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共有20条相似文献,以下是第1-20项 搜索用时 453 毫秒

1.  基于电子捕获裂解/电子转运裂解串联质谱技术的蛋白质组学研究  被引次数:1
   孙瑞祥  董梦秋          秀丽蕴  王乐珩      贺思敏《生物化学与生物物理进展》,2010年第37卷第1期
   蛋白质组学的兴起带动了质谱技术的快速发展,而质谱技术的进步则拓宽了蛋白质组学研究问题的广度.最近10年内,肽段或完整蛋白质在质谱仪中的裂解技术——电子捕获裂解(electron capture dissociation,ECD)与电子转运裂解(electron transfer dissociation,ETD)逐渐发展起来.ECD和ETD在蛋白质组学中的应用,特别是在蛋白质的翻译后修饰鉴定和自顶而下(Top-down)的完整蛋白质裂解研究中已经展示出了诱人的前景.对ECD和ETD的基本原理、质谱特点、仪器实现、数据解析算法与软件开发,以及在蛋白质组学中的应用进展等方面进行了比较系统全面的阐述,并对当前的研究问题、面临的技术挑战与未来的发展趋势等方面作了深入剖析.    

2.  预测和鉴定蛋白质翻译后修饰的生物信息方法  
   李虹  谢鹭《现代生物医学进展》,2008年第8卷第9期
   蛋白质翻译后修饰对蛋白质成熟、结构和功能多样性有决定性的作用。但蛋白质翻译后修饰的多样性、普遍性、动态性,使传统的生物化学方法在全局水平上理解翻译后修饰非常有限,对它们的研究、特别是大规模的研究长期发展缓慢。现在,在实验研究基础上,借助多方面的生物信息学方法,可以快速高通量的预测和鉴定蛋白质翻译后修饰。一方面,可以从序列角度出发,基于酶识别底物的特异性,用位点权重矩阵、支持向量机等算法,从底物蛋白质序列提取修饰相关的保守序列,并用于预测翻译后修饰位点。这种方法相对成熟,能够取得较理想的预测准确性,但不能反映不同时间不同细胞的翻译后修饰状态。另一方面,可从质谱数据分析出发,有望捕获细胞内翻译后修饰的动态特性。质谱分析的高灵敏度、高准确度和高通量的能力已使建立在质谱基础上的蛋白质组学成为研究翻译后修饰的重要工具,生物信息学方法和质谱蛋白质组学的结合则更可以加速研究翻译后修饰的进程。本文从序列和质谱分析两个角度总结评价了各种翻译后修饰相关生物信息学方法的研究近况,重点讨论利用质谱数据鉴定翻译后修饰的新思路。    

3.  质谱MRM技术在蛋白质组学研究中的应用  被引次数:1
   赵焱  应万涛  钱小红《生命的化学》,2008年第28卷第2期
   质谱多反应监测(multiple reaction monitoring,MRM)技术是一种基于已知信息或假定信息有针对性地获取数据,进行质谱信号采集的技术,具有灵敏、准确和特异等优点.在基于蛋白组学的生物标志物研究、蛋白质翻译后修饰.定量蛋白质组和蛋白质相互作用等研究领域的应用逐渐受到重视.该文概述了该技术在蛋白质组学研究中的应用特点及其最新应用进展.    

4.  质谱MRM技术在蛋白质组学研究中的应用  
   赵焱  应万涛  钱小红《生命的化学》,2008年第28卷第4期
   质谱多反应监测(multiple reaction monitoring,MRM)技术是一种基于已知信息或假定信息有针对性地获取数据,进行质谱信号采集的技术,具有灵敏、准确和特异等优点。在基于蛋白组学的生物标志物研究、蛋白质翻译后修饰、定量蛋白质组和蛋白质相互作用等研究领域的应用逐渐受到重视。该文概述了该技术在蛋白质组学研究中的应用特点及其最新应用进展。    

5.  N-糖肽的规模化质谱解析方法进展  
   曾文锋  张扬  刘铭琪  吴建强  张晓今  杨皓  刘超  迟浩  张昆  孙瑞祥  杨芃原  贺思敏《生物化学与生物物理进展》,2016年第43卷第6期
   蛋白质糖基化修饰的鉴定是蛋白质翻译后修饰分析中最具挑战性的任务之一,近几年尤其受到关注.快速发展的质谱技术为规模化的蛋白质糖基化修饰研究提供了有效的手段.与其他基于质谱技术的翻译后修饰鉴定相比,糖基化鉴定的难点在于糖链是大分子而且存在微观不均一性,另外糖链本身可以在串联质谱中碎裂且与肽段的碎裂规律不同,导致蛋白质组学的质谱解析方法和软件难以完整地鉴定肽段序列和糖链结构.完整N-糖肽的鉴定是糖基化分析的热点内容之一,针对N-糖肽的鉴定,近年来,人们开发了多种多样的质谱解析方法,其中包括用N-糖酰胺酶切除糖链后鉴定N-糖基化位点的方法、基于电子转运裂解的糖肽肽段鉴定、基于高能碰撞裂解与电子转运裂解联用或碰撞诱导裂解与三级谱联用的完整N-糖肽鉴定等等.本文对这些质谱解析方法进行了整理和综述,简要指出了目前完整糖肽鉴定软件存在的一些不足,展望了未来的发展方向.    

