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1.
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早期胃腺癌原代细胞适配子的筛选与鉴定
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郭鹏 习静 张雪燕 姚海燕 马驰 马鑫 杨敏 冯慧婷 侯纯荣 徐先云 韩跃武《中国生物化学与分子生物学报》,2013年第3期
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胃腺癌是消化道最常见的恶性肿瘤之一,由于没有针对早期胃腺癌有效的诊断方法,目前胃腺癌手术治疗还主要针对中晚期患者,预后差.本文应用cell-SELEX技术,筛选早期胃腺癌原代细胞的适配子,为早期胃腺癌的诊断提供新的思路.从早期胃腺癌组织中分离得到早期胃腺癌原代细胞,应用体外合成全长88 bp中间含52 bp随机序列的单链DNA文库,通过对PCR扩增条件的优化,借助生物素-链霉亲和素磁珠系统,经cell-SELEX反复筛选,可获得针对早期胃腺癌原代细胞的特异性适配子.经12轮cell-SELEX筛选,ssDNA文库与早期胃腺癌原代细胞的亲和力由1 560上升到4 336,表明亲和力较高的适配子得到逐步富集.经克隆和测序,应用软件分析可知,30个克隆子中编号为C17和C27的2个序列完全一致,具同源性,二级结构预测可知单链DNA形成不同的茎环结构可能是适配子与早期胃腺癌原代细胞作用的结构基础.特异性分析显示,胃腺癌原代细胞组与正常胃粘膜上皮细胞、空白对照组之间荧光强度值差异非常显著(P<0.01);正常胃粘膜上皮细胞组与空白对照组之间差异不显著(P>0.05).经亲和力测定,各适配子与早期胃腺癌原代细胞的解离系数达到nmol/L,具有很高的亲和力.利用cell-SELEX技术成功筛选到早期胃腺癌原代细胞的适配子,为胃腺癌的早期诊断与治疗药物靶点方面的研究奠定了实验基础.
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2.
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用SELEX技术筛选环孢霉素A适体
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李卫滨 兰小鹏 杨湘越 吴文冰《生物技术通讯》,2007年第18卷第5期
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目的：运用指数富集的配体系统进化（SELEX）技术筛选并鉴定环孢霉素A（CsA）特异性适体。方法：合成全长78个核苷酸中间含35个随机序列的随机单链DNA（ssDNA）文库，通过SELEX方法，以CsA为靶标、磁珠为筛选介质，利用生物素-链亲和素-辣根过氧化物酶系统检测每轮ssDNA文库与CsA的亲和力，筛选针对CsA的适体，将最后一轮筛选产物克隆测序，并运用相关软件进行一级结构和二级结构分析。结果：经过10轮筛选，ssDNA文库与CsA的亲和力呈上升趋势，随机挑选的19个克隆适体根据一级结构的同源性可分为5个家族，二级结构预测以茎环（发夹）为主。结论：通过改良SELEX方法筛选得到了CsA特异性的适体。
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3.
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SELEX技术筛选变形链球菌UA159适配子可行性的研究 被引次数：1
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黄博 彭磊 王帅 刘筱娣 郭丽宏《现代生物医学进展》,2012年第12卷第21期
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目的:研究SELEX技术用于筛选口腔致龋菌适配子的可行性。方法:化学合成长度为35mer的随机ssDNA文库,利用SE-LEX技术,分别以变形链球菌UA159(以下简称变链UA159)、乳杆菌和离心管作为靶物质,筛选适配子,不对称PCR扩增筛选产物,所得适配子进行克隆、测序,分析其二级结构,并对其二级结构进行了初步分析。结果:显示各个靶物质的筛选产物在第二轮筛选时就已经表现出具有特征性的二级结构。结论:SELEX技术可以用于口腔致龋菌适配子的筛选。
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4.
