产蓝色素放线菌细胞化学组分及16SrDNA序列分析*

对分离自南京土壤中的一株高产水溶性蓝色素的放线菌菌株Streptomycessp .进行了细胞化学组分及 1 6SrDNA序列分析。细胞化学组分分析结果表明待定菌株的细胞壁含LL DAP及甘氨酸 ,全细胞水解物含葡萄糖及核糖 ,全细胞脂肪酸组分主要为 1 4～ 1 7碳的脂肪酸 ,其中anteiso 1 5和iso 1 6为主要组分 ,应归入链霉菌属。基于 1 6SrDNA序列的聚类结果表明所选菌株基本分成 9个分支 ,能够产生可溶性蓝色素的菌株聚成其中两个分支 ,即以S .coeli     

一株产蓝色素链霉菌18-A-5的鉴定与系统发育分析

从原始热带雨林土壤中,分离到一株产蓝色色素菌株18-A-5,对其进行了系统分类学研究。形态学特征观察表明,在高氏合成一号培养基上初产蓝绿色色素,日久为深蓝色,基内菌丝蓝色,气生菌丝灰白色,产灰色孢子,孢子丝直或柔曲,形成长孢子链,孢子圆柱形。其DNA的G＋C摩尔分数为62.4%,16S rDNA序列分析结果(GenBank登陆号为EU054353),18-A-5与生靛链霉菌Streptomyces indigoferus ATCC23924^T 、草绿色链霉菌Streptomyces herbaricolor ATCC23924^T具有极高的同源性,达100％,聚类分析表明,18-A-5与生靛链霉菌Streptomyces indigoferus、草绿色链霉菌Streptomyces herbaricolor两株菌聚类在一起,分支置信度为74%。结合生理生化特性、细胞壁化学组成分析、脂肪酸分析等将菌株18-A-5定名为草绿色链霉菌Streptomyces herbaricolor。并对该蓝绿色可溶性色素性质进行了耐酸碱性、热稳定性、抗菌谱等初步分析。     

拮抗放线菌B-20的种类鉴定及其16S rDNA序列分析

对分离自东北蔬菜保护地土壤的1株拮抗放线菌菌株B-20进行了形态特征、培养特征、生理生化、细胞壁组分分析及16S rDNA序列分析。基内菌丝无横隔、不断裂,气生菌丝多分枝;孢子丝波曲至螺旋形,孢子椭圆形,表面光滑。细胞壁化学组分Ⅰ型。以16s rDNA序列为基础构建了包括13株相关种属细菌在内的系统发育树。根据多相分类鉴定结果表明,放线菌B-20的上述特征与淡紫灰链霉菌(Streptomyces lavendulae)的高度一致。二者的16S rDNA序列的相似性达到了99%。因此,可将链霉菌B-20定名为淡紫灰链霉菌B-20 (S.lavendulae B-20)。     

两个黄芪根瘤菌新类群代表菌株的16S rDNA序列分析

对黄芪根瘤菌两个新类群中心菌株CA8561和JL84进行了16S rDNA全序列测定,并进行了系统发育学分析。结果表明,CA8561位于Rhizobium分支中,JL84位于Sinorhizobium分支中。     

瘤胃甲硫氨酸降解菌的分离及其16 S rDNA全序列分析

为分析研究山羊瘤胃液中甲硫氨酸降解菌群的物种资源,对经分离纯化获得的一株甲硫氨酸降解菌MB6-1,采用PCR方法扩增其16 S rDNA基因,并测定其基因的核苷酸全序列。基于16 S rDNA序列的同源性比较和系统发育学分析(ribosomal database projectⅡ;简称RDPⅡ数据库),发现MB6-1可能是普罗威登斯菌属(Providencia)中的一个新种。菌株MB6-1的16 S rDNA序列已经被GenBank数据库收录,其序列号为DQ436917。     

基于16S rDNA的系统发育分析在微生物进化关系中的应用

系统发育树的构建是现代生命科学研究中的重要技术,是分析未知菌种与其他菌种的亲缘关系,为进一步了解生物的进化关系的重要依据。对系统发育树的构建进行了详细的介绍。并对其在微生物进化研究中的具体应用进行了阐述。     

