斑点叉尾鮰病毒实时荧光LAMP检测方法的建立

斑点叉尾鮰病毒(Channel catfish virus,CCV)属于大DNA病毒,是一种能引起斑点叉尾鮰(Letalurus punetaus)病毒性疾病的重要病原.研究以编码产物为磷酸激酶的CCV ORF77基因为靶标,设计了能识别靶基因上的8个独立区域的6条特异引物,利用基于环介导等温扩增技术(Loop-med...     

对虾白斑综合症病毒一个基因的序列分析

对虾白斑综合症病毒)White Spot Syndrome Virus,WSSV)是一种无包含体、具囊膜、杆状的双链DNA病毒 ,其全基因组序列为 300kb左右 ,是目前已知的基因组最大的动物病毒之一1,2.该病毒的基因组结构非常特殊 ,与已知的病毒的基因组相差很远 ,拥有许多该病毒特有的基因 ,很可能为一种新的病毒科成员 ,其分类地位待于进一步研究。从已经登记到GenBank1的对虾白斑综合症病毒全序列知道 ,该病毒存在着至少两种不同的分离株 ,但基因组序列非常保守。本文报道该病毒的一个基因序列的分析结果以及三个不同的白斑综合症病毒分离株的同源基因片段序列的比较结果。       

狂犬病病毒 SYBR-Green玉实时荧光定量 PCR 检测方法的建立

狂犬病病毒为不分节段单链负股的 RNA 病毒,属弹状病毒科狂犬病病毒属.世界上几乎所有国家都有狂犬病发生,狂犬病病毒能够使所有温血动物发病致死,死亡率高达100%.本研究根据 GenBank 中的狂犬病病毒 M 基因序列,选择保守区域设计引物,通过对 SYBR-Green玉实时荧光 PCR 反应条件进行优化,建立了用于检测狂犬病病毒的 SYBR-Green玉实时荧光 PCR 方法.结果显示,建立的狂犬病病毒实时荧光定量 PCR 方法,具有特异性强、灵敏度高、重复性好的优点,是开展狂犬病的临床检测的有力工具.     

蜜蜂克什米尔病毒实时荧光RT-PCR检测方法的建立和评价

蜜蜂克什米尔病毒(Kashmir bee virus,KBV)是一种高毒力的急性蜜蜂病毒,可以引起蜜蜂的死亡和蜂群崩溃.本研究旨在建立一种灵敏、快速检测KBV的TaqMan实时荧光RT-PCR检测方法.参照GenBank中polymerase polyprotein有关基因序列,设计一组特异性引物和探针,并通过体外转录法制备RNA标准品作为阳性模板.在对反应体系进行优化的基础上,建立了 KBV的实时荧光RT-PCR检测方法并进行了特异性试验、敏感性试验、重复性试验和临床样本验证.结果显示:该方法能有效扩增8×100拷贝/μL～8×107拷贝/μL 的KBV标准品,建立的标准曲线呈现良好的线性关系.该方法的检测灵敏度为8拷贝/μL,对其他蜜蜂病毒不发生交叉反应,具有很好的特异性;重复性试验结果显示组内和组间的变异系数分别低于1％和2％,重复性良好.应用本研究建立方法与常规RT-PCR方法对样品进行检测,TaqMan实时荧光RT-PCR检测方法的特异性优于常规RT-PCR.本研究建立的实时荧光RT-PCR检测具有良好的敏感性、特异性和重复性,为KBV的检测和流行病学调查提供技术支持.     

