内蒙古根瘤菌的数值分类

对63株新分离的内蒙古根瘤菌与6株来自Rhizobiumleguminosarum及Sinorhizobiummililoti的参比菌株一起进行了数值分类。结果表明：所有测试菌株在67％的相似性水平上分为三个表观群,群Ⅰ包括3株Sinorhizobiummeliloti的参比菌和9株新分离的内蒙古根瘤菌;群Ⅱ包括3株RhizobiumLoguminosarum参比菌和37株新分离的内蒙古根瘤菌;群Ⅲ全部由20株新分离的内蒙古根瘤菌组成。在78％的相似     

陕西太白尾矿区根瘤菌多样性及抗性菌株筛选

以研究陕西太白金矿尾矿区根瘤菌的资源多样性和重金属、苯酚抗逆性菌株的筛选为目的,选取分离自尾矿废弃地及太白河边的8种豆科植物的108株根瘤菌及42株参比菌株,进行了生长温度范围,唯一碳源、氮源利用,生长初始pH,耐盐性,重金属和苯酚的抗性等151项表型性状分析。结果表明,供试根瘤菌的表型特性存在明显差异,在85%的相似水平上供试菌株聚成5个类群,其中类群I有26株菌,主要分离自天蓝苜蓿(Medicago lu-pulina);类群Ⅱ有12株菌,其寄主各不同;类群Ⅲ有3株菌,寄主均为金翼黄芪(Astragalus chrysopterus);类群Ⅳ有40株菌,主要分离自金翼黄芪;类群Ⅴ有4株菌,寄主均为截叶铁扫帚(Lespedeza cuneata)。类群Ⅳ与已知种R.mongolense聚在一起,其这4个类群未与参比菌株聚在一起,可能是新的表观群,其分类地位需进一步确定。一些菌株表现了较强的抗重金属和苯酚毒性的能力,其中1株菌能耐受0.15 mmol/L的Hg2 ,4株菌能耐受0.4mmol/L的Cu2 ,3株菌能耐受1.6 mmol/L的Zn2 ,5株菌能耐受900 mg/L的苯酚。     

山东省根瘤菌表型多样性及数值分析

在山东省根瘤菌资源调查的基础上,选取31株快生根瘤菌和34株参比菌株,进行了102项表型性状测定和聚类分析。结果表明：不同地理来源、甚至同一地区来源或同种寄主的不同菌株在碳氮源利用、抗生素抗性、耐逆性等方面存在着较高的多样性。32% 的菌株可耐受300 μg/mL的新霉素,39%的菌株可耐受300 μg/mL的青霉素和洁霉素。2株菌能耐受4.0% 的NaCl。13株菌可以在pH11的条件下生长。在87％的相似水平上,未知菌株形成2个独立的亚群,第1亚群有3株菌,中心菌株为SD109;第2亚群有4株菌,中心菌株为SD083。     

江汉平原及其周边地区花生根瘤菌的遗传多样性

采用RAPD分析技术和16S－23S rRNA间隔区段（IGS）RFLP分析,分别对分离自江汉平原及其周缘地区的花生根瘤菌进行了遗传多样性和系统发育研究。结果表明,全部供试验菌分别在48％和50％的相似性水平分为Ⅰ、Ⅱ两群,供试花生根瘤菌与参比菌株B.japonicum和B.elkanii聚在群I,参比菌株Rhizobium Sinorhizobium,Mesorhizobium和Agrobacterium聚在群Ⅱ。供试花生根瘤菌的遗传多样性及其在系统发育中的地位主要受地域因素的影响,来自江汉平原中心地带天门和潜江的菌株在76％以上的相似性水平上聚在一起,处于周边地带的武汉和荆州,由于其特定的地理因素的影响。菌株的多样性更为丰富,部分菌株在分类上与其它地域的菌株相互融合,并在较高的相似水平存在一定摆动性,来自外缘随州的菌株,表现了明显的地理分隔作用,其在系统演化中的地位相对独立,总体上从平原腹地到外缘地区。根瘤菌地理分隔作用逐渐明显,在平原外缘的交接地带,根瘤菌的多样性最为丰富。     

