西双版纳地区流苏石斛遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术,对西双版纳分布的兰科濒危植物流苏石斛（Dendrobium fimbriatum）5个居群共114个个体的遗传多样性进行了研究。从100条引物中筛选出了12条用于扩增,共检测到117个位点,其中105个为多态位点。分析结果表明,流苏石斛居群水平遗传多样性较低。在物种水平上,流苏石斛多态位点百分率PPB为89．74％,Nei’s基因多样性指数日为0．3227,Shannon’s多样性信息指数见。为0．4779;在居群水平上,各个居群的多态位点百分率PPB差异较大（6．84％～39．32％）,平均值为23．93％,Nei’s基因多样性指数H为0．0871,各个居群的Shannon’s多样性信息指数见平均为0．1290。AMOVA分析的结果显示,流苏石斛的遗传变异大多数存在于居群间,占总遗传变异的74．79％。基于Nei’s遗传多样性分析得出的居群间遗传分化系数Gst=0．7443。各居群间的Nei’s遗传一致度（I）范围为0．5882～0．8331。Mantel检测发现,居群间的遗传距离和地理距离之间无显著的正相关关系（r=0．2419,P=0．2416）。鉴于流苏石斛的遗传多样性现状和居群遗传结构,我们建议对流苏石斛居群所有个体实施及时的就地保护,同时建立迁地保护居群,促进基因交流。     

西双版纳地区流苏石斛遗传多样性的ISSR 分析

采用ISSR 分子标记技术, 对西双版纳分布的兰科濒危植物流苏石斛( Dendrobium fimbriatum) 5 个居群共114 个个体的遗传多样性进行了研究。从100 条引物中筛选出了12 条用于扩增, 共检测到117 个位点, 其中105 个为多态位点。分析结果表明, 流苏石斛居群水平遗传多样性较低。在物种水平上, 流苏石斛多态位点百分率PPB 为89 .74% , Nei′s 基因多样性指数H 为0 . 3227 , Shannon′s 多样性信息指数Hsp 为0 . 4779 ; 在居群水平上, 各个居群的多态位点百分率PPB 差异较大( 6.84% ～ 39.32% ) , 平均值为23.93% , Nei′s 基因多样性指数H 为0 . 0871 , 各个居群的Shannon′s 多样性信息指数Ho 平均为0.1290。AMOVA 分析的结果显示, 流苏石斛的遗传变异大多数存在于居群间, 占总遗传变异的74 . 79%。基于Nei′s遗传多样性分析得出的居群间遗传分化系数Gst = 0 . 7443。各居群间的Nei′s 遗传一致度( I) 范围为0 . 5882～0 . 8331。Mantel 检测发现, 居群间的遗传距离和地理距离之间无显著的正相关关系( r= 0.2419, P=0.2416) 。鉴于流苏石斛的遗传多样性现状和居群遗传结构, 我们建议对流苏石斛居群所有个体实施及时的就地保护, 同时建立迁地保护居群, 促进基因交流。     

野生罗汉果遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR分子标记方法对采自广西和广东的7个罗汉果（Siraitia grosvenorii）野生居群共130个个体进行了遗传多样性分析。15个ISSR引物共扩增到了111个位点,其中91个是多态性位点,占82.0%。Nei′s基因多样性指数(H_e)为 0.248,Shannon 信息多样性指数（I） 为0.354。罗汉果不同居群的遗传多样性水平差异较大,居群多态位点百分率在 28.2%－55.6%之间,Nei′s基因多样性指数为0.080－0.209,Shannon 信息多样性指数为0.123－0.310。永福居群（YF）和金秀居群（JX）的遗传多样性水平较高,其周边居群的遗传多样性水平逐渐降低,居群间产生了较大的遗传分化（G_st = 0.569）。居群间的遗传距离与地理距离相关性不明显（r =0.369,P = 0.115）。UPGMA聚类图中,7个居群的个体按居群各自聚在一起。     

