2005年夏季长江口水域浮游植物群集特征及其与环境因子的关系

根据2005年9月8—15日在长江口及其邻近水域(30.5°32.5°N,121.0°123.5°E)进行的多学科外业航次调查所获资料,对调查区浮游植物的群集特征及其与环境因子之间的关系进行了研究。结果表明:鉴定浮游植物98种(含变种和变型),硅藻是浮游植物中的主要类群;浮游植物生态类型多为温带近岸种,少数为暖水种和大洋种;优势种主要为多尼骨条藻、尖刺伪菱形藻、柔弱几内亚藻、翼鼻状藻细长变型和柔弱伪菱形藻;细胞丰度平均为256.4个·mL-1,高值出现在调查区的中部偏南及东北部海域;Margalef物种丰富度指数、Shannon-Wiener物种多样性指数、Pielou'均匀度指数的分布显示:调查区东南部海域浮游植物多样性程度较高,物种均一性较好。物种与环境的典范对应分析显示:甲藻与环境因子中溶解氧的关系较为密切;多尼骨条藻与海水中硅酸盐和硝酸盐的关系较为密切,与海水盐度有很大的负相关性;各物种在排序图中的位置反映了其对不同环境资源的生态需求。     

2006年秋季东海陆架浮游植物群集

根据2006年11月19日—12月24日在东海陆架海域（24.0°—32.0°N,120.0°—127.0 °E）进行的综合采样调查,对调查海域浮游植物的群集特征进行了研究.本次调查共发现浮游植物4门64属145种（包括未定名种）,其中硅藻是该调查海区浮游植物的主要功能群,其次为甲藻.主要的优势种为菱形海线藻、圆海链藻、丹麦细柱藻、斯氏几内亚藻、尖刺伪菱形藻和铁氏束毛藻等.浮游植物细胞丰度为0.09～5.11 cells·ml^-1,平均值为4.92 cells·ml^-1,秋季东海陆架浮游植物细胞丰度的平面分布主要由浮游硅藻刻画,其高值出现在调查区的北、东部离岸海域,细胞丰度大于30 cells·ml^-1.浮游植物及硅藻和甲藻的细胞丰度垂直变化趋势基本上都是随着水深增加,丰度逐渐减小.各个断面细胞丰度密集区主要集中在表层,个别站位的中层和底层也出现浮游植物密集区.调查区浮游植物的多样性指数平均值为2.80,其高值位于调查区东北和东南部,物种均匀度指数平均值为0.81,其高值位于调查区中部,生物多样性的分布与细胞丰度的分布一致.从Pearson相关性指数来看,亚硝酸盐、溶解态有机氮(DON)和温度显著影响调查区浮游植物的生长.     