我国蚕豆根瘤菌的数值分类及其16SrDNA PCR-RFLP研究

对分离自我国11个省24个地区49株蚕豆根瘤菌及11株参比菌株进行了唯一碳源、氮源、抗生素、耐逆性和酶活性等138个表型性状测定,并用MINTS软件进行聚类分析。结果表明,全部供试菌株在59％的相似水平上聚在一起,在80％的相似水平上可分为6个群。其中群4与参比菌株聚在一起,而其他5个群均由未知菌组成。进一步对36株菌进行了16S rDNA PCR—RFLP分析,在85％相似水平上供试菌可分为4个群和1个独立的分支,其聚群结果与数值分类结果有较好的一致性。表型及遗传型分析结果表明,我国蚕豆根瘤菌具有极大的多样性。     

分离自杭子梢等3个宿主的根瘤菌的表型分析*

对86株分离自杭子梢、决明和菜豆的根瘤菌及20株已知参比菌进行了数值分类和全细胞蛋白SDS-PAGE的表型分析。在数值分类聚类中,所有供试菌在68％的相似性水平上分为两群。群I为快生和中侵生根瘤菌,群Ⅱ为慢生根瘤菌。群I在85％的相似性水平上又可分为3个亚群,群Ⅱ在76％的相似性水平上分为3个亚群。蛋白电泳结果表明,群I在68％的相似性水平上,分为4个亚群,其中亚群1和亚群2相当于数值分类中的亚群1,亚群3和亚群4与数值分类中的亚群2和亚群3相对应;群Ⅱ在59％的相似性水平上分为3个亚群,分别与数值分类中的亚群3、亚群1和亚群2大致对应。这说明两种方法在分类上得到的结果比较接近。正在通过进一步的实验确定两种方法一致的未与已知菌株聚在一起的亚群的分类地位。研究结果还表明,三种宿主的根瘤菌存在着多样性。     

斜茎黄芪根瘤菌表型性状数值分析

对95株斜茎黄芪根瘤菌与15株已知根瘤菌参比菌及5株来自其它寄本植物的根瘤菌一起进行了130项表型性状分析。结果表明：斜茎黄芪根瘤菌具有极大的表型性状多样性。全部供试菌株在83％相似性水平上分为19个表观群,大部分斜茎黄芪根瘤菌独立成群,与参比菌株的表到性状相似性较低;慢生型斜茎黄芪根瘤菌与快生型斜茎黄芪根瘤菌明显分开,分别构成独立的表现群;某些斜茎黄芪根瘤菌具有很强的抗逆性。     

我国蚕豆根瘤菌的数值分类及其16S rDNA PCR-RFLP研究*

对分离自我国11个省24个地区49株蚕豆根瘤菌及11株参比菌株进行了唯一碳源、氮源、抗生素、耐逆性和酶活性等138个表型性状测定,并用M INTS软件进行聚类分析。结果表明,全部供试菌株在59%的相似水平上聚在一起,在80%的相似水平上可分为6个群。其中群4与参比菌株聚在一起,而其他5个群均由未知菌组成。进一步对36株菌进行了16S rDNA PCR-RFLP分析,在85%相似水平上供试菌可分为4个群和1个独立的分支,其聚群结果与数值分类结果有较好的一致性。表型及遗传型分析结果表明,我国蚕豆根瘤菌具有极大的多样性。     

