基于COI和ND5序列的中国南部唇鱼骨和间鱼骨群体遗传结构

唇鱼骨和间鱼骨均为分布较广的初级淡水鱼类,是理想的亲缘地理研究材料;且两者形态特征较为相似,不易鉴别,故两者的分布记述和物种有效性存在争议.为了解我国南部唇鱼骨和间鱼骨的群体遗传结构并探讨两者的物种有效性,本研究对8条水系的唇鱼骨和9条水系的间鱼骨共130尾个体的COI和ND5基因序列片段进行了测定,并对这两个基因的组合序列(2151 bp)进行了分析.结果表明: 在130尾个体的COI和ND5基因组合序列中,共有196个核苷酸变异位点,共检测出50个单倍型,单倍型多样性为0.964,核苷酸多样性为0.019,遗传多样性较高.基于COI和ND5基因组合序列构建的 NJ 树显示,所有种群可分为两支,支系Ⅰ包含了韩江和九龙江的全部单倍型以及瓯江的部分单倍型,余下的单倍型组成了支系Ⅱ.两支系间的遗传距离为0.036,而唇鱼骨与间鱼骨之间的遗传距离为0.027.单倍型网络图表明,韩江、九龙江种群和其他水系种群分化较大;漠阳江种群由海南岛种群扩散而来;海南岛各种群及漠阳江种群的单倍型分支与珠江水系单倍型的分支之间的亲缘关系较近,与长江水系单倍型分支之间的亲缘关系则较远;湘江、桂江和柳江之间的亲缘关系较近.AMOVA分析结果显示,地理区之间的变异约占71.2%,地理区内种群间变异约占16.6%,种群内的变异占12.2%,表明其遗传分化主要来自地理区之间.错配分析及中性检验结果显示,全部种群、唇鱼骨种群、间鱼骨种群、支系Ⅰ和支系Ⅱ在历史上均没有发生过明显的扩张.     

基于COI和ND5序列的中国南部唇鱼骨和间鱼骨群体遗传结构

唇鱼骨和间鱼骨均为分布较广的初级淡水鱼类,是理想的亲缘地理研究材料;且两者形态特征较为相似,不易鉴别,故两者的分布记述和物种有效性存在争议.为了解我国南部唇鱼骨和间鱼骨的群体遗传结构并探讨两者的物种有效性,本研究对8条水系的唇鱼骨和9条水系的间鱼骨共130尾个体的COI和ND5基因序列片段进行了测定,并对这两个基因的组合序列(2151 bp)进行了分析.结果表明: 在130尾个体的COI和ND5基因组合序列中,共有196个核苷酸变异位点,共检测出50个单倍型,单倍型多样性为0.964,核苷酸多样性为0.019,遗传多样性较高.基于COI和ND5基因组合序列构建的 NJ 树显示,所有种群可分为两支,支系Ⅰ包含了韩江和九龙江的全部单倍型以及瓯江的部分单倍型,余下的单倍型组成了支系Ⅱ.两支系间的遗传距离为0.036,而唇鱼骨与间鱼骨之间的遗传距离为0.027.单倍型网络图表明,韩江、九龙江种群和其他水系种群分化较大;漠阳江种群由海南岛种群扩散而来;海南岛各种群及漠阳江种群的单倍型分支与珠江水系单倍型的分支之间的亲缘关系较近,与长江水系单倍型分支之间的亲缘关系则较远;湘江、桂江和柳江之间的亲缘关系较近.AMOVA分析结果显示,地理区之间的变异约占71.2%,地理区内种群间变异约占16.6%,种群内的变异占12.2%,表明其遗传分化主要来自地理区之间.错配分析及中性检验结果显示,全部种群、唇鱼骨种群、间鱼骨种群、支系Ⅰ和支系Ⅱ在历史上均没有发生过明显的扩张.     