鸡眼草根瘤菌的16S rDNA全序列分析

鸡眼草(Kummerowiastipulacea)是一类广泛分布于我国南北各省区的豆科植物.它可作为饲用牧草和绿肥,又可作为中药材,具有清热解毒、治疗腹泻之功效.在西北干旱半干旱地区的沙质土壤及山坡上都大量生长鸡眼草,它们在水土保持、防风固沙、绿化环境等方面起着重要作用[1].但目前,人们还未曾对与鸡眼草共生的根瘤菌作过系统分类研究.我们在该地区野生豆科植物根瘤菌资源调查的基础上,进行了数值分类、SDS-全细胞蛋白电泳分析和DN～DNA杂交,获得了一个新菌群[2].     

根瘤菌新类群代表菌株的16S rDNA全序列测定及其系统发育地位

用双脱氧法测定了一个根瘤菌新类群代表菌株SH2672的16S rDNA全序列,将此全序列与根瘤菌各已知种及相关种的16S rDNA全序列进行了比较及聚类分析,得到系统发育树状图。在系统发育树状图中,菌株SH2672与百脉根中慢生根瘤菌(Mesorhizobium loti),华癸中慢生根瘤菌(M. huakuii)、天山中慢生根瘤菌(M. tianshanense)、地中海中慢生根瘤菌(M. mediterraneum)、鹰嘴豆中慢生根瘤菌(M. ciceri)共同构成一个分支,与各已知种的模式菌株16S rDNA相似性分别为:96.3％,96.4％,97.2％,95.1％,95.6％,均在95％以上,它们应归属于同一属。且分支内各种间DNA同源性低于70％,表明它们分别为不同的种,菌株SH2672代表着一个新的根瘤菌种。     

木蓝根瘤菌的16S rDNA全序列分析及DNA-DNA杂交

通过数值分类、ＳＤＳ－全细胞蛋白电泳分析,对分离自西北黄土高原地区的木蓝根瘤菌进行了研究,获得了１个新类群。在此基础上,进行了中心菌株ＳＨＬ０４２的１６Ｓ ｒＤＮＡ全序列分析,得到系统发育树状图。 ＳＨＬ０４２与 Ｒ.ｔｒｏｐｉｃｉ Ａ、 Ｒ.ｔｒｏｐｉｃｉ Ｂ、 Ｒ.ｌｅｇｕｍｉｎｏｓａｒｕｍ、 Ｒ ｅｔｌｉ、 Ｒｈａｎａｎｅｓｉｓ、Ｒ. ｍｏｎｇｏｌｅｎｓｅ和Ｒ.ｇａｌｌｉｃｕｍ构成一个发育分支,其与这些种模式菌株 １６Ｓ　ｒＤＮＡ全序列的相似性分别为９５．４％、９５．５％、９６．３％、９５．８％、９６．３％、９７．９％和９７．７％,均大于９５％,应属于同一个属。新类群群内ＤＮＡ同源性大于８０％,而中心菌株ＳＨＬ０４２与分支内各已知种的ＤＮＡ同源性小于５０％,表明ＳＨＬ０４２代表１个新的根瘤菌菌种。     

海南近海30株抗B16细胞活性放线菌的16S rDNA多样性分析

从海南近海 ,包括文昌红树林、海口红树林以及洋浦港等地采集样品 ,经苯酚、SDS、加热等预处理 ,稀释涂布麦芽汁_酵母膏琼脂 (YE)、淀粉酪素琼脂 (SC)、葡萄糖天冬氨酸琼脂 (GA) ,或者直接将样品稀释涂布加有重铬酸钾的高氏一号琼脂 (Gause)和麦芽汁_酵母膏琼脂等进行平板分离。共获得 35 4株放线菌 ,其中有 76株具有不同程度的抗B16细胞毒活性。比较发现加热预处理法和重铬酸钾选择培养法对于广泛分离筛选抗肿瘤活性放线菌不失为一种快速、简便、行之有效的方法。YE、Gause培养基无论在分离到的放线菌总数 ,还是细胞毒活性菌株的比例上都显示了良好的效果。对 30株具有较强抗B16细胞活性的链霉菌进行了扩增性 16SrDNA限制性酶切片段多样性分析 (16SARDRA) ,表明这 30株链霉菌之间有较大的基因差异性。 0 5 0 6 4 2、0 6 0 386和 0 6 0 5 2 4等 3株菌序列分析进一步证明这 3株菌属于链霉菌属 ,其中菌株 0 5 0 6 4 2与其亲缘关系最近的Streptomycescattleya的相似性仅为 95 % ,因此可能是一个新种。     

