我国主要地方绵羊品种随机扩增多态DNA研究

对蒙古羊、湖羊、滩羊、小尾寒羊、乌珠穆沁羊、藏绵羊、阿勒泰羊7个地方绵羊品种和无角陶赛特羊、德国美利奴羊、萨福克羊3个引入品种基因组DNA进行了RAPD分析。结果表明：（1）RAPD可作为一种有效的标记用于绵羊品种之间遗传亲缘关系的分析。（2）在所使用的43种随机引物中,有35种引物扩增出多态谱带,多态频率为66.24%,说明RAPD技术用于研究绵羊核DNA的遗传变异具有较高的检出率和灵敏度。（3）总群体平均遗传多样性指数（HSP)为0.9139,说明绵羊群体具有较为丰富的遗传多样性。（4）我国地方绵羊品种间的分子聚类关系与其所处的地理位置、考古学结果,以及细胞遗传学研究结果基本,引入品种间的分子聚类关系也与其育成史基本一致。     

我国主要地方绵羊品种随机扩增多态DNA研究

对蒙古羊、湖羊、滩羊、小尾寒羊、乌珠穆沁羊、藏绵羊、阿勒泰羊7个地方绵羊品种和无角陶赛特羊、德国美利奴羊、萨福克羊3个引入品种基因组DNA进行了RAPD分析。结果表明：（1）RAPD可作为一种有效的标记用于绵羊品种之间遗传亲缘关系的分析。（2）在所使用的43种随机引物中,有35种引物扩增出多态谱带,多态频率为66.24%,说明RAPD技术用于研究绵羊核DNA的遗传变异具有较高的检出率和灵敏度。（3）总群体平均遗传多样性指数（HSP）为0.9139,说明绵羊群体具有较为丰富的遗传多样性。（4）我国地方绵羊品种间的分子聚类关系与其所处的地理位置、考古学结果,以及细胞遗传学研究结果基本一致,引入品种间的分子聚类关系也与其育成史基本一致。Abstract:The genetic polymorphism and relationship of 7 indigenous sheep breeds of China and 3 imported sheep breeds were studied using random amplified polymorphic DNA (RAPD).The results indicated that the RAPD was an effective marker for the analysis of genetic relationship among sheep breeds.Among 43 arbitrary primers,35 were polymorphic.The percentage of polymorphic markers was 66.24%,which indicated that the RAPD had higher efficiency of polymorphism detection and sensitivity in studying the genetic variation among sheep breeds.The average index of genetic polymorphism for whole population (Hsp) was 0.9139,which showed that the genetic polymorphism was abundant between sheep populations.The genetic relationship between different indigenous sheep breeds in China was in accord with their localities,the results from archeology and cytogenetics and the genetic relationship between imported sheep breeds was in accord with their breeding history.     

随机扩增多态DNA（RAPD）标记用于丁香品种遗传分析及品种分类

采用随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）标记分析了１５个丁香品种的ＤＮＡ扩增产物。研究选用了１６个随机引物,共扩增出９６条带,其中５５条带为可重复性条带,有价值条带大小多在５１７ｂｐ至１６３６ｂｐ之间。这些标记足以区分这些丁香品种。欧丁香（Ｓｙｒｉｎｇａｖｕｌｇａｒｉｓ）与Ｓ．×ｈｙａｃｉｎｔｈｉｆｌｏｒａ间的相似系数为６１．５％,欧丁香与Ｓ．×ｐｒｅｓｔｏｎｉａｅ间的相似系数为４７．２％,Ｓ．×ｈｙａｃｉｎｔｈｉｆｌｏｒａ与Ｓ．×ｐｒｅｓｔｏｎｉａｅ间的相似系数为４３．６％。结果表明,欧丁香与Ｓ．×ｈｙａｃｉｎｔｈｉｆｌｏｒａ亲缘关系最近。应用ＲＡＰＤ资料分析讨论了一些品种的起源。ＲＡＰＤ技术为丁香品种分类鉴定提供了可靠方法。     

