基于全基因组数据解析伞菌目木质纤维素降解酶系的差异

伞菌目Agaricales隶属于担子菌门Basidiomycota、伞菌亚门Agaricomycotina,是担子菌门中最大的一个类群,能够以腐生、寄生以及共生的模式在自然环境中生存,生存范围广,对于维持生态环境的平衡具有重要的作用。本研究基于51株伞菌目真菌基因组大数据挖掘降解木质纤维素相关的碳水化合物活性酶(carbohydrate-active enzymes,CAZymes)和氧化还原酶(oxidoreductases),同时比较白腐菌、褐腐菌、腐生菌、菌根菌、植物致病菌、兼性寄生菌、动物共生菌和不明生态型真菌降解机制的差异。结果显示白腐菌和褐腐菌等木腐菌、菌根菌、兼性寄生菌、其他腐生菌、植物致病菌以及共生菌的CAZymes家族平均数目为134个、93个、101个、127个、61个和32个,而CAZymes同源的基因平均数目为398个、240个、463个、407个、418个、131个和38个,木腐菌的CAZymes家族最为丰富,但是兼性寄生菌基因数目最多;同时具有木质纤维素降解酶活性的26个家族中,基因数目分别为86个、32个、101个、86个、104个、36个和10个。在木腐菌(白腐菌和褐腐菌)、菌根菌、兼性寄生菌、腐生菌、不明生态型、植物致病菌和动物共生菌中氧化还原酶相关的基因数目为44个、35个、48个、53个、59个、6个和29个,其中不明生态型真菌的基因数目最多达到了59个,植物致病菌的数量最少。CAZymes和氧化还原酶在不同的真菌中数量和种类差别很大,与其生态类型的关系不明显,此研究丰富了木质纤维素降解机制的多样性,但是需要进一步的实验设计对其生物活性进行验证以及进行蛋白家族进化分析。     

中国植物新分类群、新名称2020年度报告

2020年中国共发表高等植物新分类群359个, 其中新属21个、新种312个、新亚种6个、新变种14个、新变型6个; 发表新组合(等级) 217个, 新名称11个; 发表国家级新记录48个; 将85个名称处理为65个名称的异名; 对14个名称进行了应用订正; 新指定后选(新)模式物种147个; 还新发现多年未曾发现的物种2个, 排除物种分布3个。新发表的物种中, 苔类植物门有3个、藓类植物门3个、蕨类植物门6个、裸子植物门1个新杂交种、被子植物门299个。这些新物种中, 有86个发表的同时提供了详细的分子证据, 78个在发表时就依据IUCN标准被评估处于受威胁的状态。云南、西藏、广西和四川等西南4省区发表新物种最多, 占全国新物种发表总数的2/3; 新物种发现密度最高的省级行政单位是云南、海南、台湾、广西和浙江等省区; 墨脱县是新物种发现数量最多的县级行政单位。2020年中国高等植物净新增294个分类群, 占全国总数的0.79%, 313个高等植物名称发生变动, 占全国总数的0.84%。     

世界维管植物新分类群2021年年度报告

2021年全球共发表维管植物新分类群2,219个, 包括新亚科1个、新族7个、新亚族7个、新属68个、新亚属7个、新组15个、新亚组8个、新系10个、新种1,979个、新亚种46个、新变种59个和新变型12个; 这些新分类群隶属于185科881属, 兰科、菊科和茜草科是本年度最受关注的类群。2,219个维管植物新分类群由来自全球的1,942位学者发表在165个期刊和14部专著中, 其中有42位作者发表了11个以上的新分类群。值得关注的是, Phytotaxa和PhytoKeys是2021年发表维管植物新分类群的主要期刊, 分别发表586个和112个。本年度发表的2,096个新种及种下单元中, 被子植物门1,940个、蕨类植物门147个、裸子植物门9个, 其中兰科植物最多, 共227个。2021年发表的新种及种下单元来自世界115个国家和地区。亚洲和南美洲是新种及种下单元发现的热点地区, 分别发现837个和571个。中国、巴西和马达加斯加是2021年贡献维管植物新种及种下单元最多的前3个国家, 分别发现283、269和169个。考虑到在2021年2月1日之后IPNI对2020年发表的维管植物新种增加了797个, 我们估计在2022年4月16日之后, 各数据库中2021年发表的新种及种下单元会增加700个左右。这将使2021年发表的新种(和种下分类群)数量增加到大约2,800个, 这与2001年以来每年发表的维管植物新种数量相当。     

