摄食不同饵料草鱼肠道菌群PCR-DGGE指纹图谱构建及分子鉴定

采用免培养的16S rDNA梯度凝胶电泳技术(DGGE)对摄食不同饵料(非膨化饲料组、膨化饲料组和蚕豆组)的草鱼肠道内容物细菌分析建立指纹图谱,并对主要优势条带进行了切胶克隆和测序。PCR-DGGE指纹图谱初步分析发现,非膨化饲料组、膨化饲料组和蚕豆组分别产生了19条、16条和15条可以鉴别的条带,且均有2-3条优势菌条带;非膨化饲料组样品和蚕豆组样品的DGGE指纹图谱的相似性系数为53.6%,非膨化饲料组菌群和膨化饲料组的相似性为39.4%。对PCR-DGGE指纹图谱主要条带进一步回收、克隆和测序,结果共得到25条序列,将所得到的序列在NCBI数据库中同源性分析,发现草鱼肠道内容物细菌群落主要为弧菌科、肠杆菌科和气单胞菌属细菌,其中包括14条不可培养细菌。     

喂养不同饵料对匙吻鲟和鳙消化道微生物区系的影响

为了解消化道的菌群结构及影响因素, 用PCR-DGGE技术和序列分析调查投喂鲜活饵料(BI-L)和配合饲料(BI-C)的鳙肠道菌群, 和投喂鲜活饵料(PS-L, PI-L)和配合饲料(PS-C, PI-C)的匙吻鲟胃和肠道菌群。实验共回收测序16条DGGE条带, 系统发育分析显示鳙和匙吻鲟所有待测样本的优势菌为厚壁菌门(31.25%, 5条)。其他属于-变形菌纲(-Proteobacteria)(25%, 4条)、拟杆菌门(Bacteroidetes)(12.5%, 2条)、梭杆菌门(Fusobacteria)(12.5%, 2条)、蓝藻门(Cyanobacteria)(6.25%, 1条)、放线菌门(Actinobacteria)(6.25%, 1条)、-变形菌门(-Proteobacteria)(6.25%, 1条)。不同饵料喂养的匙吻鲟肠道菌群具有较高的相似性(49%), 不同饵料喂养的鳙肠道菌群也具有较高的相似性(59%), 说明这些生态位中存在着更稳定成型的微生物群落。然而, 两组不同饵料喂养的匙吻鲟胃样本菌群之间存在相当大的差异, 表明匙吻鲟胃部菌群可能更易受到饵料的影响。     

喂养不同饵料对匙吻鲟和鳙消化道微生物区系的影响（英文）

为了解消化道的菌群结构及影响因素,用PCR-DGGE技术和序列分析调查投喂鲜活饵料(BI-L)和配合饲料(BI-C)的鳙肠道菌群,和投喂鲜活饵料(PS-L,PI-L)和配合饲料(PS-C,PI-C)的匙吻鲟胃和肠道菌群。实验共回收测序16条DGGE条带,系统发育分析显示鳙和匙吻鲟所有待测样本的优势菌为厚壁菌门(31.25%,5条)。其他属于γ-变形菌纲(γ-Proteobacteria)(25%,4条)、拟杆菌门(Bacteroidetes)(12.5%,2条)、梭杆菌门(Fusobacteria)(12.5%,2条)、蓝藻门(Cyanobacteria)(6.25%,1条)、放线菌门(Actinobacteria)(6.25%,1条)、β-变形菌门(β-Proteobacteria)(6.25%,1条)。不同饵料喂养的匙吻鲟肠道菌群具有较高的相似性(49%),不同饵料喂养的鳙肠道菌群也具有较高的相似性(59%),说明这些生态位中存在着更稳定成型的微生物群落。然而,两组不同饵料喂养的匙吻鲟胃样本菌群之间存在相当大的差异,表明匙吻鲟胃部菌群可能更易受到饵料的影响。     

