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相似文献
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1.
贫营养湖泊花神湖和紫霞湖浮游细菌群落结构分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
以南京市花神湖和紫霞湖两个贫营养型湖泊为研究对象,通过构建花神湖和紫霞湖16S rRNA基因克隆文库探讨了浮游细菌群落结构组成的变化.结果表明,花神湖和紫霞湖两湖泊水体中浮游细菌群落结构相似,主要隶属于放线菌门(Actinobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)、α-变形菌门(Alphaproteobacteria)、β-变形菌门(Betaproteobacteria)、杆菌门(Bacteroidetes)、浮霉菌门(Planctomycetes),疣微菌门(Verrucomicrobia)和芽单胞菌门(Gemmatimonadetes),其中放线菌门(Actinobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)、β-变形菌门(Betaproteobacteria)是优势细菌类群.两个湖泊水体中75%的细菌与GenBank中已有的未培养细菌同源性高于97%,同时在两个克隆文库中还发现了6个淡水细菌新类群.通过对低纬度区域贫营养型湖泊浮游细菌群落结构的分析,加深了我们对浮游细菌多样性的了解,表明湖泊浮游细菌多样性有待进一步认识.  相似文献   

2.
浮游细菌是湖泊水体物质循环和能量流动过程中的关键要素, 影响着整个生态系统的迁移转化。为探索中国北方典型内陆封闭型湖泊浮游细菌群落结构对环境因子变动的响应, 以夏季内蒙古达里诺尔湖(以下简称“达里湖”)为例, 采集表、底层水共32个样品, 基于16S rRNA基因测序, 详细分析了浮游细菌群落结构的表、底层变化特征及其主要影响因素, 结果显示: (1)夏季达里湖水体中浮游细菌群落多样性和均匀度均呈现表层>底层, 丰富度则呈底层>表层。(2)浮游细菌群落以变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、蓝细菌门(Cyanobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)四大优势菌门为主要组成部分, 且变形菌门含量在表、底层水体中均占绝对优势: 在底层水中占比46.46 %, 在表层水中占比36.21 %。(3)基于不同环境因子和浮游细菌优势菌门间的Pearson相关性分析, 表层水体中总溶解性固体(TDS)、溶解态无机磷(DIP)是多数优势菌门的主要驱动因子, 而底层水体中的总氮(TN)、叶绿素a(Chl a)和水温(WT)为主要驱动因子。总的来说, 达里诺尔湖表、底层浮游细菌群落结构与不同环境因子间存在显著相关, 而水体环境因子的表、底层差异是影响多数优势菌门演化的重要因素。  相似文献   

3.
揭示热带木本豆科与樟科植物的叶内生细菌群落的物种与代谢功能群组成差异及其驱动因子有助于理解热带森林的植物适应性和生物多样性维持机制。本研究采用IlluminaMiseq测序平台检测海南尖峰岭热带山地雨林中豆科与樟科植物叶内生细菌,并采用FAPROTAX微生物地球化学循环代谢功能数据库注解内生细菌功能。从豆科植物的长脐红豆(Ormosia balansae)、软荚红豆(O. semicastrata)与樟科植物的厚壳桂(Cryptocarya chinensis)、硬壳桂(C. chingii)共4种植物检测到叶内生细菌可操作分类单元(operationaltaxonomicunits,OTUs)达1,123个,隶属于21门36纲51目92科160属,其中有600个OTUs被鉴定为变形菌门,72个OTUs为酸杆菌门,分别占总细菌序列数的57.17%和15.12%;噬纤维菌目的薄层菌属(Hymenobacter)及根瘤菌目的甲基杆菌属(Methylobacterium)的细菌物种最丰富,分别达37和27个OTUs。叶内生细菌物种组成在豆科与樟科植物之间存在显著差异(ANOSIM:R=0.5...  相似文献   

