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1.  云南腾冲热海三热泉细菌多样性的研究  被引次数:1
   李沁元  崔晓龙  张东华  彭谦  徐丽华  王涛  柴丽红  姜成林《微生物学通报》,2004年第31卷第5期
   应用变性梯度凝胶电泳(DGGE)对云南腾冲热海3个高温热泉中菌藻席和泉底沉积物的细菌多样性进行了初步研究。直接从环境样品中提取总DNA,用两套细菌通用引物进行PCR扩增,分别得到包含V8和V9高变区的16SrDNA片段,进行DGGE分析。结果表明:菌藻席和泉底沉积物中不仅物种组成差异较大,而且都存在丰富的细菌多样性;一些关键的生态因子,如氧气、温度等会对群落中微生物的物种组成有很大影响。    

2.  青海两盐湖细菌多样性研究  被引次数:10
   柴丽红 崔晓龙 彭谦 徐丽华 姜成林《微生物学报》,2004年第44卷第3期
   用DGGE法和纯培养法,对青海柯柯盐湖、茶卡盐湖底泥及周边土壤样品的细菌多样性进行了研究。结果显示,两个盐湖存在大量的未知细菌, 分离到的纯培养仅占实有细菌的小部分。采用多相分类方法,鉴定了12株纯培养细菌,属5个可能的新种,另有一株菌可能成立一个新属。认为提出新思路、设计新程序,从自然极端环境取样,分离未知菌,是微生物资源开发利用的关键之一。    

3.  云南腾冲热海三热泉细菌多样性的研究*  
   李沁元   崔晓龙   张东华   彭谦   徐丽华   王涛   柴丽红   姜成林  《微生物学通报》,2004年第31卷第5期
   应用变性梯度凝胶电泳 (DGGE)对云南腾冲热海 3个高温热泉中菌藻席和泉底沉积物的细菌多样性进行了初步研究。直接从环境样品中提取总DNA ,用两套细菌通用引物进行PCR扩增 ,分别得到包含V8和V9高变区的 1 6SrDNA片段 ,进行DGGE分析。结果表明 :菌藻席和泉底沉积物中不仅物种组成差异较大 ,而且都存在丰富的细菌多样性 ;一些关键的生态因子 ,如氧气、温度等会对群落中微生物的物种组成有很大影响。    

4.  云南腾冲热海两热泉菌藻席细菌多样性的研究  被引次数:7
   李沁元 崔晓龙 张东华 彭谦 徐丽华《微生物学报》,2004年第44卷第4期
   应用显微形态观察和变性梯度凝胶电泳(DGGE)对云南腾冲热海两热泉菌藻席的细菌多样性进行了比较分析.直接从环境样品中提取总DNA,用两套细菌通用引物进行PCR扩增,得到包含V8和V9高变区的16S rDNA片段,进行DGGE分析,结合形态观察,结果显示,热泉菌藻席中存在丰富的细菌多样性,且不同温度范围的菌藻席细菌组成差异显著.    

5.  新疆一号冰川土壤细菌多样性的研究  被引次数:5
   石鹏君  孟昆  伍宁丰  付建红  姚斌  李江  邵娜《微生物学通报》,2006年第33卷第4期
   应用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术分离PCR扩增的16SrDNA来研究土壤微生物的多样性。直接从新疆一号冰川不同海拔高度的土壤样品中提取总DNA。用两套细菌通用引物分别扩增16SrDNA的V3和V6/V9高变区的特异性片段,PCR产物进行DGGE分析。PCR—DGGE图谱表明,PCR产物经DGGE检测到的条带清晰且分离效果好。结果表明,PCR—DGGE是一种快速研究微生物群落结构的有效方法。    

6.  新疆一号冰川土壤细菌多样性的研究*  
   石鹏君   孟昆   伍宁丰   付建红   姚斌  《微生物学通报》,2006年第33卷第4期
   应用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术分离PCR扩增的16S rDNA来研究土壤微生物的多样性。直接从新疆一号冰川不同海拔高度的土壤样品中提取总DNA。用两套细菌通用引物分别扩增16S rDNA的V3和V6/V9高变区的特异性片段,PCR产物进行DGGE分析。PCR-DGGE图谱表明,PCR产物经DGGE检测到的条带清晰且分离效果好。结果表明,PCR-DGGE是一种快速研究微生物群落结构的有效方法。    