随机扩增多态DNA影响因素的研究

随机拉多态ＤＮＡ分析受诸多因素的影响,我们发现不同厂家制造的ＰＣＲ扩增仪,不同厂家出品的ＴａｑＤＮＡ聚合酶和ＰＣＲ缓冲液,ＲＡＰＤ反应体系中的引物浓度,Ｍｇ＾２＋浓度,ｄＮＴＰ浓度,ＢＳＡ和明胶,以及模板ＤＮＡ的量等均可能对ＲＡＰＤ结果有不同程度的影响。     

冬虫夏草的随机扩增多态DNA及其遗传分化

本文对来自青藏高原３个区域５个具有代表性地方的１３个冬虫夏草样本进行随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）分析。１９个随机引物获得的ＲＡＰＤ谱带清晰并呈现多态,单个引物获得的ＲＡＰＤ片段数在３￣１０个之间。该１９个引物在每个样本中扩增的ＲＡＰＤ片段总数平均约为６５个。基于遗传距离分析,受试的１３个冬虫夏草样本中,来自同一地方的样本间遗传差异甚微,同一区域不同地方的样本间遗传差异较大,不同区域的样本间遗传差     

林麝和马麝随机扩增多态DNA的研究

用随机扩增多态 DNA(RAPD)技术对饲养的林麝和马麝进行分子遗传标记研究。在选用的42 种随机引物中, 有25种引物产生了清晰稳定的条带, 单个引物获得标记数在1～14 之间,平均每个个体获得168个RAPD标记 , 其中林麝、马麝特异性标记各5个,个体特异性标记有3个, 这些标记可用来鉴定种或个体。平均遗传距离在林麝种内为0.27±0.023, 马麝为0.105±0.013, 种间为0.241±0.02 , 种间差异显著大于种内差异。分析表明饲养马麝种内遗传多样性低, 为增强饲养马麝的生存力, 最好从不同种群中引入种麝进行繁殖。     

中国貉随机扩增多态DNA及其亚种分化关系

对来自陕西、云南、越南、安徽和广西等地的８只中国貉（Ｎｙｃｔｅｒｅｕｔｅｓｐｒｏｃｙｏｎｉｄｅｓ）进行随机扩增多态ＤＮＡ分析。应用２８个１０ｂｐ的随机引物,平均每只貉获得的ＲＡＰＤ标记数约为１３０条。遗传距离计算结果显示,中国貉个体间的平均遗传距离指数值为１１．２０％,最大值为１４．９３％,最小值为２．９４％。以赤狐（Ｖｕｌｐｅｓｖｕｌｐｅｓ）为外群,应用ＰＨＹＬＩＰ３．０计算软件包中的ＵＰＧＭＡ和ＮＪ聚类方法构建分子系统树。结果表明,不同地理群体间的中国貉存在遗传分化;中国貉可分为４组：（１）广西貉,（２）安徽貉,（３）陕西貉,（４）云南貉和越南貉。其中安徽貉和广西貉间的关系稍近,陕西貉则与云南貉－越南貉稍近。对合中国貉的形态分类、地理分布、ｍｔＤＮＡ多态分析以及进化遗传学的观点,认为陕西貉、广西貉和安徽貉可能与云南貉－越南貉具有等同的分类地位。     

随机扩增多态DNA规范化反应体系的探讨

在研究猪分子标记遗传距离同杂种优势的关系时 ,对模板浓度和纯度、引物浓度、dNTP浓度、Mg2 +浓度、不同商标的Tag酶等影响RAPD扩增的因素进行了系统的分析 ,在此基础上建立了适宜于本实验室研究的最佳RAPD技术体系 :2 5 μl反应体系中 ,含 10×buffer 2 .5 μl,MgCl2 1.75mmol/L ,dNTP 0 .2 5mmol/L ,引物 0 .2 4μmol/L ,Tag酶 2U ,模板 5 0～ 10 0 μg ,1μg/μlBSA。反应程序为 :94℃预变性 5min ,然后 94℃变性 1min ,36℃退火1min ,72℃延伸 2min4 0个循环 ,最后在 72℃延伸 10min。     

