植物基因组中微型反向重复转座元件研究进展

微型反向重复转座元件(miniature inverted repeat transposable element,MITE)是一类特殊的转座元件,在结构上与有缺失的DNA转座子相似,但具有反转录转座子高拷贝数的特点.MITE时常与基因相伴,对基因调控可能起重要作用,因此,MITE正逐渐成为基因和基因组进化及生物多样性研究的一种重要工具.本文综述了植物基因组MITE的结构、分类、活性及其应用研究进展.     

毛竹微型颠倒重复序列的鉴定及分子标记开发

MITEs(miniature inverted-repeat transposable elements)又称颠倒重复序列,是缺少转座酶序列的非自主型转座子,在真核生物基因组含量丰富,是基因组多态性形成的重要驱动力之一.该研究利用MITE Tracker软件,在毛竹(Phyllostachys edulis)新版基因...     

植物中活性MITEs转座子研究进展

MITEs(Miniature inverted-repeat transposable elements)转座子是一种特殊的转座子,其既有DNA转座子的转座特性——\"剪切-粘贴\"转座方式,又有RNA转座子的高拷贝特性。目前已被报道的MITEs种类和数量虽然很多,但是关于有转座活性的MITEs的报道却甚少。本文总结了近几年来有关活性MITEs的相关报道,发现具有转座活性的MITEs种类大都分布在Tourist家族,分别是m Ping、m Ging、Ph Tourist1、Tmi1和Ph Tst-3,另外还有Stowaway-like家族的d Tstu1和MITE-39以及Mutator家族的Ah MITE1。文中还分析了这些活性MITEs的结构(TIR和TSD)、拷贝数、进化模式以及转座特性等,为鉴定其他活性MITEs以及MITEs转座和扩增机制的研究奠定了基础。     

MITE转座子在不同甘蓝型油菜品种中的多态性研究

微型反向重复转座因子(MITE)在真核生物基因组中普遍存在,其活动能够在物种内形成丰富的多态性,在基因组进化和基因调控中均发挥重要作用。该研究利用286对不同MITE家族侧翼序列筛选的特异引物,对101个中国油菜、27个加拿大油菜和29个合成油菜品系(共157个品系)的基因组DNA进行多态性研究,以明确MITE家族的插入/缺失多态性以及在不同油菜品种之间插入的遗传多样性,进而探讨他们之间的亲缘关系。结果显示：(1)286对引物中筛选出60对条带清晰重复性高的多态性引物,多态性比例21.0%;其中Stowaway like家族和Tourist like家族特异引物的多态性比例分别为24.6%和20.0%。(2)PCR扩增结果显示,60对多态性引物对中国、加拿大、合成油菜品系的基因组DNA分别扩增出4 029、1 044、1 087条清晰可辨的条带。(3)UPGMA聚类显示,中国油菜品种间遗传相似系数在0.59~0.95,加拿大油菜品种间遗传相似系数在0.73~0.95;合成油菜品种间遗传相似系数值在0.64~0.93。研究表明,MITE在基因组中大量随机插入,形成种内丰富的多态性,利用MITE家族引物检测不同地区的油菜种质资源的多态性,可为油菜的育种找到许多尚未被开发的遗传变异。     

汉坦病毒疫苗株Z10与Z37重组核蛋白NP的表达纯化及其特异结合基因组末端反向重复序列的功能研究

汉坦病毒是引起肾综合征出血热(HFRS)和汉坦病毒型肺炎综合征(HPS)的主要病原体.其基因组由三节段的单股负链RNA组成,即S、M与L基因片段.汉坦病毒基因组的一个重要特点是每个基因片段的两个末端都有一段长18个核苷酸的高度保守的反向重复序列,互补可形成双链发夹结构,并且这一特点为不同型病毒所共有.为了研究该基因组末端保守的反向重复序列的功能,首先构建了汉坦病毒中国疫苗株Z10(汉滩型)及Z37(汉城型)的核蛋白原核表达载体,并在大肠杆菌中高效表达.经NI-NAT亲和柱和HiPrep16/10 DEAE离子交换柱液相色谱(FPLC)二步提纯,获得高纯度的重组核蛋白,并分别以胰蛋白酶消化后,用Western blotting进行区分和鉴定.以T4 DNA激酶同位素标记一对人工合成互补的18个核苷酸反向重复序列,制备双链探针.然后将该探针与纯化的Z10、Z37株的核蛋白NP进行非变性凝胶电泳迁移改变实验(EMSA)后发现,重组的Z10、Z37株的核蛋白NP,在体外均可特异地结合其基因组末端反向重复序列形成的双链探针.该结果表明,汉坦病毒基因组末端的反向重复序列是核蛋白重要结合位点,这对理解汉坦病毒核蛋白功能以及病毒复制过程中病毒粒子的包装机制有重要的意义.     

