HPV16 变异体在新疆地区宫颈癌及癌前病变中的分布研究

目的:研究新疆地区HPV16 E6、E7、LCR基因突变情况,分析HPV16变异体在宫颈癌及癌前病变发生发展中的作用。方法:选择HPV16阳性的宫颈癌及癌前病变患者,提取基因组DNA,利用PCR扩增HPV16 DNA E6、E7基因及LCR区核苷酸片段,正反向测序。与HPV16基因序列分析比对,分析核苷酸突变位点。结果:E6基因突变率为80.00%(92/115)主要突变位点T350G(59.78%)、T178G(18.47%);E7突变率为54.78%(63/115),主要突变位点A647G(33.33%)、T846C(26.98%);LCR突变率为23.48%(27/115),主要突变位点为C24T(74.07%)、C13T(25.92%)。维吾尔族T350G突变率较汉族妇女显著升高,而汉族A647G、T846C、C24T突变率显著高于维吾尔族,差异具有统计学意义(P0.05)。维吾尔族宫颈癌组T350G突变率显著高于炎症组(P0.05),且随病变严重程度增加突变率上升,汉族T350G、A647G、T846C、C24T突变率炎症组、宫颈病变组显著高于宫颈癌组(P0.05),维吾尔族C24T突变率炎症组显著高于宫颈癌组(P0.05),差异均具有统计学意义(P0.05)。结论:HPV16E6、E7突变可能与宫颈病变进展有关,T350G突变可能是维吾尔族宫颈癌高发的原因之一。     

相邻碱基组分与产生SNP的转换或颠换在植物基因组中的研究

碱基替换突变是形成物种多态性和造成生物进化的根本原因之一. 近年的研究表明: 基因组的碱基组分在不同程度上与碱基替换突变的发生相关. 以水稻全基因组3611007个SNPs(包括45462个编码区SNPs和242811个内含子区SNPs)和拟南芥全基因组32019个SNPs为研究对象, 研究突变位点周围的碱基A&;T(A和T)的使用频率和点突变类型的相关性, 结果表明: 水稻和拟南芥全基因组上转换和颠换的比值(Ts/Tv)以及紧邻突变位点(上下游各1个碱基)上A&;T碱基的个数负相关. 统计了6种SNP的AT₂ (直接相邻的碱基是A或T的个数)和AT₀ (直接相邻碱基是C或G的个数), 发现水稻和拟南芥都是C/G型SNP的AT₂/AT₀值最大, 说明C/G型SNP可能受直接临近区域上A&;T碱基的影响最大. 在水稻全基因组SNPs中, A&;T碱基影响突变的范围局限在突变位点上下游2个碱基内. 拟南芥A&;T碱基影响其全基因组SNPs的范围不超过上下游4个碱基.     

百日咳疫苗用菌株基因的遗传稳定性研究

目的对百日咳疫苗(pertussis vaccine)用菌株的主要保护性抗原基因序列的遗传稳定性进行研究,进一步验证此前一代测序的结果,为疫苗的安全性和有效性提供依据。方法采用第二代测序技术(next generation sequencing,NGS)对百日咳疫苗生产用菌株的主代代次(P4)、工作代次(P7)、疫苗代次(P13)及疫苗代次后连续传3代的第3代样品V3代次(P16)的主要抗原基因序列进行测序并分析。采用ELISA和Lowry法对百日咳疫苗生产用菌株各代次主要抗原组分进行抗原含量检测及比活性检测。结果百日咳毒素(pertussis toxin,PT) S1亚基上的8个等位基因氨基酸相对应的24个碱基位点中最高突变率为0.38%,其中疫苗代次最高突变位点(A2789C0.92%)在S5亚基上,其他各代次最高突变位点均不在S亚基上。PT全基因组最高突变率4%,且同一个位点不同代次的碱基突变呈不规律性,突变率没有随传代次数的增加而增高。百日咳黏附素(pertactin,PRN)的24个抗原表位中最高突变率在疫苗代次T951G位点,突变率为1.66%;其他位点的突变率均0.8%。全基因组中突变率最高的位点为V3代次C2025T,突变率为6.24%;各代次PRN全基因组最高突变率6.24%,且不在主要抗原表位区域内;在同一个位点不同代次的碱基突变没有随传代次数的增加而增高,呈不规律性。丝状血凝素(filamentous hemagglutinin,FHA)中B细胞抗原表位区中碱基最高突变率为0.98%(V3代次T6449G位点),其他代次均0.8%;全基因组各代次位点最高突变率为V3代次C7323G,突变率为9.89%;其余代次突变率均9.89%,且不在抗原表位区,同一个位点不同代次的碱基突变没有随传代次数的增加而增高,呈不规律性。PT的ELISA比活性平均值为0.532±0.100,最低限值为0.232。PRN的ELISA比活性平均值为0.885±0.110,最低限值为0.555。FHA的ELISA比活性平均值为0.701±0.170,最低限值为0.191,百日咳菌种抗原含量和比活性较稳定。结论传代过程中PT、PRN、FHA主要碱基位点突变率较低,说明百日咳菌种基因遗传稳定性好。     

