56个中国地方猪种微卫星基因座的遗传多样性

采用FA0—ISAG联合推荐的27个微卫星DNA标记对56个中国地方猪品种和3个引进猪种(杜洛克猪、长白猪、大白猪)进行遗传多样性分析,通过计算等位基因频率、有效等位基因数、平均遗传杂合度、基因分化系数、多态信息含量和遗传距离并进行系统聚类分析,评估其种内遗传变异和种间遗传关系。以聚类结果为基础,将56个中国地方猪种分为12类：Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ类都是《中国猪品种志》中的华北型猪种;Ⅳ类相当于其中的江海型猪种;Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ和Ⅸ类的品种大部分属于华中型;Ⅹ和Ⅺ类相当于华南型品种;Ⅻ类相当于西南型品种。提出保种场结合保护区是一种比较符合我国地方猪种实际状况的保种模式。研究结果可为我国地方猪种种质特性研究提供基础数据,为我国地方猪品种资源的合理保护和利用提供科学依据。     

不同生态环境中中国猪种的遗传多样性研究

采用最小二乘法研究了中国部分地方猪种血液蛋白质Tf、Am、Pa和Cp位点基因频率与生态环境之间的关系及其变化规律。结果表明,Tf、Am和Cp位点分别被检测出存在3个等位基因,而Pa位点存在2个等位基因。4个位点的各种基因频率在不同猪种类型和生态区域之间均表现出显着差异(P<0.05),显示出地理区域和生态类型对4个位点的基因频率和杂合度有明显的影响。洞庭-洪湖区-新安江-鄱阳湖区-太湖流域是各位点基因频率高低变化的起点.     

中国苦荞麦及其近缘种的遗传多样性研究

采用等位酶电泳技术测定了四川,云南省27个县,市的苦荞麦及其近缘种共8种1变种50个居群的遗传多样性和分化,经过7个酶系统的12个位点的检测,完成了遗传多样性,杂合性基因多样度比率,遗传距离和遗传一致度的测量,结果表明,栽培苦荞麦的遗传多样性较低,各种野荞麦的遗传多样性较高,这些种的近交繁育系数F值－0．54－0．80,为随机交配的居群,杂合体过多,营养繁殖为主的金荞麦的FST值最高,相对较多的遗传多样性存在于居群间,长柄野荞麦相对较少的遗传多样性存在于居群间,更接近于自由交配,苦荞麦及其近缘种种间的遗传一致度平均值55．30％－65．20％,与种子植物属内种间遗传一致度平均值接近,指出细柄野荞麦是与栽培的苦荞麦和荞麦的亲缘关系最近的野生种,金沙江流域是苦荞麦及其近缘种的分布中心和起源中心。     

西南地区家猪和野猪mtDNA遗传多样性研究

本实验用ＡｐａＩ、ＡｖａＩ、ＢａｍＨＩ、ＢｃｌＩ、ＢｇｌＩＩ、ＢｇｌＩＩ、ＣｌａＩ、ＥｃｏＲＩ、ＥｃｏＲＶ、ＨｉｎｄＩＩＩ、Ｈｐａｌ、ＫｐｎＩ、ＰｓｔＩ、ＰｖｕＩＩ、ＳａｃＩ、ＳａｌＩ、ＳｃａＩ、ＳｍａＩ、ＸｂａＩ和ＸｈｏＩ等２０种限制性内切酶分析来自中国西南地区的家猪和野猪的ｍｔＤＮＡ群体遗传多样性。结果表明：在全部２８只个体中,共检出２６种限制性态型（ｍｏｒｐｈ）,归结为６种不同的限制性类型,限制性类型的差异主要来源于少数几个限制性位点的偶然突变。利用现代分子群体遗传学方法,对这些猪的遗传多样性进行评估,结果表明中国西南地区猪的ｍｔＤＮＡ变异度很低,遗传多样性贫乏,提示西南地区的猪起源于一个共同的祖先,在品种形成的早期可能受到创立者效应的制约。     