牛泡沫病毒长末端重复序列在大肠杆菌中的启动子功能

泡沫病毒具有复杂的基因组结构,包含典型反转录病毒共有的长末端重复序列(long terminal repeat,LTR)启动子,负责起始结构基因gag、pol、env的表达,并在env基因内部存在独有的内部启动子(internal promoter,IP)[13],用以起始下游反式作用因子Tas(在BFV中称Borf-1)的表达.有报道劳斯肉瘤病毒(rous sarcoma virus,RSV)和人免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)LTR可在E.coli中起始基因表达[4,7].泡沫病毒至今未见报道.     

银新杨中与DRE元件结合的转录因子的克隆及鉴定分析

DREB类转录因子特异地与DRE元件结合,在植物感受非生物逆境(干旱、高盐和低温)胁迫时,激活一系列逆境应答基因的表达。我们选用银新杨(Populus alba×P. alba var. pyramidalis)为材料,通过PCR和同源EST搜索的方法克隆得到了一个类DREB的基因,命名为PaDREB2。酵母单杂交实验表明,该基因编码的蛋白能特异地与DRE元件结合并激活下游报告基因的表达。用RT-PCR的方法研究了PaDREB2的表达模式,结果表明PaDREB2受低温、干旱和高盐的胁迫诱导。     

湖南鱼类新纪录2种

湖南壶瓶山国家级自然保护区位于洞庭湖区澧水第二大支流渫水的上游区域,其鱼类地理区系属于华东区江淮亚区（李思忠,1981）。2007年8月～2008年6月,作者在不同季节对该区鱼类资源进行了全面调查,     

拟南芥鼠李糖合成酶基因AtRHM1启动子区葡萄糖应答调控元件的鉴定

植物中,UDP-L-鼠李糖是细胞壁骨架的主要成分,由鼠李糖合成酶催化底物UDP-α<,-D->葡萄糖合成.本实验从拟南芥基因组中分离了鼠李糖合成酶基因AtRHM1 1058bp的启动子序列并对启动子5'端进行了不同长度的缺失.将全长启动子及不同缺失启动子与GUS报告基因进行融合后转化野生型拟南芥,获得了一系列转基因植株.启动子缺失分析结果表明,AtRHM1基因在转录水平上受葡萄糖的诱导,参与葡萄糖应答反应的顺式调控元件位于启动子的-931 bp～-752bp区域.     

丹江口水库三种鲤科鱼类寄生木村小棘吻虫的季节动态

作者于2004年2月至2005年2月调查了丹江口水库木村小棘吻虫Micracanthornhynchina motomurai(Harada,1935)感染三种小型经济鲤科鱼类--马口鱼(Opsariichthys uncirostris)、宽鳍(鱼鼠)(Zacco platypus)和油(粲鱼)(Hemiculter bleekeri bleekeri)的季节动态情况.在感染率和感染丰度方面,寄生于马口鱼和油(鱼鼠)的木村小棘吻虫呈现出显著的季节变化:秋冬季节感染率和感染丰度都比较高,而春夏季节比较低;与此不同的是,寄生于宽鳍(鱼鼠)中的木村小棘吻虫则全年都维持着较稳定的感染水平;木村小棘吻虫种群在三种宿主体内的总体感染丰度差异显著,但都呈聚集分布,三者的方均比与感染率和感染丰度之间无显著相关关系.     

紫杉醇产生菌HQD33的鉴定

通过对紫杉醇产生菌HQD33的群体形态和菌丝、分生孢子梗、产孢细胞、分生孢子等个体形态的研究,确定了HQD33的分类地位,为树状多节孢.     

细菌分解代谢转座子研究

近年来 ,随着人工合成化学物质大量进入环境 ,现已在环境中发现了新的适应性的细菌对有机污染物的代谢机制。许多分解代谢基因与插入元件或转座子相连 ,因此 ,分解代谢基因可以在细菌间快速传播。这种快速传播有利于新的降解途径的产生。因此 ,这种代谢全能性可以被开发并在生物修复污染环境中起到关键作用     

犬腺病毒基因组缺失VA RNA编码区的发现

将两株１型犬腺病毒（Ｃａｎｉｎｅ ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓ ｔｙｐｅ １,ＣＡｄｌ）ＤＮＡ片段（２９￣４０ｍ．ｕ．）和两株２型犬腺病毒（ＣＡｄ２）ＤＮＡ片段（２８￣４４ｍ．ｕ．）,分别克隆到质粒ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ ＳＫ中。经核苷酸序列测定和计算机分析表明,在上述克隆片段内,两株ＣＡｄｌ（ＣＬＬ和Ｇｌａｘｏ）的序列相同,两株ＣＡｄ２（Ｔｏｒｏｎｔｏ和Ｃｈｉｎａ）的序列也相同;ＣＡｄ１与ＣＡｄ２具有９     

