利用12S rRNA、COI基因分子标记鉴定少棘巨蜈蚣干燥体

本研究旨在利用线粒体DNA上的12S rRNA基因、COI基因分子标记鉴定少棘巨蜈蚣(Scolopendra subspinipes mutilans L. Koch)干燥体。通过提取少棘巨蜈蚣干燥体样本DNA,PCR扩增线粒体DNA上的12S r RNA基因、COI基因片段,对PCR产物进行电泳检测及测序分析,测序结果在GenBank上进行BLAST搜索,同源性分析,并用MEGA7.0软件对所有实验样品及少棘巨蜈蚣的近缘物种进行遗传距离分析、构建邻接(NJ)树以验证序列比对结果。结果表明,从少棘巨蜈蚣(Scolopendra subspinipes mutilans L. Koch)干燥体中成功地提取到了基因组总DNA,并成功扩增出了用于动物种属鉴定的12S rRNA、COI基因片段。但所得蜈蚣样本12S rRNA基因片段序列与NCBI的GenBank中的物种的同源性无90%以上的。通过文献调研发现尚无蜈蚣12S rRNA基因片段的相关报道,将该序列作为新的基因序列注册到NCBI基因数据库中,该基因片段序列的GenBank登录号为JN558832.1。这说明利用线粒体DNA上的12S rRNA、COI基因DNA分子标记皆可准确鉴定动物种属。本研究得到的12S rRNA基因片段序列可作为后续准确鉴定少棘巨蜈蚣药材的分子标记参考。     

菌种1137116S rRNA序列分析及鉴定

通过PCR方法扩增菌种11371的16S rRNA基因并测序,将序列提交GenBank(登录号:DQ531606),并与其他链霉菌属种进行比较,通过DNAStar软件得到菌种16S rRNA基因序列进化树。同时采用插片法、显微镜观察等方法对株菌11371进行形态特征、培养特征、生理生化特征鉴定。结果表明,11371的16S rRNA序列与其他链霉菌具有一定的同源性,结合生理、生化指标鉴定结果,进一步确定菌种为不吸水链霉菌一株新亚种(Streptomyces ahygroscopicus subsp.wuzhouensis n.sub-sp.),菌株11371 16S rRNA序列为GenBank中首例Streptomyces ahygroscopicus的16S rRNA序列。     

基于16S rRNA和rpoB基因的分子系统发育分析在铜绿假单胞菌鉴定中的应用

为对比16S rRNA和rpo B基因分子系统发育分析与传统表型分类法对铜绿假单胞菌的鉴定,评估16S rRNA和rpo B基因序列分析在铜绿假单胞菌鉴定中的应用,用表型分类方法对临床自动微生物鉴定系统鉴定为铜绿假单胞菌的23株分离株进行再鉴定,PCR扩增23株分离株16S rRNA和rpo B基因片段,并测序进行系统发育分析。结果表明,表型再鉴定结果与自动微生物鉴定系统鉴定结果一致。基于两个基因的系统发育分析均显示分离株p22与不动杆菌属序列聚为一枝,其余22株分离株与铜绿假单胞菌序列聚为一枝。因此p22应鉴定为不动杆菌,16S rRNA和rpo B基因序列分析均能准确鉴定铜绿假单胞菌并能较好建立假单胞菌属内种间关系。     

DNA 12S rRNA基因序列测定在野生动物毛发样本鉴定中的应用

目的利用mtDNA 12S rRNA基因序列测定法对西藏自治区森林公安局送检的三件毛发物证进行种属鉴定,并探讨该方法在无毛囊毛发样本鉴定中的应用价值。方法用酚/氯仿法从毛发样本中提取出基因组总DNA,再用一通用引物通过PCR技术扩增mtDNA上12S rRNA基因的部分片段并进行序列测定。测序结果在GenBank上进行BLAST搜索,再利用DNAMAN软件进行同源性分析。结果1号样和3号样扩增产物序列与藏原羚的线粒体DNA的12S rRNA基因序列的部分片段的同源性均高达99%;2号样的序列与盘羊的线粒体DNA的12S rRNA基因序列的部分片段的同源性高达98%。结论1号和3号样为藏原羚,2号样为盘羊。本研究所用方法在野生动物案件的样本鉴定中有极高的应用价值。     

