用mtDNA序列鉴定出上海海域 须鲸科物种大村鲸

测定了采自上海海域的一头死亡须鲸骨骼样本的线粒体DNA（mtDNA）细胞色素b基因（Cyt b）序列330 bp（登录号MK295815）、细胞色素C氧化酶Ⅰ基因（COⅠ）序列206 bp（登录号MK317953）和控制区（control region）序列231 bp（登录号MK317954）。通过GenBank中的BLAST分析,结果表明,样本的上述三部分序列与大村鲸（Balaenoptera omurai）对应序列的相似性均达到100%,基于最大似然法（ML）法构建的系统发育树与BLAST结果一致,故将标本鉴定为大村鲸,为上海海域首次记录。     

黑线姬鼠两亚种(中国东北地区及俄罗斯远东地区的东北亚种和朝鲜半岛的朝鲜亚种)的线粒体DNA序列缺少趋异性

为了检测黑线姬鼠两亚种(来自中国东北地区、俄罗斯远东地区的东北亚种和朝鲜半岛的朝鲜亚种)线粒体DNA的变异水平并确定朝鲜亚种的分类地位,我们测序分析了两亚种的线粒体DNA细胞色素b的部分序列(1 054 bp)和控制区的部分序列(860 bp),并与基因库中黑线姬鼠相应的单倍型序列进行了比较.可以看出东北亚种的序列显示...     

用mtDNA序列鉴定一头小布氏鲸标本

测定了采自浙江省瑞安市的一头须鲸类标本的线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA)细胞色素b(cytochrome b,cyt b)基因369bp和控制区（control region)933bp的序列,通过与已发表的须鲸类同源序列比对,发现与西太平洋和日本水域的布氏鲸的cyt b基因和控制区分别有6.78%-7.05%和13.30%－14．40％的序列差异,而与来自所罗门群岛的布氏鲸之间cyt b基因的序列完全相同,控制区的序列也仅相差一个碱基（0.28%)。提示与邻近的西太平洋和日本海的普通布氏鲸在遗传上有显著区别,而可能与所罗门群岛的布氏鲸为同一种,即小布氏鲸（Balaenoptera edeni)。同时表明,应用分子生物学手段为进行鲸肉及其制品的种类鉴定是可行和有效的。     

太湖新银鱼线粒体D-loop和Cytb片段序列结构与进化速率比较

共获得49个太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)个体的线粒体细胞色素b(Cyt b)全序列和控制区(D-loop)部分序列。所测线粒体D-loop部分序列长度变化范围为648～680bp,识别到位于前端的一个串联重复序列、一个终止相关序列(ETAS),3个中央保守区保守序列(CSB-F、CSB-E、CSB-D)及一个保守序列区保守序列(CSB-1),结构与其他鱼类的研究结果类似。太湖新银鱼线粒体Cyt b和D-loop片段的相对进化速率的比较研究结果表明,太湖新银鱼D-loop总的序列多态性位点的比例为0.83%,低于线粒体Cyt b部分总的序列多态性位点的比例(1.31%)。假设太湖新银鱼Cyt b基因平均进化速率相对值为1,贝叶斯(Bayes)MCMC模拟给出Cyt b基因的相对速率区间估计为1.000±0.131,而D-loop基因的相对速率为0.859±0.261,表明太湖新银鱼D-loop基因的进化速率低于Cyt b基因,同时,后验概率分布的变异方差也比较大。说明Cyt b基因比D-loop基因具有相对较高的进化速率,也相对更接近分子钟假设。因此,可以认为Cyt b基因比D-loop基因更适于太湖新银鱼种内及近缘种间相关分子生态及系统地理格局的研究。     

家鸭细胞色素C氧化酶Ⅲ（COⅢ）基因的克隆及序列分析

线粒体是存在于绝大多数真核细胞内的一种基本的、重要的细胞器,是细胞进行氧化磷酸化的场所。不同脊椎动物同源基因序列的比较显示,细胞色素b(Cytb)、细胞色素C氧化酶Ⅰ（COⅠ）、细胞色素C氧化酶Ⅱ（COⅡ）、细胞色素C氧化酶Ⅲ（COⅢ） 基因最保守,同源性最高,ATPase6、ATPase8基因、ND基因变异比较大。本试验以家鸭（家鸭起源于绿头鸭：Anas platyrhynchos）肝脏的线粒体DNA为模板,按照GenBank已经公布的潜鸭族（AF090337）的全序列及其绿头鸭的mtDNA部分序列（L22476、L16770、L22477）设计合成特异引物进行PCR扩增,克隆并测定了线粒体细胞色素C氧化酶Ⅲ亚基（COⅢ）的全序列784bp以及ATPase6基因的3'端和tRNA-Gly基因的5'端序列共934bp。 用DNAStar分析软件对家鸭与GenBank中7种禽类的COⅢ序列进行比较分析,显示家鸭与这些动物的COⅢ基因具有较高的同源性,与同科潜鸭属中的Aythya Americana的相似性 最高为90.6 %,与同目不同科的加拿大雁、小天鹅、白额雁的相似性分别为89%、88.6%、88.6%。根据家鸭与其他7种禽类的COⅢ基因序列相似性所建立的进化树,与传统的分类地位基本吻合。     

