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1.
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腾冲热海眼镜泉粉红色菌藻席的细菌组成分析 被引次数：3
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张东华 李沁元 刘杨 彭谦《微生物学报》,2004年第44卷第6期
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应用免培养法系统研究眼镜泉粉红色菌藻席的细菌组成。经过克隆筛选，测定了23个克隆的16S rDNA插入片段的近全序列。与GenBank的序列进行比对和相似性分析，结果表明，组成该菌藻席的细菌分属于Proteobacteria、Firmicutes、Bacteroidetes、Actinobacter、Deinococcus-thermus、Aquificals 6个类群(phylum)，表现出了高度的细菌多样性。结合分析温度相近的5个热泉：Octopus spring、Haegindi and Fluidir spring、Olkelduhals、Grendalur spring中的菌藻席细菌组成，表明生态位相近的不同环境中，其物种组成相近。Aquificales是中性或弱碱性高温热泉菌藻席群落的优势物种。
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2.
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滇西热泉中9个16S rDNA克隆的分析*
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王涛 柴丽红 郭春雷 崔晓龙 徐丽华 《微生物学通报》,2003年第30卷第5期
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用免培养法 (Culture independentapproach)从腾冲大滚锅和龙陵大沸泉两个高温热泉中获得的 1 6SrDNA ,经克隆筛选 ,测定了其中 9个克隆的 1 6SrDNA插入片段的近全序列 ,构建系统发育树进行分析。结果表明 ,9个克隆中有 4个是Thermus属、 2个是Bacillus属、1个是Hydrogenobacter属、 1个是Pseudomonas属 ,还有 1个在Thermodesulfobacteriaceae科
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3.
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海绵Pachychalina sp.体内细菌多样性的研究
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方再光 黄惠琴 蔡海宝 吕家森 鲍时翔《微生物学报》,2004年第44卷第4期
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通过非分离培养分析方法，直接从海绵体内提取细菌总DNA。以样品总DNA为模板进行PCR扩增获得细菌16S rDNA。用16S rDNA限制性酶切片段长度多态性（ARDRA）和测序方法对南海湛江海域海绵Pachychalina sp.体内的细菌多样性进行了研究。在细菌16S rDNA的ARDRA图谱中，大多数克隆的酶切带谱间存在差异；随机挑选22个克隆进行测序得到它们的16S rDNA部分序列，大部分序列属于γproteobacterium和αproteobacterium，但有少数克隆序列与RDP数据库中收录的16S rDNA序列间的相似性极小，不参与系统发育树的构建。研究结果表明海绵Pachychalina sp.体内细菌组成具有丰富的多样性。
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4.
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高通量测序分析云南腾冲热海热泉真菌多样性
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刘开辉 丁小维 张波 唐小飞 肖敏 鲜文东 李文均《微生物学报》,2017年第57卷第9期
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[目的] 本研究揭示云南腾冲热海热泉真菌多样性及群落分布格局，探讨其理化因子对真菌群落结构的影响。[方法] 利用Illumina HiSeq2500高通量测序平台对腾冲热海热泉沉积物宏基因组ITS基因进行测序，并进行生物信息分析。[结果] 从5个热泉样品中共检测到343484条有效序列，包括5个真菌门，20个纲，66个目。右姐妹泉（JMQR）、左姐妹泉（JMQL）、蛤蟆嘴泉（M）、桥泉（QQ）及鼓明泉（GMQP）分别以Agaricales、Eurotiales、Capnodiales和Hypocreales等为优势目。在属水平上，共获得365个属，从JMQR中检测到212个属，以裂褶菌属（Schizophyllum）为最优势；从JMQL中挖掘到197个属，以青霉属（Penicillium）为最优势类群；从M和QQ中分别获得222个和270个属，均以枝孢属（Cladosporium）为最优势；从GMQP中发现179个属，以侧齿霉属（Engyodontium）丰度最高。NH4+含量、温度及pH影响不同优势真菌的分布，其中以pH与优势类群（OTU>1%）结构变化显著性最高（P=0.05）。[结论] 云南腾冲热海高温热泉蕴藏着极其丰富的真菌物种，其不同样品真菌分布具有差异性，pH可能是影响热泉真菌群落分布的重要因素之一。
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5.
