健康妇女及3例细菌性阴道病患者阴道菌群的非培养分析

根据Amsel标准及Nugent标准, 确诊筛选健康妇女及细菌性阴道病(bacterial vaginosis, BV)患者各3例。提取其阴道分泌物样本的总DNA, 构建16S rRNA基因克隆文库, 并对阳性克隆进行ARDRA和测序分析。结果表明, 健康妇女样本的基因文库中, 分别以卷曲乳酸杆菌(L. crispatus)和惰性乳酸杆菌(L. iners)的克隆子占较大比例, 另外存在少量的阴道乳酸杆菌(L. vaginalis)或詹氏乳酸杆菌(L. jensenii)的克隆子。BV患者样本的基因文库中, 克隆子所代表的菌种类型明显增多, 但均以阴道加德纳氏菌(Gardnerella vaginalis)和阴道阿托波氏菌(Atopobium vaginae)的克隆子占较大比例, 且无乳酸杆菌克隆子。说明健康妇女阴道菌群的种类单一, 以乳酸杆菌占优势, L. iners为优势菌种之一; BV患者阴道菌群的种类复杂多样, 但均以Gardnerella vaginalis及Atopobium vaginae共同占优势。     

细菌性阴道病及其合并盆腔炎患者的阴道菌群分析

目的 对比细菌性阴道病及其合并盆腔炎患者与健康个体的阴道菌群,分析阴道菌群的结构,为确定该疾病的特征细菌及研究致病机制奠定基础。方法 采用临床Amsel标准筛选的17例细菌性阴道病患者、13例细菌性阴道病合并盆腔炎患者和52例健康者,使用无菌拭子采集阴道后穹窿分泌物以提取细菌基因组DNA。采用PCR技术扩增上一步得到的16S rRNA片段,而后将扩增产物通过变形梯度凝胶电泳（DGGE）分离以得到阴道细菌种属结构图谱,应用Quantity One软件进行聚类分析,应用凝胶测序法进行特异条带分析。检测16S rRNA基因,具体研究样品中的物种分类。结果 细菌性阴道病及其合并盆腔炎患者的阴道菌群的构成与健康者相比较具有显著性差异。其中,Firmicutes等菌门细菌减少,Actinobacteria等菌门细菌增多;G. vaginallis、P. vaginallis等厌氧菌数量均增加,L.crispatus、L.iners等益生菌数量均有减少。结论 细菌性阴道病及其合并盆腔炎患者的生殖道内的合并感染改变了阴道内的原有微生态平衡。两组疾病组患者的阴道菌群构成相比于健康对照组变化明显。     

乳酸菌阴道胶囊干预对孕晚期细菌性阴道病患者阴道菌群及分娩结局的影响

目的 探讨乳酸菌阴道胶囊干预对孕晚期细菌性阴道病（BV）患者阴道菌群及分娩结局的影响。方法 2017年12月‒2019年2月在泰山医学院附属青岛医院接受治疗及分娩的BV患者136例,参照随机数表法分为对照组、研究组各68例。对照组患者接受甲硝唑治疗,研究组患者接受乳酸菌阴道胶囊＋甲硝唑治疗。持续1周后,对比两组患者的疗效、乳酸菌计数情况、用药不良反应发生情况的差异,记录两组患者分娩结局。结果 治疗1周后,两组患者的疗效分级差异有统计学意义（U=7.062、P=0.029）;治疗总有效率的差异无统计学意义（2=2.030、P=0.154）。两组患者的阴道乳酸菌计数分级差异有统计学意义（U=9.179、P=0.047）,研究组患者的乳酸菌计数正常率高于对照组患者（2=6.103、P=0.013）。用药期间,两组患者皮肤瘙痒、下腹疼痛、头晕头痛等不良反应发生率差异无统计学意义（2=0.341、1.007、0.208,P=0.559、0.316、0.649）。两组患者均无一例发生心律失常。研究组患者的胎膜早破、早产、产褥感染、子宫内膜炎发生率低于对照组患者（2=4.087、4.561、3.765、4.121,P=0.043、0.033、0.049、0.042）。两组患者的新生儿感染、新生儿高胆红素血症发生率差异无统计学意义（2=2.030、2.944,P=0.154、0.086）。结论 乳酸菌阴道胶囊干预对优化孕晚期BV患者阴道菌群、改善妊娠结局具有一定积极作用。     

