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水稻基因组测序的研究进展 总被引:3,自引:0,他引:3
水稻是最重要的粮食作物之一,世界上大约有一半的人口以水稻为主要粮食。作为基因组研究的模式植物,水稻基因组的测序工作已在世界范围内展开。此项研究工作不仅能破译水稻全基因组序列,还将有助于了解其他禾本科植物的基因组信息。本对水稻基因组测序工作进展作一综述。 相似文献
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菌落PCR快速扩增工业酿酒酵母基因组DNA片段 总被引:2,自引:0,他引:2
针对工业酿酒酵母细胞破壁难和提取基因酵母组DNA费时长(2-3 h/样品)的问题,研究了SDS-微珠涡旋破壁的方法。以破壁液上清为模板进行菌落PCR扩增酿酒酵母南阳K基因组中铜抗性蛋白基因(cup1)片段和rDNA片段。结果表明,在不需要提取酵母基因组前提下,利用该方法能有效地扩增酵母基因组DNA片段,同时该方法也适用于对转基因酿酒酵母进行菌落PCR从而实现对转化子的准确和快速地鉴定筛选,是一种成本低和易于操作的适于处理大量样品的方法。 相似文献
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随着人类及其他多种模式生物基因组计划所取得的重大进展 ,目前 ,基因组研究正处于一个从“序列基因组”研究向“功能基因组”研究的重大转折时期。诚然 ,通过“序列基因组”研究可以了解到大量的有关组成基因组所有核苷酸排列顺序的信息 ,但是 ,我们对由这些核苷酸所组成的基因的功能及这些基因的时空表达顺序却知之甚少。比如 ,通过人类基因组计划可以知道组成人类基因组的大约 3 0亿个核苷酸在染色体上是如何排列的 ,而由这些核苷酸可构成哪些基因 ?这些基因具有何种功能 ?这些基因在不同的组织、不同的发育阶段又是如何表达的 ?这正是“… 相似文献
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人类基因组的物理图谱与大规模DNA测序 总被引:3,自引:0,他引:3
1历史的回顾物理图谱的制作是与分子克隆技术分不开的。限制性内切酶的发现,导致了第一个物理图谱的完成(SV40;Danna与Nathans,1971)。新克隆技术,尤其是YAC(YeastArtificialChromosome)和BAC(Bacter... 相似文献
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水稻基因组测序及基因功能的鉴定 总被引:6,自引:0,他引:6
水稻是重要的粮食作物。作为单子叶模式植物,水稻基因组的大规模测序具有巨大的理论价值和现实意义。目前已获得了籼稻“93—11”和粳稻“日本晴”高质量的基因组数据,这为在基因组水平上深入研究其生长、发育、抗病和高产等的遗传机理提供了便利,从而为进一步解决世界粮食危机提供了新的突破口和契机。随着水稻基因组计划的顺利结束,其研究重心也已由建立高分辨率的遗传、物理和转录图谱为主的结构基因组学转向基因功能的研究。结构基因组学研究获得的大量序列数据为揭示和开发功能基因开辟了广阔的前景。目前,利用图位克隆和电子克隆等方法已成功分离了多个水稻抗病、抗虫、抗逆境、抗倒伏、高产、优质等重要农艺性状相关的基因,对培育水稻新品种,促进农业的可持续发展意义重大。据估计,水稻至少拥有3.7万个非转座因子相关的蛋白编码基因。因此,完成全基因组序列测定后,重要基因功能的鉴定已成为当前基因组学研究的主要目标。反向遗传学、大规模基因功能表达谱分析和蛋白质组研究等策略已在研究水稻重要基因的功能方面发挥了重要作用。文章综述了水稻基因组测序及基因功能研究的现状,并就新基因发掘和基因功能注释的方法作了评述,期待为水稻遗传工程和育种实践提供参考。 相似文献
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随着耐药细菌的大量出现及广泛传播,细菌耐药性成为全球备受关注的问题。耐药细菌的特征如耐药基因、毒力因子、质粒分型等以及不同菌株间亲缘关系对于细菌耐药性流行病学及分子生物学的研究有着十分重要的意义。但是传统的技术手段如聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)和脉冲场凝胶电泳(Pulsed field gel electrophoresis,PFGE)等得到的结果不够全面且精确度低,对于现有的研究存在很大的局限性。全基因组测序技术(Whole genome sequencing,WGS)和生物信息学分析(Bioinformatics analysis)由于能够快速详尽地得到耐药细菌的特征,也能更加精细地判断不同菌株间的进化关系,逐渐成为更加有效的技术手段,为耐药性研究提供了有效的帮助。因此,文中系统地介绍全基因组测序分析流程中的各个步骤,主要包括文库构建、平台测序以及后期数据分析三大方面的不同方法和其相应的特点,期望相关研究人员对此能够有更全面的了解,并得到一定的帮助。 相似文献
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复杂基因组测序技术研究进展 总被引:1,自引:0,他引:1
复杂基因组指的是无法使用常规测序和组装手段直接解析的一类基因组,通常指包含高比例重复序列、高杂合度、极端GC含量、存在难消除异源DNA污染的基因组。为了解决复杂基因组的测序和组装问题,需要分别从基因组测序实验方法、测序技术平台、组装算法与策略3个方面进行深入研究。本文详细介绍了复杂基因组测序组装相关的现有技术与方法,并结合复杂基因组经典实例介绍了复杂基因组测序的技术解决途径和发展历程,可为制订合适的复杂基因组测序策略提供参考。 相似文献
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本文综述了线粒体基因组测序策略和方法,在传统测序方法中介绍了基于物理分离线粒体DNA的克隆文库测序方法和基于PCR扩增产物的直接测序方法,后者重点介绍了基于长PCR扩增产物的引物步移法和基于总DNA的引物步移法;应用新一代高通量测序方法有基于总DNA样品的方法,包括需要预扩增mtDNA的多物种平行高通量和无需预扩增mtDNA的高通量方法,基于总RNA样品的转录组测序方法等。在实际工作中,选择哪种方法取决于研究规模、样品大小和保存状态、经费情况等。总的来说,基于长PCR扩增产物的引物步移法尤其适合小规模昆虫线粒体基因组研究,而对于大规模线粒体基因组研究来说,NGS技术无疑是省时省力的最佳选择。 相似文献
