利用RAPD和ISSR分子标记分析地黄种质遗传多样性

用RAPD与ISSR技术对地黄的8个品种和2个脱毒品系进行了种质遗传多样性分析.分别从80条RAPD引物和44条ISSR引物中筛选出适合地黄种质分析的17条RAPD引物和10条ISSR引物用于RAPD和ISSR分析.17条RAPD引物共扩增出177条带, 多态性位点数为109; 多态性位点比率为61.58%;平均多样性指数(I)为0.3135;每个位点的有效等位基因数(Ne)是1.3641; 10条ISSR引物共扩增出110条带. 多态性位点数为79; 多态性位点比率为71.58%;平均多样性指数(I)为0.3577;每个位点的有效等位基因数(Ne)是1.4037. 基于扩增条带数据库建立了各自的Jaccard遗传相关系数矩阵,构建了相似的分子树状图,将10个供试材料分为2类:一类群含组培85.5、大田85.5、组培9302、大田9302、金状元和金白6个材料;另一类群含北京1号、大红袍、地黄9104和野生地黄4个材料.两种分子标记的分析结果呈极显著正相关(r＝0.649).结果表明,RAPD与ISSR标记适合于地黄种质遗传多样性分析,ISSR标记技术是一种多态性和重复性优于RAPD技术的实用技术.     

利用RAPD和ISSR分子标记分析怀地黄种质遗传多样性

用RAPD与ISSR技术对怀地黄的8个品种和2个脱毒品系进行了种质遗传多样性分析。分别从80条RAPD引物和44条ISSR引物中筛选出适合怀地黄种质分析的17条RAPD引物和10条ISSR引物,用于RAPD和ISSR分析。17条RAPD引物共扩增出177条带, 多态性位点数为109; 多态性位点比率为61.58%;平均多样性指数(I)为0.3135;每个位点的有效等位基因数（Ne）是1.3641; 10条ISSR引物共扩增出110条带. 多态性位点数为79; 多态性位点比率为71.58%;平均多样性指数(I)为0.3577;每个位点的有效等位基因数（Ne）是1.4037。 基于扩增条带数据库建立了各自的Jaccard遗传相关系数矩阵,构建了相似的分子树状图,将10个供试材料分为2类:一类群含组培85.5、大田85.5、组培9302、大田9302、金状元和金白6个材料;另一类群含北京1号、大红袍、地黄9104和野生地黄4个材料。两种分子标记的分析结果呈极显著正相关(r＝0.649)。结果表明,RAPD与ISSR标记适合于怀地黄种质遗传多样性分析,ISSR标记技术是一种多态性和重复性优于RAPD技术的实用技术。     

辣椒种质遗传多样性的RAPD和ISSR及其表型数据分析

用RAPDI、SSR分子标记及28个表型性状数据对辣椒属5个栽培种的13份材料进行了分析,结果表明:23条RAPD引物共扩增出209条带,平均每个引物扩增出9.09条,多态性位点比率为83.73%;16条ISSR引物共扩增出94条带,平均每个引物扩增出5.88条,多态性位点比率为79.79%.与RAPD相比,ISSR标记检测到的有效等位基因数(Ne)及Shannon多样性指数(I)、遗传离散度(Ht)和遗传分化系数(Gst)等遗传多样性参数都较大,多态性位点比例在亲缘关系较近的一年生辣椒(Capsicum annuum)种内较高,说明ISSR有更高的多态性检测效率,并且适合亲缘关系较近的种群间遗传多样性分析.基于RAPDI、SSR的聚类与基于表型数据的聚类之间存在极显著正相关,且都能将C.annuum与其它栽培种区分开来.     

