SRAP标记及其在植物遗传育种中的应用

SRAP标记是基于选择性扩增开放性阅读框的新型分子标记,具有简便、高效、重复性好、高共显性等优点,在植物育种中已经得到广泛应用.本文介绍了SRAP标记基本原理和特点,对SRAP标记在遗传多样性研究、遗传连锁图谱构建、比较基因组以及分子标记辅助选择育种等方面的应用进行了综述.     

Bassam和Sanguinetti银染方法在SRAP和TRAP标记中的比较研究

银染作为一种重要的DNA染色方法,对分子标记检测有重要影响.SRAP标记和TRAP标记是两种较为新型的分子标记,近年来得到了广泛应用,尤其在缺少遗传图谱的物种中应用价值更大.以普通烟草种(Nicotiana tabacum L.)烤烟和香料烟品种作为供试材料,对Bassam和Sanguinetti两种银染方法,在标记检测效率、成本及染色效果等方面进行了研究,并对其在SRAP标记和TRAP标记中的应用进行了探讨.结果表明,Sanguinetti银染法比Bassam银染更为简便、经济,染色照片的色阶图说明Sanguinetti染色方法的背景与扩增带区分明显,能够清楚地读带;且该方法能够扩增出很好的SRAP和TRAP标记谱带.因此,推荐在SRAP和TRAP标记检测中采用Sanguinetti银染方法.     

基于特定引物PCR的DNA分子标记技术研究进展

SSR、SCAR、SRAP和TRAP是4种最新发展的基于特定引物PCR的新型DNA分子标记技术,具有简便、高效、重复性好等优点,已在遗传育种和种质资源研究等各个方面得到广泛应用。介绍了这4种分子标记的基本原理和特点,综述了它们在分子生物学研究中的应用。     

分子标记在牡丹遗传多样性分析与品种鉴定中的应用

分子标记技术的实用性越来越受到人们的重视,在牡丹种质资源遗传多样性分析和品种鉴定等研究方面,TRAP、SRAP、SCoT、EST-SSR和CDDP等新型目的基因分子标记方法的应用为以RAPD、AFLP、ISSR、SSR等传统随机DNA分子标记的研究成果提供了强有力的补充。此文分别对随机DNA分子标记和目的基因分子标记技术在牡丹遗传多样性及品种鉴定中的应用现状作了综述,指出了目前相关研究中存在的主要问题及其解决措施与方法,以期为牡丹种质资源的整理、亲缘关系的分析和品种鉴定工作提供研究基础和科学依据。     

植物功能基因组研究中出现的新型分子标记

随着功能基因组学的发展,表达序列标签(Expressed Sequence Tags, ESTs)已经成为开发以PCR为基础的新型分子标记的重要资源。本文综述了植物功能基因组研究中出现的EST-SSR、CAPS、SNP、SRAP和TRAP等新型分子标记的基本原理和特点。这些标记具有其显著的优势,如开发简便、信息量高和通用性好等,尤其是由于它们来源于基因编码区（ORFs),因此具有很高的物种间通用性,并且其多态性与基因功能变异相关联。目前,这些功能基因分子标记已广泛应用于遗传图谱构建、重要性状基因定位、比较作图、遗传多样性和品种鉴别、分子标记辅助选择育种等研究中。在文章最后简要介绍了作者所在实验室近年来所开展的功能基因分子标记工作,并说明了在使用这些功能基因分子标记时可能会出现的问题。     

SRAP标记在植物遗传多样性中的应用进展

该文综述了SRAP标记在植物种类遗传多样性国内近几年的应用进展,以便为今后的研究提供相应的理论依据.同时,并讨论了一些SRAP标记在植物种类遗传多样性应用中尚存在的问题.     

SRAP分子标记在园林植物遗传育种中的应用

相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)分子标记作为一种新型的分子标记技术,以其多态性高、稳定性高、重复性好、操作简便、效率高及成本低等优点,已经在园林植物中广泛应用.简单介绍SRAP标记的原理和特点,综述其目前在遗传多样性评析、亲缘关系分析、遗传图谱构建、种质资源鉴定及基因克隆与基因定位等方面的研究进展,并对该标记在园林植物的遗传育种的应用前景进行了展望.     

新型分子标记TRAP应用研究进展

靶位区域扩增多态性(Target Region Amplified Polymorphism,TRAP)是基于PCR的新型分子标记,并已广泛应用于动植物的研究中,主要在种质资源的鉴定评价、遗传图谱的构建、绘制基因组转录图谱、重要的性状标记、比较基因组学、亲缘关系和遗传多样性等方面取得了进展.现就TRAP的原理以及在动植物中的应用研究做一综述.     