白鲢和鳙鱼的随机扩增多态DNA分析

根据鱼类外周血细胞都有核的特点,采用从冷冻和低渗双重处理分离的细胞核提取基因组DNA.以此法获得的白鲢和鳙鱼的基因组DNA为模板,和Operon公司生产的OPN和OPM两个组共40个随机引物,对这两种鱼进行了随机扩增多态DNA(RAPD)分析;确定了对这两种鱼基因组相关区域可进行随机PCR扩增的有效引物,特别是哪些可产生种群内或群体的RAPD遗传标记,即可产生个体特异性和群体特异性RAPD带谱的引物.讨论了RAPD遗传分子标记在鱼类遗传,特别是遗传多样性研究,和鱼类种质资源评估和管理中的应用前景问题.     

滇金丝猴的随机扩增多态DNA与遗传多样性分析

对6只笼养滇金丝猴(Rhinopithecus bieti)进行了随机扩增多态DNA(RAPD)及遗传多样性分析.用45个10bp随机短引物对每只滇金丝猴的基因组DNA进行了扩增,平均每个个体观察到的RAPD标记约为130个左右,单个引物获得的标记在1～7个之间.80%的RAPD标记表现为无多态的单型性.个体间的遗传距离为0.052,表明笼养滇金丝猴群体的遗传多样性很低.此研究结果与在蛋白多态研究中得到的一致.贫乏的遗传多样性一方面使目前处于濒危境地的滇金丝猴生存情况更加危险,同时其本身也可能是造成目前滇金丝猴濒危的原因之一.另外,通过成对的遗传距离分析,构建了这一群滇金丝猴的谱系关系图,提出了让遗传距离较远的个体间进行交配的笼养繁育计划.     

起始密码子区域相关序列多态性的开发及在苜蓿遗传多样性上的应用

目前广泛使用的基于PCR基础的分子标记多为扩增非编码区域,或是随机基因组中扩增,在QTL定位中得到的位点一般与目标性状基因距离较远,我们开发了一个新的基于启动子序列目的基因型分子标记技术——启动子区域相关序列多态性（SCRP）,试图使标记能够更为准确的反映不同品种的遗传基础。它利用启动子位置保守一致序列 （“Kozak”序列） 作为其上游引物,利用内含子富含“AATT”的特性,作为核心序列设计下游引物,上下游引物均为18bp,引物间通过组合配对的方式作为扩增引物对。设计了14条上游引物和10条下游引物,共140对引物组合,对34个苜蓿品种进行扩增,研究了34个苜蓿的遗传多样性。每个PCR反应产生3~16个50~2000bp的条带,结果表明该标记简单、可靠、具有较高多态性,并且扩增区域为一种目的基因型分子标记,在种质资源研究中具有重要价值。     

基于RAPD的群体标记法分析苜蓿种质遗传多样性

苜蓿种质资源的分子遗传多样性分析对于种质资源保存和育种利用具有重要指导意义。本研究选用群体标记法对来自甘肃省的16个苜蓿品种的DNA进行RAPD扩增;旨在研究其遗传多样性;并在此基础上筛选品种特异性引物用于进一步的品种鉴定。依据16个苜蓿品种间的Roger’s遗传距离进行UPGMA聚类分析结果显示;品种间亲缘关系与其选育背景紧密相关;供试的16个品种被划为4个类群;其中;匍匐型品种Jindera与其他直立型品种差异显著;自成1个类群;引进品种和甘肃省内具有国外种质来源的育成品种被划为同1类群;而甘肃地方品种聚为2个类群。10个RAPD引物中有4个引物OPE4、OPE5、OPE6和OPE7分别检测到5个品种甘农3号、甘杂27、Jindera、陇东和Algonuin的特异性条带;可进一步用于开发设计特异性引物进行品种鉴定工作。以上结果进一步证实;利用RAPD标记研究苜蓿系谱发育关系和选择杂交亲本应采用群体标记法。     

