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相似文献
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1.
基于SSR分子标记分析云南月季种质资源亲缘关系(英文)   总被引:4,自引:0,他引:4  
利用简单重复序列SSR(simple sequence repeat)标记技术对48份月季种质资源(包括14份野生种、20份古老月季品种和14份栽培品种)的遗传多样性和亲缘关系进行了分析.结果表明,(1)18对SSR引物在18个SSR位点上共检测到160个等位基因,每一位点的等位基因变幅为6~13个,平均8.9个,材料间遗传相似系数变化范围为0.157 8~0.754 9,表明在分子水平上云南月季种质资源具有丰富的遗传多样性.(2)聚类分析结果显示,在相似系数为0.44处,可将 14个野生种明显分为6个组,这与植物形态学分类结果上基本一致;在遗传相似系数为0.40水平上将48份供试材料分为八大组群.(3)亲缘关系分析结果显示,5个野生种和所有古老月季品种与大多数栽培品种的亲缘关系较近.  相似文献   

2.
黔南60份茶树种质资源遗传多样性的SSR分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
为探索黔南野生茶树种质资源的遗传多样性,利用SSR分子标记技术,对黔南60份茶树资源进行了DNA遗传多样性分析。结果表明:15对引物均显示多态性,基因多态性百分率为98.64%。15对SSR引物共扩增出147个观测等位基因和73.778 6个有效等位基因,平均每个引物扩增9.8个观测等位基因,4.918 6个有效等位基因。15个通用位点共产生280种基因型,平均每个位点18.7种基因型。遗传多态信息量变异范围为0.123 9~0.926 8,平均0.572 5,平均观测杂合度、平均期望杂合度和平均Shannons信息指数分别为0.470 0、0.602 3、1.464 4。经聚类分析后,60份材料间遗传相似系数在0.205 1~0.863 6之间,以平均遗传相似系数0.477 5为阈值,可将60份种质资源聚为8个类群,其在分子遗传水平上的分类结果与其材料来源分类的结果并不完全一致,而且材料来源地间遗传距离与地理距离不存在显著的相关性,有少部分同一来源的材料分散在各个类群中。研究认为,黔南茶树资源间的遗传差异较大,遗传基础较宽,具有丰富的遗传多样性。  相似文献   

3.
用EST-SSR标记对茶树种质资源的研究   总被引:29,自引:0,他引:29  
金基强  崔海瑞  龚晓春  陈文岳  忻雅 《遗传》2007,29(1):103-108
采用16对EST-SSR引物对42份茶树品种资源进行了分析。在这些引物中, 有13对可扩增出清晰条带, 其中10对引物具有多态性, 占76.9%。各多态性引物的PIC值变化范围为0.522~0.866, 平均PIC值为0.730。10对多态性引物共检测到84种等位基因型和74个等位变异, 每对引物可检测到基因型和等位基因数分别为4~12和3~10种。42份供试材料间遗传距离为0.074~0.667, 平均遗传距离为0.363, 说明本实验所测试的材料具有较广的遗传变异。在相似系数为0.55的水平可将这些材料聚为3类, 多数材料包含在第一类中。本研究表明, 利用EST-SSR标记进行茶树资源评价是有效的。  相似文献   

4.
肉质色不同萝卜遗传多样性的SSR分子标记分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
利用微卫星(SSR)标记技术,从600对SSR引物中筛选86对扩增条带清晰的引物,检测了来自我国不同地区37个肉质不同颜色萝卜品种的遗传多样性。86对引物共扩增到976个条带,每对引物扩增出2~17个条带,平均为10.7个,其中多态性条带892个,多态性条带比例为91.39%;共检测出753个基因型,每对引物检测2~20个基因型,平均8.7个,其中有效基因型443.99,有效基因型比例为58.96%;Shannon多态性指数变幅为0.44~2.77,平均1.76。当相似系数为0.81时,可将供试萝卜分成3类,第I类包括6份白色肉质萝卜,第II类包括3份红色肉质萝卜和6份白色肉质萝卜,第III类包括22份红色肉质萝卜。各红色肉质萝卜品种间的遗传相似系数有97%大于0.80,而各白色肉质萝卜品种间的遗传相似系数有91%大于0.80。红色肉质萝卜遗传多样性略低于白色肉质萝卜,红色肉质萝卜与白色肉质萝卜间平均相似系数为0.83,说明不同肉色的萝卜间亲缘关系较密切,在分类上红色肉质萝卜可能是白色萝卜的一个变种。  相似文献   