4.
邓晓娟  闫兴富  刘建利  刘培贵 《生态学报》2018,38(19):7066-7074
以印度块菌-云南松菌根际土壤细菌为研究对象,研究其种群组成和结构特征。(1)稀释平板法分离得到印度块菌-云南松菌根际土壤细菌的纯培养菌株,对菌株的16S rRNA序列测序分析,对测序的菌株数量和得到的OTUs数量绘制物种累积曲线,当物种累积曲线趋于平缓时,对OTUs进行系统发育分析,揭示可培养细菌的种群组成和结构特征。(2)对印度块菌-云南松菌根际土壤细菌16S rRNA基因的V3—V4区进行高通量测序,分析全部细菌类群的种群组成和结构特征。(1)分离得到菌根际可培养细菌793株,分属于3个属的61个OTUs,其中假单胞菌属(Pseudomonas)序列占总序列的86%,不动杆菌属(Acinetobacter)序列占总序列的9.8%,链霉菌属(Streptomyces)序列占总序列的6.5%。假单胞菌是印度块菌-云南松菌根际土壤可培养细菌的绝对优势类群。(2)高通量测序得到菌根际细菌序列8937条,分属于20个门、198属、2073个OTUs。隶属于变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria)的OTUs占总OTUs的65.9%,变形菌门、放线菌门和酸杆菌门细菌是印度块菌-云南松菌根际土壤细菌的优势细菌。隶属于黄杆菌属(Flavobacterium)、根瘤菌属(Rhizobium)和假黄色单胞菌属(Pseudoxanthomona)的OTUs占总OTUs的33%,黄杆菌属、根瘤菌属和假黄色单胞菌属细菌是印度块菌-云南松菌根际土壤细菌的优势属。印度块菌-云南松菌根际土壤可培养细菌多样性较低,假单胞菌属细菌占据绝对优势地位。印度块菌-云南松菌根际土壤细菌类群具有较高的多样性,物种种类丰富,优势菌群集中。  相似文献   

5.
鄱阳湖河湖交错带枯水期水体细菌群落空间分布   总被引:2,自引:0,他引:2  
【背景】界面微生物群落组成研究日益成为微生态系统的研究热点之一。【目的】探究鄱阳湖河湖交错带枯水期水体细菌群落空间分布。【方法】选取鄱阳湖河湖交错带的典型采样点11个,现场采集水样,进行理化指标分析。运用扩增子测序获得了上述样品的16SrRNA基因序列数据。根据多样性指数和丰富度指数计算比较11个采样点样品的微生物群落多样性和丰富度。根据β多样性距离矩阵,利用相似度树状图对细菌群落进行聚类分析,研究鄱阳湖河湖交错带微生物分布差异。基于冗余分析(Redundancy Analysis,RDA)研究理化因子与微生物群落分布之间的关系。【结果】鄱阳湖河湖交错带水体为中性或微酸性水质、总氮含量在V类标准以上、总磷含量在Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ类标准间波动。鄱阳湖河湖交错带水体细菌优势种组成大体相似,只是其相对丰度有所区别,其中门级微生物群落优势类群为:变形菌门(Proteobacteria,36.18%)、厚壁菌门(Firmicutes,22.18%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,17.06%)、放线菌门(Actinobacteria,8.87%)和蓝细菌门(Cyanobacteria,4.43%)。水体中变形菌门以γ-变形菌为优势菌群,以β-变形菌为次优势菌群;属分类水平上,相对丰度最高的是放线菌门(Actinobacteria)的其他属类(11.4%)。乐安河(R9采样点)与鄱阳湖长江交汇处(H11采样点)的细菌α多样性指数较高,万家桥(N2采样点)、赣江鄱阳湖交汇处(W6采样点)和瑶湖(Y10采样点)的α多样性指数最低。从细菌群落组成看:鄱阳湖大湖池保护区(W7采样点)、乐安河(R9采样点)和鄱阳湖长江交汇处(H11采样点)群落组成相似,其余8个采样点群落组成相似。pH值(P=0.735 2)、总氮(P=0.761 4)和总磷(P=0.612 8)是影响微生物群落分布的主要环境因子。【结论】鄱阳湖河湖交错带枯水期水体细菌群落空间分布差异较为明显,其空间地理差异叠加人类活动的扰动,影响了植被、水文、富营养化程度等,从而导致水体理化指标的差异,进而影响细菌群落的组成,水体理化指标相似的区域细菌群落组成也相似。水体富营养化严重的区域细菌多样性低。该研究有助于深层次了解鄱阳湖河湖交错的生态系统结构和功能,可为鄱阳湖水环境治理和生态保护提供相应的技术支持,对维持鄱阳湖生态平衡有着重要的意义。  相似文献   

