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1.
《水生生物学报》2014,(2)
采用普通PCR扩增、SHOT-GUN测序、软件拼接首次获得了池蝶蚌(Hyriopsis schlegelii)线粒体基因组全序列。线粒体基因组全长为15939 bp,由13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个SrRNA基因和28个长度为1—393 bp的非编码区组成;除ND3-ND5、ND4L、ATP6、ATP8、COX1-COX3、tRNA-D、tRNA-H之外,其他大多数基因在L链编码。池蝶蚌线粒体全基因组序列、蛋白编码基因、tRNA基因、rRNA基因及非编码区的A+T含量分别为60.36%、59.84%、61.7%、60.23%及62.5%,与其他淡水蚌类一致,均表现出A+T偏好性,淡水蚌类线粒体基因组长度的差异主要表现在非编码区长度的差异。池蝶蚌mtDNA的COX2-12SrRNA区域基因排列存在差异,是ND3、tRNAHis、tRNAAla、tRNASer1、tRNASer2、tRNAGlu、ND2、tRNAMet 8个基因发生重组造成。22个tRNA基因都具有典型的三叶草二级结构,tRNA-E与tRNA-W间的非编码区含有一个ORF区,而控制区并未发现。从GenBank上下载的14种双壳纲贝类的mtDNA序列构建的系统进化树,显示池蝶蚌与三角帆蚌亲缘关系最近。研究结果为淡水珍珠蚌线粒体基因重排及进化特征提供理论依据。 相似文献
2.
采用普通PCR扩增、SHOT-GUN测序、软件拼接首次获得了池蝶蚌(Hyriopsis schlegelii)线粒体基因组全序列。线粒体基因组全长为15939 bp,由13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个SrRNA基因和28个长度为1—393 bp的非编码区组成;除ND3-ND5、ND4L、ATP6、ATP8、COX1-COX3、tRNA-D、tRNA-H之外,其他大多数基因在L链编码。池蝶蚌线粒体全基因组序列、蛋白编码基因、tRNA基因、rRNA基因及非编码区的A+T含量分别为60.36%、59.84%、61.7%、60.23%及62.5%,与其他淡水蚌类一致,均表现出A+T偏好性,淡水蚌类线粒体基因组长度的差异主要表现在非编码区长度的差异。池蝶蚌mtDNA的COX2-12SrRNA区域基因排列存在差异,是ND3、tRNAHis、tRNAAla、tRNASer1、tRNASer2、tRNAGlu、ND2、tRNAMet 8个基因发生重组造成。22个tRNA基因都具有典型的三叶草二级结构,tRNA-E与tRNA-W间的非编码区含有一个ORF区,而控制区并未发现。从GenBank上下载的14种双壳纲贝类的mtDNA序列构建的系统进化树,显示池蝶蚌与三角帆蚌亲缘关系最近。研究结果为淡水珍珠蚌线粒体基因重排及进化特征提供理论依据。 相似文献
3.
部分双壳贝类的线粒体遗传方式不同于标准的母系遗传(SMI),被称为双单性遗传现象(DUI)。池蝶蚌(Hyriopsis schlegelii)是淡水双壳贝类,是否存在双单性遗传现象?本文采用普通PCR扩增、SHOT-GUN测序及软件拼接获得了雄性池蝶蚌线粒体基因组(以下简称Hs-mtDNA)全序列,并与本实验室已报道的雌性池蝶蚌线粒体基因组全序列进行差异性分析。结果表明,雄性和雌性Hs-mtDNA全长分别为15961 bp和15939 bp,雄性比雌性长22 bp,雌雄线粒体基因组成与排列顺序一致。各蛋白编码基因的碱基数目均一致,碱基转换率为1.01%~7.34%,颠换率为0.00%~0.62%,氨基酸差异率为0.00%~9.35%;其中,COX1基因变异率为2.72%;COX2基因碱基变异率最高,达7.50%,雄性COX2的3'末端没有出现编码延伸区。雄性12S rRNA基因发生5 bp的碱基转换,差异率为0.6%;16S rRNA基因比雌性长9 bp,碱基差异率仅为1.2%。雌雄tRNA-His均位于H链上,介于COX2与ND3之间,没有出现位置的差异性。雌雄Hs-mtDNA的非编码区共有28个1~393 bp的片段,但未见控制区。在tRNA-Glu与tRNA-Tyr间有一段长393 bp的非编码区存在蛋白质翻译功能,但非雄性特异性蛋白。以COX1基因建立系统进化树,池蝶蚌和三角帆蚌(H.cumingii)聚在一起,而含有双单性遗传现象的无齿蚌属的Pyganodon grandis、小方蚌亚科的Venustaconcha ellipsiformis及小方形蚌属的Quadrula quadrula三者雄性聚为一支,雌性聚为一支。因此,雌雄池蝶蚌线粒体存在一定的差异性,但其差异要比其他具有双单性遗传现象的淡水双壳类小得多,且池蝶蚌线粒体遗传可能不存在双单性遗传现象。 相似文献
4.
