山羊草属五个基本基因组系统发育的RAPD分析

利用ＲＡＰＤ技术,从ＯＰＥ、ＯＰＦ、ＯＰＧ、ＯＰＵ、ＯＰＸ、ＯＰＹ和ＯＰＺ共７组随机引物中筛选出２８个能产生基因组特异带的稳定引物,对山羊草属（ＡｅｇｉｌｏｐｓＬ．）的５个基本基因组及普通小麦“中国春”的ＤＮＡ进行随机扩增,根据扩增的４８８条ＤＮＡ片段绘制出系统发育图。普通小麦ＡＢＤ基因组与Ｓ基因组亲缘关系最近,Ｃ与Ｕ基因组具有比较近的亲缘关系,Ｄ基因组与其它基因组的亲缘关系比较远     

杂交水稻及其“三系”线粒体DNA的AP—PCR指纹图谱

为了研究水稻（Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ．）细胞质雄性不育（ＣＭＳ）与线粒体基因组的关系,应用ＡＰ－ＰＣＲ 分析,用７ 个任意单引物对６ 种水稻品系线粒体ＤＮＡ 进行了扩增。水稻线粒体ＤＮＡ 的ＡＰ－ＰＣＲ 产物可分为三种类型：（１）所有供试品系均能扩增的片段,它们代表了线粒体ＤＮＡ 在进化上的保守性序列。有４ 个引物检测到这类片段。（２）２ 个以上水稻品系共同出现而在全部供试材料间存在差异的扩增片段,这类片段是检测水稻线粒体ＤＮＡ多态性的主要来源。（３）一种细胞质类型所特有的扩增片段,从引物Ｒ２ 和Ｖ５ 的扩增产物中发现了这类片段,它们可能与ＣＭＳ有关联。另外,ＷＡ型不育系珍汕９７Ａ 与其杂种之间在６ 个引物的扩增图谱上均存在不同程度的差异,说明两者的线粒体ＤＮＡ序列结构可能存在某种差别     

烟草黑胫病菌株亲缘关系的RAPD分析

从２２０个ＲＡＰＤ（Ｒａｎｄｏｍ Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ＤＮＡｓ）随机引物中所选出的多态扩增性强的２１个引物对来源不同的３３个烟草黑胫病菌株进行全基因组ＤＮＡ遗传多样性分析和指纹构建。选用引物对受试菌株进行ＲＡＰＤ－ＰＣＲ扩增,共产生２４３条ＤＮＡ标记图带,其中１９１条为多态性图带,多态检测率为７８．６％。利用ＵＰＧＭＡ（Ｕｎｗｅｉｇｔｈｔｅｄ Ｐａｉｒ－ｇｒｏｕｐ Ｍｅｔｈ     

鹅膏菌属真菌RAPD分析及亲缘关系的研究

本文对采自湖南莽山的２６种鹅膏菌属（Ａｍａｎｉｔａ）真菌进行了随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）分析,４０个随机引物中筛选出扩增效果较好的６个引物,每个引物能产生１～１０条ＤＮＡ条带,获得的ＲＡＰＤ谱带清晰并呈现多态性ＯＰＧ１５、ＯＰＨ０４两个引物扩增的ＲＡＰＤ谱带能将２６种鹅膏菌完全区分开来,通过６个引物的ＲＡＰＤ分析获得的平均相似性系数表明种与种之间的相关系数在２０－６０％之间,平均链锁聚类分析     

多重PCR法检测对皮下和造血器官坏死杆状病毒

根据对虾皮下和造血坏死杆状病毒（ＨＨＮＢＶ）ＨＨＮＢＶ－ＸＩＡ靶基因序列设计了４个多重ＰＣＲ法用引物（Ｐ１、Ｐ２、Ｐ３、Ｐ４）。采用了五种引物组合形式分别对ＨＨＮＢＶ－ＸＩＡ、ＨＨＮＢＶ基因和ＰＲＤＶ－ＪＡＰＡＮ片段进行了物异扩增,建立了多重ＰＣＲ检测ＨＨＮＢＶ方法。通过优化多重ＰＣＲ法检测ＨＨＮＢＶ条件,可从阳性感染的中国对虾ｆｇ级ＤＮＡ中定性检测出皮下和造血器官坏死杆状病毒。     