分离自补骨脂等宿主根瘤的24株菌的数值分类和16S rDNA PCR-RFLP 研究

采用数值分类和16S rDNA PCR-RFLP对分离自云南省豆科植物补骨脂(Psoralea corylifolia)、葛藤(Pueraria lobata)、杭子梢(Campylotropis macrocarpa)等宿主的24株菌及10株根瘤菌参比菌株进行了研究。数值分类结果表明, 在84%相似性水平上, 所有的菌株可分为3群：群Ⅲ为未知菌群, 群Ⅰ为慢生菌群, 群Ⅱ为快生和中慢生菌群。从依据16S rDNA PCR-RFLP分析建立的树状图来看, 在70%相似性水平上, 所有的菌株可分为5个系统发育分支：分支Ⅰ和Ⅴ没有参比菌株, 为未知分支; 分支Ⅱ为Agrobacterium-Sinorhizobium-Rhizobium, 分支Ⅲ为Mesorhizo- bium, 分支Ⅳ为Bradyrhizobium。数值分类和16S rDNA PCR-RFLP的结果部分一致, 有2株菌与A. tumefaciens IAM13129T聚在一起。     

西北部分地区苦马豆根瘤菌的表型多样性研究

将采集自甘肃、新疆、宁夏等地区的苦马豆根瘤,经分离、纯化获得48株未知菌株,并选取7株参比菌株,进行唯一碳、氮源利用、对抗生素及染料抗性、耐盐性、初始pH生长、生长温度范围及酶活性等共113项生理生化测定;采用数值分类方法对未知根瘤菌进行表型多样性分析。结果表明：供试菌株在碳氮源利用、抗生素敏感性、抗逆性等方面存在着差异。该地区苦马豆根瘤菌具有较强的耐盐、耐碱能力,所有菌株均能在初始pH9~12的YMA培养基上生长,35%菌株可耐受6%的NaCl。从数值分类树状图可见,未知供试菌株在56%的相似水平上聚在一起,在72%的相似水平上分为5个表观群。群Ⅰ有39株菌,在74.6%相似水平聚合,中心菌株为CCNWGS0215;群Ⅱ有5株菌,在76%的相似水平聚合,中心菌株为CCNWGS0228;群Ⅳ有2株菌,在81.5%的相似水平聚合,群Ⅲ和群Ⅴ分别只有1株菌,它们与模式株分离,可能为潜在的新种。     

刺槐根瘤菌的表型多样性研究

从杨陵地区采集豆科树种刺槐的根瘤,经分离、纯化,获得40株未知菌株,并选取35株参比菌株,进行唯一碳源、氮源利用、对抗生素和染料的抗性、耐盐性、初始pH生长、生长温度范围及石蕊牛奶反应等共105项生理生化测定。结果表明：供试的刺槐根瘤菌在碳、氮源利用、抗生素敏感性、对染料的抗性程度等方面存在着差异。部分菌株具有较强的耐盐碱能力,其中42．5％的菌株能耐受3.0％的NaCl,17．5％的菌株可在初始pH12的YMA培养基上生长。从数值分类树状图可见,在86％的相似水平上未知菌株构成了3个新的类群,其中第1、2类群各有10株菌,中心菌株分别为NWYC113和NWYCl29,第3类群有7株菌,中心菌株为NWYC147。其分类地位需进一步研究和确定。     

苜蓿、草木樨、锦鸡儿根瘤菌的表型多样性分析

选用48株分离自新疆和内蒙的苜蓿属、草木樨属、锦鸡儿属植物的根瘤菌菌株, 进行了营养利用、抗生素抗性、耐逆性和酶活性测定等133个表型性状分析。发现分离自同种寄主植物的根瘤菌由于地理来源的不同而存在着较大的多样性。通过数值分类,各已知种分别聚群,41株未知菌在85%的相似水平上分为3个不同于已知种的群。群1的菌株主要分自苜蓿,群2的菌株主要分自草木樨,群3的菌株分自锦鸡儿,XJ96 333(寄主为Melilotus)作为1个单株在84%的相似水平上和群1聚在一起。NM 020(寄主为Caragana)在88%的相似水平上和R.leguminosarum聚在一起; NM 183、NM 218(寄主为Caragana)在86%的相似水平上和S.fredii聚在一起; 在67%的相似水平上, XJ96 482(寄主为Medicago sativa)和其它所有供试菌株聚群。群1、2、3的所有菌株能在含2.0%(340 mM)NaCl的YMA培养基上、pH 9.0的YMA培养基、40℃的高温下生长; 群3的所有菌株还能在含3.0%(510 mM)NaCl的YMA培养基上生长;群1中90%的菌株和群2、3的所有菌株能在10℃的低温下生长。 表明群1、2、3的菌株具有较强的耐盐碱、耐高低温的特性。和已知种S.meliloti具有相同寄主的群1、群2在85%相似水平上未和S.meliloti聚群,表现了这两群菌在表型上的多样性。     

