植物长链非编码RNA研究进展

长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)长度大于200个核苷酸,大量存在于生物体中并具有多种生物学功能。目前,植物中发现的lncRNA大多由RNA聚合酶Ⅱ转录,并通过目标模仿、转录干扰、组蛋白甲基化和DNA甲基化等多种机制介导基因的表达,在植物开花、雄性不育、营养代谢、生物和非生物胁迫等生物过程中起着调节因子的作用。文章综述了近年来发现的植物lncRNA数据库、预测方法、表达及可能的生物学功能。     

长链非编码RNA研究进展

长链非编码RNA(long noncoding RNAs,lncRNAs)是一类长度超过200nt的非编码RNA分子,通过信号分子、诱饵分子、引导分子、支架分子等4种方式在转录水平和转录后水平调控基因的表达。lncRNAs的表达水平相对于蛋白编码基因较低,但它们在X染色体沉默、基因组印迹、染色体修饰、转录激活、转录干扰以及核内运输等方面具有重要的功能。相对于研究较多的非编码小RNA,lncRNAs的功能目前尚不完全清楚。该文从lncRNAs的起源、分类、分子机制、功能和进化等方面综述了lncRNAs的研究进展,为进一步探究lncRNAs的功能和作用机制提供依据。     

植物长链非编码RNA的研究进展

长链非编码RNA(long non-coding RNAs,lnc RNAs)是真核生物中一类长度大于200个核苷酸、无蛋白编码能力或编码能力极低的RNA转录本。lnc RNA种类和功能的多样性导致了对其进行研究的复杂性,特别是对植物中lnc RNA的认识相当有限。该文就近年来植物中已发现的lnc RNA的种类、相关转录酶、参与的生物学过程、发挥功能的分子机制以及其相关的研究策略等方面进行综述和展望,以期为深入认识植物lnc RNA提供借鉴。     

生物信息学在长非编码RNA研究中的应用

长非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度大于200个核苷酸的非编码RNA分子,它们在细胞生命活动中的许多关键过程中起到重要调控作用。近年来关于lncRNA的研究发展迅速,涌现出一批用于lncRNA的鉴定、定量、结构分析以及功能预测的生物信息学工具和数据库,本文将对这些lncRNA研究的资源进行综述。     

综述: 新型长链非编码RNA(lncRNA)的生物信息学研究进展

非编码RNA (noncoding RNA,ncRNA)是指不被翻译成蛋白质的一类RNA,近几年来关于它们的功能研究越来越引起人们的重视．现在已经发现了一些中小型ncRNA,比如microRNA、snoRNA、tRNA等,但是关于长ncRNA(lncRNA)的研究还不够完善．本篇综述回顾了 ncRNA特别是 lncRNA的生物信息学研究进展,包括它们的研究历程、基本特点、与疾病的关系,以及对已有的预测非编码RNA的计算机方法进行了分析和比较,并且介绍了利用机器学习模型整合新一代高通量测序数据的方法．     

动物长链非编码RNA研究进展

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类广泛存在于动植物体内、长度大于200nt、基本不编码蛋白质的转录本。研究表明,lncRNA能够协助蛋白质复合体转运、参与基因和染色体的激活与失活调控等,在胚胎发育、肌肉生长、脂肪沉积以及免疫应答等过程中发挥重要作用。近年来,在人类基因组计划和ENCODE(The Encyclopedia of DNA Elements)计划推动下,在动物中不仅鉴定出数量众多的lncRNA,而且在lncRNA调控脂肪代谢、肌肉发育以及免疫抗病等重要生物学过程的机理研究方面也取得了突破性的进展。这些研究结果颠覆了lncRNA不编码蛋白的传统观念,提出了lncRNA编码功能性小肽调控生物学过程的新模型。本文主要介绍了动物lncRNA的特征与类型、常用数据库、生物学功能、分子调控模型以及未来lncRNA的研究方向,以期为动物lncRNA功能研究提供参考信息。     

转座子来源的植物长链非编码RNA

转座子是基因组的重要组分, 影响基因组的结构与稳定。长链非编码RNA (lncRNA)在转录及转录后水平调控多个生物学过程。转座子与lncRNA是物种进化的重要驱动力。含有转座子序列的lncRNA在自然界广泛存在。该文对植物lncRNA的发掘策略和功能研究进行概述, 围绕植物转座子来源lncRNA (TE-lncRNA)的分布和功能展开综述, 并对植物TE-lncRNA的调控机制、表观修饰及育种潜势等进行探讨与展望。     

长链非编码RNA研究进展

基因组计划研究表明, 在组成人类基因组的30亿个碱基对中, 仅有1.5%的核酸序列用于蛋白质编码, 其余98.5%的基因组为非蛋白质编码序列。这些序列曾被认为是在进化过程中累积的“垃圾序列”而未予以关注, 但在随后启动的ENCODE研究计划中却发现, 75%的基因组序列能够被转录成RNA, 其中近74%的转录产物为非编码RNA(Non-coding RNA, ncRNA)。在非编码RNA中, 绝大多数转录本的长度大于200个碱基, 这些“长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)”能够在转录及转录后水平上调节蛋白编码基因的表达, 从而广泛地参与包括细胞分化、个体发育在内的重要生命过程, 其异常表达还与多种人类重大疾病的发生密切相关。文章综述了长链非编码RNA的发现、分类、表达、作用机制以及其在个体发育和人类疾病中的作用。     