甜菜多粘菌基因组片段的克隆及PCR检测

根据资料报导设计引物,扩增Ｐｏｌｙｍｙｘａ　ｂｅｔａｅ的基因组片段,将其克隆在ｐＧＥＭ－３Ｚｆ（＋）质粒载体上,并通过双酶切、ＰＣＲ扩增和部分序列测定,证明克隆片段为Ｐ．ｂｅｔａｅ基因组片段。用扩增Ｐ．ｂｅｔａｅ基因组片段的引物对由Ｐ．ｇｒａｍｉｎｉｓ侵染小麦和Ｏ．ｂｒａｓｓｉｃａｅ侵染豇豆根系抽提的总ＤＮＡ进行ＰＣＲ扩增,均未获得任何ＤＮＡ产物,进一步证实了上述结果。对移入病土２、３．５天的甜菜苗单株根系进行ＤＮＡ粗提,移入病土３．５天的甜菜苗ＰＣＲ检测其已被Ｐ．ｂｅｔａｅ侵染,对确定Ｐ．ｂｅｔａｅ的早期侵染有重要意义。     

随机扩增多态性对白色念珠菌分型的估价

利用随机扩增多态性（ＲＡＰＤ－ＰＣＲ）的方法对４８株白念珠菌Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓ Ｂｅｒｋｈ进行了分析。由初步试验中,随机选用了１８种引物?筛选出ＯＰＡ－１４引物,该引物扩增的带型清晰可辨,不同菌株之间扩增的带数６－１２条不等,共有６条主带。扩增片段的长度粗略估计在３００－２０００ｂｐ左右。除个别菌株的带型相同以外,大多数菌株之间呈多态性分布,其带型数目和扩增的片段存在差异。对简单的Ｄ     

RAPD在植物育种上的应用及其技术校正

ＲＡＰＤ(ＲａｎｄｏｍＡｍｐｌｉｆｉｅｄＰｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃＤＮＡ) ,是在ＰＣＲ的基础上发展起来的一种ＤＮＡ多态性检测技术 ,由Ｗｉｌｌａｍｓ[1] 和Ｗｅｌｓｈ[2 ] 于 1990年建立 ,原理是以一系列不同的 ,少数碱基组成的随机核甘酸序列为引物 ,对样本基因组ＤＮＡ进行ＰＣＲ扩增 ,每个ＲＡＰＤ片段的产生要求在可增范围内存在与引物匹配的反向互补序列。引物结合位点ＤＮＡ序列的改变以及两扩增位点之间碱基的缺失插入或转换都能导致扩增片段的数目和长度的差异 ,经ＰＡＧＥ或琼脂糖凝胶电泳分离和ＥＢ染色来检测ＤＮＡ片段的多态…     

甜菜多粘菌基因组片段的克隆4及PCR检测

根据资料报导设计引物，扩增Ｐｏｌｙｍｙｘａ ｂｅｔａｅ的基因组片段，钭其克隆在ＰＧＥＭ－３Ｚｆ（＋）质粒载体上，并通过双酶切、ＰＣＲ扩增和部分序列测定，证明克隆片段为Ｐ．ｂｅｔａｅ基因组片段。用扩增Ｐ．ｂｅｔａｅ基因组片段的引物 Ｐ．ｇｒａｍｉｎｉｓ侵染小麦和Ｏ．ｔｒａｓｓｉｃａｅ侵染豇豆根系抽提的总ＤＮＡ进行ＰＣＲ扩增，均未获得任何ＤＮＡ产物，进一步证实了上述结果。对移人病士２、３．５天的甜菜苗     

白鲢和镛鱼的扩增多态DNA分析

根据鱼类外周血细胞都有核的特点,采用从冷冻和低渗双重处理分离的细胞核的取基因组ＤＮＡ。以此法获得的白鲢和镛鱼的基因组ＤＮＡ为模板,和Ｏｐｅｒｏｎ公司生产的ＯＰＮ和ＯＰＭ两个组共４０个随机引物,对这两种鱼进行了随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）分析;确定了对这两种鱼基因组相关区域可进行随机ＰＣＲ扩增的有效引物,特别是哪些可产生种群内或群体的ＲＡＰＤ遗传标记即可产生个体特异性和群体特异性ＲＡＰＤ带谱的引物     