雀形目15种鸟类Co Ⅰ与Cyt b基因序列的比较

对雀形目Passeriformes 6科15种鸟类线粒体DNA的Cyt b基因全序列(1 143 bp)和CoⅠ基因部分序列(1 176 bp)进行了比较,结果显示Cyt b和CoⅠ基因序列的变异位点分别为454个和366个,简约信息位点为337个和303个,而且CoⅠ基因比Cyt b基因略微保守,进化速率也较低.采用邻接法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法分别构建了CoⅠ和Cyt b基因两组数据集的分子系统发生树及其合一树,并对建树结果进行了比较分析.基于以上两点,本文认为CoⅠ基因比Cyt b基因更适合于确定雀形目科级阶元之间的系统发生关系,而且它也能够作为雀形目物种鉴定的分子标记,但在物种鉴定方面不如Cyt b基因稳定和准确.     

基于COⅠ、COⅡ和Cyt b基因部分序列研究斑粉蝶属(鳞翅目,粉蝶科)分子系统关系

为了探讨斑粉蝶属Delias的系统发生关系,对中国产6种斑粉蝶21只标本的细胞色素氧化酶Ⅰ(CO Ⅰ)基因(约653 bp)、细胞色素氧化酶Ⅱ(COⅡ)基因(约677 bp)和细胞色素b(Cyt b)基因(419 bp)部分序列进行了分析(共1749 bp).其中有355个变异位点,352个简约信息位点,表现出明显的A+T含量(72.61%)偏异.结合从GenBank中获得的29个种斑粉蝶的COⅠ和COⅡ基因部分序列,分别采用最大简约法(Maximum Parsimony,MP)和贝叶斯推论法(Bayesian Inference,BI)构建了斑粉蝶属分子系统树.结果表明:报喜斑粉蝶D.pasithoe和优越斑粉蝶D.hyparete关系较近,隐条斑粉蝶D.subnubila、艳妇斑粉蝶D.belladonna关系较近.此外,系统分析结果很好的支持了基于形态学分类的geraldina、cuningguti、dorimene、hyparete种组,支持将D.harpalyce从belisama种组移到nigrina种组,将D.messalina从nigrina种组移到kummeri种组.     

墨天牛属昆虫COⅠ基因比较及系统学初步研究

【目的】对11种墨天牛线粒体DNA细胞色素氧化酶C亚基Ⅰ基因(COⅠ)进行比较并对墨天牛属系统发育关系进行初步探讨。【方法】本文测定分析了11种墨天牛线粒体DNA细胞色素氧化酶C亚基Ⅰ基因(COⅠ),并采用简约法和贝叶斯推论法构建了墨天牛属的分子进化树。【结果】序列比对分析得到470 bp大小的COⅠ基因片段,其中可变异位点169个(36.0%),保守位点301个(64.0%),转换/颠换的平均值(R值)为1.03,说明此段序列适合于分子进化树。利用不同系统发育重建方法得到的进化树具有相似的拓扑结构,同时结合形态学分类特征对墨天牛属昆虫的分子系统进化关系进行探讨。结果显示分子结果与形态分类结果相似。【结论】利用COⅠ基因构建的墨天牛属系统发育树是探讨墨天牛分类的有效方法。     

斑皮蠹属昆虫COⅠ基因比较及系统学初步研究

对6种斑皮蠹线粒体DNA细胞色素氧化酶C亚基Ⅰ基因(COⅠ)进行比较并对斑皮蠹属系统发育关系进行初步探讨。本研究测定分析了6种斑皮蠹线粒体DNA细胞色素氧化酶C亚基Ⅰ基因(COⅠ),并采用简约法和贝叶斯推论法构建了斑皮蠹的分子进化树。序列比对分析得到365 bp大小的COⅠ基因片段,其中可变异位点182个(49.9%),保守位点174个(47.7%),转换/颠换的平均值(R值)为0.9,说明此段序列适合于分子进化树。利用不同系统发育重建方法得到的进化树具有相似的拓扑结构,同时结合形态学分类特征对斑皮蠹属昆虫的分子系统进化关系进行探讨。研究显示分子结果与形态分类结果相似。利用COⅠ基因构建的斑皮蠹系统发育树是探讨斑皮蠹系统学的有效方法。     

