SCAR标记技术鉴别榆黄蘑品种

为了建立一套基于DNA分子标记技术快速鉴定榆黄蘑菌株的有效方法,本研究通过对生产上常用的16个榆黄蘑菌株进行SRAP多态性分析,从榆黄蘑2号菌株中扩增获得了一个片段长为537bp的特异片段,将其克隆、测序并设计引物,成功转化为稳定的SCAR标记。试验结果表明,利用该特异SCAR标记,能在1d时间内准确鉴定出榆黄蘑2号菌株。由此可见,SCAR分子标记是一种快速、稳定、准确鉴定榆黄蘑菌株的新方法。     

黑木耳Au185菌株一个SCAR标记的建立

在对60个供试黑木耳菌株RAPD指纹图谱进行分析的基础上获得了黑木耳菌株Au185的RAPD特异性标记,将其克隆、测序,应用Primer5.0软件设计相应的特异引物对SC38-1,将RAPD特异性标记转化为黑木耳菌株Au185的稳定方便的SCAR标记,可快速、准确地鉴定出黑木耳菌株Au185。     

耐盐绒毛白蜡特异性SCAR分子标记的鉴定

该研究以耐盐型和盐敏感型绒毛白蜡及其F1代为材料,采用混合品系分析法进行RAPD分析。结果显示:在随机选取的150个10碱基随机引物中,仅有引物S20在耐盐基因池和盐敏感基因池间扩增出特异而可重复的592bp的多态性片段,命名为S20-592。获得的RAPD标记S20-592经克隆、测序、重新设计一对特异性引物转化成更稳定的SCAR标记。通过F1代个体验证,耐盐型个体均能扩增出此差异条带而盐敏感型个体中不能扩增出此差异条带,证明该SCAR标记的特异引物可用于耐盐绒毛白蜡物种的快速分子鉴定。     

谭清苏铁性别连锁的RAPD和SCAR分子标记

利用RAPD(Random amplified polymorphicDNA)分子标记技术,寻找谭清苏铁(Cycas tanqingii)中与性别相关的分子标记,筛选了160个10bp的随机引物,产生了2500多个RAPD条带。只有引物S0465(CCCCGGTAAC)产生了一条大约500bp的雌性特异RAPD标记,该分子标记出现在所有的供试雌性植株中,而所有的供试雄性植株都不具有该标记。对该特异片段进行了克隆和序列测定,并根据序列分析结果将RAPD标记转化为重复性和特异性更好的特异特征序列扩增区域(SCAR)分子标记,并命名为STQC-S465-483。分子标记的建立可用于谭清苏铁幼苗性别的早期鉴定,为谭清苏铁就地保护和迁地保护提供技术支持。     

芽孢杆菌TS02特异RAPD标记的SCAR标记转化和验证

利用自主分离的蜡状芽孢杆菌菌株TS02, 采用RAPD方法对TS02及其同源性相近的5株芽孢杆菌(地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、短小芽孢杆菌) 进行了RAPD条带特异性分析, 从TS02基因组中筛选获得了一个533 bp的特异RAPD标记TSR1。TSR1克隆、测序后, 根据其序列设计出一对特异引物P1/P2进行扩增, 结果只在TS02中扩增得到目的片段, 而其余对照菌株扩增为阴性, 从而证明试验得到了在种水平上对该菌种进行准确鉴定的特异SCAR标记。     

芽孢杆菌TS02特异RAPD标记的SCAR标记转化和验证

利用自主分离的蜡状芽孢杆菌菌株TS02,采用RAPD 方法对TS02及其同源性相近的5株芽孢杆菌(地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、短小芽孢杆菌)进行了RAPD条带特异性分析,从TS02基因组中筛选获得了一个533 bp的特异RAPD标记TSR1.TSR1克隆、测序后,根据其序列设计出一对特异引物P1/P2进行扩增,结果只在TS02中扩增得到目的片段,而其余对照菌株扩增为阴性,从而证明试验得到了在种水平上对该菌种进行准确鉴定的特异SCAR标记.     

