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相似文献
 共查询到18条相似文献,搜索用时 203 毫秒
1.
叶恭银  方琦 《昆虫知识》2011,48(6):1531-1538
昆虫种类繁多,它与生态系统中的生物多样性,以及人类的日常生活和生产密切相关。自2000年黑腹果蝇Drosophila melanogaster全基因组测序完成以来,至今已先后开展了88种昆虫全基因组测序工作,这标志着昆虫学研究进入了基因组时代。本文综述了近年来昆虫基因组测序进展,以及基于基因组的昆虫学研究方法及应用等两方面的研究成果。同时,着重介绍了昆虫全基因组测序进程,昆虫基因组在个体生物学、多物种间及种群,及系统生物学研究中的应用等方面的内容。最后,还探讨了基因组时代昆虫学研究所面临的挑战。  相似文献   

2.
基因组序列为昆虫分子生物学研究提供丰富的数据资源,推动系统生物学在古老的昆虫学中蓬勃发展。昆虫基因组学研究已经成为当前的研究热点,目前在NCBI登录注册的昆虫基因组测序计划有494项,其中已提交原始测序数据的昆虫有225种,完成基因组拼接的有215种,具有基因注释的有65种,公开发表的昆虫基因组有43篇。本文综述了测序技术发展的历史及其对昆虫基因组研究的推动作用、昆虫基因组的组装和注释及其存在的问题、昆虫基因组测序进展、昆虫基因组数据库的发展及基因数据挖掘利用的基本思路和对策,以及昆虫基因大数据在害虫防治和资源昆虫利用中的应用前景。  相似文献   

3.
赵小凡 《昆虫学报》2016,(8):896-905
昆虫与人类生产及生活关系密切,昆虫学研究具有重要的理论意义和实践价值。昆虫容易大量饲养,是研究生物学基本科学问题的良好材料。分子生物学技术与方法的快速发展,极大地推动了昆虫学研究进程。转录组测序的普及以及基因编辑(gene editing)技术的成功已经打破了模式生物与非模式生物的界限,为研究各种重要的农业害虫提供了技术。我们应当根据生产实践的需要和现有理论凝练重要的创新性科学问题,灵活运用各种研究方法和技术,推动昆虫学研究进展,阐明昆虫学领域的特殊科学问题及大生物学领域的共同科学问题。  相似文献   

4.
张棋麟  袁明龙 《昆虫学报》2013,56(12):1489-1508
新一代测序技术具有快速、 高通量和低成本的特点, 为“组学”研究带来了新方法、 新方案, 正在深刻地改变着当前生物学的研究模式。近年来, 新一代测序技术极大促进了昆虫特别是无参考基因组信息昆虫的转录组学研究。自2008年至今, 采用新一代测序技术已对7个目的68种昆虫进行了转录组测序, 其中由我国学者完成了6个目的22种昆虫的转录组测序。目前, 昆虫转录组学研究主要集中在基因挖掘、 分子标记开发、 基因表达分析等方面, 为全面揭示昆虫生命活动中相关基因功能、 系统发生与进化以及昆虫与其他生物相互作用等奠定了基础。本文总结了当前昆虫转录组学研究的已有成果, 分析了其今后的发展趋势, 讨论了采用新一代测序技术开展昆虫转录组学研究中存在的诸如研究对象相对局限、 测序准确性不够高等不足, 并指出开展昆虫转录组学研究时需充分思考所要回答的科学问题, 选择合适的研究策略, 评估性价比, 以及开发转录组信息高效利用的方法等。作者建议未来的研究方向侧重于: (1)大规模开展基于新一代测序技术的昆虫转录组学研究, 特别是对其他目以及独特生态环境中的代表性昆虫应予以重点关注; (2)开发昆虫转录组数据存储及分析的软硬件; (3)合理利用新一代测序技术研究昆虫转录组并充分挖掘已测昆虫转录组中的遗传信息。  相似文献   

5.
系统生物学     
随着人类基因组测序计划的完成和后基因组时代的到来,国际上基因组、转录组、蛋白质、代谢组乃至表型组工作的相继开展,随着各种类型功能基因组数据的爆炸性增长,信息整合和数据挖掘的重要性显得尤为突出。有人将细胞的基因组、转录和蛋白质组综合起来称为操纵子组(Operomics)来研究功能,正体现了这种认识。 同时,随着研究的深度和复杂性增加,从生物  相似文献   

6.
刘莹  王娜  张赞  李飞 《昆虫知识》2012,49(2):317-323
随着测序技术的发展,昆虫转录组数据不断积累,在昆虫学研究中的应用也越来越广泛。在害虫抗药性的研究中,转录组数据分析也是重要的最新研究手段。本文通过对5种鳞翅目害虫转录组的生物信息学分析,鉴定出13种与抗药性相关的基因,发现细胞色素P450基因序列数量最多,共887条。另外,谷胱甘肽S-转移酶、鱼尼丁受体、氨肽酶N、糖基转移酶相关的基因序列多于100条。同时,对这5种鳞翅目昆虫中部分Bt受体相关的基因做了多序列比对和进化分析。分析认为,从多物种、多基因的角度提出对农药抗性的系统性研究,是害虫抗性研究的发展趋势。  相似文献   