根瘤菌新类群代表菌株的16SrDNA全序列测定及其系统发育地位

用双脱氧法测定了一个根瘤菌新类群代表菌株SH2672的16S rDNA全序列,将此全序列与根瘤菌各已知种及相关种的16S rDNA全序列进行了比较及聚类分析,得到系统发育树状图。在系统发育树状图中,菌株SH2672与百脉根中慢生根瘤菌(Mesorhizobium loti),华癸中慢生根瘤菌(M. huakuii)、天山中慢生根瘤菌(M. tianshanense)、地中海中慢生根瘤菌(M. mediterraneum)、鹰嘴豆中慢生根瘤菌(M. ciceri)共同构成一个分支,与各已知种的模式菌株16S rDNA相似性分别为:96.3％,96.4％,97.2％,95.1％,95.6％,均在95％以上,它们应归属于同一属。且分支内各种间DNA同源性低于70％,表明它们分别为不同的种,菌株SH2672代表着一个新的根瘤菌种。     

基于16S rDNA序列探讨十种臂尾轮虫的系统关系和分类地位

通过对角突臂尾轮虫、尾突臂尾轮虫、裂足臂尾轮虫、剪形臂尾轮虫、方形臂尾轮虫、壶状臂尾轮虫、红臂尾轮虫、镰肜臂尾轮虫、萼花臂尾轮虫和十指臂尾轮虫等十种臂尾轮虫和大肚须足轮虫的线粒体16s rDNA进行扩增和序列测序,结合Genebank 中十指臂尾轮虫的16S rDNA序列,使用MAGE软件构建了NJ(neighbor-joining method)树,使用mrbayes软件构建了贝叶斯树,探讨了十种臂尾轮虫之间的系统关系.结果表明,本研究所涉及的轮虫16S rDNA序列差异百分比均值为14.6%,可作为分子标记应用于轮虫属内种间系统关系研究;系统树均支持将十指臂尾轮虫、裂足臂尾轮虫隶属于臂尾轮属;壶状臂尾轮虫和红臂尾轮虫是两个独立的种.此外,还依据16S rDNA序列变异百分比推测了十种臂尾轮虫的分化时间.     

西部某些根瘤菌的数值分类和16S rDNA PCR-RFLP分析

选用61株分离自我国西北地区的野豌豆、棘豆、苜蓿和草木樨根瘤菌和4株已知参比菌株,进行了营养利用、抗生素抗性和耐逆性等13个表型性状研究,通过MINTS软件分析,得到了数值分类树状图,发现全部供试菌株在79％的相似性水平上,分为5个群。对57株未知菌株和10株参比菌株16SrDNAPCR－RFLD分析,发现共具有20个遗传图谱类型,聚类分析树状图表明所有菌株共分为5个系统发育分支,与数值分类结果有较好的一致性。     

The phylogenetic position of Dictyoglomus thermophilum based on 16S rRNA sequence analysis

Abstract The phylogenetic position of Dictyoglomus thermophilum has been determined by comparative sequence analysis of in vitro amplified 16S rRNA genes from the type strain as well as from a Dictyoglomus isolate. Results indicate that it forms a deep branch within the phylum of Thermotogales or may even represent its own phylum. It does not contain signature sequences within the 16S rRNA which could relate it to the Thermotogales group.     

