针叶树生散斑壳属部分种内及近似种间亲缘关系的ISSR分析

应用ISSR分析技术,对22个散斑壳属（Lophodermium Chevall）菌株进行种内和近似种间亲缘关系的分析。通过欧氏最短距离中的类平均法聚类,得到各菌株之间的遗传距离在5．93～7．41之间,表明种内及近似种间有较丰富的遗传多样性。另外,在遗传距离7．12处,将22个供试菌株分为5类。通过ISSR分析结果结合表型性状的比较和分析,论证了子囊果埋生位置,子座、唇、子囊、子囊孢子等形态学特征以及寄主种类差异等在该类菌物种水平分类上的重要性。     

被子植物生散斑壳属若干种内和种间亲缘关系RAPD分析

采用9个重复性好的随机引物对被子植物上的28个散斑壳属(Lophoderm iumChevall.)菌株进行RAPD-PCR扩增,通过RAPD分析结果结合表型性状的比较和分析,确定了子囊果埋生位置,子座、子囊、子囊孢子、侧丝等形态学特征以及寄主种类差异在该类菌物种水平分类上的重要性,另外产地不同等对种内遗传多样性产生一定影响。进一步明确了被子植物生散斑壳属一些种内和种间的亲缘关系。     

悬钩子皮下盘菌种内遗传多样性的RAPD分子标记

对悬钩子皮下盘菌(Hypoderma rubi)15个菌株进行RAPD分析,从RAPD-PCR扩增结果得知此菌种内遗传多样性丰富。利用DPS软件,根据类平均法(UPGMA)对各菌株构建遗传距离聚类图。结果是15个菌株在遗传距离4．84水平上被分为3大类:第一类包括8个菌株,寄主相同的菌株和采集地相同的菌株分别优先聚在一起;第二类包含3个菌株,它们均采自同一地点,亲缘关系相近的菌株被优先聚类;第三类包括4个菌株,也是寄主相同的菌株优先聚在一起。该结果表明,寄主和采集地对悬钩子皮下盘菌种内亲缘关系均产生影响,且寄主的影响较大。另外,菌株间差异与寄生部位无明显相关性。     

小孢盘菌属种间关系初探（英文）

3个编码蛋白的基因RPB1、RPB2和TEF1以及1个非编码序列28S rD NA的联合分析结果表明,小孢盘菌属位于系统树的上端,形成一个单系群,其中长春小孢盘菌和北京小孢盘菌为姐妹群,它们进一步与该属另3个种(包括该属的模式种)聚类在一起。序列分析结果支持将子囊孢子大小作为小孢盘菌属区分物种的依据,还表明火丝菌科可能不是一个单系群。在参试属中,小孢盘菌属与侧盘菌属的关系较为密切,它们具有极其相似的薄壁子囊,这表明在属的等级上子囊形态可能携带系统发育方面的信息。     

利用SRAP分析核盘菌遗传多样性

核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)是危害油菜等多种经济作物的重要病原真菌.研究不同地区、相同或不同寄主核盘菌的遗传多样性对了解核盘菌的遗传演化过程和指导病害防控具有重要意义.我们采用序列相关扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)标记对不同地理来源、不同寄主来源的76个核盘菌菌株的遗传多样性进行了分析.7对SRAP引物共获得260个位点,其中114个为多态位点,占43.85%.UPGMA聚类结果显示,在相似性系数为0.64时,76个核盘菌菌株分为4个组,每组包含的菌株数分别为54、18、2和2.聚类及主成分分析结果显示,来源于春油菜生态区和冬油菜生态区油菜上的核盘菌菌株可以明显分为两簇,而油菜、大豆、莴苣等不同寄主植物上的核盘菌菌株没有明显的遗传分化.分子变异分析(AMOVA)结果显示.不同地理来源、不同油菜生态区和不同寄主来源的核盘菌群体内的变异率分别为75.2%、81.2%和97.6%,均达到极显著水平(P<0.001);不同地理来源和不同油菜生态区的核盘菌群体间的变异率分别为24.8%和18.8%,也达到极显著水平(P<0.001);不同寄主来源的核盘菌群体间的变异率仅为2.4%,变异不显著(P=0.8673).研究结果表明,来源于春油菜生态区的核盘菌的遗传多样性高于冬油菜生态区.     

