猪瘟病毒石门株与兔化弱毒株E0糖蛋白基因的克隆及序列分析

参考已发表的猪瘟病毒序列,设计并合成了一对引物,应用ＲＴＰＣＲ 技术,扩增了猪瘟兔化弱毒（Ｈｏｇ ｃｈｏｌｅｒａ ｖｉｒｕｓ ｌａｐｉｎｉｚｅｄ Ｃｈｉｎｅｓｅ ｓｔｒａｉｎ , ＨＣＬＶ） 和石门强毒株的Ｅ０ 糖蛋白基因,并将其克隆到ｐＧＥＭＴ 载体中,测定了其核苷酸序列,并推导了其氨基酸序列。结果表明我国这两株强弱不同毒株Ｅ０ 糖蛋白核苷酸序列同源性和推导的氨基酸序列同源性分别为９５－０ ％ 和９４－３ ％ ,有１３ 个氨基酸的差异,ＨＣＬＶ 比石门株多了一个潜在的Ｎ糖基化位点。将我国这两株病毒与国外已报导的ＨＣＶ 毒株Ｅ０ 基因序列进行了比较,发现石门株与日本的两株毒株ＡＬＤ 和ＧＰＥ－ 同源性较高,核苷酸序列同源性分别为９７－４ ％ 和９６－５ ％ ,氨基酸同源性分别为９７－４ ％ 和９６－０ ％ ,而与欧洲Ｂｒｅｓｃｉａ 株和Ａｌｆｏｒｔ 株同源性较低,核苷酸同源性分别为９２－２ ％ 和８６－５ ％ ,氨基酸同源性为９５－２ ％ 和９２－５ ％ , ＨＣＬＶ 与ＡＬＤ、ＧＰＥ－ 、Ｂｒｅｓｃｉａ、Ａｌｆｏｒｔ 株核苷酸同源性分别为９５－６ ％ 、９４－９ ％ 、９１－３ ％ 、８５－５ ％ …     

石岐杂鸡r-干扰素基因的克隆与序列分析研究

华南农业大学动物科学学院吕英姿、毕英佐和曹永长三位先生对广东石歧杂鸡r-干扰素基因的克隆与序列作了分析,他们根据现有鸡r-干扰素基因序列设计引物,应用反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）技术,从ConA诱导培养的鸡脾淋巴细胞中扩增得到石歧杂鸡r-干扰素（SqzChIFN-r）基因,将其克隆到PGEM-T载体中,进行序列测定,结果表明,经克隆得到的那种ChIFN—r基因的开放阅读框由492个核苷酸组成,它与其他ChIFN—r基因的同源性达到99％,与火鸡r-干扰素基因的同源性为96％,与鸭r-干扰素基因的同源性为81％。由此,他们推导石歧杂鸡IFN-氨基酸序列与其他已知的ChIFN—r氨基酸序列完全相近或一致,同时与火鸡和鸭IFN—r氨基酸同源性分别为97％和67％。此说明石岐杂鸡r-干扰素基因的同源性与鸡类的较近,与其他不同种类的则较远。     

蜱传脑炎病毒东北株E蛋白的核酸和氨基酸序列

从我国东北林区死者脑组织中,分离到蜱传脑炎病毒ＨＬＪ－１株,测定了它的Ｅ蛋白基因序列和推导的氨基酸序列,以及Ｅ蛋白抗原位点反应图谱。将该株与远东亚型Ｓｏｆｙｎ株和中欧亚型Ｎｅｕｄｅｒｆｌ株做了同源性比较,ＨＬＪ－１株与Ｓｏｆｙｎ株Ｅ蛋白基因的核苷酸及氨基酸的同源性分别为９４．３％和９８．８％;与Ｎｅｕｄｏｅｒｆｌ的核苷酸和氨基酸的同源性分别为８３．７％和９６％。在Ｅ蛋白的核苷酸序列中,ＨＬＪ－１和     

中国地方品种鸡白细胞介素2基因的克隆及遗传进化分析(英)

