基于线粒体CO Ⅰ和Cyt b基因的粉蝶亚科及黄粉蝶亚科(粉蝶科)部分类群的分子系统发生

测定了粉蝶科的粉蝶亚科和黄粉蝶亚科14属共24种线粒体COⅠ和Cyt b基因部分序列,并从GenBank中下载了2种粉蝶的同源序列,以眼蝶科的2个物种为外类群,运用NJ法、贝叶斯法分别重建了分子系统树,探讨了它们的系统发生关系。基因序列分析结果表明,经比对和处理后的序列总长度为1111bp,其中变异位点478个,简约位点382个,碱基T、C、A、G平均含量为39.9%、16.9%、30.9%、12.3%,A＋T含量和C＋G含量分别为70.8%和29.2%。分子系统树显示：黄粉蝶亚科不是单系群,但其中迁粉蝶属和豆粉蝶属在不同的分析方法中均聚合在一起。粉蝶亚科形成一个独立的支系,其中,襟粉蝶族为并系群;粉蝶族的粉蝶属、飞龙粉蝶属和云粉蝶属具有较近的亲缘关系。     

基于COⅡ和EF-1α基因部分序列的中国蝶类科间系统发生关系

为了探讨中国蝶类科间系统发生关系,本文对细胞色素氧化酶Ⅱ(COⅡ)的部分序列(620bp)和延伸因子基因(EF-1α)部分序列(595bp)进行了分析(共1215bp)。其中有464个变异位点,330个简约信息位点。COⅡ基因部分序列表现出明显的A T含量(76.3%)偏高。分别采用最大简约法(Maximum Parsimony,MP)、最大似然法(Maximum Likelihood,ML)和贝叶斯推论法(Bayesian Inference,BI)重建了分子系统树。结果表明:弄蝶科、凤蝶科、粉蝶科、灰蝶科能够单独成一支,其中弄蝶科位于系统树的基部,分化较早,是较原始的类群,与传统的形态分类结果是相一致的;粉蝶科与凤蝶科的亲缘关系较近;蚬蝶科倾向与灰蝶科有较近的亲缘关系,且蚬蝶科种群始终聚为一支,显示了该科是一个单系群,从单系性方面来看,本文支持将蚬蝶科作为一个独立的科;此外,本文结果表明,中国分布的蛱蝶总科是一单系群,并且它与灰蝶科和蚬蝶科聚成的一支是姐妹群关系。     

基于线粒体COI和Cytb基因的中国灰蝶三亚科主要类群间的系统发育关系分析

【目的】针对中国灰蝶科中亲缘关系较近的3个主要亚科[灰蝶亚科(Lycaeninae)、线灰蝶亚科(Theclinae)以及眼灰蝶亚科(Polyommatina)],基于线粒体基因序列数据研究它们主要类群间的系统发育关系。【方法】对3亚科共53种灰蝶的线粒体COI和Cytb基因进行序列测定和序列变异分析,同时,基于最大似然法(maximum likelihood,ML)和贝叶斯法(bayesian inference,BI)等建树方法重建53种灰蝶的系统发育树。【结果】串联的2个基因共1 431 bp,其中保守位点855个,可变位点576个,简约信息位点488个;A+T的平均含量为74.5%,明显高于G+C的平均含量(25.5%)。系统树显示,灰蝶亚科以及眼灰蝶亚科均是单系发生,线灰蝶亚科则为并系群。全部灰蝶物种共分为三大支系:灰蝶亚科为第1支系;眼灰蝶亚科与线灰蝶亚科中的旖灰蝶族(Hypolycaenini)、富丽灰蝶族(Aphnaeini)分别构成单系群并互为姊妹群,它们共同构成第2支系;线灰蝶亚科中的美灰蝶族(Eumaeini)、玳灰蝶族(Deudorigini)、娆灰蝶族(Arhopalini)和线灰蝶族(Theclini)构成第3支系,其亲缘关系为:(((线灰蝶族+娆灰蝶族)+玳灰蝶族)+美灰蝶族)。【结论】本研究涉及的3个灰蝶亚科中,灰蝶亚科是一个独立的支系,眼灰蝶亚科与线灰蝶亚科之间有较近的亲缘关系,但它们内部主要类群间的系统发育关系还需要进一步的研究。     