基于ISSR标记的扁玉螺(Neverita didyma)自然居群遗传结构

利用ISSR分子标记技术,对采自大连（DL）、烟台（YT）及青岛（QD）近海的扁玉螺3个自然居群的遗传结构和遗传多样性进行了分析。用13个引物对90只个体进行了PCR扩增,共检测到161个位点,3个居群的多态位点比例为74.53%～85.09%,各居群遗传多样性水平的高低依次为YT〉QD〉DL。扁玉螺在物种水平上的Nei’s基因多样性指数和Shannon’s信息指数分别为0.3395和0.5113,在居群水平上分别为0.2811和0.4189,显示出扁玉螺有着较高的遗传多样性。AMOVA分子变异分析表明,扁玉螺的遗传变异有27.16%发生在居群间,72.84%发生在居群内,居群内的遗传变异大于居群间的遗传变异。扁玉螺3个居群间的遗传分化系数（Gst）为0.1720,基因流（Nm）为2.4063,Nei’s遗传距离平均值为0.1228,表明扁玉螺居群间虽然存在着一定程度的遗传分化,但仍属于种内正常分化的范畴。上述结果为保护和利用扁玉螺资源提供了科学依据。     

刺槐不同居群遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR标记对全国10个刺槐居群子代100个个体的遗传多样性进行了比较分析,从65个随机引物中筛选出10个多态性引物进行扩增,共检测到91个位点,多态位点数(AP)为85,多态位点百分率(P)为93.41%.刺槐在种级水平的遗传多样性参数略高于居群水平,多态位点百分率(P)分别为95.60%、69.01%,Shannon′s信息指数(I)分别为0.6145、0.3733,Nei′s基因多样性指数(H)分别为0.4337、0.2514.居群间的遗传分化指数Gst、Nei′s基因多样性指数和Shannon′s信息指数统计结果,均显示出中国刺槐居群内遗传多样性大于居群间遗传多样性.利用PopGen32软件对10个居群进行聚类分析可知,10个刺槐群体可分为三大类,亲缘关系和地理分布呈一定的相关性,但没有形成明显的地理变异模式.     

基于ISSR的硬叶兜兰居群遗传多样性研究

利用ISSR标记对7个硬叶兜兰居群160个体扩增,10对引物共扩增出101个条带,其中多态性条带97个,种水平上的多态性条带比率(PPB)达96.02%,香侬指数(I)为0.488 9,Neis基因多样性指数(H)为0.332 4。居群水平的遗传参数,多态性条带比率(PPB)为33.51%,香侬指数(I)为0.194 3,Neis基因多样性指数(H)为0.133 2。总的遗传多样性(H_T)为0.323 9,个体遗传多样性(Hs)达到0.133 2。AMOVA结果揭示居群间遗传分化大,居群间基因流N_m为0.349 2。居群间的Neis遗传距离0.148 1~0.4385。基于UPGMA聚类,在遗传距离为0.327时,7个居群聚为两支,第一支由古林箐和马固、田坝、夹寒箐和杨柳井居群组成,第二支由斗咀和小坝子居群组成,聚类关系反映居群间遗传分化与地理距离无显著相关性。     

广西地不容种质资源的ISSR分析

采用简单序列重复区间扩增(ISSR)分子标记技术对广西地不容3个野生居群和1个引种居群共92个个体进行了遗传多样性研究。10个引物共扩增出61条带,其中60条具多态性,多态性位点百分率为98.36%。4个居群多态性百分率在73.77%～86.89%。Nei’s基因多样性指数(H)为0.3379,Shannon信息多样性指数(Ⅰ)为0.5055。3个野生居群Nei’s遗传分化系数(Gst)表明:83.87%遗传变异分布在居群内,16.13%的遗传变异分布在居群间。引种居群与3个野生居群间的遗传一致度达0.8846。引种居群有效地保护了广西地不容的遗传多样性。     

中国木棉居群的遗传多样性

采用ISSR分子标记技术研究了干热河谷地区（云南的元江、元谋、巧家、保山4个居群）、干热地区（广西、海南2个居群）和湿热地区（西双版纳1个居群）木棉（Bombax malabaricum）居群的遗传多样性。用筛选出的10条引物,对110个个体进行了扩增,共检测到142个位点,多态位点百分率PPB=90.14%,Nei′s基因多样性指数H=0.2530,Shannon′s信息指数I为0.3864;居群间的遗传分化系数GST=0.1870,用AMOVA分析得出的Фst=0.177;研究结果表明木棉具有较高水平的遗传多样性,而居群间的遗传分化较低。我们推断木棉丰富的遗传多样性和有效的基因流是其较好适应性的重要因素。此外,我们建议在干热河谷地区对木棉进行引种时,要在居群内大量取样,并尽可能对不同居群进行取样。     