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筛选环孢霉素A适体的SELEX技术的建立 被引次数：1
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李卫滨 兰小鹏 杨湘越 周长邵《中国生物化学与分子生物学报》,2007年第23卷第10期
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体外合成一个全长78个核苷酸,中间含35个随机序列的随机单链寡核苷酸序列(ssDNA)文库，运用指数富集的配体系统进化(SELEX)技术，以环孢霉素A(CsA)为靶目标,以磁珠作为筛选介质，利用生物素 链酶抗生物素 辣根过氧化物酶系统,检测每轮ssDNA文库与CsA的亲和力，筛选并鉴定CsA特异性的适体.经过11轮的筛选，ssDNA文库与CsA的亲和力呈上升趋势.将第10轮筛选产物克隆测序并运用相关软件进行一级结构和二级结构分析.随机挑选的19个克隆适体,根据一级结构的同源性可分为5个家族，二级结构预测以茎环(发夹)为主,这可能是适体与CsA作用的部位. CsA特异性的适体将用于酶联法、免疫荧光法等对CsA进行检测.
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5.
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CP4- EPSPS转基因蛋白的适体筛选与亲和性分析
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江树勋 郎春燕 邵碧英 陈洪俊 陈文炳 潘大仁 Jun ShengLin《生物技术》,2011年第21卷第6期
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目的:通过筛选获得CP4 - EPSPS转基因蛋白的最优适体,为应用于检测作准备.方法:体外合成长度为78个碱基的随机ssDNA文库,应用指数富集配基的系统进化(SELEX)技术,以CP4 - EPSPS转基因蛋白为靶目标进行15轮筛选,将筛选到的适体群进行克隆、测序,用DNAMAN软件对每个适体的保守序列和二级结构进行分析并应用生物素-抗地高辛碱性磷酸酶显色系统进行亲和性分析.结果:成功获得靶目标的最优适体,即D04号适体,结合率最高(2.2745)为最低的5.9倍.结论:筛选流程合理、可行,实验结果较理想.
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6.
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丙型肝炎病毒 NS3 螺旋酶寡核苷酸 适配子的筛选与鉴定 被引次数：5
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詹林盛 卓海龙 王会中 彭剑淳 王全立《生物化学与生物物理进展》,2005年第32卷第3期
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为筛选和鉴定抗丙型肝炎病毒 (HCV) NS3 螺旋酶 (NS3h) 的寡核苷酸适配子 (aptamers). 利用 SELEX 技术，以 HCV NS3h 为靶分子，从体外合成的 81 bp 随机单链 DNA 文库中筛选与 HCV NS3h 特异结合的寡核苷酸适配子 . 克隆测序后，进行了解离常数 (Kd) 测定和 Clustal W 软件包分析适配子一级结构 . 经过 8 轮循环筛选，随机 ssDNA 库与 HCV NS3h 的结合率从 0.45% 上升到 29.5%. 所有的一级结构没有共同的同源序列，但可分 5 个家族，其中 4 个家族具有共同的保守序列 . 解离常数测定表明，寡核苷酸适配子 H2 与 HCV NS3h 特异结合的亲和力最高，Kd值为 140 nmol/L. 适配子 H2 (10 μmol/L) 在体外对 HCV NS3h 的活性具有一定的抑制作用，抑制率达 44%. 利用随机寡核苷酸文库获得了抗 HCV NS3h 的寡核苷酸适配子 .
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7.
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大鼠成骨细胞特异单链DNA适配体的筛选与鉴定
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李慧 丁红梅 李洁 黄皑雪 苏雪婷 梁超 张令强 赵强 李少华 邵宁生《生物技术通讯》,2015年第1期
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目的:筛选能特异识别大鼠成骨细胞的单链DNA(ssDNA)适配体并对其进行鉴定。方法:利用完整细胞为靶标的消减细胞SELEX技术筛选大鼠成骨细胞特异ssDNA适配体,通过荧光显微镜、流式细胞术、基因克隆测序、MEME在线软件和RNA structure分析软件,分析适配体的一、二级结构,并对筛选得到的适配体进行鉴定。结果:经过6轮消减细胞SELEX筛选,荧光显微镜鉴定文库已富集;通过流式细胞术检测及测序分析,得到2条适配体L54和L66与大鼠成骨细胞特异结合,其平衡解离常数分别为494.4±133.3和511.4±160.7 nmol/L。结论:筛选获得特异识别大鼠成骨细胞的ssDNA适配体。
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8.