鲎素抗菌肽饲喂小鼠对小鼠肠道微生物菌群的影响

目的应用PCR和DGGE技术分析饲喂鲎素对小鼠粪样细菌区系变化的影响。方法将健康21日龄清洁级KM小鼠,随机分为4个处理,分别饲喂生理盐水、合成鲎素、抗生素和益生菌。粪样细菌16SrDNA的V6-V8可变区经PCR扩增,扩增产物经DGGE电泳后再进行相似性分析。切下9条DGGE胶中特异性条带,PCR扩增,TA克隆,测序,鉴定细菌种属。结果对照组DGGE电泳条带较多,在不同时期肠道菌群相似性均较高,相似性在73.5%～76.7%;灌胃合成鲎素和益生菌悬液组,DGGE电泳条带数和对照组比略有减少,不同处理时期肠道菌群相似性在68.1%～69.4%;灌胃抗生素组,DGGE电泳条带数明显减少,不同处理时期肠道菌群相似性在51.4%～63.0%。结论断奶小鼠在灌胃鲎素和抗生素后,肠道微生物区系和对照比发生了改变,最终形成特定的微生物区系;DGGE中特异条带的鉴定表明,灌胃鲎素可以促进粪链球菌和乳酸杆菌的生长,提高数量。     

PCR-DGGE研究微生物种群中多条带产生原因分析

鸡肠道微生物菌群经PCR-DGGE分析,回收PCR-DGGE分析胶上的一条DNA片段,回收的DNA片段再重复进行2次PCR-DGGE分析,以及分别用PCR反复循环扩增和PCR高保真酶扩增后再进行DGGE分析等方法研究PCR-DGGE分析中多条带产生原因。结果显示PCR-DGGE分析中多条带产生原因可能是作PCR扩增模板的DNA混杂有少量其他DNA片段,多条带现象不易被消除。DGGE分析胶上的DNA片段测序时,将该DNA片段回收、PCR扩增后克隆,提取多个阳性克隆菌的质粒DNA片段,分别与其原目的DNA片段进行DGGE分析,在DGGE分析胶上选取与原目的DNA片段处于同一电泳位置的质粒DNA测序,提高测序的准确性。     

应用PCR-DGGE技术研究石莼、网地藻藻际微生物多样性

应用变性凝胶梯度电泳(PCR-DGGE)技术对石莼、网地藻藻际微生物多样性进行研究,并对其进行相似性、未加权聚类分析(UPGMA)及微生物多样性(Shannon)指数分析。结果表明,PCR-DGGE图谱显示,石莼、网地藻藻际微生物DGGE图谱有着明显的差异性,具体表现在条带数及密度值的不同。Quantity one图谱分析表明:石莼藻际微生物16S r RNA基因的V3区共分离得到25条DNA片段,网地藻为16条DNA片段。DGGE相似性及未加权聚类分析表明:网地藻藻际微生物间的相似性为77.78%,石莼藻际微生物细菌群落间的相似性为49.25%。Shannon指数分析表明,石莼藻际微生物多样性指数显著高于网地藻(P0.05)。石莼藻际微生物细菌群落较网地藻丰富。     

哈尔滨城市和乡村青年居民肠道菌群多样性研究

【目的】分析居住于哈尔滨城市和乡村的青年居民肠道菌群多样性的异同。【方法】采用PCR和DGGE技术相结合的方法对生活于哈尔滨城市和乡村的青年志愿者肠道菌群多样性进行研究。基于DGGE指纹图谱,分别使用聚类和PCA分析对志愿者肠道微生物相似性进行分析,使用Shannon-Weine多样性指数(H′)、丰度(S)和均匀度(EH)对志愿者肠道微生物多样性进行分析,对图谱中具有代表性的共性和特异性条带进行胶回收和克隆测序以分析志愿者肠道微生物组成。基于PCR技术在种水平上对城乡志愿者肠道内乳杆菌属和双歧杆菌属多样性进行定性分析。【结果】相似性分析显示,城乡青年居民间肠道微生物群落结构存在分开趋势,相似性小于城市或乡村青年居民内部;多样性分析显示,城乡青年居民肠道微生物多样性差异不显著;测序结果表明,城乡居民肠道微生物组成在门水平上相同,但是在种属水平上存在差异。PCR定性分析显示Lactobacillus plantarum、L.casei和L.salivarius在哈尔滨城乡青年居民肠道内检出率接近100%,Bifidobacterium longum和B.breve的检测率约90%,在哈尔滨城乡青年居民肠道内普遍存在;乳杆菌属和双歧杆菌属各细菌种在城乡居民肠道中的检出频率差异不显著。【结论】哈尔滨城市和乡村青年居民肠道微生物多样性差异不显著。     