鸡白细胞介素 2 (chIL 2 )是近年来新发现的一类细胞因子 .根据Sundick等发表的鸡IL 2基因序列设计一对特异性引物 ,从ConA体外激活的脾淋巴细胞中提取mRNA ,通过RT PCR方法分别扩增和克隆了我国仙居鸡、丝羽乌骨鸡两个地方品种和艾维茵商品肉鸡IL 2cDNA .仙居鸡、丝羽乌骨鸡和艾维茵商品肉鸡IL 2基因的编码区均由 42 9nt组成 ,编码一个由 143个氨基酸组成的前体蛋白 .基因 5′端含有 17个核苷酸 ,3′端含有 2 85个核苷酸组成的非编码区 ,3′ UTR中含有 5个重复的“ATTTA”序列 .编码蛋白氨基酸与来自GenBank的Kestrel、Obese和SC品系的来杭鸡比较 ,氨基酸的突变主要发生在 2 8～ 3 2位 .而这一区域仙居鸡和丝羽乌骨鸡的编码氨基酸序列与Kestrel来杭鸡相同 ,艾维茵商品肉鸡与Obese和SC来杭鸡相同 .基因系统进化树分析表明 ,仙居鸡、丝羽乌骨鸡和Kestrel来杭鸡具有很近的亲缘关系 ,艾维茵商品肉鸡与Obese和SC来杭鸡具有很近的亲缘关系 .中国的药用鸡品种———丝羽乌骨鸡在非常保守的 13 3位发生了氨基酸突变     

鹅白细胞介素 2基因的克隆与分子模型

对鸡、鸭、火鸡IL-2的核苷酸序列进行比较,在其保守区设计引物,通过RT-PCR方法扩增和克隆了鹅白介素2 (goIL-2) 的核苷酸序列。该序列由768 nt组成,编码一条由141个氨基酸组成的前体蛋白。goIL-2核苷酸序列和氨基酸序列与鸭IL-2(duIL-2)核苷酸序列和氨基酸序列的同源性为90.1%和83.6%,与鸡、火鸡和鹌鹑IL-2的同源性为69.7%-75%和61.0%-63.1%,与哺乳动物IL-2的同源性为25%-30%和14%-17%。氨基酸序列分析表明,N端存在一长21个氨基酸的信号肽,含有形成2个链内二硫键的4个半胱氨酸。goIL-2 mRNA的体外表达动力学分析表明,脾脏T淋巴细胞经Con A诱导2 h至24 h均可检测到goIL-2 mRNA的表达。三维结构预测表明,goIL-2蛋白由A、B、C、D 4个α-螺旋和2个?-折叠构成。遗传进化分析表明,goIL-2和duIL-2的亲缘关系最近。     

鸡二价金属转运蛋白1 cDNA的克隆与序列分析

鸡二价金属转运蛋白1（divalent metal transporter 1, DMT1）在动物胃肠道锰吸收过程中起重要作用.根据哺乳动物Dmt1同源蛋白氨基酸序列的保守性设计引物,应用3′RACE(rapid amplification of cDNA ends)技术,扩增并克隆获得鸡小肠Dmt1 cDNA 3′端1 289bp和1 092bp的2种片段,发现其3′端翻译区和非翻译区存在差异. 根据鸡Dmt1 cDNA 3′端片段的测序结果设计引物,扩增获得1个与3′端片段部分重叠的鸡Dmt1 cDNA 5′端907 bp片段,并对其进行了克隆测序. 根据鸡小肠Dmt1 3′RACE片段和5′RACE片段序列信息进行拼接,从而获得鸡小肠Dmt1 cDNA全序列信息.结果表明,鸡小肠Dmt1 cDNA有2种形式,1种全长为1 972个核苷酸,其中5′非翻译区为104个核苷酸,编码区1 695个核苷酸,3′非翻译区为173个核苷酸,编码1个含564个氨基酸残基的蛋白质;另1种形式为1 775个核苷酸,其中5′非翻译区为104个核苷酸,编码区1 593个核苷酸,3′非翻译区为78个核苷酸,编码1个含530个氨基酸残基的蛋白质.据鸡Dmt1 cDNA推测出的2种形式蛋白质的氨基酸序列与人、大鼠和小鼠的Dmt1蛋白具有高度同源性,它们的同源性分别为82%、82%、80%,和 84%、84%、83%. 对推测氨基酸序列进行疏水性和跨膜区分析表明,Dmt1蛋白为1种跨膜整合蛋白,具有膜转运蛋白糖基化位点和底物结合位点的保守序列.     