猕猴桃属16个雄性材料遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记对雄性猕猴桃16个材料进行遗传多样性分析。从100条引物中筛选出10条引物用于ISSR扩增,共扩增出172条带,其中多态性条带140条,多态性百分率为81.4%;经POPGENE 1.32软件分析结果显示,16个雄性猕猴桃材料的遗传距离在0.1503~0.5128之间,平均Nei's基因多样性指数(H)为0.2416,平均Shannon信息指数(I)为0.4048;聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.64处可将供试材料分成4类,第Ⅰ类为中华和美味猕猴桃,第Ⅱ类为阔叶、毛花猕猴桃,第Ⅲ类为魁绿猕猴桃,第Ⅳ类为四萼猕猴桃。结果表明ISSR可用于雄性猕猴桃遗传多样性研究,该研究结果可为猕猴桃种质资源的进一步开发利用提供重要信息。     

基于AFLP标记的山东省5个野核桃群体的遗传多样性分析

利用AFLP分子标记,对分布于山东省内5个样地(泰山鹁鸽崖、鲁山核心区边缘、崂山北九水、昆嵛山南天门和泰山佛爷寺)的46个野核桃(Juglans cathayensis Dode)单株的遗传多样性进行了分析,并采用聚类分析方法探讨了它们的遗传关系.结果表明:用8对PstI/ MseI系列引物组合从46个单株中共扩增出1 034条带,其中多态性条带1 005条,多态性条带百分率达97.20％;每对引物可扩增出113 ～ 154条多态性条带,平均每对引物可扩增出125.6条多态性条带.在这些条带中包含174条特异性条带(其中有19条缺失条带),通过特异性条带可鉴别出91.3％的野核桃单株.5个野核桃群体的多态性条带百分率(PPB)、观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ⅳe)、Nei,s基因多样度(H)和Shannon's信息指数(I)分别为50.57％ ～ 63.51％、1.505 7～1.635 1、1.273 5 ～ 1.300 4、0.163 2～0.181 9和0.249 1 ～0.281 3,PPB、Na、Ne、H和I的平均值分别为55.23％、1.552 3、1.284 3、0.169 6和0.259 4,表明野核桃群体遗传多样性较高、遗传变异较为丰富.46个单株的遗传相似性系数为0.536 8 ～0.8645,平均值为0.624 9.聚类分析结果显示:在遗传相似性系数0.66处,可将46个单株分成7组,其中部分来源于同一产地的单株没有聚在同一组中,表明这些野核桃单株的遗传关系与其地理分布不完全一致.     

24份铁皮石斛种质资源的ISSR分析

本文采用ISSR分子标记方法分析了24份不同地区来源铁皮石斛种质资源的遗传多样性和亲缘关系。利用筛选出的7条ISSR引物对铁皮石斛基因组DNA进行PCR扩增,共获得92条DNA条带,其中多态性条带84条,多态性比率(PPB)为91. 3%。利用POPGENE 32软件计算得出平均观察等位基因(Na)为1. 913 0,平均有效等位基因数(Ne)为1. 528 3,平均Nei’s基因多样性指数(H)为0. 310 0,平均Shannon’s信息指数(I)为0. 465 0。利用NTSYS-pc软件得出24份试验材料的遗传相似系数(GS)范围为0. 478 3～0. 913 0,聚类分析结果表明24份人工栽培居群的铁皮石斛分为3类,暗示铁皮石斛种质具有较为丰富的遗传多样性。该研究为全面掌握铁皮石斛种质资源遗传背景,选育、引种和推广优良铁皮石斛品种奠定了可靠的理论基础。     

中型狼尾草种质资源遗传多样性的ISSR分析

运用ISSR标记对采自云南的25份野生种质和4份驯化新品系中型狼尾草材料进行遗传多样性分析。结果显示:(1)50条ISSR引物中共筛选出10条能扩增出清晰条带且多态性明显的引物,29份材料DNA共获得72个扩增位点,其中多态性位点62个,多态性比率为87.4%,平均每条引物扩增位点为7.2个;平均观察等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon多样性信息指数(I)和Nei’s基因多样性指数(H)分别为1.861 1、1.742 8、0.561 0和0.395 9;种质材料间的遗传相似性系数变幅为0.236~0.903,表现出丰富的遗传多样性。(2)利用UPGMA聚类分析,以遗传相似系数0.51为界,29份材料划分为4大类,但Mantel检测表明29份种质材料的遗传聚类和地理距离之间不存在显著的正相关关系(r=0.437 0,P=0.204 6)。研究结果首次从分子水平揭示了中型狼尾草的遗传多样性和变异水平,为合理地引种、驯化、保护和利用中型狼尾草野生资源提供了重要的参考依据和数据支持。     

