人snail真核表达载体构建与鉴定

目的:构建人snail基因真核表达载体并鉴定。方法:使用RT-PCR法获取人snail基因全长c DNA,经Bam H I、Eco R I双酶切、连接,插入pc DNA3.1(+)真核表达载体,转化TOP10感受态细胞,用含氨苄青霉素的LB培养基筛选阳性克隆,提取质粒双酶切电泳及测序鉴定,瞬时转染siha细胞Western-blot从蛋白水平鉴定重组质粒在真核细胞内的表达。结果:pc DNA3.1-snail重组质粒经酶切电泳符合预期片段,测序鉴定插入片段与NCBI Gen Bank文库中人snail序列一致,重组质粒瞬时转染后snail蛋白表达量明显增高。结论:成功构建pc DNA3.1-snail重组质粒载体,为进一步探讨snail基因生物学功能奠定了基础。     

CD真核表达载C 体的构建及在 2KHE39 细胞中的表达

目的：构建含自杀基因胞嘧啶脱氨酶（CD）的真核表达载体pcDNA3．1／HA—myc-His（-）Z—CD,并进行哺乳动物细胞HEK293转染研究。方法：以本实验室保存的含CD基因全长的质粒为模版,用PcR方法扩增CD基因阅读框序列,并定向克隆到带有HAtag的pcDNA3．1／HA—myc-His（-）Z载体上,使目的基因与HAtag在同一阅读框。重组体质粒经EcoRI和BamHI双酶切鉴定,并对插入的CD基因片段进行测序,将鉴定好的阳性重组质粒pcDNA3．1／HA—myc-His（-）Z—CD用脂质体介导转染HEK293,提取细胞蛋白,western blot检测CD基因的表达情况.结果：阳性重组质粒pcDNA3．1／HA—myc-His（-）ZCD经Eco砌和BanHI双酶切后,获得约为5．5kb片段和1．3kb插入片段,序列分析表明插入的片段与GenBank发布的序列一致．western blot检测到CD基因的表达。结论：成功构建了含自杀基因CD的真核表达质粒。     

用suc2信号肽捕获系统筛选小鼠胚胎cDNA文库基因

PCR扩增 1 1d小鼠胚胎cDNA文库插入片段 ,将 0 .5～ 2 0kb的扩增产物插入筛选载体的多克隆位点 ,转化suc2基因缺陷酵母宿主菌 .然后将约 1 0 5个酵母菌落接种于选择性平板上进行筛选 ,得到了 1 82个可在选择性培养基上生长的菌落 .PCR扩增显示 ,插入片段大小分布于 0 1～ 1 5kb之间 .对其中 1 4个阳性菌落的重组子进行序列测定 ,分别代表 6种不同的基因序列 ,与报告基因都有正确的读框内融合 .其中两种基因序列反复被筛到 ,分别命名为spt1、spt2 .spt1 [gi:2 772 876 6 ],可能以非编码RNA的身份参与蛋白质向细胞外分泌的过程 ,而spt2编码多个连续的赖氨酸 ,可能通过非经典途径介导蛋白质的分泌     

香蕉红素氧还蛋白酵母双杂交eDNA文库的构建及鉴定

结合改良的BD SMARTTMPCR cDNA Synthesis Kit User Manual cDNA合成试剂盒,反转录合成带有目的接头cDNA第一链,通过LD-PCR,扩增双链cDNA(ds cDNA).产物经双酶切后回收,与经同样双酶切的酵母双杂交系统中pGADT7载体连接转化,并进行了鉴定.结果表明:提取的RAN的A260/A280=1.82,表明所提RNA纯度高:双链cDNA文库大于0.2 kb,且弥散较长,成瀑布条带状;根据生长菌落计数,文库含有1.2×106转化子,重组子不同插入片段在0.3～2 kb之间.表明该文库达到建库要求,为下一步进行酵母双杂交试验奠定基础.此方法用于构建cDNA文库与酵母双杂交系统相结合的研究目前尚未见过相关报道.     