6.  翻译后修饰蛋白质组学助力实现精准医疗  
   刘明  顾宏博  李振亚  董增军《生物产业技术》,2018年第2期
   与基因组学相比,蛋白质组学能够即时反映病人在疾病状态与正常状态下的蛋白表达和修饰谱,从而进行精准诊断和治疗,因此在临床领域越来越具有应用前景。蛋白质组学早期聚焦于细胞不同发育时期或疾病状态下的蛋白质表达水平变化,然而,许多至关重要的生命进程不仅与蛋白质相对丰度有关,更重要的是被时空特异分布的、可逆的翻译后修饰调控。在蛋白质组学、抗体亲和色谱与质谱分析、生物信息学等跨学科知识基础上发展的PTMScan?技术,在定性、定量分析翻译后修饰蛋白质位点方面具有显著优势。介绍了PTMScan?翻译后修饰蛋白质组学技术,其能够快速、准确、高通量地分析肺癌、黑色素瘤等多种疾病中信号通路关键节点蛋白质磷酸化、乙酰化、甲基化、泛素化和类泛素化等修饰的变化,满足精准医疗与伴随诊断对于疾病生物标志物鉴定、药物靶点筛选、靶向用药指导、疾病预后指示的需求,真正实现精准医疗,将正确的药物在最恰当的时间治疗真正需要的患者。    

7.  定量蛋白质组学中的同位素标记技术  被引次数:2
   叶雯  刘凯于  洪华珠  刘丽君《中国生物工程杂志》,2005年第25卷第12期
   定量蛋白质组学的目的是对复杂的混合体系中所有的蛋白质进行鉴定,并对蛋白质的量及量的变化进行准确的测定,是当前系统生物科学研究的重要内容。近年来,由于质谱技术和生物信息学的进步,定量蛋白质组学在分析蛋白质组或亚蛋白质组方面已取得了令人瞩目的成就,但其最显著的成就应该归功于稳定同位素标记技术的应用。该技术使用针对某一类蛋白具有特异性的化学探针来标记目的蛋白质或肽段,同时化学探针要求含有用以精确定量的稳定同位素信号。在此基础上,实现了对表达的蛋白质差异和翻译后修饰的蛋白质差异进行精确定量分析。综述了在定量蛋白质组学中使用的各种同位素标记技术及其应用。    

8.  质谱图聚类网络法在鉴定多肽翻译后修饰中的应用及研究进展  
   何明敏  舒坤贤  白明泽  许睿《生物工程学报》,2018年第34卷第10期
   蛋白质组学多肽鉴定方法一直以基于质谱分析和数据库搜索的方法为主,随着质谱仪技术的发展,海量的质谱数据被获取,这为大规模蛋白质的鉴定提供了一个强大的数据仓库,使得以质谱数据为基础的蛋白质组学研究成为主流。传统的串联质谱图搜库方法鉴定多肽翻译后修饰时具有诸多局限,质谱网络方法可以在一定程度上弥补局限。文中系统综述了基于质谱聚类的质谱网络和质谱图库搜索方法的发展历程、理论研究和应用研究,讨论了质谱网络库方法在鉴定多肽翻译后修饰的优势,并进行了分析和展望。    

9.  毛细管电泳技术在蛋白质翻译后修饰中的应用  
   张东阳  晏月明《生物技术通报》,2008年第5期
   蛋白质中翻译后修饰蛋白的鉴定是蛋白质组学研究的主要内容之一。毛细管电泳技术由于其高分辨能力、低样品上样量、易操作性和较少的分析时间等特点,迅速发展成为一种重要的分离技术。通过毛细管电泳与质谱连用,可以得到许多关于蛋白质鉴定、纯化和结构改变方面的十分有价值的信息。对毛细管电泳技术进行了简单介绍,并且就其在蛋白质磷酸化和蛋白质糖基化研究中的应用进行了综述。    