东海低氧区及邻近水域浮游植物的季节变化

根据2011年5月、8月、11月在东海低氧区及邻近水域(25°00'—33°30'N,120°00'—127°30'E)进行的多学科综合调查,对东海低氧区及邻近水域浮游植物群落结构特征及季节变化进行了相关研究。经Utermhl方法初步分析共鉴定出浮游植物4门74属248种(含变种、变型,不含未定种),主要由硅藻和甲藻组成,此外还有少量的金藻和蓝藻。春季优势种主要为具齿原甲藻(Prorocentrum dentatum)、柔弱伪菱形藻(Pseudo-nitzschia delicatissim)、骨条藻(Skeletonema sp.)和具槽帕拉藻(Paralia sulcata);夏季主要是中肋骨条藻(Skeletonema costatum)和海链藻(Thalassiosira sp.);秋季主要是具槽帕拉藻、圆筛藻(Coscinodiscus sp.)和柔弱伪菱形藻。调查区浮游植物平均细胞丰度在夏季最高,达到85.002×103个/L,春季次之,秋季最低。在水平方向上,春、夏两季,表层浮游植物细胞丰度在近岸出现高值,由近岸到外海细胞丰度逐渐降低;而在秋季则相反,在调查海域的东北部出现高值,随离岸距离的增加细胞丰度逐渐增加。在垂直方向上,春、夏两季,浮游植物细胞丰度在表层出现最大值,随着深度的增加细胞丰度逐渐降低;而在秋季细胞丰度分布比较均匀,随水深变化不明显。调查区表层浮游植物ShannonWiener多样性指数和Pielou均匀度指数的平面分布基本一致,并且与细胞丰度的分布大致呈镶嵌分布。调查浮游植物群落的演替规律是:从春季的甲藻(具齿原甲藻、微小原甲藻(Prorocentrum minimum)等)为主,硅藻(柔弱伪菱形藻、骨条藻等)为辅;演替至夏季的硅藻(中肋骨条藻、海链藻等)为主,甲藻(主要是梭状角藻(Ceratium fusus)和叉状角藻(Ceratium furca))为辅,到秋季进一步演替为硅藻(具槽帕拉藻、圆筛藻、柔弱伪菱形藻等)为主,铁氏束毛藻(Trichodesmium thiebaultii)为辅。浮游植物物种组成、优势种、细胞丰度及多样性指数均表现出明显的时空变化。低氧区与非低氧区浮游植物群集存在明显差异。     

2006年秋季东海陆架浮游植物群集

根据2006年11月19日--12月24日在东海陆架海域(24.0°--32.0°N,120.0°--127.0°E)进行的综合采样调查,对调查海域浮游植物的群集特征进行了研究.本次调查共发现浮游植物4门64属145种(包括未定名种),其中硅藻是该调查海区浮游植物的主要功能群,其次为甲藻.主要的优势种为菱形海线藻、圆海链藻、丹麦细柱藻、斯氏几内亚藻、尖刺伪菱形藻和铁氏束毛藻等.浮游植物细胞丰度为0.09～5.11 cells·ml-1,平均值为4.92 cells·ml-1,秋季东海陆架浮游植物细胞丰度的平面分布主要由浮游硅藻刻画,其高值出现在调查区的北、东部离岸海域,细胞丰度大于30 cells·ml-1.浮游植物及硅藻和甲藻的细胞丰度垂直变化趋势基本上都是随着水深增加,丰度逐渐减小.各个断面细胞丰度密集区主要集中在表层,个别站位的中层和底层也出现浮游植物密集区.调查区浮游植物的多样性指数平均值为2.80,其高值位于调查区东北和东南部,物种均匀度指数平均值为0.81,其高值位于调查区中部,生物多样性的分布与细胞丰度的分布一致.从Pearson相关性指数来看,亚硝酸盐、溶解态有机氮(DON)和温度显著影响调查区浮游植物的生长.     

2009年冬季东海浮游植物群集

2009年12月23日—2010年1月5日在东海海域(24°00’—32°00’N,120°00’—128°00’E)68个站位进行了水文、化学和生物的综合调查,应用Utermhl方法对调查海域的浮游植物群集进行了研究。经284个浮游植物采水样品的分析,共发现浮游植物4门67属171种(含13个未定种)。浮游植物群集主要由硅藻和甲藻组成,还有少量的蓝藻和金藻,物种以沿岸广温型为主,优势种为:具槽帕拉藻(Paralia sulcata)、菱形海线藻(Thalassionema nitzschioides)、柔弱伪菱形藻(Pseudo-nitzschia delicatissima)、安哥拉海链藻(Thalassiosira angulata=并基海链藻Thalassiosira decipens)和细弱海链藻(Thalassiosira subtilis)等。调查浮游植物细胞丰度介于0.356×103—142.578×103个/L,平均值为14.137×103个/L;硅藻占浮游植物细胞丰度的比例最大,介于0.356×103—142.578×103个/L,平均值为13.023×103个/L;其次为甲藻,细胞丰度介于0.356×103—11.378×103个/L,平均值为1.177×103个/L。调查海域表层浮游植物细胞丰度的平面分布由硅藻刻画,高值区出现在调查区北部即长江口东北部海域,甲藻在调查区南部和东南部丰度较高。细胞丰度在水体中的垂直分布趋势为先上升后下降,最大值出现在10m层。从断面分布上看,细胞丰度在调查区近岸和远岸较高、中部较低。Pearson相关性分析表明,调查区浮游植物细胞丰度与磷酸盐和硅酸盐浓度呈显著正相关,与温度呈显著负相关,与硝酸盐相关性不明显。     