西方许旺酵母α-淀粉酶的基因克隆及其在啤酒酵母中的高效表达与分泌

以E .coli/yeast穿梭质粒YCEp1为载体构建许旺酵母部分基因组文库 ,在大肠杆菌中扩增后提取混合质粒DNA ,经电转化非缺陷标志啤酒酵母AS .2 1 36 4 ,在YPDS平板 ( 1 %葡萄糖和 1 %可溶性淀粉 )上用淀粉水解活力筛选含水解淀粉能力的阳性转化子 .从阳性转化子中分离融合质粒证实含 5 0kb的插入片段 .用α 淀粉酶基因两端序列设计的引物PCR扩增及扩增片段序列分析证实该片段中含有α 淀粉酶全部编码序列 .该片段能在啤酒酵母中表达α 淀粉酶 ,说明该片段带有α 淀粉酶基因 5′ 上游序列和 3′ 下游序列 .该转化子在YPDS平板 30℃培养 48h形成清晰可见的水解淀粉圈 .发酵液 (YPDS) 48℃可获得 740～ 780mU/mL产酶活力和高的生物量 .PAGE证实发酵液有α 淀粉酶蛋白带 ,占胞外总蛋白含量的 1 2 %以上 .说明在载体YCEp1上许旺酵母α 淀粉酶基因自身启动子 ( promoter)和终止子(terminator)在啤酒酵母AS .2 .1 36 4中同样被识别且高效表达 .有工业应用前景的水解淀粉酵母菌株构建成功 .     

莱芜猪肝脏组织全长cDNA文库的构建和鉴定

目的:构建莱芜猪肝脏组织全长cDNA文库,以便研究与莱芜猪优良性状相关的基因。方法:采用改良的异硫氰酸酸胍一步法制备总RNA;利用SMART技术,以PrimeScript反转录酶逆转录合成第一链cDNA,通过LD-PCR扩增获得cDNA双链;经蛋白酶K消化和CHROMA SPIN-400柱分级分离后,收集500 bp以上的cDNA片段,并与pMD18-T载体连接,转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,建成原始文库;随机挑取单菌落,用HindⅢ和EcoRⅠ进行双酶切鉴定重组子插入片段大小。结果:经鉴定,原始文库的滴度为2.8×105 cfu/mL,重组率约为98%,插入片段大小为0.5～2 kb,平均插入片段长度大于1 kb。结论:建立的cDNA文库质量良好,可以用于目的基因的筛选。     

K-ras原核表达载体的构建及生物学功能研究

目的:构建带Myc标签的K-ras原核表达载体,并初步鉴定其生物学活性。方法:利用PCR技术从人乳腺文库中扩增人K-ras结构域的基因编码序列,插入载体p XJ-40得到重组质粒,经Bam HⅠ和KpnⅠ双酶切鉴定后,Western印迹检测其在人293T细胞中的表达;利用GST pull down实验检测与Raf1-RBD的结合情况,验证其生物性活性。结果:用PCR技术从人乳腺文库中扩增得到约570 bp的目的片段,插入载体p XJ-40后构建了Myc-K-ras重组质粒,并经酶切鉴定及测序证实无误;Myc-K-ras能在293T细胞中正确表达,并能与Raf1-RBD结合,具有生物学活性。结论:为进一步研究K-ras的生物学功能奠定了重要基础。     