5.
种质资源的遗传多样性是育种工作的基础,本研究利用SSR标记对鹰嘴豆资源进行遗传多样性分析,旨在发掘鹰嘴豆资源中丰富的遗传变异。从48对鹰嘴豆SSR引物中筛选出18对核心多态性引物,对96份不同来源的鹰嘴豆种质资源进行SSR标记的遗传多样性分析。结果表明,18对SSR引物共检测到115个等位变异,占总检测位点的52.99%,每对SSR引物可检测出3~10个等位变异,平均6.39个;平均每个位点多态信息量(PIC)为0.8107,变化范围为0.6661~0.8984。Shannon's信息指数平均为1.4769,变化范围为0.0607~1.9584。PGMA聚类结果表明,在遗传相似系数0.59处,可将96份鹰嘴豆资源分为6个类群,类群Ⅰ包含9份资源,类群Ⅱ包含2份资源,类群Ⅲ包含28份资源,类群Ⅳ包含4份资源,类群Ⅴ包含40份资源,类群Ⅵ包含13份资源。本研究对我国鹰嘴豆种质资源的评价与利用、优异基因的挖掘、育种亲本材料的选择等提供科学依据。  相似文献   

6.
从分子水平上阐明不同单位保存的同一份种质资源的遗传同一性和遗传差异对种质资源的保存和利用有重要意义.本研究利用116对SSR引物对不同来源的5个玉米骨干自交系(黄早四、掖478、Mo17、丹340和自330,共39份材料)进行了鉴定,共检测到400个等位变异,每对引物可以检测到1~4个等位变异,平均为3.45个.5个自交系中每个自交系间检测的等位变异在156~228个,5个自交系同名材料之间遗传相似系数变化范围为0.7~0.9.聚类分析结果表明,在供试自交系中黄早四、掖478、Mo17等3个材料的同名自交系能很好地聚为一类,且遗传相似系数很高.丹340和自330的同名材料在聚类时个别材料互有交叉,在利用时需要注意.  相似文献   

7.
丰富的遗传多样性可为大豆育种提供宽阔的遗传基础,本研究基于35对SSR标记,对60份东北地区大豆疫霉根腐病抗性品种进行了遗传多样性分析,共检测到189个等位基因,平均每个位点等位变异数5.4个,多态性信息含量指数(PIC)为0.1550~0.8195,平均为0.6636;遗传相似系数的变异范围为0.31~0.74。利用5对高多态性SSR引物构建了60份抗性材料的指纹图谱,这5对SSR引物构建的指纹图谱可以将60份疫霉根腐病抗性材料逐一区分开。采用NTSYS2.10基于遗传距离的聚类分析,将60份抗性材料分为7个类群,其中78.33%的抗性品种(系)的遗传相似系数在0.45~0.74间,表明遗传差异相对较窄,品种间遗传多样性水平较低。聚类分析与群体遗传结构分析结果有部分重合,均反映出不同地区的抗性材料间存在一定的渗透和交流。  相似文献   

8.
为了明确广西野生茶树种质资源的遗传背景,该研究从广西的宁明县、金秀县、苍梧县收集到14份地方野生茶树种质资源,以17个国家级茶树良种作为参照,采用EST-SSR分子标记技术,探讨了广西这三个地方野生茶树与国家级茶树良种间的亲缘关系以及广西地方茶树自身的遗传多样性。结果表明:15对EST-SSR引物共检测到68个等位基因,平均每个引物可扩增出4.53个,其中多态性位点为60个,多态性比率达88.2%。平均观测杂合度、平均期望杂合度、平均Shannon信息指数分别为0.42、0.55和0.97。PIC值在0.23~0.74之间,平均为0.52,多态性较好。遗传相似系数在0.53~0.9之间,平均值为0.71,31份供试材料在遗传相似系数为0.71分为5组群,76%参照品种聚在A组群,而广西本地的野生茶树资源则主要分布在B、C、D、E组群。利用该研究中的4对核心引物即可将31份供试材料全部区分开,挑选其中10个多态性较好的等位位点进行编码,构建31份供试种质的DNA分子指纹图谱。这表明广西野生茶树资源与国家级茶树良种间遗传差异较大、亲缘关系较远、遗传基础宽、多样性非常丰富,可作为茶树育种的亲本或开展茶树功能基因研究的材料。  相似文献   