春末三峡大坝首次蓄水期长江口浮游植物群集

根据2003年6月三峡大坝第1次蓄水期长江口及其邻近水域(28°-33°N,120°-125°E)34个测站采集的浮游植物水样,报道了该水域浮游植物群集特征.结果表明:调查区浮游植物以硅藻和甲藻为主,伴有少量的绿藻和金藻.浮游植物细胞丰度介于0.2～1504.2 cells·ml-1,平均为72.7 cells·ml-1,主要优势物种为骨条藻(Skeletonema sp.)、具齿原甲藻(Prorocentrum dentatum)和锥状施克里普藻(ScrippsieUa trochoidea).调查区表层两个浮游植物密集区分别位于北部的冲淡水域和西南部近岸水域.浮游植物细胞丰度最大值出现在中层(10m层),最小值出现在底层.冲淡水域的优势物种是骨条藻,主要出现在表层;而在长江冲淡水与台湾暖流、黄海混合水交汇的水域,优势物种为具齿原甲藻,主要分布在表层和中层.     

长江口附近海域春季浮游硅藻的种类组成和生态分布

2002年春季,在长江口附近海域典型赤潮高发区28个大面站位采集了53个样品,从中共鉴定出隶属于31个硅藻属的80个种和变种;其中种类多样性较高的属为圆筛藻属(Coscinodiscus),有17个种,斜纹藻属(Pleurosigma),有8个种和变种;数量上较优势的种为柔弱拟菱形藻(pseudo-nitzschia delicatissma),为3．48×10^3cells·L-1,占28．54％;具槽直链藻(Melosira sulcata),为1．43×10^3cells·L-1,占16．98％;尖刺拟菱形藻(Pseudo-nitzschia pungens),为0．71×10^3cells·L-1,占9．85％．它们在大部分站位中都有出现;柔弱拟菱形藻和尖刺拟菱形藻的高细胞密度区主要出现在1230E断面的站位,而具槽直链藻则主要出现在长江口的31～32°N断面的站位．浮游硅藻总细胞丰度变化于0．43×10^3～23．3×10^3cells·L-1,平均4．61×10^3cells·L-1;在123°E、30．5°N的DDl5站位,无论表层还是中层,浮游硅藻总细胞丰度均最高(表层,1．85×10^4cells·L-1;中层,2．33×10^4cells·L-1)．从水平分布看,浮游硅藻呈不均匀分布态势,从垂直分布看,大部分站位的表层浮游硅藻丰度高于中层．     

中国东部陆架边缘海网采浮游植物种类组成和季节变化

为揭示中国东部陆架边缘海浮游植物群落季节变化规律,根据2006年6–7月、2007年1–2月、2007年11月和2009年4–5月在中国东部陆架边缘海域(25.00°–39.00°N,118.00°–129.00°E)进行的综合采样调查,对调查海域网采浮游植物(网孔直径77μm)的物种多样性和分布特征进行了研究。4个航次共鉴定出浮游植物4门70属257种(不包括未定名种),其中硅藻是主要功能群,其次是甲藻,主要的优势种为骨条藻(Skeletonema spp.)、细弱海链藻(Thalassiosira subtilis)、囊状海链藻(T.scrotiformis)、伏氏海线藻(Thalassionema frauenfeldii)、菱形海线藻(T.nitzschioides)、具槽帕拉藻(Paralia sulcata)、洛氏角毛藻(Chaetoceros lorenzianus)、旋链角毛藻(C.curvisetus)、尖刺伪菱形藻(Pseudo-nitzschia pungens)和夜光藻(Noctiluca scintillans)。浮游植物细胞丰度为0.02×104–31,350.21×104cells/m3,最低值出现在冬季黄海海域,最高值出现在春季长江口邻近海域。4个季节的浮游植物细胞密度呈现春季夏季秋季冬季的趋势,浮游植物各生物多样性指数的等值线均呈现西北–东南走向。     

