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相似文献
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1.
微卫星的构成及其检测技术   总被引:11,自引:0,他引:11  
微卫星标记是近几年来发展起来的一种新型分子标记,由于其具有检测方便,多态性高、共显性遗传、符合孟德尔遗传定律、重复性好等优点,所以在动物遗传育种中作为标记辅助选择的手段日益得到广泛关注。试就微卫星的构成及特点、以及检测技术及应用作一综述,旨在为该技术的推广应用提供理论依据。  相似文献   

2.
微卫星DNA与生化标记分析对长爪沙鼠群体遗传分析的比较   总被引:1,自引:1,他引:0  
目的比较生化标记和微卫星DNA标记方法对长爪沙鼠群体遗传分析的可靠性。方法应用27个生化位点和13个微卫星DNA位点,采用已建立的生化标记和微卫星DNA标记分析方法对国内2个长爪沙鼠群体进行遗传分析,计算并比较两种方法测得的各群体遗传参数。结果生化基因位点中有13个位点在整体中呈现遗传多态性,多态率为48.1%;微卫星位点中有11个位点在整体中表现出多态性,多态率均为84.6%。两种方法测得的平均有效等位基因数趋于一致,微卫星DNA的多态位点百分率和平均杂合度均明显高于生化标记方法。但生化标记和微卫星DNA检测对两个长爪沙鼠群体的遗传多样性差异反映一致,所反映的群体平衡状况也基本一致。结论生化标记分析和微卫星DNA方法均可较好地反映长爪沙鼠群体遗传结构。  相似文献   

3.
微卫星DNA及其PCR技术的进展   总被引:11,自引:0,他引:11  
微卫星DNA是一种最常见的重复序列之一,具丰富的多态性,高度杂合性、重组率低等优点,是一种较好的DNA多态标记。本着重介绍了微卫星DNA的特点,其PCR技术新进展及出现的问题。  相似文献   

4.
长江中上游两个鲢群体遗传变异的微卫星分析   总被引:9,自引:0,他引:9       下载免费PDF全文
王长忠  梁宏伟  邹桂伟  罗相忠  李忠  田华  呼光富 《遗传》2008,30(10):1341-1348
对长江中上游2个鲢群体使用39个微卫星标记进行了遗传多样性分析, 计算并统计了平均观测等位基因数、平均有效等位基因数、多态信息含量、遗传杂合度、Hardy-Weinberg平衡偏离指数、遗传相似系数、遗传距离等遗传参数。结果表明: 万州鲢和监利鲢群体所检测微卫星位点的平均观测等位基因数分别为6.128和4.974; 平均有效等位基因数分别为4.107和3.395; 多态位点百分率分别为100和94.87; 39个微卫星标记共有等位基因259个, 173个等位基因为两群体所共有; 多态微卫星位点的PIC在0.077~0.865之间变动,平均为0.617; 两群体所检测位点平均观测杂合度为0.834和0.775, 平均期望杂合度为0.713和0.623; 两个群体间的遗传相似系数为0.618, 群体间的遗传距离为0.482。结果显示长江中上游两个鲢群体间存在显著遗传分化, 应隶属于不同的种群。  相似文献   

5.
利用17个微卫星标记分析鳙鱼的遗传多样性   总被引:23,自引:5,他引:18  
选用本实验室克隆的17个鳙鱼微卫星分子标记分析四川泸州和江西鄱阳湖的两个种群鳙鱼的遗传多样性及种质特性,计算和统计了杂合度、多态信息含量(PIC)、有效等位基因数、等位基因频率、遗传距离、遗传相似系数、Hardy-Weinberg平衡偏离指数等方面内容。结果表明:选择使用17个微卫星标记,其中有4个为单态标记,13个为多态标记。江西和四川鳙鱼群体每个微卫星位点的平均等位基因数分别为3.325及3.882,平均有效等位基因数分别为3.531及2.676,多态位点百分率分别为82.4及70.5, 17个微卫星标记共有等位基因71个,多态微卫星位点的PIC在0.114~0.960之间变动,平均为0.417 ,两群体位点平均观测杂合度为0.385和0.452,平均期望杂合度为0.360和0.422,两个群体间的遗传相似系数为0.897,群体间的遗传距离为0.109。  相似文献   