基于COI和ND5序列的中国南部唇魚骨和间魚骨群体遗传结构

唇魚骨和间魚骨均为分布较广的初级淡水鱼类,是理想的亲缘地理研究材料;且两者形态特征较为相似,不易鉴别,故两者的分布记述和物种有效性存在争议.为了解我国南部唇魚骨和间魚骨的群体遗传结构并探讨两者的物种有效性,本研究对8条水系的唇魚骨和9条水系的间魚骨共130尾个体的COI和ND5基因序列片段进行了测定,并对这两个基因的组合序列(2151bp)进行了分析.结果表明:在130尾个体的COI和ND5基因组合序列中,共有196个核苷酸变异位点,共检测出50个单倍型,单倍型多样性为0.964,核苷酸多样性为0.019,遗传多样性较高.基于COI和ND5基因组合序列构建的NJ树显示,所有种群可分为两支,支系Ⅰ包含了韩江和九龙江的全部单倍型以及瓯江的部分单倍型,余下的单倍型组成了支系Ⅱ.两支系间的遗传距离为0.036,而唇魚骨与间魚骨之间的遗传距离为0.027.单倍型网络图表明,韩江、九龙江种群和其他水系种群分化较大;漠阳江种群由海南岛种群扩散而来;海南岛各种群及漠阳江种群的单倍型分支与珠江水系单倍型的分支之间的亲缘关系较近,与长江水系单倍型分支之间的亲缘关系则较远;湘江、桂江和柳江之间的亲缘关系较近.AMOVA分析结果显示,地理区之间的变异约占71.2%,地理区内种群间变异约占16.6%,种群内的变异占12.2%,表明其遗传分化主要来自地理区之间.错配分析及中性检验结果显示,全部种群、唇魚骨种群、间魚骨种群、支系Ⅰ和支系Ⅱ在历史上均没有发生过明显的扩张.     

Analysis of genetic polymorphism of Athetis lepigone (Lepidoptera:Noctuidae ) populations from China based on mtDNA CO Ⅰ gene sequences

二点委夜蛾Athetis lepigone 是2005年首次在河北省发现危害夏玉米苗的新害虫,2011年7月在河北、河南、山东、山西、安徽和江苏6省47市夏玉米苗期大面积暴发成灾,严重威胁玉米生产.为了从种群水平探讨该虫暴发成灾的机制,我们通过分析线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ (mtCO Ⅰ)基因序列来研究不同地区二点委夜蛾种群的进化关系.本研究采集了河北、河南、山东和山西等地的19个不同地理种群样本,用同源序列比对的方法分析样本mtCO Ⅰ基因片段,利用DnaSP 5.0软件和Arlequin 3.5软件对不同地理种群间的mtCO Ⅰ单倍型多样性分析和Tajima's D中性检测,建立了单倍型邻接(N-J)系统发育进化树和单倍型网络图.结果表明,在203头个体的658 bp mtCO Ⅰ基因片段中,得到17种单倍型和18个变异位点,河北省的二点委夜蛾的单倍型多态性最丰富,而河南、山东和山西3省采集的二点委夜蛾样品其单倍型均有与河北种群单倍型一致的类型.二点委夜蛾不同地理种群间基因流水平较高,种群间没有明显的遗传分化,并且在较近的历史时期未经历明显的种群扩张.     

POPULATION GENETIC DIVERSITY OF PANTHERA PARDUS BASED ON MTDNA ND5 GENE SEQUENCES

测定山西7个不同地域金钱豹9个体mtDNA ND5基因部分序列,结合GenBank 下载的37条序列,进行遗传多样性分析,用豹属的狮Panthera leo和虎Panthera tigris作外群,构建其不同单倍型的NJ分子聚类关系.46条序列共产生18个单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度指数表明金钱豹的遗传多样性比较丰富,AMOVA分析显示其种群间出现显著的遗传分化.单倍型聚类分析表明,亚洲和非洲种群尽管有一定的分化,但其置信度很低,不足以形成各自独立的分支.     

基于线粒体DNA COⅡ基因的亚洲玉米螟中国不同地理种群遗传分化及基因流研究

本文通过对中国亚洲玉米螟Ostrinia furnacalis (Guenée)17个地理种群的线粒体COⅡ基因进行序列分析, 对中国亚洲玉米螟种群间的遗传分化程度和基因流水平进行了初步研究。在获得的413条序列样本中共发现了34个变异位点、35种单倍型。总体单倍型多样性指数Hd为0.811, 种群内单倍型多样度在0.424~0.862范围内。17个种群间的平均基因流(Nm)为2.02。总群体的固定系数Fst为0.234。AMOVA分子方差分析结果表明中国玉米螟的遗传分化主要来自种群内部(76.45%)。各种群的Tajima’s D值中性检验符合中性突变, 说明中国亚洲玉米螟在历史上没有出现群体扩张, 群体大小稳定。各地理种群的遗传距离与地理距离间不具有显著的相关性。各地理种群中的单倍型在系统发生树上散布在不同的分布群中, 缺乏明显的地理分布格局。     

