基于S6K1基因部分序列的鲤科鱼类系统发育关系及内含子1 Indel位点分析

鲤科鱼类在东亚分布广泛且数量丰富, 在物种演化上具有重要的系统发育地位. 本研究基于S6K1基因5′端功能调控序列, 通过PCR扩增、克隆和测序, 共获得30种鱼类S6K1 前端部分DNA序列(外显子1, 外显子2及内含子1), 对序列变异进行分析, 并采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(Bayesian)重建鲤科鱼类系统发育关系. 亚口鱼科的胭脂鱼(Myxocyprinus asiaticus)作为外类群, 通过4种方法所得系统发育分支图大致相同, 均以较高的节点支持率支持雅罗鱼系和鲃系的划分, 雅罗鱼系包括雅罗鱼亚科东亚类群(East Asian group in Leuciscinae)、鲢亚科(Hypophthalmichthyinae)、鲴亚科(Xenocyprinae)、鲌亚科(Cultrinae)、相似文献   

S7核糖体蛋白基因序列变异与(鱼丹)亚科鱼类的单系性研究

使用分子生物学的方法对Dan亚科鱼类的单系性进行了探讨。通过PCR方法,获得了13种鲤科鱼类S7核糖体蛋白基因第1内含子序列,其中包括6种Dan亚科鱼类。使用MEGA软件中的Neighbor-Joining法和Most-Parsimony法分别构建分支系统图。研究结果显示目前所确认的Dan亚科鱼类实际上没有形成单系类群。其中Dan属、波鱼属和低线Lie属位于系统树基部,显示出原始性,而由细鲫属、马口鱼属和Lie属构成的类群相对于Dan亚科中的原始种类起源较晚,可能和较晚起源的东亚鲤科类群之间有更为密切的关系。     

中国鲤形目鱼类的中轴骨骼数及其生态适应性

为探讨中国鲤形目鱼类中轴骨骼数及其与系统发育和生态习性的相关性,采用X光透视照相法对157种鲤科(Cyprinidae)、鳅科(Cobitidae)、平鳍鳅科(Balitoridae)鱼类的脊椎骨数、肋骨数、尾椎数进行了比较分析。结果显示,中国鲤形目鱼类的脊椎骨数在30-52枚之间,均值39.45?4.44;肋骨数在8-28对之间,均值15.27?3.08;尾椎数在14-34枚之间,均值21.08?2.89。依据脊椎骨数、肋骨数、尾椎数对鲤科各亚科进行聚类,显示鲤科12个亚科分为2大类：雅罗鱼类,包括雅罗鱼亚科、鲌亚科、鲴亚科、裂腹鱼亚科等4亚科;鲃类,包括鲢亚科、鮈亚科、鱼丹亚科、鲃亚科、野鲮亚科、鳅鮀亚科、鲤亚科、鱊亚科等8亚科。单因素方差分析显示,鲤科肉食性鱼类的肋骨数与脊椎骨数的比值显著少于植食性鱼类(P＜0.05),而脊椎骨数、尾椎数则显著多于植食性鱼类(P＜0.05)。中上层鱼类的脊椎骨数、尾椎数显著多于下层鱼类(P＜0.05)。极小型鱼类的脊椎骨数、肋骨数,以及肋骨数与脊椎骨数之比显著少于大型鱼类(P＜0.05)。表明鲤科鱼类的中轴骨骼数与其系统发育和生态习性及体型具有明显的相关性。     

鲤科七种鱼的银染核型研究

对鲤科七种鱼的银染核型进行了比较研究。这七种鱼均有4个NORs。其中鲴亚科五种鱼的Ag-NORs彼此特征相似;鮈亚科的似刺鳊鮈sm_3染色体上的NORs与次缢痕的位置、形态一致;雅罗鱼亚科的鳡鱼sm_6同源染色体上的一对NORs显示相对大小异形。结合以前的工作,本文以NORs为指标,讨论了有关雅罗鱼亚科几种鱼的亲缘关系及亚科鱼类染色体进行保守等问题。     

鲤科鲌亚科鱼类的系统发育及动物地理学

以雅罗鱼亚科为外群,采用分支系统学的原理和方法对鲌亚科17个属(须鳊属除外)进行了系统发育和动物地理学的分析.结果表明,(1)鲌亚科这17个属为一个单系群,并由4个较小的单系群组成;(2)鲌亚科现在的地理分布格局除源自离散事件外,主要源于扩散事件.鲌亚科的特征演化还表明,东亚地区地质历史的反转演化和平行演化可能在鲌亚科系统发育过程中起了重要的作用.     