分子标记技术在大黄属植物种质资源研究中的应用

介绍了几种常用分子标记RAPD、AFLP、SSR、ISSR和SRAP的原理和特点,着重论述了分子标记在大黄属植物遗传多样性、亲缘关系和种质鉴定等方面的应用,分析了大黄种质资源研究中存在的问题和提出了今后研究工作的重点。     

Analysis of genetic relations and evaluation of medicinal value among Hedera plants in China by sequence related amplified polymorphism markers and high performance liquid chromatography detection

Hedera plants are ornamental vines which are regarded as traditional medicinal plants. These plants are widely cultivated worldwide; moreover, new species and varieties have been discovered. For the first time, molecular markers based on sequence-related amplified polymorphism (SRAP) were used in this study to classify species and to analyse the genetic relationship of 21 Hedera plant varieties which are commonly cultivated in China. We also employed high-performance liquid chromatography (HPLC) to evaluate the medicinal value of these plants by measuring their hederacoside C contents. Results of SRAP–PCR and cluster analyses show that the SRAP molecular markers can successfully be applied in Hedera plants and are available. In addition, HPLC detection results indicate that the Chinese wild species in group I contain less than 30 mg/g hederacoside C and do not comply with the European Pharmacopoeia standards. By contrast, groups II and III exhibit high medicinal value and accord with these standards.     

基于SRAP和TRAP标记的河北野生狗牙根种质遗传多样性分析

以SRAP和TRAP 2种标记技术对36份狗牙根材料的遗传多样性及亲缘关系进行了分析,其中包含34份河北省野生狗牙根种质资源。分别由238对SRAP和85对TRAP引物组合中筛选获得具有多态性的SRAP和TRAP引物组合各10对,PCR扩增总条带分别为186和161条,多态性条带156和132条,平均每对引物扩增出多态性条带各15.6和13.2条,多态性位点比率分别为83.4%和81.0%。2种标记合并进行聚类分析,所有供试的36份狗牙根材料遗传相似系数GS=0.519~0.983,平均为0.7。当GS=0.68时,可将36份供试材料分为4个类群。本研究结果表明河北野生狗牙根种质资源存在较丰富的遗传多样性,可为种质资源保护和选育优良狗牙根新品种提供科学依据。     

The linkage maps of Dendrobium species based on RAPD and SRAP markers

Dendrobium plants are used commonly as tonic herbs and health food in many Asian countries,especially in China.Here we report the genetic map construction of two Dendrobium species with a double pseudo-testcross strategy using random amplified polymorphic DNA (RAPD) and sequence-related amplified polymorphism (SRAP) markers.A F1 mapping population of 90 individuals was developed from a cross between D.officinale and D.hercoglossum.A total of 307 markers,including 209 RAPD and 98 SRAP,were identified and used for genetic linkage group (LG) analysis.The D.officinale linkage map consisted of 11 major linkage groups and 3 doublets,which covered 629.4 cM by a total of 62 markers with an average locus distance of 11.2 cM between two adjacent markers.The D.hercoglossum linkage map contained 112 markers mapped on 15 major and 4 minor linkage groups,spanning a total length of 1,304.6 cM with an average distance of 11.6 cM between two adjacent markers.The maps constructed in this study covered 92.7% and 82.7% of the D.hercoglossum and D.officinale genomes respectively,providing an important basis for the mapping of horticultural and medicinal traits and for the application of marker-assisted selection in Dendrobium breeding program.     

Molecular Phylogeny Analysis and Species Identification of Dendrobium (Orchidaceae) in China

Dendrobium plants are important commercial herbs in China, widely used in traditional medicine and ornamental horticulture. In this study, sequence-related amplified polymorphism (SRAP) markers were applied to molecular phylogeny analysis and species identification of 31 Chinese Dendrobium species. Fourteen SRAP primer pairs produced 727 loci, 97% of which (706) showed polymorphism. Average polymorphism information content of the SRAP pairs was 0.987 (0.982–0.991), showing that plenty of genetic diversity exists at the interspecies level of Chinese Dendrobium. The molecular phylogeny analysis (UPGMA) grouped the 31 Dendrobium species into six clusters. We obtained 18 species-specific markers, which can be used to identify 10 of the 31 species. Our results indicate the SRAP marker system is informative and would facilitate further application in germplasm appraisal, evolution, and genetic diversity studies in the genus Dendrobium.     

基于SRAP分子标记的冰草遗传连锁图谱构建

构建高密度遗传连锁图谱是冰草抗性、品质、产量等重要性状QTL精细定位及标记辅助育种研究的基础。该试验以四倍体杂交冰草F2群体的202个分离单株及其亲本为材料,利用SRAP分子标记技术和Join Map 4.0作图软件对冰草的遗传连锁图谱进行了构建。结果表明:(1)共筛选出22对多态性好、标记位点清晰稳定的SRAP适宜引物,对冰草杂种F2分离单株的基因组DNA进行PCR扩增,共获得510个SRAP多态性标记位点,其比率占88.2%。(2)偏分离分析表明,偏分离标记比率仅为14.12%,符合遗传作图的要求。(3)成功构建了冰草的SRAP分子标记遗传连锁图谱,该图谱有14个连锁群、510个标记,连锁群间长度范围86.4～179.0cM,覆盖基因组总长度1 912.9cM,标记间平均间距3.75cM,为高密度遗传图谱。