基于线粒体ND1和COI基因序列探讨锯眼蝶亚科主要类群的系统发生关系

测定了分布于中国的锯眼蝶亚科4族10属共20个种的线粒体ND1和COI基因的部分序列,结合从GenBank中获得的4个国外种类的同源序列,以凤蝶科的迪洛尔娟凤蝶(Allancatria deyrolle)、丝带凤蝶(Sericinus montela),以及娟蝶科的西猛娟蝶(Parnassius simonius)为外类群,通过邻接法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法重建了分子系统树,分析了该亚科内主要类群的系统发生关系。分析结果表明:帻眼蝶族和锯眼蝶族具有较近的亲缘关系;黛眼蝶族不是单系群,该族中的黛眼蝶属、荫眼蝶属与眉眼蝶族具有较近的亲缘关系,带眼蝶属、藏眼蝶属、毛眼蝶属和帕眼蝶属聚合为一个独立的支系,其中带眼蝶属和藏眼蝶属在所有的分析方法中均以100%的置信度(BP=100%,PP=1.00)相聚合,建议将它们合并为一属。     

基于线粒体ND1和CO1基因序列探讨锯眼蝶-亚科主要类群的系统发生关系

研究测定了锯眼蝶亚科4族、10属共20个国产代表种的线粒体ND1和COI基因的部分序列,结合从GenBank中获得的4个国外产种类的同源序列,以凤蝶科的迪洛尔娟凤蝶、丝带凤蝶,以及娟蝶科的西猛娟蝶为外类群,通过邻接法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法重建了分子系统树,分析了该亚科及其主要类群的系统发生关系。分析结果表明：帻眼蝶族和锯眼蝶族具有较近的亲缘关系;黛眼蝶族不是单系群,该族中的黛眼蝶属、荫眼蝶属与眉眼蝶族具有较近的亲缘关系,带眼蝶属、藏眼蝶属、毛眼蝶属和帕眼蝶属聚合为一个独立的支系,其中带眼蝶属和藏眼蝶属在所有的分析方法中均以100%的置信度（BP=100%, PP=1.00）相聚合,笔者倾向于将它们合并为一属。     

中国迁粉蝶属(鳞翅目,粉蝶科)基于NDⅠ和COⅠ基因部分序列的系统发育关系

测定了中国迁粉蝶属3种4亚种以及迁粉蝶指名亚种5个生态型的线粒体COⅠ基因和NDⅠ基因部分序列,以灵奇尖粉蝶为外群,分别采用最大简约法、最大似然法和贝叶斯法构建分子系统树,探讨了中国迁粉蝶属3种4亚种间的系统发育关系,并首次明确了迁粉蝶指名亚种5个生态型的亲缘关系。结果显示在测得的COⅠ基因661bp序列和NDⅠ基因472bp序列中,有变异位点227个,简约位点119个,A+T含量(75.5%)明显偏高。迁粉蝶属4亚种分子系统关系为:(镉黄迁粉蝶指名亚种+((梨花迁粉蝶指名亚种+梨花迁粉蝶海南亚种)+迁粉蝶指名亚种)),迁粉蝶指名亚种5个生态型分子系统关系为:(无纹型+((有纹型+红角型)+(银斑型+血斑型)))。     