香菇135菌株特异SCAR标记在其原生质体单核中的分布

以香菇保藏菌种庆元135以及庆元出菇的135新鲜子实体组织分离得到的菌丝为材料制备原生质体,分别获得58和83个原生质体单核体;经交配型鉴定后,用已获得的135特异SCAR引物对单核进行PCR扩增,统计SCAR条带的分布。结果显示:原生质体单核体分为A1B1和A2B2两种交配型,而特异条带仅存在于后者中,证明135特异SCAR标记是稳定遗传的,也为鉴定以带标记核为亲本之一的杂交后代提供了依据,这就进一步拓宽了分子标记应用于菌株鉴定的适用范围。     

香菇135菌株特异SCAR标记在其原生质体单核中的分布

以香菇保藏菌种庆元135以及庆元出菇的135新鲜子实体组织分离得到的菌丝为材料制备原生质体，分别获得58和83个原生质体单核体；经交配型鉴定后，用已获得的135特异SCAR引物对单核进行PCR扩增，统计SCAR条带的分布。结果显示：原生质体单核体分为A1B1和A2B2两种交配型，而特异条带仅存在于后者中，证明135特异SCAR标记是稳定遗传的，也为鉴定以带标记核为亲本之一的杂交后代提供了依据，这就进一步拓宽了分子标记应用于菌株鉴定的适用范围。     

卡瓦胡椒SCAR标记的研究

目的：采用6份卡瓦胡椒材料、21份栽培胡椒和野生胡椒材料、1份不同属的草胡椒材料共计28份试验材料,开发1对特异SCAR引物。方法：在对它们进行了RAPD研究的基础上,通过克隆、测序和引物设计进行了SCAR分子标记研究。结果：本研究开发了1对特异SCAR引物P10．1和P10．2,用这对特异引物对本次试验的28份材料进行PCR扩增,结果显示,6份卡瓦胡椒材料扩增出了三条带,三条带离的较近,中间一条为预期494bp特异片段。其它胡椒属材料均扩增出一条494bp的特异带,而不同属的草胡椒无任何扩增。结论：这说明引物P10．1和P10．2适用于卡瓦胡椒的分子鉴定(三条带),也可用于胡椒属植物的分子鉴定(一条带),这对卡瓦胡椒种质资源的真伪鉴定及胡椒属植物的分子分类有一定帮助。     

香菇135菌株特异SCAR标记在其原生质体单核中的分布

以香菇保藏菌种庆元135以及庆元出菇的135新鲜子实体组织分离得到的菌丝为材料制备原生质体，分别获得58和83个原生质体单核体；经交配型鉴定后，用已获得的135特异SCAR引物对单核进行PCR扩增，统计SCAR条带的分布。结果显示：原生质体单核体分为A1B1和A2B2两种交配型，而特异条带仅存在于后者中，证明135特异SCAR标记是稳定遗传的，也为鉴定以带标记核为亲本之一的杂交后代提供了依据，这就进一步拓宽了分子标记应用于菌株鉴定的适用范围。     

Strain typing of Lentinula edodes by random amplified polymorphic DNA assay

Abstract Single 10-base primers were used to generate randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers in the shiitake mushroom, Lentinula edodes . Seven primers produced polymorphisms in all 15 strains tested, producing 12–19 bands ranging from 0.34 to 2.52 kb. Thirteen of the 15 strains had unique DNA fingerprints, whereas L. edodes ATCC 28759 and ATCC 28760 exhibited identical RAPD profiles for all the primers. Molecular-genetic markers obtained with the RAPD assay can be used to differentiate strains of L. edodes and have potential applications in mushroom breeding and strain improvement programs.     

Use of intersimple sequence repeats markers to develop strain-specific SCAR markers for Lentinula edodes

Although Lentinula edodes is the second most important cultivated mushroom worldwide, most industrially cultivated strains have been identified only through traditional phenotypic analysis. Here, we report for the first time the use of sequence characterized amplified region (SCAR) markers for strain differentiation. SCAR markers were created by first generating and sequencing single intersimple sequence repeats fragments, and then designing primers based on these sequences to amplify strain-specific fragments of a certain size. One SCAR primer pair, ISL450F/R7 (amplifying a band of c. 450 bp), was designed to identify one strain of L. edodes (strain No. 7). The SCAR primer pair was then used to correctly amplify the single unique fragment from DNA samples taken from a total of 85 strains representing three separate species. Our data provide the foundation for a precise and rapid PCR-based strain-diagnostic system for L. edodes.     

香菇空间诱变突变体的分子生物学鉴定研究

香菇Cr04菌株经空间诱变后从中筛选出了农艺性状明显改善的突变菌株Cr04DZ。本研究用RAPD和AFLP技术对Cr04DZ与其地面对照菌株Cr04进行了DNA指纹分析,找出了它们之间的DNA多态性,从而从分子水平上证实了香菇经空间诱变后遗传物质发生了变化。此外,还比较了AFLP与RAPD检测香菇DNA多态性的效率,优化了对食用菌进行RAPD与AFLP分析的反应条件。通过对Cr04DZ及其对照株Cr04的RAPD及AFLP分析,筛选出了突变体的3个RAPD及29个AFLP多态性产物,已完成了3个AFLP产物的克隆。     

