现UBAP1基因在所检测的人和小鼠的组织中广泛表达。采用RT-PCR和直接测序的方法,未能发现UBAP1基因编码区在鼻咽癌细胞株HNE-1和10例鼻咽癌活检标本中存在突变。UBAP1基因作为一个泛肽相关蛋白家族的新成员,有可能参与泛肽信号途径;结合其在9p的定位信息及在鼻咽癌中的表达下调。有等对UBAP1基因进行为精细的突变分析,以进一步研究其表达下调参与鼻咽癌发生发展的可能机制。  相似文献   

2.
 在染色体 9p2 1 2 2鼻咽癌杂合性丢失 (lossofheterozygosity,LOH)高频区 ,应用EST介导的定位 侯选克隆策略 ,用RT PCR及Northern杂交检测了 2 2个表达序列标记 (expressedsequencetag ,EST)在鼻咽癌细胞株HNE1和原代培养的正常鼻咽上皮细胞中的表达差异 ,并对其中一个在鼻咽癌细胞株HNE1中表达下调的EST检测了在鼻咽癌活检组织中的表达 .用生物信息学方法获得其全长cDNA序列 ,GenBank登录号AF2 2 2 0 4 3.该基因cDNA全长 2 70 1bp ,其开放阅读框 (openreadingframe ,ORF)编码一个含 50 2个氨基酸、分子量为 55kD的碱性蛋白质 ,在蛋白羧基端含有 2个连续的重要UBA功能域 (ubiquitinassociateddomain) ,属于遍在蛋白相关蛋白家族的一个新成员 ,经国际人类基因命名委员会同意 ,将其命名为UBAP1 (ubiquitinassociatedprotein 1 ) .Northern表达分析显示UBAP1在所检测的人组织中广泛表达 ,但在人的心脏、骨骼肌及肝脏中的表达较强 .UBAP1基因在63 2 % ( 1 2 1 9)的鼻咽癌活检组织中表达下调 .UBAP1基因作为一个遍在蛋白相关蛋白家族的新成员 ,结合其在 9p的重要定位信息 ,有必要进一步研究其表达下调参与鼻咽癌发生发展的可能机制 .  相似文献   

3.
 通过检索GenBank的表达序列标签 (EST)数据库并结合cDNA末端快速扩增法 (RACE) ,从小鼠胸腺克隆到一个新的cDNA序列 ,并从人类肝癌组织中克隆出了其同源cDNA .根据读码框架分析 ,这两个cDNA分别编码 541和 555个氨基酸的蛋白质 两个蛋白质之间氨基酸序列一致率为77% ,和已知蛋白无显著同源性 .分子生物学软件和网上分析表明 ,两个蛋白质所含功能序列与STAT家族成员极为相似 ,均含有包括酪氨酸蛋白激酶在内的多种蛋白激酶的磷酸化位点和核定位信号 (NLS) ,可能是一种新型转录因子 .RT PCR分析显示 ,两个基因在正常组织中选择性表达 ,其分布相似 ,而且都具有一定程度的与分化或增殖相关的趋势 .  相似文献   

4.
差别筛选HgCl2胁迫处理的菜豆(Phaseolus vulgaris L.)幼苗叶片cDNA库,分离出1个重金属胁迫响应基因PvSR52克隆,其cDNA长度为281bp。cDNA和氨基酸序列同源性分析表明PvSR52编码一种多聚泛肽。Southern blot结果表明菜豆泛肽可能由少数基因编码。Northern blot分析表明多聚泛肽叶片中表达较少;重金属Hg、Cd和As等、过量的Zn和Cu及高温、病毒侵染和水杨酸等环境胁迫均能强烈地刺激其在叶片中的表达。推测泛肽水解系统在提高植物的抗塑性方面有重要作用。  相似文献   