中国黄粉蝶亚科六属间基于COⅡ和EF-1α基因部分序列的系统发育关系（鳞翅目：粉蝶科）

为了探讨中国黄粉蝶亚科属间的系统发育关系,我们对其中6属9种的细胞色素氧化酶Ⅱ（COⅡ）的部分序列和延伸因子基因（EF-1α）部分序列进行了分析。分别采用最大简约法（maximum parsimony, MP）、最大似然法（maximum likelihood, ML）和贝叶斯推论法（bayesian inference, BI）构建黄粉蝶亚科分子系统树。结果表明：在测得的COⅡ基因的648 bp序列和EF-1α基因的504 bp序列中,有261个变异位点,151个简约信息位点,黄粉蝶亚科内各属COⅡ基因A+T含量（77.3%）均明显偏高。系统发育分析显示黄粉蝶属为亚科中较为原始的类群,分化较早,豆粉蝶属和迁粉蝶属亲缘关系较近,但钩粉蝶属与豆粉蝶属、迁粉蝶属之间的亲缘关系还不能确定。本研究结果和传统的基于形态学的黄粉蝶亚科的分类体系有所不同,最显著的分歧是本研究支持内群中分化最早的属应为黄粉蝶属,而不是豆粉蝶属和迁粉蝶属。     

基于线粒体COⅠ和Cytb基因序列的锯眼蝶亚科和眼蝶亚科的系统发育分析（鳞翅目：眼蝶科）

为了阐明眼蝶科内一些存疑类群间的系统发生关系,本研究测定了其中最大的2个亚科锯眼蝶亚科和眼蝶亚科中分布于中国的9族17属21个种的COⅠ和Cytb基因的部分序列,并结合从GenBank中下载的2个国外种类的同源序列,进行了序列变异和系统发生分析。序列分析结果显示：处理后的2基因总长度为1 056 bp,其中保守位点648个,可变位点408个,简约信息位点316个;A+T的平均含量为70.8%,明显高于C+G的平均含量29.2%。以蛱蝶科的2个物种为外群,通过邻接法、最大简约法和贝叶斯法重建了分子系统树,探讨了这两个亚科及其主要类群的系统发生关系,结果表明： 眼蝶亚科、锯眼蝶亚科以及黛眼蝶族均为多系类群;眉眼蝶族和黛眼蝶族应从锯眼蝶亚科分离出来,归入眼蝶亚科;眼蝶族、白眼蝶族和莽眼蝶族可能具有较近的共同祖先;古眼蝶族、眉眼蝶族和矍眼蝶族三者之间具有较近的亲缘关系。     

基于线粒体COⅠ和Cytb基因序列的锯眼蝶亚科和眼蝶亚科的系统发育分析(鳞翅目:眼蝶科)

为了阐明眼蝶科内一些存疑类群间的系统发生关系,本研究测定了其中最大的2个亚科锯眼蝶亚科和眼蝶亚科中分布于中国的9族17属21个种的COⅠ和Cytb基因的部分序列,并结合从GenBank中下载的2个国外种类的同源序列,进行了序列变异和系统发生分析.序列分析结果显示:处理后的2基因总长度为1 056 bp,其中保守位点648个,可变位点408个,简约信息位点316个;A+T的平均含量为70.8%,明显高于C+G的平均含量29.2%.以蛱蝶科的2个物种为外群,通过邻接法、最大简约法和贝叶斯法重建了分子系统树,探讨了这两个亚科及其主要类群的系统发生关系,结果表明:眼蝶亚科、锯眼蝶亚科以及黛眼蝶族均为多系类群;眉眼蝶族和黛眼蝶族应从锯眼蝶亚科分离出来,归入眼蝶亚科;眼蝶族、白眼蝶族和莽眼蝶族可能具有较近的共同祖先;古眼蝶族、眉眼蝶族和矍眼蝶族三者之间具有较近的亲缘关系.     