6.
福州左海湖冬春季浮游细菌群落16S rRNA多样性   总被引:1,自引:0,他引:1  
【目的】为揭示福州左海湖冬春不同季节水体中浮游细菌群落的多样性。【方法】通过对2012年1月(冬季)和2012年4月(春季)的左海湖水体样品构建细菌16S rRNA基因克隆文库,对2个季节样品中细菌群落的多样性和均匀度等进行比较,并对其群落结构特征进行分析。【结果】冬季左海细菌群落的多样性指数Shannon-Wiener(H)达到3.53,均匀度指数(E)达到0.66;春季细菌群落的多样性指数Shannon-Wiener(H)为3.37,均匀度指数(E)为0.64,这2个季节样品的细菌群落均具有很高的多样性,但均匀度都偏低。2个季节水体中共检测到5个细菌门类:α-变形菌纲(α-proteobacteria)、β-变形菌纲(β-proteobacteria)、拟杆菌门(bacteroidetes)、放线菌门(actinobacteria)、蓝细菌门(cyanobacteria),此外还存在一些未被认知的序列。冬季的优势菌群为β-proteobacteria,次优势菌群为cyanobacteria;春季的最优势菌群为cyanobacteria。【结论】左海湖水体细菌在冬春2季节中的菌群结构存在差异,特别是最优势的细菌发生了很大变化,其中冬季细菌群落的多样性及均匀度相对较高。  相似文献   

7.
张平究  梁川  陈芳  俞姗姗  周利  张金花 《生态学报》2023,43(11):4747-4759
土壤细菌对湿地生态系统功能和健康维持起着重要作用。以菜子湖原始湿地、不同退耕年限湿地(3a、7a、11a和21a)和仍耕作油菜地土壤为研究对象,应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)、高通量测序和磷脂脂肪酸(PLFAs)方法分析土壤细菌群落组成和生物量,探讨它们在退耕还湿后的变化过程及其影响因素。结果表明,退耕还湿后土壤变形菌门(α-变形菌纲、β-变形菌纲和δ-变形菌纲)、酸杆菌门(酸杆菌纲和全噬菌纲)、Nitrospinae(Nitrospinia纲)和硝化螺旋菌门(硝化螺旋菌纲)相对丰度先增高后降低;这些参与氮循环的土壤细菌对退耕后湿地生态恢复过程中土壤氮素提升起着重要作用。与农业生产活动密切关联的厚壁菌门(芽孢杆菌纲和梭菌纲)和放线菌门(放线菌纲)相对丰度逐渐降低。湿地土壤细菌多样性在退耕初期(3—7a)上升达到最大,退耕中后期逐渐降低。表层土壤各类群细菌生物量逐渐升高,亚表层土壤各类群细菌生物量则先降后升再降。水分条件和容重是与研究区土壤细菌群落结构和多样性密切相关的土壤因子,而全氮是与土壤细菌生物量密切相关的土壤因子。研究从生态过程视角解析了土壤细菌群落较详...  相似文献   

8.
【目的】为了解东太平洋中国多金属结核勘探合同区西区2个站位(WBC1305和WBC1316A)深海沉积物细菌群多样性。【方法】直接提取环境样品总基因组,通过PCR和TA克隆策略构建了2个站位6个层次16S r RNA基因文库,对2个站位沉积物表层泥样中细菌多样性和群落结构特征进行分析,并通过构建系统发育树,进行系统发育学分析。【结果】2个站位6个文库共获得有效克隆533个,其中472个克隆包括α-变形菌纲、β-变形菌纲、γ-变形菌纲、δ-变形菌纲、浮霉菌门、酸杆菌门、硝化螺旋菌门、放线菌门、绿弯菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、迷踪菌门、芽单胞菌门、Hydrogenedentes、Chlorobi和Nitrospinae16个细菌类群,而另外61个克隆为不可分类细菌类群。【结论】结果表明γ-变形菌纲和厚壁菌门分别是WBC1305和WBC1316A站位的优势种群;WBC1316A站位细菌群落结构更加丰富和复杂。  相似文献   