RAPD引物数量对施式巴鲵遗传多样性评估结果的影响

应用RAPD技术对神农架施式巴鲵居群内24个个体进行了遗传多样性分析,探讨引物数量对遗传多样性分析结果 的影响,结果表明:遗传多样性分析准确度与引物数量有关,引物数增加到30左右时,PPB(Percentageofpolymorphicbands)、 Shannon信息指数(Shannon′sinformationindex)、Nei′s遗传多样性指数(Nei′sgenediversity)变化趋于稳定。标准误分析表明, 引物数增加到25左右时,再增加引物,标准误变化很小。若要客观反映出个体之间的遗传变异关系,引物数应在25以上,多 态位点数应在250以上。     

东俄洛橐吾遗传变异与分化的ISSR分析

应用ISSR标记对东俄洛橐吾（Ligularia tongolensis）的遗传多样性进行了研究。从100个引物中筛选出8个用于正式扩增。在所研究的8个居群共150个个体中检测到148个多态位点。在居群水平上,多态位点百分率（PPB）为50.45%,Nei′s基因多样性指数（H）和Shannon信息指数（I）分别为0.1595和0.2440。在物种水平上,多态位点百分率（PPB）为88.10%,Nei′s基因多样性指数（H）和Shannon信息指数（I）分别为0.2811和0.4279。居群间的遗传分化系数（Gst）达0.4355。研究结果表明东俄洛橐吾的遗传多样性水平很高,居群间遗传分化较大。这与其多样化的生态环境是有必然联系的。因适应其多样化的生态环境而形成了遗传多样性;且因其生态环境的不连续性阻碍了居群间的基因交流而产生了遗传分化,即东俄洛橐吾高水平的遗传多样性和遗传分化是适应其分布区多样化生态环境的结果。     

蜡梅种质资源遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术，对蜡梅种质资源7个野生种群和2个栽培种群的遗传多样性进行了研究。用11条引物，共扩增出124条谱带，其中110条多态带，多态位点占88.70％。用POPEGEN1.31版软件对数据进行分析，结果显示：种群总的Nei’s基因多样性指数为0.272 6，Shannon信息多态性指数为0.411 7，蜡梅总的遗传多样性水平较高。蜡梅不同种群遗传多样性水平差异较大，种群多态位点百分率在52.94％~90.00％之间，Nei’s基因多样性指数为0.143 4~0.378 2，Shannon信息多态性指数为0.232 2~0.546 6。神农架种群（SN）和保康种群（BK）的遗传多样性水平较高。种群间的基因分化系数为0.353 6，种群内的遗传变异大于种群间的遗传变异。用NTSYS2.01版软件对样品进行UPGMA聚类分析，结果9个种群并没有按地理距离进行聚类。种群间的地理距离和遗传距离之间没有显著的相关性(r＝0.437 1，P＝0.921 3)。     

省沽油群体遗传多样性的AFLP分析

利用4对AFLP引物对来自安徽石台、湖北大悟和河南桐柏的3个省沽油群体进行遗传多样性分析,共扩增出489条带,其中多态性条带460条,多态性百分比为93.99%。不同群体Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I)变化范围分别为0.1920～0.2046和0.2937～0.3151,其中湖北大悟群体遗传多样性最高。物种水平和种群水平的H分别为0.2190和0.1964,群体内变异占总变异的89.68%,表明省沽油遗传变异主要存在于各群体内部。3个群体的平均遗传距离为0.0292,UPGMA聚类分析结果说明省沽油各群体间亲缘关系较近并和地域具有相关性。建议省沽油的遗传资源保护应以种内遗传多样性的保护为主。     