小红珠绢蝶线粒体基因组特征及基于线粒体基因组的蝶类高级阶元系统发育关系分析

【目的】了解小红珠绢蝶Parnassius nomion线粒体基因组的特征,并从线粒体基因组水平探究蝶类高级阶元的系统发育关系。【方法】采用PCR扩增技术及Sequencher 4.8拼接软件获得小红珠绢蝶线粒体基因组全序列。参考鳞翅目昆虫已知线粒体基因组全序列并使用MEGA6.0软件对小红珠绢蝶线粒体基因组中各基因进行定位和注释。采用tRNA Scan-SE 1.21在线预测小红珠绢蝶线粒体基因组tRNA基因的二级结构。基于线粒体基因组13个蛋白质编码基因的核苷酸序列重建了包含凤蝶总科中凤蝶科(Papilionidae)、绢蝶科(Parnassiidae)、粉蝶科(Pieridae)、眼蝶科(Satyridae)、蛱蝶科(Nymphalidae)、灰蝶科(Lycaenidae)、斑蝶科(Danaidae)、珍蝶科(Acraeidae)、喙蝶科(Libyheidae)和蚬蝶科(Riodinidae)10个科28种蝴蝶的系统发育关系。【结果】结果表明,小红珠绢蝶线粒体基因组全序列总长度为15 362 bp(Gen Bank登录号:MF496134),包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个A+T富含区。小红珠绢蝶线粒体基因组中存在较高的A+T含量(79.6%)。小红珠绢蝶线粒体基因组13个蛋白质编码基因中UUA的相对同义密码子使用频率(RSCU)最高(5.08),而AGG和CCG相对同义密码子使用频率(RSCU)均较低(0),这与大紫蛱蝶Sasakia charonda coreana的分析结果一致。在所测得的22个tRNA基因中,除tRNASer(AGN)缺少DHU臂外,其余tRNA基因均能形成典型的三叶草结构,这与鳞翅目中目前已得到的其他昆虫线粒体基因组中tRNA基因的二级结构一致。系统发育分析结果显示,凤蝶总科内蚬蝶科与灰蝶科的亲缘关系最近;粉蝶科与蛱蝶科、珍蝶科、眼蝶科、斑蝶科、喙蝶科、蚬蝶科和灰蝶科的系统发育关系更近;绢蝶科与凤蝶科锯凤蝶亚科亲缘关系最近,随后二者与凤蝶亚科物种聚为一支。在绢蝶科中,小红珠绢蝶与依帕绢蝶Parnassius epaphus的亲缘关系最近。【结论】本研究支持绢蝶科物种归为绢蝶亚科,绢蝶亚科、锯凤蝶亚科和凤蝶亚科归入凤蝶科,且绢蝶亚科与锯凤蝶亚科为姐妹群。     

The complete mitochondrial genome of the mantid shrimp Harpiosquilla harpax, and a phylogenetic investigation of the Decapoda using mitochondrial sequences

The complete mitochondrial DNA sequence was determined for the mantid shrimp Harpiosquilla harpax. These data demonstrate that the H. harpax mitochondrial genome is a 15,714 bp circular molecule and encodes the typical 37 metazoan mitochondrial genes (13 protein-coding, 22 tRNA, and two rRNA genes). The gene arrangement of H. harpax is consistent with that of the putative arthropod ancestral gene order as depicted by Limulus polyphemus. H. harpax was employed as an outgroup taxon for a phylogenetic investigation of the Decapoda using sequences from complete mitochondrial genomes. Whilst our results are largely in agreement with current taxonomic treatments, the relationships indicated among the reptantian decapods are novel. Our results provide strong statistical support for a sister-group relationship between the Achelata and the Astacida. These findings not only refute previous phylogenetic hypotheses, but also have serious implications for the interpretation of morphological and developmental evolution in the Decapoda. In addition we also investigated the effects of outgroup selection on the resolution of ingroup relationships. We found outgroup choice to significantly influence tree topology thus reinforcing the importance of appropriate outgroup selection in phylogenetic studies.     

大黄鱼16SrRNA和18SrRNA基因的测定与序列分析

利用多对引物,扩增并测定出大黄鱼16SrRNA基因和18SrRNA基因的部分序列,其长度分别为1202bp和1275bp,16SrRNA基因序列的GC含量为46．12％,18SrRNA基因的Gc含量为53．oo％。将大黄鱼16SrRNA基因序列与GenBank中15种硬骨鱼类的同源序列结合,同时将其18SrRNA基因序列与GenBank中9种脊索动物的同源序列相结合,运用软件获得各自序列间差异百分比,转换和颠换数值等信息。基于这两种基因序列,利用NJ法和BI法,分别构建16种硬骨鱼类和10种脊索动物的分子系统树。18SrRNA构建的系统树包括三大支,一支为哺乳类、鸟类和爬行类共6个物种,一支为两栖类的1个物种,另一支为2种硬骨鱼类。16SrRNA构建的系统树显示大黄鱼所在的石首鱼科与鲈科和盖刺鱼科亲缘关系较近。此外还讨论了这两个基因的序列特征。     