10.  基于质谱的蛋白质修饰定位算法  
   《生命的化学》,2017年第1期
   蛋白质翻译后修饰在细胞中广泛存在,对生命活动起到重要的调节作用。串联质谱技术的快速发展为蛋白质及其修饰鉴定提供了高通量、高灵敏度和高分辨率的研究平台。由于蛋白质鉴定软件往往不能准确定位修饰发生的位点,因而需要专门的数据分析算法重新定位修饰位点。本文首先介绍蛋白质修饰定位问题的来源和挑战,继而分析已有修饰重定位算法的原理和特点,最后讨论修饰重定位算法的不足和发展方向。    

11.  生物质谱与蛋白质组学  被引次数:4
   应万涛  焦丽燕  钱小红《生物技术通讯》,2004年第15卷第3期
   蛋白质组学是后基因组学时代最受关注的研究领域之一,其核心的鉴定技术——生物质谱近年来在仪器设计以及鉴定通量、分辨率和灵敏度等各方面均有质的飞跃,促进了蛋白质表达谱作图、定量蛋白质组分析、亚细胞器蛋白质组作图、蛋白质翻译后修饰以及蛋白质相互作用等蛋白质组研究各个领域的飞速发展。本综述了生物质谱技术的最新进展,及其在蛋白质组学研究中的应用。    

12.  整体蛋白质电喷雾质谱原位解析  
   《生命的化学》,2017年第1期
   蛋白质组学系统研究了生物体蛋白质组,尤其是一定生理、病理条件下差异表达的蛋白;对蛋白质序列、翻译后修饰及其位置的定性鉴定可以帮助我们系统地了解蛋白质的结构和功能。随着软电离技术(如电喷雾电离技术)及高质量测量精度、高质量分辨质谱仪(如轨道阱质谱仪)的发展与相对普及,完整蛋白质的质谱表征(即所谓的自上而下蛋白质组学)已成为可能且渐渐流行起来;相应的数据库搜索引擎和蛋白质鉴定生物信息学工具也有了一定的进展。本文对作者研发的蛋白质电喷雾质谱原位解析算法"同位素质荷比及轮廓指纹比对"及整体蛋白质数据库搜索引擎"Protein Goggle2.0"(http://proteingoggle.tongji.edu.cn/)做一个概述。    

13.  现代质谱技术在蛋白质组学中的应用及其最新进展  被引次数:1
   王希  朱友林《生物技术通讯》,2006年第17卷第3期
   简述了蛋白质组学的概念、内容和意义,重点综述了现代质谱技术在蛋白质组学中的应用,主要包括蛋白质和肽段的鉴定和定量、蛋白质翻译后修饰的鉴定和蛋白质间相互作用的检测等。随着新的高质量精确度、分辨率、灵敏度和通量质谱仪的出现,现代质谱技术在蛋白质组学中的应用将越来越广泛,并给蛋白质组学研究带来新的机遇。    

14.  非限制翻译后修饰鉴定方法的研究进展  
   张成普          吴松锋  朱云平《生物化学与生物物理进展》,2013年第40卷第4期
   蛋白质翻译后修饰在真核生物细胞内广泛存在,对蛋白质的结构和功能有着十分重要的影响.串联质谱技术的快速发展为翻译后修饰鉴定提供了高通量、高灵敏度和高分辨率的分析平台,但传统搜索引擎鉴定修饰的方法无法满足数据分析的需求,非限制翻译后修饰鉴定已成为目前蛋白质组修饰分析的重要手段之一.非限制翻译后修饰鉴定不需要在分析前指定修饰类型,可以直接从样品中找出大量已知或未知的修饰,对提高质谱图谱解析率以及揭示蛋白质的生物学功能具有十分重要的意义.本文首先介绍了非限制翻译后修饰鉴定的定义和发展历程,然后从序列匹配和谱图匹配两个方面详细综述了目前非限制翻译后修饰鉴定的主流算法,分析了非限制翻译后修饰鉴定的质量控制问题,最后结合非限制翻译后修饰鉴定的实际应用讨论了修饰鉴定算法的不足和发展方向.    