9.
选用50对SSR引物对新疆现有72份甜高粱种质资源进行遗传多样性分析。结果表明:有20对引物在72份甜高粱种质资源中表现为多态性。共检测到91个等位基因,每对引物可检测到的等位基因数目为2~5个,平均为3.45个。多态性信息量(PIC)的变动范围为0.2859~0.6652,平均为0.5057。72份甜高粱种质间的遗传相似系数变化范围为0.2001~1.000,平均值为0.5599。UPGMA聚类分析将72份材料划分为A、B两大类群,A群包括69份材料,而A群又被分成从Ⅰ到Ⅺ共11个亚群,B群包括3份材料,农艺性状近似的大多被聚到同一类群。  相似文献   

10.
为了揭示河北省绿子叶黑豆种质资源的遗传多样性,为其研究利用提供理论根据,以46份原产河北省的绿子叶黑豆种质资源为试验材料,对其基于表型性状及ISSR标记鉴定结果进行了聚类分析,结果表明:7个ISSR引物共检测出60个等位变异,平均每个位点有8.6个等位变异,变幅为5~17个;ISSR引物的多态性信息量PIC变幅为0.721~0.927,平均0.820;利用表型性状和ISSR标记数据进行品种间遗传多样性分析,遗传相似系数变化范围分别为0.07~0.53和0.43~1.00,平均为0.284和0.704,遗传相似性变幅较大,河北省不同绿子叶黑豆品种间存在着丰富的遗传多样性。聚类结果显示,类群与品种来源地有关。  相似文献   

11.
Coffee leaf rust caused by the fungus Hemileia vastatrix (Berk and Br.) is a major disease occurring in coffee plantations. Although the rust fungus exists in different physiological races, the genetic difference between them is meagrely understood. In this study, genetic diversity of 14 identified and two unidentified leaf rust races was determined by sequence‐related amplified polymorphism (SRAP) markers. Of 48 SRAP primer pairs tested, 35 primers are polymorphic and generated 347 distinct scorable fragments. The number of fragments ranged from 4 to 18 with a mean of 9.97 fragments per primer combination. Of the total 347 amplified fragments, 185 fragments (53.31%) are polymorphic with an average of 5.41 fragments per primer combination. The average resolving power (Rp) and the average polymorphism information content (PIC) of the 35 SRAP primer combinations were 13.60 and 0.356, respectively. Of 35 SRAP primer pairs, 15 primer pairs were more informative and generated 25 unique fragments, which are useful for race discrimination. The study demonstrated the existence of genetic variability among various leaf rust races and this information will be helpful in coffee breeding programmes.  相似文献   

12.
32个柿主栽品种SSR图谱构建及遗传变异分析   总被引:5,自引:0,他引:5  
以32份柿主栽品种为试验材料,利用SSR标记技术构建其指纹图谱并进行遗传多样性分析。从78对候选引物中筛选出20对多态性高、稳定性好的引物作为核心引物,构建柿主栽品种SSR指纹图谱。结果显示:(1)20对引物在32份材料中共扩增出183条多态性条带,每对引物扩增出3~20条不等,平均每对引物扩增出9.15条,多态性比率为81.3%。各个位点的杂合度在0.410 3~0.914 3之间,平均为0.702 7。(2)8对引物在12个品种上具有特征带型,采用5对引物进行组合鉴定即可将32个柿品种完全区分开。(3)依据SSR带型特征,对每对引物生成的不同带型直接编号,简化柿SSR带型记录方法,并利用每个品种的带型编号,建立其DNA指纹图谱,结果表明,核心引物组合法比特征谱带法更适用于构建中国柿主栽品种DNA指纹图谱。(4)根据系统聚类分析将32个柿主栽品种分为两大类,品种间的亲缘关系与地理来源具有一定的相关性。  相似文献   