拟穴青蟹线粒体COI基因序列克隆及SNPs位点分析

根据拟穴青蟹(Scylla paramamosain)线粒体全序列设计引物,采用PCR产物双向测序法,克隆了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COI)基因部分序列(761 bp),并筛选、分析了拟穴青蟹的SNPs位点.共分析了采自福建省宁德市的16只拟穴青蟹,另外,从GenBank数据库中下载了31条前人提交的拟穴青蟹COI基因序列(长度在425-522 bp之间).利用MEGA 4.0软件对所有序列进行比对分析,结果表明碱基T、C、A和G的平均含量分别为37.6％、17.8％、28.9％和15.7％,G+C的含量平均为33.5％.分析结果表明,在所克隆的761bp的COI基因序列中共发现29个SNPs位点,其出现频率为3.8％.在这29个SNPs位点中,13个为C/T转换(占44.8％),12个为A/G转换(占41.4％),2个为A/T颠换(占6.90％),1个为G/C颠换(占3.45％),另有一个位点(201 bp处)发生了A/C颠换和C/T转换两种类型的碱基替换.氨基酸分析表明,在29个SNPs位点中,有9个位点属于非同义突变,引起了氨基酸的变化;其他20个位点属于同义突变,未引起氨基酸的变化.这将为拟穴青蟹遗传背景和群体遗传多样性研究提供新的分子标记.     

肺炎支原体突变敏感性分子开关检测对抗菌药物敏感性检测的作用研究

目的分析肺炎支原体突变敏感性分子开关检测对抗菌药物敏感性检测的价值。方法选择2015年1月至2016年2月在河北省儿童医院呼吸科住院收治的450例社区获得性肺炎患儿的肺泡灌洗液标本,进行MP培养与药敏分析,抗菌药物选择红霉素与阿奇霉素,对MP培养阳性菌株使用分子开关技术检测23SrRNA V区2063/2064基因的突变情况,并进行测序分析,最后明确分子开关检测MP耐药基因与其对抗菌药物敏感性的相关性。结果在450例患儿中,MP检测阳性80例,阳性率为17.8%。在80株MP中,72株对红霉素耐药,耐药率为90.0%;31株对阿奇霉素耐药,耐药率为38.8%,为此MP对于红霉素的耐药率明显高于阿奇霉素(χ2=9.134,P=0.000)。76株MP株的23SrRNA的2063/2064位发生了基因突变,其中有70株检测出A2063G的突变,6株有A2064G的突变。而在76株23S rRNA 2063/2064基因位点突变的MP中,有72株MP对红霉素产生高水平耐药,并对阿奇霉素发生交叉耐药,未发生突变的4株MP均对红霉素与阿奇霉素敏感。结论肺炎支原体对红霉素与阿奇霉素都有高度的耐药性,分子开关检测可识别23SrRNA V区基因2063/2064位点突变,有利于反映MP对红霉素与阿奇霉素的敏感性,具有很好的检测价值。     

志贺菌GyrA基因突变与耐药相关性研究

收集 1 1 4株志贺菌流行株 ,分别作血清分型和检查对喹诺酮类药物的敏感性 ;PCR扩增耐药相关的GyrA基因片段 ,作单链构象多态性 (single strandconformationpolymorphism ,SSCP)分析和序列测定 ;最终研究突变与喹诺酮类耐药的相关性。结果发现我国志贺菌流行株仍以福氏志贺菌为主 ,约占 98 2 % ;大多数福氏志贺菌株对环丙沙星、诺氟沙星高度敏感 ,敏感率分别为81 2 5 %和 74 1 % ;流行株GyrA基因耐药相关片段与野生菌株相比 ,部分菌株出现C( 2 4 8) T单位点突变或C( 2 4 8) T和A( 2 60 ) G双位点突变 ;卡方检验显示 ,C( 2 4 8) T单位点突变基础上增加A( 2 60 ) G点突变与环丙沙星、诺氟沙星耐药相关 ,故A( 2 60 ) G可作为耐药监测位点 ;另外 ,可用SSCP分析PCR扩增的GyrA基因耐药相关片断 ,作为GyrA基因耐药突变的粗筛方法。     

