单点交叉多子代遗传算法

在现有文献研究的基础上,对传统遗传算法作了进一步研究,依据生物进化理论,提出了一种单点交叉多子代遗传算法,并给出了多子代的产生方法.单点交叉多子代遗传算法所产生的子代个体数量与传统遗传算法相比明显增多,这样不但可增大产生更优秀个体的可能性,而且使得种群竞争更激烈,故可使传统遗传算法的性能得到更好的改善.4个测试函数的测试结果表明,本文给出的单点交叉多子代遗传算法比传统遗传算法的运算速度明显提高,迭代次数明显减少,从而验证了本文提出的单点交叉多子代遗传算法的有效性。     

遗传算法的一种改进进化策略

在现有文献研究的基础上,对传统遗传算法的进化策略又作了进一步研究,提出了一种改进的进化策略.该进化策略保留了交叉产生个体中的精英个体,克服了传统遗传算法中交叉得到的优秀个体有可能在变异过程中遭到破坏而不能生存的不足;另外,在交叉中,交叉概率取1,使父代种群中所有个体均参与交叉操作,由于交叉产生的个体数增多,增大产生更优秀个体的可能性,因而可使遗传算法的性能得到更好的改善.通过4个测试函数的测试计算,结果表明,本文给出的改进进化策略比传统遗传算法进化策略的运算速度明显提高,迭代次数明显减少,从而验证了本文提出的改进进化策略的有效性.     

试论遗传算法中保持种群多样性的有效方法

随着生物领域技术的不断发展,遗传算法作为新提出的一种全局优化方案,其存在的主要缺陷便是过早收敛。基于此,通常意义上,遗传算法常需一个相对庞大的群体,这便使其原本的效率每况愈下。本文首先分析遗传算法中种群多样性的几种评估办法,接着就保持种群多样性提出可行性方案。     

遗传算法——进化论思想与遗传学原理在工程优化中的应用

优胜劣汰是自然界物种进化的法则,近年来,生物科学中的进化论思想与遗传学原理被成功地应用于工程中优化问题的计算,于是产生了一种不同于传统算法的优化算法———遗传算法（ＧＡ）。本文介绍遗传算法所采用的进化论思想和遗传学原理,遗传算法的基本操作、算法步骤、不同于传统算法的特点以及遗传算法的发展历史与应用情况等,并对遗传算法对生物科学的可能应用作了简单的展望。     

关于个体群大小的定义及其模型特征分析

<正> 害虫种群在自然界的空间分布型,通过大量文献报道,多呈聚集分布。而聚集分布的特征之一,就是种群的个体呈个体群形式存在。因此估计平均个体群大小,就成为研究与分析种群动态时,需要掌握的重要信息之一。但什么是个体群大小?其模型特征是什么?过去均未见有详细报道。为了使该统计量能在生产实践中正确地应用。特写此文加以介绍。     

数量遗传学在害虫种群抗性进化研究中的应用

自1908年Melander[1]首次发现美国的梨园蚧AspidiotusperniciosusComstock对石硫合剂有抗药性以来,已有500多种害虫和害螨对一种或多种不同类群的杀虫剂产生了抗药性[2]。Dobzhansky[3]认为,杀虫剂抗性是一种进化现象,是害虫种群内部遗传结构在杀虫剂选择作用下持续变化的外在表现。目前,害虫抗性种群内部遗传结构在杀虫剂选择作用下动态变化的研究主要集中在抗性等位基因频率和抗性遗传力两个方面。遗传力估计是数量遗传学中研究生物群体遗传结构变化趋势的基本方法之一,由于这种方法不需对控制性状的基因数作任何假设,因此在不清…     

运用遗传算法拟合Logistic曲线的研究

Logistic方程是研究有限空间内种群增长规律的重要工具之一．本文运用遗传算法拟合logistic曲线,并且比较了各种方法的拟合结果,证明遗传算法具有较强的拟合非线性方程的能力,对生物实验及生态、生理学中诸多非线性曲线的参数估计具有普遍意义．     

改进的遗传算法在医用非线性曲线模型拟合中的应用

本文提出医用非线性曲线模型拟合改进的遗传算法,以指数曲线模型为例,选择了一组标样进行了模拟,结果表明,改进的遗传算法性能良好,可望成为各类医用非线性曲线拟合的有效手段。     

具有初始效应的Logistic方程

在植物原生质体培养中,作者发现原生质体（细胞）增长有初始效应,由此导出了具有普适意义的含初始效应的Logistic方程：。此方程可用来描述任何大小的初始种群在初始状态下的增长动态。本文作者还给出了上述方程中各参数的求解方法。     

叉叶类苏铁是苏铁属植物中最进化的种群

Cycas属植物羽状复叶上的小羽片,是从不开叉向二叉开裂逐步发展的。二叉开裂后,小羽片继续进一步发展、进化,在其开叉分裂的小羽片上再次二叉开裂,成为三回、四回、五回二叉开裂的裂片（小叶）,最后小羽片发展到多回开裂,成为Cycas属植物羽状复叶上最进化的一种小羽片类型。着生这种进化类型小羽片的叉叶类苏铁是Cycas属植物中最进化的种群。     

分子生物学技术在轮虫遗传多样性和系统发生研究中的应用

分子生物学技术,如等位酶分析、DNA序列分析、限制性片段长度多态性、随机扩增多态、重复DNA序列多态性,在轮虫研究中的应用始于上世纪70年代,研究领域主要是轮虫群体遗传学、生物变异与多样性和系统发生与进化,被研究的轮虫种类主要集中在臂尾轮虫属、晶囊轮虫属和蛭态轮虫的一些种类。着重介绍分子生物学技术在轮虫遗传学和系统学研究中的应用,并对今后的研究热点提出了展望。     

Applications of Genetic Algorithms in Cluster Optimisation

Abstract

Applications of Genetic Algorithms for optimisation of atomic clusters are reported. It is shown that the genetic algorithms are very useful tools for determining the minimum energy structures of clusters of atoms described by interatomic potential functions containing up to a few hundred atoms. The algorithm generally outperforms other optimisation methods for this task. A number of applications are given including covalent carbon and silicon clusters, close-packed structures such as argon and silver and the two-component C—H system.     

