瓦氏黄颡鱼线粒体全基因组序列分析及系统进化

鲿科鱼类种类繁多,外形相似,形态学分类较为困难。为了给鲿科鱼类乃至鲇形目鱼类的系统进化研究积累基础资料,文章采用参照近缘物种线粒体基因组设计覆盖全基因组引物的方法,利用16对引物对瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)线粒体全基因组进行扩增,PCR产物转化到质粒后测序,最终获得线粒体基因组全序列,其全长为16 527 bp,包括2个rRNA基因、22个tRNA基因、13个编码蛋白质基因和一个非编码控制区。瓦氏黄颡鱼(P.vachelli)线粒体基因组结构和基因排列顺序与现已公布的鲇形目鱼类完全一致,序列分析表明,与鲇形目其他种属间具有较高的同源性,与拟鲿属的同源性最高(91%)。利用鲇形目共4科6属9种及3个外群的线粒体全基因组序列,从线粒体基因组水平探讨了鲿科鱼类及其在鲇形目的系统进化地位,结果表明:鲿科鱼类的瓦氏黄颡鱼(P.vachelli)、黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)、光泽黄颡鱼(Pelteobagrus nitidus)及越南拟鲿(Pseudobagrus tokiensis)构成一单系群;拟鲿属与黄颡鱼属的关系较近;黄颡鱼属中瓦氏黄颡鱼(P.vachelli)与光泽黄颡鱼(P.nitidus)的关系近于黄颡鱼(P.fulvidraco)。     

中国新纪录种长须拟鳠记述及拟鳠属评述(英文)

记述采自中国广西壮族自治区的北伦河鲿科鱼类1新纪录种,长须拟鳠Mystus gulio(Hamilton,1822)。新纪录种为1小型鲿科鱼类,其主要形态特征如下:背鳍Ⅱ,7;胸鳍Ⅰ,8;腹鳍条11～13;脊椎骨数29～31;胸鳍和背鳍棘后缘呈锯齿状;脂鳍基长不及臀鳍基之半长;眼睛圆形且中等大;尾鳍深叉状,上叶稍长于下叶;上颌须末端达腹鳍基中部。拟鳠属Mystus与其近缘属拟鳠Hemibagrus种类的眼前缘与后鼻孔的距离明显大于两鼻孔间距,为这两属区别于鲿科其他属的形态特征之一。鳠属种类的脂鳍基都较长,一般为臀鳍基的2倍; 拟鳠属种类的指鳍基长度变化较大,或大于臀鳍基长,或短于臀鳍基长; 脂鳍基长度不宜用于鉴别拟鳠属和鳠属。但两属的枕骨和囟门沟的形态差异显著,拟鳠属种类的枕骨宽大,囟门沟短;鳠属种类的枕骨窄小,囟门沟长;该类特征可用于鉴别两属物种。     

两种(鱼尝)科鱼类在长江和珠江流域Cytb基因序列变异性分析

采用PCR技术获得了长江和珠江流域的两种鲿科鱼类1137bp Cytb基因的片段,进行了序列测定,并用Mega软件进行了序列分析。研究发现两种鲿科鱼类的全序列从第十位碱基起有一个三联体密码子的缺失,推测为鲇形目鱼类Cytb序列所特有特征。黄颡鱼和大鳍鳠种群间的序列差异分别为0．4％和1．6％,介于一般淡水鱼类mtDNA种内序列的变异范围,而高于洄游鱼类序列变异。黄颡鱼属和鲮属Cytb基因序列间的差异为17．6％-18．0％,大大高于种间的序列差异率,也从分子水平上证实了二者属级分类单元的有效性。依据分子进化速率推测,长江和珠江两水系间大鳍鳠的分歧时间为距今27万年左右的更新世中晚期,黄颡鱼的分歧时间在距今7万年左右的更新世末期。推测造成二者有着不同分歧时间的可能原因是：大鳍鳠属暖水性鱼类,在第四纪冰川期间,由于全球性气候变冷,大鳍鳠退至长江以南,并在各水系间产生隔离,各自独立分化至今。而黄颡鱼具有很强的适应性,在第四纪数次冰川期间可能进行过广泛的交流。     