9.
为了探究夏季纳木措湖沿岸表层水体细菌群落特征,为以后纳木措湖细菌的研究打下基础,围绕纳木措湖一周选取采样点19个。现场采集水样,进行理化因子测定,运用高通量测序技术获取上述样点的16S rDNA数据,根据多样性指数和丰富度指数计算比较各样点的细菌群落多样性和丰富度,根据各样点细菌群落在门和属水平的分布来研究纳木措各样点细菌分布差异,基于Spearman相关性系数来衡量理化因子与α-多样性指数的相关性,采用冗余分析(redundancy analysis, RDA)探究理化因子与细菌群落分布之间的关系。在纳木措水体中共获得细菌4 137个OTU(operational taxonomic units),属于87门204纲498目645科1 185属。门水平优势菌群为变形菌门(Proteobacteria,39.61%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,13.41%)和厚壁菌门(Firmicutes,12.61%),其中,变形菌门以γ-变形菌为优势菌群,其次为β-变形菌和α-变形菌。属水平有71.67%的未知细菌菌属。纳木措Shannon多样性指数显示,纳木措细菌种类比较丰富。Spearman相关性系数显示,水体细菌α-多样性指数与环境因子之间没有相关性。RDA分析表明,影响纳木措水体细菌群落结构的主要理化因子为温度(P=0.002,F=5.7)。纳木措沿岸表层水体细菌群落分布差异较为明显,细菌群落比较丰富,有许多未知菌种需进一步鉴定,有广阔的研究前景。  相似文献   

10.
海洋浮游细菌在生物地球化学循环过程中具有不可替代的作用。为解析广西北部湾茅尾海夏冬季浮游细菌群落结构及其关键环境影响因子,于2017年6月(夏季)和2017年12月(冬季)在该海域设置7个站点,采集0.5m处表层海水样品,利用16S核糖体RNA (16S rRNA)基因高通量测序技术,分析茅尾海浮游细菌群落结构与多样性。结果表明:茅尾海海域浮游细菌隶属于11个门、36个纲、86个目、188个科和506个属;主要浮游细菌类群为变形菌门(Proteobacteria, 52.47%)、厚壁菌门(Firmicutes, 17.34%)、放线菌门(Actinobacteria, 16.39%)、拟杆菌门(Bacteroidetes, 7.54%)和蓝细菌门(Cyanobacteria, 5.38%),共占浮游细菌总丰度的99.12%。北部湾茅尾海夏季浮游细菌群落Chao 1指数和Richness指数均显著(P<0.05)高于冬季。主坐标分析(PCoA)和相似性分析(ANOSIM)结果表明,不同季节浮游细菌群落结构存在极显著差异(R=0.586,P<0.001)。在目分类水平上进行组...  相似文献   

11.
Poyang Lake is the largest fresh water lake in China. In this study, the objective was to examine the diversity of bacterial community in this environment. The phylogenetic composition of bacterioplankton communities from two sites and two dates (northern and southern sub-basins in October 2006 and in May 2007, respectively) in the water column of Poyang Lake were investigated by partially sequencing cloned 16SrRNA genes. Moreover, restriction fragment length polymorphism (RFLP) was applied in the 16SrRNA gene clones. In total, four clone libraries were constructed and 347 clones were screened by RFLP, yielding 153 operational taxonomic units, which mainly belonged to the proteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Verrucomicrobia and Planctomycetes. Our results showed that Beta-proteobacteria was the most significant lineage, with dominant numbers of operational taxonomic units in the northern October 2006, southern October 2006 and May 2007 libraries. The highest bacterial diversity occurred in the library from the southern sub-basin in May 2007 and the lowest in the library from the northern sub-basin in May 2007. Horizontal and temporal differences associated with the concentration of total phosphorus, water temperature and pH suggested that the trophic state and the physicochemical properties of lake play key roles in sustaining bacterial community composition structure.  相似文献   

12.
应用高通量测序技术对西北干旱区两种盐生植物黑果枸杞和里海盐爪爪根际土壤细菌的多样性和群落结构进行研究,旨在揭示两种耐盐植物根际土壤细菌之间以及根际与非根际细菌群落结构间的差异,为深入研究盐生植物根际土壤微生物与耐盐性之间的关系提供理论基础。结果表明:黑果枸杞、里海盐爪爪根际细菌多样性丰度高于非根际土,黑果枸杞根际土壤细菌多样性丰度高于里海盐爪爪。根际和非根际土壤细菌群落的组成和丰度存在差异,从黑果枸杞和里海盐爪爪根际土壤中分别检测出细菌21门289属和22门304属,而从非根际土壤中分别检测出28门285属和24门336属;在两种盐生植物根际土壤中,变形菌门和厚壁菌门均为优势门;拟杆菌门、放线菌门、蓝细菌门及浮霉菌门在根际土壤中的丰度显著高于非根际土壤,而厚壁菌门在根际土壤中的丰度低于非根际土壤。两种植物根际土壤中的细菌优势门和优势属的数量均高于非根际土壤,在黑果枸杞和里海盐爪爪的根际土壤中的细菌优势属分别有10个和9个,而二者非根际土壤中的细菌优势属各有4个,其中假单胞菌属是根际和非根际土壤中的共有优势属。黑果枸杞和里海盐爪爪根系细菌群落组成和丰度存在差异,只有假单胞菌属和盐单胞菌属是两种植物根际土壤中的共有优势属。Unifrac分析和聚类分析表明,两种盐生植物根际土壤细菌之间的相似性大于根际和非根际细菌群落间的相似性。细菌多样性与土壤有机碳、有机质、总氮正相关,与pH、电导率负相关,电导率和pH,有机碳和总氮分别是非根际土,根际土壤细菌群落物种组成的主要影响因素。  相似文献   