7.
随着高通量RNA测序(RNA-Seq)技术的发展和测序成本迅速下降,RNA-Seq技术已经成为生物学研究的重要工具,为生物学家全面地了解和研究转录组提供了机遇。高通量测序具有读长短、存在一定比例的测序错误、数据量大等特点,因此RNA-Seq数据分析与基因组分析和传统的EST数据分析有所不同。本文通过介绍不同的测序平台、原始数据产生和低质量数据过滤的计算流程,对短序列比对、转录组拼接、功能注释、以及差异表达分析进行了研究和分析,最后对RNA-Seq在昆虫学研究中的应用进行了综述,并对RNA-Seq技术进行了总结和展望。  相似文献   

8.
基因表达是生物体中最重要和最基础的生物学过程和分子活动,生物体正是通过调控不同基因表达而实现生长发育和抵御刺激等生命活动.转录组测序是目前在生物医学研究中应用最为广泛的高通量检测基因表达的技术,也促进了大量针对转录组数据的生物信息挖掘方法和工具的发展.本文就基因表达中的转录组数据分析和挖掘方法进行了综述,从已有大规模转录组数据资源、转录组数据的常规分析、癌症转录组分析、转录组新技术和分析等生物信息方法方面进行了总结;同时,阐述了基于转录组数据的疾病标志物发现和分类预测模型研究方法,对正在兴起和迅速发展的单细胞转录组和空间转录组及其分析方法也进行了介绍;最后,总结了转录组测序适用的研究问题和分析内容及工具.本文将有助于广大生物医学研究者快速了解转录组技术的分析内容和适用情况,为选择合适的转录组测序和分析方法提供参考.  相似文献   

9.
原生动物嗜热四膜虫是一种优良单细胞真核模式生物,以其作为研究对象在基础生物学领域的研究已经取得了一系列突破性的成果。2006年,其大核基因组测序完成并发表,标志着四膜虫的研究进入了功能基因组时代。2013年基于基因芯片、基因网络和转录组数据,我们构建了四膜虫功能基因组数据库,其目前已成为模式生物嗜热四膜虫研究的两个重要数据库之一。在过去几年里,随着对四膜虫功能基因组学研究的深入,相关组学数据也实现了一定积累,对这些数据的整合也非常迫切。基于此,我们对四膜虫功能基因组数据库进行了增量更新。更新内容主要包括三个方面:(1)四膜虫生活史不同时期转录组数据;(2)四膜虫接合生殖减数分裂过程转录组数据;(3)磷酸化蛋白组数据。此次增量更新进一步提升和完善了四膜虫功能基因组数据库的内容和功能,对以四膜虫为对象的相关研究工作具有重要作用。  相似文献   

10.
自2000年果蝇(Drosophila melanogaster)基因组公布以来,昆虫基因组学得到了快速发展并为昆虫学的研究思路和方法带来了革命性转变.本文介绍了近年来DNA测序技术和生物信息学的发展及其对昆虫基因组学研究的促进作用,综述了模式昆虫、卫生害虫、社会性昆虫和农业昆虫的基因组学研究现状,并对昆虫基因组学研究的意义和发展趋势进行了总结和展望.  相似文献   

11.
长期以来, 分类学的研究成果主要以平面的方式发表在各种纸质文献资料中。近年来, 随着计算机和人工智能等新兴技术的发展和应用, 平面资料信息的数字化成为一种趋势, 世界各国都非常重视本国生物资源信息的收集汇总, 构建了多种数据库, 为科学研究、政府决策、资源保护、合理利用和科学传播提供了重要的信息基础。本研究探索并建立从菌物学平面资料信息构建数据库的流程和方法, 并在中国菌物名录数据库和Index Fungorum所收集数据的基础上进行数据挖掘和分析。通过软件操作和程序设计, 在数据库中提取相关信息, 辅助完成了《中国生物多样性红色名录——大型真菌卷》的编制工作, 同时梳理和规范了菌物拉丁和汉语学名, 为菌物分类研究和资源评估与保护提供基础。  相似文献   

12.
Parasite genomes   总被引:2,自引:0,他引:2  
  相似文献   

13.
Building on earlier research, insect cell culture began with the successful establishment of one cell line from pupal ovarian tissue. The field has grown to the extent that now over 500 insect cell lines have been established from many insect species representing numerous insect orders and from several different tissue sources. These cell lines are used as research tools in virology, in studies of signaling mechanisms to study insect immunity, hemocyte migration, and to test hypotheses about gene expression, and in screening programs designed to discover new insecticide chemistries. Virology research is revealing fundamentally new information on virus/host cell interactions. Studies in gene expression are uncovering signal transduction pathways that are new to insect science. Research is leading to the development of high-speed screening technologies that are essential in the search for new insect pest management tools. A few insect cell lines are, in routine industrial processes, designed to produce proteins of biomedical significance. Both primary cell cultures and established lines are used in basic biological studies to reveal how insect cells work. This review is designed to briefly cover the history of insect cell culture, recount some recent advances in the field, and offer a vision of the future of insect cell culture.  相似文献   