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肝脏去唾液酸糖蛋白受体特异性RNA适配子的SELEX筛选与鉴定
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刘嘉 ;杨燕 ;胡斌 ;马智勇 ;余源 ;黄红平 ;陆蒙吉 ;冯新华 ;郭培宣 ;杨东亮《国外医学:分子生物学分册》,2009年第3期
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目的获得能够特异性高亲和力结合肝脏特异性去唾液酸糖蛋白受体（asialoglycoprotein receptor，ASGPR）的RNA适配子，为开发诊断和治疗肝脏疾病的靶向性试剂和药物奠定基础。方法合成一个长度为115nt含有25个随机序列的单链DNA随机文库，通过体外转录构建出单链RNA适配子随机文库，以肝脏ASGPR大亚基为靶蛋白，采用SELEX（systematic evolution of ligands by exponential enrichment）技术筛选具有高亲和力的AsGPR特异性RNA适配子；通过膜结合测定实验、凝胶阻滞实验鉴定筛选适配子对靶蛋白的特异性和亲和力。结果经过12轮筛选获得了具有高亲和力的肝脏ASGPR特异性RNA适配子。结论成功地筛选出了具有离亲和力的肝脏ASGPR特异性RNA适配子库。
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9.
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灭活铜绿假单胞菌适体的筛选 被引次数：1
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曾燕丽 兰小鹏 江丽 刘丰伟 李卫滨《中国生物化学与分子生物学报》,2009年第25卷第1期
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利用指数富集配基的系统进化(SELEX)技术，以灭活的铜绿假单胞菌为靶标，从体外合成的96 nt随机ssDNA文库中筛选与铜绿假单胞菌特异结合的适体.在第12轮和第14轮与其它假单胞菌属进行反筛策略，并进行了适体的结合亲和力的测定，再分别利用ClustalX、Mega2和Mfold sever软件分析适体的一级和二级结构.研究结果表明，经过15轮筛选，随机ssDNA文库与铜绿假单胞菌结合的A值从0.022上升到0.448.反筛与未反筛的结合A比值最高比为53倍.经过第15轮反筛后的24个阳性克隆子测序，根据软件分析，其可分成10个家族.每个家族都有其共同的保守序列（除第10个家族），其中有2条序列几乎完全一致(F23和F47)，同源性达到97%，A值分别高达1.598和1.508，Kd为14.55和77.46 nmol/L，间接说明适体与铜绿假单胞菌的结合力明显增高.
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10.
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抑制肿瘤坏死因子-α的DNA适配子的筛选与鉴定 被引次数：2
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郭克泰 严馨蕊 黄国锦 徐春晓 柴映爽 张智清《生物工程学报》,2003年第19卷第6期
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应用SELEX技术筛选能与TNF结合的DNA适配子。化学合成随机寡聚DNA库，以TNF为靶蛋白，经过12轮SELEX筛选，将所得产物克隆、测序。根据所测序列化学合成寡聚DNA适配子，用生物素_亲和素_辣根过氧化物酶显色系统检测适配子与TNF的结合活性；用鼠L929细胞检测适配子拮抗TNF活性。结果显示，所筛选到的寡聚DNA能与TNF-α高亲和力结合，并能在细胞培养中拮抗TNF-α的细胞毒活性。
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11.