用AFLP技术分析四川核桃资源的遗传多样性

 利用AFLP分子标记技术, 运用EcoRⅠ/MseⅠ双酶切组合, 选用多态性高、分辨力强的4对选择性扩增引物组合E32/M48、E33/M61、E35/M61、E33/M62分别对四川省3个野生核桃(Juglans regia)种群和1个野生铁核桃(J. sigillata)种群共46个样品进行遗传多样性分析、居群遗传结构分析及种属关系探讨。结果表明: 1)共扩增出244个遗传位点, 其中146个多态位点, 多态率为59.84%; 核桃群体组和铁核桃群体的多态性百分率分别为55.33%和52.05%, 两个物种遗传多态性水平相当; 核桃群体组所检出的位点平均有效等位基因数Ae、Nei’s基因多样度H、平均Shannon信息指数I分别为1.322 9、0.190 8和0.286 3, 而铁核桃群体分别为1.339 9、0.196 1和0.289 8, 铁核桃群体遗传多样性水平略高于核桃群体。2)群体间特异带及群体间共有带占总扩增带数的15.16%, 其中铁核桃群体特异谱带最多, 群体特异谱带揭示了群体间的遗传差异及相似性。3) Shannon信息指数(I)、Nei’s基因多样性指数(H)和分子方差分析(AMOVA)表明核桃遗传多样性在群体间和群体内的分布分别为14.36%和85.64%、12.6%和87.4%、11.07%和88.93%, 表明群体内的遗传多样性大于群体间的遗传多样性; 核桃群体组与铁核桃群体的变异主要存在于群体组内, 组间的遗传变异仅占总变异的9.35%, 两者间的遗传分化系数Gst为0.093 5, 与AMOVA分析结果一致。4) 4个群体的Nei’s遗传距离在0.038 2～0.069 2之间, 遗传一致度在0.933 2～0.962 5之间, 表现出较高的遗传相似性; 运用Nei’s遗传一致度对供试种群进行了UPGMA聚类, 结果表明核桃的3个群体优先聚类, 大渡河流域群体与甘南地区群体聚类最近。AFLP所检测出的结果既是核桃与铁核桃生物学特性的反映, 又是其各自生态学特性的反映, 该研究结果对核桃种质资源的保护和育种提供一定的理论依据。     

珍稀濒危植物长叶红砂种群遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术，对濒危小灌木长叶红砂(Reaumuria trigyna) 集中分布的5个种群的遗传多样性水平和遗传结构进行了研究。14条引物共检测到114个位点，其中99个为多态位点，多态位点比率为86.84％，长叶红砂种群具有较高的遗传多样性。物种水平上Shannon多样性指数(I)为0.468 8，Nei基因多样性指数(H)为0.308 4；种群水平上，多态位点比率P为77.89%，I为0.410 6，H为0.260 9，基因分化系数Gst为0.106 9，揭示了长叶红砂种群遗传变异多存在于种群内，种群间的遗传分化较小，占10.69%。 基因流(Nm)为4.178 7＞1，说明种群间的基因交流，防止了由于遗传漂变导致的遗传分化。聚类分析表明长叶红砂种群遗传距离与地理距离之间无显著的相关性。研究结果说明遗传多样性水平与物种本身特性和所处不同群落有关，濒危植物并不一定表现为遗传变异水平的降低。     

珍稀濒危植物金毛狗的SRAP分析

利用SRAP分子标记技术,对7个居群79株金毛狗进行遗传多样性分析。结果表明:10对SRAP引物组合共得到107条扩增条带,多态性条带比率为85.98%,Nei’s基因多样性指数为0.229 6,Shannon’s多样性指数为0.358 6,表明金毛狗居群水平具有较高的遗传多样性;金毛狗7个居群的总基因多样度为0.229 6,居群内遗传多样度为0.135 4,居群间的遗传分化指数为0.410 6,表明有41.06%的变异存在于居群间,有58.94%的变异存在于居群内;居群间基因流为0.717 8,表明居群间基因交流频率较低;遗传一致度和UPGMA聚类分析结果显示,生境条件相似的居群优先聚集,说明金毛狗种质亲缘关系与地理分布相关性不显著。     

Genetic Diversity and Population Structure of Teucrium polium (Lamiaceae) in Tunisia

Random amplified polymorphic DNA markers were used to assess the genetic diversity within and among seven Tunisian diploid and polyploid populations of Teucrium polium L. from five bioclimatic areas. Out of the 141 bands generated from eight selected primers, 124 were polymorphic. The genetic diversity within a population (Shannon’s index) was high and varied according both the ploidal levels and bioclimatic zones. The genetic differentiation among populations assessed by G _ST and Φ_ST statistics was high, suggesting a low level of gene flow among them. The major proportion of the variation was attributable to individual differences within populations. The UPGMA analysis based on Nei and Li’s coefficient showed that individuals from each population clustered together. In a dendrogram using the Φ_ST distance matrix, population grouping is concordant with bioclimates and cytotypes. Conservation strategies should take into account the level of the genetic diversity of the populations according to their bioclimate and ploidal levels.     