基于线粒体COⅠ基因序列的中国二点委夜蛾遗传多态性分析

二点委夜蛾Athetis lepigone是2005年首次在河北省发现危害夏玉米苗的新害虫, 2011年7月在河北、 河南、 山东、 山西、 安徽和江苏6省47市夏玉米苗期大面积暴发成灾, 严重威胁玉米生产。为了从种群水平探讨该虫暴发成灾的机制, 我们通过分析线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(mtCOⅠ）基因序列来研究不同地区二点委夜蛾种群的进化关系。本研究采集了河北、 河南、 山东和山西等地的19个不同地理种群样本, 用同源序列比对的方法分析样本mtCOⅠ基因片段, 利用DnaSP 5.0软件和Arlequin 3.5软件对不同地理种群间的mtCOⅠ单倍型多样性分析和Tajima’s D中性检测, 建立了单倍型邻接（N-J）系统发育进化树和单倍型网络图。结果表明, 在203头个体的658 bp mtCOⅠ基因片段中, 得到17种单倍型和18个变异位点, 河北省的二点委夜蛾的单倍型多态性最丰富, 而河南、 山东和山西3省采集的二点委夜蛾样品其单倍型均有与河北种群单倍型一致的类型。二点委夜蛾不同地理种群间基因流水平较高, 种群间没有明显的遗传分化, 并且在较近的历史时期未经历明显的种群扩张。     

中国东北地区亚洲玉米螟遗传多样性及寄主专化性分析

【目的】为了明确中国东北地区亚洲玉米螟Ostrinia furnacalis不同地理种群、不同田间寄主种群间的遗传分化程度和基因流水平,了解不同种群间是否产生寄主专化性和遗传结构的差异。【方法】采用双向测序法测定了采自中国东北3种主要寄主植物(玉米Zea mays、高粱Sorghum bicolor和谷子Setaria italica)上的23个地理种群400头亚洲玉米螟个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I (COI)基因的1 034 bp序列;利用DnaSP 5. 0和Arlequin3. 5. 1. 2等软件对亚洲玉米螟不同寄主种群以及不同地理种群间的遗传多样性、基因流水平、系统进化发育和分子变异进行分析。【结果】共获得400条长度为1 034 bp的亚洲玉米螟线粒体COI基因序列,包含60个单倍型。亚洲玉米螟总群体的单倍型多样度(Hd)为0. 793±0. 01,不同地理种群间的单倍型多样度范围在0~0. 916±0. 041之间。总基因交流水平较高(Nm=2. 67),总的群体Fst为0. 1579,不同地理种群的Fst范围在-0. 046~0. 627之间。总种群的Tajima’s D为-1. 73602,检验结果不显著,说明中国东北地区亚洲玉米螟未曾在近期经历种群扩张,群体大小稳定。AMOVA分子变异分析结果表明,不同地理种群间的遗传分化较大(Fst=0. 16236,P 0. 0001),83. 76%遗传变异主要来自种群内部,而种群间的遗传变异仅为16. 24%,不同寄主种群间的遗传分化(Fct=0. 01568,P 0. 05)很小,遗传变异仅占1. 57%,说明亚洲玉米螟的遗传分化主要来自种群内部,而非其地理种群间或寄主种群间。各寄主种群的单倍型在系统发育树上和中介网络图上散布在不同种群中,缺乏明显的地理分布和寄主分布格局。【结论】亚洲玉米螟较强的迁飞能力(或随气流进行远距离传播),使各种群间的基因交流未受到地理距离的影响,遗传距离与地理距离之间没有显著相关性。虽其寄主范围较广,但取食不同寄主植物的亚洲玉米螟种群间基因交流频繁,以玉米、高粱和谷子为寄主的种群尚未产生寄主专化性和种群遗传结构的差异。     

陕西省异色瓢虫种群遗传结构及其多样性

异色瓢虫是一种重要的天敌昆虫,广泛应用于农业生物防治中.本研究以线粒体COII基因作为分子标记,对陕西省分布的异色瓢虫不同地理种群的遗传结构及遗传多样性进行分析,并探讨不同种群间的遗传分化程度及基因交流水平.结果表明: 在21个种群529头异色瓢虫供试样本的COII序列中,共检测到15种单倍型(Hap1～Hap15),其中Hap1和Hap2所占比例最高,分别占总群体的34.4%和37.6%.总群体单倍型多样性指数为0.732,各种群内单倍型多样性范围在0.652～0.786.种群间总基因流为10.13,总群体遗传分化指数为0.024,说明种群间整体遗传分化程度较低.陕西异色瓢虫种群在进化上呈现中性模型,群体大小保持相对稳定,种群间的遗传分化主要来自种群内部.基于Nei遗传距离构建的种群系统发育树,陕南区域种群与陕北和关中区域种群分化明显.种群间遗传分化与地理距离之间存在一定的相关性,并且区域种群的遗传结构与遗传多样性也表现出一定的地理分布模式,推测秦岭的阻隔及南北气候的差异,使陕北、关中与陕南种群间的基因交流存在阻力,导致南北种群间遗传结构和遗传多样性存在差异.     