长链非编码RNA在心血管疾病发病中的研究进展

心血管疾病是一种威胁人类,特别是中老年人健康的常见疾病。每年死于心血管疾病的人数位居全球榜首。长链非编码RNA是长度大于200个核苷酸且不编码蛋白质的RNA,也是体内表达数量最多的RNA。越来越多的研究发现长链非编码RNA在心血管疾病的发生、发展中有重要的调节作用。本文将就长链非编码RNA和心血管疾病的最新研究进展进行综述。     

基于RNA-Seq的长非编码RNA预测

随着新一代生物技术和生物信息学的发展,研究发现,在真核生物转录组中存在大量长非编码RNA(long non-codingRNA,lncRNA),而这些lncRNA可能在基因表达调控过程中起到关键性的功能作用.当前lncRNA研究主要采用高通量RNA-Seq测序技术,并通过生物信息学方法对测序数据进行处理和分析,以挖掘其中lncRNA的序列、结构、表达及功能等信息.本文将对基于RNA-Seq的lncRNA预测流程进行介绍,对其中涉及的生物信息学方法进行较为全面的综述,就相关问题和挑战展开讨论,并对研究进行展望.     

LncRNA与肝疾病的研究现状

经过多年探索,对肝脏疾病的研究已取得重大进展,但其发病机制复杂,目前仍未完全阐明。长链非编码RNA(long noncoding RNA,lnc RNA)是非编码RNA中的一种,不具有蛋白编码功能。研究发现,lnc RNA参与调控多种肝脏疾病的生理和病理过程,能在表观遗传、转录和转录后水平发挥重要的调节作用,提示我们lnc RNA可能成为一个新的治疗突破口。本文针对当前lnc RNA在肝疾病中的功能及作用机制进行综述。首先介绍了lnc RNA的功能,再将计算机与生物学相结合概括lnc RNA的四个研究步骤,包括筛选、鉴定、预测及验证,重点阐述lnc RNA与肝纤维化、肝硬化、肝癌及肝移植的近期研究成果,并进一步探讨未来lnc RNA在肝病中的研究方向和应用前景。充分了解肝病的研究现状以及与肝病发生发展有关的lnc RNA分子和生物学功能,为后续研究肝病的机制和治疗提供理论依据和借鉴。     

衰老相关分泌表型分子在肝内胆管癌发生发展中的作用探究

摘要 目的：探究衰老相关分泌表型（senescence-associated secretory phenotype, SASP）分子在肝内胆管癌发生发展中的作用。方法：利用蛋白质组数据进行肝内胆管癌分子分型并进行亚型间生存分析,对肿瘤相对于癌旁及其不同亚型之间的SASP差异蛋白进行GO（Gene ontology）功能富集分析;利用转录组数据通过ESTIMATE、xCell、TIDE评分对肿瘤不同亚型进行免疫浸润分析及免疫治疗反应预测;搜集整合驱动基因相关数据库,并与SASP差异蛋白进行交叠比较;采用Pearson相关系数筛选与SASP差异蛋白相关的lncRNA。结果：将116例肿瘤样本划分为3个亚型,生存曲线提示S3亚型预后较差,生存时间更短。S3亚型肿瘤纯度低,免疫细胞、基质细胞含量高但对免疫治疗的反应较差,存在细胞毒性T细胞功能失调、T细胞排斥。肿瘤相对于癌旁上调的SASP差异蛋白倾向于参与染色体区域的核酸代谢、对外界刺激的反应,下调的SASP蛋白倾向于参与线粒体区域的脂质代谢等过程。共筛选到5个SASP相关驱动基因,其中INSR、PIK3CA是S3恶性亚型特有的。共得到4个与肝内胆管癌SASP差异蛋白相关的lncRNA分子,生存曲线提示INAFM2为危险因素。结论：肝内胆管癌的SASP相关差异蛋白在肿瘤发生过程中倾向于在染色体区域发挥核酸代谢作用,在向恶性亚型转化的过程中倾向于在线粒体区域发挥脂质代谢调节及蛋白磷酸化作用。INAFM2有望成为肝内胆管癌诊断和治疗的新靶点。     

长非编码RNA 的表达与前列腺癌的研究进展

前列腺癌是全球发病率第二的男性恶性肿瘤,近年来我国前列腺癌的发病率显著上升。最近,大量研究发现,长非编码RNA表达水平的改变与前列腺癌的发生、发展、诊断、治疗和预后密切相关。该文就长非编码RNA与前列腺癌的关系及相关机理进行综述,有助于读者了解长非编码RNA在前列腺癌发病过程中的重要性,为前列腺癌的综合防治提供线索。     

Identification of short-lived long non-coding RNAs as surrogate indicators for chemical stress response