遗传距离的错误观点和病毒进化踪迹的探索

通过对病毒基因序列的遗传距离(K)的演算,发现公式中的p和q应理解为转换率和颠换率;计算所得的K值是一个百分率,更适合于显示生物进化的时间概念.因此建议将遗传距离改名为进化率.并从进化率计算中的规律性变化,探索了病毒进化的信息.     

遗传距离的错误观点和病毒进化踪迹的探索

通过对病毒基因序列的遗传距离(K)的演算,发现公式中的p和q应理解为转换率和颠换率;计算所得的K值是一个百分率,更适合于显示生物进化的时间概念。因此建议将遗传距离改名为进化率。并从进化率计算中的规律性变化,探索了病毒进化的信息。     

缅甸蟒线粒体Cytb基因遗传多样性分析

为了探讨海南文昌种蟒养殖基地的种蟒的遗传多样性和个体来源,本研究对27条种蟒的细胞色素b基因的全序列进行了测定和分析。结果表明:缅甸蟒cytb基因全长1 111 bp,序列中A+T含量为58.0%,G+C含量为42.0%,单倍型多样性(Hd)为(0.755±0.053),核苷酸多样性(Pi)为(0.003 29±0.000 43),表明该种群遗传多样性较高。共检测出6条单倍型,单倍型间遗传距离最大为0.007,最小为0.001;与已知地理来源的个体构建系统发育树显示,该养殖种群来源两个母系世系。本研究结果为制定缅甸蟒合理圈养计划和科学放归提供理论基础。     

Strategy selection under predation; evolutionary analysis of the emergence of cohesive aggregations

Why do animals form groups? This question has formed the basis of numerous scientific studies over the last hundred years and still remains a controversial topic. Predation is one of the foremost candidates, yet the precise mechanism remains quantitatively elusive. Here I investigate in silico the effect of ongoing predation on groups of heterogeneous individuals behaving according to a well-documented individual based model. I examine the resultant evolutionary trajectories and describe the final selected states and their stability with reference to a qualitatively modified version of adaptive dynamics. The speed of individuals is found to dominate the selection of the final state over other parameters in the model. The relative stability of the groups and their internal configurations are discussed with reference to novel structural correlation functions that are defined and introduced. The results reveal the importance of tightly bound toroidal group structures as an intermediate state prior to the emergence of slow compact groups. The study also indicates the need to more accurately model the speed distributions in real aggregations.     

L-缬氨酸发酵培养基的神经网络建模与遗传算法优化

运用神经网络对L-缬氨酸发酵培养基组成进行建模,在神经网络模型的基础上采用遗传算法对培养基组成进行优化,得到最佳发酵培养基组成.结果表明,运用神经网络并结合遗传算法是一种行之有效的优化方法.按最佳发酵培养基组成进行发酵实验64h,可在发酵液中积累L-缬氨酸28.5g/L.     

肿瘤基因疫苗的研究进展

最近,美国FDA批准上市了第一个肿瘤治疗性疫苗,成为肿瘤治疗史上的一个里程碑事件。肿瘤免疫治疗领域目前正朝着发展新型疫苗技术方向前进,理想的肿瘤疫苗应该可以产生强大、持久和有效的免疫反应,同时疫苗的制造成本低廉,可以形成标准化生产工艺。本文中所提及的基因疫苗是在肿瘤多种免疫治疗方式中新出现的一种治疗方法。多项研究已经证明,肿瘤免疫基因治疗方式可以产生有效的免疫反应,获得很好的临床效果。在本综述中,我们简要概述当前肿瘤基因疫苗的发展现状及最新研究进展,探讨肿瘤基因疫苗的未来发展趋势。     

Genetic tagging: contemporary molecular ecology

Population genetic analyses have been highly successful in deciphering inter- and intra-specific evolutionary relationships, levels of gene flow, genetic divergence and effective population sizes. Parameters estimated by traditional population genetic analyses are evolutionary averages and thus not necessarily relevant for contemporary ecological or conservation issues. Molecular data can, however, also provide insight into contemporary patterns of divergence, population size and gene flow when a sufficient number of variable loci are analysed to focus subsequent data analyses on individuals rather than populations. Genetic tagging of individuals is an example of such individual-based approaches and recent studies have shown it to be a viable alternative to traditional tagging methods. Owing to the ubiquitous presence of hyper-variable DNA sequences in eukaryote genomes it is in principle possible to tag any eukaryote species and the required DNA can be obtained indirectly from substrates such as faeces, sloughed skin and hair. The purpose of this paper is to present the concept of genetic tagging and to further advocate the extension of individual-based genetic analyses beyond the identification of individuals to other kinds of relationships, such as parent-offspring relations, which more fully exploit the genetic nature of the data.     

植物抗病基因工程的研究进展及前景展望

近年来,随着植物抗病基因(尤其是抗病毒基因)的分离,植物抗病机制的分子生物学和植物抗病基因工程的研究轰轰烈烈地展开并取得重大突破。本文针对植物抗病基因工程的原理、抗病基因、转化方法等方面的进展进行了综述,并对抗病基因工程的应用前景做了展望。