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云南腾冲热海三热泉细菌多样性的研究*
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李沁元 崔晓龙 张东华 彭谦 徐丽华 王涛 柴丽红 姜成林 《微生物学通报》,2004年第31卷第5期
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应用变性梯度凝胶电泳 (DGGE)对云南腾冲热海 3个高温热泉中菌藻席和泉底沉积物的细菌多样性进行了初步研究。直接从环境样品中提取总DNA ,用两套细菌通用引物进行PCR扩增 ,分别得到包含V8和V9高变区的 1 6SrDNA片段 ,进行DGGE分析。结果表明 :菌藻席和泉底沉积物中不仅物种组成差异较大 ,而且都存在丰富的细菌多样性 ;一些关键的生态因子 ,如氧气、温度等会对群落中微生物的物种组成有很大影响。
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6.
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应用16SrDNA-RFLP方法分析宁夏地区稻田土壤细菌的多样性 被引次数：1
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张建萍 董乃源 余浩滨 周勇军 陆永良 耿锐梅 余柳青《生物多样性》,2008年第16卷第6期
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水稻是宁夏地区主要粮食作物, 水稻种植也具有维持生态系统平衡, 防止土地荒漠化等重要的生态功能。而稻田土壤细菌是维持土壤生态功能的基础。但长期以来缺乏对干旱地区稻田土壤细菌多样性的认识。本研究采用非培养技术提取稻田土壤样品总DNA, 构建其16S rDNA克隆文库, 用PCR-RFLP分析进一步测序后聚类分析细菌群落的多样性。从稻田土样中分离获得了大于23 kb的DNA片段。PCR-RFLP共得到74种酶切带型, 序列分析发现77.3%的克隆序列与环境中未培养细菌的16S rDNA序列有较高的相似性, 仅有22.7%的克隆序列与数据库中可培养细菌有较高的相似性, 表明宁夏稻区土壤中的多数细菌尚未培养。系统发育研究发现74个序列分属于12个类群, 其中变形细菌所占比例最大(37.8%), 依次为酸杆菌(16.2%)、放线菌(12.2%)、拟杆菌(10.8%)、绿屈挠菌(10.8%)、浮游霉菌(8.1%), 另外有少量厚壁菌门、芽单胞菌门和疣微菌门细菌克隆。在变形细菌的序列中包括、、γ和δ 4个类型, 比例分别为13.5%、5.4%、12.2%和6.8%。表明宁夏稻区土壤中优势细菌类群为变形杆菌和酸杆菌, 且土壤细菌类群具有丰富的多样性。
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7.
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中国部分地区柑桔木虱体内感染Wolbachia的检测及其系统发育分析
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王中康 田圣超 贤家旭 陈世伟 刘婷婷 殷幼平《昆虫学报》,2010年第53卷第9期
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Wolbachia是一种广泛分布于节肢动物体内的共生细菌, 该共生菌经寄主卵的细胞质传播并参与多种寄主生殖活动调控, 对节肢动物的物种进化有着重要意义并可能应用于害虫的生物防治。本研究以柑桔黄龙病（Huanglongbing, HLB）的主要传播媒介——柑桔木虱Diaphorina citri为研究对象, 通过Wolbachia的16S rDNA、 细胞分裂基因（ftsZ）、 表面蛋白基因（wsp）的特异引物对来自于中国广西北海、 广西柳州、 广东深圳、 广东阳春、 福建福州5个地区的柑桔木虱进行PCR扩增, 并对扩增产物进行克隆测序, 与GenBank中相关序列进行比对分析, 建立了柑桔木虱共生Wolbachia的系统发育树。结果显示上述5个地区的柑桔木虱均存在Wolbachia感染, 通过Wolbachia的16S rDNA, ftsZ基因和wsp基因DNA序列的系统发育分析表明, 5个地区的柑桔木虱体内的Wolbachia均属于B组; 基于wsp基因的系统发育分析进一步表明5个地区的亚洲柑桔木虱体内的Wolbachia属于B组的Con亚组, 且不同地区柑桔木虱体内的Wolbachia的16S rDNA, ftsZ基因和wsp基因序列差异不明显。研究结果为认识柑桔黄龙病传播媒介昆虫的进化及其综合防治提供了重要的参考依据。
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8.