13.
基于高通量测序的鄱阳湖典型湿地土壤细菌群落特征分析   总被引:15,自引:0,他引:15  
王鹏  陈波  张华 《生态学报》2017,37(5):1650-1658
采用高通量测序技术分析了鄱阳湖典型湿地土壤细菌群落特征。测序结果表明,不同植被土壤细菌群落丰度与多样性的排序相同:苔草带苔草-虉草带芦苇带泥滩带藜蒿带。沿湖面至坡地,空间位置相近的土壤细菌群落结构具有更大的相似性,苔草-虉草带、苔草带和芦苇带的细菌群落结构相近,泥滩带和藜蒿带的细菌群落结构差异较大。变形菌门(30.0%)是湿地土壤平均相对丰度最高的门,其次为酸杆菌门(16.7%)和绿弯菌门(16.5%);多数门分类细菌相对丰度沿湖面至坡地存在一定变化趋势。硝化螺菌属是第一大属分类水平细菌群落。在土壤化学指标中,与鄱阳湖湿地细菌群落相关性较大的是总磷、铵态氮和有机质含量。以上研究结果表明,鄱阳湖湿地不同植被土壤细菌群落具有结构性差异,但沿湖面至坡地存在规律性变化。  相似文献   

14.
【目的】为了探索河流水体污染胁迫对浮游细菌群落的影响。【方法】本研究使用主成分分析将水体污染胁迫分为高、中、低3级,基于高通量测序技术分析了鄱阳湖流域锦江干流浮游细菌群落的多样性、组成以及交互作用。【结果】锦江污染胁迫下的浮游细菌群落优势菌群包括假单胞菌门(Pseudomonadota,13.53%–45.83%)、放线菌门(Actinobacteriota,17.05%–40.50%)、拟杆菌门(Bacteroidota,5.79%–31.56%)、蓝藻菌门(Cyanobacteria,0.41%–59.31%)和芽孢杆菌门(Bacillota,0.11%–4.81%)。其中Bacillota在污染胁迫等级下显著差异(P=0.03)。浮游细菌群落组成在不同水体污染胁迫等级下存在显著差异(P=0.046)。群落丰富度Chao1与ACE指数在低污染胁迫地区显著高于中污染胁迫地区(P=0.024和0.037),Shannon多样性指数差异不显著。共生网络拓扑特征表明,随着水体污染胁迫减小,细菌共生网络的复杂性与稳定性增强,浮游细菌群落之间的交互作用增强。【结论】污染胁迫显著改变了水体细菌群落结构与交互作用。以上研究有助于从微生物角度为水体污染的检测、监测和控制提供生态学参考。  相似文献   