乌塌菜种质资源遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR技术对48份乌塌菜种质资源进行遗传多样性分析。从60条随机引物中筛选出稳定性强、条带清晰且多态性丰富的9条引物进行PCR扩增,共扩增出103条谱带,平均每个引物扩增出11.4条带,其中多态性带85条,多态性位点百分率为82.68%。不同乌塌菜种质间遗传相似系数变幅为0.59~0.97,说明ISSR标记能够揭示材料间较高的遗传多样性。利用UPGMA聚类分析,ISSR标记能将48份乌塌菜品种完全区分开,48份乌塌菜种质被划分为4个类群,聚类结果与叶片颜色相关,为乌塌菜品种资源的研究利用提供参考。     

不同干扰生境下河口莲座蕨遗传多样性分析

该研究利用 ISSR 分子标记,对不同生境下的6个河口莲座蕨种群进行遗传多样性分析。结果表明：从44条ISSR引物中筛选出8条能够扩增出清晰、稳定条带的引物,对6个河口莲座蕨种群进行基因组 DNA扩增,共扩增出144条带,其中多态性条带119个,多态性条带比率为93.7％,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.296,Shannon多样性指数(I)为0.457,遗传分化指数(Gst)为0.1520,种群遗传一致度和遗传距离分别为0.9138~0.9548和0.0584~0.0901;UPGMA聚类分析表明,种群间遗传距离与空间距离和生境类型有关。河口莲座蕨在不同干扰程度的生境中,种群具有高水平的遗传多样性,一定强度或频率的干扰生境中,种群遗传多样性较高,与海拔、坡度和坡向无相关性。     

蝴蝶兰种质资源遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记对24个蝴蝶兰(Phalaenopsis)栽培品种进行了遗传多样性分析.筛选出的12个ISSR引物共扩增出301条清晰的谱带,其中多态性条带268条,多态性比率为89.1%.品种间的遗传相似系数在0.37～0.93之间,表明品种间具有较高的遗传多样性.UPGMA聚类分析可将供试材料分为3组,分类结果与材料来源及花器官表型具有密切的关系.     

白花泡桐种源的遗传多样性和遗传分化研究

利用ISSR技术对白花泡桐38个种源的遗传多样性和遗传分化进行分析。结果显示：（1）从100个ISSR引物中筛选出9个能扩增出清晰带型并具多态性的引物,共扩增出95个条带,其中88条具多态性,多态位点比率为92.63%。（2）在物种水平上,有效等位基因数（N_e）、Nei’s基因多样性指数（H）、Shannon’s信息指数（I）的平均值分别为1.391 0、0.242 4、0.376 5;种源的多态位点比率在32.63%（江西抚州）~56.84%（广西梧州和江西九江）之间,平均为47.16%;基因流（N_m）为0.912 7,种源间遗传分化系数（G_st）为0.353 9,反映出种源间遗传变异占总遗传变异的35.39%,且遗传变异主要来源于种源内的个体间。（3）遗传一致度在0.39~0.82之间,反映出白花泡桐的遗传基础较宽。UPGMA法聚类分析将38个种源分为3组,主坐标分析(PCoA)将其大致分为4组,两种聚类方法的结果有一定的差异,本文做了相关讨论。研究还表明种源间的遗传距离与地理距离相关不显著。     

不同地理种源杉木的分子多态性分析

利用ISSR分子标记技术和筛选出的22条ISSR引物,对24个不同地理种源杉木的DNA进行扩增,共扩增出188条谱带,其中多态条带173条,占总数的92.0%.经计算,平均位点的有效等位基因是13408,Nei's基因多样性指数是0.2154,Shannon多态性信息指数为0.3458,表明不同杉木种源间具有较高的遗传多样性.通过UPGMA法聚类分析,可把24个种源杉木分为五个类群:中带东区生态型、中带东南区生态型、中带中区生态型、南带生态型和北带生态型,表明杉木地理种源遗传距离聚类呈现出一定的地域性分布规律.     