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海绵Pachychalina sp.体内古菌多样性非培养技术分析
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方再光 黄惠琴 张开山 潘志强 鲍时翔《微生物学报》,2005年第45卷第1期
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采用非分离培养分析方法，即16S rDNA限制性酶切片段长度多态性（ARDRA）和测序方法对南海湛江海域海绵Pachychalina sp.体内的古菌多样性进行了研究。从海绵体内直接提取古菌总DNA。以样品总DNA为模板，用古菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增获得16S rDNA，回收、纯化16S rDNA产物并克隆到TVector。进行第二次PCR扩增反应，且对扩增产物进行ARDRA。在古菌16S rDNA的ARDRA图谱中，大多数克隆的酶切带谱上存在差异；随机挑选8个克隆子进行测序，获得古菌16S rDNA的部分序列，并对16S rDNA序列进行聚类分析构建了系统进化树，结果发现海绵体内的古菌主要属于Methanogenium organophilum、Methanoplanus petrolearius等古菌类。但它们与目前数据库中收录的古细菌间的相似性均不超过90%，它们极有可能是一些新的古菌。
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9.
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桃蚜自然种群初级和次级共生菌的分子鉴定 被引次数：5
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李正西 李定旭《昆虫学报》,2005年第48卷第5期
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蚜虫不仅带有专性初级内共生菌，还常常带有不同类群的兼性次级共生菌。本研究采用真细菌16S rDNA的通用引物，从桃蚜Myzus persicae (Sulzer)烟草种群体内扩增出1.5 kb的共迁移目的条带，然后将其克隆，并在阳性克隆筛选时进行了RFLP分析。当采用EcoRⅠ进行单酶切分析时，目的片段被切割成～650 bp和～850 bp两个小片段；当采用EcoRⅠ和HindⅢ进行双酶切分析时，该蚜群共生菌酶切谱带被分成2组，其中1组(GroupⅠ)只具有一个EcoRⅠ酶切位点，而另1组(Group Ⅱ)不仅具有一个EcoRⅠ酶切位点，还具有一个HindⅢ酶切位点，而且GroupⅠ为优势共生菌群。在此基础上分别对2组共生菌的16S rDNA全序列（～1.5 kb）进行了测定，结果表明：GroupⅠ属于泛菌属Pantoea，与成团泛菌Pantoea agglomerans亲缘关系最近（同源性达99.70%），而Group Ⅱ属于蚜虫的专性内共生菌，即Buchnera aphidicola（同源性达99.50%）。这是在蚜虫体内存在泛菌次级共生菌的首次报道。
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10.
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家蚕幼虫中肠细菌群落多样性的PCR-DGGE和16S rDNA文库序列分析 被引次数：7
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相辉 李木旺 赵勇 赵立平 张月华 黄勇平《昆虫学报》,2007年第50卷第3期
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采用基于16S rDNA 的变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE）和16S rDNA文库序列分析的手段，研究了重要经济昆虫家蚕Bombyx mori 2个品系——专食性品系C108和广食性品系SCN2幼虫中肠内的细菌群落多样性，同时还探讨了食料对家蚕中肠内细菌群落结构的影响。文库序列分析表明，PCR 扩增得到的16S rDNA基因代表了家蚕中肠内的41种细菌系统发育型（phylotype），大多数属于Proteobacteria，其次是Lactobacillales。此外，还有少数属于Deinococcus-Thermus、Bacillales、Clostridiales和Actinobacteria，尚有5种系统发育型不能确定其所属类型。家蚕的这2个品系中，肠球菌属Enterococcus是其中肠细菌的优势菌群，栖热菌属Thermus是次优势菌群。优势菌肠球菌属的组成在品系和不同食料喂养条件下有着一定的变化，无桑饲料喂养条件下SCN2品系中肠内还出现了新的次优势菌葡萄球菌（Staphylococcus）。DGGE图谱显示家蚕低龄幼虫和高龄幼虫肠道细菌格局存在差异，推测可能与其发育期生理状态的差异有关。本研究结果提示家蚕肠道特殊菌群的出现可能与其特殊的食性有一定的关系，食料改变、生长受阻后肠道微生态平衡也发生变化。
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11.