伏牛山区连翘遗传多样性研究

利用2个叶绿体及1个核基因片段,对伏牛山区3个连翘野生种群30个个体进行了遗传多样性分析.结果表明,叶绿体基因数据得到4个单倍型(H1～H4),单倍型多样性指数(h)为0.545±0.066,核酸多样性指数π为0.001 72±0.000 21.核基因数据得到10个单倍型(A～J),单倍型多样性指数为0.501±0.076,核酸多样性指数π为0.002 53±0.000 49.核基因种群间遗传分化(ФST)为0.167,小于叶绿体基因ФST(0.886),种群间基因流(Nm)为1.250,显著大于叶绿体基因Nm(0.030).研究发现,伏牛山区野生连翘种群目前仍具有较高的遗传多样性,但部分人类活动较多的地区已经造成了连翘遗传多样性的降低.连翘种群间地理距离会限制种子介导的基因流,但在小区域范围内对花粉所介导的基因流影响不明显.     

Septal pore complex morphology in the Agaricomycotina (Basidiomycota) with emphasis on the Cantharellales and Hymenochaetales

The ultrastructure of septa and septum-associated septal pore caps are important taxonomic markers in the Agaricomycotina (Basidiomycota, Fungi). The septal pore caps covering the typical basidiomycetous dolipore septum are divided into three main phenotypically recognized morphotypes: vesicular-tubular (including the vesicular, sacculate, tubular, ampulliform, and globular morphotypes), imperforate, and perforate. Until recently, the septal pore cap-type reflected the higher-order relationships within the Agaricomycotina. However, the new classification of Fungi resulted in many changes including revision of existing and addition of new orders. Therefore, the septal pore cap ultrastructure of more than 325 species as reported in literature was related to this new classification. In addition, the septal pore cap ultrastructures of Rickenella fibula and Cantharellus formosus were examined by transmission electron microscopy. Both fungi have dolipore septa associated with perforate septal pore caps. These results combined with data from the literature show that the septal pore cap-type within orders of the Agaricomycotina is generally monomorphic, except for the Cantharellales and Hymenochaetales.It appears from the fungal phylogeny combined with the septal pore cap ultrastructure that the vesicular-tubular and the imperforate type both may have arisen from endoplasmic reticulum. Thereafter, the imperforate type eventually gave rise to the perforate septal pore cap-type.     

Phylogenetic reassessment of Hyaloscyphaceae sensu lato (Helotiales, Leotiomycetes) based on multigene analyses

Hyaloscyphaceae is the largest family in Helotiales, Leotiomycetes. It is mainly characterized by minute apothecia with well-differentiated hairs, but its taxonomic delimitation and infrafamilial classification remain ambiguous. This study performed molecular phylogenetic analyses using multiple genes including the ITS-5.8S rDNA, the D1–D2 region of large subunit of rDNA, RNA polymerase II subunit 2, and the mitochondrial small subunit. The primary objective was to evaluate the phylogenetic utility of morphological characters traditionally used in the taxonomy of Hyaloscyphaceae through reassessment of the monophyly of this family and its genera. The phylogenetic analyses inferred Hyaloscyphaceae as being a heterogeneous assemblage of a diverse group of fungi and not supported as monophyletic. Among the three tribes of Hyaloscyphaceae only Lachneae formed a monophyletic lineage. The presence of hairs is rejected as a synapomorphy, since morphologically diversified hairs have originated independently during the evolution of Helotiales. The true- and false-subiculum in Arachnopezizeae are hypothesized to have evolved through different evolutionary processes; the true-subiculum is likely the product of a single evolutionary origin, while the false-subiculum is hypothesized to have originated multiple times. Since Hyaloscyphaceae sensu lato was not resolved as monophyletic, Hyaloscyphaceae sensu stricto is redefined and only applied to the genus Hyaloscypha.     

Mycobiota associated with the ambrosia beetle Scolytodes unipunctatus (Coleoptera: Curculionidae, Scolytinae)

Ambrosia beetles (Coleoptera: Scolytinae) are associated with strictly entomochoric and mutualistic fungi. We studied the mycobiota associated with Scolytodes unipunctatus, ambrosia beetles that infest Cecropia trees in Central America. Isolates were characterized using morphology and rDNA sequences (ITS region, LSU, and SSU rDNA). Four species are described here: Raffaelea scolytodis sp. nov. (Ophiostomatales), Gondwanamyces scolytodis sp. nov., Custingophora cecropiae sp. nov., and Graphium sp. (Microascales). The genus Custingophora is emended to include Knoxdaviesia anamorphs of Gondwanamyces based on uniformity of DNA sequences and phenotype.