丙型肝炎病毒NS3蛋白酶在酵母系统中的可溶性表达

利用毕赤酵母系统表达具有催化活性的丙型肝炎病毒 (HCV)NS3蛋白酶 .将PCR直接扩增的病毒NS3丝氨酸蛋白酶基因和重组的带有辅酶的单链NS3 NS4A蛋白酶基因 ,分别插入表达载体pPICZαA的EcoRⅠ和XbaⅠ克隆位点 ,转化毕赤酵母GS115 ,可溶性表达NS3蛋白酶和单链NS3 4A蛋白酶 ;ELISA法测定表达蛋白酶的抗原性 ;原核高效表达载体pBVIL1表达酶切底物NS5A B片段 ,体外与蛋白酶共同温育 ,SDS PAGE鉴定蛋白酶催化活性 .载体测序结果表明 ,重组载体pPICZαA NS3和pPICZαA NS3 4A中的目的基因序列插入正确 ;SDS PAGE结果显示 ,培养物上清中存在分泌型目的蛋白带 ;ELISA结果证实 ,表达蛋白与HCV阳性血清有结合活性 ;蛋白酶与底物NS5A B片段不同作用时间的SDS PAGE ,看到约 2 4kD处底物条带的分解 .说明用毕赤酵母表达系统成功地表达了可溶性HCVNS3和单链NS3 4A蛋白酶 ;两种结构形式的蛋白酶在体外系统中都有催化活性 ,同时也都具有抗原性 .该研究为大量和方便地获得有催化活性的HCVNS3蛋白酶提供了有效途径 .     

DEV-NP基因酵母双杂交诱饵载体的构建及自激活检测

为构建鸭肠炎病毒(DEV)核衣壳蛋白(NP)基因酵母双杂交诱饵载体,采用PCR技术扩增出DEV-NP基因,克隆至酵母双杂交诱饵质粒pGBKT7中,以PCR检测、限制性酶切和序列测定等方法进行鉴定;然后采用PEG/LiA.法将阳性质粒pGBKT7-NP转化酵母Y2HGold,在不同营养缺失型培养基进行自激活检测,结果显示,经PCR检测和EcoR I/BamH I双酶切,可见到与预期相一致的目的片段;测序表明该片段含DEV NP基因全部序列;转化Y2HGold酵母菌后,在SD/-Trp/X-a-Gal 固体培养基上长出蓝色菌落,而在SD/-Trp/X-a-GaUAbA固体培养基上未见有菌落生长.无自激活作用的诱饵载体pGBKT7NP的成功构建,为DEV NP宿主结合蛋白的筛选莫定了基础.     

鸟分枝杆菌的分离鉴定及其基因组文库构建

目的:构建鸟分枝杆菌基因组文库。方法:利用16S rRNA基因测序法对15例HIV/AIDS患者痰分枝杆菌培养阳性标本进行菌种鉴定,分离出鸟分枝杆菌。鸟分枝杆菌基因组DNA和pUC19载体经同尾酶Sau3AⅠ和Bam HⅠ分别酶切后连接,连接产物转化大肠杆菌JM109而获得文库。通过计算文库滴度、酶切分析克隆子来评价文库质量。结果:15株分枝杆菌经鉴定,有9株结核分枝杆菌、4株鸟分枝杆菌和2株脓肿分枝杆菌。所构建鸟分枝杆菌基因组文库滴度为2.58×105cfu/ml。随机挑选9个克隆进行Bam HⅠ酶切分析,可见到插入片段大小约在0.5kb~1kb之间。结论:从HIV/AIDS患者中分离出鸟分枝杆菌,并成功构建了鸟分枝杆菌基因组文库,为研究鸟分枝杆菌致病基因的结构和功能提供了基础。     