斜带石斑鱼生长激素/催乳素家族基因cDNAs的分子克隆及其进化意义

从斜带石斑鱼垂体提取总。RNA,再取其50ng合成SMART cDNA。从所构建的垂体SMART cDNA质粒文库中筛选到生长激素／催乳素基因家族的2个成员的全长cDNA片段：生长激素(GH)基因全长为938bp,编码204个氨基酸;催乳素基因(PRI．)全长为1429bp,编码212个氨基酸。采用计算机软件Mega 2和CLUSTAL W1．64b对9种鱼的生长激素／催乳素基因家族的3个成员(GH、PRL和生长催乳素SL)的氨基酸序列进行系统分析,构建NJ分支系统树,对于序列中的插入／缺失位点则采用Pairaise Deletion,1000次自展(Bootstrap)分析计算各节点支持率。根据3个基因的氨基酸序列构建的系统树表明,石斑鱼与金头鲷、金鲈和牙鲆聚成一类,虹鳟与大马哈鱼聚成一类,鲫鱼与鲶鱼聚成一类,鳗鲡成另外一类。根据石斑鱼全长cDNA推断的氨基酸序列比较表明,SL相对GH和PRL有较高的保守性。石斑鱼的GH、PRL和SL的氨基酸同源性在24％～31％,但其C-端的氨基酸同源性较高,尤其是C-端的3个Cys是严格保守的。其中SL与GH的同源性(30．8％)高于与PRL的同源性(25．6％),GH和PRL的同源性最低(24．1％)。     

应用RACE法克隆鸽恒定链基因的研究

为比较禽类恒定链的结构和功能, 应用RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends) 技术首次克隆并鉴定了鸽恒定链基因。首先用一对含高度保守的DNA片段的简并引物, 从鸽脾细胞RNA扩增部分恒定链片段, 接着测序并设计新引物分别从5′和3′RACE扩增延长该片段。最后根据全基因的序列设计上、下游引物,获得大小为1 050 bp的全长cDNA。比较核苷酸序列, 鸽与鸡的Ii链同源性达到82.8％, 而与人等其它动物的同源性则在52.0％以上; 其中633 bp的开放阅读框编码211个氨基酸残基的前体蛋白。推导和分析氨基酸序列表明, 分子结构与鸡恒定链相似, 其中有些氨基酸残基表现出较高的保守性。     

花生白藜芦醇合酶基因的克隆与生物信息学分析

利用Protparam、iPSORT prediction、ProtScale、SOPMA、Swiss-Modeling和Scan Prosite等生物信息学工具分别对其理化性质、信号肽、疏水性、亲水性、二级结构和三级结构进行分析。以花生粤油45总DNA和总RNA为模板,采用PCR和RT-PCR技术克隆花生白藜芦醇合酶基因的DNA和cDNA序列,并利用SWISS-PROT、DNAMAN等生物信息学工具对其基因和蛋白质序列进行了分析。测序结果显示,该基因的DNA和cDNA序列长度分别为1 498 bp和1 251 bp,cDNA序列具有完整的开放性阅读框,编码389个氨基酸的多肽。该白藜芦醇合酶氨基酸368-378位点上存在芪合酶家族的特征位点GVLFGFGPGLT。同源性分析表明,其碱基序列与已报道的花生白藜芦醇合酶基因的一致性为99%,其氨基酸序列与已报道的花生白藜芦醇合酶氨基酸序列的一致性为100%。     

Entwicklungsgeschichte und Ultrastruktur von Pollenkitt und Exine bei nahe verwandten entomophilen und anemophilen Angiospermensippen derAlismataceae,Liliaceae, Juncaceae,Cyperaceae, Poaceae undAraceae