15.  组蛋白赖氨酸修饰相关蛋白的鉴定研究  
   《生命的化学》,2017年第1期
   组蛋白翻译后修饰(Histone post-translational modifications,HPTMs)是表观遗传学研究的重要内容之一,其中组蛋白赖氨酸修饰在调控酶的作用下动态变化,一方面改变了组蛋白与DNA的作用关系,一方面招募结合蛋白(readers),进而调控基因转录。这些组蛋白赖氨酸修饰相关蛋白蕴含着重要的生物学信息,它们的鉴定是理解其功能,解析表观遗传机制的关键。本文就基于质谱的蛋白质组学技术,评述了组蛋白赖氨酸修饰相关蛋白的分析方法和应用研究。    

16.  生物信息学在蛋白质组学研究中的应用进展  
   马骏骏  王旭初  聂小军《生物信息学》,2021年第19卷第2期
   生物信息学是运用数学和信息学方法阐明和解释海量生物学数据所蕴含的生物学意义的重要手段和工具。随着蛋白质组学研究的不断发展和深入,大量的蛋白序列、结构、功能以及互作数据不断产生。面对海量蛋白质组数据的获取、处理、存储以及蛋白质组数据信息的挖掘,生物信息学已成为蛋白组学研究中不可或缺的组成部分。本文结合蛋白质组学的发展历程,简要综述了生物信息学技术在蛋白质谱数据处理、蛋白质鉴定和蛋白质翻译后修饰等方面的应用进展,并初步展望了其未来发展趋势。    

17.  翻译后修饰蛋白质组学研究的技术策略  被引次数:2
   刘金凤  王京兰  钱小红  蔡耘《中国生物化学与分子生物学报》,2007年第23卷第2期
    蛋白质组学早期研究的绝大部分工作是在关注细胞不同生长时期或是疾病、分裂素刺激下的蛋白质表达水平变化.然而,许多至关重要的生命进程不仅由蛋白质的相对丰度控制,更重要的是被那些时空特异分布的可逆翻译后修饰控制的,揭示翻译后修饰发生规律是理解蛋白质复杂多样的生物功能的一个重要前提.由于翻译后修饰蛋白质在样本中含量低且动态范围广,其相关研究极具挑战性,亲和富集、多维分离等技术与生物质谱的结合为翻译后修饰蛋白质组学的发展提供了契机,目前,已进行规模化研究的蛋白质翻译后修饰主要有四大类,其中磷酸化和糖基化研究较多.本文针对大规模翻译后的修饰蛋白质的分析策略和技术路线,如蛋白质的磷酸化修饰, 糖基化修饰, 泛素化修饰,基于蛋白质氧化还原状态进行的氧化还原修饰和其它修饰像乙酰化、甲基化、脂基化修饰等进行了综述.    

18.  RNA的质谱分析研究进展  
   彭超  黄超兰《生命科学》,2014年第3期
   核糖核酸(RNA)是一类重要的遗传物质,在生物体内起着至关重要的作用。传统的RNA测序鉴定技术既费时又费力,而且会丢失大量的RNA转录后修饰等方面的信息。随着近年来仪器的更新和技术的飞速发展,质谱技术在生物大分子研究方向得到了很好的应用,特别是基于质谱技术的蛋白质组学。相比蛋白质组学的研究来说,基于质谱技术的RNA鉴定分析更为困难,发展相对缓慢。但是,硬件方面的革新和软件方面的开发也为其发展带来了很好的契机。重点通过对质谱技术在RNA分析鉴定的介绍,从样品制备、离子化方式、碎裂方式、分析方法、数据后处理软件等几个方面展现了基于质谱技术的RNA研究进展。    

19.  蛋白质组学研究技术及其联合应用  
   于靖  王方《国外医学:分子生物学分册》,2007年第4卷第4期
   蛋白质组学是研究细胞、组织和器官内所有蛋白质的组成及其动态变化的科学,是在蛋白质水平上定量的、动态的、整体的研究生物体。目前蛋白质组学技术分为样品制备、分离和鉴定3个方面,其新技术主要有激光捕捉显微解剖法、离心超滤法、双向凝胶电泳、同位素亲和标签技术、色谱技术以及质谱技术等。然而,任何一种蛋白质组学研究技术都有其缺陷。因此多种技术的联合应用能使蛋白质组研究更精确和完整,是蛋白质组学的发展趋势。    

20.  叶绿体的蛋白质组学研究进展  
   齐欣  崔继哲  朱宏《现代生物医学进展》,2007年第7卷第3期
   蛋白质组学是以基因组编码的所有蛋白为研究对象,高通量地从细胞及整体水平上研究蛋白质的组成及其功能的新兴学科。在后基因组时代的今天,蛋白质组学的研究正逐渐深入到生命科学的各个领域,21世纪蛋白质组学将成为生命科学中最热门的学科。蛋白质组分析已成为鉴定植物功能的有力工具之一,叶绿体作为比较重要的细胞器,在植物蛋白质组学中已有较多的研究,,随着双向电泳技术的改进和质谱法的出现,并与不断增多的拟南芥、水稻、玉米等植物的序列数据相结合,叶绿体蛋白质组可以被快速鉴定。本文主要介绍了植物蛋白质组学、叶绿体及其蛋白质组学研究技术和研究进展,并对蛋白质组学的研究趋势进行了展望。    

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