应用线粒体 DNA 序列探讨羚牛分类地位

为探讨羚牛分类学地位,应用聚合酶链式反应(PCR)扩增了羚牛、绵羊、山羊和斑羚(青羊)线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b基因(Cyt b gene),并测序,结合GenBank检索序列,对9种偶蹄类动物、1种奇蹄类动物Cyt b gene序列差异进行分析,构建了分子系统树(最优NJ树和唯一MP树)。通过本研究分析表明羚牛与羊亚科动物亲缘关系最近,将羚牛归入羊亚科较为合理。     

Entwicklungsgeschichte und Ultrastruktur von Pollenkitt und Exine bei nahe verwandten entomophilen und anemophilen Angiospermensippen derAlismataceae,Liliaceae, Juncaceae,Cyperaceae, Poaceae undAraceae

Some closely related members of the monocotyledonous familiesAlismataceae, Liliaceae, Juncaceae, Cyperaceae, Poaceae andAraceae with variable modes of pollination (insect- and wind-pollination) were studied in relation to the ultrastructure of pollenkitt and exine (amount, consistency and distribution of pollenkitt on the surface of pollen grains). The character syndromes of pollen cementing in entomophilous, anemophilous and intermediate (ambophilous or amphiphilous) monocotyledons are the same in principal as in dicotyledons. Comparing present with former results one can summarize: 1) The pollenkitt is always produced in the same manner by the anther tapetum in all angiosperm sub-classes. 2) The variable stickiness of entomophilous and anemophilous pollen always depends on the particular distribution and consistency of the pollenkitt, but not its amount on the pollen surface. 3) The mostly dry and powdery pollen of anemophilous plants always contains a variable amount of inactive pollenkitt in its exine cavities. 4) A step-by step change of the pollen cementing syndrome can be observed from entomophily towards anemophily. 5) From the omnipresence of pollenkitt in all wind-pollinated angiosperms studied one can conclude that the ancestors of anemophilous angiosperms probably have been zoophilous (i.e. entomophilous) throughout.

     

Identification and Characterization of the First Equine Parainfluenza Virus 5

正Dear Editor,Parainfluenza virus 5 (PIV5), known as canine parainfluenza virus in the veterinary field, is a negative-sense,nonsegmented, single-stranded RNA virus belonging to the Paramyxoviridae family (Chen 2018). The virus was first reported in primary monkey kidney cells in 1954 (Hsiung1972), then it has been frequently discovered in various     

Pathogenic Characterization and Full Length Genome Sequence of a Reassortant Infectious Bursal Disease Virus Newly Isolated in Pakistan

<正>Dear Editor,Infectious bursal disease (IBD) is one of the most important diseases of the poultry. The IBD virus (IBDV), a nonenveloped virus belonging to the Birnaviridae family with a genome consisting of two segments of double-stranded RNA (segments A and B), targets B lymphocytes of bursa of Fabricious leading to immunosuppression. In Pakistan,poultry farming is the second biggest industry and IBD is the second biggest disease threating the poultry sector.However, there is limited genome information of IBDV     

Mink Circovirus Can Infect Minks,Foxes and Raccoon Dogs

正Dear Editor,Mink circovirus (MiCV), which is clustered in the genus Circovirus of the family Circoviridae, was first described in minks from farms in Dalian, China in 2013 (Lian et al.2014). The complete single-stranded circular genome of the virus is 1,753 nucleotides long and contains two major open reading frames (ORFs), designated ORF1 (Rep gene)and ORF2 (Cap gene)(Lian et al. 2014; Ge et al. 2018).Sequence analysis has shown that MiCV is most closely     

CypA Regulates AIP4-Mediated M1 Ubiquitination of Influenza A Virus

Cyclophilin A (CypA) is a peptidyl-prolyl cis/trans isomerase that interacts with the matrix protein (M1) of influenza A virus (IAV) and restricts virus replication by regulating the ubiquitin–proteasome-mediated degradation of M1. However,the mechanism by which CypA regulates M1 ubiquitination remains unknown. In this study, we reported that E3 ubiquitin ligase AIP4 promoted K48-linked ubiquitination of M1 at K102 and K104, and accelerated ubiquitin–proteasome-mediated degradation of M1. The recombinant IAV with mutant M1 (K102 R/K104 R) could not be rescued, suggesting that the ubiquitination of M1 at K102/K104 was essential for IAV replication. Furthermore, CypA inhibited AIP4-mediated M1 ubiquitination by impairing the interaction between AIP4 and M1. More importantly, both the mutations of M1 (K102 R/K104 R) and CypA inhibited the nuclear export of M1, indicating that CypA regulates the cellular localization of M1 via inhibition of AIP4-mediated M1 ubiquitination at K102 and K104, which results in the reduced replication of IAV.Collectively, our findings reveal a novel ubiquitination-based mechanism by which CypA regulates the replication of IAV.