Identification of Doris verrucosa mollusc via mitochondrial 16S rDNA

The biological and molecular knowledge of the marine life is of enormous importance in discovering new classes of natural products and in improving management and sustainable utilization of these useful genetic resources. Nonetheless, in this frame, genomic and organelle DNA isolation has been reported to be a limiting step, since downstream applications of molecular biology, such as restriction enzyme digestion, polymerase chain reaction (PCR) and DNA sequencing are hampered by the presence of compounds that are concurrently extracted. In this work we compared different DNA extraction techniques in three marine organisms and tested the downstream applications. One of the species utilized in this work was the Nudibranch Doris verrucosa L., a species with a well-known pharmaceutical interest. The phylogeny of this mollusc has long been discussed on the basis of morphological characters. As a result, D. verrucosa has often been misidentified with other sister species. Mitochondrial 16S rDNA sequence was chosen to better solve this concern and to accurately settle D. verrucosa into the right position. A partial sequence of the mt 16S rDNA of the Nudibranch D. verrucosa was obtained for the first time.The results here presented will provide knowledge useful to a better management and use of marine genetic resources, as well as in resolving taxonomic and identification issues currently open in these marine invertebrates.     

Molecular characterization of Serratia marcescens strains by RFLP and sequencing of PCR-amplified 16S rDNA and 16S-23S rDNA intergenic spacer

AIMS: To establish the specific DNA patterns in 16S rDNA and 16S-23S rDNA intergenic spacer (IGS) regions from different kinds of Serratia marcescens strains using polymerase chain reaction (PCR), restriction fragment length polymorphism (RFLP) and sequences analysis. METHODS AND RESULTS: Two pairs of primers based on the 16S rDNA and 16S-23S rDNA IGS were applied to amplify the rrn operons of two kinds of S. marcescens strains. About 1500 bp for 16S rDNA and four fragments of different sizes for 16S-23S rDNA IGS were obtained. PCR-amplified fragments were analysed by RFLP and sequence analysis. Two distinct restriction patterns revealing three to five bands between two kinds of strains were detected with each specific enzyme. According to the sequence analysis, two kinds of strains showed approximately 97% sequence homology of 16S rDNA. However, there was much difference in the sequences of IGS between the two kinds of strains. Intercistronic tRNA of strains H3010 and A3 demonstrated an order of tRNA of 5'-16S-tRNA(Ala)-tRNA(Ile)-23S-3', but strain B17 harboured the tRNA of 5'-16S-tRNA(Glu)-tRNA(Ile)-23S-3'. CONCLUSIONS: The method was specific, sensitive and accurate, providing a new technique for differentiating different strains from the same species. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY: This paper provided the first molecular characterization of 16S rDNA and 16S-23S rDNA IGS from S. marcescens strains.     

基于28S rDNA D1-D2基因片段与16S rDNA部分序列联合分析的叶肢介系统发育研究

叶肢介(Conchostraca)的系统发育问题一直是甲壳动物研究中颇具争议的一个课题.本研究测定了我国2种叶肢介(Eocyzicus mongolianus,Eoc yzicus orientalis)的28S rDNA D1-D2区基因序列和16S rDNA E-G区序列,并与GenBank中的20种叶肢介序列一起...     

利用针对16S rDNA序列的限制性酶切分析鉴定栖热菌属

目的:建立一套酶切体系,用于鉴定栖热菌.方法:收集和整理栖热菌属16S rDNA序列信息,利用限制性内切酶对信息进行位点分析.结果:建立了一套鉴定栖热菌的酶切体系,通过模拟电泳对该体系进行验证.结论:该系统可有效地对已经公开发表但未鉴定到种的栖热菌属菌株进行种间分类.     

基于mt COI和16S rDNA序列标记对陈旧组织标本的鉴定

通过酚-氯仿抽提法提取陈旧蟹类组织的基因组DNA,用特异性引物扩增、测得其线粒体COI和16S rDNA序列,结合NCBI GenBank数据库中同源序列BLAST比对、遗传变异特点、遗传距离分析、系统发生树构建等方法,可以断定YTU073属于方蟹属,并且认为是白纹方蟹可能性较大.