13.
Isolation and characterisation of microsatellites from hexaploid bread wheat   总被引:16,自引:0,他引:16  
 The development of large panels of simple-to-analyse genetic markers for tagging agronomically important genes and diversity studies in hexaploid bread wheat is an important goal in applied cereal genetic research. We have isolated and sequenced over 200 clones containing microsatellites from the wheat genome and have tested 153 primer pairs for genetic polymorphism using a panel of ten wheat varieties, including the parents of our main mapping cross. A subset comprising 49 primer pairs detects 76 loci, of which 74 can be unequivocably allocated to one of the wheat chromosomes. A relatively low frequency of the loci detected are from the D genome, and these loci show less polymorphism than those from the A and B genomes. Generally, the microsatellites show high levels of genetic polymorphism and an average of 3.5 alleles per locus with an average polymorphism information content (PIC), value of 0.51. The observed levels of polymorphism are positively correlated with the length of the microsatellite repeats. A high proportion, approximately two-thirds, of primer pairs designed to detect simple sequence repeat (SSR) variation in wheat do not generate the expected amplification products and, more significantly, often generate unresolvable PCR products. In general, our results agree closely with those obtained from other recent studies using microsatellites in plants. Received: 19 March 1996 / Accepted: 28 June 1996  相似文献   

14.
应用SRAP分子标记方法对冬枣×宁梨巨枣的子代进行了分子鉴定及遗传多样性分析。采用构建基因池的方法对SRAP分子标记引物进行筛选,从88对引物中筛选出15对多态性好、主带清晰的引物,并对子代进行了真实性鉴定及多态性分析。结果表明:(1)15对引物共产生95个多态性条带,平均每对引物产生6.3个多态性条带,显示了较高的多态性比率。(2)80个子代中44个具有父本特征带,鉴定为真杂种。子代遗传多样性及UPGMA聚类分析表明,子代个体与亲本间的遗传相似系数在0.55~0.98之间,个体差异明显。该研究结果为枣树杂交育种提供了重要的分子证据。  相似文献   

15.
广东甘蔗品种遗传多样性的AFLP分析   总被引:3,自引:0,他引:3       下载免费PDF全文
采用15对多态性较好的AFLP引物对广东育成的41个甘蔗品种的遗传多样性进行分析.结果表明:每对引物的多态性位点平均为61.5,多态性位点百分率为77.40%.41个甘蔗品种间的遗传相似系数为0.5210~0.9211,平均为0.6842,遗传多样性属中等水平.聚类分析把41个品种分为2大类,在系谱中亲缘关系密切的大多数品种,如粤农81-762与粤农85-1285和粤农86-295,粤糖57-423与粤糖85-5和粤糖85-177等都能分别聚在一起.但也有例外,如粤糖83-251和粤糖83-271,都是CP72-1210×华南56-12组合的后代,但没有归为同一类.遗传多样性指数分析显示,不同年代的品种多样性指数差异明显,最高是80年代,为0.3072,最低是60年代,为0.1162;不同单位选育的品种遗传多样性指数变化不大,为0.2756~0.3061.加强新种质利用是有效提高甘蔗品种遗传多样性的重要措施.  相似文献   

16.
Chamaecyparis nootkatensis is an ecologically and economically important conifer of the north Pacific coastal forests. To aid in studies of clonal structure and genetic differentiation of this and related species, we isolated and characterized microsatellites from C. nootkatensis. A microsatellite-enriched library yielded 75 repeat-containing sequences for which primer pairs were designed. Only five showed reliable amplification and polymorphism, with an average of 13.7 alleles/locus and a mean expected heterozygosity of 0.592. In progeny tests with four families, few null alleles were directly detected and loci segregated according to Mendelian expectations. However, in one primer pair, high heterozygote deficiency was observed, suggesting the presence of a null allele. The ability of primer pairs to cross amplify was tested on 18 species of the Cupressaceae sensu lato; three primer pairs yielded polymorphic loci in Cupressus and Juniperus species, but not in other Chamaecyparis species. This also supports recent findings of a closer affinity of C. nootkatensis with Cupressus over other Chamaecyparis species.  相似文献   