安徽野生香菇遗传多样性及杂种优势的ISSR分析

采用简单序列重复区间扩增多态性(Inter–simplesequencerepeat,ISSR)技术,利用13个引物对26个安徽野生香菇Lentinulaedodes菌株和6个香菇栽培品种进行了遗传多样性分析,构建了遗传相关聚类图,并根据ISSR分析选择遗传距离远近不同的亲本进行组合杂交,评价了其杂种优势。在78个ISSR标记中,多态性标记为61个,占78.2%。聚类分析显示,当以相异距离0.23为阈值,32个菌株被划为5个ISSR遗传组,多数菌株之间遗传相似性较低。这表明供试菌株在DNA水平上存在比较显著的遗传变异,具有较丰富的遗传多样性。杂种优势的检测表明亲本间遗传距离较大的组合其杂种优势也较强。     

苎麻疫霉群体的RAPD分析*

利用从126个RAPD(RandomAmplifiedPolymorphicDNAs)随机引物中筛选到的可扩增出清晰条带、主带明显、稳定的8条引物,对采集自江苏、安徽和江西不同寄主的45个Phytophthoraboehmeriae菌株进行全基因组DNARAPD标记遗传多样性分析。选用引物共标出DNA指纹图带68条,其中多态性条带20条,多态性检测率为29.4%,表明该种内不同地区和寄主来源的菌株间变异较小。利用Popgene软件计算供试菌株间的遗传距离并绘制聚类树状图,供试菌株被划分为2个遗传聚类组。菌株间的遗传相似性与菌株的寄主来源有一定的相关性,来自江苏、江西和安徽棉花上的27个菌株被划分在同一遗传聚类组内,而分离自构树、枫杨和苎麻的18个菌株被划分在另一个遗传聚类组。结果还表明菌株间遗传相似性与其地区来源无直接相关性。     

苎麻疫霉群体的RAPD分析

利用从126个RAPD(RandomAmplifiedPolymorphicDNAs)随机引物中筛选到的可扩增出清晰条带、主带明显、稳定的8条引物,对采集自江苏、安徽和江西不同寄主的45个Phytophthoraboehmeriae菌株进行全基因组DNARAPD标记遗传多样性分析。选用引物共标出DNA指纹图带68条,其中多态性条带20条,多态性检测率为29.4%,表明该种内不同地区和寄主来源的菌株间变异较小。利用Popgene软件计算供试菌株间的遗传距离并绘制聚类树状图,供试菌株被划分为2个遗传聚类组。菌株间的遗传相似性与菌株的寄主来源有一定的相关性,来自江苏、江西和安徽棉花上的27个菌株被划分在同一遗传聚类组内,而分离自构树、枫杨和苎麻的18个菌株被划分在另一个遗传聚类组。结果还表明菌株间遗传相似性与其地区来源无直接相关性。     

山东省玉米纹枯菌融合群类型及遗传多样性

从山东省14个县市区采集的玉米纹枯病标本上分离获得103个玉米纹枯菌菌株。核荧光染色确定菌丝细胞核的数目,以及利用配对培养法确定不同菌株细胞是否融合。结果表明这些菌株分别属于多核丝核菌的AG-1-IA、AG-1-IB、AG-1-IC、AG-3、AG-4-HG-I、AG-5和WAG-Z融合群和双核丝核菌的AG-Ba融合群,其中AG-1-IA类型菌株数量占菌株总数的60.19%,为优势融合群。通过inter-simple sequence repeats(ISSR)标记技术进行菌株的遗传多样性分析,获得45个ISSR分子标记,其中91.1%的片段具有多态性,表明种群间存在丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析将103个菌株分成6个遗传聚类群,遗传聚类群的菌株组成说明遗传群组的划分与菌株的地理来源和菌株融合群类型均存在一定的相关性。     

苎麻疫霉群体的RAPD分析

利用从126个RAPD(Random Amplifled Polymorphic DNAs)随机引物中筛选到的可扩增出清晰条带、主带明显、稳定的8条引物,对采集自江苏、安徽和江西不同寄主的45个Phytophthora boehmeriae菌株进行全基因组DNA RAPD标记遗传多样性分析。选用引物共标出DNA指纹图带68条,其中多态性条带20条,多态性检测率为29．4％,表明该种内不同地区和寄主来源的菌株间变异较小。利用Popgene软件计算供试菌株间的遗传距离并绘制聚类树状图,供试菌株被划分为2个遗传聚类组。菌株间的遗传相似性与菌株的寄主来源有一定的相关性,来自江苏、江西和安徽棉花上的27个菌株被划分在同一遗传聚类组内,而分离自构树、枫杨和苎麻的18个菌株被划分在另一个遗传聚类组。结果还表明菌株间遗传相似性与其地区来源无直接相关性。     