7.  金堆城钼矿尾矿堆积区土壤细菌多样性分析  
   张红娟  孙燕  李治  孟岳峰《生命科学研究》,2010年第14卷第6期
   金堆城钼矿是我国目前最大的钼生产基地,钼矿的开采导致大量含有金属硫化物的尾矿堆积,使土壤及地下水环境发生了改变.为了解钼矿尾矿堆积后土壤微生物多样性的变化规律,分别采集5个不同时期堆积的尾矿土壤样品(S1~S5),应用16S rDNA V3区片段的变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术分析土壤细菌群落结构的变化,结果显示S1~S5的DGGE条带图谱差异很大,且各有其特征条带.堆积时间较短的S1、S2的多样性明显大于堆积时间长的S3、S4、S5.对DGGE图谱中优势条带序列进行分析,土壤样品中的优势细菌主要属于变形菌门(Proteobacterium)、厚壁菌门(Firmicutes)、硝化螺旋菌门(Nitrospria)和一个未命名的菌种(Unidentified).本实验证实钼尾矿的堆积导致土壤细菌结构以及多样性发生改变,且多样性随着尾矿堆积时间的增加而减少:鉴定的优势菌种在微生物浸矿技术的发展和应用方面具有潜在的研究价值.    

8.  不同因素对六盘山地区甘肃鼢鼠肠道细菌多样性的影响  
   杨静  南小宁  邹垚  张斐然  石建宁  韩崇选《微生物学报》,2018年第8期
   【目的】研究甘肃鼢鼠肠道细菌的群落结构和多样性,探讨不同环境因素对六盘山地区甘肃鼢鼠肠道细菌多样性的影响。【方法】通过Illumina高通量测序技术,对甘肃鼢鼠的36个盲肠样品进行16S rRNA V3–V4区的高通量测序,分析了肠道细菌多样性、丰度和群落结构,探讨地域、性别和季节等因素对甘肃鼢鼠肠道细菌多样性的影响。【结果】甘肃鼢鼠肠道细菌群落主要包括3个门,其中Firmicutes门占主导地位,其次是Bacteroidetes和Proteobacteri。在属水平,优势菌属分别为Oscillospira、Ruminococcus、Coprococcus和Desulfovibrio等。不同县(区)样品中,彭阳县、隆德县和泾源县三个县的甘肃鼢鼠肠道细菌菌群结构相似度较高,海原县甘肃鼢鼠肠道细菌群落结构在组内相似度高,与其他县(区)相似度低;雌性甘肃鼢鼠肠道细菌群落结构相似性高,而雄性细菌群落结构在样品间差异较大;甘肃鼢鼠肠道细菌菌群多样性秋季显著高于春季,细菌群落结构相似度秋季高于春季。【结论】不同地域、性别和季节因素对甘肃鼢鼠肠道细菌群落结构产生显著的影响,甘肃鼢鼠肠道细菌群落结构和多样性的变化对基于食源的季节性变化具有积极的响应。    

9.  基于MiSeq测序分析新疆泥火山土壤细菌群落多样性  
   杨娟  郝志成  张亚平《微生物学通报》,2016年第43卷第12期
   【目的】以新疆乌苏泥火山土壤为研究对象,了解泥火山细菌群落结构及其时空动态变化。【方法】选择泥火山4种不同生境土壤在4、7、11月份采样,应用Illumina MiSeq测序技术测定泥火山土壤细菌的16S rRNA基因V3–V4变异区序列,分析乌苏泥火山不同生境土壤细菌群落组成。【结果】泥火山土壤细菌在97%的相似水平下共得到OTU个数为29 005,在细菌门水平上共有38种细菌类群,Proteobacteria、Actinobacteria、Bacteroidetes为优势菌群,在属水平上共有72种细菌类群,其中含量最高的是未分类细菌;多样性分析表明生境D的丰度指数和多样性指数最高,将泥火山细菌群落多样性与理化因子结合分析,发现其多样性随着土壤养分的增加而基本降低,说明物种多样性指数与理化因子之间呈负相关关系;OTU水平的分析表明生境A的群落组成在时空动态上没有显著差异,其样品群落组成较为相似,而生境C的物种组成差异较大。【结论】相比较于传统方法,MiSeq测序能够更全面解析环境样品中微生物多样性,揭示了乌苏泥火山群蕴含着丰富的微生物资源,这将为深入研究泥火山生态系统奠定基础,为合理利用和开发泥火山微生物资源提供指导。    