米尔顿姬小蜂线粒体16SrRNA与COI基因片段序列测定及分析

【背景】米尔顿姬小蜂是一种入侵我国台湾地区的植食性小蜂,能够严重影响水果的产量和食用价值。目前在我国大陆没有分布,由于其个体微小,与近似种区别较小,通过传统的形态学分类方法难以鉴定,因此有必要研究其基因片段序列,探讨分子鉴定方法。【方法】利用PCR方法扩增并测定了米尔顿姬小蜂线粒体16SrRNA和COI基因的部分序列,并对各序列的碱基组成进行了分析。然后根据COI基因部分序列,利用DNAMAN的MaximumLikelihood方法构建了米尔顿姬小蜂与膜翅目其他科的系统发育树。【结果】16SrRNA基因的PCR扩增产物为426bp,COI基因的PCR扩增产物为488bp。通过测序获得米尔顿姬小蜂16SrRNA和COI基因部分序列,序列分析表明,16SrRNA和COI基因的A＋T含量均较高,存在较强的A＋T偏向性。系统发育树显示,米尔顿姬小蜂与蚜小蜂科的Encarsiaberlesei亲缘关系最近,与姬小蜂科的Chrysocharisnautius、C．eurynota亲缘关系较远。【结论与意义】本研究为米尔顿姬小蜂的分子鉴定提供了依据。     

异色瓢虫过氧化氢酶(Catalase)的基因克隆及序列分析

【目的】克隆异色瓢虫Harmonia axyridis保护酶系中过氧化氢酶(Catalase,CAT)的全长cDNA序列,并分析该基因的基本特性。【方法】采用同源克隆和锚定PCR技术,从异色瓢虫中克隆到HaraxCAT基因的cDNA全序列(GenBank登录号KC991026),并采用生物信息学的相关方法进行了分析。【结果】HaraxCAT的cDNA序列全长1 781 bp,其包含110 bp的3′非编码区域和45 bp的5′非编码区域,可读框长1 626 bp,编码541个氨基酸。预测该基因编码蛋白的分子量为61.55 ku,理论等电点为8.33,包含3个糖基化位点,无信号肽序列和跨膜结构。并且该基因包含了一个长达18个氨基酸的潜在的活性位点序列FDRERIPERVVHAKGAGA和血红素配体信号序列RIFSYGDTH。同源比对不同昆虫的CAT蛋白序列,发现昆虫CAT非常保守,HaraxCAT与其他昆虫的同源性高达65%及以上,与赤拟谷盗Tribolium castaneum同源性最高,达75.25%;系统发育分析表明其与鞘翅目赤拟谷盗和白星金花龟Protaetia brevitarsis亲缘关系最近。【结论】获得异色瓢虫catalase基因的cDNA全长序列,证实昆虫CAT蛋白非常保守。     

用线粒体tRNA基因探讨现存两栖动物三个目间系统发生关系

现存两栖类3个目的系统发生关系仍然没有统一意见,最广泛被接受的假说是单系起源,并且无尾类和有尾类为姐妹群关系而排斥蚓螈类(蛙类假说)。然而,这一假说一直存在争议。我们在测定了泽蛙线粒体基因组全序列的基础上,与已知其他的6种两栖类进行详细的比较分析,同时选择了11种高等脊椎动物的线粒体全基因序列,以硬骨鱼类作外群,用22个tRNA基因合并数据进行系统发生重建分析,结果表明MP、ML树都强力地支持现生两栖类动物为单系群,并且有尾目和蚓螈目为姐妹群关系。这个结果与蛙类假说是相矛盾的,与Bolt(1991)在形态学基础上提出的有尾类和蚓螈类为姐妹群关系的假说相一致,并得到建立在线粒体和核rRNA基因数据基础上的许多分子研究的支持。另外还探讨了本结果与前人的研究不一致的原因,以及利用线粒体全基因序列进行系统发生分析可能存在的偏差。     