Abiotic and biotic stressors in human cells are often a result of sudden and/or frequent changes in environmental factors. The molecular response to stress involves elaborate modulation of gene expression and is of homeostatic, ecological, and evolutionary importance. Although attention has primarily focused on signaling pathways and protein networks, long non-coding RNAs (ncRNAs) are increasingly involved in the molecular mechanisms associated with responses to cellular stresses. We identified six novel short-lived long ncRNAs (MIR22HG, GABPB-AS1, LINC00152, IDI2-AS1, SNHG15, and FLJ33630) that responded to chemical stressors (cisplatin, cycloheximide, and mercury (II) oxide) in HeLa Tet-off cells. Our results indicate that short-lived long ncRNAs respond to general and specific chemical stressors. The expression levels of the short-lived long ncRNAs were elevated because of prolonged decay rates in response to chemical stressors and interruption of RNA degradation pathways. We propose that these long ncRNAs have the potential to be surrogate indicators of cellular stress responses.     

长链非编码RNA HIT在肝癌中的表达及意义

目的:探讨长链非编码RNA HIT(lncRNA-HIT)在原发性肝癌中的表达及其与患者临床病理特征的相关性,寻找肝癌治疗的新靶点。方法:收集并筛选2015年1月至2018年1月在空军军医大学第一附属医院行手术治疗的80例经病理证实的肝细胞癌患者的肝癌组织和癌旁组织。采用实时定量聚合酶连反应(q RT-PCR)法检测患者手术切除的肝癌组织及相应的癌旁组织中lncRNA-HIT的表达,并分析HIT与患者临床病理参数之间的关系。结果:原发性肝癌组织中lncRNA-HIT的表达(6.17±4.38)明显高于癌旁组织(2.81±2.58),约为癌旁组织的2.20倍(P0.05),肝癌组织中HIT的表达与肝癌TNM分期、肿瘤大小和数量显著相关(P0.05),而与性别、年龄、肝硬化、HBV、AFP无显著相关性(P0.05)。结论:lncRNA-HIT在肝癌组织中呈高表达,可能在肝癌发生发展过程起重要作用,并可能作为肝癌治疗的新靶点。     

与眼部疾病相关的长链非编码RNA的研究进展

长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)是一类长度大于200个核苷酸不具备编码蛋白质功能的转录子,在表观遗传、转录或转录后水平调节基因的表达,维持细胞稳态。研究表明多种LncRNA的表达失衡在肿瘤细胞的增殖、转移、干细胞的全能性、免疫细胞的发育及应答过程中发挥重要。新近的研究显示许多LncRNAs特异表达与眼部疾病发生密切相关。本文主要对目前报道的与眼部常见疾病如翼状胬肉、白内障、青光眼、糖尿病视网膜病变、眼部肿瘤等差异表达LncRNAs的功能和作用机制进行了综述,以期为LncRNAs作为眼部疾病的生物学标记和潜在治疗靶点的的应用提供参考资料。     

与眼部疾病相关的长链非编码RNA的研究进展

长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)是一类长度大于200个核苷酸不具备编码蛋白质功能的转录子,在表观遗传、转录或转录后水平调节基因的表达,维持细胞稳态。研究表明多种LncRNA的表达失衡在肿瘤细胞的增殖、转移、干细胞的全能性、免疫细胞的发育及应答过程中发挥重要。新近的研究显示许多LncRNAs特异表达与眼部疾病发生密切相关。本文主要对目前报道的与眼部常见疾病如翼状胬肉、白内障、青光眼、糖尿病视网膜病变、眼部肿瘤等差异表达LncRNAs的功能和作用机制进行了综述,以期为LncRNAs作为眼部疾病的生物学标记和潜在治疗靶点的的应用提供参考资料。     

Melatonin promotes Cashmere goat (Capra hircus) secondary hair follicle growth: a view from integrated analysis of long non-coding and coding RNAs

The role of melatonin in promoting the yield of Cashmere goat wool has been demonstrated for decades though there remains a lack of knowledge regarding melatonin mediated hair follicle growth. Recent studies have demonstrated that long non-coding RNAs (lncRNAs) are widely transcribed in the genome and play ubiquitous roles in regulating biological processes. However, the role of lncRNAs in regulating melatonin mediated hair follicle growth remains unclear. In this study, we established an in vitro Cashmere goat secondary hair follicle culture system, and demonstrated that 500 ng/L melatonin exposure promoted hair follicle fiber growth. Based on long intergenic RNA sequencing, we demonstrated that melatonin promoted hair follicle elongation via regulating genes involved in focal adhesion and extracellular matrix receptor pathways and further cis predicting of lncRNAs targeted genes indicated that melatonin mediated lncRNAs mainly targeted vascular smooth muscle contraction and signaling pathways regulating the pluripotency of stem cells. We proposed that melatonin exposure not only perturbed key signals secreted from hair follicle stem cells to regulate hair follicle development, but also mediated lncRNAs mainly targeted to pathways involved in the microvascular system and extracellular matrix, which constitute the highly orchestrated microenvironment for hair follicle stem cell. Taken together, our findings here provide a profound view of lncRNAs in regulating Cashmere goat hair follicle circadian rhythms and broaden our knowledge on melatonin mediated hair follicle morphological changes.