细菌性阴道病的优势菌群半定量培养分析

目的探讨临床适用的菌群培养方法,用于检测分析细菌性阴道病患者阴道优势菌群,以更好地指导临床诊治。方法采集32例细菌性阴道病（BV）患者的阴道分泌物标本,在不同气体环境中用非选择性、半定量方法做细菌培养,比较培养结果,分析患者阴道优势菌群。结果在厌氧环境中培养时菌落数量最多,检出的优势菌共15种,每份标本的优势细菌种类多数为2种（20/32）,少数为3种（3/32）;而在微需氧及需氧环境中检出的主要菌分别为8种及5种。结论非选择性半定量、厌氧培养的方法可有效、简便地了解BV阴道优势菌群的构成,可用于临床对BV菌群的检测分析研究。     

基于实时定量PCR技术的育龄期细菌性阴道病患者阴道菌群结构分析及其临床应用

目的 探讨育龄期女性细菌性阴道病（bacterial vaginosis,BV）患者阴道优势菌群变化及其与临床指标的相关性。方法 选择本院门诊确诊的育龄期BV患者35例和同期入院体检的健康体检女性37例,无菌拭子采集阴道中段壁分泌物,提取细菌基因组DNA,采用实时定量PCR技术（real-time quantitative PCR,qPCR）进行阴道优势细菌检测,并进行其与临床指标如阴道pH和Nugent评分相关性分析。结果 乳杆菌属细菌及其种水平的细菌如惰性乳杆菌、卷曲乳杆菌、詹氏乳杆菌等在BV患者中均显著下降,BV相关阴道致病细菌如加德纳菌属、奇异菌属、埃格特菌属、巨型球菌I型菌属、纤毛菌属和普氏菌属显著升高（P<0.05）。阴道致病菌群与阴道pH和Nugent评分呈显著正相关,而阴道卷曲乳杆菌和惰性乳杆菌与其呈负相关。结论 育龄期BV患者阴道优势菌群显著失衡,并与阴道pH和Nugent评分显著相关,提示阴道优势菌群改变参与BV发生发展。     

广西水牛瘤胃中的细菌多样性

[目的]了解广西水牛瘤胃中细菌的组成及其可能的降解纤维素细菌的主要类群。[方法]提取水牛瘤胃内容物和高效降解滤纸的水牛瘤胃内容物的富集培养物的宏基因组DNA,以宏基因组DNA为模板,扩增16S rRNA基因序列,构建该两种样品的细菌的16S rRNA基因文库。通过对16S rRNA基因序列的分析,了解这两种样品的细菌群体种类及数量。 [结果] 水牛瘤胃内容物与其富集培养物中均主要含有LGCGPB (low G+C Gram-Positive Bacteria)、CFB (Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides)两大类菌群和少数的螺旋体菌（Spirochaetes）,且LGCGPB所占的比例都是最高的,LGCGPB在水牛瘤胃内容物细菌中的比例为56.66%,而在富集培养物细菌中的比例升高为73.33%。在水牛瘤胃内容物中,丝状杆菌（Fibrobacteres）占3.33%,但在富集培养物中未被检测到。而在富集培养物中占13.33%的变形杆菌（Proteobacteria）,在水牛瘤胃内容物中未被检测到。本研究还发现了分类地位尚未明确的一菌群（R46）。[结论]细菌类群LGCGPB、Proteobacteria可能在水牛瘤胃中的纤维素降解过程中起重要作用。此外,水牛瘤胃中的细菌组成和牦牛、牛、羊瘤胃中的细菌组成较相似但比例有所不同。     

Bacterial Communities Inside and Surrounding Soil Iron-Manganese Nodules

Bacterial community structures of a Fe-Mn nodule sample and its surrounding soil were investigated using PCR, amplified ribosomal DNA restriction analysis, cloning and sequencing methods. Result showed that phylogenetically diverse bacteria were present in the nodule and soil samples, and Acidobacteria- and Proteobacteria-affiliated bacteria dominated in both samples. However, Firmicutes were only found in the nodules, while the soil had much more Acidobacteria and Verrucomicrobia than the nodules. Many clones retrieved in this study closely resembled the clones previously obtained from environments with high metal contents. These findings may shed light on the biological formation of Mn oxides in soil environment.     