陕西部分地区胡枝子和草木樨根瘤菌的数值分类研究

选用寄主为胡枝子、草木樨的51株未知菌株与34株模式参比菌株进行数值分类研究,结果表明：不同菌株在碳源、氮源利用、抗生素抗性和耐盐碱性等方面存在着差异。采用UPGMA法对105项表型性状进行聚类分析,从聚类图潜可以看出：在86％的相似性水平上,未知菌株构成四个表观群。群Ⅰ有17株菌,中心菌株为NWYCH155;群Ⅱ有15株菌,中心菌株为NWNL178;群Ⅲ有9株菌,中心菌株为NWYL167;群Ⅳ有3株菌,中心菌株为NWZL200。     

我国豇豆和绿豆根瘤菌的数值分类及16S rDNA PCR-RFLP研究

对分离自中国14个不同省(自治区)的79株豇豆和绿豆根瘤菌及12株参比菌株进行了唯一碳、氮源利用,抗生素抗性,抗逆性和酶活性等128个表型性状的测定,并用MINTS软件进行聚类分析。表型性状测定结果发现,所有菌株都有极其广泛的碳、氮源利用谱,大多数菌株可在较宽的pH(pH5·0~11·0)值范围内生长,大部分菌株能在37℃高温条件下生长,个别菌株能耐受60℃高温较长时间(20~45min)的热激。聚类分析结果表明,全部供试菌株在63·5%的相似性水平上分为两大群:一个群为慢生菌群,另一群为快生和中慢生菌群;在79%的相似性水平上分为7个亚群。在数值分类的基础上,又将参比菌株增加到22株,对79株待测菌株进行了16SrDNAPCR-RFLP分析,16SrDNAPCR产物经HaeⅢ、HinfⅠ、MspⅠ和AluⅠ4种内切酶酶切共产生34种遗传图谱类型,经GelComparⅡ软件聚类后,在79%的相似性水平上也可划分为7个亚群,与数值分类的结果有很好的一致性。     

新疆苦豆子根瘤菌的数值分类研究

苦豆子(Sophora alopecuroides)对于干旱荒漠地区的畜牧业发展有着非常重要的意义,其生长特性与根瘤菌有密切关系。我们对分离自新疆苦豆子根瘤的67株根瘤菌及36个模式菌株进行了118项表型性状的测定,包括唯一碳源利用、唯一氮源利用、对抗生素和染料的抗性、耐盐性、初始pH值生长范围、生长温度范围及石蕊牛奶反应、氧化酶、过氧化氢酶和脲酶。对测定结果用聚类分析方法进行了分析,获得数值分类树状图。结果表明：新疆苦豆子根瘤菌在碳氮源利用、抗生素敏感性以及对染料的抗性程度等方面存在着差异。新疆苦豆子根瘤菌能耐受低温,并具有较强的耐盐、碱能力,所有供试菌株均能在初始pH值为9－12的YMA培养基上生长,92.5％的菌株能耐受3.0％的NaCl,91.0％的菌株能耐受4.0％的NaCl,有18株菌甚至能耐受5.0％和6.0％的NaCl。聚类结果表明, 在84.8%的相似性水平上,67个供试菌株构成了4个新的表观群,第Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ类群分别有21、7、4、3个菌株,中心菌株分别为NWBC152、NWTKX101、NWYJS12、NWLP112。此外,数值分类结果还表明,苦豆子根瘤菌与模式菌株的相似性较低,它们所形成的4个独立群可能有新种出现。     