中国主要地方品种猪血液蛋白遗传多样性研究

实验采用水平板淀粉凝胶电泳技术,对中国地方猪五大类型９个品种,１个引入品种共２０１个个体进行了遗传多样性分析。共分析遗传座痊３０个,其中只有ＭＤＨ、ＰＥＰＢ、Ａ从位具有多在记民生。中国主要地方猪品种的多态座位百分比Ｐ＝０．２００,平均杂２合度Ｈ＝０．０６５,平均等位基因数Ａ＝１．３００。根据基因频率采用ＰＨＹＬＩＰ３．５ｃ民计算Ｎｅｉ氏遗传距离,然后用“ＮＥＩＧＨＢＯＲ”程序分别构建Ｎｅｉｇｈｂｏ     

中国部分地方鸡种MHC B-G基因第二外显子的遗传多态性

根据鸡主要组织相容性复合体BG基因序列设计特异性引物,在9个中国地方鸡种和1个国外引进鸡种基因组中扩增了包括其第一内含子和第二外显子在内、长度为401bp的DNA片段。经PCRSSCP分型筛选后,对该片段的核苷酸序列进行克隆测序和直接PCR测序及比对分析,发现了31个MHCBG新等位基因;各等位基因主型所含有的亚型数及其在不同品种间的分布极不均衡。第二外显子核苷酸序列和其所编码的MHCBG抗原类IgV结构域氨基酸序列比较表明,在中国地方鸡种BG基因第二外显子的207bp序列中有37个多态性变异位点,其中简约性信息位点29个,单个位点的变异8个;等位基因间的遗传变异范围0.0013-0.1433;各变异位点的核苷酸变异指数0.206-1.462。该编码区核苷酸的异义替换率为9.26%±1.92%,高于同义替换率2.34%±0.90%。所估计的核苷酸转换数和颠换数随着遗传距离的增加而逐渐增加,当核苷酸转换数和颠换数达到平衡后,该片段核苷酸转换数的增加幅度逐渐高于颠换数。在其所编码的类IgV结构域氨基酸序列中,多态变异位点有22个,其中简约性信息位点6个,单变异位点16个;所估测的等电点为8.45,疏水性氨基酸占40.3%,亲水性氨基酸占29.9%;该序列具有明显的疏水性特点。等位基因间的系统发生分析表明,31个BG等位基因分为两个群,相同主型的等位基因首先聚类。本研究为鸡BG基因的免疫功能和遗传进化研究提供了分子依据     

犬种布鲁氏菌的遗传多样性分析

【背景】犬种布鲁氏菌是犬种布病的病原菌,主要导致犬流产和繁殖障碍。虽然犬种布鲁氏菌感染人群的病例极为少见,但是犬种布鲁氏菌对人的安全风险仍存在争议。目前,我国犬种布病的流行病学特征及犬种布鲁氏菌的遗传多样性的研究相对缺乏。开展犬种布病的流行特征及遗传多样性调查对加强犬种布病的监测防控具有重要意义。【目的】对犬种布病的流行病学特征和犬种布鲁氏菌的遗传多态性进行调查,为犬种布病的防控提供参考。【方法】采用常规鉴定方法和BCSS-PCR对63株试验菌株进行鉴定。采用HGDI (Hunter and Gaston diversity index)多态性指数调查犬种布鲁氏菌的遗传多态性,用MLVA方法基于BioNumerics5.0软件对菌株进行聚类分析,揭示犬种布病的流行病学特点。此外,基于MLVA-11采用goeBURST软件构建犬种布鲁氏菌的最小生成树(Minimum spanning tree,MST),阐述我国犬种布鲁氏菌的地理起源特征。【结果】常规鉴定方法和BCSS-PCR扩增结果显示63株试验菌株全部为犬种布鲁氏菌。BCSS-PCR与常规鉴定方法的符合率为100%,BCSS-PCR的分析敏感性为10-3 (即50 pg/μL犬种布鲁氏菌DNA)。我国犬种布鲁氏菌具有较高的遗传多样性,基于HGDI分析表明Panel 2B的5个位点具有较高的变异度,等位基因型由高到底依次为bruce09(11) bruce07(8)bruce16(7)bruce04(6)bruce30(5)。MLVA聚类分析表明北京地区出现了3次较小规模的犬种布病暴发流行,其余地区均为零星散发。我国犬种布鲁氏菌可分为5个地理集群,以MLVA-11基因26型克隆群为主导种群,该种群与来自美国、希腊、加拿大、法国、罗马尼亚和韩国等国家的菌株具有共同的地理起源,其余4个种群为中国特有。【结论】我国犬种布鲁氏菌呈现高度的遗传多样性并有广泛的地理来源,表现为输入性和中国特有血统共存的起源进化特征。     