天鹅湖湿地微生物群落PCR-DGGE分析

为了解天鹅湖湿地微生物群落结构组成及动态变化,本研究对不同季节环境因子进行了检测,并采用PCR-DGGE技术分析了天鹅湖湿地青龙湖位点不同季节微生物群落结构多样性。环境因子检测结果表明:天鹅湖湿地p H值介于6.76~6.89之间,总氮含量范围在3.4~5.8 mg/kg,9月总氮含量最高,达到5.8 mg/kg,12月含量最低,为3.4 mg/kg。总磷含量差异不大,范围介于0.14~0.19 mg/kg,其中9月份相对较高,达到0.19 mg/kg。PCR-DGGE结果显示:3个季节样品中微生物群落结构较为健全,物种丰富度高,群落结构相似性在76.9%~89.3%之间,季节间微生物群落结构存在差异。DGGE条带测序显示湿地优势类群与α-变形菌门(Alpha Proteobacterium)相似性最高,达到98%。     

不同饵料对大口黑鲈生长性能和肠道微生物的影响

以冰鲜鱼、配合饲料和混合投喂3种饵料, 研究其对大口黑鲈(Micropterus salmoides)生长性能和肠道微生物的影响。结果表明, 在生长性能方面, 配合饲料组试验鱼的末均重、体长、增重率和特定生长率均显著低于冰鲜鱼组和混合投喂组(P<0.05), 混合投喂组最后养成规格最大, 生长速度也最快, 但与冰鲜鱼组差异不显著(P>0.05)。在肠道微生物群落的丰富度与多样性方面, 配合饲料投喂组丰富度最高, 冰鲜鱼组最低, 但冰鲜鱼组多样性最高, 配合饲料投喂组次之, 混合投喂组最低。在门级水平上, 厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteriota)、蓝藻门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidota)、浮霉菌门(Planctomycetota)、绿弯菌门(Chloroflexi)和酸杆菌门(Acidobacteriota)是大口黑鲈肠道优势菌群。属级水平上, 冰鲜鱼组的优势菌属主要为支原体属(Mycoplasma)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)及聚球菌属(Synechococcus_CC9902); 配合饲料组优势菌属为克雷伯氏菌属(Klebsiella)、罗姆布茨菌(Romboutsia)及分枝杆菌属(Mycobacterium); 混合投喂组优势菌属则是支原体属(Mycoplasma)、厌氧氨氧化菌(Candidatus_Brocadia)及罗姆布茨菌(Romboutsia)。功能预测表明, 配合饲料投喂组大口黑鲈肠道菌群在“能量生产与转化”“碳水化合物运输和代谢”“氨基酸转运与代谢”和“脂质转运与代谢”等功能类群的相对丰度最高, 而冰鲜鱼组肠道菌群在“核苷酸的转运和代谢”“辅酶运输和代谢和翻译”“核糖体结构和生物发生”等功能类群的相对丰度占优。饵料对大口黑鲈的生长、肠道菌群组成和功能都具有显著的影响。研究为大口黑鲈的配合饲料开发和健康养殖提供了理论依据。     

藏灵菇微生物种群结构的分子特性研究*

用PCR-DGGE指纹技术,研究了藏灵菇中微生物多样性及藏灵菇发酵奶发酵过程微生物种群动力学。结果表明,藏灵菇中细菌的种群结构较酵母菌的复杂,不同来源的藏灵菇中细菌种群结构的相似性为78%~84%,酵母菌种群结构的相似性为80%~92%。发酵过程中细菌种群结构变化图谱中的条带B和条带E,以及酵母菌种群结构变化图谱中的条带N贯穿于整个发酵过程,是发酵过程的优势菌。序列分析表明,细菌种群结构的DGGE图谱中的绝大多数条带与乳酸菌相对应,其中最亮条带(条带E)的序列与乳酸乳球菌的相似性为100%。     

