贵州地区茯砖茶“金花菌”的分离和分子鉴定

本研究对贵州地区茯砖茶中的"金花菌"进行了分离鉴定。通过PCR扩增及测序技术获得转录间隔区序列及部分核糖体大亚基(ITS+LSU)、β-微管蛋白(β-tubulin)、钙调蛋白(Ca M)和RNA聚合酶Ⅱ(RPB2)4个基因的序列,然后构建多基因系统树,并对其形态特征进行观察,将其鉴定为冠突曲霉Aspergillus cristatus。     

南方灵芝ITS、EF1-α和RPB2序列多态性研究

内转录间隔区（ITS）、延伸因子1-α（EF1-α）与RNA聚合酶II第二大亚基（RPB2）是真菌系统学研究中常用的基因片段。已有研究发现,在同一个体内ITS也可能存在差异,但EF1-α和RPB2是否也存在同样的现象却鲜有报道。本研究通过克隆测序,分析了南方灵芝Ganoderma australe的ITS、EF1-α和RPB2在同一个体中的序列差异,并探讨这种序列差异是否会影响分子鉴定的准确性。结果表明,在南方灵芝供试样品中,ITS、EF1-α和RPB2序列都有可能存在个体内变异,但个体内变异程度不尽相同。基于供试样品和克隆测序结果发现,ITS序列在同一个体内的变异最高可达2.3%,而RPB2序列在同一个体内的差异仅0.5%,EF1-α序列在同一个体内序列差异也可高达1.8%。ITS和EF1-α序列在同一个体内的差异可能超过了灵芝属部分物种间的差异,对于部分灵芝属物种来说直接利用克隆序列进行分子鉴定或系统发育分析可能存在一些问题。     

灵芝的分子生物学鉴定

[目的]明确33株命名混乱灵芝的分类学地位。[方法]通过分子生物学手段,用引物内转录间隔区(ITS)、核糖体大亚基(n LSU)、翻译延长因子(EF-1)和RNA聚合酶第二大亚基(RPB2)分别对样本DNA进行PCR扩增,电泳检测后测序。然后将样本序列与Gen Bank数据库47株灵芝序列比对,运用最大似然法、最大简约法和贝叶斯法构建系统发育树,并将相似度汇总。[结果]系统发育树结果显示33株灵芝聚为10大分支,第Ⅰ、Ⅱ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ、Ⅹ分支有已知菌株与其聚为同一分支。[结论]根据系统发育分析,33株灵芝分为10大类,其中2株是无柄灵芝G. resinaceum或黑紫灵芝G. neojaponicum; 15株是赤芝G. lingzhi; 2株是紫芝G. sinense; 1株是美国大灵芝G. oregonense; 1株是白肉灵芝G. leucocontextum; 1株是松杉灵芝G. tsugae。     

结合通用引物快速简便鉴定阳性克隆的PCR方法

通用引物与载体多克隆住点两端序列互补,将目的片段构建入栽体pGEM-T Easy中,利用载体通用引物M13F和M13R结合片段特异引物进行菌液PCR反应.用PCR产物电泳结果来筛选阳性克隆并鉴定目的片段插入方向,同时能有效对短插入片段重组子进行筛选与鉴定.最终以DNA测序结果来验证,与测序结果一致,显示通用引物PCR方法对阳性克隆的筛选和鉴定优于传统酶切和普通PCR鉴定方法,能够弥补传统方法的不足,且简便快速,可作为筛选和鉴定阳性克隆的有效手段.     

西南部分野生羊肚菌ITS序列鉴定及生境分析

分析了川渝7个县（/区）18个位点野生羊肚菌的生态环境;同时对羊肚菌的品种进行鉴定。运用SPSS对各位点野生羊肚菌的生态环境相关数据(包括海拔、生长环境、土壤物理指标和有机质、总氮、总磷等化学成分)进行因子分析。采用内转录间隔区（ITS）序列,结合观察特征,鉴定各位点羊肚菌品种。各位点样品PCR 扩增所得片段大小约为1 200~1 800 bp,经过测序及BLAST 分析,18个位点羊肚菌品种集中为羊肚菌（Morchella esculenta）、尖顶羊肚菌（Morchella conica）、小羊肚菌（Morchella deliciosa）等7个种类,与根据形态命名方式得到的结果差距较大;其生境中关键因子为有机质,范围为0.55%~2.60%;其次是磷元素和含水量。西南地区野生羊肚菌生境相似度较高,品种较为集中,为西南地区羊肚菌野生资源研究和人工栽培提供了参考依据。     