香菇空间诱变突变体的分子生物学鉴定研究*

香菇Cr04菌株经空间诱变后从中筛选出了农艺性状明显改善的突变菌株Cr04DZ。本研究用RAPD和AFLP技术对Cr04DZ与其地面对照菌株Cr04进行了DNA指纹分析,找出了它们之间的DNA多态性,从而从分子水平上证实了香菇经空间诱变后遗传物质发生了变化。此外,还比较了AFLP与RAPD检测香菇DNA多态性的效率,优化了对食用菌进行RAPD与AFLP分析的反应条件。通过对Cr04DZ及其对照株Cr04的RAPD及AFLP分析,筛选出了突变体的3个RAPD及29个AFLP多态性产物,已完成了3个AFLP产物的克隆。     

SCAR Makers and Multiplex PCR-Based Rapid Molecular Typing of Lentinula edodes Strains

Lentinula edodes is the second most important cultivated mushroom worldwide, the most commercial strains have been identified only through traditional phenotypic analysis. In this study, a simple rapid PCR-based molecular method was developed for distinguishing commercial strains of L. edodes by developing specific sequence characterized amplified region (SCAR) markers and establishing multiplex PCR assays with the SCAR primers. Derived from the randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) and sequence-related amplified polymorphism (SRAP) techniques, 10 informative SCAR markers were generated from 10 polymorphic RAPD and SRAP bands. The differences in SCAR phenotypes among different strains made these SCAR markers potentially useful to characterize 6 strains and identify them from other studied strains. Moreover, different SCAR phenotypes also made the other 17 studied strains to be divided into four distinguishable groups. The multiplex PCR assays were further established for the joint use of some SCAR markers efficiently. Compared with some identification methods reported previously, the special feature of this new molecular method is technically rapid and convenient in the practical use and suitable for analyzing large numbers of samples. Thus, the simple rapid PCR-based molecular method can be used as a helpful assistant tool for the lentinula industry. To our knowledge, this study is the first to describe a development of a new SCAR maker-based multiplex PCR assay for rapid molecular typing of edible mushroom.     

香菇菌株分子鉴别技术的分辨率比较

本研究运用酯酶同工酶、RAPD、IGS1和IGS24种方法鉴别2个野生香菇菌株和19个栽培香菇菌株,并比较这4种鉴别方法的分辨率,结果表明:16条酯酶同工酶带中有15条具有多态性,将21个供试菌株分成11个类型,分辨率为0.92;10个随机扩增引物共扩增出86个DNA片段,其中95.3%具有多态性,将21个供试菌株分成16个类型,分辨率为0.97;IGS1将21个供试菌株分成7个类型,分辨率为0.81;IGS2将21个供试菌株分成7个类型,分辨率为0.73。这4种鉴别方法中RAPD的分辨率最高,与这4种鉴别方法的综合分析结果相同,因此RAPD可以作为香菇菌株鉴别的可靠依据。     

用ITS和ISSR分子标记技术鉴别香菇生产用种

通过选用香菇生产中存在名称争议或者名称相近或者同一名称但长期在不同地区栽培的12株香菇生产菌株,以及用于种水平对比的豹皮香菇Lentinuslepideus和虎皮香菇Lentinustigrinus的4个菌株,共16个菌株作为供试材料,进行ITS和ISSR遗传分析,并用RAPD技术验证试验结果。结果证明,不同种的ITS长度存在差异,再次证明ITS可以有效区别种之间的菌株;在ISSR的菌株水平分析中,香菇种内材料拥有两个共同的条带,与其他两种菌株的带型图谱有着明显差异,其中5对材料的带型图谱极为相近。RAPD验证结果与上述结果相近。由此可见,结合ITS与ISSR技术是可以用作香菇生产菌株鉴别的,这为ITS和ISSR分子标记技术推广应用于香菇生产菌株的快速准确鉴别提供了技术依据。     

香菇新菌株选育

采用香菇135双核体秋水仙碱(C22H25NO6)诱变及香菇K303单核体秋水仙碱诱变的菌株388B1与香菇JL-2双核体杂交(单×双)的方法,成功地获得了优良的诱变菌株(编号为K05)和杂交菌株(编号为K48)。经拮抗试验、酯酶同工酶、分子标记等多种方法鉴定和栽培试验证明,诱变、杂交菌株为有别于出发菌株和亲本菌株的新菌株;3年的栽培比较试验结果表明:新菌株比当地主栽香菇135、939高产,K05比135每筒平均增产28.5%,K48比939每筒平均增产10.7%,产量生物学统计显示增产显著;经济性状考评为优质,菌柄短、菇形圆整。该研究成果不仅有望满足菇农对香菇新菌株的需求,而且可为香菇育种提供新的途径。