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光皮桦AFLP分子标记体系的建立 总被引:2,自引:1,他引:1
为了建立光皮桦AFLP分子标记体系,利用SDS法、常规CTAB法和CTAB-硅珠法提取光皮桦(Betula luminifera H.Wink.)嫩叶DNA,并进行检测比较.结果显示,CTAB-硅珠法更适合光皮桦基因组DNA的提取,所得在基因组DNA纯度高OD值在1.8左右,适用于AFLP分析.利用AVLP分子标记技术,采用Mse I-EcoRI酶切组合,从64个引物组合中筛选出51个带型分布均匀、多态性高且分辨能力强的引物组合.同时,通过对比实验确定了光皮桦AFLP反应的最佳模板DNA用量为300ng、酶切时间4h和预扩增产物稀释倍数30倍等,优化了相关AFLP反应体系,为今后利用AFLP分子标记技术研究光皮桦野生居群的遗传多样性分析和分子遗传图谱的构建打下坚实的基础. 相似文献
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为从突托蜡梅(Chimonanthus grammatus)叶片中提取高质量的总DNA,比较了CTAB法、改良的CTAB法、SDS法、高盐低pH值法、SDS-CTAB法、SDS-蛋白酶K法.结果表明:改良的CTAB是提取突托蜡梅基因组DNA的有效方法.以U811(GA)8C为引物,确立了适合突托蜡梅的ISSR反应体系:在20 μL反应体系(50 ng DNA、0.6 μmol/L引物、1.5 mmol/L Mg2 、0.15 mmol/L dNTPs、2.0 U Taq DNA聚合酶)中,反应程序为:94℃预变性5 min、94℃变性1 min、57.2℃退火45 s、72℃延伸2 min,循环40次,最后于72℃延伸5 min.用来自不同居群的7个个体,以100个ISSR引物进行PCR扩增,筛选出了扩增效果较好的10个引物,得到了74个位点,其中39个为多态位点,多态性位点比例为52.7%. 相似文献
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为了从成熟红麻叶片中提取高质量、高产量的基因组DNA,针对红麻成熟叶片中多糖、多酚含量较高的特性,利用改良CTAB法及改良SDS法分别提取红麻品种福红952成熟叶基因组DNA,并通过琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计测定进行DNA质量检测。结果表明:改良CTAB法提取的基因组DNA电泳时点样孔干净,条带整齐无拖带,OD260/OD280为1.9左右,产率可达1.84μg/g,其质量、产量都高于改良SDS法,所提取的DNA可用于红麻RAPD分子标记、线粒体DNA、叶绿体DNA通用引物PCR扩增。改良CTAB法是提取成熟红麻叶片DNA的有效方法,并且可用于红麻分子标记及胞质基因组学研究。 相似文献
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本研究采用改良CTAB法和SDS法提取新鲜白花丹参叶片的基因组DNA,初步筛选RAPD扩增引物。结果表明改良CTAB法提取的DNA较SDS法质量好,随机引物p2扩增条带相对较为清晰。再利用p2随机引物对2种方法提取的DNA进行RAPD检测比较,结果显示仅改良CTAB法能扩增出有效条带,说明改良CTAB法更适合用于白花丹参基因组DNA的RAPD检测分析。本文将为白花丹参叶片DNA的提取提供方法学参考。 相似文献
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降香黄檀基因组DNA的提取方法研究 总被引:2,自引:0,他引:2
目的:建立适合降香黄檀基因组DNA的提取方法。方法:采用常规SDS法、常规CTAB法和改良CTAB法等3种方法提取降香黄檀叶片基因组DNA,经电泳、吸光度、酶切检测比较提取结果;对采用改良CTAB法提取的基因组DNA进行ISSR-PCR检测。结果:改良CTAB法通过增加洗涤样品步骤,有效去除了多糖和多酚类物质,提取的DNA质量好,无降解现象,无蛋白质、盐离子及RNA污染。结论:改良CTAB法是一种高效的提取方法,使用该方法所得DNA的质量完全能够满足相应的分子操作需要。 相似文献
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基于AFLP分析用吴茱萸叶高质量DNA的提取 总被引:5,自引:0,他引:5
目的:研究吴茱萸叶基因组DNA的提取方法,以用于扩增片段长度多态性(AFLP)分析。方法:设计了一种改良CTAB法:以石英砂代替液氮研磨;抽提前用不溶性PVP结合酚形成络合物,然后用缓冲液除去;抽提中加入Vc。将改良CTAB法所提吴茱萸叶DNA与传统的SDS法、CTAB法所提DNA进行比较。利用植物的核糖体DNA(rDNA)保守序列设计引物行PCR扩增鉴定吴茱萸DNA及其质量。并确定提取方法中最佳样本含量和β-巯基乙醇浓度。结果:改良CTAB法提取石虎、疏毛吴茱萸总DNA呈白色,A260/A280为1.721~1.886,DNA分子完整,约20kb左右,PCR扩增条带清晰、明亮,无杂带和脱尾。并确定0.10g为最佳样本量,2.0%为最佳β-ME浓度。结论:石英砂研磨简便、迅速、均匀,该实验所建立的改良CTAB法可有效避免次生代谢物的氧化褐变,是一种小量、快速提取吴茱萸叶DNA优化方法。 相似文献
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本研究采用改良SDS法、常规CTAB法和改良CTAB法(1.5×CTAB,2×CTAB,3×CTAB)提取大青杨基因组DNA,并用紫外光普分析、凝胶电泳、限制性内切酶消化和RAPD方法进行鉴定.结果表明:5种方法中,改良SDS法DNA提取率最高,但CTAB法比改良SDS法提取获得的DNA纯度高,OD260/OD280为1.73~1.81.与常规CTAB法比较,改良SDS法和改良CTAB法能有效去除蛋白、多糖、酚类及次生代谢物质.综合分析确定改良2×CTAB法为大青杨基因组DNA的最佳提取方法. 相似文献
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Jitu Buragohain Bolin Kr. Konwar 《Journal of plant biochemistry and biotechnology.》2008,17(1):103-105
A simple, efficient and reliable CTAB method is standardized for genomic DNA isolation from fresh young leaves of a traditional medicinal plant Meyna spinosa. Key steps in the modified procedure include additional chloroform: isoamyl alcohol (24:1, v/v) extraction, addition of 4% PVP in the extraction buffer and an overnight isopropanol precipitation at room temperature. This procedure yields a high amount (46 μg DNA g?1 fresh leaf tissue) of good quality DNA free from contaminants. The isolated DNA is suitable for digestion with EcoRI and HindIII restriction enzymes and can be used in other DNA manipulation techniques. 相似文献