山西翅果油树上三种重要鳞翅目害虫的形态 和分子鉴定及生活史观察

【目的】明确山西翅果油树Elaeagnus mollis上发生危害的3种鳞翅目害虫形态鉴定特征及生活史特性,并基于mtDNA COI基因DNA条形码对这3个种进行快速物种识别鉴定。【方法】通过观察山西翅果油树上3种鳞翅目害虫成虫外部形态和解剖拍照雌、雄性外生殖器特征,利用PCR扩增对待测样本COI基因DNA条形码序列进行测定,与GenBank数据库中同源序列进行比对,基于COI基因DNA条形码序列构建邻接树 (neighborjoining, NJ),结合形态学研究结果对这3种鳞翅目害虫开展种类鉴定。【结果】形态学鉴定结果表明,危害山西翅果油树的3种鳞翅目害虫为榆兴透翅蛾Synanthedon ulmicola、兴透翅蛾Synanthedon sp.和斜纹小卷蛾Apotomis sp.。对这3个种的外部形态和雌、雄性外生殖器鉴别特征进行了描述和绘图。DNA条形码序列比对分析结果显示,榆兴透翅蛾与GenBank数据库中Synanthedon sequoiae的COI基因核苷酸序列一致性为90.7%,兴透翅蛾与GenBank数据库中Synanthedon spheciformis的COI基因核苷酸序列一致性为90.0%,斜纹小卷蛾与GenBank数据库中Apotomis capreana的COI基因核苷酸序列一致性为92.7%,NJ树聚类分析结果显示3个种分别形成明显的单系分支,与形态学和序列比对鉴定结果相吻合。【结论】本研究基于形态学鉴定和COI基因DNA条形码分子鉴定明确了危害山西翅果油树的3种鳞翅目害虫——榆兴透翅蛾、兴透翅蛾和斜纹小卷蛾,并提供了3个种的形态鉴定特征、生活史资料,为重要经济树种翅果油树的害虫防治提供了理论依据和科学资料。     

偶氮染料脱色菌株AZR偶氮还原酶基因的克隆及其序列分析

利用16S rRNA鉴定偶氮染料脱色菌株AZR属于葡萄球菌属(Staphylococcus)中的科氏葡萄球菌(Staphylococcus cohnii), 根据GeneBank上登录的葡萄球菌属的3个偶氮还原酶基因序列设计扩增引物, 从菌株AZR的基因组中扩增出偶氮还原酶基因, 其大小为567 bp, 编码188个氨基酸。GenBank搜索表明其为新基因, 递交GenBank数据库, 获得登录号为EU849488。通过互联网数据库及生物信息学分析工具进行初步分析表明, 该基因编码的蛋白属于黄素蛋白家族,     

果园三种天蛾的DNA条形码鉴定

DNA条形码(DNA Barcoding)可以利用一段通用基因短片段对物种(包括不同生活史阶段)进行区分。本文尝试应用该技术对深色白眉天蛾Hyles gallii(Rottemburg)、构月天蛾Parum colligata(Walker)、桃红六点天蛾Marumba gaschkewitschi(Bremer et Grey)等3种天蛾进行了鉴别。测定了3种天蛾的COⅠ基因序列,并在BOLD(Barcode of Life Data Systems)及GenBank中进行了检索。结果发现BOLD系统比GenBank更能帮助准确鉴定到物种,而在GenBank中只有1种能鉴定到种。将实验室获得序列与GenBank中下载的474条同源序列整合后,利用MEGA4.0的Kimura-2-Parameter模型进行了遗传距离分析,利用MEGA4.0及PAUP4.0进行了系统发育树的构建,结果发现待鉴定标本序列在各个系统发育树的位置基本一致,并能准确鉴定出一种天蛾。本研究表明,随着BOLD系统、GenBank等公共数据库的不断完善,DNA条形码将有助于更加有效地鉴定特定类群物种。     

基于涉案兽类12S rRNA基因的NCBI数据库序列可靠性分析

本研究以常用于动物种属鉴定的12S rRNA基因位点为研究对象,利用所测得的17种常见涉案兽类12S rRNA基因部分片段序列及NCBI数据库中下载的该物种DNA序列及其近缘物种DNA序列,构建系统进化树。根据进化树的聚类情况,判断NCBI数据库中的相关基因序列或物种名称的正确性,并对其中错误序列的登陆号进行标记,以防对后续涉案动物的准确鉴定造成影响。分别从17种常见涉案兽类(共26份样本)中提取线粒体DNA,并利用通用引物扩增线粒体DNA上的12S rRNA基因部分片段并进行测序分析。通过NCBI数据库的Blast比对功能,筛选出与本研究物种同源性由高到低的物种,并从NCBI基因数据库中下载此类近缘物种的12S rRNA基因序列共351条,利用MEGA7.0软件构建该物种及其近缘物种系统进化树。通过比对发现NCBI中登录号为KP202279等3个序列所对应物种拉丁名错误。登录号为AY184436等11个序列所对应物种拉丁名可能存在疑问。GenBank中某些物种拉丁名有同种异名现象。因此,NCBI数据库数据可靠性有待进一步验证,只能作为涉案物种鉴定的参考数据之一,可借助构建系统进化树等方法来确认其结果的准确性。     

系统发育树的构建方法

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。     

系统发育树的构建方法

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。