14.
Bioinformatics is an integral aspect of plant and crop science research. Developments in data management and analytical software are reviewed with an emphasis on applications in functional genomics. This includes information resources for Arabidopsis and crop species, and tools available for analysis and visualisation of comparative genomic data. Approaches used to explore relationships between plant genes and expressed sequences are compared, including use of ontologies. The impact of bioinformatics in forward and reverse genetics is described, together with the potential from data mining. The role of bioinformatics is explored in the wider context of plant and crop science.  相似文献   

15.
The revolutionary growth in the computation speed and memory storage capability has fueled a new era in the analysis of biological data. Hundreds of microbial genomes and many eukaryotic genomes including a cleaner draft of human genome have been sequenced raising the expectation of better control of microorganisms. The goals are as lofty as the development of rational drugs and antimicrobial agents, development of new enhanced bacterial strains for bioremediation and pollution control, development of better and easy to administer vaccines, the development of protein biomarkers for various bacterial diseases, and better understanding of host-bacteria interaction to prevent bacterial infections. In the last decade the development of many new bioinformatics techniques and integrated databases has facilitated the realization of these goals. Current research in bioinformatics can be classified into: (i) genomics – sequencing and comparative study of genomes to identify gene and genome functionality, (ii) proteomics – identification and characterization of protein related properties and reconstruction of metabolic and regulatory pathways, (iii) cell visualization and simulation to study and model cell behavior, and (iv) application to the development of drugs and anti-microbial agents. In this article, we will focus on the techniques and their limitations in genomics and proteomics. Bioinformatics research can be classified under three major approaches: (1) analysis based upon the available experimental wet-lab data, (2) the use of mathematical modeling to derive new information, and (3) an integrated approach that integrates search techniques with mathematical modeling. The major impact of bioinformatics research has been to automate the genome sequencing, automated development of integrated genomics and proteomics databases, automated genome comparisons to identify the genome function, automated derivation of metabolic pathways, gene expression analysis to derive regulatory pathways, the development of statistical techniques, clustering techniques and data mining techniques to derive protein-protein and protein-DNA interactions, and modeling of 3D structure of proteins and 3D docking between proteins and biochemicals for rational drug design, difference analysis between pathogenic and non-pathogenic strains to identify candidate genes for vaccines and anti-microbial agents, and the whole genome comparison to understand the microbial evolution. The development of bioinformatics techniques has enhanced the pace of biological discovery by automated analysis of large number of microbial genomes. We are on the verge of using all this knowledge to understand cellular mechanisms at the systemic level. The developed bioinformatics techniques have potential to facilitate (i) the discovery of causes of diseases, (ii) vaccine and rational drug design, and (iii) improved cost effective agents for bioremediation by pruning out the dead ends. Despite the fast paced global effort, the current analysis is limited by the lack of available gene-functionality from the wet-lab data, the lack of computer algorithms to explore vast amount of data with unknown functionality, limited availability of protein-protein and protein-DNA interactions, and the lack of knowledge of temporal and transient behavior of genes and pathways.  相似文献   

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【目的】中华大仰蝽Notonecta chinensis为中国和日本冲绳分布的重要水生天敌昆虫,可用于蚊虫的生物防治。本研究旨在建立中华大仰蝽转录组数据库,挖掘其基因信息。【方法】采用高通量测序平台Illumina NextSeq500对中华大仰蝽进行转录组测序、de novo组装及生物信息学分析;利用MISA软件基于转录组unigenes数据进行SSR新分子标记筛选。毛细管电泳检测SSR多态性。【结果】总计获得34782282条clean reads(NCBI SRA数据库登录号:SRR13259254),组装成37801条unigenes,N50为913 bp。将unigenes与已知数据库比对进行基因功能注释,分别有36474,32470,27781,35079和5638条序列注释到nr,Swiss-Prot,GO,eggNOG和KEGG数据库。通过GO数据库注释,unigenes的功能可分为生物学过程、细胞组分和分子功能三大类,其中参与细胞、细胞部分及结合功能的unigenes比例较大。eggNOG数据库注释结果显示,37801条unigenes归到25个基因家族,注释到未知功能的最多。KEGG代谢通路富集分析显示,5638条unigenes注释到245个代谢通路,注释到核糖体的数目最多。此外,用MISA软件在转录组测序数据中的37801条unigenes中搜索到3124个SSR位点(占总unigenes的8.26%),发生频率为7.07%。通过PCR筛选出16个SSR位点。7个中华大仰蝽地理种群3个位点NcCF/NcCR,NcKF/NcKR和NcLF/NcLR的多态信息含量(PIC)分别为0.870,0.902和0.857,具高度多态性。【结论】本研究成功获得了中华大仰蝽转录组数据,为其基因功能分析提供了分子理论基础;SSR新标记的开发为中华大仰蝽遗传多样性分析、隐存种鉴定及基因图谱构建提供了更丰富的候选分子标记。  相似文献   

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