17.
中国西南区扁穗牛鞭草种质遗传多样性的SRAP分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
本研究采用SRAP标记对主要来自中国西南地区(四川,重庆,贵州和云南)的43份扁穗牛鞭草种质资源的遗传多样性进行了分析。试验筛选出了11对引物组合对43份供试材料进行扩增,共获得153条带,其中多态性条带140条,多态性条带比率为91.50%,平均每对引物扩增出条带13.91,多态性条带12.73。实验数据结果表明,43份扁穗牛鞭草材料间的遗传相似系数(GS)为0.565~0.992,平均值为0.723,表现出了丰富的遗传多样性。聚类分析结果表明,各供试材料间的聚类与其地理来源以及形态特征类型具有一定的相关性。同时,主成分分析结果能够直观的反映了各种质间的遗传关系。5个扁穗牛鞭草地理类群间的分子方差分析(AMOVA)揭示了供试的扁穗牛鞭草总遗传变异的85.99%存在于类群内,仅有14.01%的变异存在于类群之间,类群间的分化系数ΦST=0.140。本研究结果为扁穗牛鞭草种质的收集、利用及育种提供了理论依据。  相似文献   

18.
Twenty-two highly variable SSR markers were developed in Douglas-fir [Pseudotsuga menziesii (Mirb.) Franco] from five SSR-enriched genomic libraries. Fifteen PCR primer pairs amplified a single codominant locus, while seven primer pairs occasionally amplified two loci. The Mendelian inheritance of all 22 SSRs was confirmed via segregation analyses in several Douglas-fir families. The mean observed heterozygosity and the mean number of alleles per locus were 0.855 (SE=0.020) and 23 (SE=1.6), respectively. Twenty markers were used in genetic linkage analysis and mapped to ten known linkage groups. Because of their high polymorphism and unambiguous phenotypes, 15 single-locus markers were selected as the most suitable for DNA fingerprinting and parentage analysis. Only three SSRs were sufficient to achieve an average probability of exclusion from paternity of 0.998 in a Douglas-fir seed orchard block consisting of 59 parents.Communicated by O. Savolainen  相似文献   

19.
Bambara groundnut (Vigna subterranea (L.) Verdc), an African indigenous legume, is popular in most parts of Africa. The present study was undertaken to establish genetic relationships among 16 cultivated bambara groundnut landraces using fluorescence-based amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers. Seven selective primer combinations generated 504 amplification products, ranging from 50 to 400 bp. Several landrace-specific products were identified that could be effectively used to produce landrace-specific markers for identification purposes. On average, each primer combination generated 72 amplified products that were detectable by an ABI Prism 310 DNA sequencer. The polymorphisms obtained ranged from 68.0 to 98.0%, with an average of 84.0%. The primer pairs M-ACA + P-GCC and M-ACA + P-GGA produced more polymorphic fragments than any other primer pairs and were better at differentiating landraces. The dendrogram generated by the UPGMA (unweighted pair-group method with arithmetic averaging) grouped 16 landraces into 3 clusters, mainly according to their place of collection or geographic origin. DipC1995 and Malawi5 were the most genetically related landraces. AFLP analysis provided sufficient polymorphism to determine the amount of genetic diversity and to establish genetic relationships in bambara groundnut landraces. The results will help in the formulation of marker-assisted breeding in bambara groundnut.  相似文献   

20.
将新型分子标记SRAP(Sequence-related Amplified Polymorphism)应用于棉花的遗传研究,并建立了完整的PCR反应体系,此体系稳定可靠、扩增效果好、可重复性强。采用30个SRAP引物组合对海岛棉品种“Pima90”和陆地棉品种“邯郸208”进行比较扩增,29个引物组合可以获得多态性扩增,显示了较高的多态性。对上述两个品种的F2群体进行检测,共产生149个多态性条带,平均每个组合产生5.14个,单引物组合最多可产生13个多态性条带。用SRAP标记对11份陆地棉材料进行遗传多样性检测,30个引物组合中15个组合有多态性,得到22个多态性条带,显示了较高的多态性比率。研究结果表明,SRAP标记可在棉花分子生物学领域中广泛应用。  相似文献   

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