A method for generation of arbitrary peptide libraries using genomic DNA

Random peptide libraries can be constructed either by in vitro synthesis of random peptides, or through translation of DNA sequences from synthetic random oligonucleotides. Here we describe an alternative way of making arbitrary peptide libraries with high diversity that can be used in screening as random peptide libraries. Genomic DNA digested with a frequent-cutting restriction enzyme recognizing four nucleotides will theoretically consist of small DNA pieces with average length of 256 nucleotides, and on average around 10⁷ fragments can be generated from a genome of 3 × 10⁹ bases. A peptide library translated from these fragments will have sufficient diversity for some protein interaction screening experiments. Moreover, the same genome digested with a different four-cutter enzyme or ligated into different reading frames will result in different nonoverlapping libraries. A series of such libraries could be generated with genomic DNAs from different species. In this study, human genomic DNA was digested with four-cutter restriction enzymes DpnII and Tsp509I, respectively, and cloned into yeast expression vector pGADT7 to generate arbitrary peptide libraries. These libraries were used in yeast two-hybrid assays to screen for binding motifs of the PDZ domain containing protein synectin. Our results showed that in addition to various native carboxy-terminal tails, synectin could also bind to many artificial ones, some of which contained a consensus sequence—(S/T)XC-COOH.     

用衔接头PCR克隆新的胡萝卜Ⅱ型转化酶基因启动子

 为克隆新的胡萝卜 型转化酶基因启动子 ,将胡萝卜基因组 DNA分别用 Pvu 、Eco R 、Dra 和 Sma 酶切 ,酶切片段与一特殊的衔接头连接 .取连接产物作模板 ,以衔接头引物和基因特异引物做 PCR,得到的主要 PCR产物分别为 3.4kb、1 .3kb、0 .4kb和 0 .6kb.将 Eco R -衔接头体系的 PCR产物克隆和测序 ,并将其序列与 Gen Bank中的已知序列进行比较分析 ,发现了一个新的胡萝卜 型转化酶启动子序列 ,它含有类似于 TATA box和 CAAT box的元件 ,在启动子的远上游区域还含有多个 AT富含区 .该启动子的发现对于研究植物中糖代谢具有重要意义 .     

应用RD-PCR技术制备HIV基因芯片探针

利用限制性显示 (RD PCR)技术快速分离HIV 1基因片段制备DNA芯片探针 .以Sau3AⅠ酶切HIV基因 ,得到许多大小适合芯片的限制性酶切片段 .然后在片段两端接上接头 ,根据酶切位点、接头的序列设计通用引物 .在该通用引物的 3′端分别延伸一个碱基后 ,通过引物间的两两组合 ,将PCR反应分成 10个亚组 .纯化各组PCR产物 ,克隆到T载体上 .阳性克隆经鉴定、扩大培养后提取质粒 .以质粒为模板扩增靶片段并进行序列分析 .每个亚型得到了十几个 10 0～ 10 0 0bp的HIV基因片段 .研究表明 ,RD PCR技术是一种有效的快速制备基因芯片探针的方法     

A Schizosaccharomyces pombe artificial chromosome large DNA cloning system.

The feasibility of using the fission yeast, Schizosaccharomyces pombe , as a host for the propagation of cloned large fragments of human DNA has been investigated. Two acentric vector arms were utilized; these carry autonomously replicating sequences ( ars elements), selectable markers ( ura4(+) or LEU2 ) and 250 bp of S. pombe terminal telomeric repeats. All cloning was performed between the unique sites in both vector arms for the restriction endonuclease Not I. Initially the system was tested by converting six previously characterized cosmids from human chromosome 11p13 into a form that could be propagated in S.pombe as linear episomal elements of 50-60 kb in length. In all transformants analysed these cosmids were maintained intact. To test if larger fragments of human DNA could also be propagated total human DNA was digested with Not I and size fractionated by pulsed field gel electrophoresis (PFGE). Fractions of 100-1000 kb were ligated to Not I-digested vector arms and transformed into S.pombe protoplasts in the presence of lipofectin. Prototrophic ura+leu+transformants were obtained which upon examination by PFGE were found to contain additional linear chromosomes migrating at between 100 and 500 kb with a copy number of 5-10 copies/cell. Hybridization analyses revealed that these additional bands contained human DNA. Fluorescent in situ hybridization (FISH) analyses of several independent clones indicated that the inserts were derived from single loci within the human genome. These analyses clearly demonstrate that it is possible to clone large fragments of heterologous DNA in fission yeast using this S.p ombe artificial chromosome system which we have called SPARC. This vector-host system will complement the various other systems for cloning large DNA fragments.     

