园艺植物分子育种相关生物信息资源及其应用

园艺植物分子育种中, 生物信息技术是一项新技术。GenBank、EMBL、DDBJ、Swiss-Prot等数据库及其序列查询系统、序列比对软件和序列提交软件是园艺植物分子育种中的重要生物信息资源。本文综述了这些生物信息资源, 以及它们在克隆新基因、预测新序列功能、鉴定种质资源和进行系谱分析等方面的应用。     

SRAP与TRAP标记及其在园艺植物研究中的应用

SRAP与TRAP是最近发展的新型分子标记系统,具有简便、高效、重复性好等优点,已在园艺植物遗传育种和种质资源研究的各个方面得到广泛应用.本文介绍了SRAP和TRAP标记的原理、特点,综述了这两种新型分子标记在园艺植物遗传图谱构建、遗传多样性分析以及比较基因组学研究等方面的应用,并对其应用前景进行了展望.     

《分子植物育种》中文网络版

<正>《分子植物育种》(中文网络版,ISSN 1923-8258)是一本基于同行评审、开放取阅以及在线即时发表的期刊。主要发表植物育种领域中关于转基因育种与分子标记辅助育种的新知识与先进技术的原始研究论文。本刊致力于为转基因育种与分子标记辅助育种服务,主要发表在植物育种领域中涉及的分子遗传育种理论、分子育种技术与方法、分子育种产品研发等方面的基础和应用研究。所有发表的研究论文都应是在植物育种领域中具有创新意义的最新研究,特别是转基因、分子遗传学、作物QTL分析、种质资源的遗传多样     

遗传资源数字序列信息在生物多样性保护中的应用及对惠益分享制度的影响

遗传资源数字序列信息是近年来DNA测序技术的产物, 目前已经渗透到生命科学和环境科学等领域。遗传资源数字序列信息的应用有助于解释生命的分子基础和进化理论, 为生物多样性的保护和可持续利用提供新的技术手段。随着《名古屋议定书》的生效和履行, 各缔约方对遗传资源惠益分享的认识逐步提高, 并采取有效的立法、行政等措施对本国的生物遗传资源进行管制。遗传数字序列信息作为一种特殊的非实物性质的信息资源, 将会给获取与惠益分享制度带来挑战。近几年, 遗传资源数字序列信息已成为《生物多样性公约》缔约方大会谈判的焦点议题。中国是生物多样性大国, 也是近年来生物技术发展较快的国家之一。中国作为《名古屋议定书》的缔约方, 应积极参与遗传资源数字序列信息相关的研究, 并应对由此带来的各种挑战。     

第二届植物分子育种国际学术研讨会2007年3月23-27日在海南省三亚市召开

现代农业已经发展到了“分子农业”时代,基因工程、转基因技术等分子生物学手段广泛应用于植物的遗传育种,基因组学的研究成为植物基因资源发掘的基本科学平台,分子育种成为植物育种的最主要手段之一。为加强与国际植物分子育种领域的合作与交流,推动应用基因与组学植物分子育种科学的发展,TheGenerationChallengeProgramme(全球挑战计划)、国际水稻研究所、海南省科学技术协会、中国农业科学院、海南省热带农业资源开发利用研究所等单位发起,定于2007     

第二届植物分子育种国际学术研讨会——2007年3月23～27日在海南省三亚市召开

现代农业已经发展到了“分子农业”时代,基因工程、转基因技术等分子生物学手段广泛应用于植物的遗传育种,基因组学的研究成为植物基因资源发掘的基本科学平台,分子育种成为植物育种的最主要手段之一。为加强与国际植物分子育种领域的合作与交流,推动应用基因与组学植物分子育种科学的发展。The Generation Challenge Programme（全球挑战计划）、国际水稻研究所、海南省科学技术协会、中国农业科学院、海南省热带农业资源开发利用研究所等单位发起,定于2007年3月23～27日在海南省三亚市举办“第二届植物分子育种国际学术研讨会”。     

《分子植物育种》中文网络版

<正>《分子植物育种》(中文网络版,ISSN 1923-8258)是一本基于同行评审、开放取阅以及在线即时发表的期刊。主要发表植物育种领域中关于转基因育种与分子标记辅助育种的新知识与先进技术的原始研究论文。本刊致力于为转基因育种与分子标记辅助育种服务,主要发表在植物育种领域中涉及的分子遗传育种理论、分子育种技术与方法、分子育种产品研发等方面的基础和应用研究。所有发表的研究论文都应是在植     