茄子耐盐种质资源遗传多样性的SRAP和ISSR分析

利用SRAP和ISSR分子标记,研究了14份耐盐茄子种质资源的遗传多样性,结果表明,2种标记均能揭示材料间较高的遗传多样性,其中ISSR标记多态性略高于SRAP标记。在SRAP分析中,每对引物组合可扩增出8-15条DNA片段,平均为12．12条：26对SRAP引物组合共扩增出315条DNA片段,其中263条具有多态性,多态性比率为83．49％;材料间遗传相似系数变化范围为0．212～0．923,平均值为0．755。在ISSR分析中,每个引物可获得5～16条DNA片段,平均为10．87条;15个ISSR引物共扩增出163条DNA片段,其中141条具有多态性,多态性比率为86．50％;材料间遗传相似系数变幅为0．333-0．957,平均值为0．736。聚类分析表明,2种标记都能将供试材料完全区分开来,聚类结果具有一定的相似性,但也存在明显差异。Mantel相关分析表明,SRAP分析与ISSR分析的相关性达到极显著性水平（r=0．904,P〈0．01）。     

云芝菌株遗传多样性的ISSR分析

来自全国的34株野生菌株经形态学特征和结合ITS序列鉴定为云芝。采用ISSR标记技术对34株野生云芝菌株进行遗传多样性分析。从20条引物中筛选出7条ISSR引物,扩增得到95个扩增位点,其中多态性位点88个。多态性位点占92.6%,表明ISSR标记的多态性非常高。基于ISSR条带构建亲缘关系树状图,其中遗传变异系数范围为0.58-0.91。34个云芝菌株在相似系数0.60时分为4个类群,不同菌株的遗传差异性与地理分布有一定联系。     

24个菊芋品种（系）遗传多样性的ISSR标记分析

利用ISSR分子标记技术研究了来源于国内外不同区域的24个菊芋（Helianthus tuberosus Linn．）品种（系）的遗传多样性,并结合块茎特征采用聚类分析法探讨了它们的遗传关系。结果表明：用16条ISSR引物从24个品种（系）的基因组DNA共扩增出242条带,包含228条多态性条带,多态性条带百分率达94．2％,其中7条引物的多态性条带百分率达100．0％。各品种（系）间的遗传距离为0．19～1．01,遗传距离平均值为0．45。聚类分析结果显示：在遗传相似系数0．68处可将24个品种（系）划分为5类,第1类仅包含‘青芋1号’（‘Qingyu No．1’）,第Ⅱ类仅包含W12,第Ⅲ类包含W30、W42、‘青芋2号’（‘Qingyu No．2’）、W09、W18、W26和WSl,第Ⅳ类包含W06和W84,第V类包含‘青芋3号’（‘Qingyu No．3’）、w23、W36、W43、W54、W75、WS0、W62、W64、W79、S150、S138和W66;多数块茎特征相似的品种（系）被聚在一起,但也有部分块茎特征不同的品种（系）被聚在同一类中;部分品种（系）的聚类分析结果与其形态分类结果及地理分布不一致。研究结果表明：供试的菊芋品种（系）具有较高的遗传多样性,存在着较为频繁的基因交流;基于ISSR标记分析能较准确地揭示出菊芋品种（系）间的遗传多样性。     

Genetic diversity analysis of Cynodon dactylon (bermudagrass) accessions and cultivars from different countries based on ISSR and SSR markers

ISSR and SSR markers were used to evaluate genetic diversity among 33 Cynodon dactylon accessions and 22 cultivars from four different countries in order to provide information on how to improve the utilization of bermudagrass germplasms. Eighty eight bands were amplified by nine SSR primer combinations and 236 bands were observed from 23 ISSR primers. The results showed that 97.7% of the SSR primers and 86.9% of the ISSR primers were polymorphic. The genetic similarity coefficients (GSC), gene diversity (He) and Shannon index (I) were 0.58–0.97, 0.27 and 0.41, respectively, for ISSR and 0.52–0.97, 0.29, and 0.43 for SSR. The UPGMA analysis clustered the 55 accessions (cultivars) into three groups. The cluster results produced by the ISSR data were close to the SSR data results. Analysis based on the combined ISSR and SSR data was more closely related to the geographical distribution of the tested germplasm.     

The effectiveness of ISSR profiling for studying genetic diversity of Aspergillus flavus from peanut-cropped soils in China

We used markers based on inter-simple sequence repeats (ISSR) to examine the genetic diversity of Aspergillus flavus from peanut-cropped soils in China. Of the 100 primers, 22 primers produced clear and reproducible ISSR bands, and the di-nucleotide accounted for 73% of those primers. The size of DNA fragments ranged from 100 to 2000 bp. The primer UBC 834 produced the largest number of polymorphic bands (10), followed by UBC 809, UBC 817, UBC 895, and UBC 899, which all amplified 7 polymorphic bands. Using the five primers, the tested strains were clearly separated based on genetic similarity coefficients (GSC). The range of GSC was from 0.59 to 0.90. In unweighted pair-group method with arithmetic averages (UPGMA) analysis, the A. flavus samples grouped in five clusters. The study showed that the ISSR technology is an effective molecular approach for studying diversity of A. flavus from peanut-cropped soils in China.     