A method to measure genetic distance between allogamous populations of alfalfa (Medicago sativa) using RAPD molecular markers

 Alfalfa (Medicago sativa L.) is a forage legume of world-wide importance whose both allogamous and autotetraploid nature maximizes the genetic diversity within natural and cultivated populations. This genetic diversity makes difficult the discrimination between two related populations. We analyzed this genetic diversity by screening DNA from individual plants of eight cultivated and natural populations of M. sativa and M.  falcata using the RAPD method. A high level of genetic variation was found within and between populations. Using five primers, 64 intense bands were scored as present or absent across all populations. Most of the loci were revealed to be highly polymorphic whereas very few population-specific polymorphisms were identified. From these observations, we adopted a method based on the Roger’s genetic distance between populations using the observed frequency of bands to discriminate populations pairwise. Except for one case, the between-population distances were all significantly different from zero. We have also determined the minimal number of bands and individuals required to test for the significance of between-population distances. Received: 7 July 1997 / Accepted: 28 October 1997     

Genetic characterization and breed assignment in five Italian sheep breeds using microsatellite markers

The knowledge of the genetic relationship and admixture among neighbouring populations is crucial for conservation efforts. The aim of this study was to analyse the genetic diversity of five Italian sheep breeds (Appenninica, Garfagnina Bianca, Massese, Pomarancina and Zerasca) using a panel of 24 microsatellite markers. Blood samples from 226 individuals belonging to the aforementioned populations were obtained and genotyped. All the investigated breeds showed a significant heterozygote deficiency caused by the high level of inbreeding indicated also by the high level of F_IS (0.146). Genetic differentiation between breeds was moderate (F_ST = 0.05) but significant and the individuals could be assigned to their breeds with an high success rate even if the inter-individual distances showed that few animals clustered separately from the other individuals of the same breed, especially for Pomarancina breed. The genetic distances reflect the historical knowledge of these breeds and some patterns of ancestral and recent gene flow between neighbour populations arise. The clustering analysis detects the presence of six clusters. Massese and Zerasca breeds were grouped together as well as Appenninica and Pomarancina with the latter forming two distinct clusters equally represented. The formation of this last breed is occurred with the absorption of individuals of the Appenninica breed and the gene flow probably continued in these recent years allowing the presence of a population substructure for Pomarancina breed. Such substructure supports the high level of heterozygote deficiency found for this breed despite the relatively high population size. The five populations analysed presented some genetic similarities but a clear uniqueness of the populations has been showed for almost all of them. Special attention to monitor genetic variability and to organize mating plans should be given especially for the three endangered breeds.     

缢蛏遗传多样性的RAPD分析

用RAPD(Random amplified polymorphic DNA)技术对大连的养殖缢蛏(Sinonovaeula constrict)群体35个个体的遗传多样性进行了分析。结果表明,14个随机引物,平均每个引物扩增出6条带;共检测到的86个位点,其中多态位点数为43个(占50.0%);个体间遗传距离在0.1503～0.3768之间,平均遗传距离为0.2107;16号和25号缢蛏个体聚类成一大类,另33个缢蛏个体聚成一大类。     

RAPD技术分析不同抗旱性苜蓿品种DNA的多态性

分别从不同抗旱性的紫花苜蓿品种中挑选抗旱性强的、抗旱性中等的和抗旱性弱的品种各三个,提取叶片基因组DNA,相同抗旱性苜蓿品种DNA等量混合构建三个池DNA。采用RAPD技术分析不同抗旱性混合DNA的多态性,并筛选出标记多态性的引物。结果表明：13组260个随机引物经五轮筛选,得到48个引物对不同抗旱性苜蓿品种池DNA扩增结果产生多态性,多态性引物占18．5％。其中5个引物能够稳定标记池DNA多态性,且特异性明显。表明不同抗旱性苜蓿品种之间具有明显的遗传多样性。     