6.
微卫星分子标记在基因组中具有含量丰富、多态性、共显性和易于检测等优点,是动物遗传育种应用中一种重要的分子标记技术。随着科学技术的飞速发展,微卫星标记的研究方法也日新月异:生物信息学技术的兴起使得微卫星位点的获得越来越方便;高通量测序技术的成熟使得开发新微卫星标记更加简单高效;自动化的序列分析仪器使得微卫星DNA的检测越来越快速准确;同时微卫星标记的应用范围也越来越广泛,其功能的开发正逐渐从刚开始的个别位点研究转变到全基因组微卫星分析。本研究简单介绍了微卫星分子标记的特点,重点综述了目前微卫星分子标记的获得、开发和筛选方法,及其在动物遗传育种中的应用,将为微卫星分子标记的研究提供理论支持。  相似文献   

7.
梅花鹿3个种群遗传多样性的微卫星标记分析   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
利用16个微卫星标记对黑龙江省部分地区(兴凯湖农场、大庆市银浪牧场、五大连池大庆农场鹿苑)的3个梅花鹿(Cervus nippon)群体进行了遗传多样性检测.统计了3个鹿群的等位基因组成、平均有效等位基因数(Ne)、平均遗传杂合度(h)和多态信息含量(PIC).结果表明,除5个位点外,其余11个微卫星位点均表现出不同的多态信息含量,其中高度多态位点5个,中度多态位点4个.这说明本研究所选用的微卫星位点可较准确地评估3个梅花鹿群体的遗传多样性,并为今后相关研究筛选出了有价值的引物.3个梅花鹿群体的平均h在0.454~0.636之间变动,其中兴凯湖梅花鹿群体最高,为0.636,具有较大的遗传潜力.  相似文献   

8.
用微卫星标记评估红尾鲃的种群结构   总被引:3,自引:0,他引:3  
本文检测了三种鲤科鱼的 1 6对微卫星引物在红尾中的适用性 ,其中 6对引物可以成功扩增 ,且 5个位点具有多态性。对采自两条不同河流的标本 ,通过检测这些多态微卫星位点的遗传变异情况 ,评估了它们在红尾种群结构分析的适合性。结果显示这 5个多态位点在上述两个样本中的平均表观杂合度分别是 0 2 93和0 4 71。这两个样本显著的基因异质性表明我们所确定的微卫星标记可用于红尾的种内遗传分化研究  相似文献   

9.
树鼩微卫星DNA的多态性研究   总被引:3,自引:2,他引:1  
目的探索并建立一种检测树鼩群体遗传多样性的方法。方法利用聚合酶链反应(PCR)扩增技术对30只树鼩个体的11个微卫星位点进行了遗传检测。结果所选的11个微卫星DNA位点中,有9个具有高度多态性,2个微卫星DNA位点多态性较差。结论所研究的树鼩微卫星位点中,有9个符合遗传标记特点,可用于检测树鼩群体的遗传多样性。  相似文献   

10.
运用20对微卫星引物对来自中国广东省的92份沙皮犬血液样品(骨嘴型沙皮犬21只,骨肉嘴型沙皮犬29只,肉嘴型沙皮犬42只)进行了遗传背景的检测。结果表明,20个多态性微卫星座位共检测到272个等位基因,平均每个座位为13.6个。中国沙皮犬群体的平均杂合度为0.8259,所有微卫星标记座位的多态信息含量(PIC)在0.5352到0.9226之间,说明中国沙皮犬群体存在较为丰富的遗传多样性。遗传距离和聚类分析结果显示,3种类型沙皮犬之间已产生了一定的遗传分化。上述结果为中国沙皮犬细分为不同的品系以及澄清中国沙皮犬种质资源的混乱状况提供了理论依据。  相似文献   

11.
Reduced, or bottlenecked, populations are more prone to adverse events. Thus, the detection of genetic bottleneck signatures in wildlife is an important issue for conservation. BOTTLENECK 1.2.02 is a software commonly used for detecting genetic characteristics of past bottlenecks. Here we test the efficiency with which this software detects bottlenecks in two koala populations of known history. The sign test performed well for both populations, particularly under the infinite alleles model for mutation. This suggests this model could be the more realistic for marsupial microsatellites than other mutation models. Under the allele frequency distribution test, the two populations falsely appeared to be at mutation/drift equilibrium. However, this test could detect the bottleneck when only imperfect repeat microsatellites were included in the analysis. We thus recommend further investigation of imperfect repeat microsatellites, which could be more powerful for bottleneck detection. These results underline the cautious approach researchers and conservationists should take when studying the past of unknown populations.  相似文献   