应用RAPD技术对蜘蛛系统演化的初步研究

利用随机扩增多态ＤＮＡ 技术检测了３ 类不同蜘蛛的系统发生关系．用１２ 个随机引物对各实验蜘蛛的基因组ＤＮＡ 进行扩增,选择其中扩增谱带清晰的８ 个引物进行分析并计算不同类蜘蛛间的遗传距离．结果表明：所有８ 个引物获得的ＲＡＰＤ谱带均表现为不同程度的多态性;地穴型蜘蛛与结网型蜘蛛间的遗传距离及结网型与游猎型之间的遗传距离,均比地穴型与游猎型之间的遗传距离近,体现了蜘蛛由地穴→结网→游猎的系统演化进程．这一结论与根据古生物学、胚胎学、形态学及生态学等得出的结论一致,从而进一步从ＤＮＡ 分子水平上为蜘蛛系统演化提供了新的证据．     

离子束介导玉米DNA导入水稻引起遗传变异的RAPD分析

本实验采用４０ 个随机引物对低能离子束介导紫玉米全ＤＮＡ 转化水稻早籼２１３ 获得的８ 个玉米稻株系基因组ＤＮＡ 进行ＲＡＰＤ检测。其中３６ 个随机引物得到扩增图谱。统计分析图谱中的各类扩增带,其中变异株系与早籼２１３ 的相似率为９１．２—９５．５％ 。差异带占总带数的８．９—１７．７％ ,说明外源ＤＮＡ 导入受体细胞引起后代基因组ＤＮＡ 的显著变异,这些变异很可能是表型及生理性状变异得以稳定遗传的物质基础。     

RAPD标记在山葡萄种质鉴定中的应用

采用修改后的CTAB 法获得了高质量的基因组DNA 。利用RAPD 标记技术对山葡萄7 份种质进行鉴定, 用4 个引物(从30 个引物中筛选)对试材进行PCR 扩增, 共扩增出30 条谱带, 平均每条引物产生7.5 条谱带, 其中21 条谱带为多态性谱带, 占总谱带数的70%。不同引物扩增的谱带数不同, 范围在6~9 条之间。利用4 个引物扩增出的多态性谱带可以将7 份山葡萄种质区分。     

粘类小麦细胞质雄性不育系的RAPD分析

利用250条10-聚寡核苷酸随机引物对具粘果山羊草(Aegilops kotschyi)、易变山羊草(Ae.variabilis)、偏凸山羊草(Ae.ventricosa)和二角山羊草(Ae．bicornis)细胞质不育系及其保持系5-1的总DNA进行了RAPD多态性分析,其中31条引物对4种不育系及其保持系总DNA均无扩增,217条引物扩增条带完全相同。有2条随机引物在2种不育系之间有特异的扩增片段,其中引物S22在偏凸山羊草细胞质雄性不育系基因组DNA中扩增出分子量约为1600bp的特异带,引物S202在粘果山羊草细胞质雄性不育系基因组DNA中扩增出约1300bp特异带。线粒体基因组DNA的RAPD分析表明,4种不育系及其保持系mtDNA存在明显的差异。证明了S22—1600为偏凸山羊草细胞质不育系及其mtDNA基因组DNA的RAPD特异片段．S202—1300可能为粘果山羊草细胞质不育系及其ctDNA基因组DNA的RAPD特异片段。     

无核沙田柚的RAPD研究——无核机理研究(Ⅱ)

选用经筛选的２０个短序列引物（１０ｎｔ）和随机抽取的２个随机长序列引物,对激光诱导产生的无核沙田柚（处理组）及未经激处理的有核沙田柚（对照组）进行了ＲＡＰＤ（随机扩增多态性ＤＮＡ）分析。结果有６个引物扩增出了共２０条多态性片段,从而表明在沙田柚的处理组与对照组之间,存在着ＤＮＡ分子水平上差异,也就量说,已经引起了沙田柚后代基因组的显著变异,且这种诱导所引起的性状改变是可以遗传的。     