10.  基于PCR-DGGE技术的红树林区微生物群落结构  被引次数:4
   刘慧杰  杨彩云  田蕴  林光辉  郑天凌《微生物学报》,2010年第50卷第7期
   摘要:【目的】为了解红树林沉积物中细菌的群落结构分布特征。【方法】应用PCR-DGGE技术对福建浮宫红树林的16个采样站位样品细菌的群落结构分布特征进行了研究。根据DGGE指纹图谱,对它们的遗传多样性进行了分析。【结果】各站位样品细菌多样性指数(H)、丰度(S)和均匀度(EH)均有所不同,这些差异与它们所处站位的不同有关,红树林区细菌多样性高于非红树林区细菌多样性。对不同站位细菌群落相似性分析,它们的相似性系数也存在一定的规律,同一断面的细菌群落结构相近性较高。对DGGE的优势条带序列分析,同源性最高的微    

11.  含油废水处理工艺中细菌多样性  
   李凤梅  黄翠霞  郭书海  张玲妍《生态学杂志》,2009年第28卷第12期
   从辽河油田曙光污水处理厂含油废水样品中直接抽提细菌总DNA,并对总DNA中16S rRNA V3可变区序列作PCR扩增、变性梯度凝胶电泳(DGGE),与常规水质分析相结合对系统中不同处理阶段细菌种群多样性和水质之间的关系进行分析.结果表明,处理系统的不同处理阶段细菌的多样性有明显差异,既存在共同的细菌种属,也存在着各自独特的细菌种属,且细菌种群的多样性与水质CODcr和总石油烃(TPH)的浓度呈负相关,细菌种群的多样性越高,CODcr和TPH的浓度越低,反之则越高.在处理过程中,随着样品中细菌多样性的增加,种群结构之间的相似性指数(C_8)逐渐升高,最后形成了稳定的种群结构.    

12.  不同日粮饲养黄牛的胃部微生物群落多样性比较分析  
   吴莎莎  孙若芯  邱义兰  廖旻晶  孙一兵  卢向阳  刘如石《激光生物学报》,2016年第4期
   为分析不同饲料喂养对黄牛胃中微生物群落结构的影响,分别用芒草单一喂养和农家混合饲料喂养两年的黄牛为实验组和对照组。以瘤胃、蜂巢胃、重瓣胃和皱胃四个胃中的微生物为研究对象,采用原位包埋裂解法和脉冲场电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)提取微生物总 DNA,脉冲场电泳(pulsed field gel elec-trophoresis,PFGE)。使用细菌16S rRNA 引物341F /534R 及真菌18S rDNA 引物 NS1/GCFungi 进行降落 PCR 扩增。变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)对扩增产物进行区分,使用硝酸银染色。电泳扫描结果通过 Quantity one 软件进行分析,SPSS 软件进行数据统计。针对实验组和对照组瘤胃样品共性条带和特性条带测序并比对。结果表明:实验组与对照组细菌群落结构变化较大,UPGAM聚类图上被分为两支,相似性只有0.35。且香农多样性指数及条带丰度都明显少于对照组。真菌 DGGE 图谱条带差别不大,聚类图上显示实验组四个样品与对照组四个样品相似性在0.43~0.68之间。多样性及条带丰度在实验组与对照组之间差异0.0027~0.5999。测序结果,细菌与数据库中未培养细菌种类较为接近,而真菌中部分与已知菌种接近。芒草单一饲养对牛胃中的微生物群落结构具有极大的影响,对细菌的影响尤为明显。    

13.  福建省稻田土壤细菌群落的16S rDNA-PCR-DGGE分析  被引次数:5
   李友发  宋 兵  宋亚娜  郑斯平  翟焕趁  郑伟文《微生物学通报》,2008年第35卷第11期
   用不依赖细菌培养的16S rDNA-PCR-DGGE方法对福建省6个不同地区12个取样点的稻田土壤进行细菌群落结构分析.对12份样品直接提取其总DNA,用F341GC/R534引物扩增16SrDNA基因的V3可变区,结合DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis)技术分析样品细菌群落组成.结果表明,福建省不同地区的稻田土壤之间细菌群落结构存在较大差异.犬体上可分为闽东、闽南、闽北、闽西4个大类.同一地区的根际土和表土样品之间也存在差异,但差异相对较低,其中龙岩根际土和表土细菌群落结构相似性最大,永泰差异性最大.回收了DGGE图谱中11个条带,测序结果经过Blast比对表明其中10个条带代表的细菌是不可培养的,显示了DGGE技术的优越性.    