长江口及其邻近水域冬季浮游植物群集

应用Uterm hl方法分析了2005年2月28日至3月10日在长江口及其邻近水域进行的大面调查所获浮游植物采水样品,报道了该水域浮游植物的群落特征.初步鉴定浮游植物5门67属130种(含未定名25种).调查水域浮游植物群落主要由硅藻组成,其次为甲藻,此外还有少量的金藻、蓝藻和绿藻.主要优势种为具槽帕拉藻(Paralia sulcata)、中肋骨条藻(Skeletonema costatum)、圆海链藻(Thalassiosira rotula)、标志布莱克里亚藻(Bleakeleya nota-ta)、辐射圆筛藻(Coscinodiscus radiatus)和离心列海链藻(Thalassiosira excentrica).调查区浮游植物的细胞丰度介于0.1~90.0cells.ml-1,平均值为10.1cells.ml-1.浮游植物的水平分布特征是近岸处浮游植物丰度高,远岸处丰度低.水体表层的浮游植物细胞丰度最高,表层之下细胞丰度略有降低,但变化不大.浮游植物的细胞丰度和叶绿素a与硝酸盐、亚硝酸盐、铵盐、磷酸盐和硅酸盐浓度呈显著正相关,而与盐度呈负相关.调查区中部香农-威纳多样性指数和Pielou均匀度指数较高,而东北部和近岸水域较低.     

夏、冬季南海北部浮游植物群落特征

对2009年7月19日—8月16日和2010年1月6—30日南海北部(18°—23.5°N、109°—120°E)两个航次的浮游植物样品应用Utermhl方法进行了分析鉴定。结果如下:夏季样品鉴定浮游植物4门72属150种,浮游植物细胞丰度范围为(0.16—6001.78)×103个/L,平均细胞丰度为26.49×103个/L,硅藻的平均细胞丰度为25.81×103个/L,主要优势种属有铁氏束毛藻(Trichodesmium thiebautii)、菱形海线藻(Thalassionema nitzschioides)、柔弱伪菱形藻(Pseudo-nitzschia delicatissima)及裸甲藻(Gymnodinium spp.)等;冬季样品鉴定浮游植物4门58属168种,浮游植物细胞丰度范围为(0.08—37.52)×103个/L,浮游植物平均细胞丰度为2.69×103个/L,硅藻的平均细胞丰度为2.49×103个/L,主要优势物种为菱形海线藻、伏氏海线藻(Thalassionema frauenfeldii)及短刺角毛藻(Chaetoceros messanensis)等;夏季调查区5m层浮游植物细胞丰度的平面分布由近岸到外海迅速减少,高值区主要在广东东部近岸及海南东部近岸;冬季则在珠江口近岸和海盆区出现较高值。两次调查中,浮游植物细胞丰度在浅水站位(200m)远高于深水站位(200m);较冬季相比,夏季浮游植物平均细胞丰度偏高,但物种丰富度却略偏低。夏、冬季浮游植物的香农-威纳多样性指数平均值分别为2.12和2.36,Pielou均匀度指数平均值分别为0.79和0.81。两个航次调查中,浮游植物细胞丰度均与盐度表现出显著性负相关性;在冬季还与磷酸盐浓度表现出显著性负相关性。     