褶纹冠蚌线粒体基因组全序列分析 总被引:1,自引:0,他引:1
采用LA-PCR(Long amplification polymerase chain reaction)扩增方法首次获得褶纹冠蚌(Cristariaplicata)线粒体基因组全序列。分析表明:序列全长15712bp,包括13个蛋白质基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和26个长度为2~328bp的非编码区。A、T、C、G碱基组成分别为36.54%、27.22%、23.22%、13.02%。大部分基因在L链编码,其中ND3~ND5、ND4L、COI~COIII、ATP6、ATP8、tRNAAsp和tRNAHis在H链编码。基因排列与同科的射线佩饰真珠蚌(Lampsilis ornata)一致,与三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)在COII和12SrRNA之间存在差异。13个蛋白质基因具有I(AUU、AUC)、V(GUG)、M(AUA、AUG)3种起始密码子,除ND2终止密码子为不完整的T,其余基因均为典型的UAA或UAG。22个tRNA中,除tRNAThr、tRNALys、tRNASer(UCN)、tRNAAsp、tRNAArg、tRNATyr和tRNAMet之外,其他15个tRNA都具有典型三叶草结构。与其他淡水双壳贝类一样,褶纹冠蚌具有ATP8基因,该基因可能与细胞质的渗透压平衡有关。 相似文献
5.
双壳贝类线粒体基因组结构的比较 总被引:4,自引:0,他引:4
利用比较基因组学和生物信息学方法, 比较分析了已登录到GenBank中的14种海产双壳贝类和2种淡水双壳贝类的线粒体基因组的结构特征。结果发现, 双壳贝类线粒体的基因组结构、基因排列顺序均互不相同; 不同目、科和属之间线粒体基因组的大小、基因排列方式以及基因种类也存在明显的差异, 尤其是基因排列方式没有明显的规律。对16种双壳贝类的线粒体基因组全序列、编码基因序列进行系统分析, 分别得到了不同的聚类结果, 即用基因组全序列聚类时, 16种贝类的聚类结果与传统的形态学分类地位基本相同; 而将16种贝类的所有蛋白质编码基因和2个rRNA基因按照一致顺序排列起来进行聚类时, 所得的系统分类情况与这些贝类传统的形态学分类地位相差较大。 相似文献
6.
李氏大足蝗线粒体全基因组序列分析 总被引:2,自引:1,他引:1
采用长距PCR 扩增及保守引物步移法测定并注释了李氏大足蝗( Aeropus licenti Chang)的线粒体基因组全序列。结果表明,李氏大足蝗的线粒体基因组全长15 597 bp,A+T 含量为74.8%,37个基因位置与飞蝗的一致,基因间隔序列共计17处105 bp,间隔长度从1~21 bp不等;有10对基因间存在58 bp重叠,重叠碱基数在1~17 bp之间。13个蛋白质编码基因中找到4种可能的起始密码子;有12个基因在基因3'端找到完全的TAA或TAG 终止密码子,只有ND5基因终止密码子为不完整的T。除tRNASer(AGN)外,其余21个tRNA基因的二级结构均属典型的三叶草结构。tRNASer(AGN)的DHU臂缺失,在相应的位置上只形成一个环。预测的lrRNA二级结构总共有6个结构域(结构域Ⅲ缺失),47个茎环结构;预测的srRNA的二级结构包含3个结构域,31个茎环结构。A+T 丰富区长度为712 bp。 相似文献
7.