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甜菜银叶病菌的PCR检测 被引次数：5
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葛芸英 郭坚华《微生物学报》,2003年第43卷第2期
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本研究用16S23S rDNA间的ITS 序列通用引物L1（5′AGTCGTAACAAGGTAGCCGT3′）和L2 （5′ GTGCCAAGGCATCCACC3）扩增甜菜银叶病菌（Curtobacterium flaccumfaciens pv. betae，Cfb）和其它相近细菌的基因组DNA；并对其PCR产物进行回收、克隆和测序，将所获序列和其它已报道的细菌内源转录间隔区(Internally Transcribed Spacer,ITS)序列进行多重比较后设计出Cfb的特异性引物B1（5′GGCCTCGTGTTGTCCCTTATC3′）和B2 （5′GTCACCAATCAACAACCCGAG3′）。此引物可以从Cfb中扩增出387bp 的特异性片段，而其余参试的21个细菌PCR反应结果均为阴性。该方法可以应用于病害防治工作中的Cfb快速、可靠的检测。
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12.
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西藏扎布耶茶卡盐碱湖古菌多样性的非培养技术分析 被引次数：7
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范华鹏 薛燕芬 曾艳 周培瑾 马延和《微生物学报》,2003年第43卷第4期
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采用非培养技术，直接从西藏扎布耶茶卡盐碱湖样品中提取微生物总DNA。以样品总DNA为模板，PCR扩增湖中古菌的16S rDNA序列。扩增产物经过克隆并随机挑选60个克隆进行测序得到它们的16S rDNA部分序列，大部分序列与嗜盐碱古菌的16S rDNA相近。在系统发育树上，部分克隆与已知古菌属归于同一分支，主要分布在嗜盐菌科的Natronococcus、Natronorubrum、Natronobacterium、Natronomonas、Natrinema、Halorubrum、Haloterrigena和Halorhabdus等8个嗜盐古菌属中, 也有一些克隆形成了独立的分支。它们共同显示出扎布耶茶卡湖中的古菌具有丰富的多样性。
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13.
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云南腾冲热海三热泉细菌多样性的研究 被引次数：1
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李沁元 崔晓龙 张东华 彭谦 徐丽华 王涛 柴丽红 姜成林《微生物学通报》,2004年第31卷第5期
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应用变性梯度凝胶电泳(DGGE)对云南腾冲热海3个高温热泉中菌藻席和泉底沉积物的细菌多样性进行了初步研究。直接从环境样品中提取总DNA，用两套细菌通用引物进行PCR扩增，分别得到包含V8和V9高变区的16SrDNA片段，进行DGGE分析。结果表明：菌藻席和泉底沉积物中不仅物种组成差异较大，而且都存在丰富的细菌多样性；一些关键的生态因子，如氧气、温度等会对群落中微生物的物种组成有很大影响。
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14.
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新疆艾比湖沉积物中免培养放线菌的多样性
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吕杰 吕光辉 马媛《微生物学报》,2016年第56卷第9期
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[目的]采用免培养的方法研究新疆艾比湖湖底沉积物放线菌组成及多样性。[方法]采集并混合5份艾比湖湖底沉积物样本，并提取其总DNA，采用放线菌通用引物对其16S rRNA基因序列进行Touchdown PCR，构建放线菌16S rRNA基因文库。蓝白斑筛选后随机挑选白色克隆分析，利用限制性内切酶Hha Ⅰ进行酶切分型，挑选具有独特限制性片段差异的阳性克隆进行测序分析。序列经ChimeraCheck检测，BLAST同源比对及构建16S rRNA基因序列系统发育树。[结果]随机挑选192个白色克隆，其中166个为阳性克隆，选取51个具有独特限制性片段差异的克隆进行序列分析。测序结果进行比对以及Chimera Check检测后，共获得36个可操作单元（Operational Taxonomic Units, OTUs），GenBank注册号为KR182090-KR182131。文库覆盖度结果表明克隆文库涵盖了本环境中90.4%的放线菌类群。聚类结果显示，艾比湖湖底沉积物中放线菌分为2个类群，第1个类群属于放线菌门（Actinobacteria），放线菌纲（Actinobacteria）中的放线菌目（Actinomycetales）、丙酸杆菌目（Propionibacteriales）、微球菌目（Micrococcales）和棒杆菌目（Corynebacteriales）4个目，该类群占克隆文库18.1%；另外1个类群属于Unclassified Actinobacteria的类群，分为3个不同的group，占整个克隆文库的81.9%。[结论]新疆艾比湖湖底沉积物中存在多种未知的放线菌类群。
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15.