大亚湾澳头水域浮游植物群落结构及周年数量动态

对1997年至1998年广东省大亚湾澳头水域的浮游植物群落进行调查和分析。结果发现浮游植物65属198种;硅藻在种类组成和数量上都比甲藻占有优势,存在春季和秋季高峰,主要优势类群依次是角毛藻、骨条藻、拟菱形藻等;甲藻只存在春季高峰,代表种类有裸甲藻、原甲藻等。主要优势种类的生长与调查水域的盐度没有明显关系,但全年水温的季节性变化对优势种类的消长影响显著。Simpson多样性指数、Shannon-Weaver多样性指数、均匀度的年平均值分别是0.611、2.107、0.557,多样性指数没有明显的季节变化规律和水平分布规律。       

九龙江河口浮游植物的时空变动及主要影响因素

于2009年春（5月）、夏（8月）、秋（11月）在九龙江河口水域进行了水文、化学和生物的生态完全示范区综合外业调查,研究了九龙江河口浮游植物的种类组成、密度分布、季节变化、空间差异及主要影响因素,并结合前期资料分析了年际变动。结果表明,九龙江河口的浮游植物共记录7个门类75属134种。主体是硅藻,绿藻次之,甲藻和蓝藻较少,黄藻检出率高,裸藻和金藻零星检出。种类组成的空间差异大,绿藻在河口内区淡水水域比硅藻更占优势, 中肋骨条藻（Skeletonema costatum）、短角弯角藻（Eucampia zodiacus）、圆筛藻（Coscinodiscus spp.）、颗粒直链藻（Melosira granulata）、微小小环藻（Cyclotella. caspia）是河口区咸淡水水域及近海区的主要种类。浮球藻（Planktosphneria gelotinosa）、栅藻（Scenedesmus spp.）、盘星藻（Pediastrim spp.）、小席藻（Phormidium tenus）是河口内区淡水水域的主要种类。根据浮游植物的生态类型及其生境特征大致可分为三大类群。浮游植物密度夏季最高,平均为358.68103cells/L,密集中心的季节变化明显,密度分布由优势类群的密度分布决定。中肋骨条藻和短角弯角藻的数量庞大,导致优势种突出,多样性降低,种间分布不均匀,群落结构简单化。与史料比对,种类组成因淡水藻类的列入而更丰富,密度年际降低,中肋骨条藻仍是第一优势种,但优势度有较大降幅,优势类群有重大年际变化,细胞个体较小的种类占优。盐度和营养盐对浮游植物的分布及密度变化造成极大的时空差异,存在线性、复合线性、多项回归等复杂的相关关系。     

Phytoplankton distribution in the Caspian Sea during March 2001

Phytoplankton abundance, biomass and species composition of the Caspian Sea were evaluated by using samples collected from the Iranian (southern Caspian Sea) and southern Kazakhstan (eastern Caspian Sea) surface waters in March 2001. A total of 45 taxa were found in the samples (20 diatoms, 17 dinoflagellates and 8 others). Abundance and biomass of diatoms were high at the eastern stations, while dinoflagellates were dominant in terms of both biomass and abundance in the southern region. Average abundance and biomass were 40 000 ± 35 000 cell l⁻¹ and 580 ± 690 μg l⁻¹. The mean biomass value found here for the Middle and southern Caspian Sea in March are difficult to compare with the past due to limited information, but seems higher than previously registered values. Higher chlorophyll values were also apparent from the SeaWIFS images in 2001 compared to those in 1998. This is suggested to be due to decreased grazing of phytoplankton by zooplankton which is voraciously preyed by the recent invasive ctenophore Mnemiopsis leidyi.     