中国植物新分类群、新名称变化2021年年度报告

2021年中国共发表高等植物新分类群342个, 其中新科1个, 新属11个, 新种289个, 新亚种3个, 新变种18个, 新变型20个。新发表的物种分别属于苔类植物门(5个新种)、藓类植物门(4个新种)、石松门(3个新种)、蕨类植物门(22个新种)、裸子植物门(2个新种)、被子植物门(253个新种)。其中111个新种同时提供了详细的分子证据, 76个在发表时就依据IUCN标准被评估处于受威胁的状态。云南、西藏、四川和广西等西南4省区发表的新种最多, 共占全国新种发表总数的63.3%; 新种发现密度最高的省级行政单位是台湾、海南、云南、浙江和广东等省区。2021年中国共发表植物新组合(等级) 134个, 新名称9个; 发表国家级新记录62个; 将92个名称处理为62个名称的异名; 对7个名称进行了应用订正; 重新承认了2个属和10个物种; 新指定后选(新)模式物种49个; 还新发现多年未曾发现的物种9个, 排除物种分布7个。2021年中国高等植物净新增364个分类群, 占全国植物总数的0.98%, 230个高等植物名称发生变动, 占全国植物总数的0.62%。     

中国谷精草属的新资料

本文报道了谷精草属3个新系,7个新种、5个新变种、2个新组合、3个新记录、修正了5个种的特征记载,新归并学名15个,共涉及全国32种8变种中的34个。     

山东省棉花害虫天敌蜘蛛初记

在山东省已查明的棉花害虫天敌种类,计2个纲、11个目、42个科、151种,其中蜘蛛种类为14个科、32个属、52种。     

ICTV第八次报告的最新病毒分类系统

国际病毒分类委员会（International Committee on Taxonomy of Viruses,ICTV）于2005年7月发表了最新的病毒分类第八次报告。在这个长达1259页的报告中,将目前ICTV所承认的5450多个病毒归属为3个目、73个科、11个亚科、289个属、1950多个种。在亚病毒感染因子下设类病毒、卫星和朊毒,其中类病毒有2个科、7个属;卫星病毒有2个亚组,卫星核酸有3个亚组;     

中国石炭纪牙形类研究进展

本文系统整理自20世纪70年代至今中国石炭纪牙形类研究的历史和现状。对基于中国材料建立的石炭纪牙形类分类单元进行了厘定, 其中5个属/亚属中只有2个是有效名称; 99个种中有效种48个, 无效种7个, 尚有44 个种需要进一步研究。对中国石炭系4个地层大区10个地层区的牙形类生物地层序列进行了讨论和厘定。华南区包含完整的石炭系的43个牙形类生物带, 其它地层区包括准噶尔区10个、羌塘区8个、塔里木区8个、祁连–贺兰山区8个、内蒙古–吉林区6个、华北区3个、滇西区6个、藏南区5个、以及冈底斯区2个。石炭系尚有4个阶即谢尔普霍夫阶、莫斯科阶、卡西莫夫阶和格舍尔阶未确立全球界线层型。牙形类是最具潜力的界线标志。中国贵州罗甸纳庆剖面是这4个阶的候选层型剖面。该剖面产丰富的牙形类化石, 包括各阶潜在的界线标志化石, 而且近年来在它们的演化谱系研究上也取得了很大的进展。     

植物遗传工程研究的动向

根据Sitting和Noyes在1984年编纂的《遗传工程与生物工程公司年刊》(1984年版)所载资料,在1981年到1984年的四年期间,国际上的生物工程公司从260个猛增到1500余个,其中有十分之一与农业有关,主要进行植物遗传工程方面的研究工作。在1500多个公司中美国约占1100余个,英国200余个,日本约140个,加拿大约60个,法国60个左右。其他如澳大利亚、奥地利、比利时、巴西、中国、丹麦、芬兰、联邦德国、希腊、匈牙利、印度、爱尔兰、以色列、意大利、科威特、马来西亚、墨西哥、荷兰、新西兰、挪威、菲律宾、波兰、葡萄牙、新加坡、南朝鲜、瑞典、瑞士等国也有1个到10余个公司从事生物工程方面的研究工作。     

武汉东湖南部湖汊的鼓藻类

从1963年9月到1964年12月,作者在武汉东湖南部的湖汊定点采得48号藻类标本,其鼓藻类十分丰富,经鉴定共有20个属,164个种,75个变种和13个变型。其中有2个新种、7个新变种和2个新变型,12个种、25个变种和5个变型是中国的新记录;在四季中出现频率较高的优势种类有11个种和1个变种。在不同季节共6次所采得的鼓藻种类的统计结果得出,在夏季(6月、8月)的种类最多,秋季和冬季(9月、10月、12月)次之,春季(4月)最少。在东湖252个鼓藻类的分类单位中,热带、亚热带类群共有45个,其中的19个是南亚和东南亚地区特有或普遍分布的类群,13个是以广西为模式产地的类群,从而反映武汉地区鼓藻类区系具有亚热带类型的特点,并与南亚和东南亚的鼓藻类区系关系密切。