Genotypic characteristics of the rrn operon and genome of indigenous soybean Bradyrhizobia in cropping zones of China

Four genetic assays, 16S rRNA restriction fragment length polymorphism (RFLP), 16S rRNA sequencing, 16S-23S rRNA intergenetic spacer (IGS) RFLP, and amplified fragment length polymorphism (AFLP), were conducted to determine the genotypic characteristics of 44 indigenous strains of Bradyrhizobium from soybean (Glycine max L.) cropping zones of China. The results generated from different assays showed that soybean bradyrhizobial isolates comprised four genomic groups. Group I was composed of strains mainly isolated from the North and Northeast plains of China. All four assays confirmed this group as phylogenetically divergent from all the reference strains. Strains of the group may represent a new species. Strains in Group II isolated from a variety of geographic regions were ascribed to B. liaoningense. Strains in Group III, mainly isolated from Central and East China, were closely related to the reference strains of B. japonicum. Strains in Group IV belonged to B. elkanii.     

Genetic diversity of parasitic dinoflagellates in the genus amoebophrya and its relationship to parasite biology and biogeography

We determined 18S rRNA gene sequences of Amoebophrya strains infecting the thecate dinoflagellates Alexandrium affine and Gonyaulax polygramma from Korean coastal waters and compared those data with previously reported sequences of Amoebophrya from cultures, infected cells concentrated from field samples, and environmental 18S rRNA gene sequences obtained from a variety of marine environments. Further, we used these data to examine genetic diversity in Amoebophrya strains relative to geographic origin, host phylogeny, site of infection, and host specificity. In our analyses of known dinoflagellate taxa, the 13 available Amoebophrya sequences clustered together within the dinoflagellates as three groups forming a monophyletic group with high bootstrap support (maximum likelihood, ML: 100%) or a posterior probability (PP) of 1. When the Amoebophrya sequences were analyzed along with environmental sequences associated with Marine Alveolate Group II, nine subgroups formed a monophyletic group with high bootstrap support (ML: 100%) and PP of 1. Sequences known to be from Amoebophrya spp. infecting dinoflagellate hosts were distributed in seven of those subgroups. Despite differences in host species and geographic origin (Korea, United States, and Europe), Amoebophrya strains (Group II) from Gymnodinium instriatum, A. affine, Ceratium tripos (AY208892), Prorocentrum micans, and Ceratium lineatum grouped together by all of our tree construction methods, even after adding the environmental sequences. By contrast, strains within Groups I and III divided into several lineages following inclusion of environmental sequences. While Amoebophrya strains within Group II mostly developed within the host cytoplasm, strains in Groups I and III formed infections inside the host nucleus, a trait that appeared across several of the subgroups. Host specificity varied from moderately to extremely species-specific within groups, including Group II. Taken together, our results imply that genetic diversity in Amoebophrya strains does not always reflect parasite biology or biogeography.     

分离自补骨脂等宿主根瘤的24株菌的数值分类和16S rDNA PCR-RFLP 研究

采用数值分类和16S rDNA PCR-RFLP对分离自云南省豆科植物补骨脂(Psoralea corylifolia)、葛藤(Pueraria lobata)、杭子梢(Campylotropis macrocarpa)等宿主的24株菌及10株根瘤菌参比菌株进行了研究.数值分类结果表明,在84%相似性水平上,所有的菌株可分为3群:群Ⅲ为未知菌群,群Ⅰ为慢生菌群,群Ⅱ为快生和中慢生菌群.从依据16S rDNA PCR-RFLP分析建立的树状图来看,在70%相似性水平上,所有的菌株可分为5个系统发育分支:分支Ⅰ和Ⅴ没有参比菌株,为未知分支;分支Ⅱ为Agrobacterium-Sinorhizobium-Rhizobium,分支Ⅲ为Mesorhizobium,分支Ⅳ为Bradyrhizobium.数值分类和16S rDNA PCR-RFLP的结果部分一致,有2株茵与A.tumefaciens IAM13129T聚在一起.