基于网络药理学的葛根抗肿瘤潜在机制探讨

本文采用网络药理学方法探讨葛根的抗肿瘤的作用机制。首先采用类药性评估筛选葛根的活性成分,然后反向分子对接法预测作用靶点,在pubmed数据库人工检索靶点是否与肿瘤相关。靶点信息导入到生物注释系统MAS3.0,结合KEGG数据库进行靶点分析和通路分析,cytoscape软件中分别绘制化合物-靶点、靶点-通路网络,最后合并生成成分-靶点-作用网络图。实验结果显示从葛根中筛选出16个活性化合物,并预测出34个靶蛋白和44条信号通路。网络分析发现葛根潜在作用通路有直接作用于多种肿瘤疾病,也有间接作用于多条与肿瘤形成发展有关的通路。综上,葛根通过多成分、多靶点、多通路的形式发挥着抗肿瘤作用,为后续作用药理实验提供了依据,也为其他中药的相关研究提供借鉴和参考。     

Hippo-YAP/TAZ与Notch信号通路在肝纤维化中的作用

病毒性或代谢性慢性肝病引起的肝纤维化是全球健康的一大挑战。Hippo-YAP/TAZ通路与Notch信号通路在肝纤维化进展中发挥了至关重要的作用。经典的Hippo通路核心激酶级联在大量外界信号的作用下，通过磷酸化使转录共激活因子YAP/TAZ失活，从而调控细胞的生长与增殖以及干细胞再生、肿瘤形成等过程。Notch信号通路通过调控脂质代谢、IR、氧化应激、自噬、炎症与纤维化等方面参与肝病的发生与发展。该文就Hippo-YAP/TAZ与Notch信号通路在肝纤维化过程中对肝星状细胞、巨噬细胞、肝脂质代谢等方面的影响及两条通路的交互作用进行了详细地综述。概括了2条通路在肝纤维化中的研究现状，总结分析了交互作用研究中存在的问题和未来的方向，旨在为肝纤维化的防治提供新的靶点和理论依据。     

TGF-β1/Smad信号通路在肝纤维化中的研究进展

肝纤维化是各种慢性肝病发展的终末阶段,严重威胁人类健康,肝移植是根治肝纤维化的有效方法,但其应用受到肝源短缺的限制,因此寻求肝纤维化治疗靶点、突破肝纤维化治疗具有重要意义。肝纤维化的发生过程是一个复杂的级联反应,多种致纤维因子通过相应的信号通路作用于靶细胞,使之产生致纤维化的各种生物学应答,人转化生长因子β1(Transforming Growth Factorβ1,TGF-β1)是其中最重要的致纤维化因子,Smad蛋白(Drosophila Mothers Against Decapentaplegic Protein)家族是TGF-β1信号传至核内关键的下游信号分子,TGF-β1/Smad信号通路在肝纤维化中发挥主要作用,采取不同措施阻断或调控该信号的传导可作为防治肝纤维化的重要策略,是治疗肝硬化的重要靶点,本文在总结TGF-β1/Smad信号通路在肝纤维化过程中的作用机理的基础上,综述了近年来基于此而提出的各项临床治疗策略及其研究进展。     

人肝星状细胞激活和抑制及其相关分子机制的研究进展

肝纤维化是肝脏对一系列慢性刺激的损伤修复反应,以细胞外基质的过度沉积为主要特征。许多研究证明人肝星状细胞(hepatic stellate cells,HSCs)的活化与增殖是肝纤维化形成的中心环节。因此,肝星状细胞激活机制及抑制活化途径的研究和发现成为防治肝纤维化的关键。目前,国际上肝纤维化药物研发的思路之一是从肝纤维化发生的机制,即肝星状细胞激活机制中寻找分子靶点。近年来,对各种使肝星状细胞活化的信号通路及相关抑制机制的研究取得了一些进展,但由于肝星状细胞活化是多条信号通路相互协调的结果,其复杂性、未知性造成了阻断方式的特异性、多样性,使该研究还仅限于实验室阶段,要想应用于临床还需要大量实验证明。该文就最新发现的肝星状细胞激活和抑制及相关分子机制作一综述。     