中国桑树选育品种ISSR指纹图谱的构建及遗传多样性分析

利用ISSR标记构建了24个选育桑品种的指纹图谱,用3种独立的方法（特殊的标记;特异的谱带类型;不同引物提供的谱带类型组合）可以有效地鉴别桑树选育品种,证明ISSR标记在桑树品种的鉴别方面是一个有效的工具和方法。17个ISSR引物共扩增出80条带,40条带具有多态性,占50．0％。24份选育桑树品种间平均遗传相似系数、Nei’S基因多样性（gene diversity）和Shannon’S信息指数分别为0．8731,0．1210和0．1942。桑树选育品种间的遗传多样性较低,说明中国选育桑品种间遗传距离较小,亲缘关系较近,。遗传基础较狭窄。UPGMA法聚类和PCA分析都清楚地显示了24个桑树选育品种的亲缘关系,聚类结果与桑树品种的系谱基本一致。     

利用ISSR标记对新疆白梭梭居群的遗传多样性分析

利用ISSR分子标记对新疆白梭梭4个居群,105个个体进行了遗传多样性的比较分析。在供试材料中,11个引物共扩增出171个多态位点,多态位点百分率为84．85％,4个居群的多态位点百分率差异在33．92％．40．35％之间。Shannon多样性指数（I）为0．3518,物种水平的Nei基因多样度（h）为0．3482。遗传变异分析表明,物种水平的居群间遗传分化系数Gst为0．6238,居群间的基因流Nm为0．3016。遗传分析表明吐鲁番居群和甘家湖居群的遗传距离最近。     

Construction of Fingerprinting and Genetic Diversity of Mulberry Cultivars in China by ISSR Markers

The ISSR fingerprintings of 24 mulberry cultivars were constructed. Totally 80 bands were produced using 17 primers selected from 20 primers. Of them, 40 bands showed polymorphism. From the bands amplified, there were three independent ways to identify the mulberry varieties, such as unique ISSR markers, unique band patterns and a combination of the band patterns provided by different primers. ISSRs were very effective in differentiating the mulberry varieties. The mean genetic similarity coefficient, the mean Nei's gene diversity (h), and the mean Shannon's Information index (I) of mulberry cultivars were 0.8731, 0.1210, and 0.1942, respectively. This suggests that the genetic diversity of mulberry cultivars was low and the genetic base was narrow. Both UPGMA cluster and PCA (Principal Coordinates Analysis) analysis showed clear genetic relationships among the 24 mulberry cultivars. The major clusters were related to known pedigree relationships.     

杜鹃红山茶遗传多样性的ISSR分析

运用ISSR分子标记技术,利用筛选的10条ISSR引物,对珍稀濒危植物杜鹃红山茶(Camellia changii Ye)2个亚种群60个单株的遗传多样性进行了研究。结果表明:物种水平上的多态位点百分率(PPB)为55.29%,Nei’s基因多样性指数(H)及Shannon多态性信息指数(I)分别为0.2191和0.3215。种群间的遗传分化系数(GST)仅为0.0922。研究结果揭示了杜鹃红山茶的遗传多样性较低,亚种群间遗传分化较小。小种群和人为活动干扰是杜鹃红山茶现存种群的主要限制因素。影响杜鹃红山茶种群发展的其它因素亟需进一步研究。     

Genetic diversity and relationship of global faba bean (<Emphasis Type="Italic">Vicia faba</Emphasis> L.) germplasm revealed by ISSR markers