WSSV和IHHNV二重实时荧光PCR检测方法的建立

根据基因库中对虾白斑综合征病毒WSSV(AF369029)和传染性皮下及造血器官坏死病毒IHHNV(AF218226)基因序列,设计了WSSV和IHHNV的两对特异性引物和两条用不同荧光基团标记的TaqMan探针。对反应条件和试剂浓度进行优化,建立了能够同时检测WSSV和IHHNV的二重实时荧光PCR方法。该方法特异性好,对WSSV和IHHNV的检测敏感性分别达到2和20个模板拷贝数;此外抗干扰能力强,对WSSV和IHHNV不同模板浓度进行组合,仍可有效地同时检测这二个病毒。对保存的30份经常规PCR检测仅为WSSV或IHHNV阳性的样品进行二重实时荧光PCR检测,结果都为阳性,其中1份为WSSV和IHHNV混合感染。本研究建立的二重实时荧光PCR方法用于WSSV和IHHNV的检测具有特异、敏感、快速、定量等优点。     

对虾白斑综合症病毒重组cDNA克隆的构建与分析

取经人工注射感染了对虾白班综合症病毒40-45h的凡纳对虾鳃组织,分离mRNA,以mRNA为模板合成双链cDNA,并克隆于PUC质粒的Not I/Sal I位点,构建了1000余株对虾感染后期鳃细胞的重组cDNA克隆,重组质粒经PCR鉴定插入片段,DNA斑点杂交分析目的片段,测定了20株对虾白斑综合症病毒的重组cDNA克隆的末端DNA序列,并对其进行了包含存在的开放阅读框架,启动区上游序列、编码产物的特性等分析。结果显示,PCR产物在0.3-1.6kb之间;大于1kb的克隆中有31.8%的克隆为白斑综合症病毒的重组cDNA克隆。已测序的不包含同源序列的13株克隆中含有14个开放阅读框,其中11个上游可检出启动子基序,4个可检出启动子调制元件,ORF转译产物的特性基序分析显示,有2个ORFs可检出锌指基序,3个ORFs可检出亮氮酸拉链基序,2个ORFs可检出NTP结合基序,未检定核定位信号基序。     

白斑综合症病毒与对虾血淋巴细胞的体外结合实验

通过差速离心和蔗糖密度梯度离心,从感染了白斑综合症病毒(WSSV)的病虾头胸部分离了WSSV,利用地高辛对病毒蛋白进行了标记(DIG-WSSV),以体外培养的对虾血淋巴细胞为吸附基底,观察和分析了病毒与细胞间的结合现象及特性。以NBT/BCIP为酶反应显色底物观察到在细胞周围形成许多暗紫色颗粒,证实病毒与细胞间存在着稳定的结合。以OPD为酶反应显色底物分析了结合反应的特性:当DIG-WSSV维持恒定值时,随着血淋巴细胞数量的增加结合显色增强,细胞数量达到1.2104cells/孔,492nm处的吸光值达到饱和;当血淋巴细胞数量维持恒定值时,随着DIG-WSSV蛋白含量的增加显色增强,且在DIG-WSSV的蛋白浓度达到4g/孔时,492nm处的吸光值达到饱和;未标记WSSV可竞争抑制血淋巴细胞与DIG-WSSV间的结合作用。进一步的研究得出:4℃下,随着结合时间的延长显色增强,但继续延长结合时间显色反而减弱;缓冲液的渗透压对结合结果影响甚微,而酸性条件利于病毒与细胞间的结合。37℃孵育对病毒结合活性影响不大,55℃和70℃孵育可显著影响病毒的结合活性;短时间超声波处理病毒可增加病毒结合能力,长时间超声波处理可破坏病毒结合能力;有机溶剂处理同样可破坏病毒结合能力,其中尤以氯仿/甲醇的处理更为激烈;不同的去垢剂对病毒结合活性的影响结果不同:SDS和脱氧胆酸钠可以降低病毒的结合活性,而Triton X-100和NP-40可以提高病毒的结合活性。     