小梅山、中梅山及大约克猪的SLA-DQB基因外显子2 PCR-RFLP多态性分析

采用限制性内切核酸酶Rsa I对中国地方猪种小梅山,中梅山及国外猪种大约克SLA－DQB基因外显子2的273bp扩增产物进行多态性分析,小梅山猪酶切后出现两种基因型：246bp/27bp(AA),132bp/84bp/30bp/27bp(BB),中梅山猪中出现4种基因型：246bp/27bp(AA),132bp/84bp/30bp/27bp(BB),132bp/114bp/27bp(CC),246bp/143bp84bp/30bp/27bp(AB),大约克猪中出现5 基因型;246bp/27bp(AA),142bp/84bp/30bp/27bp(BB),132bp/114bp/27bp(CC);246bp/132bp/84bp/30bp/27bp(AB).273bp/246bp/27bp(AD),分析发现,SLA－DQB基因外显子2的11,94和124位碱基表现出多态性并在3个猪种中检测到A,B,C和D4个等位基因,χ^2适应性检验结果表明,小梅山,中梅山及大约克SLA－DQB基因外显子2在Rsa I酶切位点 Hardy-Weinberg平衡状态。     

山西白猪SLA-DQB基因多态性研究

为评价和选育山西白猪提供分子基础数据,采用PCR(polymerase chain reaction)-RFLP(restriction fragment length polymorphism)法对202头山西白猪SLA(swine leukocyte antigen)-DQB基因外显子2的273 bp扩增产物多态性进行研究.山西白猪经HaeⅢ酶切后产生6种基因型:167 bp/23 bp/29 bp/54 bp(AA)、84 bp/83bp/23 bp/29 bp/54 bp(BB)、167 bp/4 bp/102 bp(CC)、167 bp/23 bp/83 bp(EE)、167 bp/23 bp/29 bp/54 bp/4 bp/102 bp(AC)和167 bp/106 bp/4 bp/102 bp(CD);5种等位基因(A、B、C、D和E),其中等位基因A和基因型AA有明显优势.山西白猪SLA-DQB基因外显子2 HaeⅢ-RFLP带型较多.     

太湖猪遗传多样性和系统发生关系的RAPD分析

报道了对太湖猪７个类群,红灯笼猪,约克夏种猪及太湖地区野猪共５７个个体随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）分析的结果,重建了太湖猪的系统发生树。实验从４０个引物中选用重复性较好的１３个引物对所有个体进行了随机扩增,共获得１９８个ＲＡＰＤ标记,单个引物获得的标记数在３－１６间。     

Allelic diversity at class II DRB1 and DQB loci of the pig MHC (SLA)

 The loci encoding the β chain of the pig major histocompatibility complex (MHC) class II antigens, SLA-DR and -DQ, have been known to exhibit a remarkable degree of allelic polymorphism. Here, to understand the generation of SLA class II polymorphism, 25 SLA-DRB1 and 24 SLA-DQB genes including newly identified 12 SLA-DRB1 and 7 SLA-DQB genes obtained from miniature pigs were analyzed based on the nucleotide and deduced amino acid sequences. Most of the allelic diversity was attributed to the variable sequences which encode a β₁ domain consisting of a β-pleated sheet followed by an α helix. In the β₁ domain coding region, there were four GC-rich sequences, which have been considered to involve the intra-exon sequence exchange also in other gene evolutions. The first and second GC-rich sequences were χ-like sequences, which have been shown to be a putative recombination signal, and were stably conserved among SLA-DRB1 and DQB genes. These χ-like sequences identified in SLA-DRB1 and SLA-DQB were found to encode the first turning point of the β-pleated sheet and the boundary between the β-pleated sheet and the α helix. Analysis of clustered sequence variation also suggested intra-exon gene conversions in which the χ-like sequences act as putative breakpoints. In addition to point mutations and selection mechanism, intra-exon gene conversions must be an important mechanism in the generation of allelic polymorphism at the SLA-DRB1 and SLA-DQB. Received: 3 December 1998 / Revised: 29 June 1999