甲基营养菌MP681基因组测序文库的构建

目的:建立甲基营养菌MP681基因组文库,用于鸟枪法测序。方法:提取MP681基因组DNA,经超声随机片段化及T4 DNA聚合酶末端修平处理后,与经SmaⅠ酶切、小牛肠碱性磷酸酶(CIP)去磷酸化处理的pUC19载体连接,电击转化大肠杆菌DH5α感受态,并通过末端双向测序对文库质量进行评价。结果:分别构建了2～4 kb和4～6 kb基因组文库,电泳结果显示插入片段长度与预期符合,文库库容均在10万以上。结论:构建了插入片段大小和库容符合要求的甲基营养菌MP681全基因组鸟枪法2～4 kb、4～6 kb测序文库。     

转甲状腺素蛋白基因在酵母中的表达

用限制酶BamHI将含人TTR基因的DNA片段(约493bp)从质粒 pSK-TTR上切下后并插入到分泌型载体pHIL-SI的BamHI位点上,经酶切鉴定重组质粒pHIL-SI-TTR上的TTR基因插入方向正确。将pHIL-SI-TTRDNA用BglII酶切后,转入真核表达系统——毕赤氏酵母。得到的转化子经摇瓶发酵,上清液用15%SDSPAGE检测,有TTRF的表达。经DEAESepheroseF.F离子交换柱和SephacrylS200分子筛层析,得到纯化的TTRF。体外实验表明TTRF对肝癌细胞有抑制作用。     

Gene amplification in methotrexate-resistant mouse cells. IV. Different DNA sequences are amplified in different resistant lines

DNA was purified from double minutes isolated from MTX-resistant EL4/8 mouse lymphoma cells, digested to completion with Bam H1 restriction endonuclease and cloned in lambda-1059. The properties of the library suggest that the DNA from which it was made was not detectably contaminated with non-dm chromosome material, and that the library is essentially complete for sequences contained in Bam H1 restriction fragments between 9 and 19 kb. The inserts of some selected lambda-recombinants were subcloned in pBR328 or pAT153 to separate sequences of differing repetition frequency. Clones representative of different classes of sequences were used as probes to Southern transfers of Bam H1 digested total nuclear DNAs of various MTX-resistant cell lines. The results clearly show that the amplified unit of each cell line has a unique structure, and that different amplified units differ widely in their sequence composition.     

水稻核基因组DNA的YAC克隆和鉴定

将EcoRI部分消化的水稻(Oryza sativa L.)细胞核高分子量DNA电泳分部,回收大于200kb的片段,与内切酶消化过的酵母人工染色体(YAC)双质粒载体pJs97。pJS98DNA连接,转化酵母YPH252感受态原生质球,用ura^-,TrP^-双选择培养基直接筛选转化子,已获得2 000多个克隆。转化子DNA的southern杂交显示插入片段在200～820kb范围。     

丙型肝炎病毒基因组C区、NS3区、NS4区基因的融合、表达及初步应用

通过PCR技术从HCV全长基因组中扩增并克隆到Core区、NS4区的部分优势表面抗原肽的基因和C33a基因。再将它们以Core\,CC3c\,NS4的顺序和C33c、NS4的顺序分别拼接融合成融合抗原CCN、CN。片段之间以Gly-Gly-Gly-Gly柔性连接肽连接。经核苷酸序列分析表明,拼接点序列正确。将融合抗原CN、CCN基因分别克隆至T7启动子控制下的表达质粒PET24(a)+,PET22(b)+中,转化至大肠杆菌BL21(DE3)后,经IPTG诱导可高表达分子量约为43kD、58kD的融合抗原,表达产物以包涵体形式存在。表达产物经Ni²⁺IDA亲和柱纯化后,并对融合抗原CN、CCN的抗原性做了初步的鉴定。