Development of reliable PCR-based markers linked to downy mildew resistance genes in lettuce

Summary Sequence characterized amplified regions (SCARs) were derived from eight random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers linked to disease resistance genes in lettuce. SCARs are PCR-based markers that represent single, genetically defined loci that are identified by PCR amplification of genomic DNA with pairs of specific oligonucleotide primers; they may contain high-copy, dispersed genomic sequences within the amplified region. Amplified RAPD products were cloned and sequenced. The sequence was used to design 24-mer oligonucleotide primers for each end. All pairs of SCAR primers resulted in the amplification of single major bands the same size as the RAPD fragment cloned. Polymorphism was either retained as the presence or absence of amplification of the band or appeared as length polymorphisms that converted dominant RAPD loci into codominant SCAR markers. This study provided information on the molecular basis of RAPD markers. The amplified fragment contained no obvious repeated sequences beyond the primer sequence. Five out of eight pairs of SCAR primers amplified an alternate allele from both parents of the mapping population; therefore, the original RAPD polymorphism was likely due to mismatch at the primer sites.     

用RAPD分析四种无尾类的系统演化关系

利用RAPD技术检测了分属无尾目3个科（雨蛙科、蟾蜍科、蛙科）的黑眶蟾蜍（Bufomelanostictus)、中国雨蛙（Hyla chinensis）、泽陆蛙（Rana limnocharis）、沼水蛙（R.guentheri)的系统发生关系。经19个随机引物对4个物种基因组DNA进行扩增,选择其中扩增谱带清晰的16个引物进行分析,计算不同科间及同一科内不同种间的遗传距离,结果表明：16个引物获得的RAPD谱带均表现出不同程度的多态性;泽陆蛙与沼水蛙间的亲缘关系最近,而黑眶蟾蜍与中国雨蛙之间的亲缘关系较黑眶蟾蜍与蛙科的泽陆蛙、沼水蛙之间以及中国雨蛙与泽陆蛙、沼水蛙之间的亲缘关系近,从基因组DNA水平上也说明雨蛙科与蟾蜍科间的亲缘关系更近,与蛙科的亲缘关系更远,这与形态学、染色体和线粒体DNA多态性研究的分析结果一致,从而进一步从分子水平上为无属目这3科的系统演化提供了新的证据。     

海南和两广地区柱花草炭疽菌遗传多态性的RAPD分析

利用8个随机引物对来自海南、广东和广西的114个柱花草胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides)的菌株进行了随机扩增多态性DNA(RAPD)分析, 扩增谱带大小0.2-3.0 kb。8个随机引物中以CW38114扩增的谱带重现性和稳定性最好, 共扩增出786条谱带, 其中多态性谱带558条。供试菌株扩增图谱在260-650 bp处有3条明显的共同特征谱带, 在650-3 000 bp之间的谱带显示较大的多态性差异。聚类结果表明: 供试菌株主要分为四大遗传类型, 其中第I类和第III类有两个亚类; 三省区的菌株遗传多态性丰富程度依次为海南>广西>广东, 并表现出地区性分布差异。研究结果还表明柱花草炭疽菌株表现出一定程度的专化寄生性。     

满天星试管苗与其玻璃化苗的RAPD指纹图谱分析

采用分离群体分组分析法(BSA),用100个随机引物对满天星的正常苗和玻璃化苗进行RAPD分析的结果表明,7个随机引物扩增出多态性差异条带。再用上述7个引物分别对试管苗及其玻璃化苗个体进行DNA的PCR扩增的结果显示,引物J20在2种苗中出现差异条带。     

RAPD分子标记及其在作物遗传育种中的应用

ＲＡＰＤ分子标记是一种新型的分了遗传标记,其原理是采用１０个碱基的随机引物,以基因组ＤＮＡ为模板进行ＰＣＲ随机扩增。其优越性在于其方法简单;分析中的花费少,用时短;分析所需的ＤＮＡ用量也不多等。本文着重介绍以电泳技术和ＰＣＲ扩增技术为核心的分子标记以及在农作物遗传育种中的应用。