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感染稻水象甲的Wolbachia基因组中插入序列的鉴定与分析
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陈淑娟 贺艳 蒋明星 程家安《昆虫学报》,2010年第53卷第12期
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共生细菌Wolbachia对宿主的生殖起多种调控作用。以往研究表明, Wolbachia基因组中广泛存在插入序列(insertion sequence, IS), 它们对宿主基因组的可塑性、 多样性和进化起重要作用。稻水象甲Lissorhoptrus oryzophilus Kuschel在东亚是一种外来水稻害虫, 在原产地北美营两性生殖, 而在所有入侵地均营孤雌生殖。本研究采用PCR法从河北唐海孤雌生殖型稻水象甲体内克隆获得了Wolbachia的2条IS序列, 即ISWosp4和ISWosp6; 从美国德克萨斯州两性生殖型稻水象甲成虫体内克隆获得了Wolbachia的2条IS序列, 即ISWosp3和ISWosp5。碱基序列比对显示: ISWosp3和ISWosp4属于IS3家族IS3组成员, ISWosp5为IS4家族IS231组成员, ISWosp6为IS5家族IS1031组成员。对这些IS的ORF结构、 所编码氨基酸序列的结构等进行了分析, 推测ISWosp5具有潜在转座活性。所得结果增进了我们对Wolbachia IS3, IS4和IS5家族插入序列的认识, 同时为今后从IS的角度探讨Wolbachia与稻水象甲生殖的关系奠定了基础。
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16.
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几株细菌的重金属抗性水平和吸附量*
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张汉波 郑月 曾凡 朱之英 王杰 《微生物学通报》,2005年第32卷第3期
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从堆积时间为80~100 a的铅锌矿渣中分离了6株细菌,通过测定部分16S rRNA基因序列确定了它们的系统发育地位。结果表明有3株细菌属于节杆菌属(Arthrobacter),同A.nicotinovorans和A.histidinolovorans两个种关系密切。另外3株属于壤霉菌属(Agromy-ces),同Ag.m ediolanus具有较近的亲缘关系。总体来看,这些菌株都对检测的5种重金属有高的最低抑菌浓度(minimal inhibitory conc
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17.
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TAIL-PCR方法快速分离Xcc致病相关基因序列
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应革 武威 何朝族《生物工程学报》,2002年第18卷第2期
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以miniTn5gfp-km转座子中nptII片段作为探针，对已获得的五株野油菜黄单胞菌野油菜黑腐病致病型（Xcc）非致病突变体进行了Southern blot分析，结果表明，这五株突变体确由mini-Tn5gfp-km转座子插入致病相关基因所致，且为单拷贝不同位点的插入。提取这五株突变体总DNA作为模板，采用改进的热不对称交错PCR （TAIL-PCR）方法从其中克隆到了各自转座子插入区侧翼序列，对这些侧翼序列进行了序列测定并将分析结果与GenBank database及Xcc全基因组序列做了比较，结果表明，五个侧翼序列所在的基因确与Xcc致病性有关。这种改进后的TAIL-PCR方法为突变体特别是转座子插入突变体中目的基因的克隆提供了一种简便高效的新方法。
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18.