《基因组学与应用生物学》2018,(10)
双壳贝类中有两种线粒体遗传方式,一种通过精子传递线粒体基因组,一种通过卵子传递线粒体基因组。这种现象被称为线粒体基因组的双单亲遗传(doubly uniparental inheritance, DUI)。本实验首先对三角帆蚌(Hyriopsis cumingii) F、M-type ATP8基因进行了克隆,得到了它们的cDNA全序列。F-type ATP8基因全长275 bp,编码49个氨基酸;M-type ATP8基因全长222 bp,编码58个氨基酸。在此基础上研究了三角帆蚌从胚胎时期到三龄成熟时期时F、M-type ATP8基因的表达差异。胚胎期到8月龄的三角帆蚌性腺部位组织团中,M、F-type ATP8基因在各时期均有表达,同时期对比发现,F-type ATP8基因的表达量明显高于M-type ATP8基因。12月龄雌雄三角帆蚌各组织中,F-type ATP8表达量高于M-type ATP8,处于主导地位。24月龄雌雄三角帆蚌各组织中,M、F-type ATP8均能检测到表达,M-type ATP8仅在性腺中高表达。36月龄雌雄三角帆蚌各组织中,F-type ATP8均能检测到,M-type ATP8表达量都非常低;而在雄性中,仅在性腺中高表达。研究表明,随着三角帆蚌的发育,M-type ATP8仅在雄性性腺中存在,在其他组织中选择性降解。 相似文献
8.
线粒体tRNA基因突变是导致感音神经性耳聋的原因之一.有些tRNA突变可直接造成耳聋的发生,称之为原发突变.如tRNALeu(UUR) A3243G等突变与综合征型耳聋相关,而tRNASer(UCN) T7511C等突变则与非综合征型耳聋相关.此外,继发突变如tRNAThr G15927A等突变则对原发突变起协同作用,影响耳聋的表型表达.这些突变可引起tRNA二级结构改变,从而影响线粒体蛋白质合成,降低细胞内ATP的产生,由此引起的线粒体功能障碍可导致耳聋的发生.主要讨论与耳聋相关的线粒体tRNA突变及其致聋机理. 相似文献
9.
采用长距PCR扩增及保守引物步移法测定并注释了短额负蝗的线粒体基因组全序列。结果表明,短额负蝗的线粒体基因组全长15 558 bp,A+T含量为74.3%,37个基因位置与飞蝗的一致,基因间隔序列共计11处64 bp,间隔长度从1~16 bp不等;有15对基因间存在51 bp重叠,重叠碱基数在1~8 bp之间。13个蛋白质编码基因中找到6种可能的起始密码子,有12个基因在基因3'端能找到完全的TAA或TAG终止密码子,只有ND5基因终止密码子为不完整的TA。除tRNASer(AGN)外,其余21个tRNA基因的二级结构均属典型的三叶草结构。tRNASer(AGN)的DHU臂缺失,在相应的位置上只形成一个环。预测的lrRNA二级结构总共有6个结构域(结构域Ⅲ缺失),49个茎环结构。预测的srRNA的二级结构包含3个结构域,33个茎环结构。A+T丰富区中存在一个被认为与复制及转录起始有关的Ploy(T)(T-stretch)结构。 相似文献
10.
动物线粒体基因组变异研究进展 总被引:1,自引:0,他引:1
动物mtDNA大多是共价闭合的环状双链分子,一般由2个非编码区和37个编码基因组成,不同动物线粒体基因组大小变异明显.孑遗疟虫(Plasmodium reichenowi)的线粒体基因组最小,仅为5966bp;领鞭毛虫(Monosiga brevicollis)的最大,达76568bp.动物线粒体基因组大小变异的原因主要有:控制区串联重复元件的变异;基因重复;基因重叠与基因间隔区大小的差异;基因缺失和增加. 相似文献
12.