建立一种反向斑点杂交法检测肺炎支原体23S rRNAV区A2063G基因突变的方法

目的建立检测肺炎支原体（Mycoplasma pneumoniae,MP）23S rRNA V区2063基因型的反向斑点杂交方法,并与PCR产物直接测序法的结果进行比较分析。方法19例自临床咽拭子标本分离培养的MP,用自行设计的反向斑点杂交法检测23S rRNA V区2063基因型,同时对相应序列测序分析。抽提标准菌株FH和127份经PCR测定MP阳性的临床标本基因组DNA,用MP阴性的基因组DNA抽提物5份作阴性对照,用反向斑点杂交法检测23S rRNA V区2063基因型。结果19例分离培养的MP,经反向斑点杂交法检测15株有23S rRNA V区基因A2063G位点突变;4株为2063A,与测序结果一致（Kappa一致性检验,P〉0.05）。经反向斑点杂交法检测,127份MP阳性的基因组DNA抽提物中有122份标本为A2063G位点突变,标准菌株FH和2份DNA抽提物的2063位点碱基为A,还有3份抽提物标本的2063位点碱基既有A又有G,5份阴性对照均无显色。结论反向斑点杂交方法能快速、准确检测临床MP 23S rRNA V区2063基因型。     

两种鯻科鱼类线粒体16S rRNA基因片段序列分析

利用PCR技术成功扩增了高体革鯻(Scortum barcoo)和厚唇弱棘喇(Hephaestus fuliginosus)的线粒体16S rRNA基因序列.通过序列测定,得到791 bp的基因片段,碱基A、T、G、C平均含量分别为31.4％、21.2％、20.5％和26.9％,序列中的A+T含量明显高于G+C的含量,这与其他鱼类的16S rRNA基因片段研究结果相一致.通过序列分析发现,高体革鯻和厚唇弱棘喇两序列共存在23处碱基变异,其中碱基转换位点20个,碱基颠换位点3个,转换与颠换比率为6.7,没有发现碱基插入与缺失.与从GenBank中查到的3种蜊科鱼类的同源序列比对,邻接法(neighbor-joining)构建亲缘关系树,结果显示,5种蜊科鱼类聚在一起,分为独立的2支,匀蜊和单色匀鯻及花身蜊聚成1支,高体革鯻和厚唇弱棘鯻聚为1支,说明高体革鯻与厚唇弱棘蜊的亲缘关系比较近,而与其他另外3种鯻科鱼类亲缘关系比较远.     

线粒体tRNAThr G15927A突变可能影响耳聋相关的12S rRNA A1555G突变的表型表达

摘要: 对1个中国汉族耳聋家系进行了临床和分子遗传学特征分析。家系中听力下降的母系成员表现为程度不等、听力图形态不同的听力损害, 但同为双侧对称的感觉神经性耳聋。该家系耳聋外显率很高, 包括药物致聋的耳聋外显率为75%, 而非药物致聋的外显率为41.7%。对母系成员进行线粒体DNA(mtDNA)全序列扩增分析, 发现了耳聋相关12S rRNA A1555G同质性突变位点和多态性位点, 属于东亚人群B5b单体型。在这些变异位点中, mtDNA 15927位点的G-A碱基变化破坏tRNA^Thr反密码子结构上十分保守的C-G碱基对, 这可能加重由A1555G突变造成的线粒体功能缺陷。这表明tRNAThrG15927A突变可能增强携带12S rRNA A1555G的中国汉族耳聋家系的外显率和表现度。     

线粒体T12338C突变可能是与Leber遗传性视神经病变相关的突变位点

Leber遗传性视神经病变变(Leber’s hereditary optic neuropathy,LHON)是一种与线粒体DNA(Mito-chondrial DNA,mtDNA)突变相关的母系遗传性眼科疾病。文章报道了两例具有典型LHON临床、分子遗传特征的中国汉族家系。首先通过对家系先证者和其他成员进行眼科相关检查,发现两个家系成员中视力都仅有先证者一人损害严重,即外显率很低。经常规的方法对母系成员进行mtDNA测序及相关软件分析,结果发现携带ND4 G11696A和ND5 T12338C同质性突变位点,多态性变异位点均属于东亚单体型F2。线粒体DNA ND4 G11696A是一个已知的与LHON相关的突变位点,而T12338C位于线粒体氧化磷酸化复合体I亚基ND5的第2个碱基,该突变使起始密码子由蛋氨酸转变成苏氨酸,并且紧连tRNALeu(CUN)的3′末端。这可能影响tRNA Leu(CUN)空间结构和稳定性发生改变,以及起始密码子改变导致线粒体ND5蛋白合成功能受损和ATP障碍,最终导致需求能量高的视神经受损和视力损害。因此,线粒体ND4 G11696A和ND5 T12338C突变可能协同作用Leber遗传性视神经病变的发生,是与LHON相关的mtDNA突变位点,但外显率很低说明突变本身不足以造成LHON的表型表达,提示其他修饰因子(核修饰基因、环境等)可能对这两个家系发病起协同作用。