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随着单细胞基因组测序技术的建立与发展,对细胞基因组特征的分析进入了单细胞水平。单细胞的基因组分辨率不但使研究人员能够在单细胞尺度上分析肿瘤细胞的异质性,也使得传统上难以检测的稀有细胞的基因组研究成为可能。这些稀有细胞往往具有重要的生物学意义或临床价值,如癌症患者血液中循环肿瘤细胞(circulatingtumorcell,CTC)的基因组检测或三代试管婴儿植入前胚胎细胞的遗传缺陷诊断与筛查(preimplantation genetic diagnosis/screening, PGD/PGS)。本文总结了近年来发展的各种单细胞基因组扩增技术及其优缺点,并介绍了单细胞基因组测序技术在肿瘤生物学和临床检测中的应用,以期为单细胞基因组测序技术在临床检测中应用开发提供参考。 相似文献
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Sakai H Ikawa H Tanaka T Numa H Minami H Fujisawa M Shibata M Kurita K Kikuta A Hamada M Kanamori H Namiki N Wu J Itoh T Matsumoto T Sasaki T 《The Plant journal : for cell and molecular biology》2011,66(5):796-805
Here we present the genomic sequence of the African cultivated rice, Oryza glaberrima, and compare these data with the genome sequence of Asian cultivated rice, Oryza sativa. We obtained gene‐enriched sequences of O. glaberrima that correspond to about 25% of the gene regions of the O. sativa (japonica) genome by methylation filtration and subtractive hybridization of repetitive sequences. While patterns of amino acid changes did not differ between the two species in terms of the biochemical properties, genes of O. glaberrima generally showed a larger synonymous–nonsynonymous substitution ratio, suggesting that O. glaberrima has undergone a genome‐wide relaxation of purifying selection. We further investigated nucleotide substitutions around splice sites and found that eight genes of O. sativa experienced changes at splice sites after the divergence from O. glaberrima. These changes produced novel introns that partially truncated functional domains, suggesting that these newly emerged introns affect gene function. We also identified 2451 simple sequence repeats (SSRs) from the genomes of O. glaberrima and O. sativa. Although tri‐nucleotide repeats were most common among the SSRs and were overrepresented in the protein‐coding sequences, we found that selection against indels of tri‐nucleotide repeats was relatively weak in both African and Asian rice. Our genome‐wide sequencing of O. glaberrima and in‐depth analyses provide rice researchers not only with useful genomic resources for future breeding but also with new insights into the genomic evolution of the African and Asian rice species. 相似文献
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Qing-Po LIU 《Acta Genetica Sinica》2006,33(8):669-677
Rice is known to be one of the most important crops for human consumption. As the model cereal crop, large-scale sequencing of rice genome must play quite important roles both in theoretical research and practical application in rice breeding, which announces the opening of another new way to resolve the world food crisis. At present, the emphasis of rice genome research has been transferred from structure genomics to functional analysis. The discovery of new genes and annotation of gene function was believed to be an important issue in functional genomics research. In this article, the sequencing and functional research of the rice genome were reviewed. These results may provide some useful clues for rice genetic engineering and breeding practices. 相似文献