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哈维氏弧菌适配子的SELEX筛选及其亲和特异性研究
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郑江 郝聚敏 宋林生 刘瑞《生物化学与生物物理进展》,2014年第41卷第7期
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哈维氏弧菌是水产养殖中的重要条件致病菌,对其进行快速、准确地检测和鉴定是相关病害防治的基础和关键.适配子具有亲和力高、特异性强、稳定性好等优点,在微生物的检测和鉴定方面呈现出广泛的应用前景.本研究以哈维氏弧菌为靶目标,采用SELEX技术,即指数级富集配体的系统进化技术,筛选其特异性适配子.经15轮筛选后,随机ssDNA文库的亲和力从3.51上升到58.95,提高了15.8倍.筛选出的适配子富集库经克隆、测序后得到52条不同序列,根据同源性将这些序列分成8个家族,其中第1和第2家族的适配子数量最多,超过总数的50%.通过深入分析,筛选出6个对哈维氏弧菌有显著亲和特异性(P0.01)的高频适配子,其中5个高频适配子(S1、S25、S26、S27、S35)对哈维氏弧菌有较高的亲和力,相应的亲和常数Kd值分别为(32.6±7.1)、(45.3±10.1)、(24.7±5.8)、(34.8±5.6)、(12.9±4.0)nmol/L.本文还对高频适配子的产生机制及其应用价值进行了探讨.本文首次筛选出了对哈维氏弧菌具有较高亲和特异性的适配子,为后续利用适配子进行哈维氏弧菌的检测和鉴定奠定了基础.
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12.
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SELEX技术筛选纤维蛋白适配子的研究
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李保玉 刘家云 屈园利 董雯 李旭枝 龙铟《现代生物医学进展》,2015年第11期
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目的:用纤维蛋白作为靶物质对ss DNA随机序列文库进行筛选,旨在获得高亲和力的纤维蛋白适配子。方法:在体外人工合成长度为99个核苷酸的ss DNA随机序列文库,文库中间区域为63个核苷酸的随机序列,两端为18个核苷酸的固定的引物序列;然后以羧基磁珠为介质包被纤维蛋白,利用指数级富集的配体系统进化技术(SELEX)对ss DNA随机序列文库进行反复筛选,当结合率不再提高时对筛选出的适配子进行连接、转化及测序分析。结果:羧基磁珠成功地包被了纤维蛋白,包被效率为87.65%,经15轮逐步递增压力的筛选,获得了纤维蛋白适配子群,经测序分析比对发现适配子有很好的多样性。结论:应用SELEX技术初步筛选出了亲和力较高的纤维蛋白适配子群,为下一步的鉴定及功能研究奠定了良好基础。
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13.
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用于未纯化蛋白样品核酸适配体筛选的Western印迹-SELEX筛选技术的建立
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李慧 ;赵强 ;梁超 ;丁红梅 ;李洁 ;黄皑雪 ;苏雪婷 ;张令强 ;李少华 ;邵宁生《生物技术通讯》,2014年第6期
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目的：建立一种基于Western印迹的指数式富集的配体系统进化（SELEX）技术，用于未纯化蛋白样品核酸适配体筛选。方法：将目的蛋白经SDS-PAGE分离后转移到PVDF膜上，用生物素标记的ssDNA与PVDF膜上的蛋白共同孵育，获得能与靶蛋白特异结合的适配体，最后通过生物素-链霉亲和素-辣根过氧化物酶系统、基因克隆测序、MEME在线软件和RNAstructure软件分析适配体的一、二级结构，并对筛选得到的适配体进行鉴定。结果：经过4轮筛选，获得了能特异识别靶蛋白而不识别无关蛋白的适配体，原库Gp45则与上述蛋白均没有结合。结论：建立了Western印迹-SELEX技术，可用于未纯化蛋白样品核酸适配体筛选。
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14.