High Genetic Differentiation of Hippophae rhamnoides ssp. yunnanensis (Elaeagnaceae), a Plant Endemic to the Qinghai-Tibet Plateau

RAPD markers were used to detect genetic diversity and population genetic differentiation of Hippophae rhamnoides ssp. yunnanensis, a sea buckthorn endemic to the Qinghai-Tibet plateau. The genetic parameters of percentage of polymorphic bands (92.86%), Nei’s gene diversity (h, 0.255), and Shannon’s index (I, 0.397) indicated high genetic diversity in this subspecies. The subpopulation differentiation suggested that 45.9% of genetic variation was among populations. High genetic differentiation among populations was also detected using AMOVA (47.02%). The main factors responsible for high genetic differentiation are probably related to natural geographic barriers among populations, gene drift, and limited gene flow caused by restricted pollen flow and seed flow. A Mantel test indicated that geographic distances were significantly correlated with genetic distances. The UPGMA phenogram based on Nei’s unbiased genetic distances and the result of three-dimensional model plots performed by principal coordinate analysis also supported the correlation. Altitude, however, did not have any clear effect on genetic differentiation.     

不同海拔高度大血藤群体遗传多样性的RAPD分析及其与环境因子的相关性

利用 RAPD技术分析了分布于浙江省天台山 3个不同海拔高度的天然大血藤群体的遗传多样性、遗传分化以及与环境因子的相关性。 13种随机引物在 3 6株个体中共检测到 88个可重复的位点 ,其中多态位点 74个 ,总多态位点百分率为84.0 9% ,大血藤具有丰富的遗传多样性。 Shannon信息指数显示的遗传多样性以海拔 950 m的群体为最高 ,其次是海拔 73 0 m的群体 ,最低的是海拔 52 0 m的群体 ;群体内的遗传多样性占总遗传多样性的 43 .68% ,群体间的遗传多样性占 56.3 2 %。 Nei指数估计大血藤群体间的遗传分化系数为 0 .540 6,大血藤群体间的基因流很低。大血藤海拔 73 0 m群体与海拔 52 0 m群体的遗传相似度较高 ,海拔 950 m群体与其它两群体的遗传相似度较低。大血藤群体内的遗传多样性与土壤总氮呈极显著的正相关。     

基于SSR标记的8个山荆子居群遗传多样性和遗传关系分析

采用10对SSR引物对8个山荆子[Malus baccata (L.) Borkh.]居群140个单株的基因组总DNA进行PCR扩增,并据此对8个居群的遗传多样性和遗传关系进行了分析.结果表明:用10对SSR引物共扩增出91条带,多态性条带百分率达100.00％.8个居群的遗传多样性参数差异较大,有效等位基因数为1.437 9～1.535 0,Nei's基因多样性指数为0.256 0～0.309 2,Shannon信息指数为0.376 7～0.459 2,多态性条带百分率为64.84％～85.71％.居群间的有效等位基因数为1.616 9,Nei's基因多样性指数为0.355 1,Shannon信息指数为0.528 5,均明显高于居群内;8个居群间的基因流为1.739 5,基因分化系数为0.223 3,显示居群间的基因交换较多.UPGMA聚类分析结果表明:在Nei's遗传距离0.148 6处,8个居群被分为3组,河北塞罕坝居群单独为一组,山西五台山居群和北京东灵山居群为一组,其余5个居群为一组.据此推测:山荆子起源于中国华北和东北地区,山西灵空山、黑龙江小兴安岭、吉林长白山和山西中条山居群可能是其遗传多样性的核心居群.     

Evaluation of genetic diversity and population structure of polygonati rhizoma germplasms: implications for better crop development and conservation of a traditional Chinese medicine

Polygonati rhizoma (PR) is an important and widely used product in Chinese traditional medicine and edible goods. The time-consuming nature of breaking dormancy in both rhizomes and seeds means that improving variety selection is limited to collection, identification, and selection of germplasms. In this study, we used two DNA-based molecular marker techniques—inter simple sequence repeat (ISSR) and start codon targeted (SCoT)—to assess the genetic diversity and population structure among PR source plants collected from 47 different regions and belonging to 12 populations (P1–P12). For molecular markers analysis, 15 ISSR and 10 SCoT markers were tested. Total number of 159 fragments (150–4000 bp) were amplified based on ISSR analysis with a range from 6 to 17 bands, 153 of them were polymorphic, ranging from 97.27 to 100%. For SCoT analysis, 164 polymorphic bands (150–5000 bp) were observed, varying from 14 to 19 bands for each primer. Nei’s genetic diversity analysis showed that the highest value was found in P11 for ISSR and P4 for SCoT markers. The highest Nei’s genetic diversity value was observed in P5 for combined markers and the low in P2. Nei’s dendrogram constructed with combined markers indicated a 75–89% of genetic similarity coefficient among populations. Population structure analysis revealed an optimum number of three groups, the same as their geographical distribution. This knowledge on PR genetic diversity can be used in future breeding programs, genetic improvement, product enhancement, and germplasms conservation.