基于网络药理学及分子对接探讨桑叶-菊花治疗高血压的作用机制

本文旨在通过网络药理学和分子对接方法探讨桑叶-菊花治疗高血压的潜在分子作用机制。首先从GEO数据库下载基因芯片数据,使用R语言limma包筛选差异表达基因,通过中药系统药理学分析平台筛选桑叶-菊花有效成分及相应靶蛋白,利用Venn软件取药物与疾病交集靶点,运用Cytoscape3.7.2软件构建"化合物-靶点"网络及可视化分析,并用Bisogenet和CytoNCA插件对关键靶点进行蛋白网络互作及拓扑分析,通过David数据库和R语言clusterProfiler包对关键靶点进行GO功能富集及KEGG通路分析,应用AutoDock Vina软件对活性成分与关键靶点进行结果验证。结果显示桑叶-菊花成分作用于高血压的靶点41个,拓扑分析出156个核心靶点信息,GO分析共包含52条生物过程、13条分子功能、15条细胞组成等80条富集结果,KEGG通路分析发现39个条目,涉及IL-17信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化信号通路、TNF信号通路等。分子对接结果显示与关键靶点对接较好的成分有槲皮素、木犀草素。本研究初步揭示了桑叶-菊花通过"多成分-多靶点-多途径"协同作用发挥降压作用,为深入研究其物质基础及作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨冬虫夏草治疗肾纤维化的潜在作用机制

为了探究冬虫夏草治疗肾纤维化的分子机制,本研究运用网络药理学方法筛选出冬虫夏草抗肾纤维化的活性成分、潜在作用靶点及相关信号通路,并对关键的化合物和靶点进行分子对接。结果表明,冬虫夏草共有22个化合物和364个潜在靶点参与治疗肾纤维化,蛋白互作（PPI）分析出IL-6、TNF-α、MAPK3、EGFR、SRC、CASP3和MAPK1等关键潜在靶点,KEGG通路富集筛选得到163条信号通路。分子对接结果显示,冬虫夏草治疗肾纤维化过程中,其核心化合物金色酰胺醇酯、啤酒甾醇、酒渣碱、花生四烯酸、11,14-二十碳二烯酸分别与PIK3CA、PIK3CB、PIK3CD、MAPK1、MAPK3、RELA等具有良好的结合性能。分析结果显示,冬虫夏草具有通过多成分、多靶点、多通路减缓肾纤维化的潜力,为其抗肾纤维化临床使用提供了一定的依据。     

化湿败毒方治疗新型冠状病毒肺炎的药理学机制探讨和网络药理学研究

本文旨在探讨化湿败毒方治疗COVID-19的现代药理学研究并运用网络药理学方法预测化湿败毒方治疗COVID-19的作用机制。通过查阅文献及临床报道,总结化湿败毒方治疗COVID-19现代药理学研究。通过TCMSP数据库获取化湿败毒方的主要活性化合物及对应靶点并利用GeneCards数据库获取COVID-19的疾病靶点。使用STRING数据库构建蛋白互作网络并对核心靶点进行GO富集和KEGG通路分析,利用Cytoscape3.7.0软件构建化合物-靶标网络。最后把主要核心化合物与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2受体进行分子对接。现代药理学研究表明,化湿败毒方有抗炎、抗病毒和调节免疫作用。结果筛选到261个中药靶点,251个疾病相关靶点,药物和疾病靶点取交集得到关键靶点49个。GO富集包括1 547条生物过程、29条细胞组分以及86项分子功能,KEGG通路富集得156条通路与COVID-19相关(P0.05),涉及卡波西氏肉瘤相关疱疹病毒感染、人巨细胞病毒感染、甲型流感、IL-17通路、TNF通路、AGE-RAGE通路等相关通路。预测出主要的核心化合物有槲皮素、木犀草素、山奈酚、汉黄芩素、柚皮素、β-谷甾醇、黄芩素等,在整个网络中发挥着关键作用。分子对接结果显示槲皮素、木犀草素、山奈酚与3CL水解酶和ACE2均有较好的结合。本研究较为全面揭示了化湿败毒方治疗COVID-19"多成分、多靶点、多通路"的特点,为深入探讨化湿败毒方治疗COVID-19的作用机制提供参考依据。     