西南地区部分野生羊肚菌ITS序列鉴定及生境分析

分析了川渝7个县(/区)18个位点野生羊肚菌的生态环境;同时对羊肚菌的品种进行鉴定。运用SPSS对各位点野生羊肚菌的生态环境相关数据(包括海拔、生长环境、土壤物理指标和有机质、总氮、总磷等化学成分)进行因子分析。采用内转录间隔区(ITS)序列,结合观察特征,鉴定各位点羊肚菌品种。各位点样品PCR扩增所得片段大小约为1 200~1 800 bp,经过测序及BLAST分析,18个位点羊肚菌品种集中为羊肚菌(Morchella esculenta)、尖顶羊肚菌(Morchella conica)、小羊肚菌(Morchella deliciosa)等7个种类,与根据形态命名方式得到的结果差距较大;其生境中关键因子为有机质,范围为0.55%~2.60%;其次是磷元素和含水量。西南地区野生羊肚菌生境相似度较高,品种较为集中,为西南地区羊肚菌野生资源研究和人工栽培提供了参考依据。     

1株产漆酶白腐真菌的筛选和鉴定

从不同的生境采集生物样品,利用Bavendamm反应反复筛选产漆酶的白腐真菌。利用真菌通用引物对ITS1/ITS4扩增菌株rDNAITS区序列,对扩增产物进行测序。测序结果在GenBank中进行同源性搜索,下载部分具有代表性种的ITS序列进行序列比对,利用软件MEGA4构建分子系统发育树,通过序列分析,并结合形态学鉴定出4220为香栓孔菌(Trametes suaveolens)。     

三氯乙烷污染地地下水中Dehalobacter属细菌定量与多样性分析

[目的]对某公司6个以1,1,1-三氯乙烷(1,1,1-Trichloroethane,1,1,1-TCA)为主要污染物的地下水样品中的降解微生物Dehalobacter spp.(Dhb)进行相对定量和多样性分析.[方法]采用气相色谱法测定6个样品中1,1,1-TCA、1,1-二氯乙烷(1,1-DCA)和氯乙烷(CA)的浓度;通过定量PCR法分别测定6个样品中Dhb占总菌的百分比;以16S rRNA基因通用引物和Dhb特异性引物扩增获得的PCR产物构建了6个样品的Dhb特异性克隆文库,所得序列与GenBank中的最相似序列构建系统发育树.[结果]6个样品中均有1,1-DCA和(或)CA的检出,推测此6处地下水中1,1,1-TCA可能存在生物降解.定量PCR结果表明,6个样品中Dhb丰度差异较大.6个Dhb特异性克隆文库获得41条序列,序列比对结果表明,与它们最相似的已知分类地位的序列全部属于Dhb属.这些序列按99％的相似性被划分成7个可操作性分类单元(OTU).其中24条序列属于OTU1,该OTU的序列与已知能阵解1,1,1-TCA的Dehalobacter sp.str.TCA1的16S rRNA基因序列相似性达98％;文库中的3个OTU与GenBank中16S rRNA基因序列同源性最高仅为95％-96％.[结论]该污染场地地下水中存在多样性较丰富的降解微生物Dehalobacter属细菌,它们可能与现场的1,1,1-TCA生物降解有关.     

云南常见药用石斛DNA条形码筛选

选择云南省内常见的12种药用石斛，采用分子生物学鉴定技术筛选其适用的DNA条形码序列。以12种药用石斛共36个样品为材料，提取样品总DNA，对核基因片段ITS和ITS2、叶绿体基因片段psbA-trnH和matK序列进行扩增、测序，结合GenBank下载部分石斛序列；利用生物信息学软件进行序列分析和系统发育分析。结果表明，4条序列扩增和测序成功率均为100%；4条序列没有明显的Barcoding Gap，但ITS序列与ITS2序列的种内和种间重叠部分较少，有偏向两端的趋势；系统发育树显示，ITS和psbA-trnH序列能成功区分12种云南常见的药用石斛，ITS2序列未能区分长距石斛(Dendrobium longicornu)和矮石斛(D. bellatulum)，matK序列仅区分6种石斛。建议以ITS和psbA-trnH序列作为云南药用石斛鉴定序列，为药用石斛的种源鉴定提供理论依据。     