湘江鳡仔稚鱼个体和耳石生长发育研究

2008 年6 月至7 月间于鳡(Elopichthys bambusa Richardson)的主要繁殖季节在湘江采集鳡仔稚鱼共370尾, 耳石分析表明这些仔稚鱼日龄在4-25d 间, 推算孵化日期为5 月27 日至6 月22 日。仔鱼前弯曲期向弯曲期转化时间为第6 日龄, 弯曲期向后弯曲期转化为第10 日龄, 后弯曲期向稚鱼期转化为15.5 日龄。体长生长和耳石生长均在进入后弯曲期后(12-13 日龄)出现1 个节点: 节点后体长生长速度是节点前的5 倍,节点后耳石生长速度是节点前的2 倍。早期生活史不同阶段鳡微耳石形态显著改变: 前弯曲期耳石为圆形;弯曲期耳石前后轴的生长速度明显超过背腹轴生长, 耳石也变为椭圆形; 后弯曲期耳石进一步延长, 耳石后端形成略尖的突起, 耳石呈梨形; 进入稚鱼期后, 耳石后突起变得较为平滑, 耳石形状呈贝形。耳石半径和体长的关系在后弯曲期阶段出现节点, 节点前后呈不同的直线关系。       

三种室内饲养鱼类肠道微生物群落PCR-DGGE指纹分析

以室内饲养的斑点叉尾(Ictalurus punctatus)、银鲫和异育银鲫(中科三号)(Carassius auratus gibelio)幼鱼为对象,通过PCR-DGGE指纹技术对其肠道微生物群落进行了探索研究。在三种鱼的肠道中检测到不同的PCR-DGGE指纹谱带,其中斑点叉尾的平均谱带数(7.5)相对于银鲫和异育银鲫的谱带数(分别为15和14)要少。基于PCR-DGGE指纹谱带及各谱带相对丰度的UPGMA聚类和MDS排序结果显示银鲫和异育银鲫肠道微生物相似性高,而与斑点叉尾的差异比较大;rank-abundance散点图及回归分析也显示斑点叉尾与银鲫、异育银鲫肠道微生物群落存在显著差异(P0.05),而银鲫和异育银鲫之间无显著差异(P=0.383)。在斑点叉尾肠道中检测到的菌群主要是变形杆菌,包括-变形杆菌和-变形杆菌;而银鲫和异育银鲫肠道中菌群主要包括梭杆菌属中的类群,还包括变形杆菌门中的气单胞菌属,以及一些未知的类群。以上结果均表明在所研究的三种鱼的幼鱼阶段,其肠道微生物组成在不同种类鱼中存在差异,且该差异受基因型的影响可能更大。       

维吾尔族正常黑胆质人群肠道菌群的分布情况分析

目的：了解维吾尔医学正常黑胆质人群肠道菌群分布情况、多样性并优势菌。方法：对健康人进行维吾尔医学体液分型并挑 取其中正常黑胆质人群,采集受检者粪便样品,提取总DNA,设计一对通用引物扩增16S rDNA 的V6～V8 可变区,扩增出来的 PCR产物稀释并进行变形梯度凝胶电泳DGGE,从DGGE 指纹图谱中选择条带,切胶回收、克隆、序列测定。结果：通过实验得到 了反映肠道菌群结构特征的DNA指纹图谱,从指纹图谱上选择一些特异性条带切下来回收,重新纯化扩增出来并测序,测出来 的基因序列在基因库进行比对检测相似性程度。最终用相似性程度大于95%以上的序列比对做出进化树了解菌群之间的亲缘 性。结论：正常黑胆质人群肠道菌群基因序列的亲缘性结果显示黑胆质人群肠道菌群具有丰富的多样性,其中肠道优势细菌乳酸 杆菌属GU269544.1 占优势。     

DGGE and 16S rDNA sequencing analysis of bacterial communities in colon content and feces of pigs fed whole crop rice