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基于高通量测序分析盐角草根部内生细菌多样性及动态规律 被引次数：1
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赵帅 周娜 赵振勇 张科 田长彦《微生物学报》,2016年第56卷第6期
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[目的] 探讨盐角草根部内生细菌群落多样性特征,揭示内生细菌群落结构在宿主关键发育期动态变化规律。[方法] 通过罗氏454高通量测序获得内生细菌16S rRNA片段,然后进行生物信息分析。[结果] 共获得20363条16S rRNA基因序列。各样品中可操作分类单元 (operational taxonomic units,OTUs)在552-941之间。根部内生细菌群落主要包括4个门,其中Proteobacteri门占主导地位,其余依次是Firmicutes,Actinobacteria,Bacteroidetes。在Proteobacteria门中,Gammaproteobacteria是第一大纲,其后是Betaproteobacteria纲。宿主5个发育时期共同拥有7个细菌属,包括Azomonas,Serratia,Pantoea,Serpens,Pseudomonas,Halomonas,Kushneria。整体上看,Gammaproteobacteria纲在宿主5个发育时期呈现增长趋势。优势菌属在5个发育期存在差异,分别为Delftia,Kushneria,Serratia,Pantoea,Erwinia。所有文库总共含2108个特异OTUs, 共同拥有5个相同OTUs。花期OTUs数量最多,结种期内生细菌多样性降低。在宿主的5个发育时期中,土壤pH、月均温和土壤盐含量这3个环境因子组成的集合对其内生细菌群落变化具有显著影响。[结论] 盐角草内生细菌群落多样性丰富,宿主发育期决定了内生细菌群落结构。
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19.
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滇西热泉中9个16SrDNA克隆的分析 被引次数：4
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王涛 柴丽红 郭春雷 崔晓龙 徐丽华《微生物学通报》,2003年第30卷第5期
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用免培养法(Culture-independent approach)从腾冲大滚锅和龙陵大沸泉两个高温热泉中获得的16SrDNA，经克隆筛选，测定了其中9个克隆的16SrDNA插入片段的近全序列，构建系统发育树进行分析。结果表明，9个克隆中有4个是Thermus属、2个是Bacillus属、1个是Hydrogenobaeter属、1个是Pseudomonas属，还有1个在Themmdemtlfohacteriaceae科，介于Geothermbacterium属和Thermodesulfobacteria属之间。
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20.
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37份新疆粳稻品种（系）的IRAP遗传多样性分析
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贾春平 张燕红 袁 杰 赵志强 王奉斌《西北植物学报》,2017年第37卷第6期
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该研究基于4个稻属（Oryza）反转录转座子，包括活性、低拷贝〔Tos17/Osr21 （Ty1 copia）和RIRE7/Osr31 （Ty3 gypsy）〕和非活性、高拷贝〔Osr34 （Ty3 gypsy）和Houba/Tos5/Osr13 （Ty1 copia）〕，在两侧翼长末端重复序列（LTR）区域分别设计引物，对37份新疆粳稻（Oryza sativa L. ssp. japonica）栽培品种（系）进行PCR扩增。评估鉴定适用于反转录转座子插入位点间扩增多态性（IRAP）标记方法，并分析37份供试品种（系）的遗传多样性。（1）PCR扩增结果显示，Tos17/Osr21、RIRE7/Osr31、Osr34和Houba/Tos5/Osr13依次获得73、63、107和560条谱带，其中多态性条带36、63、70和523个，多态性比率为49.3%、100.0%、65.4%和93.4%。（2）综合评估比较多态性、异质性、总谱带数和平均多态性谱带数发现，Houba/Tos5/Osr13适用于IRAP标记方法构建DNA指纹图谱数据库。（3）以Houba/Tos5/Osr13遗传相似系数为基础，对供试品种（系）采用非加权平均（UPGMA）法进行聚类分析显示，以0.55为阈值将37份新疆粳稻栽培品种（系）分为6大类群，绝大多数品种（系）得到了明确的区分，品种间的遗传相似性较高，多样化程度偏低；品系‘20 18’和‘96 16’分别各自聚为一类，表明品系与品种间遗传背景较远，多样化程度较高。综上所述，IRAP分子标记适用于新疆粳稻种质资源的亲缘关系分析、鉴别及育种遗传距离的判定和DNA指纹图谱数据库构建等相关研究，在实际育种中选取不同类群的水稻品种与品系进行杂交选育，成功率较高，可能会大大缩短优良品种的选育进程。
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