横岗水库富营养化特征分析

于2005年5月和11月调查了横岗水库的营养盐、叶绿素a(Chl.a)和浮游植物,对水库富营养化特征进行了分析。5月的总氮(TN)平均浓度为3.810mg·L^-1,总磷(TP)平均浓度为0.172mg·L^-1,Chl.a平均浓度为17.888mg·m^-3,综合营养状态指数(TSI_M)为73.3,该水库已达重度富营养化;11月份TSI_M下降到55.6,处于轻度富营养化状态,TN和TP平均浓度分别下降到1.302mg·L^-1和0.096mg·L^-1,Chl.a平均浓度却上升到26.935mg·m^-3,Chl.a浓度的上升与氨氮(NH₃-N)和正磷(PO₄-P)浓度上升以及浮游植物群落组成改变有关。从5月到11月,水库由蓝藻型富营养化水体变为绿藻型富营养化水体。5月浮游植物平均细胞密度高达2.75×10⁸cells·L^-1,优势种为美丽平裂藻和银灰平裂藻,其中平裂藻细胞数约占总细胞数的90%。11月浮游植物平均细胞密度降低到1.27×10⁷cells·L^-1,平裂藻的优势度下降,只占总细胞数的14.89%,绿藻成为主优势类群,其中栅藻是优势种之一,占总细胞数的11.52%。     

水东湾海域浮游植物潮汐分布特征及其与环境因子的关系

2014年秋、冬两季,每个季节在大潮期和小潮期对水东湾海域浮游植物群落结构和环境因子进行了调查,共鉴定出4门57属134种。其中硅藻门42属106种,占浮游植物种类数的79.1%;甲藻门13属26种,占浮游植物种类数的19.4%;蓝藻门1属1种,占浮游植物种类数的0.8%;针胞藻纲1属1种,占浮游植物种类数的0.8%。优势种15种,主要为尖布纹藻Gyrosigma aluminatum、圆海链藻Thalassiosira rotula、中肋骨条藻Skeletonema costatum、丹麦细柱藻Leptocylindrus danicus和舟形鞍链藻Campylosira cymbelliformis等。4个航次共有种类数在18—40种,Jaccard种类相似性指数范围在0.200—0.404,多样性指数和均匀度平均值分别为2.60和0.60。秋季大、小潮期多样性指数差异较显著(P0.05),冬季细胞丰度、多样性指数和均匀度大、小潮期均无明显差异。浮游植物细胞丰度变化范围为0.95×10~4个/L—28.0×10~4个/L,平均为6.86×10~4个/L,平均丰度冬季小潮期(9.46×10~4个/L)秋季小潮期(7.56×10~4个/L)冬季大潮期(5.97×10~4个/L)秋季大潮期(4.44×10~4个/L)。主成分分析(PCA)表明:盐度和营养盐可能是影响水东湾海域生态环境的主导因子。对水东湾海域浮游植物群落结构与主要环境因子进行Spearman相关性分析,细胞丰度与盐度在秋季大、小潮期为负相关,在冬季大、小潮期呈显著正相关;与无机氮和磷酸盐在冬季大、小潮期呈极显著负相关,在秋季大、小潮期均无相关性。冬季小潮期水温与多样性指数、均匀度和细胞丰度均呈正相关;从测定结果来看浮游植物细胞丰度、多样性指数和均匀度与叶绿素a含量均无统计学意义上的相关性。     

Changes in community structure and photosynthetic activities of total phytoplankton species during the growth,maintenance, and dissipation phases of a Prorocentrum donghaiense bloom

