菠萝SRAP反应体系的建立及优化

目的:建立一种适合菠萝基因扩增的 SRAP 反应体系.方法:用改良 CTAB 法提取菠萝 DNA,对扩增结果影响重要的反应组分 Taq 酶、Mg2 、随机引物及 dNTPs 进行单因素体系优化,以确定最佳菠萝 SRA P反应体系.结果:用这种方法建立的菠萝SRAP 反应体系为:20μL 反应体系中含1×PCR buffer,2.5mmol/L Mg2 、1.2U TaqDNA 聚合酶、0.2mmol/L dNTPs、0.3umol/L随机引物、20ng DNA 模板.结论:用引物Me4-Em4 组合对供试菠萝 19 个品种进行扩增,结果扩增条带清晰、丰富、重复性好,此 SRAP反应体系适合菠萝基因型扩增.     

桂花SRAP—PCR体系的确立及验证

以桂花[Osmanthus fragrans (Thunb. ) Lour. ]品种'早银桂'的总DNA为模板,对SRAP-PCR扩增体系中的模板DNA用量,Mg2+、 dNTPs和引物浓度以及Taq DNA聚合酶用量进行单因子实验, 确立了适合桂花总DNA的 SRAP-PCR反应体系:反应体系总体积10 μL,包括30 ng模板DNA、 2.5 mmol·L-1 Mg2+ 、 0.20 mmol·L-1dNTPs、 0.4 μmol·L-1上下游引物和0.75 U Taq DNA聚合酶及1×PCR buffer.采用SRAP引物组合pm21-em8,以78个桂花品种的总DNA为样品,对优化的SRAP-PCR反应体系进行初步验证,共扩增出632条带,多态性条带百分率75.32%;扩增位点15个,多态性位点百分率为86.67%.运用优化的SRAP-PCR体系,使用筛选出的18对SRAP引物组合对88个桂花品种、1个桂花野生种以及2个外类群[柊树O. heterophyllus (G. Don) P. S. Green和华东木犀O. cooperi Hemsl. ]的总DNA进行扩增,共扩增出296个位点,其中多态性位点248个,多态性位点百分率为83.78%.实验结果显示,运用优化的SRAP-PCR反应体系获得的DNA条带清晰、扩增结果稳定、多态性较丰富;SRAP分子标记可用于桂花遗传多样性、品种资源鉴定、亲缘关系以及系统进化等方面的研究.     

缢蛏SRAP-PCR体系的正交优化

运用L16(45)正交设计对影响缢蛏SRAP-PCR反应的5个因素:Taq酶浓度、Mg2+浓度、模板DNA浓度、dNTPs浓度和引物浓度在4个水平上进行了优化试验,PCR结果采用SPSS v16.0软件分析.结果表明,各因素对SRAP-PCR反应的影响依次为:引物>Taq酶>模板DNA>Mg2+;缢蛏SRAP反应最佳体系为:在20μL PCR反应体系中,引物0.3 μmol/L、Taq 酶0.5 U、模板DNA 50 ng、dNTPs 0.2 mmol/L及Mg2+2 mmol/L.用不同缢蛏的基因组DNA两次SRAP-PCR扩增,8对引物均能扩增出清晰且重复性好的谱带.因而建立的缢蛏反应体系稳定可靠.     

均匀设计优化毛竹EST-SSR PCR反应体系

本研究以毛竹叶片DNA为模板,利用均匀设计U10(54)表,对毛竹EST-SSRPCR反应体系的TaqDNA聚合酶、Mg2+、dNTPs及引物浓度4因素5个水平进行优化筛选。优化实验结果表明,毛竹EST-SSRPCR的25μL优化反应体系为:10×PCRBuffer(含Mg2+)2.5μL、TaqDNA聚合酶1.5U,Mg2+、dNTPs及引物的最适浓度分别是1.0mmol/L、0.1mmol/L、0.48μmol/L;通过梯度PCR试验筛选得到相应引物的最佳退火温度为52.4℃。对优化出的EST-SSRPCR反应体系进行稳定性检测,结果均能获得丰富、稳定、清晰可辨的DNA谱带。该优化体系为利用EST-SSR分子标记对毛竹进行遗传多样性等相关研究工作提供了基础条件。     