12.
BackgroundOpportunistic infections are an increasingly common problem in hospitals, and the yeast Candida parapsilosis has emerged as an important nosocomial pathogen, especially in neonatal intensive care units (NICUs) where it has been responsible for outbreak cases. Risk factors for C. parapsilosis infection in neonates include prematurity, very low birth weight, prolonged hospitalization, indwelling central venous catheters, hyperalimentation, intravenous fatty emulsions and broad spectrum antibiotic therapy. Molecular methods are widely used to elucidate these hospital outbreaks, establishing genetic variations among strains of yeast.AimsThe aim of this study was to detect an outbreak of C. parapsilosis in an NICU at the “Hospital das Clinicas”, Faculty of Medicine of Botucatu, a tertiary hospital located in São Paulo, Brazil, using the molecular genotyping by the microsatellite markers analysis.MethodsA total of 11 cases of fungemia caused by C. parapsilosis were identified during a period of 43 days in the NICU. To confirm the outbreak all strains were molecularly typed using the technique of microsatellites.ResultsOut of the 11 yeast samples studied, nine showed the same genotypic profile using the technique of microsatellites.ConclusionsOur study shows that the technique of microsatellites can be useful for these purposes. In conclusion, we detected the presence of an outbreak of C. parapsilosis in the NICU of the hospital analyzed, emphasizing the importance of using molecular tools, for the early detection of hospital outbreaks, and for the introduction of effective preventive measures, especially in NICUs.  相似文献   

13.
微卫星标记在种群生物学研究中的应用   总被引:10,自引:0,他引:10       下载免费PDF全文
微卫星是以几个碱基 (一般为 1~ 6个 )为重复单位组成的简单的串联重复序列 ,具有丰度高、多态性高、共显性标记、选择中性、可自动检测等优点。本文着重介绍了微卫星在种群生物学研究中的应用。微卫星位点可以提供具高分辨率的遗传信息 ,这一特点使微卫星既适合于个体水平上的研究 ,又适合于种群水平上的研究。在个体水平上包括个体识别、交配系统和亲本分析、基因流等研究。微卫星是常用的个体识别手段 ,但在克隆植物遗传结构研究方面的应用还很有限 ;微卫星提高了交配系统和亲本分析、基因流等研究的准确性。在种群水平上微卫星可用于遗传结构、有效种群大小、种群的系统发育重建等研究。微卫星在很多物种 (包括珍稀物种 )的遗传结构研究中得到应用 ;利用微卫星标记确定有效种群大小、检测有效种群大小的波动可以促使我们正确理解种群遗传结构动态和种群进化过程 ;微卫星在种群的系统发育重建研究方面有很大的应用潜力。然而微卫星并不是研究所有问题的唯一选择。文中还讨论了在实际工作中应如何正确利用分子标记等问题  相似文献   

14.
微卫星(SSR)是以1~6个碱基为重复单位组成的简单串联重复序列,具有丰度高、多态性高、共显性遗传、选择中性和可重复性好等优点。微卫星标记技术可分为三种类型:基于杂交的SSR指纹,基于PCR的SSR指纹和单位点SSR的PCR扩增。前两者不需要知道基因组序列信息,属于多位点标记;后者则需要前期工作,属于单位点标记,即通常所指的微卫星标记。到目前为止,共在14种蚜中筛选到141个微卫星位点,并发表了相关的引物序列,这给今后的相关研究提供了丰富的共享资源。业已证明微卫星引物在邻近种之间有一定的通用性。微卫星标记严格遵守孟德尔遗传规律,已经被用来推断某些蚜虫有性生殖的情况。同种蚜虫中可能同时存在有性系和无性系,微卫星研究证明有性系比无性系有更高的遗传多样性,无性系通常表现出杂合过剩和连锁不平衡。蚜虫的迁飞规律适合用微卫星标记加以研究,已有的研究显示在具有高度迁飞特性的种类中,地理种群间的遗传分化程度低,基因频率的相似性高。存在广泛分布的相同的多位点基因型是迁飞性蚜虫的另一个重要特征。在我国,微卫星应用于蚜虫生物学研究的工作还较少,鉴于该种标记的优良特性和巨大的潜力,本文建议今后相关的研究应该首先考虑微卫星标记。  相似文献   