5.
SNF2家族新成员Ercc61的cDNA克隆与表达分析   总被引:3,自引:0,他引:3       下载免费PDF全文
SNF2家族蛋白在基因组复制、修复与表达中具有重要作用.报道了SNF2家族新成员Ercc61(excision repair crosscomplementing rodent repair deficiency,complementation group 6-like)的cDNA克隆、特性与表达分析.通过表达序列标签(EST)搜索和组装,获得了cDNA全长4002 bp的新基因Ercc6l(GenBank Acc.No AY172688),然后通过RT-PCR在小鼠胚胎心脏成功克隆了该基因.Ercc6l在小鼠基因组中由两个外显子和一个内含子组成,定位于X染色体,最大开放阅读框(ORF)编码一个含l 240个氨基酸的假定蛋白质.该假定蛋白质含有SNF2蛋白的8个保守基序(SNF2结构域).通过与SNF2家族各亚家族的成员进行多重比对,初步确认Ercc6l属于ERCC6亚家族成员.将Ercc6l编码区克隆到pEGFP-C3然后转染HeLa,3T3和B16细胞,融合蛋白主要定位于胞浆.BLAST搜索检索出69条小鼠EST与Erccol同源,这些EST主要来自胚胎和肿瘤组织.对小鼠不同发育时期的多种组织进行RT-PCR,发现Ercc6l在胚胎期强表达,出生产后表达显著下调.这些结果提示Ercc6l在胚胎发育和肿瘤发生中可能具有重要作用.  相似文献   

6.
小鼠睾丸特异表达基因TSEG-1的克隆及序列分析   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
从表达序列标签(expressed sequence tags, ESTs)数据库ZooDDD中获得小鼠正常睾丸表达的EST, 通过dbEST数据库检索出与其高度同源的EST序列, 构建EST叠加群(contigs), Biolign软件拼接, GeneScan软件预测contigs对应的基因组序列中的外显子、内含子; 针对开放阅读框设计引物序列, 采用RT-PCR从小鼠睾丸组织中克隆新基因的cDNA, 分析该基因在小鼠各脏器中的mRNA表达, 并对测序结果进行生物信息学分析。结果表明: 在小鼠X染色体的1 668~2 011 kb间克隆出一新基因TSEG-1, 全长为510 bp, 开放阅读框为336 bp, 编码111氨基酸, 分子量12.84258 kDa, 等电点11.4000。RT-PCR证实该基因开放阅读框正确, 在小鼠睾丸组织中特异性表达, 且与小鼠其他cDNA 无同源性, 获得GenBank 登录号EU079024。功能区分析发现TSEG-1蛋白可能为一种跨膜蛋白, 跨膜区位于第41~61氨基酸残基。TSEG-1基因与人类睾丸特异性组蛋白2a变异体基因有较高同源性, 在TSEG-1基因5′-端非编码侧翼预测发现存在1个启动子区域, 范围为680 bp。 TSEG-1蛋白可能有4个抗原性位点, 2个特异性蛋白激酶的磷酸化位点, 其亚细胞定位可能位于线粒体。小鼠睾丸特异性基因TSEG-1的克隆为进一步研究其生物学功能和表达调控奠定了基础。  相似文献   

7.
目的:从星星草中克隆一个铁蛋白相关基因,分析其序列特征及基因表达模式。方法与结果:构建星星草RACE cDNA文库,根据GenBank中报道的铁蛋白基因EST序列设计引物,利用RACE方法克隆得到星星草铁蛋白基因PtFer的全长cDNA序列(GenBank登录号为HM125047);序列分析表明,PtFer的核苷酸序列长度为751 bp,开放读框为336 bp,编码111个氨基酸残基,预测蛋白质相对分子质量为12.8×103。其蛋白质序列具有铁蛋白的特征性保守区域,与水稻属同一进化分支,与其他禾本科植物铁蛋白的序列相似性达80%以上。Northern杂交分析表明,PtFer的表达量随Na2CO3的浓度和时间的增加而升高,并在12~24 h内持续保持较高的表达水平。结论:用分子生物学及生物信息学技术克隆并分析了星星草铁蛋白基因PtFer的全长cDNA序列及编码蛋白的结构,并初步探索了盐碱胁迫下其表达模式,为研究植物耐盐碱机理奠定了基础。  相似文献   