检测蜜蜂急性麻痹病毒TaqMan实时荧光RT-PCR方法的建立和初步应用

[背景] 蜜蜂急性麻痹病毒（Acute Bee Paralysis Virus,ABPV）是一种高毒力的蜜蜂病毒,可以引起蜜蜂的大批死亡和蜂群衰竭。[目的] 建立一种快速、灵敏的ABPV实时荧光RT-PCR检测方法。[方法] 根据ABPV衣壳蛋白基因保守序列设计引物和探针,通过对引物、探针浓度和退火温度等反应条件进行优化,建立基于TaqMan探针检测ABPV的实时荧光RT-PCR方法,并对方法的灵敏性、特异性和稳定性进行验证。[结果] ABPV实时荧光RT-PCR检测方法在9.8×10¹-9.8×10⁸ copies/μL之间呈现良好的线性关系,线性相关系数R²为0.998,扩增效率为103.8%。该方法的检测灵敏度为9.8 copies/μL;对其他蜜蜂病毒不发生交叉反应,具有良好的特异性;重复性试验结果显示组内和组间的变异系数分别为0.19%-0.80%和0.57%-1.07%,重复性良好。对2018年-2019年在福建地区采集的70份蜜蜂样品进行ABPV检测,阳性率为2.86%。[结论] 建立的ABPV实时荧光RT-PCR检测方法能用于该病的实验室检测、流行病学调查和疫情监测。     

对虾白斑综合症病毒与虾鳃细胞膜特异性结合关系的确立

对虾白斑综合症病毒(White spot syndrome virus,WSSV)是养殖对虾的一个主要病原,也是目前发现的基因组最大的动物病毒(基因组约290kDa,双链环状)。WSSV病毒粒子为卵形杆状,外被囊膜,囊膜在尾部延伸成一长尾。它不仅能感染对虾,还能感染其它淡水及海水甲壳类。养殖对虾被感染后,3—10d内累积死亡率可达100％,给对虾养     

白斑综合症病毒感染相关蛋白质相互作用的研究进展

白斑综合症病毒（white spot syndrome virus,WSSV）是危害对虾的主要病原,给全球水产养殖业带来了巨大经济损失,但至今仍未发现有效的防治方法。研究病毒与宿主的相互作用对于深入了解病毒的致病机理和宿主的免疫机制,从而寻找合适的抗病毒措施具有非常重要的理论意义和实际应用价值。该文主要介绍了蛋白质相互作用的研究方法,以及WSSV病毒蛋白之间、病毒—宿主蛋白之间和宿主蛋白之间相互作用的研究进展,为有效地防治WSSV及相关科研提供参考。     

对虾白斑综合症病毒囊膜蛋白VP28的表达及其抗病毒感染作用

根据GenBank上WSSV囊膜蛋白基因vp28的序列,设计并合成引物,PCR扩增得到vp28基因,成功构建重组表达载体pET22b-vp28并转化大肠杆菌BL21(DE3)。基因工程菌株37℃IPTG诱导,表达产物经Western-blot和SDS-PAGE检测显示有与预期大小32kDa相符合的目的蛋白。用Ni2 -柱纯化的目的蛋白分别直接注射螯虾和包被饲料投喂螯虾,实验结果表明vp28在大肠杆菌中的表达产物有显著提高虾体抗WSSV感染力的作用,而且注射效果更好。     

对虾白斑综合症病毒囊膜蛋白VP19的融合表达及其抗病毒感染作用

根据GenBank上WSSV囊膜蛋白基因vp19的序列,设计并合成引物,PCR扩增得到vp19基因并克隆到pGEM‐T载体中,经过BamHⅠ/HindⅢ酶切、连接并将vp19插入到pET32b表达载体中。用重组质粒pET32b-vp19转化大肠杆菌Origam(iDE3)pLysS,在IPTG诱导下,融合蛋白Trx-VP19以可溶性的形式得到表达,经SDS-PAGE和Western-blot检测显示其分子量与预期的大小相符合。目的蛋白经Ni2 柱纯化并定量后分别直接注射鳌虾和包被饲料投喂鳌虾。实验结果表明注射Trx-VP19可以提高鳌虾个体抗WSSV感染力的作用。     