陕西省野生拟黑虫草的多基因分子生物学鉴定

虫草是中国重要的生物资源,为明确从陕西省旬邑县石门山林区采集到的1种野生虫草种类及其虫生真菌(虫草菌DY6F)的分类地位,研究在利用PCR技术对该虫草子实体的核糖体内转录间隔区(internal transcribed spacer, ITS)、延伸因子1α(elongation factor 1α,EF-1α)和RNA聚合酶Ⅱ大亚基(RNA polymeraseⅡlarge subunit, RPB1)的基因片段进行扩增与测序的基础上,分别基于这3个基因片段构建单基因系统进化树,并基于EF-1α和RPB1 2个基因联合序列构建多基因系统进化树。结果显示,该虫草子实体的这些基因序列与线虫草属拟黑虫草菌(Ophiocordyceps nigrella)的相应基因序列相似度为99%～100%,且在进化树上,二者聚于同一分支,支持率均为100%。因此,虫草菌DY6F被鉴定为拟黑虫草菌,该虫草为拟黑虫草。     

中国简管蓟马族昆虫物种多样性及区系初步分析(缨翅目:管蓟马科)

通过对中国简管蓟马族Haplothripini物种的模式标本和定名标本及地理分布文献资料的整理,分析了该族13属53种在中国的物种组成及区系分布特点。结果发现,简管蓟马属物种丰富度最高;中国简管蓟马族在东洋界和古北界均有分布,无特有属,特有种比例低,具有广布种;该族物种在中国动物地理区划中有22个分布型,以华南区为主。最后,初步分析和讨论了该族昆虫的区系特点。     

ESI-Q-TOF-MS直接进样法比较陕西五个不同地区丹参的化学成分差异（英文）

该研究采用ESI-Q-TOF-MS直接进样分析法对陕西商州、洛南、大荔、丹凤和铜川等五个地区丹参的化学成分进行了比较分析,通过丹参水溶性和脂溶性成分的质谱丰度差异评价了不同地区丹参化学成分含量的变化,对不同产地丹参的化学成分进行了鉴定,综合分析选出了最优的丹参种植产地。结果表明:五地丹参均含有丹参酮ⅡA、隐丹参酮、丹参酮Ⅰ、二氢丹参酮、丹参酚酮、次丹参醌、丹参醌Ⅱ等9种脂溶性化学成分和丹参素、咖啡酸、阿魏酸、迷迭香酸、原紫草酸、紫草酸、原儿茶醛、丹酚酸A、丹酚酸B等9种水溶性化学成分,其中丹参素钠、紫草酸、丹酚酸B和隐丹参酮的含量普遍较高,质谱丰度均大于30%。但是,随着种植环境不同,不同地区丹参的化学成分含量差异很大,如商州产丹参中含有较多具有生物活性的丹参酮类物质,其中丹参酮Ⅰ含量远远高于其他四个产地,质谱丰度达到72.6%,而其他地区丹参酮Ⅰ的质谱丰度为1.8%～11.3%。这表明丹参质量按照地区排序为商州>铜川>大荔>洛南>丹凤。该方法为中药药材质量评价提供了科学、可靠、便捷的途径,为药材规格等级的制定提供了新途径,为陕西丹参种植区域的选择提供了重要信息。     

中华稻蝗不同地理种群遗传多样性的AFLP分析

为研究中华稻蝗种群遗传多样性和遗传结构,文章对我国7省市的7个中华稻蝗种群进行AFLP分析。选取7对引物扩增128个个体,共产生336条带,多态性条带292条,占86.90%。结果表明:中华稻蝗种群具有较高的遗传多样性水平,其中海南万宁种群的遗传多样性高于其他各种群。Mantel检验(r=0.27,P=0.89)表明中华稻蝗各种群遗传距离与地理距离间没有显著相关性。种群间具有明显的遗传分化现象。UPGMA(Unweighted pair group method average)聚类分析显示,7个中华稻蝗种群按地理距离分为3支:北方北京昌平、山西太原和山东济宁为一支;南方陕西汉中、湖南长沙和广西来宾为一支;海南万宁单独为一支。上述结果以及PCA(Principal component analysis)分析均表明由于地理隔离中华稻蝗种群显示出明显的南北分化和岛屿大陆种群遗传分化现象。     