8.
心脏特异新基因Lrrc10的分子克隆与特性分析   总被引:1,自引:1,他引:0  
采用表达序列标签(EST)介导的基因克隆和表达谱分析,从小鼠心脏克隆了一个心脏特异新基因Lrrc10(GenBank Acc No. AF527781).该基因cDNA全长为1 410 bp,定位于小鼠染色体10D2,在基因组中无内含子.Lrrc10的最大开放阅读框编码的假想蛋白由274个氨基酸组成,含有7个亮氨酸重复基序.同源性检索未发现有整体同源性的已知基因.EST数据库中支持该基因cDNA序列的全部18条EST均来自小鼠心脏组织.对小鼠的不同组织cDNA的RT-PCR检测证实该基因主要在心脏中强表达,在肺低表达,而在其他组织中不表达或表达很弱.因此该基因是心脏特异的富亮氨酸重复超家族新成员.  相似文献   

9.
从柑橘果皮褐变相关基因的差减cDNA文库中,筛选了一个与钙结合蛋白基因家族同源的EST片段,通过RACE技术克隆了其全长cDNA序列(CsCAB,GenBank登录号EF010854).CsCAB基因全长984 bp,含有一个621 bp的开放阅读框,编码207个氨基酸,预测蛋白质分子量为22.95 kD,理论等电点为4.5;序列分析结果显示CsCAB与钙结合蛋白具有很高的同源性,且具有钙结合蛋白的保守结构域EF-hand.Northern blot结果显示CsCAB在褐变果皮中上调表达,说明该基因与柑橘果实的果皮褐变有密切关系.  相似文献   

10.
一个鼻咽癌相关EST的鉴定及其全长cDNA序列分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
鼻咽癌是我国南方及东南亚地区常见的恶性肿瘤之一.通过对鼻咽癌染色体高频率杂合性丢失区域3p21的表达序列标签(expressedsequencetag,EST)进行同源性比较分析,运用逆转录聚合酶链式反应的方法,筛选到一个在41.18%(14/34)的鼻咽癌活检组织及20.0%(1/5)的鼻咽癌细胞系中表达下调的ESTBG772301;并用Northern杂交方法,检测了该EST在多种正常成人组织中的表达状况及其所代表基因的转录本大小.在此基础上,对该EST来源的cDNA克隆(IMAGE:4839190)进行直接测序,获得了一个全长为2377bp的新cDNA序列;经生物信息学分析,发现它与已知基因序列无明显同源性,属于一个新基因,定位于染色体3p21.3,被命名为鼻咽癌表达下调基因(NPCEDRG,GenBank登录号:AF538150).其编码的蛋白质含169个氨基酸,与一个已报道的在进化上相对保守、功能未知的人类蛋白Nicolin1(简称NICN1)N端170个氨基酸残基的序列同源性为97%,但缺少NICN1蛋白C端43个氨基酸残基,可能是nicolin1基因不同剪接本的编码产物.  相似文献   

11.
12.
The sequence of the ubiquitin protein is highly conserved between species and has facilitated the cloning of numerous ubiquitin-like proteins. In the present study, we report the cloning of the cDNA for human ubiquilin 3 (UBQLN3). The deduced amino acid sequence of UBQLN3 contains a UBQ domain (ubiquitin-like) in the amino terminus as well as two highly conserved domains found in several recently cloned ubiquitin-like proteins. One of these domains, termed the NP domain, is a highly conserved 93 amino acid region present in UBQLN3 and several ubiquitin-like proteins. The last conserved domain is the UBA domain (ubiquitin-associated) found in a variety of proteins of the ubiquination pathway. The human UBQLN3 gene was mapped to the 11p15 region of chromosome 11. Northern blot analysis of multiple human and mouse tissues demonstrated UBQLN3 mRNA expression specifically in testis.  相似文献   