中医药的抗炎机制在治疗肝纤维化中的作用

肝脏是人体腹腔内最大的实体器官,对维持机体的基本生理功能起着至关重要的作用。肝脏疾病是威胁人类健康的常见病多发病。全球约有10%人口受到不同程度的肝脏疾病的危害,其中,肝纤维化往往成为这些疾病的晚期病理特征。由于肝纤维化的发病机制复杂,尚无有效的合成类药物能够治疗肝纤维化。中药治疗肝纤维化具有多靶点和副作用小的优势。本文综述了肝纤维化的病理特征与诱发炎症的关系,讨论了中药治疗肝纤维化的单味中药、传统配方及其化学活性成分的抗炎症机制。     

基于网络药理学和分子对接技术探究清震汤治疗偏头痛的作用机制

基于网络药理学及分子对接技术探究清震汤治疗偏头痛的作用机制。利用中药系统药理学平台,结合文献报道,获取清震汤中3味中药的活性成分和作用靶点,借助UniProt数据库对靶点蛋白名称进行规范。通过DrugBank、GeneCards等数据库获取偏头痛相关靶点。运用在线Venny作图平台,得到清震汤治疗偏头痛的潜在作用靶点。通过STRING平台构建潜在靶点PPI网络,将所得蛋白互作信息导入Cytoscape 3.7.1进行图像优化及提取核心基因,运用DAVID数据库对潜在作用靶点进行富集分析,采用Cytoscape 3.7.1构建“中药-化合物-靶点-通路”调控网络并进行拓扑分析,使用Autodock软件进行分子对接验证。网络药理学分析结果显示,清震汤中治疗偏头痛可能与槲皮素、山奈酚、豆甾醇等40个化学成分有关,IL6、CXCL8、TNF、PTGS2等为关键靶点。富集分析得到GO条目436条,KEGG通路92条,主要涉及TNF信号通路,神经信号传递通路等。分子对接结果显示,上述活性成分与相关靶点具有较好的结合活性。该研究初步表明,清震汤中多种活性成分通过作用于IL6、CXCL8、TNF、PTGS2等关键靶点,调节多条信号通路,发挥治疗偏头痛的作用。     

基于蛋白互作和关键作用靶点的网络药理学研究当归四逆汤治疗腰椎间盘突出症的作用机理

基于网络药理学探求当归四逆汤作用于腰椎间盘突出症的作用机理。系统检索中药系统药理学技术平台(TCMSP)、中药潜在靶点数据库(TCM-PTD)获取当归四逆汤药物的有效活性成分45个,作用靶点132个,并将得到的靶点与通用蛋白数据库(Uniprot)中载入的基因名称简称进行匹配。通过检索人类基因数据库(GeneCards)和孟德尔疾病基因数据库(OMIM)来获取腰椎间盘突出症的作用靶点,汇入表格并去除重复靶点之后,共得到有效靶点379个。使用ClusterProfiler R编程软件绘制Venn图,获取药物和疾病共同作用的靶点25个。利用Cytoscape Version 3.6.1软件,构建当归四逆汤活性成分-药物疾病共同作用靶蛋白网络。将药物疾病共同作用靶点导入功能性蛋白关联网络平台(STRING),获取蛋白互作网络,并使用Cytoscape Version 3.6.1软件对蛋白互作网络图进行拓扑分析和注释分析,得到核心靶点AKT1、PTGS2、MAPK1、STAT3、MAPK8、JUN、CASP3、MAPK14等。使用ClusterProfiler R软件对疾病药物公共作用靶点进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)通路富集分析,并用Cytoscape Version 3.6.1绘制靶点-通路网络图,得到当归四逆汤的有效活性成分paeoniflorin、beta-sitosterol、kaempferol、(+)-catechin、stigmasterol、formononetin、licochalcone a、sesamin以及关键作用靶点IL6、AKT1、PTGS2、MAPK1、STAT3、MAPK8、JUN、CASP3、MAPK14、IL10等,并发现关键作用靶点主要通过丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)活性、蛋白质丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活性、血红素结合、磷酸酶结合、氧化还原酶活性、FMN结合、内肽酶活性、激素结合等功能,涉及HIF-1、FoxO、NF-κB、MAPK、p35等信号通路治疗腰椎间盘突出症。该文揭示了当归四逆汤从多成分、多靶点、多通路的角度治疗腰椎间盘突出症的作用机制,为新药开发及临床应用提供了依据与新的思路。