Some closely related members of the monocotyledonous familiesAlismataceae, Liliaceae, Juncaceae, Cyperaceae, Poaceae andAraceae with variable modes of pollination (insect- and wind-pollination) were studied in relation to the ultrastructure of pollenkitt and exine (amount, consistency and distribution of pollenkitt on the surface of pollen grains). The character syndromes of pollen cementing in entomophilous, anemophilous and intermediate (ambophilous or amphiphilous) monocotyledons are the same in principal as in dicotyledons. Comparing present with former results one can summarize: 1) The pollenkitt is always produced in the same manner by the anther tapetum in all angiosperm sub-classes. 2) The variable stickiness of entomophilous and anemophilous pollen always depends on the particular distribution and consistency of the pollenkitt, but not its amount on the pollen surface. 3) The mostly dry and powdery pollen of anemophilous plants always contains a variable amount of inactive pollenkitt in its exine cavities. 4) A step-by step change of the pollen cementing syndrome can be observed from entomophily towards anemophily. 5) From the omnipresence of pollenkitt in all wind-pollinated angiosperms studied one can conclude that the ancestors of anemophilous angiosperms probably have been zoophilous (i.e. entomophilous) throughout.

     

Identification and Characterization of the First Equine Parainfluenza Virus 5

正Dear Editor,Parainfluenza virus 5 (PIV5), known as canine parainfluenza virus in the veterinary field, is a negative-sense,nonsegmented, single-stranded RNA virus belonging to the Paramyxoviridae family (Chen 2018). The virus was first reported in primary monkey kidney cells in 1954 (Hsiung1972), then it has been frequently discovered in various     

Pathogenic Characterization and Full Length Genome Sequence of a Reassortant Infectious Bursal Disease Virus Newly Isolated in Pakistan

<正>Dear Editor,Infectious bursal disease (IBD) is one of the most important diseases of the poultry. The IBD virus (IBDV), a nonenveloped virus belonging to the Birnaviridae family with a genome consisting of two segments of double-stranded RNA (segments A and B), targets B lymphocytes of bursa of Fabricious leading to immunosuppression. In Pakistan,poultry farming is the second biggest industry and IBD is the second biggest disease threating the poultry sector.However, there is limited genome information of IBDV     

Mink Circovirus Can Infect Minks,Foxes and Raccoon Dogs

正Dear Editor,Mink circovirus (MiCV), which is clustered in the genus Circovirus of the family Circoviridae, was first described in minks from farms in Dalian, China in 2013 (Lian et al.2014). The complete single-stranded circular genome of the virus is 1,753 nucleotides long and contains two major open reading frames (ORFs), designated ORF1 (Rep gene)and ORF2 (Cap gene)(Lian et al. 2014; Ge et al. 2018).Sequence analysis has shown that MiCV is most closely     

CypA Regulates AIP4-Mediated M1 Ubiquitination of Influenza A Virus

Cyclophilin A (CypA) is a peptidyl-prolyl cis/trans isomerase that interacts with the matrix protein (M1) of influenza A virus (IAV) and restricts virus replication by regulating the ubiquitin–proteasome-mediated degradation of M1. However,the mechanism by which CypA regulates M1 ubiquitination remains unknown. In this study, we reported that E3 ubiquitin ligase AIP4 promoted K48-linked ubiquitination of M1 at K102 and K104, and accelerated ubiquitin–proteasome-mediated degradation of M1. The recombinant IAV with mutant M1 (K102 R/K104 R) could not be rescued, suggesting that the ubiquitination of M1 at K102/K104 was essential for IAV replication. Furthermore, CypA inhibited AIP4-mediated M1 ubiquitination by impairing the interaction between AIP4 and M1. More importantly, both the mutations of M1 (K102 R/K104 R) and CypA inhibited the nuclear export of M1, indicating that CypA regulates the cellular localization of M1 via inhibition of AIP4-mediated M1 ubiquitination at K102 and K104, which results in the reduced replication of IAV.Collectively, our findings reveal a novel ubiquitination-based mechanism by which CypA regulates the replication of IAV.