青藏高原牦牛遗传资源保护和利用:问题与展望

牦牛是青藏高原牧民生产生活中必不可少的特有家畜,对高原区域社会发展具有不可替代的价值。更为重要的是,作为青藏高原生态系统中的关键物种,牦牛对于高原生态文明建设的重要意义同样不容忽视。近年来,随着牦牛饲养数量增加,草地退化程度加剧,牦牛生产性能也在不断下降,青藏高原原有的土-草-畜循环和草畜平衡被打破,影响了青藏高原生态系统的协调、稳定发展。然而,目前我国的牦牛品种资源划分仍未完全明晰,关于牦牛生产性能退化的原因与提纯复壮的方法途径仍然有待研究。综述了高原生态环境对牦牛分布区域与数量变化的影响,不同地理条件下的牦牛品种划分,我国牦牛品种退化的现状与品种改良的策略与成效,以及牦牛遗传资源的基因组学研究进展,由此提出了针对我国牦牛遗传资源保护与开发利用的问题对策与研究展望。在未来的研究中,应科学评估放牧管理现状,建立牦牛遗传资源保护和利用体系,合理规划畜群结构并制定科学的生产管理措施,确定牦牛在维持草地生态系统稳定性中的作用机制,兼顾草地资源的生产与生态功能,最终实现草畜平衡。这为今后的牦牛科研工作和生产实践提供了重要参考。     

中国红树科7种红树植物遗传多样性分析

以红树、红海榄、秋茄、角果木、木榄、海莲、尖瓣海莲等7种红树科植物为材料,采用改进的CTAB法获得了纯度较高、得率高、片段完整的基因组DNA。通过筛选出的15个有效引物进行RAPD分析,探讨了7种树植物间的亲缘关系。15个有效引物共扩增出617条DNA带,其中多态性条带415条,占总扩增条带的67.26%。利用Nei指数法得出7个分类群间的遗传一致度和遗传距离,并运用UPGMA法进行聚类分析。7个分类群分为A、B两个大组,平均遗传距离为0.41。将得出的7个分类群的DNA分子分类系统图,与传统的分类进行比较,发现结果相符。同时获得一个OPG05－900的差异片段可作为区分海莲和尖瓣海莲的分子标记。     

广东省平胸龟遗传多样性的RAPD分析

由于栖息地的破坏和人为的滥杀滥捕,平胸龟野外资源数量急剧下降,现已处于濒危状态。将13条可重复的、扩增图谱清晰的RAPD引物用于广东省内20个平胸龟个体的遗传多样性分析。扩增所得的条带显示,多态性位点含量为60.71%,Nei’s基因多样性指数为0.1196,Shannon’s多样性信息指数为0.1966,表明平胸龟遗传多样性仍较丰富。同时,计算20个个体间遗传距离为0.0507-0.2925,并采用UPGAM方法绘制聚类分析树状图,20个个体聚类较分散,主要聚为1个大群体,表明广东省内的野生平胸龟并没有形成明显的种群的分化。了解平胸龟的遗传现状、种群结构,可为该物种的种质资源保护、野生资源恢复与利用提供理论依据。     

洞庭湖四种黄颡鱼基因组DNA遗传多样性的RAPD分析

以洞庭湖瓦氏黄颡鱼、光泽黄颡鱼、长须黄颡鱼、普通黄颡鱼的基因组DNA为材料对 4种黄颡鱼进行了遗传多样性随机扩增多态性DNA(RAPD)分析。通过筛选的 90个引物对 4种黄颡鱼基因组DNA的扩增 ,获得了 36个有效引物 ,并计算出了 4种黄颡鱼群体间的遗传相似系数和遗传距离 ,遗传距离最大的为普通黄颡鱼和瓦氏黄颡鱼 (D =0 9895 ) ,遗传距离最小的为普通黄颡鱼和光泽黄颡鱼 (D =0 672 0 )。同时运用聚类分析 (UPGMA)的方法建立了 4种黄颡鱼的聚类图。