Phylogenetic relationships within the polyopisthocotylean monogeneans (Platyhelminthes) inferred from partial 28S rDNA sequences

Recent studies based on molecular data (18S rDNA and partial 28S rDNA) and morphology did not resolve a terminal polytomy within the Polyopisthocotylea. Here, we have used sequences from the full domain D2 of the 28S rDNA for 24 species (18 new sequences) with three phylogenetic methods, maximum parsimony, neighbour-joining and maximum likelihood, to infer the relationships among the Polyopisthocotylea. The analysis of the domain D2 of the 28S rDNA has been performed on two data sets. The first one, complete, included the Polystomatidae as the outgroup in order to infer general relationships, and the second one, reduced, excluded the Polystomatidae and the polyopisthocotylean parasites of chondrichthyans, but used the Mazocraeidae as the outgroup in order to resolve the relationships between the terminal groups. The topology found, sustained by high bootstrap and decay index value, is: (outgroup (Chimaericolidae (Mazocraeidae (Gastrocotylinea, other Polyopisthocotylea)))). The polyopisthocotylean parasites of chondrichthyans are the sister-group of the polyopisthocotylean parasites of teleosts. In the latter, the Mazocraeidae, essentially parasites of Clupeidae, have a basal position. The polytomy between Gastrocotylinea, Discocotylinea and Microcotylinea is partially resolved in this study for the first time: the Gastrocotylinea are the sister-group of an unresolved group including the Microcotylinea, Discocotylinea and Plectanocotylidae. Inclusion of the Plectanocotylidae in the suborder Mazocraeinea is rejected. Monophyly of the Microcotylinea and Plectanocotylidae is confirmed, but monophyly of the Discocotylinea is questioned by the exclusion of Diplozoon.     

基于mtDNA COⅠ基因的十种长小蠹分子系统进化研究（鞘翅目：长小蠹科）

全世界记录的长小蠹（鞘翅目：长小蠹科）有1 500余种,其分类地位一直存在争议。本研究通过分子基因信息探讨长小蠹科昆虫的分子系统进化关系,测定了中对长小蠹Euplatypus parallelus（Fabricius）、希氏长小蠹E. hintzi Schaufuss、散对长小蠹E. solutus Schedl、杯长小蠹Dinoplatypus cupulatus Chapuis、小杯长小蠹D. cupulatulus Schedl、芦苇黄截尾长小蠹D. calamus Blandford、五棘长小蠹Diapus quinquespinatus Chapuis、锥长小蠹Treptoplatypus solidus Walk、栎长小蠹Platypus quercivorus Murayama和东亚长小蠹P. lewisi Blandford等长小蠹科5属10种mtDNA COⅠ基因部分序列（549 bp）;采用MEGA3.1分析了序列组成及遗传距离,应用PAUP4.0分别构建了长小蠹NJ,MP和ML等3种分子系统树,同时结合长小蠹的形态分类,探讨10 种长小蠹及其所在属的系统进化。结果表明：长小蠹科昆虫在碱基使用频率上有很大的偏向性;长小蠹科与外群小蠹科松瘤小蠹Orthotomicus erosus Wollaston之间的遗传距离（0.288～0.338）远大于科内种间距离（0～0.226）;Diapus属分化最早,Euplatypus属独成一支,Treptohlatypus, Dinoplatypus和Platypus 3属分化为一支。长小蠹科分子系统进化研究结果与Wood（1993）新修订的分类系统基本一致,说明长小蠹科的分类系统更趋于合理。     