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Pramod Sairkar Shweta Chouhan Nitin Batav Rajesh Sharma 《Journal of Genetic Engineering and Biotechnology》2013,11(1):17-24
Owing to the presence of higher amount of polyphenolic and polysaccharide compounds, Terminalia arjuna (Roxburgh) is a significant medicinal plant in the Indian primeval medicine system. Polyphenolic and polysaccharide compounds also acts as inhibitors during Genomic DNA isolation from young leaves of T. arjuna, resulting in recovery of low quality genomic DNA, which affects downstream applications like PCR, restriction digestion’s, etc. In this study, nine different methods of genomic DNA isolation were used, out of which two methods were modified CTAB based methods, third one was HEPES based method and remaining six methods was FTA Plant Saver Card based. Out of the six FTA card based methods, in the first method, leaves were directly pressed inside the circle of FTA card. In the second and third methods, the leaves were homogenized with PBS and DNase RNase free water and the sample was applied on the FTA card. In the fourth and fifth methods: finally recovered DNA from two modified CTAB based methods was directly applied to the FTA card. In the sixth method, DNA precipitated after first phenol:chloroform:isoamyl alcohol precipitation of modified CTAB based methods dissolved in DNase RNase free water and applied to FTA Card. To optimize the PCR conditions, BSA (400 ng/μl), formamide (2.5%), DMSO (5% and 10%) and glycerol (5%, 10%, 15%, and 20%) was added into the PCR mix as enhancement agents for amplification of low quality genomic DNA (A260/A280 – 1.27 ± 0.090) of T. arjuna recovered using the HEPES Based method. It was found that the BSA was the best among them followed by 10% glycerol. In addition of BSA to the PCR mixture, it specifically enhances the amplification of the low quality DNA. It reduces the noise in-between the amplified bands and increases the intensity of PCR product. 相似文献
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五种提取马尾松基因组DNA方法的比较 总被引:43,自引:0,他引:43
对于含有大量多糖如酚、酯、萜等其它二次代谢产物的松科和杉科等针叶植物,要从其组织中提取高质量的基因组DNA一般都比较困难。本文以马尾松(pinus massoniana)针叶为材料,分别采取了简易提取法、高盐沉淀法、CTAB沉淀法、Ziegenhagen法和QLAGEN公司DNeasy Plant Mini Kits5种方法提取基因组DNA;并通过琼脂糖凝胶电泳、限制性内切酶自理和RAPD3种方法对 相似文献
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对于含有大量多糖如酚、酯、萜等其它二次代谢产物的松科和杉科等针叶植物,要从其组织中提取高质量的基因组DNA一般都比较困难。本文以马尾松(Pinus massoniana)针叶为材料,分别采取了简易提取法、高盐沉淀法、CTAB沉淀法、Ziegenhagen法和QIAGEN公司DNeasy Plant Mini Kits 5种方法提取基因组DNA;并通过琼脂糖凝胶电泳、限制性内切酶处理和RAPD 3种方法对所提取的DNA样品进行检测,将它们在DNA的产量、质量和耗时、耗费等方面的优缺点进行定量总结,以便在实际工作中根据不同的实验目的选取最合适的方法,并根据分子生态学研究工作的实际特点确定了CTAB沉淀法为最佳方法。 相似文献
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采用改良的CTAB法提取19个樱花品种的基因组DNA.利用RAPD技术对19个樱花品种进行亲缘关系鉴定和品种分类研究.从60条10 bp随机引物中筛选出32条扩增效果较好的引物进行扩增,共扩增出533条带,其中多态性带为406条,多态率达76.17%.根据扩增结果进行UPGMA聚类分析,聚类结果将19个品种分为2大类群,第1类群主要为杂交樱系;第2类群为日本晚樱系,根据樱花的重瓣性、枝姿和花色又可分为不同的亚类群、类和亚类.结果表明应用RAPD技术对樱花分子水平的分类结果与传统分类学的结果基本一致,进一步证明种源、重瓣性、枝姿和花色都可作为樱花品种分类的重要指标. 相似文献
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苛求芽孢杆菌基因组DNA提取方法的比较 总被引:6,自引:0,他引:6
目的:比较不同方法提取苛求芽孢杆菌基因组DNA的差异。方法:用经典CTAB提取法、改进CTAB法(溶菌酶处理结合CTAB提取法)、UniQ柱吸附提取法制备苛求芽孢杆菌基因组DNA,比较产物完整性和用于PCR扩增的有效性。结果:三种方法制备基因组DNA纯度接近,但改进CTAB法产率最高,UniQ法产率最低。经典CTAB法和UniQ法提取基因组DNA易降解。三种方法所得基因组DNA用于PCR扩增效率接近。结论:溶菌酶裂解结合CTAB提取更适合制备苛求芽孢杆菌基因组DNA。 相似文献