13.
14.
Recently, the UBAPl gene, a putative nasopharyngeal carcinoma (NPC) related gene, which is located at human chromosome 9p21-22 where loss of heterozygosity frequently occurs in NPC, was cloned. The present study aimed to explore the purification approach to UBAP1 protein and its expression pattern in NPC with tissue microarray. The full length coding sequence of UBAP1 was subcloned into a prokaryotic expression vector, pGEX-4T-2, and expressed in Escherichia coli as a GST-fusion protein. With modification of the purification method, GST-UBAP1 fusion protein achieved a high level of purity. The New Zealand rabbit was immunized with the purified fusion protein to prepare polyclonal antiserum following standard protocols. With this antiserum, high-throughput analysis of UBAP1 protein expression using immunohistochemistry was performed on self-made tissue microarrays consisting of 316 nasopharyngeal specimens from 148 NPC and 168 non-cancerous nasopharyngeal epithelia with different morphological features. Consequently, we found that there was a significant decrease in the percentage of positive expression in all NPC on protein levels for UBAP1 (23%), compared to that of the non-NPC (89%) (P<0.01). The result suggests that UBAP1 might be a potential effective diagnosis candidate for NPC and decreased expression of UBAP1 protein is a possible point of dysfunction along the pathogenesis pathway for NPC that may contribute to malignant transformation.  相似文献   

15.
16.
Human and mouse LSP1 genes code for highly conserved phosphoproteins   总被引:4,自引:0,他引:4  
With use of the mouse LSP1 cDNA we isolated a human homologue of the mouse LSP1 gene from a human CTL cDNA library. The predicted protein sequence of human LSP1 is compared with the predicted mouse LSP1 protein sequence and regions of homology are identified in order to predict structural features of the LSP1 protein that might be important for its function. Both the human and mouse LSP1 proteins consist of two domains, an N-terminal acidic domain and a C-terminal basic domain. The C-terminal domains of the mouse and human LSP1 proteins are highly conserved and include several conserved, putative serine/threonine phosphorylation sites. Immunoprecipitation of LSP1 protein from 32P-orthophosphate-loaded cells show that both the mouse and human LSP1 proteins are phosphoproteins. The sequences of the putative Ca2(+)-binding sites present in the N-terminal domain of the mouse LSP1 protein are not conserved in the human LSP1 protein; however, a different Ca2(+)-binding site may exist in the human protein, indicating a functional conservation rather than a strict sequence conservation of the two proteins. The expression of the human LSP1 gene follows the same pattern as the expression of the mouse LSP1 gene. Southern analysis of human genomic DNA shows multiple LSP1-related fragments of varying intensity in contrast to the simple pattern found after similar analysis of mouse genomic DNA. By using different parts of the human LSP1 cDNA as a probe, we show that most of these multiple bands contain sequences homologous to the conserved C-terminal region of the LSP1 cDNA. This suggests that there are several LSP1-related genes present in the human genome.  相似文献   

17.
Ly9 is a mouse cell membrane antigen found on all lymphocytes and coded for by a gene that maps to chromosome 1. We previously described the isolation and characterization of a full-lenght cDNA clone for mouse Ly9. Using cross-species hybridization we isolated cDNA clones encoding the human homologue Humly9. Analysis of the predicted protein sequence suggests that the extra-cellular portion of the Humly9 molecules is composed of four Ig-like domains: a V domain (V) without disulphide bonds and a truncated C2 domain (tC2) with two disulphide bonds, a second V domain without disulphide bonds and a second tC2 with two disulphide bonds, i.e., as V-tC2-V-tC2. The gene encoding Humly9 was mapped to chromosome 1 by analysis of human/hamster hybrids, and more specifically to the 1q22 region by in situ hybridization. The protein sequence data support the view that Humly9 belongs to the immunoglobulin-superfamily subgroup which includes CD48, CD2, and LFA-3.The nucleotide sequence data reported in this paper has been submitted to the GenBank nucleotide sequence database has been assigned the accession number L42621  相似文献   

18.
19.
设为首页 | 免责声明 | 关于勤云 | 加入收藏

Copyright©北京勤云科技发展有限公司  京ICP备09084417号