中华雏蝗(Chorthippus chinensis Tarb)线粒体基因组分析 总被引:1,自引:0,他引:1
采用Lon-PCR扩增线粒体全基因组和保守引物步移法结合克隆方法测定并拼接获得了中华雏蝗(Chorthippus chinensis Tarb)线粒体基因组全序列.序列的注释和分析结果表 明,中华雏蝗线粒体基因组序列全长15 599 bp,共有13个编码蛋白质基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个A+T富集区.基因顺序与非洲飞蝗(Locusta migratoria)相同,也发生了2个 tRNA Asp(D)和tRNALys(K)的倒置.13个编码蛋白质基因都使用了ATN作为起始密码子.除ND1以TAG和ND5的终止密码子为不完全的T外,其余11个编码蛋白质基因的终止密码子都为完整的TAA.6种直翅类昆虫13个蛋白质的氨基酸序列的联合数据集构建的系统树与形态分类系统一致,中华雏蝗与非洲飞蝗为姐妹群,并与东方蝼蛄构成一单系群. 相似文献
13.
麦穗鱼线粒体基因组序列测定及分析 总被引:1,自引:0,他引:1
利用麦穗鱼Pseudorasbora parva和相关鱼类的部分线粒体基因序列,设计出2对长批引物和30对短批引物,采用基于长PCR的2次PCR扩增法测定并注释麦穗鱼线粒体基因组全序列。结果表明,麦穗鱼线粒体基因组长16600bp,A+T含量为58.9%,37个基因位置及组成与其它硬骨鱼一致,均由13个蛋白编码基因、22个tRNA、2个rRNA基因和1个控制区(D-loop)组成。其中L链仅含8个tRNA(Pro、T yr、Ser、Ala、Asn、Cys、Glu、Gln)及ND6基因,其余基因皆由H链编码。基因排列紧密,间隔序列共计13处64bp,长度从1~32bp不等;基因重叠区7处23bp,重叠碱基数在1~7bp之间。13个蛋白编码基因中,除COI起始密码子为GTG外,其余均以ATG为起始密码子;有8个基因(ND1、ND2、COI、ATP6、ATP8、ND4L、ND5、ND6)3’端有完全的TAA或TAG终止密码子,其它5个基因终止密码子为不完整的TA(ND3和ND4)或T(COⅡ,COⅢ,Cyt b)。除tRNASer(AGY)外,其余21个tRNA基因的二级结构均为典型的三叶草结构。预测的lrRNA二级结构共有6个结构域,53个茎环结构,srRNA二级结构包含43个茎环结构。控制区(D-loop)存在3个结构区:终止序列区(TAS)、中央保守区(CSB-F、CSB-D)和保守序列区(CSB-1、CSB-2、CSB-3),其中TAS与DNA复制终止相关,出现茎环结构。 相似文献
14.
通过PCR步移法对大紫蛱蝶Sasakia charonda coreana线粒体基因组全序列进行了测定和分析。分析结果表明:大紫蛱蝶线粒体基因组全长15233bp,包括13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因以及长度为381bp的非编码区。A、T、C、G碱基含量分别为39.7%、40.2%、12.2%、7.9%。9个蛋白编码基因和14个tRNA基因在J链编码,其余4个蛋白编码基因和8个tRNA基因在N链编码,基因排列顺序与其它已知鳞翅目昆虫相同。13个蛋白编码基因中除COⅠ以CGA作为起始密码外,其余蛋白质基因均以ATN作为起始密码子,终止密码子多数为典型的TAA、TAG,只有COⅡ和ND4以单独的T作为终止密码子。在所测得的22个tRNA基因中,除tRNA Ser(AGN)缺少DHU臂外,其余tRNA均能形成典型的三叶草结构。与其它多数鳞翅目昆虫一样,大紫蛱蝶的非编码区序列中散在着一些长短不一的串联重复单元,在与其近缘物种非编码区的比较当中并未发现共同的保守序列区。 相似文献
15.