The effect of feeding whole crop rice (WCR) to growing-finishing pigs at three levels 0 (Control), 10% and 20% on bacterial communities in colon content and feces was analyzed using 16S rDNA-based techniques. Amplicons of the V6-V8 variable regions of bacterial 16S rDNA were analyzed by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE), cloning and sequencing. The total number of DGGE bands and Shannon index of diversity for feces samples were higher in the pigs fed WCR-containing diets compared with the control, while a decrease trend was observed in these two parameters for colon content samples with the inclusion of WCR in the diets, although statistical differences were not significant. In general, the intestinal bacterial communities were prone to form the cluster for pig fed the same diet. Feeding of WCR induced the presence of special DGGE band with the sequence showing 99% similarity to that of Lactobacillus reuteri (DSM 20016T). The sequences of seven amplicons in total nine clones showed less than 97% similarity with those of previously identified or unidentified bacteria, suggesting that most bacteria in gastrointestinal tracts have not been cultured or identified. The results suggest that the diet containing WCR did not affect the major groups of bacteria, but stimulated the growth of L. reuteri-like species.     

丹江口水库凶猛鱼集团生长特性组型的聚类分析

选择体重-体长关系W=aLb中的回归系数a和回归指数b;阶段生长参数的年增长、相对增长率、体长生长比速、生长常数、生长指标和体重的年增重、相对增重率、体重生长比速、年增积量;一般生长型的渐近体长、渐近体重、生长系数、起点年龄、拐点年龄、拐点体重、拐点瞬时增重率等18个反映鱼类生长特性的指标,运用系统聚类方法,将丹江口水库5种主要凶猛鱼组成的集团,从生长特性的差异上划分为大、中、小3个组型,并对划分结果的具体应用和鱼类集团划分的依据等问题进行了讨论。       

In Vitro and In Vivo Evaluation of the Prebiotics GroBiotic®-A, Inulin, Mannanoligosaccharide, and Galactooligosaccharide on the Digestive Microbiota and Performance of Hybrid Striped Bass (Morone chrysops × Morone saxatilis)

Two separate experiments were conducted with hybrid striped bass to evaluate four potential prebiotics: GroBiotic®-A (partially autolyzed brewer’s yeast, dairy ingredient components, and fermentation products), mannanoligosaccharide (MOS), galactooligosaccharide (GOS), and inulin. In the in vitro experiment, intestinal contents were incubated with the individual prebiotics (0.5% by weight) at 25°C for 24 and 48 h. Analysis of volatile fatty acids in the supernatant showed that GroBiotic®-A, MOS, and GOS tended to produce lower acetate levels but higher butyrate levels at 48 h compared to diet alone. However, denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) analysis failed to detect any differences in the composition of the microbial community among treatments. DNA sequencing of a common band for all inoculated samples revealed close similarity to the anaerobic Fusobacteria bacterium. An 8-week feeding trial also was conducted to evaluate the four prebiotics looking at growth performance; weight gain, feed efficiency ratio, protein efficiency ratio, whole-body ash, moisture, and lipid did not vary among fish fed the various diets. However, DGGE analysis revealed that all prebiotics produced a different type of microbial community in the intestinal tract of hybrid striped bass compared to fish fed the basal diet. Thus, GroBiotic®-A, FOS, GOS, and MOS exhibited prebiotic effects in hybrid striped bass.     

长江刀鲚体内菌群PCR-DGGE 指纹图谱及多样性比较分析

以长江刀鲚(Coilia nasus)洄游前幼鱼和洄游后成鱼为对象, 通过 PCR-DGGE 指纹技术探讨长江刀鲚菌群多样性及受洄游路径周围环境影响之后的稳定性。结果显示, PCR-DGGE 指纹谱带丰富, 共显示出70条可鉴别条带, 其中长江水体谱带数(28)高于洄游后刀鲚鳃(26)、胃(26)、肠道壁(20)、肠道内容物(21)和洄游前刀鲚鳃(21)、胃(20)、肠道壁(11)、肠道内容物(13), 洄游后刀鲚成鱼体内各对应部位菌群数显著高于洄游前刀鲚幼鱼。UPGMA 聚类和PCA 结果显示不同样品之间差异显著, 虽长江水体与洄游后刀鲚鳃、胃及肠道内容物样品在聚类图上聚为一簇, 但其菌群结构的相似度较低, 分别为43%、35%和28%。成功克隆测序其中43 条条带, 主要包含-变形菌(25.6%)、-变形菌(7%)、-变形菌(16.3%)、放线菌(25.6%)、厚菌门(9.3%)、拟杆菌(7%)、柔膜菌门(4.6%)、绿弯菌(2.3%)和未定义菌(2.3%)。以上结果表明长江刀鲚体内不同部位及其在洄游前后不同阶段, 菌群结构存在显著差异, 并受环境和宿主双层因素影响。       