光裸星虫ISSR-PCR反应体系的单因素优化试验

以光裸星虫为试验材料,通过单因素方法对影响其ISSR-PCR扩增效果的因子(模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶、甲酰胺和二甲基亚砜)浓度进行研究。确立适合光裸星虫ISSR-PCR的反应体系:25μL体积含1×PCR buff-er、模板DNA用量为10-50 ng、TaqDNA聚合酶为0.75-1.75 U、Mg2+浓度为1.5-2.5 mmol/L、dNTP浓度为0.20 mmol/L,引物浓度为0.8-1.2μmol/L,甲酰胺和二甲基亚砜的添加并不能优化光裸星虫ISSR-PCR反应结果。利用所建立的体系对广西北海群体的20个光裸星虫个体基因组DNA进行ISSR-PCR扫描,结果表明,优化后的体系均能扩增出清晰、多态性高的条带。     

大薯ISSR-PCR反应体系的优化

以大薯为材料,通过试验优化了ISSR-PCR反应体系中的主要成分用量及浓度、退火温度对大薯ISSR扩增结果的影响。试验表明:在20μL的反应体系中,Mg2+的浓度为1.875 mmol/L,dNTPs浓度为0.500 mmol/L,引物的浓度为1.0μmol/L,TaqDNA聚合酶的用量为1U,模板DNA的用量为60 ng,在48℃的退火温度下45个循环,能得到清晰、多态性高的ISSR带谱。     

鲤TRAP分子标记反应体系的建立与优化

针对鲤(Cyprinus carpio)这一主要水产养殖品种设计了靶位区域扩增多态性(target region amplified polymorphism,TRAP)分子标记的反应体系,对影响TRAP反应体系的各参数,包括Mg2+、dNTPs、TaqDNA聚合酶、模板DNA和引物浓度进行了优化,建立了适合鲤的、稳定、可重复的TRAP-PCR反应体系。在15μlPCR反应体系中,Mg2+浓度为1.5mmol/L、dNTPs浓度为0.35mmol/L、两个随机引物浓度均为3pmol/L、固定引物浓度为10pmol/L、含DNA模板60ng、TaqDNA聚合酶1.0U。鲤的TRAP反应程序为:94℃4min,1个循环;94℃45s,35℃45s,72℃1min,5个循环;94℃45s,53℃45s,72℃1min,35个循环;72℃10min,1个循环。这一优化体系的建立为今后进行鲤群体遗传多样性、种质鉴定、遗传连锁图谱及亲缘关系分析等方面的研究提供了新的分子标记。     

利用正交设计优化异色瓢虫SRAP-PCR反应体系

利用正交设计L16(45)对异色瓢虫Harmonia axyridis(Pallas)SRAP-PCR反应体系的5个因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTPs、引物)在4个水平上进行优化试验,试验结果用DPS和MINITAB软件进行分析,建立了异色瓢虫SRAP-PCR反应的最佳体系,即在20μL体系中模板50~100ng、引物0.25μmol/L、dNTPs0.1mmol/L、Taq DNA聚合酶1.5U、Mg2+0.375~0.625mmol/L。并对反应体系进行梯度退火试验,得到最佳退火温度为50.3℃。这一优化系统的建立,为今后利用SRAP技术进行瓢虫遗传图谱的构建、多态性分析和基因定位奠定了技术基础。     

云南野生油菜RAPD反应体系的优化

针对RAPD反应体系中Mg2+、dNTPs、引物等3个主要影响因素,设计了一组3因素3水平试验。筛选出了云南野生油菜RAPD反应优化体系。即Mg2+浓度为1.25mmol/L、dNTPs浓度为0.15mmol/L、引物浓度为0.5umol/L。     

利用ISSR揭示不同类型月季遗传多样性

本研究应用正交设计法对ISSR反应体系中的各个主要影响因子进行了优化筛选,确立了适合月季ISSR-PCR反应的最佳体系.结果表明,25μL的ISSR反应体系中各组分的最适浓度分别为:1×PCR缓冲液、1 U Taq DNA聚合酶、800 pmol/L引物、0.16 mmol/L dNTPs、Mg2+ 1.5 mmol/L.筛选了33个ISSR引物,共得到了11个多态性比较高的ISSR引物,占所筛引物的33.33%.利用筛选出的11条ISSR引物对3种月季类型的23份月季材料进行遗传多样性分析,共扩增出477条DNA带,其中多态性位点有14个,平均每条引物可以检测到4.5个多态性位点.用NTSYS软件对样品进行了UPGMA聚类分析,聚类结果表明丰花月季基本能聚为一类,切花月季与藤本月季交叉聚在一起.这表明月季种质的遗传差异与其应用分类的相关性不紧密.