Complete mitochondrial genome of Chinese big-headed turtle, Platysternon megacephalum, with a novel gene organization in vertebrate mtDNA 总被引:3,自引:0,他引:3
The mitochondrial genome of the Chinese big-headed turtle, Platysternon megacephalum, was obtained using polymerase chain reaction (PCR). The entire mtDNA sequence, the longest mitochondrial genome in turtles reported so far, is 19161 bp. This mitochondrial genome exhibits a novel gene order, which greatly differs from that of any other vertebrates. It is characterized by four distinctive features: 1) the translocation of a gene cluster including three tRNA genes (tRNAHis, tRNASer, tRNALeu(CUN)) and ND5 gene, 2) two tRNAThr pseudogenes, 3) a duplication of pseudo tRNAThr/tRNAPro/D-loop region and 4) 3 non-coding spacers. These unique identities represent a new mitogenomic gene order in vertebrates. The TDRL model was proposed to account for the generation of the gene order in P. megacephalum. 相似文献
16.
Dae-Ju Oh Ji-Young Kim Jung-A Lee Weon-Jong Yoon Soo-Yeong Park Yong-Hwan Jung 《DNA sequence》2007,18(4):295-301
We determined the complete nucleotide sequence of the mitochondrial genome for the rabbitfish Siganus fuscescens (Perciformes, Siganidae). This mitochondrial genome, consisting of 16,491 base pairs (bp), included 13 protein-coding genes, 2 ribosomal RNAs, 22 transfer RNAs, and a noncoding control region similar those found in other vertebrates; the gene order was identical to that of typical vertebrates. Most of the genes of S. fuscescens were encoded on the H-strand, while the ND6 and eight tRNA (Gln, Ala, Asn, Cys, Tyr, Ser [UCN], Glu, and Pro) genes were encoded on the L-strand. The reading frames of ATPase 8 and 6 and those of ND4L and ND4 overlapped by ten and seven nucleotides, respectively. All mitochondrial protein-coding genes began with an ATG start codon, except for CO1, which started with GTG. Open reading frames of S. fuscescens ended with TAA (ND1, CO1, ATPase 8, ND4L, ND5 and ND6), and the remainder had incomplete stop codons, either TA (ATPase 6 and CO3) or T (ND2, CO2, ND3, ND4, and Cytb). The origin of L-strand replication in S. fuscescens was located in a cluster of five tRNA genes (WANCY) and was 34 nucleotides in length. A major noncoding region between the tRNA-Pro and tRNA-Phe genes (828 bp) was considered to be the control region (D-loop). Within this sequence, we identified a conserved sequence block characteristic of this region. The rabbitfish was grouped with Siganus canaliculatus in most parsimony analyses, which showed 100% bootstrap support for their divergence. These findings are useful for inferring phylogenetic relationships and identification within the suborder Acanthuroidei. 相似文献
17.
黄脸油葫芦线粒体基因组:一种新的基因排列方式 总被引:1,自引:0,他引:1
采用长距PCR扩增及保守引物步移法测定并注释了黄脸油葫芦(Teleogryllus emma)线粒体基因组全序列。结果表明,黄脸油葫芦的线粒体基因组全长15 660 bp,A+T含量为73.1%。谷氨酸、色氨酸及天冬酰胺的转运RNA基因由N链编码,形成了直翅目中的第三种基因排列顺序,其余结构与其它螽亚目昆虫的线粒体结构一致。基因间隔序列共计73 bp,间隔长度从1—24 bp不等;有14对基因间存在共54 bp重叠,重叠碱基数在1—11 bp之间。13个蛋白质编码基因中12个基因(除COⅠ基因外)的起始密码为标准的ATN组成,COI基因的起始密码子为TTA。有10个基因在基因3'端能找到完全的TAA或TAG终止密码子,而有三个基因(COII,ND5和ND4)终止密码子为不完整的T。除tRNASer(AGN)外,其余21个tRNA基因的二级结构均属典型的三叶草结构。黄脸油葫芦940bp的A+T富集区中存在一个被认为与复制起始有关的保守的二级结构,该结构不仅存在于直翅目昆虫中,而且也存在于双翅目、鳞翅目和膜翅目中,但是未见于昆虫纲的早期分化类群——弹尾目中。 相似文献
18.
