利用17个微卫星标记分析鳙鱼的遗传多样性

选用本实验室克隆的17个鳙鱼微卫星分子标记分析四川泸州和江西鄱阳湖的两个种群鳙鱼的遗传多样性及种质特性,计算和统计了杂合度、多态信息含量（PIC）、有效等位基因数、等位基因频率、遗传距离、遗传相似系数、Hardy-Weinberg平衡偏离指数等方面内容。结果表明：选择使用17个微卫星标记,其中有4个为单态标记,13个为多态标记。江西和四川鳙鱼群体每个微卫星位点的平均等位基因数分别为3.325及3.882,平均有效等位基因数分别为3.531及2.676,多态位点百分率分别为82.4及70.5, 17个微卫星标记共有等位基因71个,多态微卫星位点的PIC在0.114~0.960之间变动,平均为0.417 ,两群体位点平均观测杂合度为0.385和0.452,平均期望杂合度为0.360和0.422,两个群体间的遗传相似系数为0.897,群体间的遗传距离为0.109。     

植物微卫星分子标记中无效等位基因检测方法的比较与应用

微卫星分子标记因其开发便捷、突变率高、成本较低等优势一直被广泛应用于群体遗传学、保护生物学和分子生态学研究中。近年来二代测序技术、多重PCR方法以及毛细管电泳等新技术的发展和完善,极大地提高了微卫星分子标记的开发和使用效率并降低了使用成本。但是在开展微卫星实验过程中普遍存在的无效等位基因(或称为哑等位基因,null alleles）会对研究结果造成偏差,是微卫星分子标记应用中的最大缺陷之一。然而,长期以来无效等位基因的检测问题并未受到研究者的足够重视。本文通过对国内外相关文献查阅,在对无效等位基因有一个较为深入和全面认识的基础上,对目前无效等位基因的主要检测方法进行全面的介绍和深入的比较。最后,结合研究实例总结出植物微卫星分子标记研究中无效等位基因检测的有效办法。     

微卫星标记在不同壳色虾夷扇贝家系亲权鉴定的适用性

实验选取8个多态性微卫星位点,用于虾夷扇贝4个不同壳色全同胞和半同胞家系160个子代的亲权鉴定。在亲本未知和一亲本已知的情况下,8个微卫星位点累积排除概率分别为0.823和0.961。鉴于亲权分析时子代的亲本在已知和未知情况下位点的累积排除概率不同,实验采用了两种方法用于家系的亲权鉴定。方法1:当子代的父母本情况未知时,根据子代基因型数据,通过CERVUS 2.0软件计算子代所对应的候选亲本的LOD值,直接将候选亲本中具有最大的两个LOD值的亲本确定为子代的父母本;方法2:在子代的亲本未知情况下,视具有最大LOD值的候选亲本为子代的第一候选亲本,然后将该亲本视为已知,通过CERVUS 2.0软件重新计算每个侯选亲本的LOD值,再从中选择具有最大LOD值的候选亲本作为该子代的第二候选亲本。结果表明,采用方法2得到的家系亲权鉴定成功率达到95%以上,确定了微卫星标记在虾夷扇贝家系鉴定中的可行性。所检测的微卫星位点在子代中出现无效等位基因现象,而无效等位基因存在会引起子代与亲本的错配。实验在家系鉴定时采用了无效等位基因存在(情况1)和缺失(情况2)两种子代基因型文件进行分析,不同情况下同一方法家系鉴定成功率相差无几。这表明了基于多个微卫星位点计算候选亲本LOD值大小寻找子代真实父母本可以降低由无效等位基因引起的错配的几率。研究表明了微卫星标记适合于不同壳色虾夷扇贝家系亲权鉴定工作。     

鲤科鱼蓝黑鲮微卫星位点的种间扩增(英文)

本研究使用105对微卫星引物对7种鲤科鱼类进行跨越种间PCR扩增,共得到14个多态性微卫星位点.其中9个扩增效果较好的位点用于分析来自帕吉勒提河(Bhagirathi, n=20)和戈达瓦里河(Godavari, n=25)的蓝黑鲮(Labeo calbasu)样品的遗传多样性.结果显示,前者在每个位点的平均等位基因数为7.33,而后者为8 1,期望杂合度介于0.795(Bhagirathi)和0.801(Godavari)之间;4个位点MFW11* (Godavari)、R1*(Godavari)、R3* (Bhagirathi) 和 Lr38*(Bhagirathi和Godavari)都表现出明显的杂合子缺失和哈迪温伯格平衡偏离;而任意两位点间都未观测到连锁不平衡现象;位点R3*极可能存在无效等位基因.上述结果表明这些多态性微卫星位点作为共显性标记在蓝黑鲮群体遗传学研究中有着较好的应用前景.     

