NCBI网站及GenBank数据库概述

美国国立生物技术信息中心（ＮＣＢＩ）隶属于美国国立卫生研究院（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｕｔｅｏｆ Ｈｅａｌｔｈ,ＮＩＨ）,是国家医学图书馆（Ｎａｔｉｏｎａｌ ＬＩｂｒａｒｙ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ,ＮＬＭ）的一个分支机构,负责通过ＩＮＴＥＲＮＥＴ等形式为医学、生物学方面的研究提供新的信息。本文主要介绍了ＮＣＢＩ网中ＧＥＮＢＡＮＫ序列数据库的功能及使用方法,如：数据的检索查询,数据递交等;同时还     

国际互联网上的NCBI分子生物学数据库简介

编者的话近20年来,在科学技术的发展过程中,呈现出各学科及其分支学科之间互相渗透及融合的新潮流和新趋势,新的学术思想,工业产品,乃至新的科系随之应运而生,如数码分类、环境微生物、极端环境微生物、混合发酵、基固工程等。与此相适应,本刊拟开辟此新栏目,以餐本刊的爱好者,并欢迎赐稿,提出批评和建议。让我们共同努力,把本刊办成为学术思想活跃,格式多样,内容丰富,为微生物学工作者喜闻乐见的园地,迎接建国５０周年和蕴育着新的机遇和激烈挑战的新世纪的到来。     

基于Cytb基因的NCBI数据库序列可靠性分析

本研究以常用于动物种属鉴定的Cytb基因位点为研究对象,利用所测得的30种盗猎案件中常见的野生动物Cytb基因部分片段序列及NCBI数据库中下载的该物种序列及其近缘物种序列,构建系统进化树。根据进化树的聚类情况,判断NCBI数据库中的相关基因序列或物种名称的正确性,并对其中错误序列的登陆号进行标记,以防对后续涉案动物的准确鉴定造成影响。分别从30种常见涉案野生动物(共35份样本)中提取线粒体DNA,并利用通用引物扩增线粒体DNA上的Cytb基因部分片段并进行测序分析。通过NCBI数据库的Blast比对功能,筛选出与本研究物种同源性由高到低的物种,并从NCBI基因数据库中下载此类近缘物种的Cytb基因序列共482条,利用MEGA软件构建该物种的系统进化树。比对发现NCBI中登录号为DQ246798、KP202269、AY286434等3个序列所对应物种拉丁名错误。登录号为AY509634、AJ131639、AM072747等5个序列所对应物种拉丁名可能存在疑问。NCBI数据库数据可靠性有待进一步验证,只能作为涉案物种鉴定的参考数据之一,可借助构建系统进化树等方法来确认其结果的准确性。     

NCBI数据库在高中生物学教学中的应用

NCBI数据库为生物学科研及教学工作人员提供了多种生物学数据库检索服务。介绍NCBI数据库在高中生物学教学中的应用,可通过种属数据库查询生物分类地位、通过核酸数据库查询生物间亲缘关系,以及通过蛋白质信息数据库查询了解蛋白质结构等,列举了3种利用NCBI数据库进行拓展学习的途径(利用基因数据库查询代谢途径、利用BLAST功能进行序列比对、利用孟德尔数据库查询遗传病),为高中生物学教学提供新的方式。     

基于涉案兽类12S rRNA基因的NCBI数据库序列可靠性分析

本研究以常用于动物种属鉴定的12S rRNA基因位点为研究对象,利用所测得的17种常见涉案兽类12S rRNA基因部分片段序列及NCBI数据库中下载的该物种DNA序列及其近缘物种DNA序列,构建系统进化树。根据进化树的聚类情况,判断NCBI数据库中的相关基因序列或物种名称的正确性,并对其中错误序列的登陆号进行标记,以防对后续涉案动物的准确鉴定造成影响。分别从17种常见涉案兽类(共26份样本)中提取线粒体DNA,并利用通用引物扩增线粒体DNA上的12S rRNA基因部分片段并进行测序分析。通过NCBI数据库的Blast比对功能,筛选出与本研究物种同源性由高到低的物种,并从NCBI基因数据库中下载此类近缘物种的12S rRNA基因序列共351条,利用MEGA7.0软件构建该物种及其近缘物种系统进化树。通过比对发现NCBI中登录号为KP202279等3个序列所对应物种拉丁名错误。登录号为AY184436等11个序列所对应物种拉丁名可能存在疑问。GenBank中某些物种拉丁名有同种异名现象。因此,NCBI数据库数据可靠性有待进一步验证,只能作为涉案物种鉴定的参考数据之一,可借助构建系统进化树等方法来确认其结果的准确性。     

mRNA研究的数据库资源

mRNA的功能除了指导蛋白质合成外,在其5′和3′端非翻译区包含的序列元件对基因表达和调控起着非常重要的作用,介绍了Transterm、UTR、ARED和TRSIG等研究mRNA结构和功能的数据库,并对其特点和使用作了介绍。     

农业生物信息数据库发展现状及应用

农业生物信息数据库是农业科学研究者的基础工具,利用数据库中的大量信息,便于进行农业生物的改良与保护。本文介绍了农业生物信息数据库的发展状况及其应用,并讨论了目前农业生物信息数据库存在的问题。     

生物数据库建立与应用的研究

生物信息学是一门在生命科学的研究中计算机科学与生物学及应用数学等多学科相互交叉而形成的综合性学科。主要介绍了生物信息学数据库的分类和生物信息学数据库的特点及其应用,同时对生物信息学数据库的未来发展作了进一步的展望。     