采用LongPCR和引物步移法测得大豆蚜Aphis glycines Matsumura线粒体基因组约90%的序列,并与蚜总科Aphidoidea已报道的3种蚜虫进行了比较。结果表明:已测得的序列长度为13696bp,AT含量为83.3%;蛋白质编码基因起始密码子都为ATN,COI、ND4、CYTB、ND2使用不完整终止密码子T,其余都使用常见终止密码子TAA;15个tRNA基因除tRNA-W外都能折叠成典型的三叶草二级结构。比较大豆蚜、豌豆蚜Acyrthosiphon pisum(Harris)、麦二叉蚜Schizaphis graminum(Rondani)和葡萄根瘤蚜Daktulosphaira vitifoliae(Fitch)的线粒体基因组,结果表明4个种均具有后生动物线粒体基因组中常见的基因,基因顺序与假想昆虫祖先的排列方式相同,但豌豆蚜包含3个tRNA-M;蛋白质编码基因的起始密码子都为ATN,除葡萄根瘤蚜外,其他3种蚜虫的COⅠ、ND4使用不完整终止密码子T;tRNA-W的二级结构中都存在TψC臂中"茎"的结构缺失,只有环的结构;而蛋白质编码基因使用最频繁的氨基酸略有不同,大豆蚜为Leu,豌豆蚜和麦二叉蚜为Ile;大豆蚜和麦二叉蚜的ND4/ND4L都存在7bp的重叠序列,而豌豆蚜和葡萄根瘤蚜没有发现此现象。 相似文献
19.
锯凤蝶类与凤蝶科其他类群的系统发生关系及其分类学地位一直存在争议。本研究采用PCR和long PCR技术测定了属于锯凤蝶类的丝带凤蝶Sericinus montelus线粒体基因组全序列; 结合已有的其他凤蝶科物种的相应序列数据, 基于13个蛋白质编码基因重建了凤蝶科主要类群的系统发生树, 探讨了它们之间的系统发生关系。基因组分析结果表明: 丝带凤蝶线粒体基因组全长15 242 bp, 包括13个编码蛋白基因(ATP6, ATP8, COⅠ-Ⅲ, ND1-6, ND4L和Cytb)、 22个tRNA基因、 16S和12S rRNA基因以及非编码的控制区; 基因组A, T, G和C含量分别为40.1%, 40.8%, 7.4%和11.7%, 表现出明显的AT偏倚。所有的蛋白质编码基因都使用标准的起始密码子(ATN); 除ND4 和 ND4L基因使用单个的T作为终止密码子外, 其余蛋白编码基因都使用了标准的终止密码子(TAA)。除丝氨酸 tRNA的二氢尿苷突环缺失外, 所有tRNA基因都形成典型的三叶草型结构。基因组中共存在12个大小介于2~65 bp之间的基因间隔区以及15个大小介于1~8 bp之间的基因重叠区, 其中, 存在于COⅡ和tRNALys之间的24 bp的间隔区在其他鳞翅目昆虫中未曾见到。以邻接法和最大简约法并基于13个蛋白质编码基因序列对凤蝶科进行了系统发生分析。结果显示, 丝带凤蝶和中华虎凤蝶Luehdorfia chinensis先构成一个支系, 再和冰清绢蝶Parnassius bremeri构成姊妹群; 表明锯凤蝶类应作为族级分类单元归于凤蝶科下的绢蝶亚科。 相似文献
20.
采用长距PCR扩增及保守引物步移法测定并注释了短额负蝗的线粒体基因组全序列。结果表明,短额负蝗的线粒体基因组全长15558bp,A T含量为74.3%,37个基因位置与飞蝗的一致,基因间隔序列共计11处64bp,间隔长度从1~16bp不等;有15对基因间存在51bp重叠,重叠碱基数在1~8bp之间。13个蛋白质编码基因中找到6种可能的起始密码子,有12个基因在基因3'端能找到完全的TAA或TAG终止密码子,只有ND5基因终止密码子为不完整的TA。除tRNASer(AGN)外,其余21个tRNA基因的二级结构均属典型的三叶草结构。tRNASer(AGN)的DHU臂缺失,在相应的位置上只形成一个环。预测的lrRNA二级结构总共有6个结构域(结构域Ⅲ缺失),49个茎环结构。预测的srRNA的二级结构包含3个结构域,33个茎环结构。A T丰富区中存在一个被认为与复制及转录起始有关的Ploy(T)(T-stretch)结构。 相似文献