14.  南海深海沉积物烷烃降解菌的富集分离与多样性初步分析  被引次数:12
   刘真  邵宗泽《微生物学报》,2007年第47卷第5期
   通过培养和非培养2种手段研究了南海沉积物中石油降解菌的多样性。通过烷烃富集培养,从2个站点不同深度的南海沉积物样品中富集筛选出48株深海细菌,其中27株对十六烷有降解能力。表面张力测定结果表明,4株降解菌同时具有较强的表面活性剂产生能力,2株Dietzia maris菌能使水的表面张力降至33mN/m左右,这是该种微生物产表面活性剂的首次报道。通过变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析显示,南海沉积物富集物中的烷烃降解菌优势菌是芽孢杆菌,而且有多种。其中,Bacillus aquimaris在两个站点的7个样品的富集物中都是优势菌。此外,Sporosarcina,Halomona以及Brevibacterium属的细菌在不同样品中也表现为除Bacillus之外的优势菌。    

15.  不同生境中沼泽红假单胞菌基因型多样性分析  
   冯有智  武敬  王一明  林先贵《微生物学通报》,2010年第37卷第12期
   沼泽红假单胞菌(Rhodopseudomonas palustris, R. palustris)是一种分布广泛的紫色非硫细菌, 代谢方式的多样性赋予了它们重要的生态学意义和应用价值。从湖泊、池塘和河流的11个底泥样品中富集培养紫色非硫细菌, 利用基于pufM基因的PCR-DGGE技术鉴定为R. palustris, 再利用rep-PCR技术进行基因型指纹图谱分析。结果发现相近生境, 即湖泊中的菌株基因型相似度较高, >80%, 而差异越大的生境中菌株基因型指纹图谱差异也越大。这种基因型差异性分析不仅可以帮助研究者更全面地了解不同环境中R. palustris基因型多样性, 也为进一步揭示其生态学意义和进化过程提供基础。    

16.  新疆泥火山细菌群落PCR-SSCP 分析  被引次数:1
   路盼盼  李建辉  张亚平《微生物学通报》,2011年第38卷第2期
   采用单链构象多态性(SSCP)技术, 以16S rDNA 基因的V3 区为靶对象, 分析泥火山细菌多样性及其群落结构。通过对泥火山不同月份的不同深度土样DNA 提取后, 针对16S rDNA 进行PCR 扩增出236 bp 大小片段, 通过SSCP 电泳对泥火山细菌进行季节性多样性分析, 并对主要条带进行克隆分析。结果显示: 新疆泥火山细菌不同季节多态性明显, 而且这种多态性容易受生态和气候的影响; 假单胞菌属是泥火山土壤优势菌群, 在泥火山区土壤中广泛分布, 受生态和气候环境影响较小。    

17.  PCR-DGGE技术用于湖泊沉积物中微生物群落结构多样性研究  被引次数:25
   赵兴青  杨柳燕  陈灿  肖琳  蒋丽娟  马喆  朱昊巍  于振洋  尹大强《生态学报》,2006年第26卷第11期
   采用PCR-DGGE分子指纹图谱技术比较南京市玄武湖、奠愁湖和太湖不同位置的表层沉积物微生物群落结构,研究结果表明,三湖泊沉积物微生物的16SrDNA的PCR扩增结果约为626bp,为16S rDNA V3~V5区特异性片段。玄武湖和莫愁湖表层沉积物中大约有20种优势菌群,且同一湖泊不同采样点DGGE图谱的差异性不大,细菌群落结构具有较高的相似性,而太湖样品DGGE条带的数目和位置表现出明显差异,且不同采样点图谱的差异性较大。三湖泊除具有特征性的微生物种属外,还分布约5个相同的细菌种群,可能与沉积物的理化性质和水生植被的影响相关。对DGGE图谱中7条主带进行回收、扩增和测序,结果显示其优势菌群具有不同的序列组成,其中5个序列与Genebank中已登录的细菌种群的同源性≥99%,2个序列的同源性为96%和93%,其中2个相似的细菌类群目前尚未获得纯培养。    