叶分子植物育种曳中文网络版

<正>《分子植物育种》(中文网络版,ISSN 1923-8258)是一本基于同行评审、开放取阅以及在线即时发表的期刊。主要发表植物育种领域中关于转基因育种与分子标记辅助育种的新知识与先进技术的原始研究论文。本刊致力于为转基因育种与分子标记辅助育种服务,主要发表在植物育种领域中涉及的分子遗传育种理论、分子育种技术与方法、分子育种产品研发等方面的基础和应用研究。所有发表的研究论文都应是在植     

第二届植物分子育种国际学术研讨会2007年3月23-27日在海南省三亚市召开

现代农业已经发展到了“分子农业”时代,基因工程、转基因技术等分子生物学手段广泛应用于植物的遗传育种,基因组学的研究成为植物基因资源发掘的基本科学平台,分子育种成为植物育种的最主要手段之一。为加强与国际植物分子育种领域的合作与交流,推动应用基因与组学植物分子育种科学的发展。The Generation Challenge Programme(全球挑战计划)、国际水稻研究所、海南省科学技术协会、中国农业科学院、海南省热带农业资源开发利用研究所等单位发起,定于2007年3月23-27日在海南省三亚市举办“第二届植物分子育种国际学术研讨会”。大会荣誉…     

《分子植物育种》中文网络版

<正>《分子植物育种》(中文网络版,ISSN 1923-8258)是一本基于同行评审、开放取阅以及在线即时发表的期刊。主要发表植物育种领域中关于转基因育种与分子标记辅助育种的新知识与先进技术的原始研究论文。本刊致力于为转基因育种与分子标记辅助育种服务,主要发表在植物育种领域中涉及的分子遗传育种理论、分子育种技术与方法、分子育种产品研发等方面的基础和应用研究。所有发表的研究论文都应是在植     

基因组学技术大发展助力园艺植物研究取得新进展

园艺植物包括花卉、蔬菜、果树、部分瓜类(如西瓜(Citrullus lanatus)和甜瓜(Cucumis melo))和茶树(Camellia sinensis),在植物分类上涉及大量物种。园艺植物的基因组学和遗传学研究具有重要的理论价值和经济意义。基因组测序技术及相关生物信息学工具的发展为园艺植物基因组和分子生物学研究注入了新的活力。睡莲是一种重要的花卉植物,除了具有观赏价值,其进化地位也非常特殊,属于一种早期被子植物类群。最近,蓝星睡莲(N.colorata)的高质量基因组图谱绘制完成。通过系统分析和比较睡莲基因组与其它被子植物的基因组,研究者阐明了睡莲的进化位置及相关进化事件。所获得的高质量基因组序列将有助于园艺植物研究者开展深入的分子遗传学研究,鉴定到控制和调控花器官、花色花香及品质等众多性状的功能基因,从而推动基础研究的快速发展和加快新品种创制。     

Genomic resources in fruit plants: an assessment of current status

The availability of many genomic resources such as genome sequences, functional genomics resources including microarrays and RNA-seq, sufficient numbers of molecular markers, express sequence tags (ESTs) and high-density genetic maps is causing a rapid acceleration of genetics and genomic research of many fruit plants. This is leading to an increase in our knowledge of the genes that are linked to many horticultural and agronomically important traits. Recently, some progress has also been made on the identification and functional analysis of miRNAs in some fruit plants. This is one of the most active research fields in plant sciences. The last decade has witnessed development of genomic resources in many fruit plants such as apple, banana, citrus, grapes, papaya, pears, strawberry etc.; however, many of them are still not being exploited. Furthermore, owing to lack of resources, infrastructure and research facilities in many lesser-developed countries, development of genomic resources in many underutilized or less-studied fruit crops, which grow in these countries, is limited. Thus, research emphasis should be given to those fruit crops for which genomic resources are relatively scarce. The development of genomic databases of these less-studied fruit crops will enable biotechnologists to identify target genes that underlie key horticultural and agronomical traits. This review presents an overview of the current status of the development of genomic resources in fruit plants with the main emphasis being on genome sequencing, EST resources, functional genomics resources including microarray and RNA-seq, identification of quantitative trait loci and construction of genetic maps as well as efforts made on the identification and functional analysis of miRNAs in fruit plants.     