对虾白斑综合征病毒的细胞因子受体基因的分析与表达

在对虾白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)的基因组中发现一个具有细胞因子受体特征的开放阅读框,该阅读框全长2022个核苷酸,编码674个氨基酸,蛋白质理论分子量为76kDa。该基因含有真核生物细胞因子gp130受体特征序列。为了研究该基因的功能,采用PCR方法从病毒基因组中扩增出基因片段,克隆到pGEM-T Easy载体中,经BamH I和Sal I双酶切后插入pET28b表达载体中。重组质粒转化到大肠杆菌BL21中,IPTG诱导后,经SDS-PAGE电泳表明在。76kDa处有目的蛋白表达。用冰浴超声波对诱导后的菌液进行处理以获得初步纯化的蛋白,作为抗原人工免疫实验兔子以获得含特异性抗体的抗血清。该基因的表达成功,为其功能的进一步深入研究奠定了基础。     

A thioredoxin response to the WSSV challenge on the Chinese white shrimp, Fenneropenaeus chinensis

Thioredoxin (TRX) is involved in cell redox homeostasis. In addition, it is responsible for maintaining proteins in their reduced state. In our study, a Fenneropenaeus chinensis thioredoxin (FcTRX) gene was identified from the Chinese white shrimp. The full length of FcTRX was 777 bp, including a 60 bp 5′ untranslated region (UTR), a 318 bp open reading frame (ORF) encoding a 105 amino acids protein, and a 399 bp 3′ UTR. FcTRX contained a TRX domain with a conserved motif of Cys-Gly-Pro-Cys (CGPC). No signal peptide was predicted by SMART analysis. The molecular mass and pI of FcTRX were 12 kDa and 4.62, respectively. FcTRX is a widely distributed gene, and its mRNA is detected in hemocytes, hearts, hepatopancreas, gills, stomach, and intestine from an unchallenged shrimp. The expression level of FcTRX was the highest in hepatopancreas, where it was down-regulated to the lowest level at 12 h white spot syndrome virus (WSSV) challenge. In the gills, it went up to the highest level at 6 h. Western blot showed that FcTRX protein in hepatopancreas challenged with WSSV was down-regulated from 2 h to 12 h and then restored to the level similar to that of unchallenged shrimp at 24 h. In the gills challenged with WSSV, the FcTRX protein was up-regulated from 6 h to 24 h. Our research indicated its possible role in the anti-WSSV innate immunity of shrimps.     

一种改良的对虾白斑综合征病毒的提纯技术

The envelope proteins of White spot syndrome virus (WSSV) are very fragile and easy to be destroyed during purification. It was difficult to obtain a large quantity of intact virions by routine sucrose gradient centrifugation. After modifying the sucrose gradient by adding citrate sodium, we can obtain a large quantity of intact virions and nucleocapsids. This purified virions and nucleocapsids were subsequently used for analyzing viral structural proteins and DNA extraction. The result showed that this modified techniaue is very efficient for virus purification.     

基于颜色判定的环介导等温扩增技术检测HPV6和HPV16

建立了一种基于颜色判定的简单、快速和灵敏的检测方法,即环介导等温核酸扩增技术(LAMP)应用于HPV6和HPV16亚型的检测。该技术设计分别对应于HPV6和16的E6和E7基因序列中6个区段的4条特异引物,在等温条件下(63℃)进行核酸扩增反应1h,在扩增前加入HNB染料(羟基萘酚蓝)作为反应指示剂,以HNB染料颜色的变化做为结果判定的标准,并经LA-320实时浊度仪和琼脂糖电泳证实。文中利用这种技术对13份已知的单重感染13种HPV不同亚型的临床样本进行了特异性分析,同时对2个含目的片段的克隆质粒的系列稀释物进行了灵敏度分析。结果显示LAMP方法特异性高,颜色法判断的灵敏度均为1000个拷贝DNA分子水平,比Real-time PCR低10～20倍,对62份宫颈刮片临床标本的HPV6和HPV16检出率和HPV分型试剂盒一致。因此,基于颜色判定的环介导等温扩增方法有望应用于人乳头瘤病毒HPV6和HPV16感染的快速筛选,具有在基层疾病预防控制中心和医院推广和应用的潜力。