不同样本中甲螨的分离方法

采用电热分离法、清水漂浮法和振动分离法对不同样本中甲螨的分离时间、数量,样本的放置时间及电热分离所用热光源作了比较,结果证明,分离土壤甲螨时,土壤放置7d与立即分离所获甲螨数无差别,少量土样宜用清水漂浮法,大量土样宜用电热分离法,而植被样本宜用振动分离法。     

离体条件下鱼对灭幼脲的代谢

实验选用甘氨酸－氢氧化钠（ｐＨ９±０．０１）缓冲溶液,草鱼或鲤鱼肝脏匀浆液经低速离心后取上清液作为酶,反应系统中加入ＣＣＵ后在２５℃保温５ｈ,用醋酸乙酯萃取代谢产物,用ＴＬＣ对代谢产物进行分离纯化,用ＨＰＬＣ方法对代谢产物进行定性定量测定,证明有对氯苯基脲素ＣＰＵ产生。为进一步证实代谢产物为ＣＰＵ,用能给出绝对光谱定性数据的紫外检测器在一定的波长范围内,对标样及斑点中测定的组分进行扫描,从光谱学上证明了产物是ＣＰＵ。当加入专一性酯酶抑制剂后,酶活性被抑制８９－９９％,证明酯酶在ＣＣＵ的降解中起重要作用。     

SARCOMERE SIZE IN DEVELOPING MUSCLES OF A TARSONEMID MITE

The embryo of a tarsonemid mite was found to be suitable for in vivo observations of muscle development by polarization microscopy. The four dorsal muscles of the metapodosoma each contain three sarcomeres, the anterior two of which can be seen clearly. These sarcomeres can be identified and followed during much of their development. Sarcomeres are about 2.5 micra long when first detected and increase in length until they are about 10 micra long. The change in length is associated with a slow, approximately constant rate of increase in the length of the A region, and an initially slow then much more rapid increase in the length of the I band. Preceding the period when the I band elongates rapidly there is an increase in the diameter of the muscle fibers and an increase in the retardation of the A band. A, I, Z, and H bands are visible during most of these changes. The change in A band length has been interpreted in terms of the growth of the A filaments which have been observed by electron microscopy in muscles of other animals. It is suggested that the exceptionally long sarcomeres in this mite result from the early fixing of the number of sarcomeres in a given muscle fiber.     

人类Y染色体长臂异染色质区与鱼类基因组的比较分析

脊椎动物有一些共同特征,这些共有性状都是在漫长的进化历程中保留下来的,因而极具保守性.这种进化上性状的保守性反映了它们的基因组结构存在一定的保守性.人类和硬骨鱼类在进化地位上相差甚远,正因如此,它们基因组之间的保守结构才真实代表了脊椎动物进化的最本质特征.因此,以斑马鱼( Dario rerio )和河豚等鱼类模式物种与人类之间直接开展比较基因组研究是近年来的国际学术探讨热点之一(Amores et al .,1998; Meyer et al .,1998).     

川西南地区小型兽类体外寄生革螨调查报告

1987年7－10月和1988年4－11月在川西南地区共采集到鼠类体外革螨37种,1909只。本文记录了这些革螨的宿主动物、采集地以及各主动物的染螨率。主要鼠种如社鼠、大耳姬鼠、黑腹绒鼠、高山姬鼠和松田鼠的染螨率分别为49.32%、23.92%、7.45%,7.37%和4.17%。     

MATERNAL INHERITANCE OF THE CHLOROPLAST AND MITOCHONDRIAL GENOMES IN CHEILANTHOID FERNS

Molecular data from the chloroplast genome are being used to reconstruct the phylogeny and revise the problematic taxonomy of the xerically adapted cheilanthoid ferns. Chloroplast DNA based phylogenies trace maternal, paternal, or biparental lineages, depending on the mode of inheritance of the chloroplast genome, and instances of all three modes of inheritance are known in the seed plants. Evidence for biparental and uniparental inheritance in ferns has been presented, but the distinction between maternal and paternal uniparental inheritance has not been rigorously made, and the mode of inheritance in cheilanthoid ferns is completely unknown. Based on a natural hybrid population in the cheilanthoid genus Pellaea in which the maternal and paternal derivations of the hybrid are unambiguously known, restriction fragment length polymorphisms of chloroplast DNA demonstrated simple maternal inheritance of the chloroplast genome. This hybrid complex was also examined for restriction fragment length polymorphisms of its mitochondrial DNA, providing the first direct evidence that the mitochondrial genome in ferns is maternally inherited.