15.
不同生境黑果枸杞根际与非根际土壤微生物群落多样性   总被引:2,自引:0,他引:2  
李岩  何学敏  杨晓东  张雪妮  吕光辉 《生态学报》2018,38(17):5983-5995
研究典型生境黑果枸杞根际与非根际土壤微生物群落多样性及其与土壤理化性质间的关系,为进一步研究黑果枸杞抗逆性提供理论数据。采集新疆精河县艾比湖地区(EB)盐碱地、乌苏市(WS)路旁荒地、五家渠市(WQ)人工林带的黑果枸杞根际与非根际土壤,利用Illumina-MiSeq高通量测序技术分析细菌和真菌群落组成和多样性。结果表明:根际土壤细菌多样性高于非根际土壤(WQ除外),而根际真菌多样性低于非根际土壤。WQ非根际土壤细菌和真菌多样性均高于EB和WS;根际细菌多样性排序为EBWSWQ,根际真菌多样性排序为WSEBWQ。根际土壤优势细菌门依次是变形菌门、拟杆菌门、放线菌门、酸杆菌门,真菌优势门为子囊菌门、担子菌门。根际土壤细菌变形菌门、拟杆菌门、酸杆菌门的相对丰度高于非根际土壤,而厚壁菌在根际土壤中的丰度显著降低,真菌优势门丰度在根际土和非根际土中的变化趋势因地区而异; Haliea、Gp10、Pelagibius、Microbulbifer、假单胞菌属、Thioprofundum、Deferrisoma是根际土壤细菌优势属;多孢子菌属、支顶孢属、Corollospora、Cochlonema是根际真菌优势属。细菌、真菌优势类群(门、属)的组成以及丰富度存在地区间差异,厚壁菌门在EB地区的丰富度显著高于含盐量较低的WS、WQ;盐碱生境EB中根际土壤嗜盐细菌的丰度高于非盐碱生境(WQ、WS),如盐单胞菌属、动性球菌属、Geminicoccu、Pelagibius、Gracilimonas、Salinimicrobium等。小囊菌属是EB根际真菌的最优势属,Melanoleuca是WQ和WS的最优势属,地孔菌属、Xenobotrytis、Brachyconidiellopsis、多孢子菌属等在EB根际土壤中的丰度显著高于WQ和WS。非盐碱生境(WS和WQ)的微生物群落之间的相似性较高,并且高于与盐碱环境(EB)之间的相似性,表明土壤含盐量对微生物群落组成丰度具有重要的影响。  相似文献   

16.
Bacterial communities in sediments of the shallow Lake Dongping in China   总被引:2,自引:0,他引:2  
Aims: The purpose of this study was to discuss how the environmental inputs and anthropogenic activities impact bacterial communities in the sediments of a shallow, eutrophic and temperate freshwater lake. Methods and Results: Sediment cores were collected from Lake Dongping, located in Taian, Shandong, China. All samples were processed within 4 h of collection. Total nitrogen, total phosphorus (TP), total organic carbon, ammonium nitrogen and nitrate nitrogen content of samples were measured by Kjeldahl determination, sulphuric acid–perchloric acid digestion and molybdenum blue colorimetry, potassium dichromate titration, Nessler’s reagent colorimetric and the phenol disulphonic acid colorimetric method, respectively. Seasonal and temporal diversity of sediment bacterial communities at six stations in Lake Dongping were investigated using molecular approaches (terminal restriction fragment length polymorphism and 16S rDNA clone libraries). Noticeable seasonal and temporal variations were observed in bacterial diversity and composition at all six stations. Sediment bacterial communities in Lake Dongping belonged to 16 phyla: Proteobacteria (including α‐Proteobacteria, β‐Proteobacteria, δ‐Proteobacteria, ε‐Proteobacteria, γ‐Proteobacteria), Acidobacteria, Planctomycetes, Bacteroidetes, Firmicutes, Verrucomicrobia, Nitrospira, Chloroflexi, Gemmatimonadetes, Chlorobi, Cyanobacteria, Deferribacteres, Actinobacteria, OP8, Spirochaetes and OP11. Members of β‐, δ‐ and γ‐Proteobacterial sequences were predominant in 11 of 12 clone libraries derived from sediment samples. Sediment samples collected at stations 1 and 4 in July had the greatest bacterial diversity while those collected at station 2 in October had the least diversity. TP concentration was significantly correlated with the distribution of bacterial communities. Conclusions: Our results suggested that different environmental nutrient inputs contribute to seasonal and temporal variations of chemical features and bacterial communities in sediments of Lake Dongping. TP concentration was significantly correlated with the distribution of bacterial communities. Significance and Impact of the Study: This study has an important implication for the optimization of integrated ecosystem assessment of shallow temperate freshwater lake and provides interesting information for the subsequent of the ecosystem.  相似文献   

17.
Bacterial communities of the water and the biofilm formed during five years on an artificial substrate in Lake Baikal were studied by the pyrosequencing of 16S rRNA gene fragments; taxonomic diversity of bacterial communities and differences in their structure were revealed. The biofilm community contained mainly representatives of three phyla: Cyanobacteria, Bacteroidetes, and Proteobacteria; the amounts of other groups were within 1%. Bacterial community of the plankton was more heterogeneous; along with the dominant phyla (Bacteroidetes, Actinobacteria, and Proteobacteria) 15% of the members were of the other phyla. The use of pyrosequencing allowed to reveal 35 bacterial phyla in Lake Baikal, some of which were identified for the first time; moreover, minor groups of microorganisms (including only several sequences), which were not earlier determined by other molecular methods were found.  相似文献   