15.
RAPD标记与作物改良   总被引:27,自引:0,他引:27  
建立于DNA基础之上的分子标记对于作物改良和多态性研究具有重要作用。  相似文献   

16.
Microsatellites are highly polymorphic repetitive DNA segments dispersed throughout the genome and have been widely used for genetic linkage analysis and allele loss. Instability of microsatellites sequences has been linked to deficiencies in DNA mismatch repair, and is observed in a number of different tumor types. Analysis of microsatellite instability is thought to be a useful clinical tool for cancer diagnosis. Fluorescent detection of microsatellite instability using an automated DNA sequencer holds several distinct advantages over traditional radioactive analysis and electrophoresis, allowing simultaneous analysis of a number of different markers for a large number of samples, high resolution, sensitivity, and clear interpretation of data. In this article we present an established protocol, which has been used successfully to detect microsatellite instability in DNA samples from human tumors and circulating tumor DNA in serum/plasma.  相似文献   

17.
ISSR分子标记及其在植物遗传学研究中的应用   总被引:186,自引:2,他引:184       下载免费PDF全文
王建波 《遗传》2002,24(5):613-616
ISSR分子标记是在SSR标记基础上发展起来的一种新技术,其基本原理是在SSR的5′或3′端加锚1~4个嘌呤或嘧啶碱基,然后以此为引物,对两侧具有反向排列SSR的一段基因组DNA序列进行扩增。重复序列和锚定碱基是随机选择的,扩增产物经聚丙烯酰胺或琼脂糖凝胶电泳分离后,每个引物可以产生比RAPD方法更多的扩增片段,因此,ISSR标记是一种快速、可靠、可以提供有关基因组丰富信息的DNA指纹技术。ISSR标记呈孟德尔式遗传,在多数物种中是显性的,目前已广泛用于植物品种鉴定、遗传作图、基因定位、遗传多样性、进化及分子生态学研究中。 ISSR Markers and Their Applications in Plant Genetics WANG Jian-bo Key Laboratory of MOE for Plant Developmental Biology,Wuhan University,Wuhan 430072,China Abstract:Recently,inter-simple sequence repeat (ISSR) markers have emerged as an alternative system with reliability and advantages of microsatellites (SSR).The technique involves amplification of genomic segments flanked by inversely oriented and closely spaced microsatellite sequences by a single primer or a pair of primers based on SSRs anchored 5′ or 3′ with 1-4 purine or pyramidine residues.The sequences of repeats and anchor nucleates are arbitrarily selected.Coupled with the separation of amplification products on a polyacrylamide or agarose gels,ISSR amplification can reveal a much larger number of fragments per primer than RAPD.It is concluded that ISSR technique provides a quick,reliable and highly informative system for DNA fingerprinting.ISSR markers are inherited in Mendelin mode and segregated as dominant markers.This technique has been widely used in the studies of cultivar identification,genetic mapping,gene tagging,genetic diversity,evolution and molecular ecology. Key words:molecular markers; ISSR; plant;applications  相似文献   

18.
恒河猴群微卫星DNA多态性的分析   总被引:9,自引:2,他引:7  
目的 确立一种对恒河猴群个体的遗传物质进行准确可靠、快速简便的遗传检测方法。方法 利用聚合酶链反应 (PCR)扩增技术对 2 0只恒河猴群个体间进行了DNA多态性的分析。结果 筛选出 9个微卫星DNA位点具有显著多态性 ,4个微卫星DNA位点没有多态性 ,还有 2个位点等位基因数目较少。结论 利用这些多态性微卫星位点建立一种对恒河猴群个体进行有效、准备可靠、快捷简便的遗传背景监测方法。  相似文献   

19.
四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primer amplification refractory mutation system PCR,Tetra-primer ARMS PCR)技术是一种在普通PCR基础上发展起来的单核苷酸多态性(SNP)分型技术。该项技术综合了扩增受阻突变体系(Amplification refractory mutation system,ARMS)和四引物PCR(tetra-primer PCR)技术的优点,是对等位基因特异性PCR法的改良。它具有操作简便、分型快速、费用低廉等特点,在国内外生命科学领域尤其是遗传育种领域的应用越来越广泛。本文介绍了四引物扩增受阻突变体系PCR的技术原理及优势、结果检测手段和反应体系改进方法,并在此基础上对该技术在遗传育种研究中的应用进行综述。  相似文献   

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