河北承德地区两个温泉中细菌的多样性分析

通过构建16S rDNA克隆文库,对承德地区两温泉中的细菌多样性水平及系统发育关系进行了初步研究。研究表明:68°C的A11文库中阳性克隆的16S rDNA序列分属5个细菌类群,分别为Firmicutes(6.25%)、Deinococcus-Thermus(25.0%)、Gammaproteobacteria(12.5%)、Betaproteobacteria(50.0%)、Alphaproteobacteria(6.25%);而74.5°C的A12文库仅属于一个细菌类群:厚壁菌门(Firmicutes)。两温泉中细菌多样性的差异表明,温度是影响温泉中细菌多样性水平的重要因素。此外,A11文库中克隆的16S rDNA序列与许多已知的可产色素的好氧菌相似性很高,而A12文库中的细菌多数为专性厌氧或兼性厌氧型,其中厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus)中的Anoxybacillus flavithermus可以作为研究泉华形成的理想材料。     

胜利油藏不同时间细菌群落结构的比较

利用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)和构建16S rRNA基因克隆文库2种方法,对孤岛油田两口井(注水井G和采油井L)在相距9个月的2个时间点(A和B)所采集样品的细菌群落结构进行了比较。DGGE图谱聚类分析表明注水井在2个时间点的微生物群落结构相似性为48.1%,而采油井的相似性只有28.7%。16S rRNA基因克隆文库结果表明,A时间点样品G中的优势菌群为Betaproteobacteria、Gammaproteobacteria,还有Deferribacteres、Firmicutes、Bacteroidetes等;而样品L中,Gammaproteobacteria中的Moraxellaceae含量达到97%。B时间点G中除了优势菌Betaproteobacteria之外,Deferribacteres的数量显著增加,成为优势菌;而L在B时间点优势菌除Gammaproteobacteria外,还有Betaproteobacteria和Firmicutes。采油井中的微生物群落结构随时间发生了显著改变,而注水井变化不显著。这一结果部分揭示了微生物采油过程中地层微生物群落的变化规律,有助于进一步阐明微生物驱油的机理。     

Microbial Communities Associated with Zones of Elevated Magnetic Susceptibility in Hydrocarbon-Contaminated Sediments

Recent studies suggest that magnetic susceptibility (MS) measurements can play an important role in identifying zones where microbial-mediated iron mineral transformations are occurring. Here we investigated the microbial community variations within zones of elevated MS in a petroleum hydrocarbon-contaminated aquifer near Bemidji, Minnesota, USA. Our main objective was to 1) identify the key microbial populations that may play a role in hydrocarbon degradation, 2) analyze which microbial populations could be connected to the elevated MS and 3) explore the use of non-destructive geophysical techniques as a tool to guide microbial sampling. Clone libraries based on the 16S rRNA gene revealed the presence of iron-reducing β-Proteobacteria in the vadose zone, whereas the free petroleum phase on the water table was characterized by a methanogenic consortium, in which the syntrophic δ-proteobacterium Smithella and the hydrogenotrophic Methanoregula predominated. Nonmetric multidimensional scaling (NMDS) found a close relationship between elevated MS values and the methanogenic hydrocarbon-degrading consortium. Our results suggest that magnetic susceptibility measurements can guide microbiologists to zones of active microbial biodegradation in aged petroleum spills.     

现代分子生物学技术在冰川微生物生态研究中的应用

研究冰川中微生物的多样性对于揭示环境气候变迁,研究生物进化,开发微生物资源具有重要意义,现代分子生物学的发展为研究冰川微生物的多样性提供了行之有效的方法.简要综述了16S rDNA文库构建、变性梯度凝胶电泳、限制性片段长度多态性和荧光原位杂交等技术的原理及在冰川微生物生态研究中的应用现状.     

普通和稀释培养基研究太湖沉积物可培养细菌的多样性

采用普通牛肉汁培养基和 10倍稀释的普通牛肉汁培养基 (以下简称稀释培养基 )研究太湖沉积物中细菌多样性 ,发现在稀释培养基上生长的细菌数量普遍是在普通牛肉汁琼脂培养基上生长的细菌数量的 3～ 5倍。分离得到纯培养物的 16SrDNA部分序列 (5′端约 5 0 0bp)分析表明 ,不同培养基上生长的优势细菌类群存在差别 :普通培养基生长的细菌主要为γ_Proteobacteria(35. 1% ) ,其次为Actinobacteria(2 4 5 % )和Firmicutes(2 2 . 3% )等类群 ,其中大部分细菌与假单胞菌属 (Pseudomoas)、芽孢杆菌属 (Bacillus)和节杆菌属 (Archrobacter)细菌的系统关系密切 ;稀释培养基生长的细菌则主要为Actinobacteria(2 7. 1% )、Firmicutes(2 5 . 7% )、α_Proteobacteria(2 1. 4 % )和γ_Proteobacteria(15. 7% )等类群 ,与芽孢杆菌属 (Bacillus) (2 5. 7% )发育系统关系密切的细菌为优势属。研究结果表明同时采用两种培养基有助于从太湖沉积物中分离到更多种微生物。