18.  胜利油田单12高温油藏非培养和富集培养样品的细菌组成特性  被引次数:6
   袁三青  薛燕芬  汪卫东  李希明  马延和《微生物学报》,2008年第48卷第8期
   [目的]通过比较分析油藏样品的微生物群落结构特点,认识油藏微生物的生态功能.[方法]利用3种油藏微生物研究中常用的富集培养方法,对胜利油田单12区块S12-4油井产出水样品进行了选择性富集培养,运用构建16S rRNA基因文库的方法分析了富集样品和非培养样品的细菌多样性.[结果]通过16S rRNA基因序列比对发现,非培养样品、异养菌富集样品、烃降解菌富集样品和硫酸盐还原菌富集样品中的优势菌分别为Pseudomonas属,Thermotoga属,Thermaerobacter属和Thermotoga属的成员.多样性分析结果表明,非培养样品的微生物多样性最丰富,同时非培养样品和富集样品的微生物群落结构存在很大的差异,富集样品中的微生物包括优势菌在油藏原位环境中含量很低.[结论]细菌组成差异的比较结果,对油藏微生物的生态功能研究和微生物驱油潜力评估具有重要意义.    

19.  青海湖与中国内陆盐湖古菌群落组成的比较  
   殷婷婷  温洪宇  袁振亚  王秀颖  王国振《微生物学报》,2017年第57卷第10期
   [目的]本研究旨在全面揭示中国最大的内陆咸水湖——青海湖的古菌群落结构,并对青海湖与盐湖的古菌多样性及群落结构进行比较。[方法]随机选取了青海省的茶卡盐湖、陕西省的花马池盐湖和苟池盐湖以及山西省的运城盐湖作为盐湖组。青海湖与盐湖组每个湖泊各采取5个样品,采用针对16S rRNA基因的高通量测序技术分析5个湖泊中的古菌群落组成。[结果]研究发现,青海湖的优势菌群为DHVEG-6_norank、Methanomicrobia_unclassified、Methanobacterium(甲烷细菌属)、Methanolobus(甲烷叶菌属)、Candidatus_MethanomethylophilusMiscellaneous_Euryarchaeotic_Group(MEG)_norank、AMOS1A-4113-D04_norank、Methanosarcina(甲烷八叠球菌属)、Miscellaneous_Crenarchaeotic_Group_norank。其中,DHVEG-6_norank(70.46%)占绝对优势,但该类群在盐湖中含量极少。4个盐湖的共有优势属为HalonotiusHalorubrum(盐红菌属)、Natronomonas(嗜盐碱单孢菌属)、HalobellusHaloarcula(盐盒菌属)。对于青海湖与盐湖之间的古菌群落多样性,影响最大的因素为湖水的矿化度,矿化度与5个湖泊的古菌多样性呈负相关,矿化度较低的青海湖群落组成与其他4个盐湖差异显著,无共同优势菌;其次为pH,pH与湖泊中古菌群落多样性呈微弱正相关,小幅度影响到某些菌属的丰度;而本文研究范围内的海拔与其群落结构及多样性没有明显相关性。[结论]青海湖与其他4个盐湖之间的群落结构及多样性有显著差异,矿化度对古菌群落多样性具有显著影响。另,本次测序发现5个湖泊中均有大量未分类的古菌,应为潜在的新种。    

20.  专一性PCR和变性梯度胶电泳协助从焦化废水处理装置中分离优势功能菌Thauera属菌株  被引次数:4
   毛跃建  张晓君  张宝让  赵立平《微生物学报》,2008年第48卷第12期
   【目的】在专一性PCR和变性梯度胶电泳(DGGE)的协助下,从废水处理装置的微生物群落中分离较难分离的功能菌Thauera。【方法和结果】本研究首先使用Thauera特异性PCR-DGGE的方法鉴定了焦化废水处理装置反硝化池生物膜中的Thauera在6种培养基、好氧/厌氧条件下的生长情况。挑选Thauera多样性较高的培养基1/10 NB与MMQ在好氧条件下进行分离培养。然后使用Thauera特异性PCR方法确定分离得到的菌落是否呈阳性,并使用DGGE的方法检验其是否为纯菌。使用不同培养基对含有Thauera的混合菌落进行进一步纯化,DGGE检测发现MMP培养基对混合细菌菌落Q20中的Thauera有明显的富集作用。经过Thauera特异性PCR结合DGGE检测对Thauera属细菌进行追踪,将混合菌落在MMP培养基上多次划线,最终分离得到纯菌。通过这种方法,从反硝化池样品中分离获得了3株在样品中最为主要的Thauera菌株。【结论】以特异性分子标记为导向分离培养细菌,不仅提高了分离效率及细菌筛选的灵敏度,还能协助分离常规方法难以分离的细菌。    

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