从细胞色素b基因序列变异分析中国鲇形目鱼类的系统发育

采用PCR技术获得中国鲇形目鱼类11科24属27个代表种类细胞色素b基因1138bp全序列,比较分析了来自北美洲、非洲的部分鲇形目鱼类同一基因序列,并选取脂鲤目、鲤形目和鲱形目鱼类作外类群,采用Bayesian方法和最大简约法(MP)构建分子系统树。结果表明：(1)鲇形目鱼类细胞色素b基因序列中,与脂鲤目、鲤形目以及鲱形目鱼类相比存在3bp的缺失;(2)鲇形目鱼类各科代表种类形成一单系群;(3)两种建树方法均支持铫科、粒鲇科和钝头鮠科形成一单系群;而胡子鲇科、刀鲇科、海鲇科、鮰科、长臀鮠科、鲢科、鲇科、棘脂鲿科、鲿科形成一大的单系群;但鳗鲇科的系统位置两种建树方法没有取得一致结果;而其中长臀鲍科与北美的鮰科形成姐妹群,胡子鲇、鮰科、鲇科、鲿科和鮡科是较明显的单系群。     

胡子鲇Dmrt1基因全长cDNA克隆及其表达分析

以胡子鲇(Clarias fuscus)为研究对象,利用RT-PCR技术和SMART RACE技术克隆获得Dmrt1基因cDNA全长,并利用生物信息学分析其结构及功能;利用半定量RT-PCR技术检测胡子鲇性腺(精巢/卵巢)、肌肉、肠、肝脏、心脏、头肾、鳃丝、脑和眼等10种组织以及Ⅱ—Ⅴ期精巢中Dmrt1基因表达。结果表明:胡子鲇Dmrt1基因cDNA全长为1417 bp,其中5′非编码区(5′-UTR)为35 bp,3′非编码区(3′-UTR)为516 bp,开放阅读框(ORF)包含864 bp,编码287个氨基酸(aa),预测所编码DMRT1为主要位于细胞核内的不稳定性亲水蛋白。氨基酸序列比对显示,胡子鲇DMRT1与已公布的非洲胡子鲇、蟾胡子鲇、黄颡鱼等鲇形目鱼类的相似性为83.3%—96.1%。胡子鲇DMRT1中具有DMRT基因家族共有的、保守性很高的DM结构域,此结构域具有典型的"C2H2C4"锌指结构,与上述鲇形目鱼类的相似性达100%,与斑马鱼、青鳉、虹鳟等鱼类的相似性为91.9%—97.3%,而与鸡、鼠、猪人等的相似性达80%以上。组织表达显示,胡子鲇Dmrt1基因仅在精巢中表达,且Ⅱ期精巢(即精子发生期)中Dmrt1基因表达量显著高于Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ期精巢(P<0.05),而卵巢及其他8种组织中均无表达,表明Dmrt1是胡子鲇精巢特异性表达基因,可能与胡子鲇的雄性性别决定、精子发生及精巢发育密切相关。     

基于ITS 序列探讨沙棘属植物的系统发育关系

对分布于青海境内的中国沙棘、肋果沙棘和西藏沙棘的ITS区进行扩增和序列分析,并以胡颓子科胡颓子属沙枣为外类群,对胡颓子科沙棘属15种植物的ITS序列进行聚类分析, 探讨沙棘属各植物的亲缘关系.结果表明： 3种沙棘属植物的ITS区长度为600～605 bp,其中,ITS-1区为201～203 bp,5.8S为166～167 bp,ITS-2区为232～236 bp.核苷酸分析显示,3种沙棘属植物的ITS区存在丰富的变异位点.聚类分析表明,棱果沙棘种的2个亚种——棱果沙棘和理塘沙棘为2个不同种,江孜沙棘与柳叶沙棘之间的亲缘关系较近,而与中国沙棘亲缘关系较远;沙棘种下9个亚种间的聚类结果与形态学分类差异较大.
     