不同地理飞蝗种群的遗传多样性

用GenBank中飞蝗Locusta migratoriaL.的序列来设计微卫星引物,并对这些引物的有效性进行验证。结果表明,在所设计的3对引物中,只有1对为有效引物,可扩增出微卫星位点。序列分析表明本位点是一个不连续的重复微卫星位点。该多态微卫星位点含有14个等位基因,不同飞蝗地理种群的等位基因数目、大小和频率都存在较大的差异。对该位点各等位基因型进行χ2检验,基因型频率的观察和期望杂合度分别为0.4578和0.8836,该位点不属于Hardy-Weinberg平衡位点(χ2=733.12,P=0.0000)。该微卫星位点表现出高度的多态性说明是分析飞蝗种群遗传多样性的优良分子遗传标记。     

用SSR研究栲树群体遗传结构

利用微卫星（SSR）分子标记对福建省内4个栲树（Castanopsis fargesii Franch.）群体遗传结构进行了研究。SSR标记揭示了栲树群体丰富的遗传变异：平均等位基因数A＝9.0,平均有效等位基因数Ne=4.8,平均期望杂合度He=0.65,而群 具有较低的Fst值（Fst=0.031）。SSR每个位点的等位基因频率分布在栲树群体间都存在显或极显差异,表明根据SSR等位基因频率分布亦能了解各体的分化。SSR标记使栲树群体中一些稀有等位基因得以表现,54个SSR等位基因中有15个等位基因仅出现在1个或2个群体中,且频率较低,在遗传多样性保护中更应注重保护这些稀有的等位变异。     

大口鲇微卫星标记在三个鲇形目鱼类种群间适用性研究

研究分析了12对大口鲇(Silurus meriaionalis)微卫星标记引物在兰州鲇(Silurus lanzhouensis)、鲇(Silurus asotus)及革胡子鲇(Clarias fuscus)各群体间通用性。结果表明,大口鲇微卫星标记引物除位点DQ223147、DQ223160扩增无特异性条带,位点DQ223149、DQ223159无多态性外,其余8对在这几种鲇形目鱼类中具有较高的通用性,每个位点等位基因数为2—15个不等;不同重复拷贝类别的位点以富含AC重复单元的等位基因数较多,多态性比较丰富。4个群体平均观测杂合度为0.7571,平均期望杂合度为0.6870,平均多态性信息含量0.6441,均为高度多态,说明这8个位点适用于鲇形目鱼类的遗传学研究。采用Nei’s遗传距离(D)绘制NJ系统发育树,4个群体聚成两大类,兰州鲇与鲇群体先聚类后和大口鲇聚为一大类,革胡子鲇聚为另一大类。8个有效微卫星位点中3个具有特异基因型的稀有等位基因位点(DQ223146、DQ223151与DQ223173),可区分4种鲇形目鱼类,作为其种质鉴定的标记位点。借用已有鲇形目鱼类遗传标记资源,增加同目鱼类遗传连锁图谱上遗传标记的密度,将对今后开展鲇形目鱼类种质资源保护及分子育种奠定坚实基础。     

酿酒酵母乙酸耐受性相关的微卫星分子标记筛选

【目的】筛选与酵母乙酸耐受性状紧密相关的微卫星分子标记。【方法】以两株表型差异菌株YHA和YLA作为亲本构建F2代菌株共计160株,选取15个微卫星位点通过PCR方法在40株子代中扩增产物,利用SPSS 11.5软件分析耐酸性状与微卫星序列间的相关性。【结果】找到3个与乙酸耐受性性状相关的微卫星位点,其中位点14P2与酵母乙酸耐受性状有极显著的正相关性(P<0.01),15P2和15P3与酵母乙酸耐受性具有显著的负相关性(P<0.01和P<0.05);此外对于微卫星位点14P2,耐酸亲本YHA在该位点的基因片段(344 bp)在子代耐酸菌株中出现频率达到70.6%,而不耐酸亲本YLA的基因片段(331 bp)在子代不耐酸菌株中出现的频率达91.3%。【结论】微卫星14P2的等位基因在子代菌株中的遗传具有明显的偏好性,该微卫星位点与某种耐酸基因存在一定的连锁遗传,为酵母分子标记辅助育种提供了有价值的遗传标记。     

微卫星标记对4种鲤鱼种质鉴定技术的研究

应用微卫星标记进行种质资源鉴定技术,以抗病镜鲤、易捕鲤、松浦镜鲤和松浦红镜鲤四种鲤鱼为研究材料,从183对微卫星筛选出41对特有标记,根据特有等位基因频率选出26对。将标记在每个群体出现的个数与等位基因频率进行引物优化组合,选出11对优化组合引物。应用Structure软件进行3种引物组合个体鉴定,K=4时,个体鉴定效率均为100%。用UPMGA构建群体遗传聚类图,41对和26对标记引物组合聚类结果一致,而与11对组合结果不同。基于3种不同标记组合在4个品种中遗传多样性研究,显著性分析表明差异不显著。以上研究结果表明,获得的41对、26对和11对微卫星标记均可用于4个鲤品种分子水平种质鉴定的研究,优化引物组合可减少引物标记数,但对群体遗传结构研究有一定影响。同时也为其它鱼类的种质鉴定提供参考,为种质资源的长远保护、稳定维持提供了真实的理论依据。     

中国对虾微卫星家系鉴定的模拟分析与应用

本研究基于中国对虾群体所获的微卫星标记等位基因频率进行了计算机模拟分析,并选择5个微卫星标记,就单独养殖家系群体微卫星标记家系鉴定的准确性及混养家系群体微卫星标记家系鉴定的应用价值做了研究.模拟分析表明4个微卫星标记可以鉴定95%的后裔.而单独养殖的家系鉴定准确率达到92.9%,在30个可能的父母对,215尾中国对虾组成的混养家系群体中,90.7%的后裔可以鉴定其父母.本研究结果表明微卫星分子标记可以应用于中国对虾的家系鉴定.模拟分析与实际应用的差异及父母与子代间的错配部分原因是由于无效等位基因的出现,基因分型错误也是一个重要原因.基于父母LOD值的分析可以降低错配的几率.