Particle-attached and free-living bacterial communities in a contrasting marine environment: Victoria Harbor, Hong Kong

Diversity of particle-attached and free-living marine bacteria in Victoria Harbor, Hong Kong, and its adjacent coastal and estuarial environments was investigated using DNA fingerprinting and clone library analysis. Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) analysis of 16S rRNA genes showed that bacterial communities in three stations of Victoria Harbor were similar, but differed from those in adjacent coastal and estuarine stations. Particle-attached and free-living bacterial community composition differed in the Victoria Harbor area. DNA sequencing of 28 bands from DGGE gel showed Alphaproteobacteria was the most abundant group, followed by the Bacteroidetes, and other Proteobacteria. Bacterial species richness (number of DGGE bands) differed among stations and populations (particle-attached and free-living; bottom and surface). BIOENV analysis indicated that the concentrations of suspended solids were the major contributing parameter for the spatial variation of total bacterial community structure. Samples from representative stations were selected for clone library (548 clones) construction and their phylogenetic distributions were similar to those of sequences from DGGE. Approximately 80% of clones were affiliated to Proteobacteria, Bacteroidetes and Cyanobacteria. The possible influences of dynamic pollution and hydrological conditions in the Victoria Harbor area on the particle-attached and free-living bacterial community structures were discussed.     

长江干流和汉江的鳡鱼繁殖习性及其胚胎发育

本文报道了1961—1966年、1976—1978年和1981年在长江干流和汉江对鳡鱼的繁殖习性、产卵场的分布、产卵场的环境条件、促使产卵的外界因素和产卵规模等方面的调查研究结果。比较系统地研究了鳡鱼鱼卵、鱼苗的胚胎发育,描述了各个发育阶段的形态特征。与长江中其他产漂流性卵鱼类(特别是青鱼、草鱼、鲢和鳙)的胚胎相比较,鳡鱼具有许多明显的特点。       

呼伦贝尔草原不同退化梯度土壤细菌多样性季节变化

为了研究草地退化程度与土壤微生物多样性的关系,在呼伦贝尔草地上选取羊草草甸草原和贝加尔针茅草甸草原两个典型放牧点,按照轻度、中度和重度划分取样点,分别于6、8月份和10月份3个不同季节采集土壤样品。应用变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE)研究两个放牧地点不同退化程度、不同季节草地的细菌群落结构变化。结果表明,呼伦贝尔草地不同退化梯度的草地土壤中细菌种类较为丰富。从丰富度和Shannon-Winner指数的变化看,两个放牧点8月份丰富度和Shannon-Winner指数最高,8月份的丰富度平均为32.4,比6月和10月份分别高11%和7.4%;8月份Shannon-Winner指数平均为4.15,比6月和10月份分别高7.7%和5.4%。DGGE图谱聚类分析结果显示,随着季节变化和草地退化程度由轻至重的变化,土壤中的细菌优势种群没有受到明显的影响。回收DGGE图谱中10个条带进行测序分析,结果显示,所有序列与GenBank数据库中的相似度在87%100%之间。基于98%的相似度,可将其中的7个鉴定为Proteobacteria(变形菌门),将其中的1个鉴定为Actinobacteria(放线菌门)。另外2个同已知序列相似性较低,可能是未知的细菌。结果表明,Proteobacteria(变形菌门)为呼伦贝尔草原土壤中的优势细菌类群,尽管所选取样点草地植被有不同程度的退化,但土壤微生物优势种群并没有发生变化。