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We propose a genome sequencing strategy, which is neither divide-and-conquer (clone by clone) nor the shotgun approach. Random PCR-based and PCR relay sequencing constitute the basis of this novel strategy. Most of the genome is sequenced by the former process that requires only a set of non-specific primers and a template DNA. Random PCR-based sequencing reduces redundancy in sequencing by exploiting known sequence information. The number of primers required for random PCR was significantly diminished by using a combination of primers. The former process can be partially replaced by the shotgun method, if necessary. The gap-filling process can be effectively performed by way of PCR relay. The feasibility of this strategy was demonstrated using the Escherichia coli genome. This strategy enhances the global effort towards genome sequencing by being available through the Internet and by allowing the use of preexisting sequence data. 相似文献
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Variation in the DNA sequence of the 10 kDa prolamin gene family within the wild rice species Oryza rufipogon was probed using the direct sequencing of PCR-amplified genes. A comparison of the nucleotide and deduced amino-acid sequences of eight Asian strains of O. rufipogon and one strain of the related African species O. longistaminata is presented. 相似文献
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本研究旨在了解关节假体周围感染(periprosthetic joint infection,PJI)中金黄色葡萄球菌小菌落变异体(Staphylococcus aureus small colony variant,SASCV)的毒力、耐药基因携带情况及分子型别,为探讨其致病机制提供基础数据。收集从19例PJI患者关节液中分离出的SASCV,进行全基因组测序、生物信息学分析及数据库比对,以了解其毒力相关基因和耐药基因的携带情况;采用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)分析菌株型别,并构建系统发育树。结果显示,19株SASCV中,有8株与正常形态金黄色葡萄球菌混合生长。对全部27株菌株进行全基因组测序,基因组长度为 2 696 437~3 011 803 bp,G+C 含量为(32.8±0.05)%。共检出23种毒力相关基因:其中14种黏附素相关基因的检出率较高,为21.1%~100.0%;4种与免疫逃逸相关基因的检出率为36.8%~68.4%;5种溶血及杀白细胞素基因也有检出。耐药基因检出12种:blaZ检出率为78.9%(15/19);mecA检出率为31.6%(6/19);大环内酯类及氨基糖苷类抗生素耐药基因也有不同比例的检出。耐甲氧西林金黄色葡萄球菌中耐药基因的检出数量高于甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌。MLST分析结果显示,19株SASCV共分10个型别。8组表型混合生长的菌株中,2组SCV与正常表型菌株分属不同型别,且毒力及耐药基因差异较大,其余6组为同一型别。本研究还发现,PJI中SASCV的生物膜相关黏附素基因检出率高,耐药基因中mecA检出率较高,MLST以ST59最多,其次为ST398和ST25。SCV与正常表型菌株混合生长时可分属不同型别。 相似文献
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Cronn R Knaus BJ Liston A Maughan PJ Parks M Syring JV Udall J 《American journal of botany》2012,99(2):291-311
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测序技术的发展促使人类基因组测序成本急剧降低,测序速度迅速增加,对这些数据的分析和可视化已成为生命科学领域最重要的课题之一.基因组浏览器技术在基因序列分析,遗传密码解读,复杂疾病研究等方面具有重要意义.本文综述了9种主要的基因组浏览器技术,并从可视化内容、可视化形式、软件系统架构等角度分析了它们的特点.最后,探讨了基因组浏览器发展所面临的挑战. 相似文献
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