18.
Aims: To evaluate the effect of postharvest temperature on bacterial communities in live Pacific oysters (Crassostrea gigas) using nonculture‐based methods. Methods and Results: Live oysters were compared before and after storage at 4, 6, 15, 20 and 30°C using terminal restriction fragment length polymorphism (T‐RFLP). Bacterial communities in freshly harvested (control) vs stored oysters were significantly different. Changes in bacterial communities at 4, 15 and 30°C observed by T‐RFLP were further investigated by clone library analysis. Members of the Proteobacteria predominated (43·0–57·0% of clones) in control oysters, while storage altered the bacterial profile. At 4°C, Psychrilyobacter spp. (phylum Fusobacteria) predominated (43·8% of clones), while at 15 and 30°C, members of the phylum Bacteroidetes represented 63·0 and 60·2% of clones, respectively. High microbial diversity in oysters was observed, with at least 73 different genera‐related clones among all samples. Conclusions: Changes in the overall bacterial community of Pacific oysters were influenced by storage temperature and would likely not be detected by standard culture‐based methods currently used to assess oyster quality. Certain dominant genera, such as Psychrilyobacter, Polynucleobacter and a bacterial group related to Alkaliflexus, should be further studied as possible indicators for postharvest temperature control. Significance and Impact of the Study: This work is the first report describing the effect of different storage temperatures on bacterial diversity in postharvest live Pacific oysters using molecular‐based methods.  相似文献   

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[目的] 揭示地表锂矿石表面和风化产物中细菌群落多样性特征。[方法] 针对细菌16S rRNA片段扩增进行高通量测序,分析不同锂矿石表面及其风化产物中细菌群落组成、多样性及功能属性等信息。[结果] 河南卢氏南阳山伟晶岩型锂矿石和江西宜春花岗岩型锂矿石表面及其风化产物的细菌群落多样性有差异。南阳山伟晶岩矿石与其风化产物、宜春花岗岩矿石表面和风化产物(NK-1、NK-1F、YK-1、YK-1F、YK-2、YK-2F、YK-3)的OTUs分别是1010、540、835、828、1117、974和604,其差异与不同的矿物组成显著关联。两矿山均有其优势微生物,在门水平上,两矿山均以放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)为优势菌门。同时两矿区微生物群落组成具有显著差异性(P<0.05),不同地理位置风化产物样本之间差异尤为显著(P<0.001);在属水平上,NK-1中相对丰度大于5%的属为鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、马赛菌属(Massilia);NK-1F为类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、杆状细菌属(Bacillus)、马赛菌属(Massilia);YK-1F为芽球菌属(Blastococcus)、念珠菌固体杆菌属(Candidatus-Solibacter)、Noviherbaspirillum属、伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia),YK-2为unidentified-Chloroplast属,YK-2F为北里孢菌属(Kitasatospora),YK-3为1174-901-12属、甲基杆菌属(Methylobacterium)。不同地理位置的矿石及其风化物样本的功能注释均涉及代谢、遗传信息处理、环境信息处理等6个代谢通路。[结论] 16S rRNA高通量测序揭示不同地区锂矿石及其风化产物的细菌多样性存在差异,各具优势类群,样本间菌落组成、多样性及功能属性的差异与锂矿石化学组成、风化程度和地理分布密切相关。这项研究揭示了优势微生物类群的元素地球化学功能与含锂矿物地表风化的潜在联系,可为微生物生态分布研究及相关微生物资源开发提供新数据。  相似文献   

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【目的】探究尕斯库勒盐湖生态系统中邻近水体对湖泊微生物的贡献。【方法】采集尕斯库勒盐湖区湖水、沉积物以及邻近的泉水、河水和盐田的水样,对其进行地球化学分析;通过16S rRNA基因的Illumina MiSeq高通量测序分析样品的微生物群落组成。【结果】尕斯库勒盐湖区水体和沉积物中的优势门是变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)和广古菌门(Euryarchaeota)。盐度和pH是影响尕斯库勒盐湖区群落组成的最主要环境因素。邻近水体对湖泊水体和沉积物的贡献分别为12.94%和7.53%。【结论】邻近水体对尕斯库勒盐湖微生物群落的贡献有限。  相似文献   

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