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SELEX法筛选宫颈癌前病变核酸适配子
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李文慧 石大林 贾茹涵 杨静 张艳艳 陈卫 韩跃武《生物工程学报》,2018年第34卷第5期
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构建随机ssDNA文库,通过SELEX技术,以正常、炎性宫颈脱落细胞为反筛细胞,以上皮内低级别病变(CIN1)、上皮内高级别病变(CIN2、CIN3)和鳞状细胞癌脱落细胞为正筛细胞,经过12轮筛选特异性适配子高度富集得到宫颈癌前病变适配子库,经特异性、亲和力分析和细胞免疫荧光确立高特异性适配子CIN-Ap4可作为诊断宫颈癌前病变生物标志物,为宫颈癌前病变分子诊断奠定理论基础,提供新思路。利用Prime Premier 5.0设计构建了随机ssDNA文库并根据文库两端固定序列设计引物,对对称PCR和间接不对称PCR中的退火温度、循环数以及上、下游引物浓度比等条件进行优化,分析确定50μL反应体系中对称PCR的最佳反应条件为:最佳退火温度为49.5℃,最佳循环数为15个循环;间接不对称PCR的最佳反应条件为:50μL反应体系中上、下游引物浓度的最佳比例为80∶1,最佳循环数为35个循环。实验结果表明成功构建了寡核苷酸文库,在最适PCR条件下可获得理想的dsDNA和ssDNA,并具有良好的重复性,为顺利筛选适配子提供保证。
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15.
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随机单链DNA文库SELEX筛选寡核苷酸适配子方法的建立 被引次数：8
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詹林盛 邵宁生 彭剑淳 孙红琰 王全立《生物化学与生物物理进展》,2003年第30卷第1期
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指数富集配基的系统进化(SELEX)技术是一种新的组合化学技术.体外构建了一个长度为81 nt、含有35个随机序列的单链DNA(ssDNA)文库，优化了ssDNA文库扩增为双链DNA (dsDNA)文库的PCR反应条件.通过对比不对称PCR和生物素-链亲和素磁珠分离方法制备ssDNA文库的效果，确定了以生物素-链亲和素磁珠分离方法制备ssDNA.由于脱氧核糖核酸的疏水性导致ssDNA文库与硝酸纤维素滤膜的结合背景过高，因此选择以微孔板为介质，分离与靶蛋白结合的适配子.经过9轮循环筛选，随机ssDNA文库与丙型肝炎病毒(HCV)核心蛋白(C蛋白)的结合率从0.5%上升到32.5%.
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16.
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两种富集方法相结合对蓖麻毒素进行SELEX筛选研究 被引次数：4
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唐吉军 谢剑炜 邵宁生 沈晓书《生物技术》,2005年第15卷第1期
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为了获得能特异识别具有细胞毒性的蓖麻毒素蛋白寡核苷酸适配子，体外构建了含40个随机序列全长87nt的随机ssDNA文库，采用指数富集配基的系统进化(SELEX)技术方法，结合微孔板和亲和树脂两种分离、富集方法，经过数轮筛选，文库与蓖麻毒素的结合率达到了38．5％。结果表明，以亲和树脂为分离介质进行筛选，富集效果非常明显。
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17.
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金黄色葡萄球菌外毒素B特异性适体的筛选及其应用 被引次数：1
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甘龙杰 兰小鹏 江丽 马立强《生物技术通讯》,2010年第21卷第2期
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目的：利用指数富集配基的系统进化（SELEX）技术，筛选能与金黄色葡萄球菌外毒素B（SEB）特异、高亲和力结合的单链DNA（ssDNA）适体，并将该适体应用于患者血清标本的检测。方法：从体外合成的96核苷酸随机ss—DNA文库中，以羧基磁珠作为筛选介质，经逐步PCR扩增、筛选，获得针对SEB的高亲和力、高特异性适体；利用荧光素标记适体测定筛选过程中各轮结合力；利用酶连接适体方法检测适体特异性和结合力。结果：经过13轮筛选，ssDNA文库与SEB的结合百分率从1．1％提高到39．8％，增加了36倍；获得的ssDNA适体（A11）针对SEB的特异性强，与金黄色葡萄球菌表面蛋白A（SPA）结合低，并能初步识别患者血清。结论：利用SELEX技术筛选获得了特异结合SEB的高亲和力的ssDNA适体，为金黄色葡萄球菌的临床诊断与治疗奠定了基础。