The potential interactions between the bloom-forming dinoflagellates and other phytoplankton during the algal bloom cycle are interesting, while the causes for the phytoplankton community changes were not fully understood. We hypothesized that phytoplankton community structure and photosynthetic activities of total phytoplankton have their special characteristics in different phases of the algal blooms. To test this hypothesis, a survey covering the process of a Prorocentrum donghaiense bloom in coastal waters between Dongtou and Nanji Islands was carried out from 9 to 20 May 2016, and the changes in the phytoplankton community and photosynthetic activities of total phytoplankton were determined. Surface seawater was sampled for microscopic analysis of phytoplankton composition and pulse amplitude modulated (PAM) chlorophyll fluorescence analysis of photosynthetic activities of the total phytoplankton species. A total of 25, 31, and 19 phytoplankton species were identified in its growth (9–12 May), maintenance (13–18 May) and dissipation phases (19–20 May), respectively. Diatoms were dominant in terms of species number while dinoflagellates were predominant at cell abundance. Dinoflagellates were the major dominant species during three phases of the bloom based on the dominance (Y) value, whereas the dominant species extended to dinoflagellates and diatoms including P. donghaiense, Coscinodiscus argus, Gonyaulax spinifera, Cyclotella sp. and Scrippsiella trochoidea in the dissipation phase. In the maintenance phase, the average cell abundances of the total phytoplankton and P. donghaiense were consistent with the chlorophyll a (Chla) concentration in the seawater; for the diversity indices of total phytoplankton species, Simpson index (C) was the highest while Shannon index (H′) and Pielou evenness index (J′) were the lowest. Furthermore, photosynthetic activities of the total phytoplankton species represented by the effective quantum yield (F_q'/F_m') and the maximum relative electron transport rate (rETR_max) in the maintenance phase were higher than those in the growth and dissipation phases. The results indicated that the characteristics of phytoplankton community structure and photosynthetic activities could be regarded as criteria in predicting the phases of algal blooms.     

Bias in satellite-derived pigment measurements due to coccolithophores and dinoflagellates

Satellite-derived estimates of phytoplankton pigments are thoughtto be affected by the phytoplankton species composition. Measurementsof surface algal chlorophyll and satellite-derived pigment werecompared for waters containing coccolithophores and dinoflagellates.Satellite-derived chlorophyll concentration was underestimatedby a factor of 2–3 in a patch of the large coccolithophore,Umbilicosphaera sibogae, and also in a bloom of the dinoflagellate,Gonyaulax polyedra. Overall abundance and species-specific propertiessuch as light scatter and vertical migration probably causedthese results.     

Factors influencing the short-term variation in phytoplankton composition and biomass in coral reef waters

The short-term temporal dynamics of phytoplankton composition was compared among coral reef waters, the adjacent ocean and polluted harbour water from July until October along the south-western coast of Curaçao, southern Caribbean. Temporal variations in phytoplankton pigment 'fingerprints' (zeaxanthin, chlorophyll b, 19'-hexanoyloxyfucoxanthin, fucoxanthin, 19'-butanoyloxyfucoxanthin, chlorophyll c₂ and c₃ relative to chlorophyll a) in the ocean were also observed in waters overlying the reef. However, with respect to specific pigments and algal-size distribution, the algal composition in reef waters was usually slightly different from that in the oceanic water. Phytoplankton biomass (chlorophyll a) was either higher or lower than in the oceanic water. The relative amount of fucoxanthin and peridinin was usually higher, and the relative and absolute amount of zeaxanthin was significantly lower than in oceanic water. Zeaxanthin-containing Synechococci were significantly reduced in reef water. Average algal cell size increased from the open water to the reef and the harbour entrance. Large centric diatoms (>20 m Ø) were better represented in reef than in oceanic water. In reef-overlying waters, the nitrate and nitrite concentrations were higher than in oceanic water. In front of the town, anthropogenic eutrophication (sewage discharge and ground water seepage) resulted in higher NH₄, NO₃ and PO₄ concentrations than at other reef stations. This concurred with significantly enhanced phytoplankton biomass (chlorophyll a), chlorophyll c₂ and peridinin amounts at Town Reef compared with the other reef stations. Polluted harbour water usually showed the highest phytoplankton biomass of all stations, dominated by diatoms and dinoflagellates. Conditions in reef waters and harbour water promoted the occurrence and the relative abundance of diatoms and dinoflagellates. Harbour water did not influence the phytoplankton composition and biomass at reef stations situated >5 km away from the harbour entrance. We conclude that phytoplankton undergoes a shift in algal composition during transit over the reef. The dominant processes appear to be selective removal of zeaxanthin-containing Synechococcus (by the reef benthos) and (relative) increase in diatoms and dinoflagellates. The difference in the phytoplankton composition between reef and oceanic waters tends to increase with decreasing dilution of reef water with ocean water.