Evaluation of genetic diversity in Lentinula edodes strains using RAPD, ISSR and SRAP markers

Random amplified polymorphic DNA (RAPD), inter-simple sequence repeat (ISSR) and sequence-related amplified polymorphism (SRAP) markers were used to evaluate the genetic diversity among 23 elite Lentinula edodes strains in China. A total of 138, 77 and 144 bands were detected by 16 RAPD primers, 5 ISSR primers and 23 SRAP primer combinations, among which 58.8%, 73.5% and 56.3% was polymorphic, respectively. By UPGMA clustering, a dendrogram was constructed based on each analysis. The three dendrograms showed that 23 L. edodes strains were clustered into three or four groups. The grouping exhibited similar structure and was generally consistent with their pedigrees. Twenty-three L. edodes strains shared great similarity indicated that the low level of genetic diversity of L. edodes strains and their relationship between each other. The important source of breeding material, such as wild and exotic types, must be introduced in order to broaden genetic base and decreases genetic vulnerability of L. edodes.     

Evaluation of genetic diversity and population structure of polygonati rhizoma germplasms: implications for better crop development and conservation of a traditional Chinese medicine

Polygonati rhizoma (PR) is an important and widely used product in Chinese traditional medicine and edible goods. The time-consuming nature of breaking dormancy in both rhizomes and seeds means that improving variety selection is limited to collection, identification, and selection of germplasms. In this study, we used two DNA-based molecular marker techniques—inter simple sequence repeat (ISSR) and start codon targeted (SCoT)—to assess the genetic diversity and population structure among PR source plants collected from 47 different regions and belonging to 12 populations (P1–P12). For molecular markers analysis, 15 ISSR and 10 SCoT markers were tested. Total number of 159 fragments (150–4000 bp) were amplified based on ISSR analysis with a range from 6 to 17 bands, 153 of them were polymorphic, ranging from 97.27 to 100%. For SCoT analysis, 164 polymorphic bands (150–5000 bp) were observed, varying from 14 to 19 bands for each primer. Nei’s genetic diversity analysis showed that the highest value was found in P11 for ISSR and P4 for SCoT markers. The highest Nei’s genetic diversity value was observed in P5 for combined markers and the low in P2. Nei’s dendrogram constructed with combined markers indicated a 75–89% of genetic similarity coefficient among populations. Population structure analysis revealed an optimum number of three groups, the same as their geographical distribution. This knowledge on PR genetic diversity can be used in future breeding programs, genetic improvement, product enhancement, and germplasms conservation.     

苦瓜种质遗传多样性的RAPD和ISSR分析

采用RAPD和ISSR分子标记技术对38份苦瓜种质进行遗传多样性分析。结果表明:10个RAPD和10个ISSR引物分别扩增出93条和81条带,多态性比率分别为50.54%和61.29%;RAPD和ISSR标记检测供试材料的遗传相似性系数(GS)范围,分别为0.287~1和0.221~1,ISSR(平均GS值0.672)检测多态性效果高于RAPD(平均GS值0.694)。RAPD标记聚类分析将供试种质分为3个类群6组,分类结果与苦瓜瓜瘤的表型分类比较相似;ISSR标记聚类分析将供试种质分为3个类群7组,ISSR标记划分类群与形态上以颜色分类比较接近。RAPD和ISSR标记的遗传相似性系数呈显著相关(r=0.550)。两个标记整合后聚类分析可检测到更大的遗传变异,结果与苦瓜的农艺性状分类和地理分布有一定的相关性。     

云南黑籽南瓜种质遗传多样性的RAPD和ISSR分析

摘要: 采用RAPD和ISSR分子标记技术对来源于云南省6个地州13份的黑籽南瓜种质进行遗传多样性分析。结果表明：6个RAPD和6个ISSR引物分别扩增出43条和41条带,多态性比率分别为90.70%和51.21%;RAPD和ISSR标记检测供试材的遗传相似性系数(Gs)范围,分别为0.340-0.895和0.162-0.941,ISSR(平均GS值0.698)检测多态性效果高于RAPD(平均GS值0.481)。RAPD标记聚类分析将供试种质分为3个类群5组;ISSR标记聚类分析将供试种质分为4个类群6组,RAPD和ISSR标记的遗传相似性系数呈显著相关(r=0.536)。基于UPGMA聚类结果,可为黑籽南瓜的引种栽培或品种改良提供参考。