Genetic diversity and relationships of 802 faba bean (Vicia faba L.) landraces and varieties from different geographical locations of China and abroad were examined using ISSR markers. A total of 212 repeatable amplified bands were generated with 11 ISSR primers, of which 209 were polymorphic. Accessions from North China showed highest genetic diversity, while accessions from central China showed low level of diversity. Chinese spring faba bean germplasm was clearly separated from Chinese winter faba bean, based on principal component analysis and UPGMA clustering analysis. Winter accessions from Zhejiang (East China), Jiangxi (East China), Sichuan (Southwest China) and Guizhou (Southwest China) were quite distinct to that from other provinces in China. Great differentiation between Chinese accessions and those from rest of the world was shown with a UPGMA dendrogram. AMOVA analyses demonstrated large variation and differentiation within and among groups of accessions from China. As a continental geographic group, accessions from Europe were genetically closer to those from North Africa. Based on ISSR data, grouping results of accessions from Asia, Europe and Africa were obviously associated with their geographical origin. The overall results indicated that the genetic relationship of faba bean germplasm was closely associated with their geographical origin and their ecological habit.     

野生狗牙根种质遗传多样性的SRAP研究

采用SRAP分子标记技术, 对采自中国四川、重庆、贵州、西藏四省区的32份野生狗牙根(Cynodon dactylon)材料进行遗传多样性分析, 获得下述结果：(1)用14对引物组合共得到132条多态性条带, 平均每对引物扩增出9.4条多态带, 多态性位点百分率为79.8%, 材料间的遗传相似系数范围在0.591到0.957之间, 平均GS值为0.759, 这些结果说明, 供试野生狗牙根具有较为丰富的遗传多样性; (2)对所有材料进行聚类分析, 可聚为4类, 大部分来自相同或相似生态地理环境的材料聚为一类, 表明供试材料的聚类和其生态地理环境间有一定的相关性; (3)基于Shannon多样性指数估算了6个狗牙根生态地理类群内和类群间的遗传分化, 发现类群内遗传变异占总变异的65.56%, 而类群间遗传变异占总变异的34.44%; (4)对各生态地理类群基于Nei氏无偏估计的遗传一致度的聚类分析表明, 各生态地理类群间的遗传分化与其所处的生态地理环境具有一定的相关性。     

森林生态系中球孢白僵菌遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR分子标记对安徽大别山区的球孢白僵菌遗传多样性进行了研究。从33个引物中筛选出12个多态性高、稳定性好的ISSRs用于正式的扩增分析,在2个自然保护区、3个不同季节和3个不同海拔梯度采集的48个菌株中共扩增出84条带,其中73条为多态性条带,多态性为81％,平均每个引物扩增出7条（2～11）。群体的多态位点百分率（PPL）达81％,Nei’s基因多样性（H）为0.3187,Shannon信息指数（I）为 0.4782。居群间的基因分化系数较小（Gst）0.1028。以上结果表明：安徽大别山区球孢白僵菌有较高的遗传多样性, 居群间遗传变异较小,居群内表现出较高水平的遗传分化。     

ISSR Markers as a Tool for the Assessment of Genetic Diversity in Passiflora

Genetic variation among sweet, purple, and yellow passion fruit accessions was assessed using inter-simple sequence repeat (ISSR) markers. Eighteen ISSR primers were used to evaluate 45 accessions. The number of polymorphic bands per primer varied from 4 to 22, with 12.4 bands per primer on average. Nei's genetic distance between accessions ranged from 0.04 to 0.35. Clustering using the neighbor-joining method resulted in the formation of 11 major clusters. It was not possible to classify the accessions according to their geographic origin, showing that there is no structure in the gene bank. The overall mean Shannon-Weaver diversity index was 0.32, indicating good resolution of genetic diversity in passion fruit germplasm using ISSR markers. Our results indicate that ISSR can be useful for genetic diversity studies, to provide practical information for parental selection and to assist breeding and conservation strategies.