野生矮牡丹高通量转录组测序分析

为探究野生稷山矮牡丹(Paeonia jishanensis)花青素等抗氧化活性物质生物合成的遗传基础,本文采用高通量测序技术Illumina NextSeqTM500对其幼嫩叶片、嫩茎和花芽混合池样本进行转录组测序分析。共获得39450个unigene,其中3563个unigene中有4106个SSR位点。在Swiss Prot数据库中注释到29420个unigene,其中11个与花青素生物合成过程相关,22个与类黄酮生物合成过程相关,15个与异黄酮生物合成过程相关;NR数据库中注释高达100%,有12个与类黄酮生物合成相关,7个与花青素生物合成相关;GO数据库中注释到24291个unigene,分为生物学过程、细胞组分及分子功能等三大类53个功能组,有21个unigene与黄酮、黄酮醇及异黄酮生物合成有关,4个unigene与花青素合成有关;eggNOG数据库中注释到38238个unigene,涉及植物生长发育过程绝大多数生命活动过程;KEGG数据库注释到5709个unigene,分别定位到6大类别42个代谢途径,其中25个unigene与花青素生物合成相关。研究表明,在稷山矮牡丹转录组序列中,共鉴定和发掘出多个涉及类黄酮化合物生物合成、花青素生物合成过程的相关基因序列及SSR位点,为下一步开展相关代谢合成途径研究奠定了基础。     

陕西省汉中地区中国种子植物特有属的分析

汉中地区种子植物区系自然分布有中国特有属48属,隶属于33科,包括裸子植物1属,被子植物47属,其中单种属24属,少种属18属,多种属6属,从其生活习性上看,木本习性有25属,草本习性的有23属。本文主要分析了汉中地区分布的中国种子植物特有属的地理分布及特点,分析结果表明：其特点主要为显著的温带性质,众多的特有属和丰富的珍稀濒危物种,在地理分布上与华中,西南地区联系密切。     

中国棒腹蚜蝇属二新种记述(双翅目,食蚜蝇科)

记述了采自陕西秦岭山区的棒腹蚜蝇属2新种:四鬃棒腹蚜蝇Sphegina quadrisetae sp.nov.及太白棒腹蚜蝇Sphegina taibaishanensis sp.nov..模式标本保存于陕西理工学院陕西省资源生物重点实验室.1四鬃棒腹蚜蝇,新种Sphegina quadrisetae sp.nov.(图1～3)本种以其小盾片后缘具4根黑色长鬃而明显区别于本属的其它种.雌性末知.♂体长8 mm,翅长6mm.正模♂,眉县(红河谷,海拔2 000m),2002-09-05,霍科科采.2太白棒腹蚜蝇,新种Sphegina taibaishanensis sp.nov.(图4～13)本种外形上近似Sphegina sibrica Stack,但新种外生殖器不对称,结构复杂,与Sphegina sibrica Stack显著不同.雌性末知.♂体长8 mm,翅长6mm.正模♂,眉县(太白山,海拔2 300m),2003-07-24,霍科科采.     

富平石川河的生态修复

自国家提出构建山水林田湖草生命共同体以来,已启动第三批山水林田湖草生态保护修复工程试点申报,但一些工程设计缺乏整体性,造成“真破坏”和“伪生态”的现象时有发生.本研究以石川河综合整治项目为例,针对石川河乱采乱挖河道砂石,工业污染,附近村民焚烧垃圾造成气、水和土污染极其严重,生态、人居环境持续恶化,鱼虾绝迹,污水横流,垃圾成堆等问题,采用重建生态河道、恢复生态、景观重塑、土地平整、PE复合土工膜、土壤修复等技术构建山水林田湖草生命共同体,并分析了生态、经济和社会效益,通过项目实施,为石川河流域提供了洁净的土壤环境、稳定的土体结构,有效改善了生态环境,提高了生活质量,实现生产发展、生态良好,不断满足社会发展建设美丽乡村的需要,同时为构建流域山水林田湖草生命共同体提供理论依据和实践支撑.