生物信息学数据库调查分析及其利用研究

从生物信息学数据库利用的角度调查分析生物信息学数据库的现状,为我国科研人员利用网上生物信息学数据库以及生物信息中心的开发提供科学依据和参考价值。研究采用网上调查的方法,对法国生物信息中心Infobiogen建立维护的生物信息学数据库目录DBcat中收录的511个数据库进行调查统计,分析其类型分布、国家分布、更新频率和获取方式;在此基础上。进一步利用欧洲分子生物学信息网(EMBnet)中30个成员国节点对生物信息学数据库利用现状进行统计分析。     

抗菌肽数据库简介

随着抗菌肽研究的不断发展,科研工作者建立了抗菌肽数据库。这些数据库使得抗菌肽的研究更加方便。就几个重要抗菌肽数据库的内容和使用方法作一简介     

Plant genome resources at the national center for biotechnology information

The National Center for Biotechnology Information (NCBI) integrates data from more than 20 biological databases through a flexible search and retrieval system called Entrez. A core Entrez database, Entrez Nucleotide, includes GenBank and is tightly linked to the NCBI Taxonomy database, the Entrez Protein database, and the scientific literature in PubMed. A suite of more specialized databases for genomes, genes, gene families, gene expression, gene variation, and protein domains dovetails with the core databases to make Entrez a powerful system for genomic research. Linked to the full range of Entrez databases is the NCBI Map Viewer, which displays aligned genetic, physical, and sequence maps for eukaryotic genomes including those of many plants. A specialized plant query page allow maps from all plant genomes covered by the Map Viewer to be searched in tandem to produce a display of aligned maps from several species. PlantBLAST searches against the sequences shown in the Map Viewer allow BLAST alignments to be viewed within a genomic context. In addition, precomputed sequence similarities, such as those for proteins offered by BLAST Link, enable fluid navigation from unannotated to annotated sequences, quickening the pace of discovery. NCBI Web pages for plants, such as Plant Genome Central, complete the system by providing centralized access to NCBI's genomic resources as well as links to organism-specific Web pages beyond NCBI.     

环境生物技术信息学及其应用

通过介绍环境生物技术及生物信息学的产生发展及应用,概述了环境生物技术信息学的内容与应用前景。     

植物激素相关核酸和蛋白质二级数据库的构建与应用

以NCBI维护的一级数据库为数据源建立植物激素相关核酸和蛋白质二级数据库。将该二级数据库设计为基因、蛋白质和文献三部分,编写软件从上述数据源中采集数据,并以XML作为中间格式保存,通过解析提交到二级数据库中并集成部分生物信息学工具软件,初步实现了数据检索、统计分析、基于Web的本地化BLAST同源序列检索、序列的自动拼接以及蛋白质结构和功能位点的分析等功能。该二级数据库的构建为植物激素作用分子机理研究提供了高针对性的植物激素数据源和生物信息学辅助工具。     

The integrated web service and genome database for agricultural plants with biotechnology information

The National Agricultural Biotechnology Information Center (NABIC) constructed an agricultural biology-based infrastructure and developed a Web based relational database for agricultural plants with biotechnology information. The NABIC has concentrated on functional genomics of major agricultural plants, building an integrated biotechnology database for agro-biotech information that focuses on genomics of major agricultural resources. This genome database provides annotated genome information from 1,039,823 records mapped to rice, Arabidopsis, and Chinese cabbage.     

Functional information in SWISS-PROT: the basis for large-scale characterisation of protein sequences

With the rapid growth of sequence databases, there is an increasing need for reliable functional characterisation and annotation of newly predicted proteins. To cope with such large data volumes, faster and more effective means of protein sequence characterisation and annotation are required. One promising approach is automatic large-scale functional characterisation and annotation, which is generated with limited human interaction. However, such an approach is heavily dependent on reliable data sources. The SWISS-PROT protein sequence database plays an essential role here owing to its high level of functional information.     

BEID: Database for sequence-structure-function information on antigen-antibody interactions

The B-cell Epitope Interaction Database (BEID; http://datam.i2r.a-star.edu.sg/BEID) is an open-access database describing sequence-structure-function information on immunoglobulin (Ig)-antigen interactions. The current version of the database contains 164 antigens, 126 Ig and 189 Ig-antigen complexes extracted from the Protein Data Bank (PDB). Each entry is manually verified, classified, and analyzed for intermolecular interactions between antigens and the corresponding bound Ig molecules. Ig-antigen interaction information that is stored in BEID includes solvent accessibility, hydrogen bonds, non-hydrogen bonds, gap volume, gap index, interface area and contact residues. The database can be searched with a user-friendly search tool and schematic diagrams for Ig-antigen interactions are available for download in PDF format. The ultimate purpose of BEID is to enhance the understanding of the rules of engagement between antigen and the corresponding bound Ig molecules. It is also a precious data source for developing computational predictors for B-cell epitopes.     

Fungal lycopene: the biotechnology of its production and prospects for its application in medicine

This article deals with the lycopene of mycelial fungi. It pays special attention to its physical and chemical properties, occurrence in nature, biological functions, and the biotechnology of lycopene production. Data are presented concerning the medically important properties of lycopene and the drug Mycolycopene prepared on its basis. Its prospective use in the therapy of prostate cancers is discussed.