用mtDNA 12S rRNA序列变异检验鲤形目鱼类系统发育关系

通过对鲤形目鱼类5个科的代表类群的完整线粒体12S rRNA进行测序和分析,以检验目前的形态学假说。经序列比对后,有1000个位点,其中467个位点在茎区,533个在环区;有395个位点为变化位点,其中267个为系统发育信息位点。采用邻接法和最大简约法进行了系统发育分析,其结果支持鲤科鱼类成为一个单系群,非鲤科的鲤形目鱼类成为另一个单系群的观点,这与Siebert提出的假说相一致。鲤科鱼类包含3个主要的分支,即鱼丹系、鲤系和雅罗鱼系;但在非鲤科鲤形目鱼类中,其关系不能得到很好的解决,其中鳅科是复系,平鳍鳅科、条鳅亚科和花鳅亚科可能有较近的亲缘关系。     

基于细胞色素b基因片段序列研究中国近海石斑鱼类系统进化关系

石斑鱼的分类一直是鱼类系统分类学中的一个难题. 为探讨中国近海石斑鱼类系统进化关系, 通过PCR扩增获得了石斑鱼亚科(Epinephelinae)6属28个种类的线粒体细胞色素b基因片段序列. 采用多个生物软件对序列变异和碱基组成进行分析, 计算了Kimura 2-parameter遗传距离、转换/颠换比等遗传信息指数, 并结合GenBank上石斑鱼属的同源序列, 以东洋鲈(Niphon spinosus)、真鲷(Pagrus major)等为外群构建NJ, MP, ML和ME系统树. 从分子系统学的角度并结合形态学特征得出了如下结果: (i) 鳃棘鲈属(Plectropomus)最先分化, 是石斑鱼亚科中原始的类群; (ii) 侧牙鲈属(Variola)与九棘鲈属(Cephalopholis)具有较近的亲缘关系; (iii) 九棘鲈属是一个单系群, 并且较石斑鱼属(Epinephelus)原始; (iv) 宽额鲈(Promicrops lanceolatus)和驼背鲈(Cromileptes altivelis)可以归入石斑鱼属; (v) 石斑鱼属内部存在两个平行进化的姐妹分支.     

中国鲤形目鱼类的脊椎骨数及其生态适应性

为探讨中国鲤形目鱼类脊椎骨数及其与系统发育和生态习性的相关性,采用X光透视照相法对鲤科(Cyprinidae)、鳅科(Cobitidae)、爬鳅科(Balitoridae)鱼类共157种的脊椎骨数、肋骨数和尾椎数进行了比较分析。结果显示,中国鲤形目鱼类的脊椎骨数30~52枚,均值39.5±4.4;肋骨数8~28对,均值15.3±3.1;尾椎数14~34枚,均值21.1±2.9。依据脊椎骨数、肋骨数、尾椎数对鲤科各亚科进行聚类,显示鲤科12个亚科可归为2大类:Ⅰ类包括雅罗鱼亚科、鲌亚科、鲴亚科、裂腹鱼亚科4亚科;Ⅱ类包括鲢亚科、亚科、亚科、鲃亚科、野鲮亚科、鳅亚科、鲤亚科、亚科8亚科。对鲤科89种所作的单因素方差分析显示,肉食性鱼类的肋骨数与脊椎骨数的比值显著小于植食性鱼类(P0.05),而脊椎骨数、尾椎数则显著多于植食性鱼类(P0.05)。中上层鱼类的脊椎骨数、尾椎数显著多于下层鱼类(P0.05)。极小型鱼类的脊椎骨数、肋骨数以及肋骨数与脊椎骨数之比显著少于或小于大型鱼类(P0.05)。表明鲤科鱼类的脊椎骨数与其生态习性及体型具有明显的相关性。     

稀有鮈鲫(Gobiocypris rarus)的骨骼特征及系统发育地位

稀有鮈鲫(Gobiocypris rarus)已作为新型实验动物而逐渐成为生物学研究各领域的热门对象,但是,其系统分类位置仍存在争议。本研究制作了稀有鮈鲫的透明骨骼标本,对其骨骼特征进行描述;选取47个形态特征,与鲤科各亚科鱼类的典型特征进行比较,建立了分支分析特征矩阵,并使用PAUP4.0软件中的最大简约法(MP)构建系统发育树。结果显示,稀有鮈鲫和鮈亚科鱼类聚在一起,属于鮈亚科。     

稀有鮈鲫性别决定类型初探

稀有鮈鲫(Gobiocypris rarus)是中国特有的一种小型鲤科鱼类,属于亚科、鮈鲫属,俗称金白娘、墨线鱼,主要分布于四川省汉源县大渡河支流的流沙河及成都附近的一些小河流中,被中国野生动物红皮书列为濒危鱼类。