GERMINATE. a generic database for integrating genotypic and phenotypic information for plant genetic resource collections

The extensive germplasm resource collections that are now available for major crop plants and their wild relatives will increasingly provide valuable biological and bioinformatics resources for plant physiologists and geneticists to dissect the molecular basis of key traits and to develop highly adapted plant material to sustain future breeding programs. A key to the efficient deployment of these resources is the development of information systems that will enable the collection and storage of biological information for these plant lines to be integrated with the molecular information that is now becoming available through the use of high-throughput genomics and post-genomics technologies. The GERMINATE database has been designed to hold a diverse variety of data types, ranging from molecular to phenotypic, and to allow querying between such data for any plant species. Data are stored in GERMINATE in a technology-independent manner, such that new technologies can be accommodated in the database as they emerge, without modification of the underlying schema. Users can access data in GERMINATE databases either via a lightweight Perl-CGI Web interface or by the more complex Genomic Diversity and Phenotype Connection software. GERMINATE is released under the GNU General Public License and is available at http://germinate.scri.sari.ac.uk/germinate/.     

Relax with CouchDB--into the non-relational DBMS era of bioinformatics

With the proliferation of high-throughput technologies, genome-level data analysis has become common in molecular biology. Bioinformaticians are developing extensive resources to annotate and mine biological features from high-throughput data. The underlying database management systems for most bioinformatics software are based on a relational model. Modern non-relational databases offer an alternative that has flexibility, scalability, and a non-rigid design schema. Moreover, with an accelerated development pace, non-relational databases like CouchDB can be ideal tools to construct bioinformatics utilities. We describe CouchDB by presenting three new bioinformatics resources: (a) geneSmash, which collates data from bioinformatics resources and provides automated gene-centric annotations, (b) drugBase, a database of drug-target interactions with a web interface powered by geneSmash, and (c) HapMap-CN, which provides a web interface to query copy number variations from three SNP-chip HapMap datasets. In addition to the web sites, all three systems can be accessed programmatically via web services.     

Integrating genetic information into plant breeding programmes: how will we produce varieties from molecular variation,using bioinformatics?

The development of new varieties of crop plants is ongoing for plant breeders and progress since the Green Revolution has been steady, if not dramatic. With the recent sequencing of Arabidopsis thaliana and of rice the development of both physical and informational resources has entered a new phase. This paper examines the state of plant bioinformatics as it is now and as it is likely to develop in the future. It also looks rather further forward to what crop scientists might want from bioinformatics, before examining the likely physiological targets for sustainability traits and the prospects for their improvement in wheat. Wheat is taken as the focus crop because it is potentially one of the most dif. Cult to work with in molecular terms, both because of its large hexaploid genome size and because of its considerable genetic distance from the most information rich plant species, Arabidopsis. Finally, we examine how these tools might be used to track down the underlying genes controlling sustainability traits and how these may then be exploited in plant breeding programmes using marker‐ assisted selection.     

一个园艺植物基因组序列和注释的在线批量实时提取平台

目前, 大量园艺植物基因组测序已经完成或接近尾声, 它们的基因组序列和注释数据极大地促进了功能基因组学研究。为给科研人员提供批量下载特定的基因组区段序列和注释平台, 笔者开发了一个称为OBRRP的生物信息学工具。OBRRP具有提取葡萄(Vitis vinifera)、桃(Prunus persica)、草莓(Fragaria vesca)、黄瓜(Cucumis sativus)、西瓜(Citrullus lanatus)、番茄(Solanum lycopersicum)、甜橙(Citrus sinensis)、苹果(Malus x domestica)、猕猴桃(Actinidia chinensis)、马铃薯(Solanum tuberosum)、香蕉(Musa acuminata)和拟南芥(Arabidopsis thaliana) 12种植物基因组序列及注释数据的功能; 同时, 也具有扩展到其它Gbrowser浏览器架构的数据库功能。测试结果表明, OBRRP是一个快捷简便的在线、批量和实时提取工具, 其登录地址为http://bioinfo.jit.edu.cn/OBRRP/。