中国鲿科鱼类线粒体DNA控制区结构及其系统发育分析

采用PCR技术获得了中国鲿科鱼类代表种类线粒体DNA控制区基因的全序列,对控制区基因结构进行了分析,并选用粒鲇科的中华粒鲇,鮡科的三线纹胸鮡作为外类群,用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建了系统发育树。结果显示鲿科鱼类中控制区基因适于系统发育分析,鲿科鱼类构成一个单系类群;圆尾拟鲿应该放入鮠属里。     

多马胺能药物对鲇鱼促性腺激素（GtH）分泌活动的影响

以珠江流域鲇鱼（silurus asotus)为实验材料,研究了多巴胺（DA）能药物（DA及其D－2型受体拮抗物 ,DOM）对鲇鱼促性腺激素（GtH)释放的影响,结果表明,在性腺发育的各个时期,单独注射DOM（5ug/g)均不能显著提高鲇鱼血液基础GtH水平,当DOM与LHRH－A联合注射时能显著增强LHRH－A刺激GtH释放的作用;DA只能抑制GnRH诱导的GtH释放,对基础GtH释放无抑制作用,这种生殖内分泌调节方式与鲇形目的革胡子鲇（Clarias gariepinus)和大鳍Hu（Mystus macropterus)相似,而与鲤形目的鲁科（Cyrpindiae)鱼类不同。     

七种捕食性鱼类对中华绒螯蟹幼蟹捕食风险的评估

分别以鲤、鳜、斑点叉尾、黄颡鱼、瓦氏黄颡鱼、大口鲇和乌鳢作为捕食者,以中华绒螯蟹幼蟹作为猎物,在室内水泥池(2.4 m3)进行捕食试验。以日捕获率和日摄食率为指标,评估这些鱼类对幼蟹的捕食作用和危害程度,为提高湖泊幼蟹放流效果、建立蟹—鱼复合的优质高效养殖模式提供科学依据。在幼蟹完全暴露的条件下,经过多次(至少9次)重复的试验(短期1d和长期7d),鳜对不同大小的硬壳和软壳(刚蜕壳的)幼蟹没有任何捕食作用;黄颡鱼对硬壳和软壳幼蟹也没有捕食作用,但还需做进一步观察;虽然鲤、瓦氏黄颡鱼对硬壳蟹的捕获率低,但对软壳的幼蟹有较大的危害性,对幼蟹的日摄食率分别为0.070%、0.012%;大口鲇、斑点叉尾、乌鳢对幼蟹具有较强的捕食能力,对幼蟹的日摄食率分别为0.122%、0.188%和0.284%。根据这些研究结果,可以建议:(1)在池塘和湖泊河蟹养殖中,完全可以将鳜作为套养或混养对象,以期提高养殖效益;(2)在河蟹放养的湖泊,需要抑制乌鳢和大口鲇种群,适当减少鲤和瓦氏黄颡鱼丰度,以期减少这些鱼类的捕食作用,提高幼蟹存活率;(3)在河蟹养殖池塘,不能放养乌鳢、大口鲇、斑点叉尾、瓦氏黄颡鱼和鲤。     

根据ITS序列证据重建防己科蝙蝠葛族的系统发育

研究了国产防己科蝙蝠葛族tirb．Menispermeae9属20种和外类群青牛胆族trib．Tinosporeae 2属3种植物完整的ITS(包括5.8S rDNA)序列。trib．Menispermeae的ITS长527～601 bp,排序后长667bp。当gap处理为missing时具281个有信息位点。PAUP软件分析结果表明：①trib．Menispermeae是一个单系类群,该分支得到hootstrap l00％的支持;②确定了存疑种Pachygone valida的系统学位置,该种是Coc—culus属的成员;③Sinomenium和Menispermum两属有很近的系统学关系,组成族内稳定的一支,它们的ITS序列同源性极高,ITS1比族内其它属长41～73bp;④Stephania和Cyclea也是系统发育关系很近的两个类群。前者具两个主要分支,其IIS1、ITS2的G+C含量差异较大,在种类组成上,该两大支与传统上Stephania属内处理的2个亚属——千金藤亚属subgen．Stephania和山乌龟亚属subgen．Tuberiphania基本一致;Cyclea属内种间的ITS序列差异小,同源性极高。