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体外筛选炭疽芽孢适配子 被引次数：11
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甄蓓 宋亚军 郭兆彪 王津 张敏丽 俞守义 杨瑞馥《Acta biochimica et biophysica Sinica》,2002年第34卷第5期
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用SELEX技术 ,寻获炭疽芽孢适配子 ,研究其亲和功能及是否作为炭疽芽孢的检测分子。化学合成长度为 35mer的随机DNA库 ,以炭疽杆菌疫苗株A .16R芽孢为靶标进行 18轮的筛选 ,筛选产物克隆、测序 ,利用生物素 亲和素 辣根过氧化物酶显色系统判断适配子与芽孢的结合活性 ;计算机软件分析测序适配子保守序列和二级结构 ;以兔抗炭疽芽孢抗体为捕获分子 ,适配子为检测分子混合夹心法检测炭疽芽孢。第 18轮筛选的适配子与芽孢结合后A值比第 1轮的提高了 3733 .33 %以上 ;测序 79个序列中 ,A值最高为 1.2 0 ,最低为 0 .2 0 ;混合夹心法检测表明 ,适配子量为 16 μg ,芽孢为 4× 10 7个时 ,显色信号强度最强。结果提示 ,其 5′端茎环及发夹结构是与芽孢结合的基础 ,远程高级结构对其结合功能有一定的影响 ;寡核苷酸适配子可以作为炭疽芽孢的检测分子
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19.
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Vasorin蛋白特异单链DNA适配体的筛选与鉴定
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李慧 王玮 丁红梅 董洁 黄皑雪 罗昭锋 李洁 白琛俊 李少华 邵宁生《生物技术通讯》,2018年第4期
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目的:筛选能特异识别vasorin(VASN)蛋白的单链DNA(ss DNA)适配体并对其进行鉴定。方法:利用SPRSELEX技术筛选VASN蛋白特异ss DNA适配体,通过基因克隆测序、MEME在线软件和RNA structure软件分析富集文库序列并挑选出候选适配体序列,利用EMSA、ELISA、流式细胞术对候选适配体进行特异性与亲和力鉴定。结果:经过5轮SELEX筛选,获得了与VASN蛋白特异结合的ss DNA适配体富集文库,合成候选适配体,经EMSA和ELISA检测分析,证实适配体V4-2能与VASN蛋白特异结合,而不与无关对照牛血清白蛋白结合,其平衡解离常数为281.3±103.7 nmol/L;流式细胞术证实V4-2能够特异识别高表达VASN蛋白的Hep G2细胞。结论:筛选获得特异识别VASN蛋白的ss DNA适配体V4-2。
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20.
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细胞SELEX技术用于胰腺癌细胞特异性适配体的筛选及鉴定
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黄旭方 仲津漫 赵娓娓 文娣娣 任静 宦怡《中国生物化学与分子生物学报》,2018年第6期
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细胞SELEX是目前常用的筛选细胞特异性适配体的技术。胰腺癌细胞特异性适配体在胰腺癌的诊断和治疗中有巨大的应用潜力。本研究拟通过该技术获得特异性识别胰腺癌PANC-1细胞的适配体,并对所筛选的适配体进行功能鉴定。本研究以胰腺癌PANC-1细胞为正筛细胞,正常胰腺导管上皮细胞HPDE6-C7为负筛细胞,通过磁珠法细胞SELEX技术进行筛选。经过12轮筛选,对筛选文库进行PCR扩增、质粒转染、单克隆挑选及测序,获得2条适配体Apt-5和Apt-12。流式细胞术检测发现,适配体Apt-5和Apt-12可特异性识别PANC-1细胞,其Kd值分别为8.27±2.10 nmol/L和8.88±2.51 nmol/L,Kd值均处于纳摩尔级别。通过RNA结构预测,2条适配体的二级结构均为茎-环结构。细胞免疫荧光验证了适配体的结合部位为细胞膜表面。本研究表明,通过磁珠法细胞SELEX技术,成功获得可特异性识别胰腺癌PANC-1细胞的适配体。该适配体有望成为胰腺癌诊断和治疗中的特异性分子靶向剂。
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