栽培种甘薯及其近缘野生种nrDNA ITS序列分析

采用核糖体DNA内转录间隔区(nrDNA ITS)序列比较分析了甘薯及其近缘野生种的遗传多样性及系统进化关系,首次报道了栽培种甘薯‘徐薯18’(Ipomoea batatas‘Xushu18’)及其近缘野生种I.triloba(DOM),I.cordatotriloba(MEX),I.nil(PER),I.nil(JPN),I.hederacea Jacq.(USA),I.hederacea Jacq.(HK)和种间杂交种67-1(I.batatas‘Xushu18’×I.hederacea Jacq.)及回交种(67-1×I.batatas‘Xushu18’)的nrDNA ITS序列。序列分析表明,栽培种甘薯及其近缘野生种nrDNA ITS序列长度为570~600bp。其中,ITS1序列为185~209 bp,GC含量为53.11%~61.83%;ITS2序列为214~226 bp,GC含量为61.21%~72.89%;5.8S序列均为165 bp,GC含量为54.55%~55.76%。此外,栽培种甘薯及其近缘野生种ITS序列信息位点均集中在ITS1和ITS2区;与其他甘薯属植物相比,I.wrightii ITS2的末端缺失了6~8个碱基。系统进化分析表明,栽培种甘薯‘徐薯18’(I.batatas‘Xushu18’)和野生种I.triloba、I.cordatotriloba、I.lacunosa、I.trifida的亲缘关系较近,与I.wrightii、I.pes-tigridis、I.grandifolia、I.nil、I.hederacea Jacq.、I.purpurea的亲缘关系较远;杂交后代与栽培种甘薯‘徐薯18’(I.batatas‘Xushu18’)亲缘关系较近,与野生种父本I.hederacea Jacq.的亲缘关系较远。     

Phylogenomic analysis resolves the interordinal relationships and rapid diversification of the laurasiatherian mammals

Although great progress has been made in resolving the relationships of placental mammals, the position of several clades in Laurasiatheria remain controversial. In this study, we performed a phylogenetic analysis of 97 orthologs (46,152 bp) for 15 taxa, representing all laurasiatherian orders. Additionally, phylogenetic trees of laurasiatherian mammals with draft genome sequences were reconstructed based on 1608 exons (2,175,102 bp). Our reconstructions resolve the interordinal relationships within Laurasiatheria and corroborate the clades Scrotifera, Fereuungulata, and Cetartiodactyla. Furthermore, we tested alternative topologies within Laurasiatheria, and among alternatives for the phylogenetic position of Perissodactyla, a sister-group relationship with Cetartiodactyla receives the highest support. Thus, Pegasoferae (Perissodactyla + Carnivora + Pholidota + Chiroptera) does not appear to be a natural group. Divergence time estimates from these genes were compared with published estimates for splits within Laurasiatheria. Our estimates were similar to those of several studies and suggest that the divergences among these orders occurred within just a few million years.     

基于线粒体基因cyt b的鹟亚科部分鸟类系统发育

采用分子系统学方法对鹟亚科(Muscicapinae)6属31种鸟类的cytb基因序列992bp进行系统发生分析。以荒漠伯劳(Lanius isabellinus)和发冠卷尾(Dicrurus hottentottus)为外群,采用贝叶斯法(Bayesian,BI)、最大似然法(Maximum-likelihood,ML)和最大简约法(Maximumparsimony,MP)分别构建鹟亚科的系统发育树。结果支持:寿带属(Terpsiphone)、扇尾鹟属(Rhipidura)与方尾鹟属(Culicicapa)可从鹟亚科中移出,其中寿带属归入王鹟科(Monarchidae),扇尾鹟属与方尾属归入扇尾鹟科(Rhipiduridae);鹟属(Muscicapa)、仙鹟属(Niltava)为单系发生,并聚为姐妹群,亲缘关系较近;姬鹟属(Ficedula)并非单系发生,白眉姬鹟(Ficedulazanthopygia)在3种系统发生树中的位置差别较大,研究结果未能确定其分类地位;铜蓝(Muscicapa thalassina)与白腹蓝(Cyanoptila cyanomelana)亲缘关系较近,前者应从属中移出,后者应从姬属移出,共同归入仙属或列为仙属的姐妹属。上述结论解决了亚科部分有争议属、种间的进化关系,为亚科分类系统提供了DNA水平证据。